3CR9A

Crystal structure of the complex of lactoferrin with 6-(hydroxymethyl)oxane-2,3,4,5-tetrol at 3.49 a resolution
Total Genus 204
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
204
sequence length
689
structure length
689
Chain Sequence
APRKSVRWCTISPAEAAKCAKFQRNMKKVRGPSVSCIRKTSSFECIQAIAANKADAVTLDGGLVYEAGLHPYKLRPVAAEVYQTRGKPQTRYYAVAVVKKGSGFQLNQLQGVKSCHTGLGRSAGWNIPIGTLRPYLNWTGPPEPLQKAVANFFSASCVPCADGKQYPNLCRLCAGTEADKCACSSQEPYFGYSGAFKCLENGAGDVAFVKDSTVFENLPDEAERDKYELLCPDNTRKPVDAFKECHLARVPSHAVVARSVDGREDLIWKLLHRAQEEFGRNKSSAFQLFGSTPGEQDLLFKDSALGFVRIPSQIDSGLYLGANYLTATQNLRETAAEVAARRERVVWCAVGPEEERKCKQWSDVSNRKVACASASTTEECIALVLKGEADALNLDGGFIYVAGKCGLVPVLAENQKSQNSNAPDCVHRPPEGYLAVAVVRKSDADLTWNSLSGKKSCHTGVGRTAAWNIPMGLLFNQTGSCKFDKFFSQSCAPGADPQSSLCALCVGNNENENKCMPNSEERYYGYTGAFRCLAEKAGDVAFVKDVTVLQNTDGKNSEPWAKDLKQEDFELLCLDGTRKPVAEAESCHLARAPNHAVVSQSDRAQHLKKVLFLQQDQFGGNGPDCPGKFCLFKSETKNLLFNDNTECLAELQGKTTYEQYLGSEYVTSITNLRRCSSSPLLEACAFLRA
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Crystal structure of the complex of Lactoferrin with 6-(Hydroxymethyl)oxane-2,3,4,5-tetrol at 3.49 A resolution
rcsb
molecule tags Antibiotic
molecule keywords Lactotransferrin
total genus 204
structure length 689
sequence length 689
ec nomenclature ec 3.4.21.-:
pdb deposition date 2008-04-05

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00405 Transferrin Transferrin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3cr9A02
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3cr9A04
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3cr9A01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3cr9A03
