3DELB

The structure of ct381, the arginine binding protein from the periplasm chlamydia trachomatis
Total Genus 65
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
65
sequence length
232
structure length
232
Chain Sequence
EKFIVGTNATYPPFEFVDKRGEVVGFDIDLAREISNKLGKTLDVREFSFDALILNLKQHRIDAVITGMSITPSRLKEILMIPYYGEEIKHLVLVFKGENKHPLPLTQYRSVAVQTGTYQEAYLQSLSEVHIRSFDSTLEVLMEVMHGKSPVAVLEPSIAQVVLKDFPALSTATIDLPEDQWVLGYGIGVASDRPALALKIEAAVQEIRKEGVLAELEQKWGLNNLEHHHHHH
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Exploiting antigenic diversity for vaccine design: the Chlamydia ArtJ paradigm.
pubmed doi rcsb
molecule tags Protein binding, transport protein
source organism Chlamydia trachomatis
molecule keywords Arginine Binding Protein
total genus 65
structure length 232
sequence length 232
chains with identical sequence C, D, F
ec nomenclature
pdb deposition date 2008-06-10

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
B PF00497 SBP_bac_3 Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 3
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3delB01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3delB02
4LVQA 4XKRA 4XIGQ 1S50A 1OMPA 2ZNTA 4RXLA 3QK6A 2V3TA 1Y3QA 2XXQA 1MXYA 1FQEA 3O97A 4BLAA 2ONSA 3H6TA 2Z22A 4RY1A 3CI8A 3PMXA 5AA1A 1P1NA 3KG2A 3C35A 5DTBA 1IEJA 2V3UA 3MPLA 3U93A 1SD3A 1MY3A 3G3FA 4H67A 3KN3A 1PBQA 5F7VA 3PPOA 3MVZA 4R6YA 1ZBMA 1DTZA 5TPAA 5M2VA 1IUDA 4DXCA 4ZEDA 2DWIA 4NF4A 1VE4A 4X1DA 4G68C 1LFIA 3C4MA 3SETA 4H6DA 2DXYA 1GVCA 3QAXA 3Q25A 1IXGA 1MPBA 1YPNA 2F36A 3KBRA 2O7UA 4YMAA 1WDNA 3PPRA 3BFTA 5KZTA 3OENA 4KHZE 4ZZAA 3FJMA 3KZGA 2IA4A 2I4CA 4PQJA 4RK9A 3VVEA 5ITOA 4F2QA 3D4GA 5I2KA 4OWDA 1XOCA 4IGTA 4KFQA 1POTA 2XX7A 2THIA 1P1OA 3LBSA 1MM7A 3MWBA 2I0BA 1N3XA 2XHDA 4NE4A 5CM6A 3IAZA 1DPPA 2CMOA 4OMBA 2UYEA 3O6HA 4OVJA 3FV1A 