3HCQA

Structural analysis of the choline binding protein chox in a semi-closed and ligand-free conformation
Total Genus 32
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
32
sequence length
288
structure length
288
Chain Sequence
ESCGTVRFSDVGWTDITATTATATTILEALGYETDVKVLSVPVTYTSLKNKDIDVFLGNWMPTMEADIAPYREDKSVETVRENLAGAKYTLATNAKGAELGIKDFKDIAAHKDELDGKIYGIEPGNDGNRLIIDMVEKGTFDLKGFEVVESSEQGMLAQVARAEKSGDPIVFLGWEPHPMNANFKLTYLSGGDDVFGPNYGGATVHTNVRAGYTTECPNVDKLLQNLSFSLQMENEIMGKILNDGEDPEKAAAAWLKDNPQSIEPWLSGVATKDGGDGLAAVKAALGL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Structural analysis of the choline-binding protein ChoX in a semi-closed and ligand-free conformation.
pubmed doi rcsb
molecule tags Choline-binding protein
source organism Sinorhizobium meliloti
molecule keywords Putative choline ABC transporter, periplasmic solute-binding
total genus 32
structure length 288
sequence length 288
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2009-05-06

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF04069 OpuAC Substrate binding domain of ABC-type glycine betaine transport system
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3hcqA01
3.40.190.100 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Glycine betaine-binding periplasmic protein; domain 2 3hcqA02
3TQLA 1ZTYA 2GHBA 3MC2A 2DWIA 1B1XA 2AL5A 4F2OA 1UTHA 2H5YA 4EQBA 3VLUA 4JWXA 3KG2A 4X1DA 1XVYA 1LLSA 4THIA 2F7CA 2F34A 1IQ7A 3O6GA 4IB2A 3PUYE 3WAEA 1B0HA 1M5DA 4X48A 4NF8B 2HZKA 5I59A 3SEYA 3K1MA 2HZLA 4PP0A 1LGBC 1UTBB 4L17A 3TAJA 1A8FA 4QRZA 1A54A 4EQ9A 2QS1A 2XXPA 4O3BA 4BDLA 1I6BA 1Y4TA 2XXXA 4R75A 2R9JA 1B9JA 4GRKA 4EDPA 4ND9A 2QMWA 4FAJA 2RINA 4LP2B 4JDFA 4QFOA 3VVDA 3HHGA 3GZGA 1ZBMA 3MZBA 4EF1A 3DP6A 1MQGA 4WEPA 2XXTA 1LFHA 4IY5A 3OD7A 4F3PA 1S9TA 4U4SA 5I56A 1SYIA 1IEJA 3MVZA 2NWJA 4ECFA 4NTLA 1QKAA 4H0WA 3VLVA 1NH8A 1ZJLA 3HN0A 4ESXA 4RYAA 1BLFA 5DT6A 2PBWA 5I57A 2AIXA 2M8CA 4GD5A 2Q2AA 5L9OA 2XXYA 3BBRA 3C33A 4YMAA 2E1SA 2HFBA 1PB8A 1FW0A 5A5XA 4BDOA 3CR9A 3H03A 4DXCA 3Q27A 3VLWA 3RNNA 3MQ9A 4GFRA 3BFUA 3ZSFA 