3ZKKA

Structure of the xylo-oligosaccharide specific solute binding protein from bifidobacterium animalis subsp. lactis bl-04 in complex with xylotetraose
Total Genus 140
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
140
sequence length
396
structure length
396
Chain Sequence
DDKTITFWHNASAGEGRQYWENLAKSFEEANPGTKVEIQAIQNEDFAGKLQTAMQDPASGPDVFMSLGGAKTKEMIDAGQVMDLTDKISDTVKTDMKTTLSAATFDGKVYGVPVSVEPGGMWYSKDLFKKAGVSDVPATYEELLADAKKLKDSGTDAIALGAKDAWPAAHWYYWLVLRECSPEVYDKSVQDHDFSNACWVNAGKKLQELKDLKVFNDGFLTTTAQQGANSSAGLLANHKAAMELMGAWEPGVLKDLTPDQKPMADLGFFAFPEVAGGEGEPGALMGGVTYFCVNPKASQTSIDFVNYMGEKKNQEDYAKAFSTIPASEPARAVVTDESLKQVIEYLDKAPSMQLWMDTALGTNIGNALNAAVVNMLSGQGSPEDIVKAMQDAAQKG
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Structural Basis for Arabinoxylo-Oligosaccharide Capture by the Probiotic Bifidobacterium Animalis Subsp. Lactis Bl-04
pubmed doi rcsb
molecule keywords XOS BINDING PROTEIN
molecule tags Transport protein
source organism Bifidobacterium animalis subsp. lactis bl-04
total genus 140
structure length 396
sequence length 396
ec nomenclature
pdb deposition date 2013-01-23
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3zkkA01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3zkkA02
4KQPA 1MPBA 3RN8A 5I2KA 4MLVA 5TP9A 5DVIA 1LBCA 2F5XA 4FIMA 1MM6A 2O7IA 1MXWA 1LGBC 3MZBA 4NMYA 4QFPA 5KZTA 3FXRA 4JWXA 4LQ5A 5FHOA 5JTYA 4FAJA 3UIFA 1J1NA 3VLVA 3GLBA 1KWHA 4YICA 1LBBA 4F39A 3TUSA 1B3HA 4LONB 3E13X 4KD5A 2B65A 2GHBA 1A54A 4OHNA 2F6GA 2DSFA 4R6KA 4H0WA 2AL5A 1A7LA 1PB9A 4AB6A 3QAXA 2A5TB 3RUMA 3CFLA 1TFDA 1B52A 3FZVA 5AA1A 2P2AA 5I2KB 3JYRA 1VFDA 4QFNA 1DPPA 5TP9B 3RT6B 1B46A 4NF8B 2GHAA 1LFHA 2Y7PA 1FQEA 2M8CA 4PQJA 1CB6A 3C35A 1LCTA 2PBWA 2VD2A 3OO9A 4MFIA 3H06B 4K3FA 3KJ7A 1Y3PA 1JEVA 3OEMA 1B3GA 1B5JA 1MQJA 4QFLA 1I6BA 2I0BA 3EHUA 2P0SA 3G3GA 3O29A 