3A3UA

Crystal structure of mqnd (ttha1568), a menaquinone biosynthetic enzyme from thermus thermophilus hb8
Total Genus 95
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
95
sequence length
270
structure length
270
Chain Sequence
ALRLGFSPCPNDTFIFYALVHGRVESPVPLEPVLEDVETLNRWALEGRLPLTKLSYAAYAQVRDRYVALRSGGALGRGVGPLVVARGPLQALEGLRVAVPGRHTTAYFLLSLYAQGFVPVEVRYDRILPMVAQGEVEAGLIIHESRFTYPRYGLVQVVDLGAWWEERTGLPLPLGAILARRDLGEGLIRALDEAVRRSVAYALAHPEEALDYMRAHAQELSDEVIWAHVHTYVNAFSLDVGEEGERAVARLFAEAEARGLAAPSPRPLFV
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Crystal structure of MqnD (TTHA1568), a menaquinone biosynthetic enzyme from Thermus thermophilus HB8.
pubmed doi rcsb
molecule tags Biosynthetic protein
source organism Thermus thermophilus
molecule keywords Menaquinone biosynthetic enzyme
total genus 95
structure length 270
sequence length 270
ec nomenclature
pdb deposition date 2009-06-20

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF02621 VitK2_biosynth Menaquinone biosynthesis
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3a3uA01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3a3uA02
1B7UA 3BKIB 1JW1A 2NXOA 5KDTA 4OFOA 1A40A 1QJMA 3G3JA 4GQOA 3CG1A 1R9LA 2DWJA 1LAGE 4C0RA 1B1XA 2Z22A 1DTGA 2AL4A 1JETA 2F35A 3OSQA 1USYE 2X26A 3MZ9A 2VOZA 4L17A 1FTMA 1UTBA 1JVXA 5KZTA 1PB7A 2F36A 2D21A 4PFYA 3K2DA 1VE4A 4OZ9A 1QVSA 3C36A 4GVOA 2ONSA 1MDQA 3ZSFA 1O63A 3K4UA 3T96B 2QL3A 4P11A 2ONKE 3FVOA 3S4UA 1MXXA 3EHUA 4FAJA 3EHSA 3N26A 1IXCA 1LCFA 5EHSA 4TQUQ 4F2QA 4GIZA 3IOUA 2F8DA 3RT8A 4G8HA 5DTBA 4R9GA 5A5XA 2FA7A 3O9PA 4HCWA 2I4CA 4HTGA 3PMVA 4RK2A 1PBQA 1MPDA 5TP9B 3GBAA 2F34A 3BFUA 3F11A 4WEDA 1ATGA 4ZDMA 4Q5TA 3HSTA 1OLCA 3K6VA 2XX7A 1T0KA 4MBPA 1B46A 3C31A 4RXLA 5HM4B 1B7ZA 2ZMBA 3S9MC 3M3LA 4F3SA 3T9XB 3EPEA 4JWYA 4F18A 1WDNA 3JZJA 4WEPA 