2O1LA 5FTIA 3ONMA 5H8FA 4HTGA 2DS9A 5JK4A 3TFLA 3FXQA 4OFOA 1JW1A 3IOVA 5FHNA 1CE2A 1AOVA 4OQOA 4NE4A 5ICTA 3DLNA 2V3TA 1B5HA 4XXUA 4TLLB 5DVIA 3HHFA 4R2FA 3QUJA 2R71A 1BKAA 4YKJA 3RT8A 3SEXA 3FIRA 4IGTA 1SD3A 4GQOA 4TQUQ 2XD3A 2XXVA 1JEUA 1LBCA 4F1UA 1Z7NE 1VFEA 1MXZA 3K1PA 2GRVA 5ITPA 3OEMA 4NWCA 3S9EA 2I58A 3MVWA 1RYOA 4ZDMA 2YLNA 2NXOA 5AE4A 4YKIA 4XIGQ 4R74A 5M2VA 3QYTA 1RYXA 2E0SA 1S7YA 2Y7RA 3KN8A 2YPNA 3MVXA 2I0BA 4EUOA 4GVOA 5TP9A 1FQDA 2AL4A 4QFPA 5I2NB 4GWOA 1MY1A 5B7DA 1Y20A 1FQEA 2IA4A 4IY6A 3EHSA 1B4HA 1N7XA 2XD2A 4U22A 2XX9A 1Q35A 2R6GE 3JZJA 4QF9A 3BKIB 3CIJA 3O9PA 3VFJA 2ZYOA 1N0TA 4EF2A 4POXA 3PPNA 3R6UA 2I4BA 1B3LA 4RK9A 2HEUA 2P0SA 5L9SA 4OTEA 4KYEA 3U92A 3K6VA 3THIA 1PC3A 4NF4A 3ECRA 3CSGA 5DVFA 2UVJA 2ALUA 3SETA 1JNFA 1QKBA 2O1MA 4ESWA 1B40A 3MP1A 3TMGA 4HCWA 2F36A 4YAHX 1DTZA 2H99A 3G3KA 1BIYA 3V89B 3IX1A 1QUKA 3TYHA 2RC8A 1H44A 5CMCA 1PB7A 3TCGA 2B3BA 4ZZEA 3CI8A 3P7IA 1RKMA 5CRYA 3UK4A 1YPNA 3HPIA 3VXBA 4YICA 1Q1KA 3FD3A 2XXHA 1FTLA 1ZMGA 3Q28A 4JSDA 4NF8A 4F29A 2ZXTA 3KFMA 4KFQA 1NNPA 4OWDA 2NVUB 4ELOA 1IITA 2OK2A 1ZLQA 2Y7WA 3RQTA 4X1BA 3TTMA 2PVUA 3KSJA 4C0RA 3O97A 3T9XB 1M5CA 1YCJA 3FJMA 1B7UA 3PMWA 3G3GA 3U94A 3RTFB 3UP9A 1FQAA 1IUDA 3U93A 2DXRA 4YMBA 4QHQA 2Z8EA 4G68B 1A7LA 1B3EA 1LB9A 4AB6A 3GBBA 2OZZA 5JTYB 1VSOA 3PUVE 3TEPA 1A40A 4R6HA 1B52A 3B6TA 3MJNA 3FVGA 1M5EA 4U2RA 1ELJA 1JQFA 1MDP1 4JWOA 3FUZA 5I84A 3PUXE 2RCAA 3LR1A 1QW0A 5I58B 2UVGA 3O28A 2DVCA 2F8DA 2QMXA 1B7HA 3G3FA 3L6GA 3TZAA 3TQWA 1OLAA 2ZYNA 1SI0A 3B6WA 4KR5A 5LOMA 3FXRA 1MM7A 4U1OA 1FCKA 3VV5A 1CB6A 4IO5A 5L8DA 3OO8A 4MFIA 1LAHE 4MLQA 2VGQA 3PU5A 1SQYA 1B6HA 1B4ZA 1UIVA 2P2AA 5CMBA 4NWDA 4K3FA 4F22A 4PQJA 1M5FA 3KJ7A 1VR5A 4LQ2A 3H6VA 3PPQA 2Z8DA 1P1NA 1SW2A 1N3XA 1ZIUA 1B1HA 1MXXA 3IORA 3C35A 1AL3A 3MUQA 5DVJA 3IK6B 1LFGA 2Y7PA 3W15C 3KOTA 4POWA 1LAXA 4Z0IA 4FATA 1IXCA 1NNKA 4RPNA 2Q8JA 1US4A 5I2NA 4NMYA 3C9HA 2QJEA 1SYHA 3FVOA 3CFZA 4OERA 2DP8A 2O68A 4G2ZA 3EHTA 1I6QA 1B3GA 2I49A 3GBAA 3VXCA 4BDQA 4DXUA 3EQ1A 3MP8A 1AMFA 3EN3A 3HV1A 4P11A 2FA7A 3C32A 3T66A 1P1UA 2ZNSA 4PETA 4HS7A 1QVSA 3T96B 