3HSTA

N-terminal rnase h domain of rv2228c from mycobacterium tuberculosis as a fusion protein with maltose binding protein
Total Genus 118
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
118
sequence length
365
structure length
365
Chain Sequence
KLVIWINGDKGYNGLAEVGKKFEKDTGIKVTVEHPDKLEEKFPQVAATGDGPDIIFWAHDRFGGYAQSGLLAEITPDKAFQDKLYPFTWDAVRYNGKLIAYPIAVEALSLIYNKDLLPNPPKTWEEIPALDKELKAKGKSALMFNLQEPYFTWPLIAADGGYAFKYENGKYDIKDVGVDNAGAKAGLTFLVDLIKNKHMNADTDYSIAEAAFNKGETAMTINGPWAWSNIDTSKVNYGVTVLPTFKGQPSKPFVGVLSAGINAASPNKELAKEFLENYLLTDEGLEAVNKDKPLGAVALKSYEEELAKDPRIAATMENAQKGEIMPNIPQMSAFWYAVRTAVINAASGRQTVDEALKDAQTNSSS
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Structural and functional characterization of an RNase HI domain from the bifunctional protein Rv2228c from Mycobacterium tuberculosis.
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase
source organism Escherichia coli k-12
molecule keywords Maltose-binding periplasmic protein
total genus 118
structure length 365
sequence length 365
chains with identical sequence C
ec nomenclature
pdb deposition date 2009-06-10

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01547 SBP_bac_1 Bacterial extracellular solute-binding protein
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3hstA02
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3hstA01
2XX8A 1SD3A 3VXBA 3MVZA 1ZTYA 3DLNA 1H45A 4R2BA 4NF5A 5L9MA 3RT6B 3SEYA 4XIGQ 4PETA 1DTGA 4FJPA 1MPCA 3GBBA 1RKMA 4KYDA 1P99A 4H65A 3K0VA 1NNPA 4RNSA 1MXUA 4QF9A 3RQTA 3U93A 2O7UA 2Z8EA 4RXLA 2Y84A 4KYEA 1DMBA 2H9BA 4EDPA 1B3FA 3H3GA 3V8XB 4H8JA 1POY1 2B3BA 3LSFB 3G3JA 1MXVA 3CI8A 1A99A 4O3AA 4OENA 4NE4A 1URSA 4MLVA 1UIVA 1ZJLA 3VV5A 3EPEA 2DWJA 1FTOA 1QJMA 