3IB2A

Structure of the complex of c-terminal half (c-lobe) of bovine lactoferrin with alpha-methyl-4-(2-methylpropyl) benzene acetic acid
Total Genus 109
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
109
sequence length
345
structure length
341
Chain Sequence
YTRVVWCAVGPEEQKKCQQWSQQSGQNVTCATASTTDDCIVLVLKGEADALNLDGGYIYTAGKCGLVPVLAENRKSSKHSSLDCVLRPTEGYLAVAVVKKANEGLTWNSLKDKKSCHTAVDRTAGWNIPMGLIVNQTGSCAFDEFFSQSCAPGADPKSRLCALCAGDDQGLDKCVPNSKEKYYGYTGAFRCLAEDVGDVAFVKNDTVWENTNGESTADWAKNLKREDFRLLCLDGTRKPVTEAQSCHLAVAPNHAVVSRSDRAAHVEQVLLHQQALFGKNGKNCPDKFCLFKSETKNLLFNDNTECLAKLGGRPTYEEYLGTEYVTAIANLKKCSLEACAF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title The structural basis for the prevention of nonsteroidal antiinflammatory drug-induced gastrointestinal tract damage by the C-lobe of bovine colostrum lactoferrin.
pubmed doi rcsb
molecule tags Metal binding protein
molecule keywords Lactotransferrin
total genus 109
structure length 341
sequence length 345
ec nomenclature ec 3.4.21.-:
pdb deposition date 2009-07-15

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00405 Transferrin Transferrin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3ib2A01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3ib2A02
1MY1A 1H76A 3OELA 1EH3A 3G3JA 4FE8A 4RK2A 3S2VA 3FJMA 3G3GA 3CFXA 1N7XA 1MY2A 1HSLA 2ZNUA 3OENA 5L8DA 3R6UA 4OTEA 3G3KA 4YKKA 4NF5B 3K0VA 4F3GA 5B7DA 1Z7ME 1GR2A 5DEXB 1B5IA 3V83A 4H8JA 4PETA 2B3FA 3PUZE 1O64A 3GLBA 1TWYA 4G8MA 1UIVA 2PT1A 1FTJA 5I57A 5ICTA 4F2QA 1QULA 2ZNSA 4H8IA 5H8NB 1ATGA 2VHAA 4HCYA 2DWHA 2DXYA 2XXYA 3C36A 1MQDA 3FV2A 3DP8A 2DS9A 1B5HA 1Y4CA 4NF8A 1MXYA 2AYSA 3GBAA 5H8HB 3Q28A 1FW0A 2VP1A 3VXCA 1QUJA 2Q9TA 5ITPA 1IXCA 1NNKA 3UIFA 2O6AA 1JNFA 2V93A 2XX8A 1B0HA 2HXWA 4JXIA 4H5GA 4Q8RA 3FXQA 4U2RA 1FQDA 3FJ7A 3LC8A 4R2FA 1QKAA 5L9OA 3O97A 5BUUA 