1LGBC 4LQ2A 3U72A 3SEWA 4MH5A 3JV9A 3H06B 1DSNA 5H8QA 5JTYB 3QYTA 4E0WA 1LAXA 4U2RA 2X7QA 1SW2A 4TOZA 1QW0A 3CFLA 1US4A 1LAHE 1JNFA 3Q26A 3PPNA 2Y7WA 5CI5A 3PUZE 3DP8A 5AA2B 3SEYA 3R6UA 5I56B 3KJ7A 4QFLA 4F29A 2ZYOA 5AA4B 1FQFA 3TDJA 5KDTA 3PMVA 5A5XA 2REJA 3ILUB 3TYHA 1NNKA 3OO9A 2D5WA 1M5CA 4I1DA 1D9VA 5K2XA 2I48A 3FJGA 5H8HB 3KSXA 4NEDA 3K1NA 1AL3A 3PPPA 4RJZA 3PGFA 4FEDA 3RUMA 1B7UA 3DP4A 3MC2A 1RYXA 1MXXA 3T93B 1A55A 1ZJLA 5EHMA 1SW4A 4KQPA 1MPDA 1SW5A 3HSTA 4GOTA 3RY3A 3MZ1A 1BIYA 2DVCA 4PFTA 2O7IA 4WKMA 3K00A 3I6VA 4E0XA 1HSLA 2D3IA 1B4HA 1NKXA 1SI1A 4FJPA 5DVJA 2GFEA 4U23A 2DOJA 4PFUA 2NVUB 1B51A 3TPAA 3K1PA 2AYSA 1A7LA 3V89B 5IAIA 3Q28A 4YKKA 3WAEA 1AIVA 3IO4A 2VGQA 3KFMA 4O3BA 3OXNA 3FD3A 2HAUA 3O29A 4FEBA 1PEBA 1NMUA 3IR1A 2XXVA 4NWDA 3DELB 1MS7A 4DCXA 1LFGA 2I0CA 3H6WA 1SYHA 2ANJA 4U4SA 2R71A 2F78A 2RINA 1A8FA 4YKPA 3H6VA 3OO7A 3IK6B 4KR5A 2WKYA 3FXUA 4ZDMA 1P1QA 4JXIA 4F3SA 2PBWA 3IOVA 3IO6A 3B6QA 3ILTB 2F7AA 4R6HA 4NF4B 4NMYA 3AXFA 4MBPA 1RKMA 4OERA 1YCJA 1TFDA 4F3PA 2O6AA 3H6UA 1PDAA 3V5AA 2DWJA 3PD9A 4YAHX 1Y3NA 1B32A 4U22A 4NWCA 4U21A 4KI0E 3IX1A 1ZKBA 4HCWA 2X7PA 4G68B 3IB1A 4MLQA 1MQJA 2I4BA 2QRYA 2LAOA 1POY1 2ZMBA 1TT1A 3RGYA 2B3BA 1Y20A 2IEEA 5I2KB 4I62A 4THIA 4OHNA 2PX1A 3DLNA 2UVJA 3JYRA 4Q8RA 1PB7A 5K2YA 1Y4TA 1H43A 4AB6A 1R9QA 3OMBA 2Q8JA 4XXUA 4DCYA 4HTGA 4C1UA 5ISUA 5AA2A 3THIA 2AIXA 1H76A 4G8HA 4ELRA 2Y7IA 1OVTA 3MVYA 5HBCA 1MY2A 2XXWA 3MQ9A 2NXOA 3FGSA 3EHUA 5FHOA 4OFOA 4GFRA 4DE8A 3SESA 4KD5A 1KWHA 1FQCA 1Q35A 1B3GA 4G77A 3K6XA 3HO7A 2DVZA 4RPNA 2HEUA 3OEMA 4GRKA 5H8QB 3EHTA 4GWOA 2F7CA 1AH5A 3HHGA 5H8HA 5HM4B 1B5HA 2H25A 4F22A 3FUZA 2RC8A 3LSXA 4RPOA 3K1MA 5DYHA 1MY0A 4N6PA 4O3AA 1II5A 4F1VA 1QULA 1LB9A 4JWXA 5I84A 4EF1A 1A40A 3M8UA 2Z8FA 3K6WA 2H99A 4DXBA 3U94A 2VD3A 3U8QA 1NFTA 3CRBA 3W15C 1H3DA 1GR2A 2FA7A 1B3FA 1WVJA 