5L9OA 2QMWA 2DWIA 1FQEA 2R71A 3IOTA 3ZSFA 3P7IA 4ONYA 4YU0A 1O7TA 1XHYA 1ANFA 3F11A 1RYXA 1A7LA 1Y4TA 4MFIA 1A54A 4IO4A 2O1LA 3RT8A 3USDA 1EZ9A 1EZPA 1LGBC 2PT2A 2HZLA 4ZEBA 4QSEA 4DDDA 1N76A 2Q2CA 3MW0A 2NWJA 1QULA 5I57B 1F9BA 1H76A 4RJZA 3G3HA 4DXCA 4FE8A 3K1PA 1NH7A 1ZU0A 3SKPA 4AB5A 3V89B 4C0RA 1DPEA 3HO7A 1IIWA 3S9MC 1FTMA 2DXRA 1URGA 3PUYE 3C32A 2B65A 3VLVA 5KZTA 3PU5A 1BKAA 3PMXA 1EZOA 3A09A 4U1ZA 1LAXA 4U23A 2UYFA 3MVYA 2X7PA 2XXUA 2R9JA 3UORA 2W7YA 4F1UA 1N84A 4M4GA 5TP9A 4IO3A 3BKIB 4ELQA 4POXA 3M8UA 1B46A 3C4MA 5IKBA 2AL5A 3RLFE 5JK4A 4QFLA 4O3BA 3OMBA 1SVXB 2P2AA 4H0WA 2H25A 3SETA 3ILTB 1N3WA 1URDA 1WODA 1MQGA 5H8NA 3HCQA 3KSXA 2CMOA 2XX9A 4F3PA 2DE2A 3D4CA 4FATA 3MWBA 2YLNA 5J1DA 5DEXA 3SEUA 1B51A 4LQ2A 1JEVA 4ZDMA 2O1MA 1PEBA 3OEMA 3T9HB 3H6WA 5JTYA 4NF6B 3K6XA 1ZIUA 3KGCA 4ZEKA 3JZJA 4ZECA 3R6UA 1PB8A 3QSLA 5H8SA 3TTKA 1SW2A 1OQHA 3CFZA 2I49A 3E4RA 2OBGA 4LP2B 3C34A 3QIMA 4EQBA 3TEPA 4HS7A 5CRYA 4YZZA 2DVZA 2HCAA 5ITOA 5AA4B 4MLQA 3L6HA 4QFNA 3H06B 1YAEA 2A5SA 3PPRA 2UVIA 5DVJA 4YB5A 2HFBA 2Y7PA 1Y3PA 1R9QA 3VDFA 4GWOA 2F78A 1JNFA 5EHSA 1S50A 1B5HA 3SERA 1HSJA 1Y1MA 5CMBA 4G68A 3H03A 4GL0A 1QVSA 4F2OA 2F97A 1J1NA 3CFLA 4O3CA 3CG1A 3WAEA 3U8QA 3VXCA 4ZEFA 1MS7A 4F29A 2QS2A 1TT1A 1NH8A 1MH3A 2Y7RA 1ZBMA 5KDTA 1SYIA 2XD2A 1BTJA 4HCWA 4ZZEA 5AA2D 4NF5B 1DOTA 1BP5A 1R6ZA 3LSWA 1OVTA 4JWXA 4THIA 3VVFA 1P1QA 1ZMGA 4YKPA 4IO6A 3FV2A 1Z7ME 1SYHA 4MF3A 1II5A 3RY3A 4GD5A 1B7UA 5TU0A 1SW1A 3MVWA 1PBQA 2F7AA 2XD3A 3TDJA 2I3WA 4GFRA 5FTIA 2OCUA 1IITA 1QW0A 3CIJA 3Q26A 4FORA 1GGGA 4U22A 2O84X 3OD7A 1L5TA 4JSDA 2XX7A 2RC8A 4ECFA 3UN6A 3FVNA 4N6PA 1EU8A 3KN7A 5A5XB 1Y9UA 3UK4A 1SBPA 1UTHA 5CM6A 4ELRA 1ZKBA 2A5TA 3IL1B 2Z8DA 4LATA 2RKMA 3O2AA 4K3FA 1MPDA 5KCJA 2DOJA 3IB2A 