3GBAA

X-ray structure of iglur5 ligand-binding core (s1s2) in complex with dysiherbaine at 1.35a resolution
Total Genus 85
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
85
sequence length
257
structure length
257
Chain Sequence
GANRTLIVTTILEEPYVMYRKSDKPLYGNDRFEGYCLDLLKELSNILGFLYDVKLVPDGKYGAQNDKGEWNGMVKELIDHRADLAVAPLTITYVREKVIDFSKPFMTLGISILYRKGTPIDSADDLAKQTKIEYGAVRDGSTMTFFKKSKISTYEKMWAFMSSRQQSALVKNSDEGIQRVLTTDYALLMESTSIEYVTQRNCNLTQIGGLIDSKGYGVGTPIGSPYRDKITIAILQLQEEGKLHMMKEKWWRGNGCP
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Full Domain Closure of the Ligand-binding Core of the Ionotropic Glutamate Receptor iGluR5 Induced by the High Affinity Agonist Dysiherbaine and the Functional Antagonist 8,9-Dideoxyneodysiherbaine
pubmed doi rcsb
molecule tags Membrane protein
source organism Rattus norvegicus
molecule keywords Glutamate receptor, ionotropic kainate 1
total genus 85
structure length 257
sequence length 257
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature
pdb deposition date 2009-02-19
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3gbaA01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3gbaA02
3G3GA 3H6VA 1USYE 3ILTB 3CFXA 3JYRA 2DVZA 1IQ7A 2HEUA 5CMCA 2O68A 3T9XB 1OLCA 5H8HA 2Y84A 3R6UA 1JETA 2QPQA 1CB6A 3KZGA 3E4RA 3O6GA 3QXMA 4NF6A 4FE8A 5AA4A 3TKDA 4FORA 1B3HA 1PC3A 3OO8A 2Y7WA 1B0LA 1QJMA 5DVFA 3VLWA 2UVIA 2XXWA 4GL0A 4F3SA 4OXVA 1H43A 4MBPA 4OERA 3PV0E 2HAUA 1JW5A 1QKAA 2Q8JA 3T66A 3MQ9A 4NF5B 4X1BA 1B3LA 4ZE9A 2VD3A 1DPPA 2F97A 3T96B 4TLLB 1FTJA 5H8NA 3FVKA 1B3GA 3I3VA 1B7HA 2V93A 4R2BA 3IX1A 3S4UA 3EPEA 5AA2D 4RPNA 2F7CA 1OQGA 1Y3QA 2X26A 4KI0E 1D3KA 3FVGA 4WEPA 3C32A 3IOVA 4GQOA 2XXXA 1B2HA 1UTBA 5CMBA 1VR5A 3O66A 3OO7A 2UYEA 1Y3NA 3K4UA 3HN0A 3VFJA 2ZMBA 1BLFA 5FTHA 3IB2A 3TTNA 5KZTA 3C33A 3G7WA 3VE1B 3E3KA 