3A09A

Crystal structure of sphingomonas sp. a1 alginate-binding protein algq1 in complex with unsaturated trimannuronate
Total Genus 185
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
185
sequence length
490
structure length
490
Chain Sequence
REATWVTEKPLTLKIHMHFRDKWVWDENWPVAREVARLTNVKLVGVANRAATNSQEQFNLMMASGQLPDIVGGDNLKDKFIRYGMEGAFIPLNKLIDQNAPNLKAFFKTHPEVQRAITAPDGNIYYLPYVPDGLVSRGYFIRQDWLDKLHLKTPQTVDELYTVLKAFKEKDPNGNGKADEIPFINRDPEEVFRLVNFWGARSTGSNTWMDFYVENGKIKHPFAEVAFKDGIKHVAQWYKEGLIDPEIFTRKARSREQTFGNNIGGMTHDWFASTALFNDALSKNIPGFKLVPMAPPINSKGQRWEEDARQIPRPDGWAITATNKNPVETIKLFDFYFGPKGRELSNFGVPGLTYDIKNGKPVYKDTVLKAAQPVNNQMYDIGAQIPIGFWQDYEYERQWTNDVALQGIDMYIKNKYVLPQFTGVNLTVEEREIYDKYWPDVKTYMFEMGQSWVMGTKDPEKTWNDYQQQLKNRGFYQVMIVMQKAYDRQY
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Crystal structure of Sphingomonas sp. A1 alginate-binding protein AlgQ1 in complex with unsaturated trimannuronate
rcsb
molecule tags Sugar binding protein
source organism Sphingomonas
molecule keywords AlgQ1
total genus 185
structure length 490
sequence length 490
ec nomenclature
pdb deposition date 2009-03-12

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01547 SBP_bac_1 Bacterial extracellular solute-binding protein
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3a09A01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3a09A02
3MP1A 4QFOA 3GBBA 2PMSA 3E13X 3PMVA 3LSFB 4DXUA 3HO7A 1DPPA 4NMYA 1GVCA 1N7WA 4UACA 1MXVA 3S4UA 3RY3A 1VFEA 1M5EA 2O7IA 3S2VA 3TCHA 3S9NC 3OELA 1A7LA 2XX7A 1FQEA 2Q9TA 3SEXA 1P1QA 1IXHA 3ONMA 1SW1A 1LLSA 4N07A 1HSJA 4OQOA 3TYHA 4F3SA 5AA3A 3IL1B 3UP9A 4C0RA 4KQPA 5JK4A 2I3VA 3C33A 1PBQA 2XXPA 4QF9A 4YKPA 3QAXA 5KDTB 3SDFA 2B3BA 1VFDA 5K2YA 4TQUQ 1EH3A 