1D4NA 5FTHA 1B4ZA 1MXVA 1SI1A 3ONMA 3VVEA 3EF7A 1D9YA 3GBBA 5JEIA 3OOAA 1I69A 4RJZA 1A99A 1ZU0A 2H99A 4GQOA 2Z8DA 2I6EA 4OFLA 2Y7RA 2Y7KA 2RC9A 2DS9A 1XVYA 2XXUA 4FJPA 3USDA 5KCJB 3EQ1A 4KPTA 2I4CA 1OMPA 5F1QA 1HSLA 2VP1A 1PBQA 1RYOA 2I3WA 4OTEA 4DLDA 3OSQA 1UTBB 4PFTA 4JSDA 5FHNA 1WDNA 3ECRA 3U72A 4KCCA 4F22A 3U8QA 1LFIA 4GRKA 2AIXA 1MY4A 1POTA 2XD2A 4ZEIA 3E3KA 4GL0A 4GD5A 3O6GA 5AA4B 1QUKA 4IO7A 3CVGA 2O51A 1XHYA 1NH8A 2F97A 4ZEKA 3TMGA 4YB5A 2O84X 4H5GA 4P11A 4RK9A 5H8FA 4OQOA 2Z8EA 2E1SA 1F9BA 1N76A 3KZGA 2F7AA 1SI0A 3FJ7A 5CMCA 5H8SA 1IXHA 4GL8A 4RPOA 4ELQA 4NTLA 2P1SA 5DEXA 2ONSA 3H03A 4ND9A 3B7DA 1B3FA 3MJNA 3VLUA 5ICQA 4ZE9A 4POXA 4QSDA 4LZ8A 4Q30B 3R26A 3I3VA 3QSLA 2UVGA 1SW2A 4OVJA 3MQ9A 4DCXA 3EPEA 2ONRA 1O64A 3MC2A 3SEUA 5ITOA 2DE3A 5I57A 5KDTB 4EQ7A 4HS7A 4LZ7A 4XKPA 3S9LC 4H6DA 1YCJA 3FJGA 1FQAA 1LB9A 4EQ9A 1QULA 4N6PA 1FW0A 4YB6A 4TLMB 4TQUQ 2ZYMA 3WAEA 4DIGA 4BDOA 5H8FB 4H1XA 4F19A 3DM0A 4XIGQ 1LB8A 1B3LA 3LBSA 1P99A 2UVJA 1EZPA 2IEEA 3FGSA 1M5DA 2UVHA 3PD9A 3KSXA 1EU8A 3OENA 1SYHA 5DTBA 2H5YA 3VDFA 3H6VA 1TFAA 3PUWE 2G29A 3EN3A 3ILUB 1MXZA 4U23A 3H4ZA 3T96B 3PMWA 2QS1A 4JB7A 3MWBA 4KHZE 2XHDA 4IGRA 4OEVA 3OO8A 3LC8A 3CI8A 4DXCA 4M4GA 5ISUA 2QSXA 4KR5A 3C34A 2IA4A 2NUVA 1XC1A 3UGWA 2Q2CA 3TQLA 2G93A 3CSBA 3PMXA 4RNSA 3OXNA 1MPCA 1UTHA 1S50A 1N3WA 2H9BA 3H3GA 4FEDA 4OZ9A 5IAIA 3MP6A 3E4RA 4H8IA 2V93A 3MAMA 2UYFA 1B3EA 3TKDA 4OFJA 4L17A 3EHSA 2RCBA 1B32A 1XVXA 4NF5A 2Z23A 3PUVE 1Y4TA 2Q89A 4FEBA 3W9WA 4XKQA 4KFQA 1MDP1 2I0CA 2GH9A 3FATA 2FA7A 2O1MA 4POWA 4GF8A 3K6WA 4OENA 5L9MA 1XT8A 2NVUB 2V84A 2XX8A 4QHQA 4FATA 1PB8A 4NWCA 2NWJA 3MPKA 3SESA 2F35A 1L5TA 2UXAA 5CM6A 2DE4A 1OVBA 5I58A 5I2NB 1IITA 4ZZEA 1S7YA 3LSWA 4U4SA 2KLFA 3ODBA 4OETA 4TOZA 4EXKA 2PX1A 4RYAA 2DXYA 4HCYA 2DWJA 2HCAA 2GRVA 5K2YA 1Y4CA 3O97A 4NF4A 3THIA 4LVQA 5A5XA 4ELOA 2Q88A 3K6XA 2QMXA 3VE1B 