3GXAA

Crystal structure of gna1946
Total Genus 71
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
71
sequence length
239
structure length
239
Chain Sequence
KEIVFGTTVGDFGDMVKEQIQPELEKKGYTVKLVEFTDYVRPNLALAEGELDINVFQHKPYLDDFKKEHNLDITEVFQVPTAPLGLYPGKLKSLEEVKDGSTVSAPNDPSNFARVLVMLDELGWIKLKDGINPLTASKADIAENLKNIKIVELEAAQLPRSRADVDFAVVNGNYAISSGMKLTEALFQEPSFAYVNWSAVKTADKDSQWLKDVTEAYNSDAFKAYAHKRFEGYKSPAAW
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Crystal structure of lipoprotein GNA1946 from Neisseria meningitidis
pubmed doi rcsb
molecule tags Protein binding
source organism Neisseria meningitidis
molecule keywords Outer membrane lipoprotein GNA1946
total genus 71
structure length 239
sequence length 239
chains with identical sequence B, C, D, E, F
ec nomenclature
pdb deposition date 2009-04-02

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF03180 Lipoprotein_9 NLPA lipoprotein
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3gxaA02
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3gxaA01
4NF8B 3UA8A 4N07A 2QRYA 1URDA 3MJNA 3WAEA 1SI1A 4PFWA 2XD2A 4GXAA 4F2QA 1L5TA 4OQOA 4TQUQ 1KWHA 4ZE9A 3PMWA 2PT2A 4FEDA 3EF7A 3H3GA 1S50A 3A3CA 3IOUA 4X1BA 3LSFB 2E1SA 5I57B 4JWXA 3ILUB 3RPWA 1A7LA 2F36A 1D9VA 1XS5A 2F97A 1HSLA 3KZGA 4OXVA 3TCHA 1H76A 3DM0A 1H44A 3K0VA 1MY3A 4OERA 5H8HB 3IORA 5DEXA 3OEKA 1D9YA 4HS7A 3H06B 3PUXE 1SYIA 2XXPA 4G4PA 2O84X 1JW4A 4U4XA 4LATA 4WKMA 3V8XB 2B3BA 1NNPA 4YB5A 4R73A 3CVGA 2ZNSA 3Q25A 1A40A 1XT8A 3TCFA 5AA2A 1H43A 3RQTA 2FA7A 3TYHA 4LP2B 5F7VA 2XXRA 2PT1A 4O3BA 2PVUA 3KN7A 4C0RA 3IO6A 1MH4A 3S9LC 2DSFA 3MP8A 3USDA 2OWTA 3FVKA 2HZLA 4JB7A 1ZJLA 2AL5A 3V83A 4RA1A 2P2AA 3CG1A 4DCXA 4NWCA 2CZLA 2I58A 4TLLB 5CMMA 4R2FA 2LAOA 2QS2A 4YAHX 3TFLA 2V93A 2Y7RA 1P99A 2FYIA 3G3IA 3JYRA 1B58A 1QKBA 2QS3A 