4H5GA 3TFLA 2G29A 5ISUA 4R72A 2QMXA 3RTFB 3FVNA 3SEVA 3C4MA 5I2NB 3TTRA 3OD7A 1PB9A 2HQ0A 4RPNA 3QYTA 3VV5A 4ESWA 3TTLA 2FNCA 2PVUA 4AB5A 4R2FA 4ELRA 4FECA 2GFEA 2G93A 2XXQA 3T93B 2I48A 4YICA 4NF4B 1MY1A 3EQ1A 4ZEBA 3N6UA 3MZ1A 3OEMA 2DXRA 1RYXA 4DIGA 1MPBA 2QJEA 4YKKA 2F34A 3M3FA 4NF8A 3W15C 1FTOA 1IZ1A 2Q89A 2XD3A 5TPAA 3ODBA 3N5LA 4XTCQ 4FORA 1BP5A 4EQ7A 1MQIA 4H1XA 4NF6A 5A5XB 2DP8A 2QPQA 4U22A 5EHMA 4QSDA 1LBCA 2OK2A 4ZEDA 3TKDA 1TFDA 1L5TA 1Y9UA 5I2KA 3UA8A 1VSOA 1S50A 3HN0A 3O66A 3M3LA 1LFIA 2I0BA 5L9OA 3A09A 1NH8A 4E0WA 3PMXA 4LVQA 4OYVA 3T9UA 4F31B 2D3IA 4OETA 5H8NB 2ONKE 2QSXA 4OMBA 2ESNA 3FIRA 3MJNA 4FEBA 4ND9A 1NNTA 2XXXA 4QHQA 4H65A 4IO4A 2XHDA 3TQWA 1MPCA 2QRYA 4JXIA 3IAZA 3D4GA 4DDDA 3TTKA 1XT8A 4WEDA 4FEDA 2AIXA 2D5WA 3TDJA 4G68B 3UN6A 3U93A 4LA9A 4OFJA 4GVOA 4JBZA 3TUSA 2DYXA 4GWOA 2W7YA 4QSCA 1ZIUA 3K2DA 1A54A 1M5BA 5ITOA 4X1DA 4EXLA 2KLFA 4R9GA 1A55A 2YPNA 1VE4A 4UA8A 4LUBA 1B05A 1DPEA 2QS2A 3G7WA 5KDTA 4K3FA 3FV1A 3UORA 3G3JA 3BKIB 1B4HA 3KFMA 3TMGA 1B1HA 3K6XA 5L9MA 2WKYA 3N26A 5DYHA 5CBRA 2X7QA 3CFXA 3PMWA 3PD9A 2NXOA 1QULA 4RA1A 4GD5A 3QIMA 2XXYA 2ZYNA 2F36A 5DEXB 4ECFA 4BDLA 2O51A 3SEYA 5F7VA 3M8UA 3FXRA 3FJGA 1H76A 4AQ4A 5EHSA 1P1NA 5FHMA 5H8HB 3IORA 1B58A 1MXUA 4F18A 3TTNA 4RYAA 1QUIA 4I1DA 2X7PA 1Y4CA 4R73A 2Q2AA 1H44A 4KYSA 1A8FA 1OLCA 3SEUA 3G3GA 3PPNA 3IOVA 3TODA 3C31A 3PGFA 4FIMA 2XXWA 1LGBC 4Q0CA 2R71A 1AIVA 2AL4A 2DS9A 4POXA 3T22A 5JEIA 3N6TA 2Y7IA 4FE8A 1IQ7A 3VLWA 1M5DA 1O64A 1GTKA 2ONRA 4PETA 5A5XA 2AYSA 2PYYA 1Y4TA 1VR5A 1LFHA 5AA1A 2FA7A 1N3WA 4DXBA 2F6GA 3IR1A 3RT8A 1I6BA 1O63A 1R6ZA 5KZTA 1Z7ME 3V8XB 3C34A 3GZGA 2AL5A 4P0IA 2ZYKA 5H8NA 1Y20A 4OWDA 5AE4A 5AA2B 5CMMA 1SW5A 2I4CA 4IO7A 2DWJA 1MQDA 3K6UA 4Q30B 2DXYA 5FHOA 4ZEFA 2O1LA 