2XXUA 4G8MA 3S9NC 2HQ0A 4AB6A 4ZECA 4U4XA 4ZEFA 3O6GA 3OO9A 2DYXA 2UVGA 3CR9A 1OIBA 4OFOA 5I56B 4GL0A 1J1NA 4GF8A 3CFXA 4K3FA 1VR5A 2DWHA 1FTMA 5TU0A 1N76A 1QKAA 2NOOA 5HBCA 5KCJA 4R6KA 2F7CA 5I2KA 4N13A 3D4GA 5CBSA 2I3VA 2P1SA 4EF1A 5I57B 3SDFA 4Q8RA 3V8XB 4POWA 2Q9TA 5AA1A 1ZMGA 1S50A 1UIUA 1IIWA 2R6GE 1LAFE 4ISUA 2Q2CA 5I58B 4YAHX 5FTIA 5CMKA 1MY4A 1TFDA 4F39A 1SYIA 3FD3A 1B4ZA 4ZEKA 4F2OA 1B51A 1USYE 4IO6A 3TTMA 3RQTA 1BTJA 3MAMA 3Q27A 4HS7A 2PVUA 2H99A 2Z23A 3IB1A 5ICTA 4LZ7A 3RPWA 5AA3A 2DS9A 3FXUA 1USYH 3EN3A 3OO8A 1A54A 2Q89A 4F3SA 1MXXA 2PX1A 1GTKA 2I0CA 1LSTA 4GOTA 3MJNA 4PQJA 3WAEA 1XS5A 4RXLA 3PGFA 4RK9A 3UIFA 1ELJA 4ESWA 4ELQA 1P1OA 3KFMA 4IGTA 2GRVA 4H5FA 1LAGE 4YU0A 4OENA 4GXAA 4R2BA 2UYEA 4JWXA 4OESA 4F2QA 3C36A 4X1DA 5H8HA 4JBZA 2ZYKA 5FHOA 1YTVA 2AYSA 5AA4A 5CC2A 3B6WA 1HSJA 3C34A 4NMYA 3BFTA 3FIRA 5H8QB 1TXFA 1ZU0A 1BLFA 1NNKA 1B3HA 1MS7A 4KR5A 2NXOA 2ONSA 2XHDA 1IEJA 3HHGA 5B70A 1IUDA 3PU5A 3FVOA 1B4HA 4EXKA 1B3FA 3N94A 4IGRA 5I2NA 3EF7A 2UXAA 3JZJA 1PB8A 1PDAA 3MWBA 2DOJA 3PPNA 2HEUA 3FXRA 3FXQA 4U2RA 4GWOA 4LONB 3HO7A 2QS1A 3O29A 4QFPA 1IQ7A 3OO7A 1M5FA 1FTOA 2ALUA 2QMXA 3IJOB 2XX9A 3TAJA 3CSBA 4F3PA 1URDA 3T9XB 2UYFA 3FVNA 4NF8A 4BDOA 3O2AA 5AA2D 2V25A 4OWDA 4F1UA 3LSLA 1ATGA 3MP8A 3A3CA 3TQWA 4ZZAA 2D5WA 3KJ7A 1DOTA 3CG1A 1OVTA 1JQFA 2QS3A 4FJPA 3TELA 3THIA 4OEUA 2I6EA 1R9QA 5AA2A 2NWJA 4M1VA 2E0SA 4WEDA 4RA1A 4QFNA 3HCQA 5BUUA 4MLVA 3K1PA 3MC2A 2Y7KA 4O3AA 1MQJA 3SEXA 4DLDA 1TT1A 1IITA 1US5A 2HAUA 3HV1A 2B65A 2VHAA 4H8JA 4OYVA 3S2VA 3ILTB 3N6TA 5DEXB 4R72A 4TQUQ 4AQ4A 4LUBA 3CG3A 1CB6A 1MG1A 4IO7A 5FTHA 3G7WA 1Z7NE 5I59A 1H45A 4DXCA 2F5XA 4R6YA 1D9VA 1MQHA 3FJGA 5I58A 1PB9A 2Y7WA 1MRPA 3RUMA 1H3DA 4P11A 4QSCA 2DWAA 5EHSA 2F8DA 2GH9A 4YB6A 2DVZA 4NTLA 3KSXA 4MBPA 3GZGA 1L5TA 3E3KA 2ZNUA 1SW1A 5ELVA 3H03A 1POTA 3G3GA 2ONKE 1B0HA 1M5EA 4KFQA 5K2XA 1YCJA 4GRKA 3GXAA 3T9UA 3IX1A 4OXVA 2I48A 3MZ9A 5IAIA 3K6WA 3C32A 3QUJA 3SKPA 3O28A 3MPLA 2Y84A 2F7BA 3KSJA 1POY1 2A5TB 2LAOA 1Y4CA 5FHMA 3BBRA 4QHQA 4EUOA 1PEBA 1NMUA 2G29A 3MPKA 4NWCA 3KN8A 1EZPA 2V84A 4N07A 4OFLA 4ECFA 1LGBC 2UVIA 1D3KA 4H6DA 4F29A 2VGQA 2Z8FA 4RJZA 5EHMA 1LB9A 2D21A 1VFDA 1PBQA 2OJTA 1D9YA 1P99A 3VFJA 2O6AA 1SI1A 3VDFA 1SD3A 4NE4A 