3IB1A

Structural basis of the prevention of nsaid-induced damage of the gastrointestinal tract by c-terminal half (c-lobe) of bovine colostrum protein lactoferrin: binding and structural studies of c-lobe complex with indomethacin
Total Genus 100
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
100
sequence length
345
structure length
341
Chain Sequence
YTRVVWCAVGPEEQKKCQQWSQQSGQNVTCATASTTDDCIVLVLKGEADALNLDGGYIYTAGKCGLVPVLAENRKSSKHSSLDCVLRPTEGYLAVAVVKKANEGLTWNSLKDKKSCHTAVDRTAGWNIPMGLIVNQTGSCAFDEFFSQSCAPGADPKSRLCALCAGDDQGLDKCVPNSKEKYYGYTGAFRCLAEDVGDVAFVKNDTVWENTNGESTADWAKNLKREDFRLLCLDGTRKPVTEAQSCHLAVAPNHAVVSRSDRAAHVEQVLLHQQALFGKNGKNCPDKFCLFKSETKNLLFNDNTECLAKLGGRPTYEEYLGTEYVTAIANLKKCSLEACAF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title The structural basis for the prevention of nonsteroidal antiinflammatory drug-induced gastrointestinal tract damage by the C-lobe of bovine colostrum lactoferrin
pubmed doi rcsb
molecule tags Metal binding protein
molecule keywords Lactotransferrin
total genus 100
structure length 341
sequence length 345
ec nomenclature ec 3.4.21.-:
pdb deposition date 2009-07-15

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00405 Transferrin Transferrin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3ib1A01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3ib1A02
1MY2A 3A3UA 2DOJA 4RJZA 2QJEA 3Q27A 4NTLA 3OD7A 4U1ZA 1QUIA 4H5GA 5JTYA 2DP8A 3M3FA 4KYDA 1LAXA 2Z23A 5DEXA 3IJOB 2DVCA 3TTKA 4QRZA 1H45A 4F31B 3H6TA 3VLVA 2ZNUA 3EHUA 1SD3A 3H7MA 4R75A 4C1UA 4U2RA 3C4MA 3CG3A 1D4NA 3CI8A 1MQHA 2V93A 5EYFA 3MZ1A 1MQDA 3OEMA 2F97A 2UYFA 1PEBA 2PT2A 4RK2A 4H8IA 1URDA 2HQ0A 3RN8A 4EQ9A 2Z8EA 4DCXA 4RA1A 4EQBA 1LFIA 2I4CA 4FIMA 3PUWE 2XX9A 1DTGA 5KZTA 3G3JA 1LGBC 1Z7NE 3PMXA 2YLNA 2IEEA 2F6GA 3CIJA 4FEBA 2AL5A 4JSDA 1GV8A 3T22A 4DDDA 5KDTB 5CBSA 4ZE9A 3VV5A 