1GV8A 4XXUA 3H03A 3BFUA 3DELB 2I4BA 2I6EA 2V3TA 2Z8EA 2NOOA 2M8CA 1WODA 4TOZA 5CMCA 2Y7PA 3B7DA 4KFQA 2YJPA 2Z8DA 4IY6A 5I58B 3EHUA 4OFOA 2QS3A 2XX9A 4GL0A 2RCAA 1MDP1 1NKXA 2VD2A 3FVOA 4EF2A 3U1OA 2QL3A 3OEKA 1JW5A 3IO6A 3FD3A 4ONYA 1FQDA 3R7XA 2OZZA 5FTHA 2UXAA 3U8QA 4C1UA 2O7UA 4IO6A 3ILTB 5CMBA 1FQAA 4DCXA 1Y3NA 1H45A 2DWAA 1D9VA 1PB7A 4U4XA 4YMAA 2PT2A 5DEXA 4YMBA 2F5XA 1AH5A 2ALUA 1P1OA 2RC7A 4OEVA 3AXFA 3OOAA 2ZNTA 4X9TA 4ZECA 4LP2B 4IO5A 3G3IA 5H8HA 3K00A 2DE4A 3FVKA 4RY1A 1EZPA 5TP9B 2ONSA 2GRVA 2XD2A 2FYIA 3IJXB 3V83A 4GOTA 1B32A 1A40A 3C35A 2VOZA 3KN8A 1B7ZA 4GRKA 3H7MA 1N7XA 2DSFA 2A5TA 1ATGA 1GGGA 4QSEA 5H8QB 1EU8A 5DVIA 3OENA 1USYH 2H5YA 4GF8A 2QS1A 4F2QA 2H25A 2VHAA 3EF7A 1JETA 3FGSA 3O6IA 5B70A 1SYHA 4BDRA 4OFLA 4R75A 3ILUB 4ELQA 4TLMB 4L17A 4QRZA 1B3GA 1A8EA 1TT1A 5IAIA 1FQBA 3FJ7A 1NH7A 3VE1B 4G8MA 1MM6A 3KSJA 2F7BA 1N76A 2X26A 3GLBA 5I59A 2NWJA 5FTIA 1D3KA 3T9XB 3H4ZA 2RINA 1UTBB 1QJMA 3C32A 2F8DA 1I6QA 3TZAA 3LSWA 3QSLA 3KG2A 1NNPA 1JEUA 1I6AA 4ZDMA 4THIA 4G4PA 3L6GA 1II5A 3RPWA 3TCGA 4PQJA 1MXZA 4R6HA 5M2VA 4IGTA 2HZLA 2CMOA 1ANFA 4WXJA 1JW4A 2ABHA 1IXGA 4KCDA 3VVFA 1OQGA 2HEUA 2XXUA 5CRYA 1R9LA 4N13A 5L9SA 3KGCA 1NNKA 4H0WA 2F78A 5I58A 1CB6A 1JW1A 3VLUA 2UVGA 3G3KA 1IXCA 1DMBA 5I57B 3E4RA 3H6TA 1ZLQA 5ICTA 1LAHE 1UTHB 4OEUA 1Y1MA 3KN3A 2A5SA 2Q88A 4H6DA 3KZGA 2PX1A 3A3UA 4PFYA 1LCTA 1SW2A 4P11A 4ISUA 3CIJA 1B52A 5DTBA 3O97A 2OBGA 2F7CA 2DE2A 2REGA 2P1SA 3MVYA 4OENA 1B1XA 3DP4A 3O29A 4XIGQ 4MFIA 4NF5B 1MG1A 1DSNA 1PB8A 2R9JA 1DTZA 1LSTA 3LSLA 4H67A 2YLNA 4LZ8A 2THIA 5CBSA 3KOTA 1ZJLA 1SI1A 1D4NA 5TP9A 3DM0A 3USDA 3RN8A 5K2XA 4F1UA 5BWJA 4RJZA 3H06B 4X1BA 3H3GA 4P0GA 1Q35A 3I3VA 1BLFA 3ECRA 1JVYA 2HAVA 4JDFA 2H99A 3SERA 3S9LC 4BLAA 1B5IA 3S9EA 2XXHA 