3CI8A

Crystal structure of the complex of c-lobe of lactoferrin with vitamin b3 (niacin) at 2.4 a resolution
Total Genus 111
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
111
sequence length
345
structure length
341
Chain Sequence
YTRVVWCAVGPEEQKKCQQWSQQSGQNVTCATASTTDDCIVLVLKGEADALNLDGGYIYTAGKCGLVPVLAENRKSSKHSSLDCVLRPTEGYLAVAVVKKANEGLTWNSLKDKKSCHTAVDRTAGWNIPMGLIVNQTGSCAFDEFFSQSCAPGADPKSRLCALCAGDDQGLDKCVPNSKEKYYGYTGAFRCLAEDVGDVAFVKNDTVWENTNGESTADWAKNLKREDFRLLCLDGTRKPVTEAQSCHLAVAPNHAVVSRSDRAAHVEQVLLHQQALFGKNGKNCPDKFCLFKSETKNLLFNDNTECLAKLGGRPTYEEYLGTEYVTAIANLKKCSLEACAF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Crystal structure of the complex of C-lobe of lactoferrin with vitamin B3 (niacin) at 2.4 A resolution
rcsb
molecule tags Metal binding protein
molecule keywords Lactotransferrin
total genus 111
structure length 341
sequence length 345
ec nomenclature ec 3.4.21.-:
pdb deposition date 2008-03-11

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00405 Transferrin Transferrin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3ci8A01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3ci8A02
5DVIA 2GFEA 5AA4B 2AIXA 5K2XA 3K4UA 3B6WA 2ESNA 1OVBA 1B32A 2OZZA 3U93A 5EYFA 4IO7A 1FTLA 3KZGA 4ISUA 4C1TA 3OEMA 4X1DA 4DCYA 1OQGA 2F34A 2NOOA 1SW2A 3FASA 5H8QB 1NNKA 5I2KB 4P0GA 4OFJA 1P1OA 4IO5A 5ICTA 1LCTA 2PX1A 4IO2A 5AA4A 3ILUB 3JV9A 1II5A 4MFIA 1B3HA 5L8DA 4NF6B 4TLLB 4X1BA 3SEYA 4GF8A 1LBCA 3KJ7A 2DVCA 4YU0A 2D3IA 2E1SA 2Y7KA 2HZLA 3KJTA 1MXWA 1JQFA 3VLWA 3O28A 5CBSA 1MXYA 5H8QA 1GTKA 5I2KA 1B3FA 4NMYA 2AYSA 1FTMA 4LUBA 3M8UA 1EH3A 2XX8A 3CG3A 3O97A 4AB5A 1H45A 3CIJA 4GD5A 1P1WA 4NF6A 1A40A 4RXLA 2F5XA 5CC2A 3TAJA 5JK4A 3IOWA 5AE4A 1USYE 2OCUA 4OHNA 4ESXA 1B46A 3N26A 3DM0A 4FIMA 4R74A 2QJEA 4ELOA 2H25A 3H4ZA 2Q2AA 4DZ1A 2I3WA 1BLFA 4XKQA 