1B0HA 4EQ9A 3T22A 4U2RA 5I2NB 5EYFA 3BKIB 3U72A 4PP0A 4UA8A 1B0LA 2XX9A 3C4MA 1N0TA 2Z8FA 1OLCA 2ONRA 3SETA 2QJEA 3FXUA 1JETA 3OEMA 3EHSA 1M5FA 1JW1A 5F1QA 1ZMGA 5CBSA 3K2DA 1D3KA 1Y1ZA 4F3BA 4QSEA 3LSLA 1HSJA 1ANFA 3LUYA 3ZSFA 5JEIA 5DVIA 1SW4A 2ZYOA 5I84A 5CMBA 3W9WA 2R9JA 5TPAA 1B7ZA 5HM4B 3IK6B 1TFDA 4F31B 2QSXA 4E0WA 2UYFA 3FV1A 4DE8A 3GBBA 3Q29A 4GIZA 2B3FA 1DTGA 4LZ5A 1R6ZA 2O6AA 1UTBB 1Y4TA 1AOVA 3OO6A 4LA9A 3FVGA 2O51A 4POXA 3G3KA 1BLFA 5L8DA 4IO5A 4QFOA 4NTLA 4IO2A 1FTKA 4AB5A 4XKPA 3GXAA 5B70A 5I59A 1IXGA 4FJPA 3OENA 4ZZAA 4DXBA 3EHTA 1ZBMA 4G77A 4YKPA 1TXFA 3PUWE 5AE4A 2DE3A 4F1VA 3I6VA 4OEUA 1IQ7A 3KBRA 4F3SA 1H3DA 3RUMA 4ECFA 3VE1B 3HHFA 4M1VA 4ELQA 1NKXA 2E0SA 4UACA 1QW0A 5L9MA 1IITA 4IY5A 1NH7A 3O28A 4ZECA 2WKYA 3F11A 5AA2B 4XKQA 1MXZA 4P0IA 3CIJA 3H6VA 3IB1A 3N6TA 2O7IA 1OQHA 1Q35A 4MH5A 2RCBA 3L6HA 4ZEDA 4MBPA 1TFAA 1MPBA 1QUKA 4PFYA 3K00A 4R75A 5ELVA 1NL5A 4PFUA 2DQVA 2Q89A 3G3GA 2QPQA 2Y84A 1CE2A 3MPKA 1SVXB 2P0SA 3I5OA 2D21A 3G3HA 2X7QA 4LVQA 1B2HA 5BUUA 3VDFA 3FJGA 3PPPA 3MAMA 3UORA 3S9MC 4ESXA 1M5EA 3DP6A 5CMCA 3FVNA 3N6UA 2HAVA 4YMBA 2Y7IA 4EUOA 3Q27A 2DE4A 2NWJA 1B5IA 1Y3QA 1A8EA 4GRKA 1P1NA 5TU0A 1DTZA 3B6TA 2REJA 2M8CA 3IOTA 3TCGA 3MBPA 1OIBA 3U93A 4JXIA 1TWYA 5A5XA 4P0GA 3SESA 1FCKA 3M8UA 3K1NA 3WAFA 3H6TA 1YPNA 4QSDA 2BJJX 4G8HA 4DXCA 4NF6A 2HFBA 2AIXA 2H99A 5B7DA 4EDPA 3FJ7A 3C9HA 2DP8A 3MVZA 3AXFA 1MXUA 1ZKBA 1Y3NA 2QS4A 4F29A 5JK4A 2V3QA 1LAGE 1LCFA 4QSCA 3PMXA 4JWOA 2ANJA 1FW0A 1IEJA 4JBZA 3OXNA 4C1TA 4RK2A 4Q30B 4KD5A 1I6BA 4N13A 1JEUA 4H5FA 1IIWA 2OJTA 4ESWA 4OEVA 3KJTA 1XVYA 3TQLA 1N3WA 1O7TA 5ITOA 5M2VA 3SKPA 2Y7WA 5AA2D 3V5AA 2AYSA 1JEVA 2YLNA 3H7MA 2X26A 3MZ9A 3OO9A 1XVXA 2RF1A 2OBGA 4YMAA 1I6AA 3MZBA 3FATA 5H8NB 3DELB 4IO4A 4KCDA 3S9EA 3IR1A 4EXLA 2GHBA 3DP4A 4KYDA 1MG1A 2I4BA 3TPAA 3TTNA 4NF4A 