1AOVA 1MXUA 3FZVA 3H06B 3RTWB 2DOJA 4IO4A 1B3HA 1VE4A 2G93A 3HO7A 3TMGA 4KHZE 1Y4TA 3V8XB 2I4CA 3VVFA 2ONRA 4TLMB 1T0KA 3RTFB 4WKMA 1XHYA 4I8CA 1S9TA 1D3KA 4QRZA 2ZNTA 2VD2A 3T66A 1PBPA 3CVGA 5EHMA 2A5SA 2HFBA 1MPCA 2OJTA 2XXIA 2HAVA 1YTVA 1DPPA 1JQFA 4KCCA 1IZ1A 1JETA 4R75A 1WVJA 5LOMA 3SETA 3VXBA 2VOZA 3KEIA 4RYAA 3FXUA 1VFEA 1S50A 5AA2D 2W7YA 4ZZEA 3FJGA 3TQWA 4ZE8A 1URDA 3RY3A 4AB6A 1IITA 1SQYA 3OO6A 4OMBA 1D4NA 4OWDA 1RYOA 5TP9A 1LAHE 4JDFA 1PDAA 3H6VA 2Q8JA 1TXFA 3O6HA 3PGFA 3CFZA 1BKAA 1QUKA 1L5TA 3SEWA 3DP4A 4N6PA 4OQOA 5CBSA 1OLAA 1MY3A 3FASA 3E4RA 3TCGA 4GRKA 5CM6A 4P0GA 5CBRA 3KSJA 2THIA 4OEUA 1II5A 1NNPA 1WDNA 3PUXE 4H5FA 1RYXA 3CR9A 4KYDA 4JSDA 5TU0A 4KPTA 3TYHA 2OWTA 3PUYE 4EQ9A 3K6XA 5K2XA 5CMBA 1LCFA 4OERA 1AIVA 3TTMA 2YPNA 2XX7A 4FEDA 4GL8A 5EYFA 1B7UA 3TCHA 4ZEBA 1JW5A 4R9FA 2I3VA 1POTA 4KR5A 4KYSA 2DE4A 3TEPA 4RA1A 1GTKA 4NF5A 5DYHA 3TPAA 1N3XA 4YMAA 2V3UA 3CFLA 3K02A 4C1TA 1Y20A 4HCWA 4MLQA 4R74A 4ISUA 2D21A 3PD8A 1NNFA 4DXUA 3FVNA 2E0SA 3WAEA 3KBRA 3KN8A 5AA4A 1LAFE 3G7WA 4GXSB 3U72A 3GZGA 4F18A 3IAZA 2F7CA 2F8DA 3KN7A 4QHQA 1F9BA 4HS7A 5IKBA 5F7VA 1B6HA 3R26A 2YLNA 1A8EA 2RCAA 5ITOA 2Y7IA 2HAUA 3E3KA 3UA8A 1P1QA 1O63A 4NF8B 1LB8A 3CG1A 1LFHA 4KD5A 1XS5A 3PUWE 5DTBA 2REGA 3HHGA 5FHMA 2OBGA 3KJ7A 3O6GA 1R9QA 3ODBA 4XKQA 3VLUA 3JZJA 4OENA 5CMCA 2GH9A 2B65A 3P7IA 2X26A 2ZMBA 4F2OA 1BIYA 3KSXA 1B46A 3LSXA 1PB9A 2QS4A 1FTOA 2XXTA 3N6UA 1UTHB 4XIGQ 3ILUB 2P1SA 5B70A 4F3PA 5F1QA 3CRBA 1IEJA 1N04A 4U22A 1M5EA 4DCYA 4FIMA 1QW0A 2M8CA 3CSGA 1B1XA 5IAIA 3BFUA 2HZLA 1FTMA 3BKIB 4IO6A 1A55A 1B05A 5KZTA 3FVGA 5H8QA 1Y1MA 3MBPA 2XXHA 1YAEA 1FTKA 3CG3A 4GWOA 2RC9A 1DMBA 2DWJA 3L6HA 1N3WA 1D9YA 3G3IA 4OFOA 3N26A 1SBPA 4F39A 3A3CA 4LQ5A 4L17A 3C4MA 4DE8A 3IX1A 3OO9A 4LVQA 4OETA 3B6WA 1ZBMA 4GL0A 1DSNA 5TP9B 2REJA 1MDP1 3TKDA 4POXA 3KFMA 2DWAA 4R6KA 3DELB 2FA7A 2I48A 4LZ7A 