1SW4A 1B3GA 1B7ZA 4PFUA 1UIUA 2CZLA 4YKIA 3IOVA 3BFTA 1SVXB 2G29A 3R26A 5CMMA 3TFLA 3S9LC 2QRYA 1LAFE 2VHAA 3FATA 4X48A 3C9HA 4I9DA 1Y1MA 2XXIA 4Q8RA 2QPQA 4IGTA 4WKMA 3T22A 2NXOA 4RYAA 3MAMA 5J1DA 2UXAA 2FA7A 3GLBA 3EHSA 3I5OA 5ITOA 3K2DA 1QUKA 4LA9A 5I57B 4PFTA 1ZLQA 1LAXA 2VGQA 1IXCA 3OXNA 1A8FA 2BJJX 3MC2A 2AL4A 4MLQA 3ZKLA 4R2FA 4NF8B 3FXQA 1ELJA 1YTVA 1KWHA 1SW1A 4DIGA 3PUWE 2OJTA 3KGCA 2F7AA 1DTZA 4ZECA 1A55A 2NWJA 1HSLA 4QFOA 4BDRA 3IJXB 3O6HA 4NEDA 1LAGE 2Q89A 4Z7EA 4GXAA 1N04A 4YKKA 5I57A 4RPOA 3OO9A 4KHZE 1NL5A 1GV8A 4EF1A 4IGRA 2I4CA 3MPLA 4OESA 4NF8A 3DP4A 3ZS6A 4JXIA 4ESWA 1M5EA 3JZJA 1ZMGA 5K2YA 1IZ1A 2R6GE 2H9BA 4MF3A 3T9VA 1P1QA 3TEPA 1ZIUA 1B58A 2RINA 1TT1A 4RNSA 1FQDA 3VDFA 2OWSA 4YMBA 4DE8A 4H65A 2KLFA 3MBPA 2XX9A 1B40A 3MQ9A 4DXBA 3T66A 2DE4A 3ZKKA 4GL0A 1SBPA 2Z8EA 4F1YA 4NTLA 2V84A 1MH4A 3VVDA 3IO6A 3PUXE 3U72A 3N5LA 3TCGA 4C0RA 3LSFB 5JTYB 1WODA 3IL1B 4FECA 3OMBA 4KPTA 3AXFA 3FXRA 1M5BA 2Z23A 1S9TA 4F3SA 1B52A 1AMFA 2Q88A 3V8XB 3USDA 3RQTA 1M5CA 4EQ7A 4EXLA 3KFMA 3K01A 1R9LA 1BKAA 1NKXA 2G93A 3HHFA 3MZ9A 2HFBA 2A5SA 2RKMA 1A8EA 4TOZA 4KQPA 3C33A 2V3QA 3VE1B 3H6VA 3SETA 3EHTA 2XXRA 4KYDA 1T0KA 5JTYA 3IOTA 5CMKA 2RCAA 1DSNA 2HQ0A 3U1OA 2XD2A 5ICQA 3QIMA 5HPQA 4XKPA 5FHNA 1AIVA 4IO3A 1OVTA 2H5YA 4RPNA 5AA3A 3PD8A 5M2VA 1QKAA 1TFDA 4THIA 1NFTA 1OIBA 2RCBA 4EUOA 4RJZA 1M5DA 3G3JA 5CMCA 1B7HA 3RPWA 4ELPA 4XKNA 1SI1A 4F3PA 3F11A 4N07A 1MQHA 1IIWA 3RT6B 1PB8A 5L9MA 4Q5TA 4LVQA 1CE2A 4R6HA 2ZNUA 3CFLA 3UN6A 2Y84A 2ALUA 5H8HB 2H4IA 3K6WA 2RC9A 2XXPA 3QSLA 4OENA 3H06B 1N3WA 3Q29A 1B0LA 3R7XA 1H43A 4I1DA 4R6KA 4YAHX 3T9XB 3IR1A 3CG1A 3EPEA 2GRVA 3RUMA 4LONB 4QFKA 1PC3A 3N6TA 4HS7A 4Q0CA 2ZNSA 3E13X 3CRBA 3RGYA 5EHSA 3PV0E 2XXWA 1YAEA 3FJGA 2VD3A 1YCJA 3VVEA 3VVFA 5FTHA 5TU0A 3G3HA 3PUYE 3Q25A 4HW8A 5EHMA 4H1XA 3CSBA 3MVXA 4PETA 3FUZA 3FXUA 