4AQ4A 3KJTA 2REGA 2GHAA 3OMBA 1B0LA 5CM6A 1MH3A 2V93A 2ZNUA 1PDAA 5CMKA 4I1DA 1JW4A 5F7VA 2UVIA 1ZKBA 1H3DA 4N07A 1DPEA 4IO6A 3W9VA 3VDFA 2D21A 3A09A 3MPKA 3KOSA 5CC2A 2ONKE 1OQHA 1UIUA 4DXBA 1B58A 1HSJA 4LZ8A 4YB7A 4U23A 3KSXA 3H6WA 3K2DA 5KDTB 1XC1A 2H4IA 1O7TA 3FXUA 4FEBA 4R9GA 1O63A 4QSDA 3FVKA 2D5WA 4PFTA 3ZKLA 5FHMA 3KZGA 3LSFB 4TOZA 1FQCA 4EXLA 1N04A 1Y3QA 4OXVA 2BJJX 4LUBA 1EZOA 3FGSA 1GV8A 1TXFA 5ISUA 4KYSA 2F6PA 1OQGA 1R1NA 4NEDA 4LZ7A 1O64A 2XXWA 5CBRA 1PB9A 3T9UA 5IKBA 3IJOB 4DLDA 4OEUA 4F39A 1MH4A 3LBSA 3CVGA 1XT8A 4H8JA 5H8QB 1AIVA 1MM6A 3MW0A 1MXWA 3FV1A 1YAEA 3N94A 3PUZE 4PFYA 4OFJA 2RCBA 2I3VA 4I9DA 3CFLA 1GTKA 1XVXA 3K02A 1MRPA 2VOZA 3TPAA 4BDNA 4R6YA 3U8QA 1B46A 5BUUA 3IO6A 3C36A 1JVXA 2AYSA 5AA2B 1JVYA 1MQDA 4YKKA 3W9WA 1OLCA 3TODA 4KHZE 2PMSA 2RC9A 4IO3A 2DE3A 4JBZA 4G68A 3ILUB 4ZECA 5JEIA 1MPBA 5JTYA 2OLBA 1Y1ZA 4ZEBA 1B3HA 1N3WA 3C31A 2WKYA 4ZS9A 3JV9A 3UGWA 3KBRA 2THIA 3OSQA 1MQJA 2O69A 3H6TA 2XXUA 2ONRA 2ZMBA 5BWJA 3QIMA 4P0IA 4BDRA 3FJ7A 4ELRA 2RF1A 4G77A 4KI0E 3RT6B 3VVEA 1EH3A 4O3AA 3SEWA 4XKNA 3WAFA 2F35A 2X7PA 4IGRA 4KCDA 5I58A 1BTJA 1Y9UA 4C1TA 3TTNA 5HPQA 3K01A 3K6UA 3FATA 1T0KA 5DEXB 2RKMA 2O7UA 3KGCA 4GXAA 1XOCA 3DELB 4F1VA 3PGFA 2F6GA 1B32A 4G8NA 2REJA 3VVFA 3OENA 4KCCA 1DOTA 3PV0E 3V8XB 1DTGA 2D3IA 2H25A 3O6IA 2DXYA 3IJXB 4PE5B 4TLMB 4F3GA 3PUWE 2I6EA 2Q88A 4M1VA 4N13A 3OO9A 2O7IA 3FASA 1LAGE 2QSXA 4JB7A 4ZE8A 1SDXA 1P1WA 2A5TB 3G3IA 4Z7EA 3IOUA 2LAOA 3DP8A 2H98A 4ONYA 2CZLA 1DMBA 3TELA 4U1ZA 4O3CA 2DWHA 4R72A 3K4UA 2RC7A 3ZKKA 1NKXA 3IR1A 4F3BA 1US5A 1SVXB 3USDA 1OMPA 4Q8RA 1FTMA 2I0CA 2DE4A 3PMXA 4RNSA 1QULA 1LAFE 4LA9A 4F3SA 3IL1B 4N6PA 3EPEA 3V83A 4F2QA 3MP6A 1P1OA 3N5LA 3QUFA 1N7WA 5FHOA 3R7XA 1UTBA 3T9VA 1URDA 1EU8A 5H8NB 1PBPA 5H8HB 2ESNA 5DYHA 3FJGA 3T22A 3ODBA 5ICQA 4GIZA 4ELPA 4GF8A 1PBQA 4NF5B 1XS5A 1Y1MA 1Y3NA 3BFTA 4Q5TA 2XXRA 5KCJB 3I5OA 3OO6A 5TU0A 3IOWA 1POY1 3MZ1A 2GFEA 4I8CA 3MVYA 1D3KA 1H76A 4DE8A 5KDTA 3OELA 4ZEFA 1VFDA 1WDNA 2Z22A 4YZZA 4IO4A 3UORA 3B6QA 1P1QA 3N26A 1PEBA 2HQ0A 4MLVA 3KN3A 3QK6A 3QXMA 3CFXA 3RUMA 4F19A 4ZE9A 1B5JA 3RGYA 