4PQJA 2FYIA 2GHBA 3D4CA 1M5BA 2DXRA 4M4GA 3U1OA 1P1NA 4IO7A 3THIA 1LLSA 3Q25A 4IY5A 3WAFA 3BBRA 3IL1B 3K1MA 5HBCA 4EF2A 4F1VA 1N7WA 1MRPA 1H3DA 3TQLA 1A99A 4EUOA 2ALUA 2P2AA 2HZKA 1A40A 1TT1A 3K1NA 1EU8A 2I3WA 2NWJA 3O6IA 4MF3A 2VGQA 3OEKA 3D4GA 1US4A 4YMBA 1URSA 2QMWA 4KYEA 4FJPA 1B3GA 1P1UA 1ZU0A 1J1NA 1MY0A 2YJPA 4RK9A 1MQHA 1P1WA 4LZ5A 3Q27A 2CZLA 1SYHA 3VVDA 3I5OA 5KCJB 4Z0IA 1HSEA 2F34A 1LFIA 5A5XA 3DLNA 2PYYA 4Z7EA 3QAXA 5AA4B 2DP8A 3TCFA 2OZZA 4BLAA 4GIZA 3K6VA 4RPNA 1ANFA 4QFPA 2Y7RA 2QS1A 4ELOA 3LR1A 3ECRA 4IY6A 3TUSA 4U1OA 3LSLA 5DVFA 4LQ2A 2XX9A 2QMXA 3KN3A 4EXLA 2V3QA 2Z23A 1ZLQA 4F31B 3K4UA 3CI8A 1ZJLA 4GVOA 4DCXA 4JSOA 3H7MA 2ZXTA 5KDTB 2CMOA 4RPOA 3HPIA 4XKPA 2F7AA 3G3FA 2IEEA 2P0SA 1MXXA 3MPLA 5FHNA 3PD9A 1UTHA 4F1YA 4QFOA 3SEVA 2DWIA 4K3FA 4R9GA 3TTRA 4ONYA 3FGSA 3MZ9A 1TFDA 1LFGA 3I6VA 3PPNA 3DP6A 4KQPA 3ZS6A 3F11A 4LA9A 4FECA 3N5LA 4ND9A 2Q2AA 2XHDA 2UVHA 1IXIA 3W9WA 3H6UA 4ZZAA 5JTYA 1XC1A 3IOVA 5H8FB 5I56A 4LUBA 3OO8A 4NMYA 1OLCA 1QUIA 1LGBC 2XXRA 3KGCA 3MC2A 1FQEA 3KG2A 3C33A 3HHFA 3ZKKA 5H8QB 1NL5A 3UN6A 4GXAA 1FQAA 4FAJA 1S7YA 3SERA 4E0XA 3M8UA 1AH5A 3MVWA 3VFJA 1MXZA 4H65A 2OCUA 3W9VA 3E13X 4HW8A 3TAJA 4X48A 1B58A 4BDLA 1B4HA 5AE4A 2UVIA 2O51A 3QSLA 2G29A 1QKBA 4U4SA 2D3IA 4RXLA 4LZ8A 3USDA 1A8FA 2O1LA 1RKMA 4ELRA 1O7TA 5DVJA 1FQBA 4PFUA 5EHSA 1XVXA 2Q88A 4IO3A 2AL5A 5JEIA 1A7LA 3PU5A 4OESA 4G8HA 2XXXA 4G68A 2ABHA 1I6AA 4ZEIA 4NTLA 1FQCA 1H44A 5DT6A 3PPQA 2Q2CA 3TTLA 2F6PA 2RC7A 3ZSFA 1B5JA 2OK2A 1Z7NE 1MM6A 3UGWA 5JK4A 3VVEA 4EXKA 3T9XB 1M5DA 4RJZA 1NH8A 3K6WA 3C31A 2V84A 4O3BA 3MQ9A 3MP6A 4XKNA 2XXPA 4I9DA 4RY1A 3SEUA 1IQ7A 4QSEA 3QXMA 2H5YA 4F22A 4YICA 4DLDA 2RF1A 3SDFA 1R9LA 1MPBA 1MH4A 1BTJA 5KCJA 2GFEA 4WEDA 3N94A 3ONMA 5I58A 5I59A 4X1BA 2OLBA 4ZECA 5FHOA 4PE5B 4GLIA 1B40A 5FTIA 3H6TA 2O84X 4H1XA 2Z22A 3PPRA 3QIMA 4OHNA 4YU0A 5A5XB 1Y9UA 1ELJA 