3B7DA 1FQFA 3C9HA 4R72A 3TCGA 3IB0A 1IZ1A 5CMKA 1JW4A 1P1WA 1IXGA 1XT8A 1MY2A 4X48A 5HBCA 4GL8A 4YKKA 5I2NA 1MQJA 3VLUA 1MDP1 2RINA 1Y4CA 4LZ7A 4ND9A 4P11A 3IOUA 2E1SA 3KEIA 4RPNA 1IQ7A 3K1MA 1KWHA 1B40A 4PFYA 1IXHA 4RK9A 5K2XA 3TFLA 1HSLA 1AMFA 4OMBA 1OLAA 3G3KA 3TELA 4YB7A 5CBSA 3PMVA 2YJPA 4DXUA 3LUYA 1O64A 4ZE8A 3PUVE 2OJTA 1OIBA 2H5YA 3B6WA 3KN3A 4BDMA 1Y1ZA 3PUXE 1H3DA 3FJMA 4BDNA 1RYOA 4POWA 3HV1A 2D5WA 1FQBA 1ELJA 4QSCA 5I84A 1WDNA 4U4XA 1B5JA 4H1XA 3IOWA 5AA2A 3H6UA 4IY5A 5JEIA 1P1NA 3MAMA 1B9JA 3V83A 1DTZA 3C36A 2UVHA 1O63A 4G68C 5EHMA 1YCJA 2O69A 2QRYA 3T9UA 1DSNA 3PPPA 4LVQA 4KI0E 3A3UA 1B0LA 2XXQA 2HAVA 3OOAA 2O6AA 1D3KA 1UQWA 5DTBA 4Q0CA 4NWCA 3TCHA 5ELVA 2UVGA 2XXTA 3R7XA 4NF8A 1S7YA 5CMCA 3K6VA 1UTBA 3OXNA 1B3EA 4PQJA 3H6TA 4IO2A 3TODA 1B1XA 4R9FA 4G8MA 3THIA 2ALUA 2FA7A 4DCYA 3V5AA 5CC2A 3WAFA 1R1NA 5DEXB 3IB1A 3IR1A 4Z7EA 4Q8RA 2VOZA 2ESNA 4RY1A 3E13X 3M3FA 4F31B 3OEKA 2OZZA 4FEDA 1I6QA 3TCFA 1Y20A 3FD3A 1CB6A 4KFQA 3SDFA 3FXQA 1LAHE 2AYSA 2F5XA 3IJXB 4LUBA 4KD5A 5DVFA 4H5FA 2Z8FA 3FVKA 3N6TA 4E0WA 1M5FA 3W15C 3AXFA 1LB9A 2REJA 5DVIA 3GLBA 3TTLA 2F8DA 2ONRA 3MJNA 2GHBA 3B6QA 1LFGA 3SEVA 1I6BA 2PMSA 4NF4A 5AE4A 3S4UA 3MP1A 4NTLA 4WXJA 3RGYA 1B2HA 2ZNSA 3O6HA 4F3SA 4YICA 4G68B 1M5DA 5L9SA 5I58B 3QXMA 2DQVA 4JDFA 4F1VA 3MZ1A 2VHAA 3HPIA 2P0SA 3B6TA 1Z7NE 3TZAA 1LBCA 1FQAA 3SEWA 2B3FA 2UVJA 4R6YA 4UACA 5I56B 3EN3A 4ZE9A 2DWHA 4JWOA 1GV8A 4JB7A 2PX1A 5K2YA 1QKAA 2UYEA 3ILUB 3GBAA 1NMUA 2DS9A 2NVUB 1P1OA 1XVXA 4GOTA 1VE4A 4QFPA 3T66A 3PUWE 4JBZA 1JW5A 2XXWA 3S9LC 2OWTA 1VFEA 1GR2A 2G29A 4HCYA 1D9VA 3IX1A 2VGQA 2IA4A 2REGA 2PYYA 2Q89A 2F7BA 4WEDA 3VFJA 3M3KA 1MQHA 5I2KB 2QS3A 3MBPA 4N07A 3MUQA 4XKPA 1TFAA 3T9VA 2I6EA 1M5EA 3U1OA 1I6AA 1OVBA 2RF1A 4F18A 1SI0A 