2Q88A 2NXOA 3RLFE 2ZNSA 4OYVA 2V3UA 4THIA 5KCJB 3KG2A 2WKYA 4PFTA 4H0WA 4R9GA 3HN0A 3E13X 2Z8FA 2XXTA 1P1NA 1JEVA 2Q2CA 3OOAA 5FTIA 4O3CA 4Q8RA 2ZYOA 1FQCA 2YPNA 1B7UA 2QS1A 4ONYA 4ZDMA 4XKNA 2FYIA 4BLAA 4EUOA 2O1LA 3U94A 2BJJX 3OEKA 5FTHA 3CG1A 3S9EA 1OLAA 2HFBA 4GVOA 4Z7EA 2G29A 3ZS6A 2F7BA 4DIGA 1L5TA 3D4CA 2I48A 1VR5A 2HEUA 3C9HA 3E3KA 4YKKA 1UTHA 2D3IA 2NOOA 3JYRA 3PMVA 3MVXA 1R9QA 4OESA 1LB9A 1RKMA 3UK4A 3Q25A 2FA7A 3QIMA 4FATA 4DCYA 4F3SA 5BUUA 4IGRA 4I9DA 4LQ2A 2XX7A 1Y3NA 1LFHA 1Y20A 3MC2A 3ZKKA 4POXA 2F8DA 3E4RA 4R73A 4C0RA 1WODA 1BTJA 1MY0A 3G7WA 4ISUA 1B7HA 5JTYB 1CE2A 1B1XA 5FHNA 1Q35A 4H1XA 2DVZA 4DLDA 3T9UA 3FVGA 3BFUA 4FEDA 2UVJA 4ZEDA 2Y7IA 4F1YA 3EPEA 1SBPA 2DWJA 1QKBA 4EDPA 1PBQA 1B5HA 4TLMB 2A5TB 2Z22A 3FD3A 2XXWA 1MH3A 1LCTA 1LBCA 4F3BA 1SYIA 4YMBA 1JW1A 2I0CA 1JETA 5DVJA 1LFGA 4EXLA 3CVGA 3F11A 1MDP1 2QL3A 1DMBA 2DWAA 3CSGA 3B6TA 4OMBA 5H8QA 2O7IA 4GOTA 1PB7A 1VFEA 3OO7A 3FV1A 3H4ZA 1NH7A 2HXWA 3THIA 3MP6A 2V3TA 3WAEA 1LCFA 4ESWA 4ESXA 1B5IA 3OO8A 3TQLA 3IAZA 1P1WA 5M2VA 2AL4A 2RCBA 3OELA 1B3FA 3ZSFA 2ANJA 2F7CA 4L17A 2VHAA 1FQFA 3VVFA 3TTRA 4POWA 2UXAA 4QFOA 4QSDA 5IKBA 3EHSA 1MM6A 4LP2B 1ZJLA 3KOSA 1OVBA 2REGA 2O69A 4YB5A 4LQ5A 4G8NA 4JWYA 3N94A 2UYEA 1M5CA 3I5OA 2ESNA 3ZKLA 4QSEA 4OEUA 4G2ZA 2I58A 1XOCA 4OETA 3PV0E 2I6EA 3TTMA 1MRPA 3PPQA 1PDAA 2W7YA 1B3GA 4E0XA 1I69A 3EQ1A 2QMXA 1UTHB 4NF8B 1SI1A 4ZE8A 1P1OA 3FVOA 4M1VA 3N6TA 4RY1A 1R1NA 4NF5B 5J1DA 4ELRA 2PVUA 3C35A 1NNPA 2OBGA 3SEUA 3PPNA 3TCFA 1HSLA 4QHQA 5CRYA 2RCAA 1B32A 4RPNA 1P1QA 5I2NB 2H98A 5I2KB 4MF3A 3VXBA 5KCJA 3FXRA 5I84A 1MXUA 4U4XA 4IO4A 4DXCA 1JEUA 2Q8JA 1Y3QA 4R9FA 4XIGQ 1LBBA 3O6HA 3S9MC 3ONMA 3FJMA 4JSOA 4IO3A 2P1SA 2RF1A 1SDXA 3RUMA 3B6WA 2A5SA 1B2HA 3B7DA 4G8MA 4IY5A 2ZYMA 5JEIA 1PBPA 4P0IA 5K2YA 2ZNTA 2ONKE 4FAJA 1A40A 3IX1A 1GGGA 4Q30B 1II5A 1B9JA 4K3FA 5H8QB 2UVIA 4WEDA 2P2AA 1LSTA 2ZYNA 3TCGA 1Z7ME 