3I6VA

Crystal structure of a periplasmic his/glu/gln/arg/opine family-binding protein from silicibacter pomeroyi in complex with lysine
Total Genus 67
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
67
sequence length
218
structure length
218
Chain Sequence
TVRMGTEGAYPPYNFINDAGEVDGFERELGDELCKRAGLTCEWVKNDWDSIIPNLVSGNYDTIIAGMSITDERDEVIDFTQNYIPPTASSYVATSDGADLSGIVAAQTATIQAGYIAESGATLVEFATPEETIAAVRNGEADAVFADRDYLVPIVAESGGELMFVGDDVPLGGGVGMGLRESDGELRGKFDAAITSMKEDGTLNTMIKKWFGEDAAVY
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Crystal structure of a periplasmic His/Glu/Gln/Arg/opine family-binding protein from Silicibacter pomeroyi in complex with lysine
rcsb
molecule tags Transport protein
source organism Silicibacter pomeroyi
molecule keywords periplasmic His/Glu/Gln/Arg/opine family-binding protein
total genus 67
structure length 218
sequence length 218
ec nomenclature
pdb deposition date 2009-07-07

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00497 SBP_bac_3 Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 3
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3i6vA01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3i6vA02
1M5BA 4RPNA 4I1DA 3IX1A 2O1MA 2QS4A 1WVJA 3C32A 4ZEFA 4E0WA 1OVTA 1P1OA 1XT8A 3K00A 3KFMA 2AIXA 4IO3A 4YMBA 2DWHA 3VVEA 3HO7A 4F1UA 3H03A 3Q25A 3R7XA 2I49A 2Y7RA 2VHAA 2O7UA 1ZKBA 4G8MA 2V3UA 4QFLA 3MVWA 2PT2A 2Q2CA 5I2NB 5I57B 4NF5A 4PE5B 5FHOA 3ILUB 3PPPA 1B3FA 4JXIA 3LSXA 4UACA 1FQCA 3SDFA 3TKDA 4U4SA 1Y9UA 4MLQA 1B4HA 5H8QB 1MY4A 1FQAA 1RYOA 1IQ7A 1QUKA 1MXWA 5TPAA 2PBWA 2DVCA 5ICTA 3MQ9A 4KD5A 1B05A 4HCYA 3PMXA 5F1QA 3PPNA 5DVFA 3TTLA 5TU0A 1DTZA 1B5IA 1JVYA 4Q0CA 2OBGA 3FXRA 4XKQA 3K0VA 4GLIA 3IR1A 4X48A 4KHZE 1XS5A 1MPCA 4YZZA 1NNKA 3B6WA 1B7UA 1VFEA 2Z22A 3F11A 3K6UA 2DP8A 1OQGA 4PQJA 2Y7WA 2ZMBA 4MH5A 1VR5A 