3C9HA

Crystal structure of the substrate binding protein of the abc transporter from agrobacterium tumefaciens
Total Genus 117
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
117
sequence length
339
structure length
334
Chain Sequence
PALAQVAVFPALSGQTLVVYSSLDEPLATPMIEGFQKANPDIAVHYEDMLTGEIYDRIVKETDAGKKTADFAFSSAMDLQVKLSNDGYAQRSDLAMSARWPAWANWRNTAYALTFEPAVFVYHKPSFTTEKPPATRAEFVDYLERHAKEVHGRIATYDIERGVGFLFMSRDQEQFGDIWSVIKAMGAAGVKVYSTSSAILERVSDGRFVLGYNILGSYAADWASRHPDVGIVLPKDYTVVMSRIGLVPEAAANPELGRRYLEFFMSKEGQTIMARQLQIPAVSPEVAGENTANTMQAIHGAQLRPVPVSPGLMVYLDQVKRSRLIERWNEALRS
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title The crystal structure of the substrate binding protein of the ABC transporter from Agrobacterium tumefaciens.
rcsb
molecule tags Transport protein
source organism Agrobacterium tumefaciens str.
molecule keywords ABC transporter, substrate binding protein
total genus 117
structure length 334
sequence length 339
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2008-02-15

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF13416 SBP_bac_8 Bacterial extracellular solute-binding protein
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3c9hA02
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3c9hA01
3R26A 3M3KA 1B6HA 4RK2A 4GWOA 5B70A 3A3CA 3V89B 3U92A 2OLBA 4U4XA 4POWA 4NWCA 3PGFA 1ZTYA 1QW0A 4LZ7A 2DWHA 4U23A 4DCYA 3VXBA 4DXBA 3O6IA 3QAXA 1URGA 4ZE9A 4IO6A 2I4CA 3UK4A 1P1QA 5CMCA 3V83A 1II5A 2AYSA 5J1DA 2Y7PA 3OEKA 4OMBA 3KN7A 2V3TA 3LC8A 2F7AA 4MLVA 3SKPA 4LUBA 1YTVA 3TFLA 1XVYA 2PVUA 4EF1A 3PUXE 5B7DA 3B6TA 3L6GA 1MQJA 3PPNA 4LVQA 3MVWA 4R6KA 3G3HA 4R6YA 3CFLA 3KFMA 2O1MA 3HCQA 4G2ZA 3KJ7A 1PB7A 1LAHE 4NTLA 1I6QA 3SETA 4KR5A 3DP6A 5TU0A 5DVFA 3W9VA 1N84A 3KN8A 3S9LC 3ECRA 2B3BA 1B7UA 2P2AA 1POTA 3CR9A 2GFEA 3MC2A 4F3BA 1SYHA 1IQ7A 5AE4A 3EHUA 