3N94A 2F6PA 4RK2A 1NNKA 1I69A 1A40A 3I6VA 4LONB 4M1VA 5B70A 4IGTA 3KSJA 1H43A 1PB9A 1SI1A 3H4ZA 4YKIA 5FTHA 5KCJB 1YTVA 5HM4B 1ATGA 1B3GA 5BUUA 5CMMA 4R6HA 4DCXA 1MXWA 1B3LA 1QUJA 4GQOA 2GFEA 4MBPA 4EQ9A 3IAZA 1JEUA 2OLBA 4R6KA 5I59B 4XKNA 3IO6A 3PD9A 4LZ5A 1MY4A 1Y3NA 1OMPA 2KLFA 5I57A 5H8QA 4QFKA 3KJ7A 5CBRA 1MM7A 3OELA 2V3TA 3KJTA 2IEEA 4U2RA 5H8HA 2I0CA 3MQ9A 4XTCQ 5FHOA 3Q28A 4ESXA 3PPQA 3FASA 4OETA 5H8FB 3PPNA 3ZS6A 2DSFA 3MPLA 1JETA 3RTWB 5ICTA 3GXAA 2Z22A 3LR1A 4ZS9A 1B1HA 3TMGA 3U92A 4MH5A 3OSRA 1B5IA 3GZGA 1USYH 4TLMB 1FQCA 4IO5A 3TKDA 4F2QA 4FEBA 3TYHA 2I3VA 4IY6A 5AA2B 4ESWA 4OXVA 3S9NC 4YMAA 3W9WA 1MM6A 3MP6A 3OO7A 4R73A 1VFDA 1LCFA 3QYTA 1EH3A 4U21A 4R74A 3L6GA 2XXYA 1MRPA 1QKBA 2V25A 1Q1KA 1AL3A 5TPAA 4BDOA 2DYXA 2V3UA 3DP8A 3KG2A 1B3HA 2H4IA 1MXYA 3HN0A 2BJJX 2DE4A 4OZ9A 4PFWA 5F1QA 4U4SA 1N7WA 2Z23A 1B6HA 4IO7A 3S2VA 5ICQA 1Q35A 1SQYA 3BBRA 4R75A 2UXAA 4UA8A 4H8IA 3ZKLA 1POTA 2O7IA 3Q25A 5IAIA 3C35A 3I3VA 1NFTA 2OWSA 2QS1A 4LZ8A 3K4UA 2QS4A 3ECRA 3HHGA 3PPOA 5BWJA 4U1OA 3T96B 3EHTA 2DP8A 2XXXA 4HTGA 1A8EA 1B05A 1IUDA 2X7QA 1JW1A 3G3GA 4AB6A 3SEXA 4KCCA 5DYHA 3CFXA 1GTKA 2V3QA 3O9PA 3IJOB 1JVXA 4OFOA 1M5BA 2LAOA 4NF4B 1FQDA 2R6GE 3Q27A 1B0HA 5FHMA 3FVOA 4ISUA 4R2FA 2PVUA 3PUZE 4H67A 2E0SA 1QUIA 4GXAA 3PD8A 4C1UA 5F7VA 1MQDA 5HPQA 2HZKA 3K6UA 3KN8A 4FIMA 4FAJA 4XKQA 3TTMA 1SW4A 3JYRA 4JSOA 2HQ0A 3DP6A 4GLIA 3RPWA 2I0BA 3G3IA 3OSQA 5TP9B 3T9XB 2YPNA 3LSXA 2PT1A 3FVGA 4QRZA 4KCDA 4WEPA 4OQOA 3H7MA 2G93A 4Q30B 1LFIA 4G8HA 4AQ4A 3VVEA 1LLSA 2QL3A 3O6IA 4F3BA 4BDRA 4ZEDA 4OEVA 4XXUA 3HHFA 5H8NB 1M5CA 4F3GA 4XKRA 5AA3A 4G8NA 3FATA 3RN8A 3FV1A 1PC3A 2ABHA 4KHZE 2GRVA 4DLDA 3KOTA 1HSEA 3K00A 5JTYB 3CRBA 1N3XA 4R9GA 5A5XA 3LBSA 4H5GA 1NNFA 3QK6A 3UA8A 3PGFA 1AOVA 