4NWCA 2THIA 2RINA 5TU0A 1N3XA 3O6IA 3FUZA 2G93A 1YAEA 2ZMBA 3TCHA 3MP8A 3I6VA 3DP8A 1EZOA 1SI0A 3V5AA 1NL5A 3MP1A 1LAHE 4YAHX 3RNNA 4GLIA 4XXUA 1QULA 1R6ZA 3MPKA 3UP9A 1AL3A 3K02A 3WAFA 1WDNA 3HHFA 4X1BA 1Y4TA 3RT8A 2F34A 2QRYA 4LATA 3E9XA 4YMAA 3SEYA 1PC3A 1B7ZA 1VSOA 3AXFA 3C32A 1YCJA 3VLWA 1FW0A 5LOMA 5H8NA 4ELQA 4IO2A 3HV1A 1BKAA 3P7IA 2OWTA 1B3LA 3FVKA 3MBPA 5CMKA 1R9LA 4R6YA 4KPTA 3Q28A 5AE4A 1SVXB 2A5TA 5DVIA 4QFLA 1USYH 2V3QA 1O63A 3ODBA 3HO7A 1GVCA 4JB7A 3RT6B 3HPIA 3M3LA 5K2XA 3FJGA 2I3WA 1S50A 4PP0A 1XC1A 3DP4A 2QS3A 4YKIA 3U1OA 3QUJA 4OWDA 1MPBA 3MVWA 3QK6A 4EXKA 1B4HA 2X7QA 5CMBA 2F35A 4H67A 2F78A 3MVYA 2X7PA 3PPPA 3A09A 3C36A 4FORA 2E0SA 3T66A 4F3GA 5AA2A 1D3KA 4KCDA 4KYEA 4F19A 2VOZA 1LAGE 1ZBMA 4F2OA 3UGWA 1OQGA 3DM0A 1A8FA 1B0HA 1XT8A 5AA4B 3VXCA 1RYXA 2H25A 3SKPA 4HCWA 3CFZA 1OMPA 1B1HA 1B0LA 4X9TA 3SEVA 2XXXA 1FQAA 4U23A 3QUFA 5CI5A 4GL0A 3JZJA 3Q26A 3PUYE 4PFWA 4R6HA 1US4A 5CBRA 1M5DA 4FE8A 3LUYA 1FQDA 1B6HA 2XXIA 2I49A 5CC2A 1D9YA 2F36A 1MM7A 4BDNA 4BDOA 4NF8A 4DZ1A 4KR5A 3TKDA 4QSCA 2FNCA 3C34A 1H3DA 4NF5A 4KHZE 3USDA 3EN3A 5JK4A 4LUBA 3N6UA 1EZ9A 4G4PA 2Q2AA 3LSXA 4IY6A 2H5YA 1GR2A 2I4BA 2O51A 1A8EA 4JWXA 2XXVA 1T0KA 2XXHA 1USYE 2XXQA 5I2NA 1QUJA 2XX8A 4GIZA 5I2KA 2DSFA 3DLNA 2QPQA 4F39A 1ELJA 3MQ9A 1FQEA 3KZGA 5H8NB 3N26A 3O97A 3D4GA 4F18A 3HSTA 1Y1MA 3LSWA 2Q89A 4AB5A 3MW0A 1SQYA 5IAIA 3K6UA 2F5XA 4KYSA 4NEDA 4AB6A 4JWOA 4GL8A 4XKRA 3TAJA 1Q1KA 3MJNA 1SYHA 3K00A 1B58A 3T93B 3CFLA 1DTZA 1EH3A 3OO9A 2GHBA 1IXCA 1VFDA 4F22A 4I62A 1US5A 2UVHA 4RYAA 5FHMA 2M8CA 4N07A 1IXGA 1MPDA 4XKPA 3IK6B 4IB2A 3T9HB 5AA2D 5EHSA 3EHTA 4G77A 3O29A 1N0TA 2REJA 2ABHA 4ND9A 5AA2B 1B46A 1DPEA 3R26A 3KJ7A 1A55A 4TOZA 3S2VA 2PBWA 2VD3A 3H06B 3G3FA 2QS2A 5H8SA 3CFXA 4NF6A 1FTLA 4MBPA 1B3EA 1NMUA 1IQ7A 2HZKA 5ICTA 2HAUA 1FTJA 1LLSA 1AH5A 5BWJA 4YB7A 1RYOA 2DE4A 2DWIA 3RQTA 2V84A 1VE4A 1FTKA 1J1NA 