4R2BA 1Y3QA 4LONB 4QFKA 3IB1A 2QS2A 3K01A 1B9JA 2BJJX 1GVCA 3VV5A 1PB7A 3MP8A 2I0BA 2DQVA 4C1UA 2I58A 3E9XA 4Q30B 1XOCA 3N6TA 4IO2A 4DXCA 5ICQA 3FD3A 1FQFA 4KFQA 4WEPA 4IO5A 5AA3A 3MVYA 3IB2A 4R73A 1A54A 2PX1A 4IB2A 1IXHA 1MS7A 4JB7A 4OYVA 3B6QA 1FTLA 1PC3A 5KDTA 1IXGA 1ZTYA 1JW1A 2XXUA 2GHAA 2B3BA 2XXVA 3KZGA 4M1VA 2KLFA 2Z8FA 2A5TA 2X7QA 1US5A 4MFIA 1BP5A 4THIA 4EQBA 3IR1A 3T9VA 4JBZA 1MPDA 2R9JA 1B51A 2HEUA 2QL3A 3K00A 4PFYA 1PB8A 3PMXA 3IO6A 3KJTA 4LP2B 3TELA 1PEBA 1SVXB 5H8FA 4PP0A 2X7PA 3DM0A 2R71A 1OIBA 1P1OA 3IB0A 1FCKA 1VR5A 1B3FA 3VDFA 1UIUA 4O3CA 3I3VA 5I84A 2PT2A 4KCDA 5JTYB 5I56B 2ZYNA 2O69A 3EN3A 4Q5TA 1B1HA 4DZ1A 5AA1A 1AL3A 3RT6B 1DTZA 2OWSA 1NH7A 3KOSA 2QPQA 3B6TA 2FNCA 3M3LA 1MH3A 1JEUA 1B3EA 1M5CA 1MQJA 1CB6A 3VLVA 2V25A 2I0CA 1HSJA 2XXWA 4GF8A 4R6HA 4YKIA 3OOAA 3FATA 4ZEDA 3O66A 2HQ0A 3O2AA 3TTKA 3H03A 1TFAA 2O68A 4DIGA 5ELVA 1LAXA 1SDXA 3IJXB 3EQ1A 3LBSA 1MQGA 1N0TA 3MUQA 1QVSA 1LB9A 3V5AA 2QJEA 1B7ZA 5HM4B 1OQHA 4G68B 3EHTA 3VLWA 4EQ7A 4ELPA 4ECFA 4NEDA 3T9HB 2DE2A 1GV8A 3C35A 4GD5A 3MP1A 2Y84A 2HCAA 3UORA 4ZDMA 1USYE 3AXFA 3FIRA 5CRYA 4WXJA 1EZOA 3T93B 5BWJA 4ZS9A 1JEVA 1B3LA 4I62A 2WKYA 3IORA 5HPQA 1URGA 2QSXA 2F6GA 4QF9A 4UA8A 1CE2A 4BDQA 2Z8DA 3RT8A 3TZAA 4U1ZA 3FVKA 1Q1KA 2XD2A 5M2VA 1JW4A 2H9BA 2PMSA 3FUZA 3MVZA 4EDPA 1LAGE 3OD7A 5CC2A 5I58B 5I59B 3S9LC 1P99A 1KWHA 1MXVA 3MZBA 4AB5A 3OO7A 1Y3NA 3UK4A 1I69A 2O7IA 4NWDA 4OFLA 4QFNA 3GXAA 4YB7A 4ELQA 2E1SA 1UTBA 1I6QA 2ONSA 2NXOA 1N84A 4E0WA 5AA2A 1OMPA 4H6DA 4F29A 1LBBA 4OVJA 4F1UA 5I2KA 1YCJA 5ISUA 1R1NA 3C34A 4YZZA 2QRYA 3PPPA 4PFTA 2R6GE 4G2ZA 5I2NB 3Q26A 3RLFE 4H0WA 3HN0A 2D5WA 3MPKA 1QJMA 4N07A 4YB5A 3HSTA 4YKPA 2DVZA 4EF1A 2RKMA 2RC8A 4YAHX 3TTNA 2H98A 2RCBA 2Y7WA 1Q35A 2A5TB 3U93A 1NKXA 2NOOA 3ZKLA 3JYRA 3RPWA 1EZ9A 2NUVA 4GOTA 3O9PA 4GFRA 3VE1B 4G68C 2I49A 2ANJA 3IOWA 3JV9A 1MG1A 3SEXA 4JWXA 