3IR1A

Crystal structure of lipoprotein gna1946 from neisseria meningitidis
Total Genus 73
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
73
sequence length
239
structure length
239
Chain Sequence
KEIVFGTTVGDFGDMVKEQIQPELEKKGYTVKLVEFTDYVRPNLALAEGELDINVFQHKPYLDDFKKEHNLDITEVFQVPTAPLGLYPGKLKSLEEVKDGSTVSAPNDPSNFARVLVMLDELGWIKLKDGINPLTASKADIAENLKNIKIVELEAAQLPRSRADVDFAVVNGNYAISSGMKLTEALFQEPSFAYVNWSAVKTADKDSQWLKDVTEAYNSDAFKAYAHKRFEGYKSPAAW
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Crystal structure of lipoprotein GNA1946 from Neisseria meningitidis
pubmed doi rcsb
molecule tags Protein binding
source organism Neisseria meningitidis
molecule keywords Outer membrane lipoprotein GNA1946
total genus 73
structure length 239
sequence length 239
chains with identical sequence B, C, D, E, F
ec nomenclature
pdb deposition date 2009-08-21

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF03180 Lipoprotein_9 NLPA lipoprotein
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3ir1A02
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3ir1A01
3S2VA 3M3LA 1ZLQA 3TKDA 2GHBA 3SDFA 3SEXA 3K4UA 3N26A 2VP1A 5FHOA 1LBBA 2OWSA 1WODA 1FW0A 5H8FB 5F7VA 2QS4A 2PVUA 3TTRA 1IITA 4ELPA 2GHAA 1H44A 4ZZAA 3TELA 5AA4B 3HPIA 3MP6A 1D9YA 4UA8A 3MPKA 1TXFA 4F3GA 1LSTA 1NH8A 1B40A 2AL5A 1MY2A 1UIVA 3EQ1A 2GH9A 4AB5A 2ONSA 3IORA 1Y9UA 3LUYA 1I6BA 3ZKKA 2M8CA 4BDNA 1JEUA 3HCQA 1FQBA 3TAJA 1H76A 2DWIA 5K2XA 4ESXA 2V3QA 1Y1ZA 4GWOA 3ILUB 5CI5A 1HSJA 5DVJA 4WXJA 2CMOA 5ISUA 2XXXA 3OEKA 4LQ2A 2OK2A 1NKXA 4ZE9A 3U94A 2CZLA 2REJA 3QXMA 5I84A 1MXXA 3M3FA 3TCGA 1GR2A 4R74A 3H4ZA 2Q8JA 4IGTA 3MP1A 3OENA 3W15C 4N07A 3VDFA 4BDQA 3VE1B 1MDP1 1QVSA 3KN3A 1LGBC 2NXOA 3EF7A 1MXVA 5DEXB 1LAFE 3O6GA 1TWYA 2RF1A 4IY5A 4QFOA 2I4BA 4RPNA 5I58A 1N7WA 1JQFA 2D3IA 1PBQA 3TZAA 3TFLA 