4MFIA 3V89B 1JVXA 3FV2A 2I0BA 4YICA 3BFUA 2O51A 1I69A 2ONRA 4FORA 3IJXB 5ITOA 2HZLA 5A5XB 1AL3A 3CVGA 3HN0A 3K0VA 2IA4A 1LFIA 1SYHA 3IL1B 3BKIB 1LB8A 1GR2A 2OZZA 1QUKA 1P1WA 4G68B 4WEPA 3K02A 2F6GA 2PYYA 3H6TA 1JNFA 2V3QA 3I3VA 1MXZA 4MLQA 4NF4B 1US4A 1URSA 4XIGQ 4RPOA 2GHAA 3S9MC 2FA7A 3K00A 1N84A 2UVJA 2B3FA 3B6QA 3K1MA 2UVHA 4ZZEA 2ZXTA 3M3FA 3LBSA 1I6QA 1BKAA 2HAVA 1BP5A 1NH8A 1B3EA 4U21A 2YJPA 1FQEA 4KQPA 4DDDA 2RKMA 1MPCA 4LZ8A 2I4CA 3E4RA 2O1LA 1JW1A 1MXWA 3FV1A 4RYAA 1VFEA 3HPIA 3R7XA 3H6WA 4OZ9A 4N6PA 4G77A 3MZBA 3H7MA 2F35A 4RK2A 1P1QA 1Y3QA 4MF3A 4U1ZA 4PETA 2QRYA 2I49A 4G4PA 5AE4A 4TLLB 3T96B 1NFTA 3TZAA 1SDXA 2RINA 3U93A 3K01A 3KG2A 2W7YA 4DCXA 3U92A 3VVEA 4U23A 3UP9A 1F9BA 4KCDA 1EU8A 3UORA 3KOSA 3IO4A 1NNFA 1II5A 4OEVA 2NVUB 1I6AA 3VLVA 1SVXB 3MZ1A 1GVCA 3GLBA 3KZGA 1VE4A 1LFGA 4Z7EA 3G3IA 3TFLA 4LQ2A 4OFJA 4LQ5A 3V5AA 1UTHA 3OSQA 5DTBA 3ODBA 3ZS6A 4GXSB 3MP1A 3ZKKA 4KYDA 1OQHA 2AL5A 3T9VA 3PMWA 3U8QA 5B7DA 3Q29A 1VSOA 1MPDA 3EHTA 3V83A 4G8HA 5J1DA 4ZS9A 3OOAA 1UTBB 1MY3A 3SEWA 2H9BA 2RF1A 2XXWA 4PFYA 1KWHA 1UIVA 5TPAA 2DE2A 4Z0IA 4EXLA 4DZ1A 4GD5A 4DXBA 2Y7RA 1B5IA 1DSNA 2VD3A 2F6PA 1FCKA 2XXXA 2P0SA 2O7UA 1QJMA 5CI5A 3DP4A 4F1YA 1SQYA 2ANJA 2Y7PA 4I8CA 2I3WA 3H4ZA 4F18A 1XC1A 4YB5A 4F1VA 5DT6A 3UN6A 4ZEIA 1OVBA 1B7ZA 2REJA 4JDFA 1QW0A 3DM0A 3CIJA 3C4MA 3RY3A 2DQVA 2VOZA 2R71A 4P0IA 4OQOA 2H98A 3IOVA 2O7IA 3TCHA 3OEMA 1B9JA 4QFKA 5ITPA 1A8FA 3K2DA 4ZE9A 3C33A 5H8FB 1S7YA 2G93A 4NF5A 2XXRA 4G68A 3IR1A 4OHNA 3QAXA 4DE8A 4UACA 1ZLQA 4F31B 3A09A 1FQCA 3KJTA 4L17A 3C9HA 4ELRA 3VLUA 2IEEA 3RT6B 3ZKLA 3PD8A 1QKBA 1MH4A 3TTKA 1N3XA 1JETA 5L9SA 3MBPA 1MY2A 4GVOA 5L8DA 4G8NA 2AIXA 4GIZA 4EQ9A 3HSTA 2E1SA 1XHYA 3U1OA 5L9OA 3MP6A 3O66A 1Q35A 1QVSA 4NF6B 3K6XA 4DCYA 5EYFA 1H76A 4Q0CA 2QPQA 4XKRA 4I9DA 4YMAA 1ZTYA 5JTYB 5I56A 2DWJA 5LOMA 4E0WA 3PUWE 1MQIA 3KN3A 4QFLA 3MVWA 3CFLA 3U72A 4H1XA 4PFTA 3VXCA 3UK4A 3MW0A 3RNNA 3N26A 4UA8A 4ELOA 3N5LA 