4KR5A 5HM4B 4G4PA 1I6AA 3L6GA 2D21A 4QFNA 1SYHA 3M3KA 4IO6A 4R6KA 2W7YA 1D9VA 1EU8A 3E3KA 2PMSA 1XHYA 4TLMB 4Q8RA 5H8HA 3KZGA 4DXBA 4NF5B 3S9LC 3U93A 4EQBA 1FTLA 3M3LA 2QS1A 3BFTA 3KEIA 4ZECA 2AL4A 3LBSA 2ONKE 1QULA 4AQ4A 4RK2A 1ZTYA 4OHNA 4QHQA 3PU5A 1A7LA 1B4ZA 3MZ9A 5TPAB 4I62A 2OZZA 1P1WA 3RY3A 3PUYE 5I56A 1SW1A 2ZYNA 3KJ7A 4MLVA 3N6UA 4XKNA 5ELVA 2XX7A 3E13X 5L8DA 4G8HA 1ZBMA 4XKPA 1OMPA 4LATA 1DPEA 4IO4A 4AB5A 1MQIA 1B7ZA 1AOVA 2DWAA 3OO8A 3PMWA 4ZZAA 3ECRA 2I0BA 1NNPA 1URSA 4H8IA 3V89B 3FXQA 2Q2AA 5F7VA 3IJXB 5CI5A 4P11A 3RTFB 2RC7A 2FA7A 2RCAA 2XX8A 4DDDA 3PD9A 2B65A 3TCFA 1B40A 3S9EA 1ATGA 2X7QA 3U8QA 1Y3QA 4YMAA 1DSNA 4F39A 4H65A 3WAFA 1FTMA 2XXUA 3SESA 3BBRA 1LAXA 4MF3A 1HSLA 5HPQA 1AMFA 2RF1A 1YPNA 3HCQA 2GHBA 2ANJA 5H8HB 1H45A 2Z8EA 3H6TA 3C34A 4NE4A 3CFZA 4R9FA 1JQFA 4YAHX 1SDXA 4F3SA 3H06B 5H8NA 5HBCA 1MXXA 1N0TA 4BDLA 3K6VA 3KGCA 4YB6A 4Q5TA 1B9JA 1AIVA 1TFAA 2HFBA 1IUDA 3EPEA 4ELQA 5DVJA 3H4ZA 4ZEIA 4RA1A 3RT6B 3K01A 5CM6A 4QF9A 1MXYA 5I56B 3QXMA 2HAUA 5K2XA 1JVXA 1MM6A 3SETA 1O64A 3KOSA 3PPQA 1S7YA 1D4NA 3MVZA 2ZNUA 3K6WA 4G8NA 2DE3A 2XXVA 2GFEA 3G3KA 1RYXA 1MQGA 4F31B 5CMCA 4U1ZA 1D9YA 3T96B 1OQHA 1NNFA 2H5YA 3FJGA 3MBPA 1LFIA 3SEXA 4FEDA 1AL3A 2X26A 3UA8A 1IEJA 4ZS9A 3C36A 3OO7A 4G77A 3RUMA 4NWDA 1L5TA 5KCJA 2OCUA 4OFJA 5L9MA 3FVGA 3O6HA 2UXAA 3TTRA 3SEWA 5I84A 2I4CA 2YLNA 3VV5A 1J1NA 2HZLA 1HSEA 5CMMA 1BIYA 3OENA 1TXFA 5H8NB 3TTNA 4YICA 4DIGA 3W9WA 3FD3A 1EZ9A 4QFPA 4EDPA 2QJEA 2PVUA 4HTGA 5KDTA 5CBRA 1MQDA 4ELRA 1ELJA 3S9NC 4ZZEA 4OENA 3PPOA 4ZEBA 2HEUA 3LSLA 4GXAA 3TCGA 2QSXA 3TELA 3OMBA 2O69A 3K1NA 2ZYOA 1MQJA 3IORA 5FTHA 4GWOA 3LSWA 1Y4TA 2Z8FA 2F36A 1LSTA 2V3QA 4OYVA 3MP8A 5I2NA 3N94A 1DOTA 5DYHA 3LR1A 4NF8A 4KYSA 1JW4A 1WODA 4OFLA 3RLFE 2NWJA 2PYYA 2DYXA 3DELB 5JK4A 5H8QA 2ALUA 2F7BA 1MQHA 1SI0A 4R2FA 4KYEA 3IK6B 4R75A 4GD5A 4GOTA 5FHMA 