1VE4A 1VFDA 4ZS9A 1LBBA 2GHAA 4GRKA 1MM7A 5IAIA 3EHUA 3H03A 1LSTA 1MDQA 3B6QA 3OEKA 1QUJA 4FAJA 3TTKA 5AA1A 3QUJA 3MUQA 1N7XA 4WEDA 4EQBA 1GVCA 1IITA 4OQOA 4ZEFA 1XC1A 1BTJA 2DWJA 2I58A 4F31B 2ZXTA 1MG1A 3PPPA 2XXUA 1B9JA 4QSEA 1URDA 4NWCA 4L17A 2ONRA 4RK9A 3HN0A 3PMWA 3DELB 3RT8A 3LUYA 2UVIA 5DVFA 3TDJA 1I69A 5ISUA 3K0VA 1MQIA 1PDAA 2D21A 5CM6A 4OERA 3MP6A 3K1MA 3S9NC 3OENA 5KZTA 1JVXA 2XXXA 3O9PA 4LQ5A 4OETA 4R2BA 3EF7A 3H6TA 4QFNA 3T9UA 2B3FA 1Y9UA 4OYVA 2FYIA 3IB2A 3KOTA 1SYIA 3RY3A 3E4RA 4KCDA 1CB6A 2HZKA 4F18A 3PUZE 2I49A 3SEVA 2ONKE 3PPOA 4R6YA 2XXTA 3HPIA 1HSJA 4BLAA 2I6EA 4GWOA 2ABHA 3I6VA 2GH9A 4R72A 4NF4B 1FQEA 3HHGA 4R9GA 3MP8A 1N7WA 1LFGA 2F36A 3MP1A 4F29A 3OOAA 4N6PA 3MWBA 4F2QA 4BDLA 1QJMA 1MQDA 2RC7A 4JWOA 1AH5A 4QHQA 3OO6A 2V3UA 4NF5B 4PQJA 3ILTB 2Y7WA 5BUUA 1JW1A 1SYHA 2DWIA 4ND9A 4XIGQ 4NF4A 2DE2A 1LB8A 4U23A 4YB5A 2D5WA 4M1VA 2HEUA 1LAHE 1B4ZA 4M4GA 5FHOA 4F1VA 4G8HA 2XD3A 1MY4A 3O6IA 2F78A 3TMGA 4QFLA 2H99A 3KN7A 3W9VA 3RTFB 4MH5A 4GL8A 2DOJA 3FD3A 4NF5A 2F7CA 3KBRA 2O7UA 2O6AA 1PBQA 3IORA 3FV1A 2DE3A 4O3CA 4ZEKA 4EQ9A 1HSEA 1LFHA 4JWXA 3SERA 2XXQA 1O64A 1B05A 4GFRA 4Q30B 4F2OA 1Z7NE 1POTA 4XKRA 3BBRA 2O7IA 3SEXA 1MXZA 5I59B 4YZZA 2I3VA 4ZZEA 5IKBA 3IK6B 3K6VA 1JW4A 1NNFA 3A09A 2HXWA 4LZ8A 3FJMA 3G3FA 2B3BA 4QRZA 2A5TB 2F7BA 5BWJA 4JDFA 3PMXA 5H8FB 2PT2A 4YB7A 3KSXA 1ZJLA 3WAEA 2QS4A 1QW0A 4F3BA 3ZSFA 2REGA 3MPKA 3RNNA 3TTRA 1P1NA 1Y3QA 1D3KA 1A7LA 2PT1A 1AL3A 4RY1A 3TCHA 2OBGA 3FJ7A 1NNTA 3ODBA 5I59A 4KR5A 1JEUA 5HM4B 5HBCA 4OTEA 4POXA 1P1UA 4H0WA 2PVUA 3CR9A 2A5TA 3CI8A 1EZ9A 5CRYA 2F6PA 3I3VA 5H8FA 3U8QA 3PPQA 3K02A 3Q28A 3C35A 3M3LA 1XS5A 1MXVA 5F7VA 3H6WA 3L6GA 5KCJB 2P0SA 3FZVA 3MZ1A 3A3CA 4QF9A 5I84A 4P11A 3C31A 1IXGA 3VLUA 3EQ1A 4KYEA 2PMSA 3PUVE 3LBSA 3GBBA 4AB6A 2LAOA 5DVJA 5TP9B 5DEXB 1Z7ME 3IB1A 1UTHB 1N3XA 1VFEA 3QYTA 1PB7A 