3H6WA 4U2RA 2UVHA 5H8QA 3D4CA 1B0HA 5JTYB 2CZLA 1NL5A 3KN7A 3HCQA 1LB8A 4YAHX 3EHSA 5FHNA 4U23A 3M3KA 3K1NA 5CM6A 3R26A 3TEPA 3IX1A 4OZ9A 2DQVA 2QS4A 4XKRA 3K01A 4DLDA 3PPQA 4LONB 2H4IA 2ZYOA 3IOUA 1FCKA 5I2NA 3VVEA 1S7YA 5KCJB 1A99A 5DT6A 4XKNA 4ESXA 1FTMA 1YCJA 3CSGA 2ZNSA 3C36A 1SI0A 4KCCA 1UTBA 2V3UA 5I84A 1Y1ZA 3MBPA 4KYEA 2V93A 2GHAA 2ZYMA 3CSBA 3F11A 1OVTA 2UYEA 4OERA 3CG3A 1EZOA 3E9XA 5HPQA 3H6VA 4QFKA 4GXSB 3EN3A 1B5JA 4NF4A 3UGWA 4IO3A 3K1MA 4F1YA 3Q28A 3IB1A 4YB5A 3FXQA 4ZE9A 3L6HA 1UIUA 3PU5A 4R9FA 1P99A 2B65A 3CR9A 2XXIA 5DVFA 1ZTYA 1ZU0A 4I9DA 1FQFA 1AMFA 1MH3A 5I56B 3SESA 2F35A 3PD8A 3MVZA 2NVUB 1MY3A 3Q29A 3RNNA 2Q2CA 1LFGA 4HW8A 2HXWA 3OO9A 3IOTA 3TPAA 3OO8A 1CE2A 2XXTA 1OLAA 1M5FA 3T66A 3I6VA 2UYFA 1BIYA 4RPOA 3PUZE 3MPLA 1SQYA 2RCBA 1LAFE 1LBBA 3RLFE 2I49A 4U1OA 4U4SA 3R6UA 2I3WA 4M4GA 2P0SA 3K0VA 1ZBMA 2V3QA 4HS7A 2I58A 3IJOB 2LAOA 5CC2A 1LAGE 2RC9A 1O7TA 5H8FB 2Y7KA 4ELPA 4XKQA 4NF5A 5F1QA 1B0LA 3O6HA 3K6VA 2E1SA 1B3LA 1MM7A 1R1NA 5ITPA 4EF1A 1FTKA 3MQ9A 3I5OA 3PUYE 4MLQA 2H98A 1URSA 4KR5A 4NWDA 1B9JA 4GL8A 3PUXE 3T9VA 1N3XA 4F39A 3RQTA 3Q26A 4YB6A 4O3BA 4X48A 4YU0A 1MXYA 4G68A 4BDMA 1YPNA 3E3KA 1OVBA 4OESA 1FW0A 4HCYA 3LR1A 1JEVA 3VVDA 5L8DA 4ZEKA 4F2OA 4LZ5A 4O3AA 1BKAA 3B6QA 3MAMA 2HFBA 3KBRA 3HHGA 1NNFA 3C9HA 3QUJA 3ZS6A 2O84X 1OQHA 3FV2A 2DOJA 5JTYA 4G2ZA 3B6TA 3PPPA 2XXVA 1HSEA 4F29A 3FJMA 1B5HA 3DLNA 1QW0A 3KJ7A 4IY5A 1XHYA 2XX8A 3PUVE 1URGA 5I2KB 1QUKA 5KCJA 1ZMGA 3N94A 2D21A 4WKMA 4PE5B 4OVJA 3FATA 1NFTA 3U94A 2ANJA 4XKPA 3V89B 1EZ9A 3BFTA 1PC3A 1QKAA 3W9VA 3H6UA 3GBAA 1YTVA 4LATA 4OHNA 4G68C 1SYIA 3IOWA 1H43A 4JWOA 4IO2A 2E0SA 1SVXB 1B3HA 3JZJA 2GH9A 4HTGA 5I56A 4EXKA 4LZ7A 1P1UA 3MUQA 1T0KA 4M1VA 1B2HA 5HBCA 1MXWA 1US4A 3QUFA 4MH5A 3K6WA 