4TOZA 3EPEA 1Y9UA 2DE4A 5I57A 3O6IA 2QSXA 3PMVA 4C1UA 4LVQA 3W9VA 2I4BA 4ELPA 1NNTA 3K1NA 1CE2A 1A40A 2RC9A 3EHSA 3SEYA 2XXVA 1P1UA 4ONYA 2PMSA 4YKIA 4EF2A 1FQDA 1OLAA 2V3UA 2M8CA 3LSWA 1N7WA 4KCCA 2O69A 2QMWA 2Q8JA 3IO6A 4JWYA 4LZ5A 2Z22A 4LA9A 5CMCA 4GFRA 1Z7ME 1IXGA 4XKQA 4ZEDA 1RKMA 2QL3A 2OLBA 1MQDA 4F22A 2HXWA 2O68A 4R75A 3TTNA 2Z8EA 3TODA 1D4NA 3RTWB 4IO3A 5KDTB 5ICQA 1TWYA 3SEUA 4DXUA 2QJEA 1JW4A 3AXFA 3B6TA 1Y3PA 1XVYA 2XX8A 1B32A 1GGGA 1LFHA 4OTEA 4ND9A 3H3GA 4Q5TA 1QULA 3G3KA 3OO6A 1UQWA 3LSFB 1B1HA 1LLSA 3DLNA 5BWJA 1MDQA 4BDNA 3DP6A 4R2FA 5FHNA 1R9LA 1N0TA 3RN8A 2XXIA 4O3BA 1B6HA 3LC8A 3QIMA 2YPNA 1MY1A 5H8QA 3H6UA 4EQBA 2FNCA 3IB2A 1LAXA 4DIGA 5H8HB 5HM4B 1LAHE 3VLWA 1NKXA 5AA4B 1O7TA 1MM7A 4XXUA 2THIA 1WDNA 1TFAA 3CI8A 3OSRA 1AIVA 4OETA 4R74A 3G3JA 1EH3A 4IO4A 2RC8A 3O97A 4KHZE 2WKYA 3TCGA 3FJ7A 3VVFA 3G3FA 1B58A 2Q88A 3IAZA 3PUXE 3MVXA 3T9HB 4XTCQ 1AMFA 2ZNTA 5I2NB 2Z8DA 3VXBA 3FASA 2HZKA 2H25A 4PFWA 3PD9A 3ZSFA 2DP8A 4AB5A 5JK4A 1DPPA 1MH3A 3PUZE 1XT8A 1IXCA 1OLCA 4FATA 4F3GA 1YAEA 4RPNA 1LCTA 4FEBA 3H06B 5H8NB 2DXRA 1B3LA 4XKPA 4KYEA 4X1BA 4H0WA 3ECRA 3PPQA 4NF8B 4P0GA 3MVZA 4NEDA 1EZOA 2PT2A 4JSDA 3OXNA 1S9TA 3S9EA 3M8UA 3VVDA 2RCAA 3USDA 4KD5A 4XKNA 3W15C 2CMOA 3HHFA 1IXHA 4R73A 3C31A 3RT8A 4JB7A 5HPQA 2B3BA 5AA2B 2VP1A 5ISUA 5DEXA 1RYXA 1URGA 4F3BA 3M3KA 3PV0E 4NWDA 5F1QA 1Y20A 2V93A 4YKPA 4PP0A 4FEDA 3FUZA 2QS2A 1Q1KA 4EDPA 1WODA 4YZZA 5CBRA 1B40A 3IOWA 1RYOA 1B2HA 2GHBA 2XXYA 4IY6A 5DVJA 4ESXA 2F36A 1YPNA 1B05A 4JSOA 3TDJA 2Q2AA 3K6VA 4I1DA 1AH5A 4RNSA 3H6VA 3JV9A 2OCUA 2H5YA 2OBGA 4X48A 2DXYA 2FYIA 1FTJA 4LATA 5I59B 3TKDA 4THIA 4U4SA 1MY0A 1HSLA 1B7UA 5F7VA 3QYTA 2F78A 3DELB 2RC7A 1ZIUA 4WXJA 3F11A 2F7AA 2XD3A 4EQ7A 1MQGA 3O6HA 2DWIA 1DPEA 2A5TA 4PE5B 3OD7A 5KDTA 3D4CA 1N7XA 5DVFA 1B7HA 1N3WA 3M3LA 4HCYA 4OERA 1AOVA 2OWTA 3Q26A 1OQGA 4U22A 4FE8A 4G2ZA 5TP9B 2I58A 2PBWA 3I6VA 2XX7A 1B52A 3MUQA 1QUJA 1NH7A 2X7PA 3GBAA 4RY1A 3VE1B 