3IO4A

Huntingtin amino-terminal region with 17 gln residues - crystal c90
Total Genus 112
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
112
sequence length
419
structure length
417
Chain Sequence
KIEEGKLVIWINGDKGYNGLAEVGKKFEKDTGIKVTVEHPDKLEEKFPQVAATGDGPDIIFWAHDRFGGYAQSGLLAEITPDKAFQDKLYPFTWDAVRYNGKLIAYPIAVEALSLIYNKDLLPNPPKTWEEIPALDKELKAKGKSALMFNLQEPYFTWPLIAADGGYAFKYENGKYDIKDVGVDNAGAKAGLTFLVDLIKNKHMNADTDYSIAEAAFNKGETAMTINGPWAWSNIDTSKVNYGVTVLPTFKGQPSKPFVGVLSAGINAASPNKELAKEFLENYLLTDEGLEAVNKDKPLGAVALKSYEEELAKDPRIAATMENAQKGEIMPNIPQMSAFWYAVRTAVINAASGRQTVDAALAAAQTNAAAMATLEKLMKAFESLKSFQQQQQQQQQQQQQQQPPPPPPPPPPPQLPQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Secondary structure of Huntingtin amino-terminal region.
pubmed doi rcsb
molecule tags Signaling protein
source organism Escherichia coli o157:h7
molecule keywords Maltose-binding periplasmic protein,Huntingtin fusion protei
total genus 112
structure length 417
sequence length 419
chains with identical sequence B, C
ec nomenclature
pdb deposition date 2009-08-13

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF13416 SBP_bac_8 Bacterial extracellular solute-binding protein
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3io4A01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3io4A02
4MLQA 3DP4A 2AYSA 4FE8A 5I57B 3TODA 1FCKA 5BUUA 1QKAA 3N6UA 2ZNTA 3ECRA 2XX7A 3B6TA 4GF8A 4PETA 2UVHA 3QSLA 4R2FA 4U22A 5H8HB 3B6WA 5HPQA 4KYDA 3WAFA 2O1MA 1P1OA 3C35A 2A5TB 2I3VA 1II5A 3TCHA 4ZDMA 3KOSA 3PPNA 1R9LA 4F29A 1YPNA 2NWJA 3T9XB 5ICTA 3UP9A 2X7QA 1QVSA 3OD7A 1BIYA 2OWSA 3PUXE 4DCXA 5AA4A 3H06B 4QSCA 3CG1A 3QUFA 2F7BA 1US4A 4U4SA 1Z7NE 2R6GE 3FD3A 3CG3A 1UTBA 3M3KA 3PPPA 5FTHA 1MDP1 4KYSA 3BFUA 3PUYE 5AA2B 5I58A 4BDQA 1B3HA 1A40A 3IORA 4OFJA 5CI5A 1A8EA 3MPKA 3W9WA 3PPOA 4YKIA 3H6TA 4P0IA 4QSEA 3UN6A 4BLAA 1SI1A 2P1SA 