4X1BA 3D4GA 1NL5A 1N04A 3W9VA 4THIA 5KCJB 4OTEA 1BP5A 4AB6A 2UYFA 4LONB 1LAGE 3O29A 4KFQA 2XX9A 4BDRA 3GBBA 3I3VA 1VE4A 2VGQA 4U21A 3I6VA 1B51A 5EYFA 4LA9A 5CMKA 2VP1A 2O84X 4PFYA 4KYDA 5L9OA 5KDTB 4RPOA 4X1DA 1FTOA 2D3IA 4DLDA 3OXNA 2O51A 1NH7A 4QSDA 1LCFA 3TEPA 1FW0A 4WXJA 4F2OA 1LFHA 3CVGA 1MH4A 2OJTA 1B46A 3MVXA 1IXGA 2F8DA 2A5TB 2G29A 3L6HA 4O3AA 1MM7A 4OETA 3IOUA 4H5FA 4RJZA 4EQ9A 4QSEA 1ZJLA 4F1VA 4NF8B 2XHDA 3MUQA 3OD7A 4X9TA 3T66A 4N07A 2OWSA 3K2DA 1H76A 3LSFB 4KCCA 3VXBA 4G68C 4DXUA 1FQDA 2R6GE 2ZNSA 1B3LA 2DVZA 5ITPA 1LB8A 4UA8A 3ZKKA 3MP1A 3KJTA 4F2QA 3I5OA 3A09A 4JB7A 5EHMA 5AA2A 3RNNA 4XKRA 3N5LA 5L9SA 3OEMA 4KCDA 2Y7KA 1B58A 2ZNTA 1N7WA 4ONYA 1JEUA 3EF7A 4NTLA 3UIFA 2A5SA 4LZ7A 4MBPA 4LQ2A 4NMYA 1US5A 2H99A 1US4A 1LAHE 4EF2A 2O7IA 3FJMA 5ITOA 4PFWA 1B2HA 3TQLA 2V25A 4DCXA 2XXYA 4GXSB 1M5DA 3V83A 3Q26A 1B52A 1SW4A 4Q30B 2B3FA 2ZYKA 1JEVA 4JWXA 5FTIA 2PX1A 1FCKA 3RTWB 3B6TA 2F6PA 3PPRA 3TQWA 3PUVE 4FECA 1MDP1 4H1XA 1Y1MA 4YKJA 2F35A 1YCJA 2XXQA 2XD3A 3HPIA 3PUZE 2UVJA 3EHSA 3S2VA 4TLLB 1NH8A 1B1XA 3CSBA 1UTHA 3UK4A 3FV2A 1LLSA 1FQBA 5AA3A 3VVFA 1O7TA 1F9BA 1LGBC 3GZGA 4F1YA 4OVJA 4QFOA 3KN8A 4DZ1A 3ZS6A 3K6XA 4FEBA 2VD3A 3O97A 4JSDA 4EQ7A 1D3KA 3T22A 5AA1A 2DXYA 3HV1A 1XC1A 5AA2B 1XOCA 3AXFA 3MC2A 1ZMGA 4OEVA 3S9MC 5ISUA 3PMVA 1POY1 1XVXA 1HSJA 1OIBA 3MJNA 1CE2A 2P0SA 1DMBA 2RCBA 4U4XA 3DP6A 3MAMA 1PBQA 4EXLA 4YKKA 2RINA 2QMWA 2R9JA 4ELPA 4R74A 3O6GA 3RPWA 4RK9A 2UVGA 2G93A 4FAJA 1CB6A 3FASA 2XD2A 3OEKA 5H8FA 3MVYA 4TOZA 1YAEA 3S4UA 2THIA 3B7DA 4POXA 3VLWA 1URGA 1TWYA 3SEVA 3DP4A 1VFDA 3SKPA 2YPNA 3O66A 4XXUA 1PEBA 3V8XB 1UTHB 2V3TA 1GVCA 4YKIA 1B5JA 1WDNA 1S9TA 2Q89A 2XXHA 5AE4A 3CFLA 4NF6B 4OMBA 3RN8A 1A8FA 3TCHA 2Z8DA 4BDQA 1FTJA 3SERA 3U1OA 3ZKLA 4ESWA 1ZU0A 2DOJA 4IO5A 1R6ZA 3ONMA 5AA2D 1M5CA 3MP6A 3RT8A 4R72A 3E9XA 3O6IA 3T9HB 4BLAA 3VLVA 2ABHA 