2IA4A 4I62A 2I58A 3SEYA 1MXUA 1PDAA 1Q1KA 2B65A 3EN3A 5L9SA 1DMBA 2RC8A 1DPEA 4FEBA 4PFWA 3KN7A 2X7QA 1POTA 3PPQA 4QRZA 5IAIA 1B3LA 1P99A 2VOZA 4GFRA 2QMXA 1IUDA 3OSQA 2AIXA 5FTHA 2Z8DA 4OMBA 1RYOA 4QFNA 4IGRA 2I0BA 4KCCA 1MQJA 1LAGE 4EDPA 3V89B 1LAHE 4NF6A 4ZEIA 2XX8A 5TU0A 1NFTA 1M5DA 1JVYA 2ZMBA 4FECA 4U2RA 4OFOA 4F1VA 5ITOA 4FIMA 1N04A 4KCDA 4KYEA 4NMYA 4QSDA 5CM6A 4BDMA 1PB9A 3PD9A 3O29A 2ONRA 5CMCA 3KJTA 2P1SA 2PBWA 2DE3A 2PT2A 1A8EA 4EF2A 4NF6B 1B7ZA 3RPWA 2RCBA 2FNCA 3IJOB 1RKMA 5JTYB 3FVKA 2NWJA 1WVJA 4G8MA 4QFPA 4KQPA 3DLNA 4OERA 3V5AA 3PUXE 5DTBA 2PMSA 1URGA 4U22A 3ZSFA 2A5TA 3KFMA 1AL3A 5HM4B 1T0KA 4GVOA 1SVXB 2OCUA 4AQ4A 1M5CA 5H8HA 3HN0A 4FATA 1QUKA 4H6DA 1SQYA 1ZTYA 4X9TA 1SBPA 4YAHX 1OIBA 2HFBA 3FVNA 2ONKE 1S7YA 3T93B 1IXIA 1O7TA 2UXAA 3VVDA 2A5TB 4XKRA 3E13X 3C36A 1FQCA 3OEMA 4EQ9A 3QK6A 5H8HB 3KSJA 1UQWA 1ATGA 1FCKA 4E0WA 4RK2A 1B1HA 1ZU0A 1P1QA 4DDDA 5KCJB 2VGQA 3MPLA 4G4PA 4AB6A 4LATA 2QPQA 1XVXA 4ZS9A 5L8DA 4GL0A 4UACA 1EU8A 3DP8A 2O7IA 5H8NB 3Q28A 3K1NA 3MAMA 1JW4A 4JWOA 4R73A 4F1UA 5FTIA 1CB6A 4LP2B 3SEWA 2Q2AA 3JV9A 5L9MA 3UGWA 4H1XA 1DOTA 4DE8A 2Y7PA 1NNTA 3KGCA 2PX1A 1R9QA 5TPAB 3IX1A 3OSRA 2H9BA 3R26A 4WEPA 4Z0IA 2DP8A 1B3GA 3FASA 1B52A 3GBBA 2PYYA 2R9JA 2F78A 5JK4A 3T9HB 4NTLA 2XXWA 1SI0A 2QS1A 3IAZA 4JWYA 3D4GA 4XTCQ 2AYSA 3SERA 3MJNA 1VFDA 2D21A 4DCXA 3U92A 1BLFA 5DT6A 3U8QA 1IEJA 1OVBA 4GQOA 4OTEA 1QULA 5ELVA 3PPOA 1I6QA 4GD5A 3LC8A 5TP9B 3U1OA 4KHZE 5I59B 2YPNA 5I57A 4OEVA 3MC2A 3FZVA 1UTBB 4IY6A 4N13A 5FHMA 2VD3A 1OLCA 2ZYOA 5BUUA 2F7BA 4ND9A 3TTLA 1O63A 4O3CA 2IEEA 1FQDA 3BKIB 3B6TA 1YTVA 4IO2A 1Y20A 1Y4CA 2DWJA 2W7YA 2QL3A 5CRYA 3ECRA 4L17A 4R9FA 1P1NA 3OMBA 4U21A 3BFTA 3SEVA 4PFTA 1GV8A 4I8CA 4OYVA 4RXLA 2YJPA 4F1YA 5AA4A 4OESA 1Y3QA 2DS9A 3B6QA 3PMXA 2OWTA 4U23A 4R6HA 1XVYA 1FTOA 2QS3A 4OXVA 4ELOA 3S4UA 