3V83A 3OO8A 5TPAB 4QFLA 3DELB 1YCJA 1NFTA 3K6UA 3W9VA 1P1WA 5A5XA 1B4ZA 1B05A 2F78A 3TDJA 1FTLA 5I84A 1DOTA 4LP2B 2I4CA 2YPNA 2DP8A 3V5AA 1MY0A 3RUMA 1B51A 2ABHA 2Y7IA 2OBGA 4XTCQ 2XXHA 4OERA 1RYOA 3H6VA 1M5BA 2F35A 2UXAA 3P7IA 5K2YA 3TCFA 3TAJA 3I6VA 1N7WA 5I58B 1ZTYA 5IKBA 4AQ4A 3BKIB 4E0XA 2XHDA 3G3KA 1B1HA 3IOTA 2H98A 2NOOA 4ELPA 3DLNA 1JETA 2X26A 2WKYA 2R71A 4DXCA 3QIMA 3ZKLA 3MVZA 5CMCA 4OZ9A 2AL4A 1B5IA 3CI8A 5DTBA 1MDQA 3MVWA 1FTOA 3K1MA 1AMFA 1WVJA 3GXAA 2I3WA 4R6HA 1JQFA 3VXCA 2QS4A 1OVBA 3BBRA 3IL1B 3PMVA 1NL5A 2ZYKA 3S9MC 4RNSA 4JWYA 3M3FA 4GIZA 4LA9A 4K3FA 2XXIA 1J1NA 2V3QA 3RGYA 3IB1A 3N26A 1LLSA 2O7IA 4I9DA 2NXOA 2CMOA 3FJMA 1SI0A 1MM7A 2Z8EA 1P1NA 1XVYA 5L9SA 2GH9A 1URSA 1NH7A 1QW0A 4R74A 3FATA 4YKKA 3IB2A 5KCJA 4NEDA 1XOCA 3GZGA 1QKBA 2ALUA 2DOJA 3TYHA 1OQHA 1MS7A 3IR1A 5CRYA 1Y4TA 1YTVA 3C4MA 1R9QA 2Q2CA 1Q35A 4OENA 4OVJA 3SKPA 3T9VA 4OEVA 1GV8A 2Z22A 5DVIA 1B32A 4JBZA 1N04A 3FVOA 2Y84A 4MBPA 1IEJA 4H6DA 3SEUA 4BDOA 4HS7A 4ELOA 3UORA 3E13X 4KFQA 2ZYMA 3A3CA 4LUBA 1WDNA 1XVXA 2PT2A 4ZEDA 4G77A 3IAZA 4Z0IA 1DTZA 3G3IA 3DP8A 4Q8RA 1HSJA 2F5XA 3LSFB 1SD3A 1Y3PA 1FQDA 4I8CA 2QJEA 1PBPA 1MPCA 5LOMA 2Q88A 2W7YA 4GFRA 4IO4A 3MUQA 4NF8B 1OIBA 1Q1KA 4NMYA 2QMWA 1TWYA 3TELA 1I6QA 4I62A 3ZS6A 4QFOA 1EH3A 4EXKA 3RT8A 3ILTB 2DS9A 4R75A 1BP5A 3PPRA 4ZE9A 4PP0A 4F31B 3EHSA 2IEEA 3D4CA 4NF5A 3O6IA 4NF4B 4UA8A 1Y1ZA 5I2NA 4FORA 2H25A 1UIVA 3T9UA 1H76A 1JW1A 4ZEFA 1FQCA 2V93A 5B70A 3R6UA 1LFIA 1NKXA 2F34A 1B46A 2O84X 1S7YA 4OFLA 1DMBA 3KSJA 1SDXA 2Q89A 1Y1MA 3KJTA 3PUZE 3KN7A 2VHAA 4F18A 1Y20A 2Z23A 4ESWA 3MP6A 3U1OA 2NUVA 1H3DA 5AE4A 4N6PA 4TOZA 5H8FB 3JV9A 5EYFA 3O6HA 2Q8JA 3HHGA 4KCDA 1OVTA 3RLFE 3IOUA 1NNPA 2F7CA 4RPNA 2UVIA 3E9XA 3K6VA 1NNTA 2ZNSA 3IJOB 1B0LA 3TTLA 1N3WA 2XXPA 4KHZE 4OFOA 3OO9A 1FQFA 1HSLA 3K00A 3MP8A 4HW8A 5F1QA 2V3UA 3K01A 1KWHA 1VFEA 3RPWA 3QYTA 2Z8DA 3SEXA 1B9JA 