1B5HA 3TMGA 1MXVA 1LLSA 3H03A 3O6GA 3VVFA 2DWIA 3D4CA 3MP6A 3K6VA 2VP1A 3VLVA 1UIVA 1RYXA 4YB6A 4YICA 4F18A 4OESA 4KYSA 1PB7A 2D5WA 3K6UA 1MDP1 1P1OA 4BDRA 3ZS6A 1YTVA 3RY3A 4JWYA 3Q28A 3LBSA 4C1UA 1NNKA 4OFLA 4G68A 2F34A 3SEYA 1I69A 4HTGA 2G29A 1JVYA 4QRZA 2UVIA 2F6PA 2AL4A 2RC7A 1GVCA 4OVJA 2ALUA 4ZEIA 3LSWA 4PETA 2KLFA 1FQCA 2GH9A 3TODA 1WDNA 4BDMA 1PC3A 3E4RA 3IJXB 2Q8JA 3T93B 5ICQA 3K6WA 1DPPA 1O63A 3MZ1A 4FAJA 1LAXA 4G2ZA 3SEUA 2RCAA 1GR2A 1CB6A 3MP1A 5H8FA 4KI0E 2XHDA 2R6GE 2UXAA 3S4UA 2F78A 1R9QA 3B6WA 5I56A 1FQEA 4IGRA 4RNSA 2UVGA 2OWSA 3CG3A 3LR1A 2RINA 3Q26A 2XX8A 1DSNA 3ZKKA 5DVFA 5FHOA 2ZXTA 4H8JA 3HCQA 3VLWA 2HZKA 3RNNA 3O6HA 4ELOA 1B52A 4RK9A 1LAHE 3N26A 1LFIA 1SYHA 1Q1KA 3O6IA 5DT6A 2RC9A 2I0BA 4KQPA 1N3XA 5KCJB 2H98A 4ELRA 5AA4B 1FTLA 1LGBC 3OSQA 4OYVA 3T9VA 1MS7A 3LSXA 1FQAA 1NH8A 2DOJA 4WXJA 5KDTA 2H9BA 2H5YA 1US4A 1EZPA 2DWAA 1M5BA 2DWJA 1ATGA 3CI8A 4MF3A 2CMOA 1M5CA 1Z7ME 4L17A 1BKAA 1B7UA 3CFZA 4BDNA 1N7WA 1UTHB 5CRYA 2GRVA 3VLUA 1HSEA 4GL8A 5I58B 4ZE8A 3K4UA 4RY1A 4BDQA 4H5GA 3OSRA 5JTYA 1USYH 3TTRA 4DCYA 1EU8A 1QUIA 2I6EA 2DE2A 3TELA 3DLNA 3LC8A 2DWHA 3BBRA 4LQ5A 2NOOA 1EZ9A 4M4GA 4QHQA 2PBWA 2VOZA 2QMWA 4BDOA 4HCWA 2I3VA 1OVBA 1N76A 2QMXA 3FXRA 4X48A 5BWJA 1B51A 4NWDA 3C35A 4HW8A 5CM6A 1Y20A 5TP9A 4GOTA 3TAJA 3MVWA 3RTFB 5CMKA 3C33A 3HPIA 2A5TA 1BIYA 3IX1A 4ONYA 2NUVA 1PB8A 3KOSA 3PPQA 4GLIA 1WVJA 2A5SA 4I62A 3U1OA 2Q2AA 4GVOA 1NNFA 3GLBA 5DEXB 1M5DA 1PDAA 3FD3A 4YKKA 4K3FA 3TQWA 2DVCA 4FEBA 1SI0A 3H4ZA 3ECRA 3TZAA 1UIUA 2XXTA 4OENA 3OO8A 4XTCQ 4ZEBA 1A55A 4POWA 4H0WA 5H8QA 4EF1A 4U23A 1MQIA 4HCYA 1XHYA 1ZIUA 1B3LA 2ZYKA 3FASA 3H6UA 2RC8A 2B65A 2P1SA 4ND9A 4F39A 4ZZEA 4FECA 2XXHA 3CFXA 3P7IA 1B4ZA 1PBQA 4OFJA 4FATA 2XXYA 2Z22A 3TTMA 3RT6B 1VFEA 5ISUA 3PD9A 3E13X 3QUFA 5L9OA 1JVXA 3T9HB 4GF8A 3THIA 4NF8A 2THIA 