2I58A 1Y20A 4KPTA 3CR9A 4F3BA 3UGWA 4FATA 3T93B 3IOTA 1QKAA 3PD8A 3QAXA 2E1SA 3T9UA 3T9XB 4DCYA 4HW8A 2FYIA 3LUYA 4EF1A 2YJPA 2O1LA 2DS9A 1MXVA 3O9PA 1N3XA 4EXKA 3PV0E 2H9BA 4O3BA 4RY1A 1B0HA 4H67A 3K1PA 1A8EA 3ODBA 4NWCA 1R1NA 2QS2A 3KBRA 3UN6A 5H8FB 4ZE8A 2D5WA 2M8CA 2V84A 3EHUA 1O63A 3D4CA 2XXTA 3OELA 2Y7IA 3FVOA 3O2AA 1MH3A 3IO6A 3QYTA 4ZDMA 4I9DA 1ZIUA 4FJPA 4H8JA 3TAJA 4OEUA 1NKXA 1NMUA 5AA4B 1A55A 2HCAA 2BJJX 1Y3PA 3QUFA 4WKMA 1IIWA 3H6VA 4BDMA 2UVIA 5BWJA 5H8SA 3CRBA 1B5HA 1MDQA 3G3JA 1DTGA 4QSCA 2V93A 3SEYA 1QUIA 3R26A 4BDOA 3FATA 4P0GA 2IA4A 4PFUA 1H43A 4R6HA 4WEDA 5FHNA 3Q27A 3FXUA 3JYRA 4GF8A 2A5TA 1MY1A 4GRKA 4G2ZA 2XXIA 5JTYA 4Z0IA 3M8UA 1B6HA 4JDFA 1QVSA 4P0IA 3VE1B 1H44A 3IOVA 3OSQA 5DTBA 3C33A 2F7AA 4XIGQ 5ICQA 3EHTA 4H6DA 1EZPA 1Y1ZA 4U23A 2Y7PA 4KI0E 2NUVA 2OWTA 3CIJA 4ISUA 1ZLQA 3KOTA 3Q29A 4IO7A 2REGA 4OFOA 3TTKA 3G3HA 1SBPA 2F78A 5I58B 1IXHA 1A99A 1UIVA 1B1HA 1USYH 2OK2A 3TODA 1FTKA 4LZ5A 3KSJA 1BLFA 4IGRA 1FQEA 3TZAA 2REJA 2XXWA 4NF4A 4PFTA 2XXXA 1LBBA 4GVOA 1IXCA 2HXWA 4G68A 1SQYA 2NXOA 1N7XA 3CSGA 1LB9A 2QRYA 1MG1A 1Y3NA 1TT1A 3T9VA 4R2BA 5EHSA 2GRVA 2E0SA 3DP8A 4LP2B 3LC8A 3HN0A 2ONSA 1A54A 2H98A 3FV1A 1URDA 2RKMA 5DEXB 1N3WA 2I48A 3HHGA 4R6YA 2XXPA 2Q8JA 4YB5A 3JV9A 1PB9A 4M1VA 4E0XA 5JTYB 5K2YA 1P1QA 4F29A 4OQOA 1GV8A 4LQ5A 1R9LA 4OXVA 1Y4CA 1PC3A 5I2KA 1LAFE 3PUXE 2H25A 3IL1B 3MWBA 2DWJA 2F34A 3K02A 1Q35A 2XXRA 3DM0A 3FIRA 1NNTA 1MPDA 2NVUB 1UQWA 3P7IA 3TTMA 3VFJA 4F19A 2P1SA 5DT6A 5JEIA 1MXUA 3H6WA 3G3IA 2CZLA 1PB7A 1H3DA 5KZTA 1R9QA 1KWHA 4JWYA 5I59B 2CMOA 2HQ0A 2O68A 4NF4B 5TP9A 2ZYMA 3FGSA 4ELOA 4EUOA 3BFUA 4G68B 4ECFA 1ANFA 1YTVA 3TMGA 3C9HA 1EZOA 1JW1A 4M4GA 1P99A 1MY3A 4ZE9A 3G3FA 2AYSA 4BDNA 3CG3A 3EQ1A 3PUWE 1N84A 1Z7ME 3ZSFA 4ZEKA 4N13A 4DE8A 3FVKA 3KN7A 3KN3A 4RXLA 2Y84A 2HAVA 2HZKA 2Q9TA 3IAZA 1B3GA 1MY0A 3JZJA 3TPAA 5A5XA 