3E3KA 5J1DA 5CMKA 1ATGA 3LR1A 3PPQA 1H45A 3FXQA 2OZZA 4ONYA 5ISUA 4RK9A 4RJZA 5DVJA 1TT1A 3QK6A 1SQYA 2F6GA 1PC3A 1UTHB 3LUYA 2QS1A 3CR9A 1QUKA 2O68A 1WODA 2V3TA 1L5TA 3HN0A 1MY3A 1USYE 1OLAA 2DWHA 3R26A 2PX1A 3O66A 3MZBA 3CFLA 2XXUA 2DE2A 1PB7A 3FXRA 5CBRA 4DZ1A 1NMUA 1LFGA 3CFXA 4F2OA 2D21A 1XHYA 4G8MA 3RT6B 3M8UA 1MH3A 1MH4A 1VFDA 3TFLA 4GD5A 4XIGQ 4IY6A 3N6TA 3H3GA 1LBCA 3M3LA 1LAHE 3TTMA 1XC1A 3U92A 3KEIA 1FQBA 3I3VA 4GL8A 3VE1B 3V8XB 2PVUA 3VVDA 5FTIA 3MVXA 4QF9A 1IZ1A 4EF2A 2Y7WA 3PD9A 5L9OA 1N76A 4YKPA 5KDTA 2H9BA 3TEPA 1P1QA 1N84A 4R2BA 2ESNA 4LZ8A 1B3LA 2O1LA 1SYIA 4P11A 4FJPA 4WEDA 4DIGA 3C31A 4TQUQ 2IA4A 5CBSA 1LB8A 3G3FA 2ONSA 1TFDA 4U23A 1LFHA 2DE3A 2I0CA 4DCYA 4DXUA 1OMPA 4O3AA 5I2KA 4XKPA 5JK4A 2YLNA 2Y7RA 3C36A 1P1UA 4KD5A 1Y3QA 4QFNA 1MXXA 1URGA 5ICQA 1A8FA 4YU0A 3HSTA 4WXJA 2QS3A 2VD2A 3FXUA 4WEPA 4F1VA 3K6XA 2XD3A 5AA3A 2DXRA 2XXXA 3KJ7A 3KOTA 5EHSA 3G3JA 3MVYA 4R72A 4YICA 2AL5A 3T66A 4F19A 3OEMA 4LVQA 4NWDA 3LSLA 1O63A 5AA4B 4Q30B 4G68C 1M5DA 1EU8A 1I69A 3T96B 4X1DA 3MQ9A 3USDA 2PYYA 1B58A 3LSWA 4IB2A 1UTBB 3IJXB 1MY2A 4GQOA 4FIMA 3B7DA 3H7MA 4G68A 4FAJA 4MF3A 4EQ7A 2I58A 4L17A 1AH5A 1FQEA 2XXRA 1MXWA 3D4GA 4F3SA 3TPAA 4OWDA 4YB5A 1P99A 3EHUA 3VV5A 1XT8A 3EF7A 1N3XA 1LCFA 2VOZA 4ELRA 5BWJA 5I56A 2DXYA 1SBPA 4LZ5A 5H8QA 5TU0A 1FTJA 1B7HA 2FA7A 3OELA 1GTKA 2GHBA 4POXA 3PUWE 5A5XB 3W15C 3K4UA 1FTMA 3S9LC 4DLDA 3IB0A 1URDA 4RA1A 3TMGA 3ILUB 4FEBA 2F8DA 2VGQA 4JSDA 5DEXA 1ELJA 1MY1A 3ONMA 2CZLA 3TZAA 1JW4A 3CFZA 3RN8A 3T22A 4ESXA 2GFEA 3UA8A 4H1XA 3GBBA 4JSOA 3G3HA 3TKDA 4HTGA 2QSXA 1IXCA 2BJJX 1O7TA 3KSXA 1SW4A 1O64A 3CVGA 3KG2A 1MXYA 2FNCA 1GR2A 2O7UA 4LQ5A 4ND9A 2Y7KA 1SW5A 1MG1A 3SESA 3EQ1A 4ZECA 1NH8A 2RC7A 2G29A 3DP6A 3B6QA 4F22A 2R9JA 3K1NA 3KGCA 4GXSB 3SEWA 4KYEA 3K6WA 1ZBMA 3N5LA 4R9FA 1XS5A 2ZXTA 3K0VA 4GVOA 4PFWA 1DPPA 4JB7A 3O2AA 3S9EA 5F7VA 2VD3A 2G93A 