1EH3A 3H6WA 1SQYA 3VFJA 3QXMA 4OZ9A 5CI5A 4NE4A 2UVJA 3T9UA 4H67A 4F2OA 1LSTA 1FTMA 1JQFA 1MM6A 3KFMA 4F1UA 2XXQA 3D4GA 2I3WA 2PYYA 3O29A 5I57A 1H45A 3U92A 4XIGQ 3RN8A 1NNTA 3FXQA 1OQGA 1MY2A 2VHAA 4OETA 3IO4A 1P1UA 3PMVA 4MLQA 2H4IA 1FTJA 5H8HA 4DLDA 2DXRA 3ODBA 2NXOA 3KGCA 1FQBA 4LZ8A 3KOTA 4KR5A 4RPOA 4U4SA 3N94A 1EZOA 3FIRA 5TPAB 4OHNA 4THIA 4I9DA 1Y1MA 5JTYB 1B05A 3A3UA 3TDJA 3IOWA 4O3CA 5FHMA 5IAIA 2Q2CA 3IB0A 2FNCA 3G3FA 2Q9TA 2H25A 3SEWA 3O66A 3MC2A 3HO7A 3TKDA 5EHSA 4IB2A 3KEIA 1QVSA 2F35A 3I3VA 4XKNA 1B5JA 1B1HA 5TP9B 2XXUA 2O7UA 3FVOA 3W15C 3O2AA 2VD2A 3CSGA 4PE5B 1NMUA 1MRPA 3G3JA 3PGFA 4U22A 4IY6A 2REGA 2XXXA 2OLBA 4FIMA 3K1MA 3U94A 5FHNA 1GV8A 2VGQA 5I59B 4X9TA 1URGA 2HCAA 2DVZA 3HHGA 2O1LA 3FZVA 3VXCA 4ZEFA 5I2KA 1D4NA 1SDXA 1LAFE 5EHMA 2ESNA 1B3HA 3G7WA 1FQDA 4ZDMA 2V3TA 5I2NA 1Y3PA 2HXWA 1VFDA 1MY4A 4R74A 4AQ4A 1GTKA 3W9VA 2V25A 2PX1A 1OVTA 1QULA 4LUBA 4LZ7A 3RGYA 4N6PA 1BP5A 1S7YA 1LBBA 1LFHA 2O69A 2ONSA 3KG2A 3V89B 3FUZA 4F19A 1B3GA 1IZ1A 2IEEA 4IO7A 4PFTA 1AH5A 3RT8A 2XXWA 1MXWA 1UQWA 3SDFA 4U1OA 2NVUB 2D3IA 2XXIA 1UTBA 2DYXA 4YU0A 3S9NC 4U1ZA 2PMSA 3PD8A 3IJOB 3O97A 3RTWB 5AA1A 1FQFA 2F6GA 1AL3A 1F9BA 3B6QA 4KPTA 1MQJA 1MM7A 4OMBA 3FV2A 1YCJA 3T9XB 4ISUA 1TT1A 3QIMA 3MQ9A 2QL3A 1B1XA 3OO7A 3C34A 3SEXA 4TLMB 3SERA 4QFPA 3SEVA 2I4CA 2W7YA 1MDQA 5CC2A 5DVJA 4IO6A 3JV9A 5A5XB 1WODA 1GGGA 4TOZA 2OCUA 4DDDA 2Q88A 3K01A 3ONMA 4NF6B 4EF2A 3N5LA 3VXBA 5HPQA 5FTHA 1B40A 1PBPA 1BTJA 1P1QA 3KN8A 4QFLA 3L6GA 4I8CA 1IUDA 4H65A 4QFKA 4XKRA 1VE4A 2Z23A 4DXUA 1A8FA 3O9PA 4KYEA 3CRBA 3K1PA 2V3UA 3A09A 5K2XA 4GL0A 1B32A 3C36A 3JZJA 4MLVA 4QFNA 4GXSB 2OK2A 4GWOA 2ZNTA 5DYHA 3CR9A 1QUJA 3K02A 2O68A 3HN0A 3K6XA 1ZLQA 2XXVA 2YJPA 5I2KB 3E9XA 1S9TA 4R6YA 3VVEA 3OMBA 3EN3A 1J1NA 1A54A 2Z8DA 1MY0A 5FTIA 3UK4A 4H8IA 4G8MA 1RYOA 1IXHA 4KFQA 