1ZU0A 2QS1A 5KDTB 3K6XA 4WXJA 4ONYA 3UK4A 1DPPA 5I58B 5KCJA 1H44A 1FCKA 1R1NA 2O1MA 2P2AA 2Q2CA 4LZ5A 4GIZA 3VXCA 2DWHA 4LZ7A 1F9BA 3P7IA 3ONMA 3TELA 4QSCA 1PBPA 5I2NB 5H8SA 4HCWA 1B5IA 3GXAA 1MY0A 1B1XA 1LCFA 2THIA 2XXYA 4BDNA 4G4PA 1Q35A 5TP9A 2PBWA 3D4GA 3HO7A 5DEXA 3IAZA 4G68B 1UTHA 5KDTA 1QKBA 1EZOA 3O66A 3HCQA 4U2RA 5I58A 2ZMBA 2DXYA 4KYSA 3RLFE 4DCXA 2DP8A 4BDOA 3PD9A 2DYXA 2ZYOA 1IXIA 1N84A 1LFIA 2HCAA 5I2NA 3MW0A 1Y1ZA 1B1HA 5CMBA 4HTGA 2O84X 1B51A 2R71A 3H3GA 2RC8A 5B70A 1IEJA 4G68A 1LLSA 4PP0A 1TWYA 3JYRA 4DXUA 3Q26A 1QUIA 2DQVA 2QSXA 3V5AA 4UA8A 1FQBA 3K1NA 3BKIB 1OQHA 4IY5A 3K6UA 4IO6A 3Q27A 2I0CA 2V3TA 4AQ4A 2PYYA 4R9FA 3S2VA 5L9SA 4JBZA 5TPAA 3FVOA 1JW5A 1MS7A 4H67A 4GXSB 2XHDA 4G2ZA 3H7MA 5B7DA 3LC8A 3C34A 1S7YA 3KN8A 3W9WA 1MY3A 1ATGA 4GQOA 1OMPA 4MLVA 1H3DA 5ELVA 4OMBA 1N0TA 2DXRA 1B3EA 1URGA 2UVGA 2F97A 4OFOA 4HCYA 3KEIA 4EF2A 4LQ2A 3THIA 1R6ZA 2Z22A 2IA4A 1MPCA 3CFXA 2GHBA 3OSRA 3SEUA 2O69A 4OVJA 5CI5A 1DTGA 4DLDA 4YKJA 3O2AA 2B65A 3TKDA 3KSJA 4GVOA 2ZYNA 1DOTA 1UTBB 2X7QA 3N6UA 3OSQA 4DDDA 4O3BA 4R73A 3UP9A 3V83A 3LSXA 1RKMA 3W15C 4U22A 3TTNA 4IO4A 3PU5A 1US4A 4WEPA 3TQWA 2O1LA 3PPRA 1B0HA 3SESA 1B6HA 4R75A 4OFLA 3BFUA 3TTLA 4LP2B 5I56B 3L6HA 4Z0IA 4H6DA 1ANFA 3SKPA 1UTBA 2F8DA 5DT6A 5L9OA 1JETA 4TQUQ 2Z8DA 3TPAA 1MXXA 3U92A 1R9QA 2ANJA 4H8IA 4ZEDA 3TZAA 2Q9TA 1JNFA 1MDP1 3DLNA 3CFZA 3UGWA 3RTWB 2REJA 4K3FA 4KD5A 2Y7PA 1WDNA 2OLBA 5ITPA 4UACA 4O3AA 4FORA 1USYH 4H8JA 5I56A 1FQAA 1VR5A 1TXFA 1EZPA 1H76A 2RF1A 1US5A 1O63A 2P1SA 2YLNA 4X9TA 2Q8JA 1PB9A 3S9MC 1DPEA 1D4NA 3OO7A 3FV2A 2W7YA 1OLAA 3K1PA 4ZDMA 4H5FA 1ZTYA 2WKYA 4E0WA 3IO4A 1M5FA 1QVSA 1SDXA 4F22A 3LSLA 3RN8A 2FNCA 5AA2B 3QAXA 1URSA 3PGFA 1Y4CA 2X7PA 1L5TA 3OD7A 4F3GA 1N76A 2VD2A 2UYEA 2OWTA 1IQ7A 4ZZAA 1LB9A 2UVHA 3N94A 3U94A 1S50A 3TQLA 4GLIA 3TTMA 5A5XB 2UYFA 1DMBA 3S9EA 5CBRA 