4XKNA 3Q27A 3FJGA 3V8XB 3FD3A 1OIBA 3MP1A 4YKIA 4ELRA 3CI8A 4HW8A 3QYTA 3IO6A 3ONMA 1LAHE 2KLFA 1JEVA 1ZTYA 5CC2A 3KOSA 2UXAA 4KYEA 1WODA 1JW5A 4TLLB 2H98A 2YPNA 3OD7A 3MWBA 4N6PA 4LZ5A 3TUSA 1RYOA 3ZKKA 5TU0A 1TFDA 2DOJA 3MPKA 5I57A 5AE4A 2I3VA 1MXVA 1IEJA 2I49A 1O64A 5ICQA 4ZEFA 4KCCA 3DP6A 4YKKA 1BP5A 3LC8A 1FTJA 2I4BA 4OXVA 2IA4A 2GFEA 1GV8A 3M3KA 5H8NB 3H03A 3PPPA 5ICTA 2ABHA 1QKBA 1LB8A 4IO3A 4ZEBA 2Z8FA 2NWJA 1IXHA 4R74A 1ELJA 1TWYA 3TTNA 2B3FA 1FQBA 1LCTA 4PETA 1MPBA 3KG2A 1SW4A 5I2NB 1RYXA 4XKPA 4N07A 1DSNA 1MQDA 3PUVE 4DCYA 4F22A 3HHGA 1R9QA 1LBCA 4LA9A 1B58A 1P1UA 2V3UA 4NF4A 4FEBA 1Y9UA 1FQFA 1TFAA 3OO7A 4G68B 1N0TA 2UVGA 3K1MA 5JTYA 1I69A 2Q2CA 5DT6A 5ITPA 3FVKA 2Q89A 1FQEA 3R7XA 4FATA 2Z8EA 1Z7NE 3PV0E 4GLIA 1H76A 4G8MA 3A09A 1P1OA 3K6UA 4G68C 3G7WA 1MY3A 4QRZA 5J1DA 1LFHA 3MP8A 1B5HA 1NL5A 2O6AA 3O66A 4XXUA 1D3KA 4DXBA 3VVFA 4QSEA 1S9TA 1B9JA 5I2KB 1OQGA 3O97A 1IQ7A 3K01A 3TMGA 2D3IA 3BBRA 3I5OA 3U72A 4YAHX 3FUZA 2I0CA 5TPAB 4RA1A 4OENA 3QAXA 4ELOA 2VGQA 1BKAA 3RPWA 2UVHA 3TQWA 1MRPA 4F3GA 3IORA 2D5WA 1MQGA 3ILUB 4KD5A 2XXXA 2XXRA 1US4A 4TOZA 1SDXA 1PBPA 3K6XA 1MY2A 4LZ8A 4DXUA 4C1TA 2ZYOA 4ESWA 1P1NA 4R6YA 3GLBA 2Z8DA 5FHOA 3M8UA 2DE2A 4MLQA 1AMFA 2H25A 3JV9A 1UTHA 1SW5A 3FGSA 3TKDA 1GGGA 1HSJA 4C1UA 5I59B 1DMBA 2GH9A 1M5DA 5AA3A 4KYSA 4GD5A 3MZBA 3W9WA 5DVJA 5FHNA 4YMAA 3QIMA 4OMBA 5FHMA 2XXVA 1B32A 4DIGA 2ALUA 3TTMA 4LATA 3LSWA 1NNFA 2QJEA 4DCXA 3MVWA 5I58B 4Z0IA 3Q28A 4XTCQ 4IY5A 2OBGA 5TP9A 3W15C 4EQ9A 3MUQA 2OLBA 1QULA 3SESA 3IB1A 4QSCA 5L9MA 4OHNA 1P1QA 3KJ7A 5H8FB 2DWAA 4GFRA 2REGA 3TCHA 4ONYA 3O6GA 1EU8A 3U1OA 3AXFA 2OJTA 3O2AA 4POXA 1II5A 1ZLQA 1IITA 1MQIA 2XHDA 2VHAA 3TTKA 3PUYE 4ZS9A 1Y3QA 3H6UA 4ZZEA 3TPAA 2A5TA 4OFJA 2OWTA 2R9JA 3KOTA 4OYVA 3H6WA 4BLAA 3IOWA 3UP9A 3IOVA 4R73A 3T9VA 1QKAA 4JB7A 4R2FA 1MY1A 1TT1A 4GWOA 4KI0E 