1MH3A 3B7DA 1MPDA 4YB7A 5HBCA 4E0XA 2G93A 4AB6A 3UN6A 3UIFA 1POY1 3C31A 4WEDA 3IB2A 1FTOA 1B3FA 4NF4B 1LCTA 4P11A 3PU5A 2F8DA 5K2YA 4JDFA 1NFTA 1SD3A 4QF9A 2ZYMA 4NMYA 1US5A 3GBAA 3R26A 1MXXA 2ONKE 3PUZE 4X1DA 1OMPA 3U8QA 1VR5A 1DPEA 1B9JA 2ABHA 3IOVA 2IA4A 4G68B 2HAUA 3RLFE 2HQ0A 3UGWA 2I49A 2QS1A 3T66A 4FE8A 1LB8A 3FGSA 3C32A 3IAZA 2X7PA 1A99A 4ZEKA 1N7XA 1IXIA 3EQ1A 1MQHA 3E3KA 1MY1A 2I0CA 5AA3A 3EPEA 3MUQA 4LONB 3MVXA 4YZZA 3OOAA 4LQ2A 4YKJA 1URSA 3M3KA 4FORA 3R7XA 1R1NA 4IO3A 4WEPA 2UYEA 4Z0IA 5KZTA 1MPCA 4NF5A 4EQ7A 1SW1A 1II5A 4R9FA 5H8FB 3CFLA 3MWBA 4ELPA 1O64A 3QYTA 4PQJA 4BLAA 1T0KA 1Z7NE 2O1MA 5I56B 5ITPA 3MPLA 1POTA 4YKIA 5H8NA 4JSDA 3EHUA 3M3FA 5ICTA 3QUJA 2F7BA 4JSOA 3PPRA 5J1DA 1B6HA 3KN3A 4GQOA 3HSTA 4O3AA 1DMBA 2Y7KA 1SW2A 1AIVA 1JW5A 4IGTA 2R71A 1VSOA 4Q5TA 4Q0CA 4MFIA 1SBPA 1MQGA 2DXYA 2XX7A 3T96B 1DOTA 1JNFA 1QJMA 3CSBA 1B4HA 1LB9A 1R9LA 3QK6A 4RYAA 3OD7A 4EXKA 5KDTB 1MQDA 2XD3A 4GD5A 1N84A 1RKMA 4OTEA 1P1WA 3MW0A 3ILTB 3PPNA 4OWDA 2DS9A 5H8SA 2HEUA 1ZU0A 4ZS9A 1ZTYA 2F5XA 1Y9UA 3TTKA 3VV5A 2ZYNA 4R72A 3DP8A 2ZNUA 4R9GA 1B3EA 4H6DA 4KHZE 2UVHA 3VVDA 4H1XA 4XXUA 3R6UA 2Z8EA 4Z7EA 4F3PA 3KSJA 4U21A 1USYE 1IXCA 1XOCA 2GHAA 4R6KA 1N04A 3OELA 4BDLA 3PV0E 4F3GA 3BFUA 2Y7PA 3M3LA 1PB9A 3QSLA 4DZ1A 5L9SA 3PPOA 2F7CA 1PEBA 3KSXA 3PUYE 3FJMA 2VD3A 3ZKLA 4I1DA 5DTBA 1OLAA 3KJ7A 1B46A 2A5TB 3UP9A 3MVYA 4G68C 3BFTA 5LOMA 1MXYA 2GFEA 4NEDA 5IKBA 3S2VA 2OZZA 1I6QA 1Y4CA 1QKAA 4RPNA 4R2BA 3GZGA 5KCJA 3HV1A 2YPNA 3IL1B 1LBCA 5AA4A 4DIGA 4RJZA 4F22A 4EQBA 1ELJA 4GFRA 4NF5B 5H8QB 3QAXA 2ZMBA 1B7HA 5CBRA 2V84A 4RXLA 2I48A 4F1YA 3TEPA 4OFOA 1LFGA 1UTHA 1AMFA 2RKMA 3TUSA 1XC1A 1YAEA 3PUVE 1SW5A 5I58A 3TTLA 4R6HA 4G8NA 4KCCA 4Q8RA 2F7AA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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