1SBPA 2VD3A 4MH5A 4NF6B 5AA4B 1NH7A 1POTA 1XHYA 1A55A 3TCHA 3D4CA 3SKPA 1NL5A 3HSTA 2VP1A 4XKRA 3E3KA 3CG1A 2XHDA 3V5AA 3A3UA 5EHSA 4FECA 3CSBA 4DZ1A 5H8QA 4R73A 4IO7A 2DWJA 1I69A 3FZVA 3LSWA 1GGGA 5B70A 1N84A 3D4GA 4BDMA 3EF7A 1N76A 2X7QA 1HSLA 1OIBA 4JXIA 3IO4A 1I6AA 5AA2A 3C4MA 4HW8A 4OMBA 4MBPA 1ZU0A 2OCUA 4H5FA 2V3QA 3S2VA 2HAUA 3OOAA 4UA8A 2OJTA 2I4CA 3M3KA 4AB5A 4DIGA 3S9MC 4WEDA 4F31B 1H45A 4RJZA 4KQPA 4G8MA 4ISUA 3IOTA 2DVZA 2ZYMA 5EYFA 1A99A 4OEVA 1S50A 3I3VA 2Q89A 2PT1A 3IB1A 1NNFA 4OFLA 1L5TA 2F5XA 2VHAA 5DEXA 1LFIA 1MDQA 1MY3A 1QUIA 4PFWA 3M8UA 4LQ5A 4YU0A 3T9HB 3OEKA 1LSTA 3Q26A 3Q25A 4R6KA 2ZYKA 3LSXA 5J1DA 2DOJA 1MXYA 3E9XA 1R6ZA 1J1NA 2F78A 4HCYA 1D4NA 4KPTA 1WODA 4H65A 3LC8A 3OO7A 1SW5A 2O84X 2F7AA 1MY4A 2V84A 3HO7A 4U4XA 2I3WA 1ATGA 2G29A 4MF3A 2A5TA 3TTLA 3IAZA 1IXHA 1MY0A 3QAXA 4OZ9A 2NOOA 3PPPA 2FYIA 3G3HA 3O2AA 3O66A 1R9QA 4FE8A 3GLBA 4E0XA 1FQBA 2QPQA 3TDJA 3M3LA 1BP5A 2Z8FA 2UXAA 1MPCA 3PPRA 2Q9TA 2PX1A 4RPOA 3M3FA 2XX7A 1SW1A 4RXLA 3KEIA 2KLFA 1GR2A 5CI5A 3JYRA 1Z7ME 4H5GA 4RK2A 5H8NA 1Y4CA 4C1UA 3K6WA 4R9FA 5H8HA 3FV2A 4H67A 5AA2D 1EZPA 2Y84A 3TKDA 4H8IA 4RA1A 4UACA 4NF5A 5FTHA 4OETA 4EQ7A 2IEEA 3EHUA 5KCJA 1KWHA 2G93A 1R9LA 1SI1A 4R2BA 2X26A 3RLFE 3B7DA 3H6UA 5KZTA 3T93B 2A5SA 3ZS6A 3IB0A 4F1YA 2UYFA 4I62A 3SESA 3UA8A 2PYYA 2DSFA 3E4RA 1JW5A 3U72A 4YB6A 2UVHA 4Q30B 1FTJA 1A8EA 2W7YA 2UYEA 3RY3A 1NMUA 4ELQA 1MQIA 5TPAB 1MPDA 5I2KB 4WKMA 3A3CA 3H7MA 3FVNA 1QUJA 4QFKA 4OYVA 5K2XA 4FORA 1M5BA 5K2YA 4NF6A 3MPLA 5AA4A 3DM0A 3CRBA 1D9YA 1IZ1A 3H4ZA 1TT1A 4G8HA 1HSEA 3MAMA 1LCTA 5AA3A 4KYDA 3TCFA 4WXJA 3TUSA 2FNCA 2QRYA 1P99A 4U21A 2V25A 2NUVA 1UTHB 3GXAA 3RPWA 2HAVA 4G68C 4QFNA 2I48A 4QSCA 1AH5A 3S4UA 3PD9A 2QS2A 5L9MA 1MY2A 3LSLA 4RY1A 3IB2A 1OVBA 2Y7KA 1FTKA 1B51A 1URGA 2OBGA 4GLIA 5I59B 1IIWA 1GVCA 2CMOA 2V3UA 1WVJA 2ONSA 1B05A 3RTWB 1FTOA 3SEVA 2PT2A 3VE1B 1USYE 3TTKA 1B2HA 3LUYA 3SDFA 1JEVA 2DQVA 2DE2A 3HCQA 4ZEDA 4X9TA 5EHMA 3PMVA 5H8SA 1YTVA 3MBPA 3C34A 3R26A 4FEDA 4ZEKA 1H43A 4YB5A 3G7WA 2P1SA 3OXNA 4P0GA 4QSEA 4XKPA 5F1QA 1OVTA 1UQWA 1TWYA 4Q0CA 1Y3PA 5AA1A 3F11A 