3GLBA 1LAFE 4F2QA 2DS9A 3R6UA 2LAOA 4OXVA 4U4SA 3S9NC 2PX1A 3OENA 4HCYA 2I3VA 3QAXA 1S7YA 1F9BA 1URSA 4IO6A 3OSQA 1MXXA 2VD2A 1KWHA 3G3IA 4YKJA 1B4ZA 3GXAA 3K4UA 2XXPA 1Y4CA 3RPWA 1MQIA 5HM4B 3K1MA 2XD3A 1MXZA 4GD5A 3N5LA 3IB0A 4YB6A 3K1PA 2OZZA 3RTFB 1N7WA 1Y9UA 1QJMA 2UVGA 3V83A 1OLCA 3BFTA 1XS5A 1H43A 3M8UA 4LA9A 4F1VA 4IO7A 4LZ5A 2HCAA 4RK9A 3T9VA 4KFQA 1MPCA 1B40A 4ZZEA 1MQGA 3T9XB 3ECRA 1EU8A 1N76A 2OJTA 1EZPA 3MVZA 4U22A 5H8FB 2D21A 1XVXA 4HW8A 1NNTA 4FJPA 2HZLA 2H99A 3IOVA 5AA4A 1TT1A 2R6GE 5AA1A 3IL1B 3W9VA 1ZLQA 4H5FA 4O3AA 4BDMA 1MDQA 3IB2A 4R6KA 3R7XA 3UA8A 2GH9A 1DPPA 3TUSA 2Y7KA 2RKMA 1HSJA 3PUZE 4NMYA 3O28A 3S4UA 3FXQA 4PFYA 2O1MA 1SW5A 4X1DA 2XXUA 3TZAA 3DELB 5A5XA 3TTNA 1NH8A 5TPAB 1P99A 2OWSA 2QSXA 4P0GA 1M5EA 1IEJA 2DE3A 1ZU0A 4M4GA 5L9MA 1ZIUA 3KFMA 3TEPA 4BDQA 1TFDA 2DWHA 4GF8A 2ALUA 4QF9A 1QW0A 4ELOA 5DT6A 1MXYA 4QFNA 3KEIA 2GFEA 1AOVA 1BIYA 1QUKA 2OCUA 1PB9A 4G8HA 1ZKBA 1LB8A 3CRBA 1IZ1A 3MPLA 1MXWA 3L6GA 4NF6B 2P0SA 4JXIA 1IITA 2H9BA 1MY4A 4R74A 4KQPA 3O2AA 2I0BA 4Q5TA 1O64A 2RC8A 1YPNA 3PPOA 4LZ7A 4OFOA 4ZEBA 3BKIB 5I59A 4MH5A 4GXSB 4NWDA 4OERA 2QS4A 2PMSA 4ZEFA 2V25A 3UN6A 3TYHA 3H03A 4ECFA 2F6PA 3M3KA 1URGA 1NFTA 3FASA 1JQFA 3H3GA 3U92A 3W9WA 4Z0IA 2XHDA 5I57A 1UIUA 1B52A 4WXJA 3VFJA 1FQBA 5HBCA 1AIVA 1FTMA 1MXVA 3PUXE 3QYTA 4UACA 5AA3A 2B3FA 3LR1A 4OFLA 1SW1A 3U72A 2PT1A 3K6XA 4N6PA 3O6GA 4QFPA 3A3CA 3FGSA 5H8HA 4ZEKA 3IORA 4ZEIA 2VP1A 4ELPA 2DXRA 3MZBA 4PE5B 2GRVA 2DE2A 2XD2A 3C31A 4H8JA 3K01A 4ZECA 3G3GA 1MY3A 3LC8A 4LVQA 5I58A 5TP9A 2KLFA 1TXFA 3K6VA 3KN7A 4DE8A 3RTWB 2O68A 2Q9TA 2Y7RA 3LSLA 4DXBA 2CMOA 3TTLA 3OMBA 3DP6A 1N84A 2XXRA 2OK2A 4IGTA 5EHMA 3H6UA 3UORA 1B3HA 1M5FA 1P1UA 4E0WA 2RC9A 1MY1A 4F29A 3GZGA 3K0VA 5DYHA 2NWJA 3PUVE 2X26A 3SESA 5CMMA 3TODA 5A5XB 2PYYA 1O7TA 2OLBA 3MUQA 3KBRA 4MFIA 4WEPA 3O66A 3RY3A 1H44A 3K1NA 3L6HA 4PQJA 3HHGA 3LSFB 4OQOA 3V89B 