2DVZA 5CMKA 4EUOA 1PEBA 4F22A 1B7HA 5IKBA 3T9HB 4JSOA 1XC1A 2IEEA 1N0TA 4PP0A 3OO7A 5B7DA 4RK9A 4KPTA 4FATA 1Y3QA 4G8HA 2PBWA 1S9TA 5H8FA 3CG1A 1B51A 3BBRA 5AA2A 5TU0A 4OXVA 1IITA 4KYDA 1IXIA 3G3FA 1MY0A 3KSXA 3G3HA 1KWHA 1MY2A 3T96B 1PBPA 1QKBA 3TQLA 1N84A 2XXRA 1POTA 3KEIA 1JVXA 4GXAA 5AA4B 4NE4A 4JSDA 3MPKA 4EQBA 3K1PA 2BJJX 4DZ1A 3FUZA 4GFRA 5J1DA 1B46A 4PFWA 2Z22A 4C1TA 3HSTA 1SDXA 2B3FA 1MXXA 3JV9A 4YZZA 3SEWA 4NEDA 1URDA 3VLVA 1AOVA 4Z7EA 3KOSA 4R6KA 1BTJA 1M5CA 1H3DA 1B40A 4HCWA 4QFLA 4BDOA 1TXFA 2RKMA 2DE3A 2NUVA 3TCFA 4E0XA 1YAEA 3VXCA 2ZNUA 4Z0IA 4KI0E 3RGYA 3VFJA 2OWTA 3K4UA 2OCUA 1TWYA 4RNSA 4LQ2A 1FQCA 1SD3A 4OTEA 1JNFA 5AA2D 3PV0E 1IUDA 2RF1A 4FAJA 2Z8FA 4F3BA 3MVWA 3PPOA 4LQ5A 1FTLA 2OWSA 3OSRA 1Q1KA 1P1WA 4MBPA 4MLVA 4YKIA 5LOMA 1QUJA 3DP6A 1B3FA 3CFZA 5H8SA 2RC8A 1D9YA 1ZKBA 4RK2A 2QMWA 2DWIA 4H8JA 1XS5A 3EHTA 3PPRA 4MF3A 3TELA 4ZZAA 4EDPA 1MDQA 3MZ9A 4NTLA 1WDNA 4QFNA 3P7IA 2Y7RA 3UK4A 3PUWE 4N6PA 1ELJA 4PFUA 3FASA 4DE8A 3HHFA 1TFAA 3O28A 4DXCA 3HV1A 2ZMBA 1QVSA 2HAUA 2HZKA 1MQHA 4IGRA 1Y3PA 1AL3A 5CI5A 2VGQA 4PFTA 4H8IA 1DTGA 3U72A 1Z7NE 3MW0A 3O6GA 1B4ZA 3MZBA 2F7AA 2REJA 3QK6A 3A3CA 2IA4A 3CRBA 2Z23A 3OO6A 4R6YA 1IIWA 3MP6A 3QXMA 4POWA 3JYRA 1B6HA 3Q27A 3EPEA 1MRPA 1MPDA 3CI8A 4TLLB 1HSLA 3FXUA 1XVYA 3S9MC 5AA4A 3IK6B 1MY4A 3ZKKA 2H9BA 1USYE 4O3CA 1US5A 2DWHA 3IB2A 2R6GE 1UIVA 4WEPA 2F6PA 5DVJA 2O6AA 4ZE8A 3OMBA 3B6WA 3U92A 3LBSA 3CFLA 1NMUA 2A5TB 3IO4A 2DVCA 5I57A 3ZSFA 3K02A 4ZEIA 1MS7A 1UTHA 3OXNA 4IB2A 4G77A 1UQWA 4Q8RA 2V25A 3RTWB 3O9PA 4I8CA 2P2AA 1OIBA 2F97A 4U1ZA 2O68A 3IB0A 1MH4A 2VD3A 4QFPA 4NWCA 2OJTA 4YKJA 2V84A 4JWXA 3HPIA 3SKPA 5I59B 3CVGA 4YB7A 4F1VA 5EYFA 4R2BA 4F3PA 1LCFA 2ZXTA 1POY1 3TTMA 4BDNA 4EQ9A 4ZS9A 3MWBA 4ELOA 1MQJA 3MC2A 