5A5XB 2H5YA 3GZGA 3USDA 1I6QA 3IOTA 2OWSA 2YJPA 5LOMA 4OEVA 2F34A 4IGRA 2V84A 3CVGA 3KOTA 4NF6A 4KYDA 3TQWA 3TTKA 3MW0A 5I59B 2HZKA 3MP1A 4ZECA 2XXRA 2RF1A 4EF2A 1O63A 1Z7ME 2RCBA 4IY6A 4MF3A 5ICQA 2G29A 4ZEFA 1TXFA 1QVSA 3ZKKA 1O7TA 5B70A 1QUJA 2M8CA 5TU0A 4DIGA 3E13X 1PBPA 3KN7A 3A09A 3B6WA 3TTLA 3VDFA 5AE4A 1MY1A 3MVWA 1ZTYA 2Y7PA 3ODBA 4TLLB 4F18A 1ZLQA 3CSGA 2KLFA 5TP9A 3CFXA 1NH7A 3V83A 3VVFA 2HFBA 1ZU0A 3VE1B 1H45A 1B5JA 1O64A 3EQ1A 3CG1A 3D4CA 2OJTA 1JVXA 4JWOA 1EZPA 3QXMA 1IZ1A 5DVIA 1DMBA 5ICTA 4ESXA 3O9PA 1FTMA 2D21A 2XXXA 3O66A 3FJ7A 4YB5A 2XD2A 3ECRA 3T96B 3G7WA 2QSXA 4IO5A 2QS1A 5H8FB 1YAEA 4ELPA 3L6GA 4G68A 1LCFA 3U92A 1BTJA 2NWJA 3RQTA 2X26A 3PU5A 2NOOA 1UTHB 4TQUQ 4G2ZA 4F3GA 4H8IA 4XKNA 4GVOA 2DQVA 1MDP1 3LR1A 3TODA 1GTKA 1SI0A 4LQ5A 3IJXB 1VFEA 3PUXE 3FXRA 4M1VA 3TTNA 2O69A 4OETA 4XKPA 2ZNSA 4YICA 1MQHA 1B3LA 4FECA 1A99A 4FAJA 3KEIA 3H03A 4ELQA 3CIJA 3H3GA 4HW8A 2F8DA 5I2NA 1PC3A 1MDQA 1FTOA 4IO6A 1EH3A 1MH3A 2Q89A 1B40A 2ONKE 2GHAA 3MAMA 4IO3A 3UP9A 1B58A 3TZAA 3UIFA 4ZEBA 2PMSA 3CG3A 1FW0A 4H0WA 4QRZA 4ZZEA 1IITA 4OZ9A 1M5FA 3M3KA 2ALUA 3VV5A 4UA8A 2QPQA 4YMBA 4LATA 4F2OA 2QL3A 2XX8A 3RTWB 2XXHA 1GV8A 4LZ5A 4BDNA 1MXZA 4RK2A 1N76A 3MP6A 1P1WA 2UYFA 3KN8A 1URSA 4YKJA 5ITPA 3A3CA 4QSCA 3T9VA 3SEXA 1B3EA 2PT2A 1MY4A 4C1TA 4LA9A 1XC1A 1MQGA 1I69A 5I57A 1IIWA 3A3UA 4EUOA 2A5TA 5L9SA 4FATA 5I59A 4PE5B 1UQWA 2RC7A 2Q2CA 3MPKA 4F1UA 1DTGA 1FQDA 1P1UA 2F7BA 5FTHA 5DT6A 3F11A 4JDFA 2GRVA 4ESWA 4YZZA 4LUBA 4IO7A 3H7MA 2H98A 5CMCA 3C9HA 5JEIA 2DXRA 1NNTA 2DE2A 2E0SA 4ONYA 1QUKA 3KJTA 1B1HA 1N04A 3FASA 4NF8B 2HZLA 3RLFE 1FTKA 4YB6A 2UXAA 1USYE 3HHFA 2I6EA 1S9TA 3EN3A 4H5GA 4X1BA 4NF6B 4H65A 2Z8DA 3LSLA 3FIRA 4OFJA 2DE4A 4WEDA 1SYIA 2QMXA 3IB0A 4FE8A 4KYEA 3S9MC 4HS7A 4TLMB 4Q0CA 1IXHA 3VLWA 1JW4A 3I3VA 3GBBA 1EU8A 5H8FA 1UIUA 4YKIA 3WAFA 3GXAA 3DP6A 