2XXUA 2XD2A 4XKNA 2ALUA 3TTRA 4F18A 4RK9A 1BP5A 4IB2A 1MQIA 3MPKA 1GV8A 3SEWA 4G8NA 1ZIUA 4EF1A 2O84X 1TFAA 3AXFA 4QSDA 4KQPA 2REJA 3N5LA 1MY4A 3IL1B 2ESNA 3DM0A 4R73A 4P0GA 2OZZA 2XX8A 1SI1A 3O97A 1QUJA 3KEIA 4ELQA 2XXHA 3K6UA 5I2KB 4JBZA 1Q35A 4DXUA 4KYEA 5FHOA 4RJZA 1WODA 3RLFE 4DXBA 3OSQA 1BTJA 2H99A 1FW0A 2DP8A 1IXCA 3C4MA 5JK4A 2H4IA 3JV9A 1ZTYA 2I6EA 1B0HA 3SDFA 3K6XA 2PMSA 1SD3A 4E0XA 3IB1A 1PB9A 3H06B 2DWAA 1US5A 3CR9A 4R72A 3TCHA 2RC8A 2ZYKA 4TQUQ 3G3KA 3UORA 3PUZE 5EHSA 2PYYA 4EQ9A 5DYHA 1PBPA 1XS5A 1Y1MA 4K3FA 2ONRA 5BWJA 5CMMA 1VFEA 2NVUB 4GD5A 5ISUA 3RTWB 4QFPA 4LZ7A 1GTKA 5ICQA 1SW2A 2QS3A 5KDTA 1BIYA 1MY1A 4IO7A 3TELA 4KYSA 4OFJA 3MP1A 2B3BA 4Q30B 3SETA 1NNTA 4OHNA 4DE8A 3K01A 2GRVA 3UP9A 3T93B 2O69A 1JVYA 3OXNA 1Z7ME 1B7UA 1MQDA 5KCJB 5EYFA 2HCAA 4ESXA 3VVEA 1A55A 3S9EA 3PMXA 2D21A 1I69A 3G3FA 1OMPA 4G4PA 3DP4A 4R6YA 1EZPA 5I58B 4GXAA 3PGFA 2HQ0A 1B46A 2ZNUA 1NH7A 4ZZEA 3A09A 3KSJA 4KD5A 3O6IA 4OWDA 2VHAA 5H8QB 3PUVE 1VSOA 4X9TA 2DS9A 3A3UA 1FQFA 4ZEKA 1IITA 1FTKA 4POWA 2F6PA 2RCBA 4LONB 4ELPA 2F34A 1IXHA 1OQHA 1I6BA 1LSTA 1TWYA 3TCGA 4C1UA 4MF3A 4KHZE 4PFUA 5H8FB 5JTYB 5I58A 2XX9A 3TZAA 4EDPA 1LFGA 1MPBA 4KYDA 2ZNSA 4JSOA 5H8QA 1NL5A 3KN3A 1MPCA 4YU0A 3TQLA 3TMGA 5HM4B 1LBCA 1YPNA 4F22A 1MRPA 4GF8A 4ECFA 4DIGA 1B4HA 3DP8A 1VE4A 2DXYA 1Z7NE 1JW4A 1S7YA 2PBWA 3GZGA 4GWOA 5K2XA 5H8FA 5JTYA 4WEDA 2ZYOA 4ELOA 1R9QA 4UACA 3KOTA 4QFOA 3HHFA 3U94A 1N84A 3G3JA 4BDRA 2X7QA 4JWXA 1FQAA 1IUDA 4GRKA 4ZE8A 5I84A 4ZZAA 4IY5A 2XHDA 1BKAA 1L5TA 3TPAA 4F1VA 5ELVA 1KWHA 2HZLA 3PPRA 3UN6A 1R6ZA 4F3GA 4EF2A 1MH4A 3RY3A 3I5OA 3GXAA 2Z8FA 1YAEA 2QL3A 3TQWA 5FTIA 3QYTA 3KOSA 3CVGA 3K00A 5IKBA 2I58A 2ZNTA 4P11A 4IO5A 1UIVA 3PPOA 4ND9A 2FNCA 2PT1A 4H0WA 5AA4B 1LGBC 3VDFA 5CBRA 4KFQA 3FD3A 4G2ZA 4R75A 2AIXA 3KGCA 1FQCA 2F8DA 4GLIA 4AQ4A 3IR1A 3OENA 3O28A 2QS2A 1GR2A 1RKMA 