5I56B 3O29A 2F7BA 3MWBA 2YJPA 4OESA 2GH9A 5CMMA 2O51A 5I57B 2VD2A 1VE4A 4ZEIA 4GXSB 2QS3A 1MXVA 3MZ9A 4ZZAA 3ILTB 1IXIA 5A5XB 4EXKA 4LVQA 4OVJA 1DSNA 3N6UA 2DWAA 3CG3A 1NFTA 3OSRA 2HCAA 4PFUA 3S9NC 4OHNA 5H8FB 2ABHA 1LCFA 4KD5A 4FIMA 2F97A 5ITOA 3H06B 1ANFA 1QJMA 4DCXA 1B7ZA 3PPOA 4DCYA 2OWSA 4JSOA 3KN7A 1MXUA 1IXGA 1D9VA 4E0WA 4BLAA 1F9BA 5CBSA 1II5A 4LONB 1URSA 3Q29A 1MQHA 3I6VA 4OENA 1MS7A 4H6DA 3K00A 4DDDA 4GL8A 4G4PA 2ANJA 1LBBA 3K6XA 5HBCA 2B65A 2XX8A 3H3GA 3N6TA 5DTBA 2XXQA 3O6HA 4IO2A 1EZ9A 3G3JA 3RN8A 3QSLA 4XKQA 4YKPA 4FJPA 3L6HA 2B3FA 2DYXA 1SW4A 5TP9B 4JWYA 2OWTA 1DPPA 2QS4A 4GL0A 1TFDA 2XXIA 4LATA 1TFAA 3UN6A 2H9BA 3TTRA 4M4GA 3UIFA 3U1OA 2Y7IA 5ELVA 2ZNTA 3S9LC 1MG1A 2O6AA 1B5IA 3PD8A 4H1XA 2QL3A 1USYH 3DP4A 4QFLA 2HXWA 2Q2CA 1FQFA 3K1NA 1JETA 4LZ5A 4F18A 5HM4B 1B3FA 4NF4B 4XTCQ 5TPAA 5IAIA 5I2KA 3SEUA 3K0VA 1LB8A 3SERA 1NNTA 3AXFA 2Z23A 3E13X 4GOTA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3TQLA 1FJ6A 1ZTYA 2GHBA 3MC2A 2DWIA 1B1XA 5I5PA 2AL5A 4OVPA 2B4LA 4F2OA 1UTHA 3E79A 2H5YA 4EQBA 1FPEA 3VLUA 4JWXA 3KG2A 2WEFA 4X1DA 1XVYA 1LLSA 4THIA 5IZZA 2F7CA 2F34A 4FBPA 5ET8A 1KZ8A 1IQ7A 3O6GA 2HPGA 4IB2A 3PUYE 3WAEA 3T1BA 1B0HA 1M5DA 4X48A 4NF8B 2HZKA 5I59A 3SEYA 5IZ3B 3K1MA 2HZLA 4PP0A 1LGBC 1UTBB 4L17A 3TAJA 1A8FA 4QRZA 1A54A 3IFAA 4EQ9A 2QS1A 2XXPA 4O3BA 4BDLA 4P1LA 1I6BA 3GYYA 1Y4TA 2XXXA 4R75A 2R9JA 1B9JA 4GRKA 3LUZA 4EDPA 4ND9A 2QMWA 4NF0A 4FAJA 2RINA 4LP2B 1Q9DA 4JDFA 4QFOA 3VVDA 4O7IA 3HHGA 3GZGA 1CNQA 1ZBMA 3MZBA 4EF1A 3DP6A 1MQGA 4WEPA 4N17A 2XXTA 1LFHA 2JJKA 4IY5A 3OD7A 4F3PA 1S9TA 4U4SA 5I56A 1SYIA 1IEJA 3MVZA 2NWJA 4ECFA 4NTLA 1QKAA 4H0WA 3VLVA 1NH8A 1ZJLA 3HN0A 4ESXA 4RYAA 2VPOA 1BLFA 5DT6A 2PBWA 5I57A 2AIXA 2M8CA 1NV5A 4GD5A 2Q2AA 5L9OA 2XXYA 3BBRA 3C33A 4YMAA 2E1SA 2L5VA 2HFBA 1PB8A 1FW0A 5A5XA 4BDOA 3CR9A 3H03A 2KR0A 4DXCA 3Q27A 3VLWA 3RNNA 3MQ9A 4GFRA 3BFUA 3ZSFA 2O1LA 5FTIA 3ONMA 5H8FA 4HTGA 2DS9A 5JK4A 1FTAA 3TFLA 3FXQA 4OFOA 2XWIA 1JW1A 3IOVA 5FHNA 1CE2A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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