3PUWE 4JWYA 4PFWA 4R72A 4LZ7A 1UTHA 3K6UA 2VHAA 4G8NA 1JEUA 3TAJA 3VFJA 2O84X 4OFLA 1RYOA 1N0TA 5TP9B 4Z7EA 1MPCA 3RT6B 1B46A 1TFAA 1LAGE 2GH9A 3FXQA 2VD2A 1URGA 4DDDA 2RKMA 1BP5A 2ZYKA 3EF7A 2PT1A 4YB7A 3MUQA 3S4UA 1VFDA 2UVHA 4K3FA 1S7YA 3QUFA 4H5FA 1VSOA 2HQ0A 4R73A 1OLCA 4ZE9A 5DEXB 5EYFA 2XXUA 5BUUA 2E1SA 2OK2A 1I6BA 3MZ9A 3UN6A 5AA3A 5I2NB 5H8NA 1M5EA 4DZ1A 3BFUA 1D4NA 5AA2D 3VLVA 1XVXA 3S9EA 5ELVA 1JETA 5L9OA 3TCFA 3BKIB 1SVXB 1FCKA 1YTVA 5H8SA 3IB2A 1N7XA 3E4RA 4M4GA 3FVGA 3L6HA 4I8CA 3O2AA 2DSFA 4ZEIA 2O51A 2Q9TA 3IL1B 2OCUA 5CRYA 1B05A 4U1ZA 1UTBA 4R74A 3HPIA 1B0HA 1AMFA 4EQ7A 4EQBA 1PB9A 5L8DA 4ISUA 3BBRA 3CFZA 3TQLA 3R7XA 2OBGA 1R1NA 3HN0A 4JBZA 4NF8A 3RT8A 4O3CA 3EHSA 3K6VA 3FATA 3HCQA 2H9BA 5I57B 5L9MA 1N84A 2F6PA 2ZXTA 4BDQA 1AOVA 3P7IA 1M5BA 4F31B 4GD5A 3TTRA 2XXIA 3S2VA 3VXCA 3M3LA 4OYVA 2W7YA 2PVUA 2A5TB 3QUJA 4QHQA 4OXVA 3TMGA 1QKAA 5B7DA 5F1QA 4RYAA 2DE3A 5CMKA 2REGA 4ELOA 1HSEA 4POWA 4QFNA 1CB6A 3GBAA 5BWJA 3N26A 5DVFA 4ZEKA 3I5OA 2HCAA 3T22A 1MQIA 1GGGA 3O28A 4X9TA 4Q5TA 1SW1A 1D9YA 3UORA 3C33A 2I3WA 3EPEA 4P0GA 3OD7A 5FTIA 2GHBA 4KCDA 1L5TA 3LSFB 4F3BA 3HV1A 3O6GA 1MM6A 1SQYA 2XX9A 3RNNA 4F19A 2O1MA 3OSRA 4RNSA 3LUYA 5KCJA 3K01A 3LSWA 1Q1KA 1FQAA 1NNFA 4R6KA 4F1YA 4GXSB 1OLAA 2BJJX 4FIMA 2ZYNA 1R9LA 1N7WA 2RC9A 3PUVE 3VLUA 3ZSFA 3TFLA 3ONMA 1T0KA 4N13A 4EXLA 1MXWA 2DWAA 4N07A 5DEXA 3K2DA 3K0VA 1LLSA 4L17A 1MXUA 2Y84A 3N6TA 4X48A 2O68A 3MZBA 4P11A 1I6AA 1ATGA 4MFIA 3TTMA 4UACA 2DP8A 2UVIA 1NH8A 3FV2A 4BDLA 1BLFA 4AQ4A 1EZ9A 1DPEA 1ZIUA 1B7ZA 1LB8A 3VVDA 4HCYA 3MJNA 3SKPA 2V93A 4F39A 2ONRA 2HAVA 3SDFA 1TWYA 1IXIA 3CR9A 3OO8A 4WXJA 5CBSA 5FHNA 2I49A 4KPTA 2AL5A 1B0LA 2XD3A 1WODA 1JQFA 4G8MA 2OZZA 3PUYE 4GIZA 4PP0A 4JSDA 3T9HB 3U1OA 5FHMA 1B4ZA 3PMWA 1XT8A 5JK4A 2Q88A 1PB8A 1A54A 1LSTA 1N3WA 4IO4A 4PFYA 3M3FA 4ZE8A 4QFPA 2QS3A 4XKQA 1Y1ZA 