1OMPA 5ISUA 5FHNA 1B1HA 3HV1A 3FV2A 1KWHA 4ZEBA 4BDMA 1B5HA 4O3AA 2HZLA 3A3UA 3E9XA 4H5FA 4NF4A 5I84A 3VVFA 1EU8A 3QSLA 1TFAA 3SEWA 4ESWA 1CE2A 1QUIA 3TELA 4NMYA 3FATA 1TT1A 4BDLA 3JV9A 3VLVA 2ZYMA 2XX8A 4GIZA 1IXIA 1EZPA 4QFPA 2F34A 3BFTA 1DSNA 1FTOA 3HO7A 2VD3A 1Z7NE 4KYEA 2QSXA 3TTNA 4I8CA 3FXRA 3Q28A 3RNNA 1VFDA 5AA3A 1FTJA 3HHGA 4GL0A 1USYH 4NF5A 3E4RA 3RGYA 2NWJA 3QYTA 1TWYA 4DXUA 4YKPA 3O28A 4RNSA 1B3EA 1NMUA 3N94A 1LAGE 1JW5A 2F97A 4OVJA 4XKPA 3SEUA 2ZYKA 3TTLA 2D21A 3MAMA 3UP9A 3EN3A 3QUFA 2KLFA 3TPAA 2RKMA 2PT1A 2VHAA 5IAIA 3H03A 3FJGA 4JDFA 3H6VA 1B4ZA 4QHQA 3BBRA 1QVSA 3T66A 3TYHA 3LSXA 3FV1A 2F8DA 2ZXTA 2RC9A 1OQGA 1YAEA 2O69A 2O7UA 3OELA 1XT8A 1MQDA 4E0WA 5I59A 1H76A 2Y7RA 1FQFA 1ELJA 3FJMA 3IO4A 3TTKA 1I6AA 4OEUA 5CMKA 4Q8RA 1N04A 3TODA 2F6GA 4PP0A 1MPBA 3USDA 4OFLA 1GGGA 3MVYA 3K4UA 3W9WA 3O2AA 2F6PA 1MQIA 5A5XA 5ICTA 4G4PA 1QKBA 1LSTA 4LONB 1EZ9A 1YCJA 1FTMA 3Q26A 1M5BA 4R73A 1OQHA 4ELRA 2PYYA 3GZGA 2AL5A 4LZ8A 4EXLA 4QFKA 1IZ1A 1H43A 1LFGA 1RKMA 5A5XB 5TP9A 1A8EA 2NOOA 2B3FA 1AIVA 4F1YA 2XXPA 4Z7EA 1ZJLA 4ZECA 3QXMA 5H8HB 4YKKA 3ILTB 1EZOA 5K2XA 2D5WA 3KJTA 1FTKA 4YAHX 3OEMA 3B6WA 1MDP1 5TP9B 4H8JA 2FNCA 3VFJA 3JZJA 1B7HA 2DXYA 1NL5A 5L9SA 2ALUA 3B6QA 4KHZE 3S2VA 5FHOA 4C1UA 3ILUB 1PEBA 4OESA 1S7YA 1FCKA 3MWBA 4O3CA 3VE1B 1URDA 4ELOA 4PE5B 2IEEA 2RC7A 4FEDA 2DWIA 3TMGA 3S4UA 1AH5A 4F3GA 2Q2AA 2H25A 3FD3A 4YU0A 2UVGA 1SI1A 2DOJA 3S9MC 4RXLA 1IITA 4U21A 3D4CA 2I48A 4IO7A 4U1ZA 4O3BA 2I0BA 4X48A 3DELB 4JSDA 4WEDA 4XKRA 5CMMA 1FQCA 1OVBA 2R9JA 4ELQA 2RCAA 1D9YA 4IY6A 3ZS6A 2RF1A 4Z0IA 5HPQA 1JNFA 1A7LA 3PUWE 2R71A 4MFIA 3PUYE 4JXIA 3PUZE 4F3SA 2OK2A 2DQVA 3PUVE 4R9FA 1B1XA 1B52A 1F9BA 5ELVA 4P0GA 1P1OA 4XKNA 4NF6A 2DWJA 2XD3A 2X7QA 4LA9A 2WKYA 3PMVA 4R6HA 2H99A 2O84X 3RT6B 3TDJA 1PBQA 1Y1ZA 3RTWB 3WAEA 1QUJA 1A40A 2ZMBA 1N0TA 1BLFA 1MXXA 2I4BA 1Y4TA 1MRPA 4F3PA 4GRKA 