4IO7A 1PB9A 3ZSFA 1B2HA 2V25A 4GRKA 4U2RA 4YZZA 4H8JA 2A5SA 3MZ9A 2I49A 3FGSA 1JEUA 3OO6A 3E4RA 3SEYA 5FHOA 2UVGA 1YAEA 3HHFA 1MQJA 3TQLA 3PMXA 4GXAA 3Q29A 4MH5A 1SW2A 4WKMA 4NTLA 2ONKE 1MM6A 5H8NA 3OSRA 5KCJB 4LZ7A 4BDLA 5L8DA 4O3CA 5TP9A 1PB8A 4ELQA 3ZKKA 5M2VA 3H6WA 4KR5A 1A54A 2O6AA 3UIFA 4ZE8A 4EF1A 2KLFA 2ZYNA 3VVFA 4QRZA 3UGWA 4XKRA 4M1VA 1ANFA 1M5EA 4Q0CA 4PFYA 3U8QA 2RF1A 4AB6A 4DE8A 2ZNUA 5I59A 3MWBA 3MJNA 4R6YA 3H6UA 3O97A 2THIA 1IIWA 2B65A 1MXVA 2DWJA 3LC8A 3HV1A 3CIJA 1I6BA 3MPLA 2DVZA 3Q27A 2FYIA 3FIRA 1IUDA 3WAEA 1MY4A 4GLIA 2QL3A 1UIUA 1Z7ME 4LQ2A 2X7PA 2XD2A 5I57A 3ODBA 1D9VA 1B40A 2QRYA 3H4ZA 2XX8A 4ECFA 1BLFA 2HEUA 4F3BA 1VE4A 1JEVA 5CMMA 1NNFA 4U1ZA 4POWA 2HFBA 3I5OA 5H8HA 1ZU0A 4FEDA 3TCGA 5IAIA 4BDNA 4OETA 1M5FA 4NF5B 4XXUA 3SDFA 2Y7PA 1HSEA 4EUOA 5I2NB 2A5TA 1MQIA 2REGA 2H4IA 3U93A 1B52A 4RK2A 3UK4A 4R6KA 4EDPA 2DVCA 2HQ0A 2OLBA 4YB6A 1QULA 2DYXA 4IO6A 1Y3NA 2E0SA 2E1SA 2RINA 2B3FA 3Q25A 1B7ZA 3VXBA 1IXHA 2OJTA 3RTFB 1FQAA 2XX9A 2AIXA 1B0HA 3IOVA 1MPDA 4KQPA 4ZEIA 1N7XA 1Y4CA 3JYRA 4C1UA 3PD8A 2XXTA 2DQVA 1LBBA 1D3KA 1UQWA 2QMXA 5DYHA 5AA2A 2V84A 1S50A 1MQDA 3FVNA 1CE2A 3KN3A 3C32A 2PT1A 4F3PA 4YMBA 3OEKA 4DXBA 1D9YA 2F36A 3Q26A 2PBWA 1IQ7A 4EXLA 3KFMA 5TPAA 4U21A 2F6PA 2P0SA 3C9HA 4KCCA 4X48A 4DDDA 4P0GA 1RYXA 4G4PA 2Q9TA 3CSBA 3MBPA 1B4HA 2D5WA 2HAVA 5JTYA 1A99A 1Y9UA 1LGBC 2QS2A 3A09A 4TLMB 4OMBA 2QPQA 4ZEBA 3MC2A 1AIVA 4KPTA 2M8CA 1VSOA 3RTWB 4XKQA 3KBRA 3FASA 3QUJA 5EHMA 1MXUA 3V89B 4OYVA 1A55A 3O28A 4X9TA 5FHNA 2PMSA 2RC8A 3IX1A 1ZLQA 4X1BA 1DPEA 4LATA 2I0BA 2RCAA 5KZTA 2I48A 2RKMA 4OEUA 4H5FA 1M5CA 4QSDA 3IO6A 2OWTA 3N94A 3VLWA 4JWXA 1I6AA 4OTEA 1JW5A 2NVUB 3FV1A 5DVFA 3K2DA 5H8SA 4U4XA 4LONB 3MZ1A 5JTYB 5KDTB 1PDAA 3EN3A 1LB9A 4C0RA 2UVJA 1GGGA 4ZZAA 1TFAA 4NWCA 3TTKA 1EZOA 1AOVA 3O9PA 4FECA 3MW0A 5AA1A 3SEVA 2Q2AA 4PFTA 3R7XA 3SERA 3H03A 1RKMA 4H5GA 3VLUA 