1A40A 1OVTA 5CC2A 2AL4A 4OFLA 4EXLA 4DXUA 3HHGA 4PQJA 5H8SA 4XKNA 3K00A 5I2NB 1DTGA 2H25A 2XHDA 3IB2A 3MVWA 4ZEBA 4I1DA 2RKMA 1SD3A 1MH3A 3WAEA 1NNKA 4ISUA 4ZDMA 1OQHA 4BDLA 1EZOA 3TTNA 4Q0CA 2FYIA 2DVZA 2G93A 4G8HA 4YU0A 3RUMA 1DTZA 4YICA 3OD7A 1H43A 3PGFA 4R2BA 5A5XA 4NF8A 4XKQA 1MQHA 1URSA 4H5FA 5AA2D 1B5JA 4GOTA 1N0TA 2H4IA 1NNPA 5KDTA 3MZBA 4NWCA 1LB8A 3MUQA 4GLIA 3USDA 3C35A 4THIA 1GTKA 1I6AA 3K6UA 4C1TA 3PPNA 4X1DA 4JWXA 4PE5B 3QUFA 3T22A 3TMGA 5H8QB 3QIMA 2ZYNA 3UN6A 5DEXA 4P0IA 3FV1A 5A5XB 4NF8B 5AA3A 1Q35A 3GLBA 3O66A 4BDOA 4IO3A 3O2AA 3TYHA 4KR5A 1NMUA 1TFDA 4O3BA 5KDTB 4QHQA 5HBCA 5IKBA 3EHTA 2F5XA 4P0GA 2V3UA 3S9EA 3N6UA 2E1SA 1SW2A 1FTKA 4YKIA 2Z8FA 3K2DA 3MW0A 2Q2CA 3TQWA 3CSBA 1QKAA 3A3CA 1VFEA 4R9GA 4NE4A 4X48A 5LOMA 3TODA 3MQ9A 3A3UA 4PETA 4MLQA 3K02A 4G68C 4FAJA 4EQBA 4R6YA 4IO7A 3KOSA 2QSXA 2O84X 4YKPA 3LSWA 3Q27A 3RQTA 5KZTA 3PD8A 3PPRA 1JETA 2QJEA 2XXRA 4P11A 3LR1A 2I49A 1XS5A 1US5A 1TT1A 4GRKA 1WDNA 3M8UA 3MZ1A 1PBPA 3G3GA 2B3FA 3QUJA 1ZKBA 5B70A 2OLBA 3H6VA 2ANJA 3KOTA 2UVHA 4ELQA 1OQGA 3LSFB 4HS7A 2HQ0A 3RLFE 2I0CA 3OELA 3H6UA 1A54A 1Y3NA 2PT1A 1MRPA 5JTYA 3KG2A 1MPDA 1LCFA 4H5GA 4U4SA 2ESNA 1B3EA 3THIA 1POY1 2HAUA 1SYHA 3CSGA 4OEUA 4YZZA 4F31B 1YAEA 3E4RA 2XXPA 3FXRA 3RTFB 4QFLA 1AOVA 2F7AA 2DSFA 2REGA 2THIA 1USYE 4JXIA 1D3KA 4R6KA 2F97A 1GVCA 2F6PA 5ITPA 2I4CA 3N5LA 5FHNA 1IXCA 1XT8A 4LVQA 3RTWB 2OZZA 5ICQA 1A99A 5JEIA 5M2VA 4EXKA 1BTJA 4RJZA 4YKKA 3T96B 1USYH 4YKJA 2ABHA 1S9TA 2HEUA 3FJ7A 1LB9A 4F39A 2FA7A 3ZKLA 2V3TA 2F7CA 3W9WA 4TQUQ 2O1MA 1LAXA 4Q5TA 4M4GA 2V93A 3FUZA 1LCTA 1AH5A 4JB7A 1SI1A 2NVUB 5KCJA 3P7IA 4C0RA 4FJPA 4OENA 3KN8A 5H8NA 3IOWA 2Y7RA 3TQLA 3CVGA 5L9OA 2UVIA 1MQDA 1B32A 2XXUA 3MP8A 3T9UA 2F8DA 1BP5A 4H67A 2O1LA 5TPAA 1UTHB 1Z7ME 1URDA 3PUZE 1XOCA 4O3AA 2F35A 3Q25A 1PC3A 3FD3A 5B7DA 2I3VA 1FQEA 3E9XA 