4G2ZA 3PD8A 1VFEA 3PUZE 3ZKKA 1IIWA 3FV2A 2XXIA 2AYSA 1EZOA 3DP8A 4GLIA 4PP0A 4H5FA 3TPAA 3K1MA 3MBPA 3IO6A 5H8QA 3U1OA 5J1DA 5I59A 3DP4A 3LR1A 3EHTA 2O6AA 1LAGE 4HCWA 5I56B 3O6IA 4G8NA 2THIA 3U94A 2PMSA 5AA2B 5H8HB 5ELVA 4R2BA 3K1NA 2NXOA 2I3VA 1H44A 3LUYA 4MH5A 2O1LA 3PPRA 4G68C 4RPNA 3AXFA 1NH7A 2X7QA 1UQWA 4ZZAA 3K01A 4ZEDA 2VOZA 1OVTA 1Y1ZA 5AA2D 2VD3A 4HW8A 1MH3A 2FYIA 4UACA 4DZ1A 3S9NC 1DOTA 1TT1A 1JQFA 2I49A 3MW0A 4I62A 2QS2A 2VHAA 1AL3A 4X1DA 3S9EA 3CG3A 3QIMA 1Q35A 2D3IA 3UK4A 3C33A 3ZKLA 1H76A 3U93A 3E9XA 1N7WA 3TTNA 1MXUA 1P1WA 4RK2A 2XD3A 4F31B 4YMBA 3QK6A 3TTRA 1QJMA 2Z22A 3IOVA 4NWDA 3I6VA 3KN3A 2OJTA 5JTYB 1BKAA 1NNTA 4NF6A 2DWIA 2RKMA 3IB0A 1R1NA 3FV1A 5FHMA 3IB2A 4XTCQ 3S4UA 1VR5A 2ZYNA 2I48A 5BUUA 4TLLB 4IO6A 4ELRA 3VXBA 3WAFA 4AQ4A 4M1VA 3IOWA 4ESXA 1JETA 4GXSB 5CI5A 1JVYA 2F7BA 4YU0A 5L9SA 4BDMA 3CFZA 3G3HA 3K02A 4LQ2A 4IGTA 1II5A 4F2QA 3VFJA 5AE4A 3LSLA 1OQGA 2HFBA 4O3BA 1A8FA 3V5AA 1ZJLA 3OELA 2QMWA 3A3CA 1IUDA 3SEWA 1O63A 4BDLA 4X1BA 2XXQA 2DQVA 4F3PA 3K6UA 3VVDA 2ANJA 4I1DA 3IJOB 2HAUA 5LOMA 2A5SA 1MDQA 1PDAA 3R6UA 2HZKA 1B9JA 1YAEA 1HSJA 3TCFA 4NF6B 3PPPA 1IEJA 3K0VA 2XXHA 2CMOA 4ZEBA 1IXIA 3MZ9A 1QKAA 1NNPA 2R9JA 4GXAA 3PPNA 1IXGA 1POY1 2YPNA 3UN6A 1FTKA 2V3UA 1R9QA 4JXIA 1AH5A 3DELB 3KEIA 1ATGA 3K2DA 3KFMA 3M3LA 3M8UA 3RTFB 3R7XA 3PV0E 3ZSFA 2REGA 3CIJA 3L6HA 4BDQA 3TODA 4Q0CA 1DTZA 5DVFA 3V89B 4F1VA 4DCYA 4PFUA 5HPQA 3G7WA 3TTKA 2RCAA 3GBAA 2Q2AA 3HPIA 3Q25A 4PETA 4JWOA 2RC8A 1JEUA 3OMBA 4BDRA 1USYH 1DPEA 1QW0A 3TCGA 1XOCA 2H25A 3MP1A 4MBPA 5F7VA 4ONYA 1MH4A 1D9VA 2V3QA 3BKIB 2PYYA 4DDDA 3FD3A 3DLNA 1FTLA 1I6QA 1GVCA 4YAHX 1ZMGA 1MM7A 4ZE8A 5L8DA 3SEXA 1MY1A 3IB1A 3S2VA 3FVGA 2BJJX 3M3KA 2OBGA 5TPAA 1SW1A 3FIRA 4YKPA 1SW4A 4YZZA 4OWDA 1CE2A 3CRBA 3QYTA 4RXLA 4ZEFA 4F2OA 1YTVA 1RYXA 3O2AA 1MQHA 4G4PA 3MVXA 1Y20A 3IOTA 4OESA 1QUIA 4F1UA 1Y9UA 3FUZA 