3ILUB 3RGYA 3U92A 4BDMA 1MQJA 3OOAA 5DTBA 1NNFA 3LC8A 2M8CA 4R6KA 4XTCQ 4GIZA 4QSCA 3T9VA 3HV1A 1ZLQA 2Y7KA 2I49A 4OFLA 1MY0A 5H8NB 2KLFA 1D9VA 5DVJA 3KJ7A 3SESA 2O1MA 3IO4A 3TEPA 3O29A 1JVXA 1B4ZA 1FQBA 3GBBA 3ZS6A 4H6DA 3TCFA 1LBBA 4ZEDA 4RK2A 3TTMA 4NE4A 5AA3A 1Y3PA 2I4BA 3UA8A 1II5A 4JXIA 4LATA 1IEJA 4OTEA 2O7IA 4LUBA 1UTBB 3CG3A 3M3KA 4X1DA 4U1ZA 3D4CA 3TYHA 3TAJA 1B1XA 3RNNA 4R6HA 3U72A 3FXRA 4NWCA 1LLSA 2VOZA 4HW8A 4DCYA 1RYXA 3FZVA 2OWTA 4MLQA 2FYIA 4DDDA 2D5WA 2UXAA 2F5XA 2DE3A 2GHAA 4G68A 3K0VA 1N0TA 2XXVA 4Q5TA 4OETA 5I57A 3JZJA 5CBSA 1B3FA 2VGQA 4ESWA 4Q0CA 4XKQA 3HO7A 2V3QA 3M3FA 5ITPA 4I62A 3CSBA 4Q8RA 1LFHA 4U22A 4FEDA 4E0WA 2NXOA 2ANJA 4F1YA 1P1NA 4YB6A 2RC9A 4XXUA 3BKIB 3FXQA 3TTKA 2ZYNA 4DXCA 2QJEA 2V25A 1GGGA 3MBPA 2Q2CA 2ZXTA 2Y7PA 2W7YA 3R7XA 1CE2A 4QF9A 3VXBA 4AB6A 4H65A 1URGA 3FASA 3E13X 3IK6B 3VXCA 4OESA 2RF1A 2R71A 3H7MA 3LSXA 4O3AA 3MZ9A 3V83A 4IGRA 1LAFE 2G29A 5IAIA 4O3CA 3GLBA 1JEUA 3EN3A 5AA1A 1XHYA 1SVXB 5L9SA 4HS7A 3S9LC 1ANFA 4KCCA 1A8FA 2ABHA 3LSFB 1M5CA 5KDTB 3RT8A 1NKXA 1IIWA 4PFYA 4RPOA 4C1TA 3RT6B 3L6HA 4F31B 4H8JA 1UQWA 1N04A 3MVZA 1SDXA 2GH9A 2GHBA 4QHQA 3CI8A 5FHMA 4GFRA 2YJPA 3MZ1A 2I0BA 2V3TA 1URSA 2OCUA 1O7TA 5DVIA 4NWDA 2Q9TA 4BLAA 2XD3A 4JSDA 4OEVA 3D4GA 2H25A 1A7LA 1S9TA 1J1NA 4H1XA 3OEKA 3U93A 3W9VA 1WVJA 4U2RA 1ELJA 2UYFA 4MFIA 3USDA 1PBQA 1MXUA 1MPDA 1ZJLA 4XKPA 3FXUA 3SEXA 2UVGA 4RXLA 1QW0A 1QULA 1R9LA 1IXIA 4GVOA 3K6WA 2NOOA 1MDP1 4QSEA 1I6AA 5CC2A 1B40A 1B9JA 1AMFA 2BJJX 4QRZA 4UA8A 4U4XA 4YAHX 3QSLA 2QMWA 2Y7IA 5B70A 2Z22A 3IAZA 3FVNA 4RNSA 2Z8EA 3ODBA 4RY1A 4YZZA 4YKIA 2HZKA 1MXVA 1H76A 2R6GE 3SEUA 1H44A 2DQVA 1HSLA 4HCWA 1OVBA 3FATA 1QUKA 3IORA 3K1PA 2UVHA 2XXRA 3CRBA 4DZ1A 1LFIA 2DSFA 5DEXB 4ZEBA 3PUYE 1I6QA 2OLBA 2O7UA 1HSJA 3FIRA 1MY3A 3QUJA 4FIMA 3QAXA 1OLAA 2E1SA 2IA4A 4ZEFA 1NMUA 1IZ1A 2P0SA 1TT1A 