5EHMA 2ZNUA 1ZJLA 4MH5A 3K6VA 4RA1A 1GGGA 4R72A 4DIGA 1MY3A 2Y7IA 3K1PA 3EHUA 1SW1A 3LSLA 1LFGA 4JBZA 4YMAA 1FTLA 3Q29A 5TP9A 2O51A 4MFIA 3RGYA 2V84A 5CBRA 5I59A 1MY0A 2HZKA 3H7MA 5I56A 2Z23A 5J1DA 1UTBA 1J1NA 4F3BA 4G8NA 4GXSB 5BWJA 2RC7A 5CMMA 4Q8RA 1B5IA 4QF9A 3TPAA 1NL5A 1MM7A 4POXA 1N7XA 1NH7A 3IO4A 5CBSA 2ZNTA 2OBGA 3PUVE 1PB8A 3KZGA 3F11A 4I9DA 1FQAA 3RN8A 3C34A 2O7UA 2HXWA 4U4XA 3DELB 4JSDA 2DQVA 4U1ZA 3HHFA 3OO9A 2O69A 4QSEA 4F19A 4YB5A 3BBRA 3LBSA 3E3KA 2NUVA 4YMBA 1II5A 1B0HA 4FE8A 3PUWE 4OFJA 1LLSA 5I56B 3T9VA 2XXHA 2DXRA 2UYEA 3VV5A 3CRBA 5AA2A 1SDXA 2XD2A 3T66A 5DVFA 1DSNA 1EH3A 2BJJX 2YLNA 1H45A 2V25A 3H03A 3SEUA 1JEVA 5I2NA 3IO6A 3M3KA 4PFYA 4RNSA 3V83A 4LZ5A 5ICTA 4GXAA 3PV0E 2I48A 4KI0E 1DPPA 2X26A 2DWAA 4NF5B 1IIWA 3H3GA 4ZEKA 3DP6A 4DZ1A 1B4ZA 5AA2B 2H5YA 3CG1A 3G3JA 3L6GA 4WEDA 5DVIA 1MXWA 3TEPA 2NOOA 3IR1A 1EZPA 3VLVA 3C4MA 4QSCA 3V8XB 3HO7A 4F3SA 3OO7A 2KLFA 3FVGA 2UVGA 3R7XA 2UYFA 3AXFA 3O6HA 4RK9A 2DYXA 2DE2A 3UK4A 4EQ7A 3RT8A 3OOAA 4H65A 4DLDA 4IB2A 3G3KA 5H8QA 3MBPA 3S9MC 2I6EA 1N3XA 4PP0A 2H99A 3CI8A 3FATA 3MVZA 4GL8A 3OXNA 4TLMB 3FGSA 2Z22A 1QKBA 3HSTA 4PFUA 2OJTA 1SYIA 3EPEA 1AMFA 1B0LA 3IOVA 3G3HA 2DWHA 2R71A 2E0SA 1LFIA 4F18A 1EZ9A 4BLAA 2Q9TA 4G2ZA 5EHSA 1XC1A 4Q30B 1M5EA 1N3WA 4NWDA 3UA8A 3K6WA 1B3FA 3KJ7A 3GBAA 3D4CA 3VVFA 3QYTA 3B6WA 1IZ1A 1JW1A 4ZZEA 5EYFA 1N76A 1AIVA 1B4HA 2I3WA 3A09A 4KD5A 3C33A 2D5WA 4ZEFA 3C31A 3S9LC 3C9HA 3K0VA 2Y7KA 4FORA 3FXUA 3GXAA 3I3VA 3MWBA 1US4A 4K3FA 4QFKA 3FVOA 4ZE8A 1NNFA 3WAFA 1Y1MA 2R6GE 4WKMA 3R6UA 3G7WA 1B6HA 1D9VA 1H3DA 3IOTA 4LZ7A 3K1MA 1S50A 4ECFA 1MY1A 3TCHA 4X1BA 1MM6A 3BFUA 3CR9A 1QW0A 4HCWA 1Y3PA 1M5BA 1MY4A 4MBPA 3OO6A 3T9XB 3KEIA 3UORA 4XIGQ 3KBRA 4IO4A 2GRVA 3O6IA 3PMWA 2ZNSA 4LONB 1CE2A 3ILTB 2A5SA 2UVJA 3SESA 1VR5A 2F36A 1B46A 1ZMGA 4G68A 2VHAA 3O9PA 1B51A 