3OD7A 1TWYA 3G3IA 2DE2A 1M5EA 3IO4A 2OWTA 2XXWA 5DT6A 3W9VA 4HTGA 4E0XA 4EXLA 2XX9A 3V83A 2B3BA 4IO3A 5DEXB 1US5A 2XXXA 4N07A 1Q1KA 5DVJA 4LZ5A 1A55A 3UA8A 3MPLA 1AMFA 3TQWA 1SVXB 5TU0A 3A3UA 2DYXA 4YKKA 2F7CA 5I57B 4QF9A 1RKMA 3SETA 1WVJA 2UYEA 1FTJA 1B5IA 3Q27A 4C1TA 3TAJA 4OXVA 1Y3QA 3T22A 3C4MA 5ITPA 1LFGA 1ZLQA 4GOTA 4WEDA 5H8NA 3CR9A 2QPQA 4C0RA 2ZMBA 1B2HA 2X7PA 1A8EA 4QSCA 1P1NA 3P7IA 5B70A 4R6HA 1B0HA 3CSGA 3IORA 1I6AA 1B7HA 1FQFA 3T9XB 2HEUA 1N7XA 2QRYA 3H6UA 1SDXA 1R9LA 3MUQA 5M2VA 4GIZA 1BTJA 2QS4A 2Y7IA 1LSTA 3RQTA 1LAXA 3CFXA 4IO2A 1URDA 1OLAA 2AL4A 3B6WA 4R6YA 4F3SA 2F78A 1QKBA 2QS3A 4MF3A 4KI0E 3H6WA 3QXMA 2PT1A 1B7UA 3PU5A 1H45A 2NOOA 1FQBA 1SQYA 1MG1A 1UTHB 3KSJA 3PUXE 1PEBA 1ZTYA 3O9PA 1A40A 1Y1MA 1IXCA 1ANFA 2ESNA 4BLAA 2ZNSA 2HZLA 3SDFA 1OLCA 3I5OA 3HHFA 3IAZA 1ELJA 3C36A 4NF5B 1EH3A 2Z8FA 4ZECA 3IX1A 3N5LA 4FE8A 4H65A 3RLFE 2XXTA 3UP9A 2O69A 1Z7ME 1DMBA 2YLNA 4LUBA 2DWAA 4ZDMA 2A5TA 4U1ZA 5IKBA 4N13A 4Q5TA 2X26A 4IY5A 2H98A 3TFLA 5CC2A 4WKMA 3MVZA 4QFKA 4FECA 2CZLA 4IB2A 4E0WA 3KOSA 3TDJA 4QFOA 3VXCA 4NF8A 2OWSA 2I4BA 5ICTA 5I58B 2DVCA 3K4UA 1GR2A 4RY1A 4KYDA 1MQDA 4P0GA 1LAFE 5JK4A 4G68A 2Q8JA 1BLFA 2O68A 4DXUA 1URSA 4FORA 4X9TA 2V3TA 4U21A 5K2XA 3Q28A 3CG1A 3QUJA 2E0SA 3FJMA 4U4XA 4LP2B 4NF4B 1HSEA 4JSOA 1NMUA 4EQBA 5A5XB 2F34A 4G8MA 5CMKA 3DP6A 1EZ9A 3O6HA 3S9MC 3TZAA 3HV1A 1P1UA 1ZIUA 2F6PA 1B5HA 4EUOA 2I58A 1FQCA 3KG2A 2HXWA 4KYEA 3SEVA 2ZNTA 4F18A 1S9TA 3C32A 4QRZA 4GWOA 4U2RA 4EF1A 1AOVA 1MY3A 2OCUA 2RC7A 5H8QB 4MLQA 5I59B 4ISUA 2DVZA 1B1HA 2REJA 4KYSA 2R71A 3N6TA 5KCJA 4EF2A 4GFRA 1SD3A 4H8JA 2D21A 4ECFA 1OIBA 4R72A 1B6HA 3HCQA 2GFEA 4P0IA 4G68B 4KCDA 3C9HA 3L6GA 1UTBA 2DOJA 4O3CA 5BWJA 1US4A 4OFOA 4YKIA 3KOTA 2QJEA 2XXVA 1MRPA 4R9FA 2ONKE 4YMAA 3G3JA 3RNNA 3TTLA 5CBSA 4WXJA 1GV8A 2QL3A 3LSFB 3B6TA 1GGGA 1N0TA 3B6QA 2XXRA 4OERA 3K6VA 5B7DA 3IK6B 