1VFEA 4NMYA 3U92A 1PC3A 3M3FA 1AL3A 2ESNA 1M5FA 3VLVA 1A99A 3QUFA 4ELPA 2REJA 2F6PA 1N7XA 2ANJA 3L6GA 4KYDA 1LBBA 4EUOA 2O1MA 1MG1A 3CRBA 2HCAA 4XKQA 2P1SA 4HCYA 4NF6B 2DSFA 3T66A 3IR1A 4RJZA 1SW2A 2PYYA 1I6BA 3PUWE 5BWJA 2XXTA 4U22A 3V89B 5H8NA 4H8IA 2HZLA 4FEDA 4IGRA 1PDAA 2G93A 1FCKA 4GL8A 4ZEDA 2QMXA 1UIUA 2HQ0A 1OVTA 3OXNA 4FECA 1POTA 3I3VA 4THIA 1Y4TA 1Y1ZA 3N6TA 1D9VA 3CFLA 4QF9A 3DM0A 3FJMA 3C34A 3SDFA 1FQCA 3KSXA 5H8QB 1AIVA 1IUDA 1OVBA 1VSOA 1YAEA 1JW4A 1ZMGA 5I2NA 1B5JA 1B52A 3C4MA 3K0VA 1JVYA 3B6TA 1URSA 5KCJB 3GZGA 3U93A 4PP0A 1SW1A 3KFMA 2H99A 3T22A 4BDLA 2BJJX 2M8CA 4R6KA 3HPIA 4H1XA 3PPQA 5H8HB 4G68A 4WXJA 3C9HA 1L5TA 1NNKA 1UQWA 5AA1A 1MQJA 2RC7A 3SEXA 4U1OA 5CMKA 4M4GA 1B2HA 1EH3A 4UA8A 1MY4A 1A55A 4OVJA 4F39A 2RCBA 4DXCA 3EN3A 3U94A 5I2KA 3FIRA 3LBSA 2I6EA 1URDA 4I62A 2F7BA 3UGWA 2XD3A 4QFLA 5EHMA 4AB5A 3CFZA 1I6QA 3TODA 5I56A 4H67A 3KEIA 4IO4A 5TPAA 1SI0A 1Y20A 1MXWA 4OTEA 3O6IA 3TQLA 3OEKA 4NF5B 3FV2A 2UYEA 1Z7ME 2O68A 3K1PA 1A8FA 1IXGA 2VD3A 1B40A 2H9BA 2Y7KA 3VXBA 3MP6A 4JSOA 1N3XA 3FVNA 5F7VA 3MPLA 3H3GA 1CB6A 2H5YA 2RINA 1NNTA 1B3HA 1JQFA 2PT2A 1FTLA 2ZYMA 1N3WA 1ZU0A 2XD2A 1H3DA 5I59A 3SKPA 4KQPA 4U23A 4O3AA 3S2VA 2OZZA 1B5IA 4PE5B 4ZE8A 2XXPA 1ZIUA 4I9DA 2W7YA 5FTHA 5AA4A 2HFBA 1QUIA 2V3TA 2E1SA 5I58A 2O7IA 3P7IA 3T93B 1AH5A 4MLVA 2HZKA 2Y7RA 4OEUA 4I1DA 2QMWA 3K00A 3SEUA 4M1VA 1P99A 3B6WA 4KR5A 3TEPA 4ZZAA 4LONB 5H8SA 3D4CA 5H8FA 5K2YA 4XIGQ 2GRVA 5AA2B 4WKMA 3MJNA 2XXYA 3OO9A 2GHBA 2RC9A 3RY3A 4LVQA 1FQDA 4Q8RA 3FVGA 4H65A 3IB0A 2I58A 2HXWA 4YU0A 2ONRA 3TFLA 2YLNA 1N7WA 3LSLA 1SYHA 5B70A 4X1BA 5M2VA 4ESXA 3OSRA 3Q26A 1VFDA 3G3KA 4YKPA 2YJPA 4F29A 3CFXA 1LSTA 3VV5A 3USDA 4OETA 4POWA 3LSFB 3HV1A 3FJ7A 4P0IA 2B3BA 1XHYA 2QPQA 4Q30B 2RF1A 4H5FA 4U4XA 4ZECA 4F1VA 3C33A 3IJXB 3LR1A 4QSDA 2UVIA 3B6QA 2XX8A 5DVFA 2XXUA 4U2RA 3U8QA 1N76A 