2HCAA 4AB6A 3GXAA 4R74A 2PT1A 2Q8JA 1DOTA 3ZKLA 3THIA 1N04A 3FVGA 4I62A 2I0CA 2Y84A 4GIZA 4F3GA 3MP8A 3Q25A 1JQFA 1R9QA 4Q5TA 1B7UA 1B3EA 4NF8B 1I69A 1RKMA 1J1NA 4KD5A 5TPAB 2VP1A 4H5FA 4U21A 1OMPA 1RYOA 3KJTA 3VXBA 5HM4B 3V5AA 2Y7WA 4NF6B 3TAJA 3UIFA 2O1MA 3LUYA 1SBPA 4GLIA 5ELVA 3RUMA 4ZZEA 4FJPA 1MQGA 4JWYA 2OLBA 1XOCA 3W9WA 1F9BA 4BDQA 1LB9A 3WAFA 1PDAA 4JB7A 5ICQA 1SW4A 1IEJA 3LC8A 2O69A 5BUUA 4DCYA 1FTJA 3RT6B 3VDFA 4KHZE 4RXLA 3OSQA 3MVXA 3SETA 1LAXA 3O2AA 3DP8A 3WAEA 3LSXA 1GR2A 3FZVA 2UVIA 4GQOA 1WVJA 4F19A 2UVJA 4G8NA 1XVXA 2GHBA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4JVDA 3MP1A 4QFOA 3GBBA 2PMSA 3E13X 3PMVA 3LSFB 4DXUA 3HO7A 1DPPA 4NMYA 1GVCA 1N7WA 4UACA 1FPGA 1MXVA 3S4UA 4OVRA 3RY3A 1VFEA 1M5EA 2KR0A 2O7IA 3S2VA 3TCHA 3S9NC 3OELA 1A7LA 2XX7A 1FQEA 2Q9TA 4X8RA 3SEXA 1P1QA 1IXHA 3ONMA 1FBFA 1SW1A 1LLSA 4N07A 2XWVA 1HSJA 4OQOA 3TYHA 1G0HA 4F3SA 5AA3A 3IL1B 3UP9A 4C0RA 4KQPA 5JK4A 2I3VA 3C33A 1PBQA 2XXPA 1EYIA 4QF9A 4YKPA 4O8MA 3QAXA 5KDTB 3SDFA 2B3BA 1VFDA 5K2YA 4TQUQ 1EH3A 4H5GA 3TFLA 1K9ZA 2G29A 5ISUA 1NUXA 4R72A 3IFCA 2QMXA 3RTFB 2FIXA 4P56A 4PAKA 4PBQA 1RDZA 3FVNA 3SEVA 3C4MA 5I2NB 3TTRA 3OD7A 1PB9A 2HQ0A 4RPNA 3QYTA 3VV5A 4ESWA 3TTLA 2FNCA 2XWKA 2PVUA 4AB5A 4R2FA 2P3NA 5EYHA 4ELRA 4FECA 2GFEA 2G93A 2XXQA 3LV0A 3T93B 3T1BA 2I48A 1NV6A 4YICA 1FBGA 4NF4B 1MY1A 3BIHA 3EQ1A 4ZEBA 4N6DA 3N6UA 3MZ1A 3OEMA 2DXRA 4PBHA 1RYXA 1EYKA 4DIGA 1MPBA 2QJEA 1FPEA 4YKKA 2F34A 3M3FA 4NF8A 2WBDA 3W15C 1FTOA 1IZ1A 2Q89A 3KBZA 2XD3A 5TPAA 3ODBA 3N5LA 4XTCQ 2GQ1A 4FORA 1BP5A 4EQ7A 1MQIA 3RPLB 4H1XA 4NF6A 5A5XB 2DP8A 2QPQA 4O7MA 4U22A 5EHMA 4QSDA 1LBCA 2OK2A 4ZEDA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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