4THIA 3C35A 4BDNA 2DXRA 1B3EA 1GVCA 4PFTA 5I59B 1A40A 4M4GA 5CI5A 3H6WA 4G77A 3G3IA 3SEVA 1B58A 5A5XB 3M3LA 3QIMA 1ZMGA 3F11A 5I2NA 1UTHB 4F2QA 2E0SA 1DPEA 1DMBA 3RN8A 3P7IA 3L6GA 3U1OA 4EQBA 5DEXA 3CIJA 4IY6A 1YCJA 4LZ8A 3VLUA 2XXYA 2OK2A 3H4ZA 1Y9UA 3VV5A 4M1VA 3IB0A 2Q89A 2I4CA 4H8IA 1MXWA 4OVJA 3FUZA 5J1DA 4Z7EA 2XXPA 5F7VA 3K6VA 3MZBA 2F78A 3O6HA 1B5JA 1OVTA 5I59A 1EU8A 1PEBA 4KCDA 5A5XA 3C34A 4JWOA 1UTHA 4OZ9A 4G68C 4QFKA 1TFDA 5TP9A 1VFDA 4LA9A 4RYAA 4N13A 3THIA 3TUSA 3PPQA 1JQFA 3K1MA 2OBGA 5F1QA 3H6TA 2AYSA 3LSLA 3Q25A 1FQDA 3Q27A 2CZLA 4ZS9A 1N7XA 4U4SA 2ONSA 4U1OA 4PQJA 3U8QA 3T22A 4U23A 1B7ZA 1JW1A 1B5IA 1Y4TA 4P0IA 4I8CA 1MQGA 1N76A 1H45A 4IO4A 1M5DA 1B05A 4EUOA 2QRYA 4TLMB 5K2YA 3RPWA 4F2OA 2I3VA 3EHSA 1XC1A 3O2AA 4LQ2A 3TDJA 2GFEA 2Z8DA 1MDQA 2OJTA 3SEYA 4HCYA 4PE5B 1QVSA 4H5GA 3GBAA 3H3GA 3B6TA 2UVJA 2DE4A 1URDA 4TOZA 2O1LA 2AL5A 2VP1A 4AB5A 4PP0A 4FAJA 5ITOA 1ZU0A 3WAEA 1P99A 2QS4A 2I3WA 3E9XA 1SW1A 4EXKA 4OMBA 3OO6A 1ZBMA 4MLVA 1EH3A 2QS1A 2DWJA 2F36A 2ONKE 4GXSB 3N6TA 2I0CA 1N7WA 1B52A 1SYHA 4EXLA 3RTFB 2RKMA 4DLDA 4R9GA 3MWBA 1IXGA 3EHUA 3PUXE 1MM7A 3C9HA 1M5FA 3EQ1A 4YKPA 1FTOA 1A8EA 4H67A 1AIVA 3KBRA 3OEMA 3Q29A 3CFLA 3PD9A 3PPPA 4G8MA 3FVOA 1POY1 3TODA 4IO2A 4G68B 3IOTA 1XVXA 3BFTA 2OWSA 1FTLA 1Y20A 1AH5A 4LQ5A 4G8HA 1O63A 3ZKKA 2B3FA 3CSGA 4BDOA 2Y7RA 1Y1ZA 5AA2B 1A99A 2I48A 3R26A 4R9FA 5I57B 1AOVA 1MXYA 2XXIA 4C0RA 3DP6A 1JEVA 4FJPA 2WKYA 2B65A 3HSTA 4MH5A 5DT6A 2R9JA 2QSXA 1DTGA 3V5AA 4L17A 2H9BA 3G3HA 3WAFA 2H98A 1MH3A 1NFTA 4KPTA 3V89B 3LBSA 3K1NA 4PETA 1NNPA 2YLNA 3LSWA 3N26A 4F39A 5AA2A 4F29A 4F3BA 1SW5A 4FECA 3B6QA 4JDFA 5TU0A 3OO9A 2H5YA 1LCTA 5JEIA 3IJXB 3KSXA 1FTMA 1NNKA 4NF5A 1ATGA 4KR5A 4R74A 4OYVA 3H03A 1D4NA 4I1DA 5CM6A 4JB7A 1B5HA 4ZEIA 2HAVA 2PT2A 4XIGQ 2D3IA 3T9HB 4U21A 3ONMA 5AE4A 1QKBA 3OSRA 3IOWA 4ISUA 3TFLA 4IGTA 