3Q25A 1A99A 2F34A 3TQLA 1SBPA 2KLFA 3T93B 1MPBA 1Y3NA 2HCAA 1PC3A 4R9GA 1DMBA 5DYHA 4H8IA 3KN7A 3P7IA 5DVIA 2PT1A 1R1NA 4BDMA 5A5XA 3KBRA 1SW5A 3R26A 2A5SA 2ZNSA 4R9FA 4G68C 1EZ9A 4ZE8A 3ONMA 1MM6A 4WKMA 3QXMA 1JEUA 2XXPA 4IY5A 2QS4A 3E9XA 1MDP1 4YMBA 2GFEA 3PPPA 3KEIA 4NF4A 2REGA 2DE3A 2OWSA 2XXTA 4BLAA 3FZVA 1T0KA 2CZLA 2ZYMA 5I84A 3MVYA 2X7QA 2DSFA 3UGWA 3MQ9A 1XOCA 2F97A 2AL4A 5H8NA 4JWOA 1M5BA 2O1MA 5K2YA 1A7LA 5H8SA 1JVYA 5CMBA 4O3CA 4LP2B 2XXQA 1B5JA 1O63A 3PPRA 3ILUB 4H5GA 2ZYOA 4QSEA 3N6UA 2VD2A 4H67A 5KZTA 3U94A 4KPTA 1N04A 3PUVE 4GLIA 2HFBA 4U1OA 3DP8A 1FW0A 3UA8A 4KI0E 5CRYA 3TEPA 1HSEA 4TLMB 1IXIA 3E13X 3KGCA 4M4GA 3CRBA 1B0LA 4I62A 3A3UA 1Y1ZA 3FATA 1O64A 1I6BA 4F19A 1LBBA 3OENA 1B3GA 1B5HA 3Q28A 1ZBMA 5CM6A 3R6UA 4HW8A 4IO2A 4BDRA 5KCJB 3CSGA 3SETA 3KOTA 3TYHA 1LBCA 5CMMA 5I2KB 5JEIA 3IOTA 3S4UA 1MXVA 1A8EA 1B46A 3IORA 1A55A 1JW5A 2P2AA 3PPOA 3O9PA 3TTLA 3IOUA 3EHUA 1DTGA 1WVJA 4FIMA 2R9JA 2D3IA 1MXUA 3OELA 3OEKA 1SW2A 2YLNA 3SESA 4H65A 3TMGA 4ZEBA 1SW4A 1PBPA 3RLFE 2BJJX 4KYSA 4BDLA 1UTHB 1XVXA 3TTRA 1ZJLA 4POXA 1UTBA 4YB7A 3TPAA 2OK2A 4C0RA 3IB0A 1ANFA 1NL5A 5TP9A 1QUIA 1R6ZA 1FQBA 1IZ1A 1H43A 3SEVA 1P1NA 4JXIA 1MXYA 4PFUA 3T22A 1GV8A 1JEVA 4C1TA 2V3TA 3G3HA 4GL8A 4FAJA 3FVGA 4X9TA 4YKKA 3QK6A 3B7DA 1LCFA 3WAFA 2ESNA 5TPAB 3L6HA 4QSDA 1M5DA 3QUFA 3S9LC 1FTLA 3C35A 4IO5A 4QF9A 3K4UA 2DVCA 2XXHA 3I5OA 4YKJA 2O84X 3PUYE 3LSXA 3LR1A 2RCBA 3RGYA 3VV5A 4FECA 1ZKBA 1B1XA 4R6HA 5H8FA 1H44A 4HCWA 4OVJA 3IK6B 3L6GA 5IKBA 4E0XA 2ZMBA 3FGSA 1FQAA 1M5CA 1NNPA 1Y4TA 1FQFA 1Y1MA 3W9WA 3K6UA 4IB2A 1DTZA 1BIYA 4MH5A 4GQOA 5M2VA 3SERA 3FJMA 3RTFB 4NF5B 1OMPA 3QSLA 2NUVA 3LUYA 3GBBA 2ABHA 2X26A 2XD2A 3CFZA 4QRZA 1FTKA 3OMBA 4QFOA 2H4IA 2ZYNA 4NF6A 5L9MA 3JYRA 3PMXA 4BDQA 3T66A 3TCFA 1PB7A 4HTGA 5JTYA 3TUSA 3FVKA 4ZDMA 3EQ1A 4OMBA 2Y7IA 1SI0A 4Q30B
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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