1LBCA 4IO2A 1QUJA 5I2KB 3RGYA 2F97A 2I0CA 4POWA 2DQVA 1MRPA 1XVYA 4PETA 3H6UA 2PT1A 4NF6A 4KQPA 4ZEDA 1OLCA 1P1NA 3IO4A 2ESNA 4R73A 3C4MA 4YKPA 3UP9A 3U72A 2IEEA 3CI8A 1EH3A 3MPLA 1B0LA 3U94A 1SVXB 1P1UA 2DE4A 5J1DA 3GLBA 5CC2A 3FUZA 4IY6A 5TP9B 1T0KA 4XTCQ 3IOWA 2R71A 3N26A 4U22A 4H0WA 5B70A 2UVHA 3TDJA 2GHAA 2Q88A 3RQTA 5IKBA 3DLNA 4H5GA 4HS7A 2I4BA 5BUUA 2DSFA 2I6EA 1B3EA 1POTA 3MPKA 2DXRA 3USDA 1Z7NE 4QRZA 4YB7A 1NFTA 2ZXTA 2X7PA 2B3BA 3VVDA 4WEPA 1JW5A 3KSXA 3CFXA 3C35A 2VOZA 2VD2A 4U2RA 1B7HA 5A5XB 1UTBA 3VLUA 3IJOB 1LFGA 2NOOA 3OOAA 4GL0A 1TFDA 3EN3A 1BTJA 5B7DA 1VSOA 4F3GA 5AA4A 5CMBA 1B32A 1QJMA 1BKAA 1N76A 4F3PA 3OO6A 4ND9A 4JBZA 1OVBA 1LCTA 2UYEA 4LZ8A 4RYAA 1DPPA 3K1MA 3W15C 1I6QA 3WAEA 1SD3A 4LUBA 2O6AA 4C1TA 3HHFA 3C31A 1I69A 4LVQA 4IY5A 2FNCA 1QKBA 5IAIA 3QK6A 4I8CA 5CRYA 3GBAA 4GL8A 1PBPA 1MS7A 5DVIA 3ILTB 5LOMA 3A3CA 3M3FA 2ONRA 3H7MA 4F18A 3TFLA 5M2VA 4RNSA 1MY2A 4U1OA 1GR2A 2QL3A 1SW2A 3IB0A 3FJ7A 1A40A 3CG1A 2OLBA 3GXAA 3N6TA 2QS3A 3VDFA 4C1UA 4OERA 2GH9A 4OESA 4F22A 1Q1KA 3B6QA 4DXCA 3OSRA 1AH5A 5CBSA 3MZ1A 1PDAA 1MXZA 1I6BA 5I58A 1S50A 1IITA 3THIA 2LAOA 3G3GA 1UTBB 4IB2A 3A3UA 3IB2A 3MW0A 2WKYA 4IGTA 3QSLA 4K3FA 3KG2A 4HCWA 2F7CA 3H3GA 3V5AA 2H4IA 4QFKA 2AL5A 4GIZA 3E4RA 3BKIB 3K4UA 4MFIA 1OLAA 3OO9A 1IXIA 2KLFA 4Z7EA 1SI1A 2P2AA 4C0RA 4JWOA 4FIMA 1JETA 1II5A 4JSOA 5DEXA 3TYHA 4R9GA 1JNFA 3FVNA 3SEUA 4OZ9A 3QUJA 1GGGA 3QIMA 2DWIA 2DE2A 2F5XA 3O28A 1PB8A 3U92A 1B3HA 1GTKA 3IB1A 4FORA 2QPQA 1UIUA 1SW5A 1IZ1A 1FQFA 5I57A 3HSTA 4PP0A 3PGFA 3G7WA 4FE8A 4YU0A 4ESXA 2RC9A 1USYE 1M5FA 3TUSA 2I3WA 3UORA 4GFRA 4OWDA 2F6GA 3Q28A 3R6UA 1MPBA 2Z23A 5I59A 1RKMA 3MZBA 2I3VA 4NEDA 4N6PA 3FZVA 3VXCA 1QW0A 1SYIA 2QMXA 4GQOA 2RC8A 4L17A 4TQUQ 1M5EA 4O3CA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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