4IO5A 1Y3PA 4TLLB 3ILTB 1ZTYA 5ICQA 1UIVA 2E1SA 5ISUA 3BBRA 1JW4A 3FV2A 1XHYA 1I6QA 4AQ4A 3VVEA 5CM6A 1OQHA 4KCCA 2R9JA 3TFLA 4EF2A 3K6WA 3W15C 3SEXA 3OSRA 2IA4A 4FECA 3VDFA 3IR1A 5DVFA 4MLQA 4O3BA 4EF1A 2DQVA 5I59B 3KSJA 4GXAA 4EQ7A 1HSEA 3PPRA 4I8CA 1FTOA 2Z8DA 5DEXB 2DYXA 5B70A 3CSBA 5H8FA 4G68A 1DSNA 3GBBA 3Q29A 4MLVA 3VE1B 2GHAA 2Y7PA 3SETA 3T96B 1TFAA 3B6QA 4DXUA 4NF4A 5I57B 2YJPA 3K2DA 1MQJA 5ITPA 2HAVA 4NE4A 3VVDA 4XTCQ 4U1OA 2B3BA 3H6WA 1PB8A 4YKPA 2ONRA 3UIFA 3SDFA 4GFRA 5CMCA 4ZZAA 5H8HB 1JVYA 5I56A 5TPAA 1BP5A 4GRKA 3FIRA 4RNSA 4OVJA 4OZ9A 1OVTA 2ZXTA 1BLFA 5L9OA 3PU5A 1A54A 3TMGA 4R2BA 4GQOA 3PD9A 2O84X 3TPAA 4H65A 5FHOA 5I58B 1XVYA 5TP9B 1UTBA 3V8XB 2ONSA 1M5BA 3ILUB 2VGQA 4GWOA 1IXIA 5DTBA 4LZ8A 4OENA 4RPOA 1NNKA 4LONB 4Q0CA 3TELA 2XXYA 4XKQA 1IIWA 4R72A 4YU0A 3FJ7A 3KJTA 2Y7WA 3SERA 3FVNA 1IUDA 3IOWA 3EF7A 3KN3A 3SEWA 3TDJA 5L8DA 3KN8A 2AIXA 2O7UA 1N04A 3LBSA 4TQUQ 5F1QA 5F7VA 4KD5A 3IOTA 1ATGA 3OO6A 5ITOA 5L9SA 3FATA 4F1UA 1TWYA 1IXHA 3IJXB 3C33A 1QKAA 3G3KA 1AMFA 1POY1 1B51A 3KSXA 1UQWA 4OFJA 4BDLA 1WVJA 4I1DA 4OTEA 2O6AA 4C1TA 2AYSA 2RC7A 3IOUA 3U93A 5KDTA 1Y1ZA 1OIBA 1YTVA 1I6BA 1ANFA 3HCQA 3S9LC 3JV9A 1B05A 3I3VA 3IB1A 3QSLA 3U8QA 3H6VA 3IO6A 4HTGA 1MS7A 1S9TA 1JW5A 3MZ9A 5ELVA 2NVUB 4KI0E 4G68B 3PGFA 5HPQA 4R2FA 1N7XA 2H4IA 1FCKA 4NF4B 3OXNA 1MH4A 4PFUA 2B65A 5B7DA 1SW4A 1CB6A 3MWBA 4RXLA 2DXYA 4X48A 2ZYKA 1GTKA 3VLUA 4N13A 1SW2A 4YZZA 4H6DA 4BDRA 1NKXA 2CZLA 4P11A 2F7AA 3O9PA 4JBZA 1D9VA 4WKMA 5I56B 3PD8A 3FXUA 4OEVA 1ZMGA 4PETA 1N3WA 3QXMA 4ZS9A 1JNFA 3IO4A 2QMWA 3PMWA 2D5WA 1A7LA 3MAMA 3KOTA 1JVXA 3KGCA 2NUVA 4OHNA 4G68C 3G3HA 1H76A 1UTBB 4F3PA 1QVSA 4QFKA 1DOTA 2Y84A 3CR9A 2R71A 4HS7A 4JDFA 3GBAA 4U21A 3RGYA 3TQWA 1POTA 1I6AA 3FZVA 1A99A 1MG1A 4UA8A 1NNFA 4YICA 1B5JA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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