2QS1A 1R1NA 3F11A 4NF6B 4KYSA 4R2FA 3MPLA 4QFLA 5CI5A 1NNTA 1POY1 4PETA 3HHFA 1FW0A 5AA2B 1ATGA 4C1TA 4F2QA 3SERA 4ESXA 3K1NA 2IA4A 4R9GA 2HQ0A 3MZ9A 1OLCA 2V84A 3KSJA 1JW1A 2V3QA 1LFHA 1D4NA 5BWJA 3Q25A 4KQPA 1MH3A 1UIVA 5L8DA 3TQWA 1D9VA 1MPCA 1A55A 4NE4A 4OZ9A 4H5GA 1A99A 2V25A 2M8CA 1US5A 3IJOB 4YB6A 4DDDA 1MM6A 2PT2A 3QUJA 1N76A 3FVNA 3C32A 4IO4A 4IGRA 1EH3A 3GLBA 3FVGA 3O6HA 5DVIA 4F39A 4H67A 2HEUA 1Z7ME 3PD9A 3GBAA 1B3FA 2QL3A 1B3LA 2OZZA 5ITOA 3CSGA 3QK6A 2XXHA 3GBBA 3PMWA 5I2NA 4GD5A 2H9BA 2W7YA 4HW8A 4R75A 3OO7A 3IOUA 4FORA 2RC8A 1XOCA 1B46A 1VR5A 4GL8A 4QSDA 2VGQA 5ICQA 5BUUA 2DVCA 3IB2A 3K1PA 5I58A 4ISUA 5CM6A 3FVOA 5I2NB 3I3VA 1B5IA 1I6BA 3LSWA 1MH4A 2REGA 1SW1A 3G3KA 3LR1A 4NF8B 3UIFA 1B51A 3RT8A 1O63A 5I58B 3PPQA 4C0RA 5JK4A 3MP1A 5DT6A 2HFBA 4PQJA 3IB0A 2XXQA 2XXIA 3CRBA 1BTJA 4G8NA 4HCWA 4KI0E 4WEPA 4I1DA 5EYFA 4ZDMA 4E0XA 2UXAA 4N13A 3T9HB 4X1BA 2XXVA 3U72A 1Q1KA 3WAFA 4RY1A 2PMSA 3OMBA 4Q0CA 2HCAA 3HN0A 3T22A 2Z8DA 2G93A 3W15C 1XVXA 3SESA 1PDAA 2DP8A 2RCBA 2HAUA 3KZGA 5IKBA 2O1LA 4FJPA 5H8FB 4OEVA 1UIUA 1H44A 3D4GA 4M4GA 3LBSA 5TPAB 1WODA 2XXXA 1T0KA 1DTGA 3S9NC 4ZEFA 4KFQA 3GXAA 5FTHA 4Q30B 1M5FA 4QFOA 3MP6A 2F5XA 4F18A 4HTGA 5JTYA 2Y84A 1MY1A 3MQ9A 4R2BA 1FTLA 3CVGA 2DXRA 5H8SA 4KCCA 4FECA 4LATA 1DPEA 1JVXA 1UQWA 1B4HA 3K02A 3OO8A 4RA1A 1M5CA 3PPPA 3EPEA 4N6PA 1USYE 4G68C 4POXA 1AL3A 4TLLB 1AMFA 1B05A 1R6ZA 5I56A 4DE8A 2I3WA 5JTYB 3PU5A 3Q27A 1R9LA 4H8IA 1DPPA 4H65A 4ZEKA 5L9MA 3M3FA 2YPNA 2UYEA 5H8HA 2V3UA 5DEXA 3O29A 5I56B 3IAZA 3EHTA 3V5AA 3ZKLA 2HXWA 1Y3QA 4U2RA 5KZTA 4N07A 4EDPA 4YKIA 3KEIA 1UTHA 3H3GA 3FXQA 1PB8A 4I9DA 4OENA 4OYVA 1MXUA 3UN6A 3O9PA 4WXJA 3K6VA 5DEXB 2F36A 5JEIA 1VFEA 1MXYA 5L9OA 1MG1A 4GLIA 3H7MA 3LSFB 5DTBA 1UTHB 4TQUQ 4BDNA 3KN3A 3C33A 1I69A 2CZLA 3KBRA 3FGSA 3H6UA 5AA4B 2Z8EA 4M1VA 1QULA 1WVJA 3C36A 4ELPA 4MBPA 1NKXA 4PFWA 2ZNUA 