5K2XA 4HS7A 4JDFA 1LB9A 4RK9A 4NF6A 1PEBA 1NFTA 2DS9A 2P2AA 4KPTA 2GHAA 3OEMA 5ELVA 1MH4A 3QUJA 1ZKBA 3RGYA 4EQ7A 1VR5A 1B1HA 4GF8A 4NF8B 2DVCA 1MM6A 3KBRA 2ZNTA 1US5A 4IO7A 5JEIA 3K02A 5EYFA 4R2BA 2R6GE 2HEUA 4OQOA 4KCDA 3I6VA 3K6WA 1QUJA 2NVUB 5H8QA 3PU5A 5I57B 4RNSA 4UACA 1HSLA 4IB2A 3RQTA 4ISUA 4NWCA 3Q29A 1QUKA 5KCJA 4X48A 4G77A 1IXIA 2I3WA 4OWDA 3SEVA 3OO8A 4R6HA 2G29A 4ELQA 1B05A 5H8HA 3VLUA 2O7UA 1LAXA 3H4ZA 2OWSA 2PX1A 2F7AA 4OESA 1OQHA 3OENA 4F1YA 1MXUA 3FXUA 4E0WA 2I0BA 4BDRA 3DELB 1J1NA 4EXKA 1H44A 1Y3NA 1R1NA 4RPNA 2CZLA 1LFIA 2VD2A 3ZKLA 1D4NA 1ZJLA 3MW0A 4H6DA 3FATA 3CIJA 2RC8A 3BFTA 5L9SA 1JEUA 4MFIA 2Y84A 3O29A 1HSEA 3GBBA 1WVJA 1SI1A 3FXQA 3OELA 4R9FA 4BDNA 4GOTA 4GL0A 3UN6A 5ITOA 1UIVA 2A5SA 1Y3PA 3LUYA 2Q88A 4XKRA 2HAVA 1XC1A 4O3BA 4U4SA 1FQAA 5I84A 3VLWA 3VFJA 3CVGA 1BIYA 2O1LA 3OMBA 4ZEIA 2Q2AA 1QW0A 3VE1B 5BUUA 2DWHA 1D9YA 2THIA 2QS4A 1KWHA 4JWXA 3CSBA 1B3EA 3VDFA 3R6UA 4X1DA 2Q8JA 4DDDA 1URGA 1B0HA 5CBRA 4QFPA 3KGCA 4OEVA 4LZ7A 4F19A 3OOAA 4QFNA 4LUBA 4LQ2A 4YMBA 2AYSA 3G3GA 3OO6A 3TZAA 1B0LA 3KN8A 1FW0A 4YB6A 2F5XA 3RUMA 5DEXB 4YKJA 2XXQA 1UTHB 4BDMA 3CG3A 2DYXA 5DVIA 3O28A 4YB7A 3LSXA 1M5EA 3V83A 4EQBA 4F1UA 3H6VA 1SVXB 3IX1A 4EXLA 3IJOB 1NKXA 5AA2A 4JSDA 4QFOA 1MDP1 2O69A 4IO6A 2FYIA 3S9EA 2AL5A 3DP4A 4PFUA 2AIXA 4G2ZA 4RY1A 4IO2A 3PD8A 3S9LC 1OMPA 1RKMA 1B3GA 2FNCA 3A3UA 1SQYA 2HAUA 1SBPA 3QXMA 1LAFE 4NEDA 3QSLA 2O84X 1ANFA 2UYFA 3HO7A 4H8JA 1XVXA 1PB8A 3C32A 1DPPA 2E0SA 4H5GA 3SEWA 2CMOA 3E3KA 3B7DA 1LLSA 5FTIA 3UORA 4RYAA 1S50A 3WAFA 3RN8A 3UIFA 3TAJA 2A5TB 4FORA 3S9NC 3UA8A 2RCAA 3H7MA 4EF1A 3N6UA 3H6TA 1MXYA 3VVDA 3TELA 3R26A 2ZYNA 3TCFA 1YTVA 1Q1KA 1XOCA 3N94A 4H0WA 5LOMA 4R72A 1DTZA 4F2OA 3SETA 4Z7EA 1B7HA 2P0SA 3FASA 1YPNA 4NF8A 4YICA 3T9HB 4G8NA 4YZZA 1FTKA 5KDTB 2DQVA 5IAIA 1Y4CA 3PPNA 4IO5A 5CI5A 2DVZA 3T9UA 3MC2A 