4ZS9A 3CSBA 3V8XB 5H8NB 2OWTA 1XHYA 5I58A 2NUVA 2Z23A 4JB7A 3E9XA 1IXCA 4GQOA 2QJEA 1OIBA 4R2BA 2QS4A 3FZVA 2CZLA 2QMWA 1XVYA 2VP1A 1LBBA 3IOUA 4EQ9A 3KSJA 1QJMA 3ZS6A 1LBCA 3TEPA 1R6ZA 3C31A 2XXTA 4NF5B 4QFOA 3DM0A 2FNCA 3OSQA 3PD8A 3RPWA 1M5DA 4I9DA 4R75A 4OENA 4P0IA 4POXA 1UTBB 4U4XA 1B1XA 1EZOA 1ANFA 3QSLA 3ZKLA 1JW1A 3UA8A 2Z8EA 1DOTA 2G93A 1FQBA 3TUSA 2R9JA 4LP2B 1B7HA 3IJOB 1MH4A 2UVGA 4LZ8A 3H4ZA 2VOZA 3SERA 1B52A 3SEUA 3MP8A 2YLNA 2I3VA 3Q27A 1Y1MA 1UIVA 1VR5A 1QUIA 2B65A 3S9NC 3FVOA 4YU0A 4OESA 4U1OA 3KOSA 4ND9A 4OQOA 3TKDA 3SEVA 3TCGA 1IQ7A 5J1DA 4JSOA 2A5SA 3K4UA 4BDOA 1B9JA 3R26A 2V25A 3G3IA 3Q29A 2I58A 2R6GE 1OQGA 4KYSA 1H44A 3E3KA 3JZJA 2P0SA 2ZYMA 3MBPA 2DWHA 2B3FA 4MLVA 2ABHA 1BKAA 2OLBA 3B6TA 4C0RA 4LONB 3T9XB 3G3HA 5CMBA 4QSEA 1A8EA 2P1SA 2F5XA 4AB5A 3QIMA 2ESNA 4GXAA 4GLIA 4IY5A 2PYYA 3G3JA 5KCJB 2F35A 3C34A 5TPAB 3T9UA 3TCHA 4OTEA 5HPQA 3OO6A 2HXWA 1LAFE 1ELJA 3FVNA 1B5IA 4R9FA 5IKBA 3S9LC 4DXUA 4R9GA 2DYXA 1QKBA 1J1NA 3N6UA 4QF9A 4ECFA 1D3KA 2RCAA 4BDRA 3O6IA 4BDMA 5CBRA 3FVKA 2XXPA 5CMMA 1Z7NE 3C32A 2QS2A 2XXYA 1Y4CA 3K02A 3TELA 4NTLA 1URDA 3N94A 5JTYA 3OELA 1SDXA 3PPQA 1JEVA 4H1XA 4Q30B 1FTLA 2FYIA 3G3KA 1MQDA 1CE2A 4OEUA 4DLDA 4EXKA 3T66A 1B6HA 3C36A 3MVXA 3IORA 3LC8A 3GLBA 1NL5A 3N5LA 4QFKA 3PV0E 1F9BA 1B3HA 5I56A 2F97A 2P2AA 1JVYA 2Y7RA 3VXBA 2AL4A 2ZNUA 1FTJA 4PETA 5AA4A 4FORA 4H8JA 4G4PA 3IOWA 5EHSA 2DS9A 2O1LA 4EDPA 4Z0IA 2V3QA 4IO2A 4NF5A 2H4IA 1ZMGA 1XS5A 3G3GA 4KCCA 3KGCA 2Y7KA 2YPNA 1B2HA 1US5A 3UGWA 4WEPA 4IB2A 4QSDA 4RA1A 1LCTA 5I58B 1SBPA 4XTCQ 3OEKA 5CC2A 1NNPA 4GL0A 1Y3PA 3W9VA 1Y9UA 1MXVA 3B7DA 1JW5A 1P99A 5KDTB 4GL8A 1MG1A 1HSJA 1MRPA 1OQHA 3RTFB 3RN8A 4R2FA 2F6GA 2Q2AA 1LFHA 1OVBA 3W9WA 4GF8A 3UK4A 3OOAA 1USYH
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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