4F29A 1PB9A 1JETA 3TAJA 3T9XB 3EHSA 4RPOA 3IL1B 1GTKA 3TCHA 1JEUA 1R9QA 2QPQA 1B40A 1LB9A 1JVYA 1A54A 4OETA 3O6GA 5DYHA 4QFNA 3TTMA 4LP2B 4QSEA 3RPWA 2Z23A 4U22A 1LGBC 4LQ2A 4L17A 1DTZA 2Q9TA 1ZIUA 1PC3A 3CFZA 2O51A 4IO3A 2O68A 4JBZA 5FHMA 4ZEIA 3U93A 1NH8A 3OOAA 4G68B 3IO6A 3H06B 4G8MA 4UA8A 3TTRA 1D3KA 4G8HA 3TZAA 1NNKA 4THIA 1DMBA 1LB8A 3MP8A 3Q29A 2GRVA 3VVEA 2GH9A 2ONKE 3O97A 4GXAA 4MH5A 4GFRA 1HSEA 4EUOA 2Q89A 5FTIA 4JWYA 3O66A 2Q2CA 2XX7A 2Y7WA 5HM4B 2DE2A 3CSBA 4XTCQ 2QRYA 3VDFA 3TEPA 1B3HA 1MY0A 5AA1A 1IUDA 4U1OA 5AA2A 2XHDA 4P11A 3HPIA 3T96B 3VV5A 2I49A 2XXTA 3EF7A 3RUMA 3PPOA 3U8QA 1SYIA 3VVDA 1XHYA 2AIXA 4DXCA 3ODBA 4JB7A 4P0IA 1B9JA 1BP5A 1ZKBA 1XS5A 4PFUA 1LLSA 2OWSA 3H6TA 1US4A 3JYRA 4U4SA 5H8QA 3OENA 1N3WA 5KCJB 3H6WA 4K3FA 1XC1A 3KOSA 3R7XA 3FVKA 1QUKA 5HBCA 4EF2A 5I2KB 3KOTA 1M5DA 2D3IA 4EXKA 2ANJA 2UYFA 5ITPA 3THIA 1LAXA 4H6DA 3N5LA 1MPDA 3MPKA 1S50A 2R6GE 2Y7IA 4TLMB 4EQ9A 4XXUA 5H8QB 4NWDA 2DSFA 2YJPA 1MXWA 3K00A 4FATA 4FE8A 2E0SA 2ZNSA 4KPTA 2RINA 4IGTA 2XXWA 3I6VA 4GVOA 1MQGA 2OCUA 4ZZEA 3MZ1A 3SEVA 1LBBA 5KDTB 3G7WA 1Y3NA 4OWDA 1LFIA 2XXRA 3G3GA 4HCYA 3UORA 4F22A 2ZNTA 1JEVA 1UTBB 4JSOA 3LUYA 1DOTA 3C34A 2GHAA 5CRYA 2UVHA 1GV8A 1OLAA 3SEYA 2NUVA 3N6TA 2VP1A 4MF3A 5EHSA 4OTEA 2ABHA 3PMXA 2XD2A 2ONRA 3M8UA 4NF8A 2ZYOA 1J1NA 4RPNA 1ZBMA 1ZU0A 3FJ7A 1Q35A 4AB5A 2QS3A 1NNFA 4ZS9A 1QKAA 1SQYA 2CMOA 4IY5A 3RQTA 2NXOA 2F78A 3UGWA 2ZYNA 4GXSB 2FYIA 2F7CA 1SW2A 4UACA 4ZEDA 3TCFA 4R74A 3OO9A 1NH7A 1QJMA 1A8FA 1LCTA 2QS4A 2Z8FA 4IO2A 1SW5A 3CG3A 2I0CA 3OD7A 3T93B 1GVCA 3E3KA 3ONMA 3RY3A 1JW4A 3B7DA 4X1DA 4F19A 3IX1A 3G3FA 4FEBA 5H8FA 2THIA 4OFOA 4YICA 3U94A 3LSLA 4IB2A 3IOWA 1FQEA 1MXVA 5TPAA 4AQ4A 3ZKKA 4KYDA 4Q5TA 1H45A 3SEXA 4NF4B 2H98A 4GQOA 2B65A 2A5SA 4YKJA 2UVJA 3UA8A 4I62A 4ZZAA 1N7XA 1P1NA 3K0VA 2I3VA 1FQDA 2A5TA 4RJZA 3OXNA 1S9TA 4BLAA 1N3XA 3PV0E 2H4IA 1H3DA 