4R6YA 3TDJA 2NVUB 4HTGA 1SYIA 3M3KA 3IJOB 2QS3A 4G4PA 4R72A 4F3SA 2F36A 3A3UA 3TFLA 1B52A 5J1DA 4MLVA 2Y7PA 1SW2A 3CSBA 3EHUA 1AMFA 2O1MA 4Q0CA 3U94A 1GGGA 3KOTA 3T96B 1D9VA 3H3GA 4NF6A 4PFWA 3MWBA 4TQUQ 5TPAA 3EPEA 4BDRA 3W15C 3OSQA 5CMMA 4NF4A 4C0RA 2H25A 2H99A 1IIWA 4O3AA 4H67A 3HV1A 3V89B 4YB6A 2F7BA 1B32A 2I6EA 3A09A 1DPEA 2VD3A 3PMVA 1NFTA 3TODA 3PUVE 5CI5A 1B0LA 5FTHA 3H6WA 4QSCA 4LATA 4MH5A 2DSFA 2ONKE 3K6UA 3MAMA 1MY4A 4U23A 2ESNA 4XKRA 1JVXA 1SW1A 3K2DA 2PVUA 3LSWA 4FEBA 1JVYA 3SEYA 3QK6A 5CMKA 1ZIUA 2LAOA 4OXVA 1ZMGA 4OEVA 4X9TA 4OZ9A 1N76A 2Z8EA 2DE3A 4IGRA 4POWA 3PPOA 3U92A 2IA4A 4BDOA 5K2YA 1B2HA 2Y7KA 3C9HA 3H4ZA 1XT8A 3R7XA 3OMBA 4OFJA 1MXWA 5DEXA 2Q89A 1OVBA 3C32A 1NNTA 2DVCA 4JWOA 4NE4A 1LCTA 5H8NA 2O7UA 4UACA 4MBPA 4G8NA 2UVGA 3EHSA 5I57B 1UTBB 5I2NA 3CIJA 1OQGA 4NWCA 1VSOA 4X1DA 5H8HA 3RGYA 5AA2B 3S9NC 4XTCQ 1SD3A 3SKPA 5I2KB 5DVIA 3UP9A 2PBWA 3S9EA 4XXUA 1SI0A 3L6GA 4GQOA 3B7DA 3MW0A 4P0IA 1IUDA 3BFTA 4U4XA 3U8QA 3QYTA 4U21A 3M3FA 2UXAA 3IK6B 2AIXA 3MVXA 5H8SA 1LBCA 3RN8A 3PMWA 2UYEA 4TLLB 4TOZA 4FORA 2UYFA 3Q29A 2ZYOA 3ILTB 1B7HA 2F5XA 4ESXA 4IGTA 4QFLA 1NMUA 1DOTA 2F78A 2XXQA 4N13A 4ZEFA 1SW5A 4BDMA 2ZYKA 1MM7A 1M5FA 1UQWA 4FATA 2XD3A 1I6BA 3K1PA 3GBBA 3O28A 1OVTA 1YPNA 3O29A 4G77A 4I1DA 3S4UA 1R6ZA 1ZKBA 2H4IA 3FXRA 1WODA 1H43A 4KI0E 5L9SA 2I4BA 2RINA 1B4ZA 5L9MA 2UVJA 3LSFB 2ZYMA 2AL4A 1Y3PA 3G3HA 4JWYA 4NF6B 3EF7A 3FV1A 2DYXA 5TPAB 3MJNA 3OEMA 3RNNA 3PV0E 3OSRA 1LSTA 1VFDA 1EZPA 3IO4A 3MZ1A 4DDDA 4P11A 4NF4B 4BDNA 3S9MC 1BLFA 2V3TA 3QUFA 1SW4A 1DTGA 3RQTA 3T22A 1XVYA 2F97A 4ZE9A 3FVOA 1MDQA 4QSDA 1USYH 4AQ4A 1MQIA 3IOTA 3SESA 4YKJA 1Y1ZA 3QUJA 4ZEKA 4DXBA 4RNSA 2F35A 4F19A 1PBQA 1SI1A 3LUYA 3HCQA 3IOUA 3RUMA 1POY1 1H45A 2GRVA 4F3BA 4ESWA 3T9UA 3OXNA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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