4F31B 2X7PA 1I6AA 4Q0CA 2XX9A 1UTBB 3IB2A 4ZEKA 3PGFA 4NTLA 1Y1MA 4LQ5A 3CR9A 3QK6A 3EQ1A 2ZYKA 3TDJA 2H4IA 4R75A 2XXWA 1B3LA 1P1WA 4GRKA 4QFKA 3FV1A 2NUVA 1NNPA 1XVYA 3FXRA 1B51A 1BTJA 3EHTA 2DE3A 1PB9A 2F78A 1GR2A 3MVZA 3KN3A 4JXIA 4BDOA 2DE4A 2NOOA 2PVUA 1IIWA 4KFQA 3TYHA 1LFGA 1MM7A 2XXHA 1MY0A 5A5XB 1POY1 4EF2A 4IY6A 1TXFA 3UK4A 1JNFA 3O6HA 3V5AA 4QHQA 3IK6B 3PUXE 4YB5A 3D4GA 3GXAA 3HCQA 4F3BA 3IOTA 4NWDA 2ZNUA 3RNNA 3A3CA 3IO4A 1B6HA 1A8EA 3Q25A 5CMBA 1OLAA 4ZE9A 3VVEA 4NE4A 4GXAA 2V3QA 4P0GA 4KHZE 3RTFB 3HN0A 4I8CA 3PMWA 5DYHA 1DOTA 2OK2A 4OFLA 1B4ZA 1NH7A 3RTWB 3VXCA 4RPOA 3G3FA 1H43A 4F3PA 3ILTB 1MH3A 1Q35A 2PBWA 1EZ9A 1B3FA 5L8DA 3PUZE 5I56B 3MVXA 1NMUA 5HPQA 2B65A 2ZXTA 4OERA 3E13X 2OCUA 4BDQA 3TTRA 3EF7A 4TLMB 2QS2A 4FE8A 3H06B 3E4RA 2QS3A 4DE8A 3ZS6A 3TCGA 1FTOA 1NH8A 4DLDA 5L9OA 2QS1A 3RLFE 3WAEA 2Y7PA 2V25A 3W9VA 1YCJA 5F1QA 4E0XA 4JWOA 1SD3A 1A7LA 2LAOA 4EDPA 2Y7WA 1MQHA 3L6HA 2Y7IA 1CE2A 3ECRA 5DEXA 4G4PA 4AB6A 2DXYA 3G3HA 1M5CA 2R71A 2DWIA 1XT8A 2DXRA 2F7CA 3N5LA 1M5BA 4IGTA 3TTLA 1MPCA 3KN7A 2O51A 3SEYA 1N84A 3KJTA 5ISUA 2RKMA 4MH5A 3SERA 3RT6B 3PMXA 3E9XA 1EZOA 1GTKA 5IKBA 2QRYA 5AA4B 4LP2B 4N13A 4ECFA 5AA2D 1F9BA 3IL1B 4X9TA 3FZVA 4JBZA 2V84A 3KSJA 1AOVA 3C35A 1SYIA 3KZGA 3MVYA 3PPOA 3DP8A 3MBPA 1BLFA 4U21A 4AQ4A 3MAMA 2PMSA 4U1ZA 1A54A 5CBSA 1O7TA 3IAZA 1GVCA 1IZ1A 2Q9TA 4NF4B 4ND9A 5JTYB 2Z23A 5B7DA 3CSGA 4DZ1A 3JYRA 4MF3A 5CMCA 4FIMA 1ZBMA 3MZ1A 4GXSB 4O3CA 1USYH 1S7YA 3G3IA 4NF5A 4PFTA 1DPEA 1N04A 3DLNA 2DP8A 5HBCA 2VP1A 1H45A 2I48A 1MS7A 2XXIA 1XS5A 2F97A 2X7QA 3HHFA 3MQ9A 5CMMA 1B4HA 4FJPA 1MXZA 2WKYA 2V93A 5CRYA 2ZNSA 5JK4A 1R6ZA 3K1NA 3ODBA 2IEEA 4PQJA 3PD9A 2F6GA 2PT1A 4PFWA 2QSXA 3THIA 1LGBC 3PPRA 5CM6A 2UVJA 4K3FA 1EZPA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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