3OO9A 2ZNUA 2DWAA 3RTFB 4BDLA 5ITPA 4ZEIA 3Q29A 3OO6A 2Y7WA 3PV0E 1XOCA 2F34A 4P0IA 1MG1A 5DT6A 4KPTA 3TPAA 4C1TA 3K1NA 1TXFA 4GRKA 4FECA 1A8FA 3O66A 1MQIA 3MVXA 4ELOA 4BLAA 1ZLQA 3ODBA 4IGRA 2Y7KA 5AA1A 4F22A 1OQGA 3EF7A 4TQUQ 2F35A 4RA1A 2I48A 2O68A 1N04A 1Y3QA 1N7XA 4DXBA 2Q88A 3KOSA 2OK2A 1LAGE 2FYIA 5H8QB 2F36A 3KZGA 4OEUA 4YKJA 3CR9A 1FCKA 3TTNA 3CVGA 2QMXA 3N5LA 4RPOA 2HEUA 4TOZA 1XVYA 4OYVA 5H8HB 4OHNA 3DM0A 1PDAA 3ONMA 2NUVA 1MPBA 4GVOA 1IXIA 2AL4A 5B7DA 1PB7A 2Q8JA 4RYAA 3O29A 2ZYKA 1BLFA 1NL5A 5KDTB 1LSTA 2ONKE 3FJ7A 4NMYA 1FTLA 1US5A 3ZKKA 4I62A 1MDQA 3IORA 2I4BA 2ANJA 4HW8A 1B58A 4PFTA 2GH9A 1BIYA 4TLLB 1D4NA 4YAHX 3MZBA 2VP1A 4EXLA 2CZLA 4PFUA 3SESA 1S9TA 3FGSA 5CI5A 3OENA 1WVJA 1FTKA 1NNTA 3IOVA 4QHQA 4DIGA 3W9VA 4QFOA 2O51A 3LSLA 1VSOA 1A55A 3K6WA 4ELPA 5TPAB 1CE2A 3U94A 1YPNA 2Y7IA 4G2ZA 3FUZA 1JQFA 1B7HA 3TAJA 2AIXA 3A3CA 3TQWA 3FZVA 2VD3A 4YMBA 1P1UA 3I5OA 1MY0A 1UTHB 3G3FA 3D4GA 5M2VA 4OESA 3BFTA 3O28A 4Z0IA 4I1DA 2A5TB 2GHAA 2F7CA 4QSDA 3BFUA 4NEDA 1B7ZA 3RUMA 3TUSA 3QUJA 2DE3A 4PP0A 4ZZAA 3K2DA 2ZNTA 3R26A 1TWYA 2PBWA 3FIRA 1DPPA 3TTRA 2DXYA 4OVJA 5I2NB 3IO4A 5L8DA 1LAFE 2X26A 2H99A 1USYE 1LFHA 4YB6A 1T0KA 3QUFA 4KR5A 3UIFA 2WKYA 3EQ1A 4Q5TA 4I8CA 1GVCA 4P0GA 4GF8A 1MY3A 3T93B 3O97A 1R9LA 4OTEA 1SDXA 5I58A 1QUKA 4X9TA 1AH5A 1IXCA 3G7WA 2I58A 1LBBA 1UIUA 3DELB 1MXZA 3MZ9A 2ZYMA 3TQLA 5I56A 2RC9A 3OO8A 4OERA 1LB8A 1MXXA 3C31A 5FHNA 3CG3A 4DZ1A 4DE8A 4EQ7A 5LOMA 3N6UA 1JVYA 2QPQA 4EF1A 4OFJA 3VVDA 2I4CA 2HAUA 3K01A 2ZYNA 2XXRA 4KQPA 5EYFA 4E0XA 1LCTA 1FW0A 4H6DA 2ZXTA 3K02A 3M3LA 1FTJA 3IK6B 3EHSA 3FXUA 2ZMBA 2VD2A 1VR5A 3MP8A 2Q9TA 2XXIA 2XXPA 4OWDA 4NF8B 2NXOA 2M8CA 1XC1A 2V84A 4LA9A 1TFDA 1PBPA 2XXHA 5ISUA 1UTBB 4X1DA 2RCBA 5I2KA 1SW5A 2H98A 