2XXVA 3KN8A 4IO2A 1JVXA 3DM0A 3L6GA 3FZVA 4E0WA 2RCBA 1OQGA 4IO5A 1B3EA 4OXVA 3VLVA 5I2KB 4YMAA 3OO7A 4F39A 4GWOA 1TXFA 3JZJA 3RQTA 4RYAA 3T93B 3QXMA 3LSXA 2DE4A 3VVEA 1MQHA 2HZKA 1ZMGA 4THIA 1FW0A 2DWAA 3QAXA 2I4BA 1PEBA 5HM4B 3TUSA 1SW1A 3EPEA 2O51A 4NF6A 2O69A 4MLVA 4H0WA 4AB5A 3U72A 2XXWA 4ZZEA 3Q28A 2P2AA 3PUVE 3VDFA 1LSTA 4G68B 1MPBA 4ZEKA 1GVCA 3TQWA 1SVXB 4R9GA 1QUIA 1LAFE 3HO7A 4F1YA 4OQOA 4O3BA 2HZLA 2LAOA 2HXWA 5CMBA 3FJ7A 1ZKBA 5I56B 2DWIA 4EQ9A 1PBQA 3IO4A 4IGRA 1NNKA 1BTJA 5H8QB 2B3BA 3OMBA 4ZS9A 3FVGA 4NF8A 4QFPA 1LAXA 3C34A 3C33A 3TTNA 1IITA 4H67A 4C1TA 2H5YA 4PFUA 4F3GA 1H43A 3S2VA 1N0TA 4GL0A 1MRPA 1ZJLA 4I1DA 1T0KA 5DEXB 1VR5A 4NF4A 5ELVA 2RC9A 4MFIA 1B3FA 3O29A 4NF6B 2F97A 1POTA 4RXLA 5JEIA 2H99A 4Z7EA 1B1XA 4G8NA 4PQJA 1IXIA 3U94A 1LAGE 2ANJA 4JDFA 4HCWA 1A7LA 1AL3A 4XKNA 4H8IA 3FVKA 3HPIA 3K1PA 3OENA 1ZIUA 4G8HA 5HBCA 4JWOA 4TLLB 3PV0E 5H8FA 3VFJA 2XXQA 4OHNA 1CB6A 1IXGA 3GBAA 3CRBA 4IO3A 2REJA 3S9NC 2ZMBA 5B7DA 3PGFA 4YKJA 1DSNA 4IGTA 4EQBA 4KI0E 4U1OA 3L6HA 3THIA 1SYHA 3A3UA 3RY3A 3G3GA 4PE5B 4HCYA 1EZPA 3K02A 3OXNA 1D4NA 3LBSA 1R1NA 5CC2A 1MXZA 1F9BA 4G2ZA 3MAMA 5L9MA 5DT6A 1H44A 4RPOA 1R6ZA 1MQGA 5K2XA 4N13A 3RNNA 3SETA 1B5JA 3PU5A 1B5HA 4FATA 4YB7A 1BKAA 4R73A 3S4UA 4JXIA 2UYFA 4ISUA 4Q5TA 1S9TA 2ONRA 3MP1A 2XXYA 3PMWA 1UTHA 3IOWA 4IY5A 4GOTA 3HCQA 4NE4A 4OESA 4RY1A 2GRVA 3BFTA 3OOAA 3FUZA 1OLCA 3FJGA 1EZ9A 3TTRA 2YJPA 1B7UA 5H8NB 3T9HB 2F7AA 5ITPA 5TP9B 2ZYOA 3IK6B 4N07A 5FHMA 1POY1 1DTGA 3AXFA 3GLBA 1USYH 3G7WA 1LCTA 3O6GA 2VP1A 4F1UA 4F2QA 2Z8FA 3FV2A 5AA2D 3EHTA 3OSQA 3CSGA 4UACA 4M4GA 4QHQA 2GHAA 5CM6A 4H65A 1FTKA 2OK2A 2HAUA 4BDMA 4BDRA 1B3GA 1QJMA 5I59B 4QFKA 1QUJA 2DSFA 2OCUA 3F11A 5ITOA 2D3IA 1JVYA 2I6EA 1B6HA 4YAHX 2HCAA 2UYEA 3KZGA 1JNFA 1US5A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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