4U21A 4OEUA 3OO8A 4U4XA 2I4BA 1I6AA 4BDMA 3LSWA 5AA2A 3HV1A 2HAUA 1MQGA 3QK6A 3IX1A 3WAFA 2E0SA 2OK2A 1ZBMA 3TODA 3CVGA 1QULA 1MXUA 3PPNA 4OXVA 5DYHA 4H5GA 3FIRA 5A5XA 1B3LA 3C36A 4FJPA 3MZBA 2XXHA 3G3KA 1SW5A 4JSDA 1MQJA 1GGGA 4ECFA 1TFAA 1D9VA 2QMXA 1FW0A 3VLVA 4F1UA 5DTBA 4EXKA 1SD3A 3KOSA 1MM6A 3T93B 4IB2A 3UORA 1LGBC 2X26A 4PE5B 1XHYA 4I8CA 4MBPA 3T96B 1JVYA 1Y3PA 4QFPA 2V93A 1Y20A 4F19A 1D9YA 4KCCA 4YKPA 2VOZA 1SI0A 3HSTA 1BP5A 4LATA 3TCFA 1FQFA 3TUSA 3KG2A 2H98A 4G8NA 1NNPA 4IY6A 4PFYA 1SQYA 1XVYA 1XVXA 2ZNTA 2QS3A 1UQWA 4FE8A 4OZ9A 4P0IA 3G3IA 1MRPA 4JSOA 2VP1A 1O7TA 1JEVA 5AA2D 4ZE8A 3MJNA 3D4CA 2IEEA 2Y7RA 3DP8A 3O29A 4N13A 1ZKBA 2Z8FA 1Q1KA 4G8MA 1NH7A 4TLMB 4ZE9A 3M3FA 4PFWA 1I6QA 5LOMA 4ZEBA 4JWYA 4E0XA 3O6GA 2V25A 3C4MA 4OWDA 3TYHA 4FEDA 2O68A 1IUDA 3UIFA 3C32A 2YPNA 2DSFA 2F6GA 3SEWA 4KFQA 4U1OA 3H6UA 3T9HB 4ZEIA 2Y7IA 4G77A 3E9XA 2AL5A 3V89B 3B7DA 1NMUA 2XXVA 1I6BA 1A99A 4U4SA 2QS2A 4G68C 2QL3A 4BDQA 4ELRA 4C1UA 1FTKA 2I0BA 1GR2A 3SDFA 3G3GA 4YMAA 1WVJA 3R6UA 4GOTA 1B7UA 1Y4TA 1EU8A 1MPDA 4FEBA 3FVGA 4NWDA 1NH8A 5JEIA 2NVUB 5FHMA 4YB6A 5TPAB 3MVZA 1B5HA 1UIVA 4DXCA 3IB0A 2YJPA 1B5JA 3M3KA 1B2HA 1FQCA 3B6TA 3CSGA 3EN3A 1P99A 5H8NB 1BIYA 3E3KA 3GBAA 4RK2A 4QSDA 2ZYKA 4YICA 4U1ZA 1RYOA 1XT8A 3VV5A 3ECRA 3MVYA 4ELQA 1MPBA 3FGSA 2DS9A 3MVWA 1RYXA 2O51A 3FVKA 3S4UA 2R9JA 1YPNA 1IXHA 4KI0E 3UA8A 3LR1A 1AOVA 1Y3NA 1PEBA 5FTIA 1A54A 2ZYMA 4NE4A 4I62A 5F1QA 2DVZA 3G7WA 5H8NA 3GZGA 3DP6A 3IJOB 4JB7A 4XXUA 2QMWA 4EDPA 3VXBA 3VFJA 3IOUA 1FTJA 2ONSA 2HAVA 4POWA 1B4HA 1XOCA 1VSOA 3QUFA 3PMVA 1MY1A 2DWAA 5H8HA 3KN3A 1OLCA 1MY2A 4XTCQ 4RA1A 1FTOA 2I48A 4FATA 2NUVA 1POY1 1J1NA 2UVJA 2XX7A 2CMOA 4F39A 3QXMA 3FVNA 4OEVA 2M8CA 3A3UA 3OELA 3K00A 2F35A 1MH3A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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