3PMWA 3E9XA 3CSBA 3EHUA 4GIZA 3MC2A 2D21A 4NF6A 3H6VA 4L17A 4GXSB 2HXWA 3RNNA 3C33A 3VE1B 2P1SA 1XS5A 3FJGA 3O6GA 2QSXA 4F19A 1IEJA 3S9EA 1US4A 4JWYA 3UP9A 4NWDA 4EF2A 3KFMA 3DP4A 1H44A 4OFLA 3E3KA 1OLCA 4EXKA 4KYSA 4PE5B 1NKXA 2Q2AA 4BDQA 2F6GA 4X1BA 3U72A 5AA4A 3MPKA 4G4PA 4JXIA 3VLWA 1B4HA 3FXRA 4IB2A 3LC8A 4F39A 1AIVA 1B4ZA 4F1YA 3KBRA 2RC7A 2QJEA 4EUOA 3JV9A 3QAXA 4I9DA 1B52A 2XHDA 4G77A 2ZYOA 1N0TA 4LQ5A 3HSTA 5I59A 2XXVA 2NOOA 3T22A 1D9YA 1MH4A 2DVCA 4WKMA 1MY1A 3N26A 4N13A 2ONSA 1B32A 2RCAA 2V93A 2FNCA 3UGWA 3CSGA 5H8FA 2THIA 2D3IA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2XX8A 3FBPA 1SD3A 4H45A 3VXBA 1K9ZA 3MVZA 1NV5A 2WYKA 1ZTYA 2MKZA 4H46A 3DLNA 1H45A 4X8RA 4NG7A 4R2BA 4NF5A 5L9MA 4DI3D 5I5PA 3RT6B 3SEYA 4XIGQ 4PETA 1DTGA 4FJPA 1MPCA 2KQZA 3GBBA 1RKMA 4KYDA 1P99A 4MNIA 2VPOA 4NQ8A 4H65A 3K0VA 1NNPA 4RNSA 2BJIA 1MXUA 4QF9A 3RQTA 3U93A 2O7UA 2Z8EA 4N6KA 4RXLA 2FIXA 2Y84A 4KYEA 4OVRA 1DMBA 4AS4A 2H9BA 5IZZA 4EDPA 1B3FA 3H3GA 3V8XB 4H8JA 2XXKA 1POY1 2B3BA 3LSFB 1NUWA 3G3JA 1MXVA 4P3LA 3CI8A 1A99A 4O3AA 4OENA 4NE4A 5IZ3B 5LDZA 3QMFA 1URSA 4MLVA 1UIVA 1ZJLA 3VV5A 3EPEA 2DWJA 1FTOA 1QJMA 5L9OA 2QMWA 2DWIA 1FQEA 2R71A 3IOTA 1FBFA 3ZSFA 3P7IA 4ONYA 4YU0A 1O7TA 1XHYA 1ANFA 3F11A 1RYXA 1A7LA 1Y4TA 4MFIA 1A54A 4IO4A 2O1LA 1RDXA 3RT8A 3USDA 1EZ9A 1EZPA 1LGBC 2PT2A 2HZLA 4ZEBA 4QSEA 4DDDA 1N76A 2Q2CA 3MW0A 2NWJA 1QULA 5I57B 1F9BA 1H76A 4RJZA 3G3HA 1IMEA 4DXCA 4FE8A 4HE2A 3K1PA 1NH7A 1ZU0A 3SKPA 4GX6A 4AB5A 3V89B 4P56A 2Y5LA 4C0RA 1DPEA 3HO7A 1IIWA 3S9MC 1LBZA 2FIEA 1FTMA 2DXRA 1URGA 1KZ8A 3PUYE 3C32A 2B65A 3VLVA 5KZTA 3PU5A 1BKAA 3PMXA 2R8TA 1EZOA 3A09A 4U1ZA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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