1SW4A 4LVQA 2YPNA 1RYOA 1SYIA 2V3UA 2Z23A 1LB9A 1LB8A 2XXTA 1MM6A 3MVXA 4XKRA 1TXFA 3KFMA 1OIBA 1ZKBA 4PFWA 4Z0IA 2F6GA 1MG1A 4ZDMA 2PVUA 1R1NA 1D9YA 1US4A 2LAOA 3O9PA 1SQYA 3S2VA 1PB7A 2ZYMA 4GOTA 2P1SA 3PU5A 3UGWA 1AL3A 5EHMA 4N6PA 2G93A 1PB8A 1S50A 4YKKA 3PMWA 3W9WA 4BDQA 2Q2AA 1P1UA 3K2DA 1N3WA 1P1QA 4YB7A 3B6WA 3MAMA 3A3CA 3MC2A 1MXXA 5I2KA 3OD7A 1FQEA 3IJOB 3MP8A 1Q1KA 2IEEA 3QK6A 5FHNA 4ONYA 1B6HA 3BFUA 3FJMA 4LP2B 3M8UA 3B7DA 5BUUA 3PPNA 2RC7A 4FATA 3S9MC 1QUIA 1H3DA 3C36A 3HPIA 3C31A 3UIFA 1XVYA 1SI0A 2O51A 1FCKA 1YTVA 3H6UA 4YICA 4YKJA 4X48A 2X7PA 3SERA 3ZKLA 3I6VA 1B1HA 1N3XA 1MS7A 2V84A 4RA1A 1MQHA 4JWYA 3MUQA 2THIA 1EZOA 3VVDA 1B51A 2O6AA 3EF7A 3HHGA 4LZ5A 3V8XB 3PD8A 2F7BA 5L9OA 5L9MA 5I2NB 3MPLA 4F19A 1POTA 3VVFA 1HSEA 5ICTA 3RUMA 3MW0A 1T0KA 3TTLA 3Q28A 2A5TB 4OQOA 4R2FA 3MVWA 1F9BA 2VD2A 3MJNA 3DLNA 1Y4CA 4YMAA 3OELA 1PDAA 3LUYA 3K02A 3SKPA 3FV2A 3HCQA 5KCJA 1P1OA 3EHTA 3DELB 3PUWE 3MVYA 4NTLA 3BBRA 4FEBA 3N94A 1B32A 1NH8A 2A5SA 1XT8A 5TP9B 3T9UA 4O3BA 3CG1A 1XOCA 2A5TA 4NF8B 4IO6A 2PX1A 1UIUA 3FJGA 4OENA 2NWJA 1MXZA 3S9NC 4GL8A 3KN7A 2QMXA 4N07A 1LCFA 2DWIA 4I9DA 3LR1A 4POXA 2CMOA 1EZ9A 4QFLA 3PMVA 5B7DA 3UK4A 3Q26A 4WXJA 2RCAA 3IO6A 3FV1A 4DCXA 3MP6A 1WDNA 5M2VA 1LAXA 5I56B 4F1UA 4ELRA 5TPAB 2XX7A 4ZECA 2Q88A 3KJTA 3KG2A 3W15C 3ECRA 4NF8A 3FGSA 1A54A 4WKMA 4IO3A 2DVCA 4NF4B 1MY2A 2DOJA 4H5FA 2DYXA 2P2AA 3KN8A 1DSNA 4QFNA 2DE2A 2NUVA 4EQ7A 3ZSFA 3IOUA 1LAGE 3N6UA 1M5EA 1M5BA 2REGA 2HFBA 3RQTA 5HPQA 4NMYA 2HXWA 5L8DA 4YMBA 2DWHA 5I56A 3CFZA 5TPAA 2XXQA 3FJ7A 2RINA 5CMKA 5H8SA 5H8HB 5LOMA 1LAHE 4NF4A 2F35A 1DTZA 2F7AA 5CRYA 4HTGA 4F3PA 1SBPA 3VLVA 2FA7A 4OFOA 1DOTA 3OMBA 4BDLA 1JNFA 4NF6B 4YB5A 5HBCA 1P1WA 2AL4A 4NEDA 4OEUA 3QUFA 1O64A 1USYH
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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