1Y1MA 2NVUB 2ONSA 5CMBA 3CI8A 1B0LA 1BIYA 3K2DA 2LAOA 4OXVA 2I58A 2FA7A 4KD5A 3S9EA 3KSXA 1MY3A 1GR2A 1FQAA 4NF5B 2A5TB 4QSCA 2P1SA 4RK9A 4FAJA 3K1MA 4FIMA 2VD2A 4DZ1A 2H5YA 2V93A 3MZBA 3H4ZA 4HS7A 3IOVA 1B2HA 1PBPA 3FXUA 3DP8A 4WKMA 1Y20A 1TXFA 3VXCA 2E1SA 2YLNA 3PD8A 2Q88A 3MW0A 4YMBA 3QIMA 3M3LA 5CC2A 3VLUA 4EQ7A 2G29A 4X9TA 2BJJX 4XIGQ 2PX1A 3RN8A 1RYXA 1YPNA 1SVXB 1SI0A 5I59B 3TKDA 4OFJA 4ECFA 1MY4A 3FASA 5K2YA 4JWOA 1B0HA 1MQHA 3KG2A 3PPRA 4LZ5A 4QF9A 1P1UA 2P0SA 1M5EA 4ZE8A 5CBSA 3OSRA 4RYAA 3MVXA 4GF8A 4PFYA 2REJA 1MDQA 4YB5A 5DVJA 1SD3A 4BDOA 2I6EA 5AA4A 3IB1A 2XXYA 3MVZA 3TUSA 5H8NA 1SBPA 3CG1A 1B58A 1Y9UA 2Y7KA 1B32A 4H1XA 2XXUA 1CB6A 3K6UA 3OO6A 2ESNA 1RYOA 3N26A 2QJEA 3A09A 2GHBA 5CBRA 3EQ1A 5H8NB 2Z22A 3C31A 1MY2A 3E13X 4ONYA 2UVIA 1BKAA 1Y3PA 4R72A 3K01A 3ZSFA 1OVTA 3G3JA 1NNPA 2HZKA 2DS9A 3FIRA 1VE4A 1NFTA 2QMXA 4G68A 4AB6A 2O6AA 4G77A 1IXHA 3G3IA 3I5OA 2DVZA 4YMAA 1WDNA 5LOMA 1B5JA 4YB7A 5EHMA 1IXCA 1P1WA 3IJXB 4F2OA 3MUQA 4MLQA 2VOZA 3MBPA 1L5TA 2QS2A 3MJNA 2F35A 5I57A 4NEDA 3HSTA 4DIGA 4XKQA 2XX9A 1FQBA 2DE4A 2AL4A 3RLFE 1AOVA 2X26A 3DLNA 4LQ5A 2DE3A 2O7IA 3N6UA 3R6UA 1HSJA 4YZZA 1P99A 4JWXA 3DP4A 4OQOA 3P7IA 3L6HA 4IO5A 4OHNA 5I57B 4GOTA 2PBWA 2HAVA 1LCFA 1LBCA 1TFDA 1O64A 2OBGA 5F7VA 4ND9A 1B3GA 2DWAA 1IEJA 4H0WA 3IR1A 1MM7A 3C4MA 5M2VA 3IK6B 3VLWA 5KCJA 2OWTA 1HSLA 3RTFB 1MS7A 1N7WA 1SDXA 4TOZA 5I2KA 3IOTA 3C9HA 3T9UA 2QMWA 1ZLQA 1ANFA 3K6WA 3K6XA 2F7BA 4DCXA 4DLDA 1SW4A 3T9VA 4OERA 1OIBA 3BFUA 1IIWA 1VSOA 3AXFA 3V8XB 4F1UA 3DM0A 4BDRA 2X7PA 1MXZA 4BDQA 5F1QA 4QRZA 3C35A 3TQLA 1O7TA 3CFXA 1B7ZA 3TCGA 1URSA 1ZMGA 2DYXA 4PFTA 1LAFE 3BKIB 4KCDA 5KDTA 5AA2D 3CIJA 1IXGA 1Y4CA 3KGCA 3OSQA 3FUZA 4EQBA 4F31B 2OJTA 2Q8JA 1UTBA 1JQFA 3SDFA 3IORA 3FZVA 4F1VA 3U1OA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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