2XXYA 4ELRA 1MXZA 4DXBA 4OHNA 1QUIA 4EUOA 4LQ5A 1MPBA 3VXCA 3VLUA 3DM0A 2Z8EA 1B05A 4LZ8A 2VD2A 4JDFA 5I58B 3FJMA 1SW4A 1ANFA 1P1OA 2DXYA 4E0XA 1YPNA 4M1VA 1OLAA 2QS2A 1FTJA 3MVYA 4XXUA 1MQGA 4G68B 3H06B 2XX7A 1SW5A 1ZIUA 2LAOA 4GF8A 3U93A 4HW8A 1FQFA 2RCAA 1B9JA 1JVXA 2XX9A 1MXYA 3TDJA 3TCFA 4R75A 1D4NA 1QJMA 2B3BA 3ODBA 4NF4A 1FTMA 4KYSA 2HAVA 1F9BA 2HZLA 3I6VA 2O6AA 4KPTA 3KSXA 3B7DA 4LUBA 4LA9A 4R2FA 4RPOA 3TTKA 3RY3A 5F1QA 3IB1A 1UIUA 4HTGA 1VE4A 2Q88A 3FIRA 1UTHA 1HSLA 1R9LA 1PEBA 1R6ZA 5DYHA 1MG1A 5I2KA 3RT6B 2H98A 2XD3A 4F29A 1ELJA 1PB7A 4NF4B 5AE4A 2Y84A 3FJGA 4OVJA 4HCYA 4N6PA 1KWHA 3SETA 3QSLA 2XXTA 3W9VA 3N6TA 1P1WA 1TFAA 4EF1A 2F34A 4OETA 3UIFA 3PPPA 2F6GA 5AA1A 4ZECA 3DP4A 2ALUA 1MDQA 4ESWA 4YB7A 1IQ7A 1N84A 4H0WA 5I2KB 1XHYA 5CMKA 1JW5A 1A55A 2DE4A 1LFHA 4ZEDA 1L5TA 2DOJA 2DVCA 3IB0A 3K6XA 1A7LA 3JZJA 4JSOA 1Z7NE 3H6WA 3CIJA 3O97A 4OZ9A 3OO8A 1BKAA 4TLLB 3GZGA 3MVXA 4OWDA 1JNFA 1O64A 1P1UA 4F2QA 4IO6A 4BDRA 2QMWA 1Y4TA 1B1XA 4RYAA 4DXCA 1MQIA 3IOUA 1B5HA 1MPCA 2O68A 3RNNA 1QUJA 1RYXA 1VSOA 1OMPA 3FXQA 4XKPA 4RY1A 3PMVA 5HPQA 4DCYA 1MS7A 3Q26A 1I69A 4G77A 2P2AA 3TUSA 5CMBA 3CG3A 2GFEA 3TTMA 2RINA 1LBCA 2Q89A 4OQOA 4IO5A 4F3PA 2QRYA 5K2YA 3VLWA 4KFQA 4C1UA 1B7HA 4NEDA 4H8IA 4NF5A 1B58A 3LSXA 4POWA 4FEDA 1B7UA 1HSEA 3IJXB 1MH4A 1ZBMA 3VVEA 3H6TA 1A8FA 3L6HA 3UP9A 2WKYA 4H8JA 2ZXTA 3SKPA 1IXGA 4Z7EA 3MZ9A 2XXIA 4U1OA 2ZYKA 3ZS6A 4GIZA 3IL1B 3PU5A 2Y7WA 3G3IA 3PUYE 3CFLA 3VFJA 3ONMA 4YB6A 3G3FA 4MLVA 4MF3A 2P0SA 4F2OA 3CFZA 3S9NC 3FV2A 2X7PA 4ONYA 2XXQA 2G29A 5H8FA 3I5OA 2RC9A 5I57B 3VXBA 1BIYA 3U72A 3K01A 4TOZA 2ZYMA 3EHSA 1YCJA 1B3HA 1IXHA 4KYDA 3QAXA 2XXVA 1B2HA 3CFXA 1R1NA 3O28A 3N94A 4F22A 3IK6B 2HCAA 3C32A 3HV1A 1M5FA 3JYRA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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