3PUYE 3ZS6A 1YPNA 3FXQA 4PFWA 5AA4A 2PVUA 5FTIA 1T0KA 3LSXA 4F1YA 4JDFA 4Z0IA 2VGQA 1SBPA 3K1PA 4PFYA 1NL5A 3SERA 3G3FA 2W7YA 1MXYA 4XXUA 5DYHA 2DP8A 3ILTB 3FXUA 3IL1B 4LA9A 1MY2A 3RY3A 5HM4B 1N04A 1H3DA 1P1OA 1N84A 4C1UA 1VSOA 1JVXA 4DE8A 4JBZA 4AB5A 5EYFA 5CBRA 5KDTA 3BBRA 1URGA 3W15C 4X48A 3BFUA 1JNFA 3G3KA 3TELA 1GTKA 3QUFA 1M5BA 2XXYA 1SYIA 1B40A 4Z7EA 4GVOA 4Q8RA 2XX7A 2O7UA 3PPQA 3OO6A 3T93B 4BDNA 1P1QA 3D4CA 4ELPA 4THIA 1MS7A 2ZNUA 3KBRA 3MVYA 3MP8A 3RGYA 1FQDA 1FTOA 3V8XB 3OEKA 1AIVA 3UORA 3K00A 4RA1A 3F11A 4U1OA 3Q26A 3MVWA 2V25A 5CRYA 1B58A 2WKYA 3PGFA 1B4HA 1WODA 2XXPA 3PMVA 4R75A 1MPDA 2RINA 2OZZA 2B3FA 3OSRA 3O28A 1B1XA 1BP5A 3KN8A 4ZS9A 3IR1A 1R6ZA 4H67A 1B51A 1ZBMA 3GZGA 1QVSA 3TEPA 3RPWA 1MXXA 2ZYOA 3MZ1A 1MY0A 1O7TA 3T9UA 4F3GA 4OMBA 5EHSA 3FVKA 4NE4A 5EHMA 4QSEA 4YB7A 3FVNA 2H4IA 4F3BA 2ABHA 1B0LA 1OQHA 5I84A 2Y7WA 3HSTA 1DSNA 3SEYA 2ALUA 1H43A 2LAOA 3T66A 4F29A 4DXBA 1BIYA 3C31A 1QUJA 4IO4A 1MQIA 3KJTA 3VLWA 3KGCA 5TPAB 3N6UA 1IQ7A 1XS5A 4XKRA 1M5FA 3BFTA 1DTGA 4NEDA 4YKJA 4R9GA 5HBCA 5I2NA 3TCHA 3JV9A 1Z7NE 1B7ZA 3N26A 2HQ0A 2ZYKA 5L9OA 3Q29A 4G8HA 1D3KA 3GXAA 1PB7A 1MQGA 2PT2A 4IO5A 4XKNA 1JW5A 2FNCA 3RTWB 1TXFA 4I8CA 3D4GA 3N94A 1JW1A 1UIUA 5AA3A 3FVOA 4UA8A 2HAVA 5CMBA 3T9VA 2Q9TA 3H6TA 4R73A 3HO7A 3VV5A 3A09A 1NNFA 3RT8A 1NKXA 3SKPA 5CMMA 2OLBA 1B05A 1VE4A 2ZXTA 2D5WA 4I9DA 2UVIA 4ESWA 3O66A 3TTMA 2DWHA 1NNKA 2Y84A 1IZ1A 1JW4A 1NFTA 3PPOA 2OK2A 3IOUA 4G77A 2DXRA 1M5CA 4R2FA 3IJXB 3VVFA 3HN0A 1N3XA 5I56A 3JZJA 1LCFA 3U92A 3H7MA 3HHGA 5AA2A 5H8HA 2RF1A 5H8NB 1PC3A 2R6GE 4O3AA 3M3FA 3TYHA 1FTMA 1LAHE 1ZKBA 4LATA 4PE5B 4JWYA 3T9HB 1USYE 4EDPA 4R74A 4OEUA 3KN7A 4WEPA 1LLSA 1UIVA 1Y3NA 2YJPA 3OO7A 3FASA 1FCKA 4IY6A 1PBPA 4OYVA 2F8DA 2F36A 4U22A 1SW5A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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