3IX1A

Periplasmic n-formyl-4-amino-5-aminomethyl-2-methylpyrimidine binding protein from bacillus halodurans
Total Genus 91
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
91
sequence length
301
structure length
301
Chain Sequence
ALETVEVMLDWYPNAVHTFLYVAIENGYFAEEGLDVDIVFPTNPTDPIQLTASGAIPLALSYQPDVILARSKDLPVVSVASVVRSPLNHVMFLAEQDFDSPADLVGLTVGYPGIPVNEPILKTMVEAAGGDYEQVHLMDVGFELGASIVSGRADAVVGTYINHEYPVLKHEGHDISYFNPVDYGVPEYDELVLISNEAYVEESGEVLAAFWRAALKGYEWMVENPDEALNVLLTNQDEANFPLIQEVEEESLSILLEKMENPNGPFGGQDAESWEEVISWLDAHDWLEQPVVAEDAFSSIT
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title HMP Binding Protein ThiY and HMP-P Synthase THI5 Are Structural Homologues.
pubmed doi rcsb
molecule tags Biosynthetic protein
source organism Bacillus halodurans c-125
molecule keywords N-formyl-4-amino-5-aminomethyl-2-methylpyrimidine binding pr
total genus 91
structure length 301
sequence length 301
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2009-09-03

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF09084 NMT1 NMT1/THI5 like
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3ix1A02
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3ix1A01
4LONB 3TQWA 2F7AA 3VVEA 4NF8B 2XXPA 3SEUA 3OSRA 3K1MA 4QFNA 4G2ZA 3H6UA 3TYHA 4F3PA 3I5OA 3IB2A 1N04A 1KWHA 1SYIA 1MXZA 1P1NA 1B0HA 2Y7IA 1H43A 2V84A 4XIGQ 3PPOA 1I69A 3TCGA 4R6HA 1Q1KA 3S9MC 4F39A 4BDMA 1QUKA 3QXMA 1MQIA 1IXCA 1URDA 3FIRA 2F8DA 2UYEA 2XXUA 3K1NA 2Q2AA 3VLUA 3CVGA 1VFEA 3C9HA 3LSXA 1LBCA 1GR2A 3KOSA 4YMBA 5DTBA 5I57B 2PT1A 2OWSA 3CFZA 5I2NB 2XX7A 2XXVA 3E9XA 4LZ7A 3CSGA 2XXWA 3A3UA 1PB9A 4QHQA 3PV0E 3MVXA 3W9WA 1JVYA 4ZS9A 3TQLA 5HBCA 3CR9A 4FJPA 4BDQA 1H3DA 4OETA 3KG2A 2Z8DA 5AA2D 2ZNUA 4F1UA 1AIVA 1LFHA 4XTCQ 1FTMA 1DMBA 2H98A 4ESXA 1SI1A 5L8DA 2IA4A 4NF4A 2VGQA 4Q5TA 3KBRA 5H8NA 2DS9A 4TLMB 4Q0CA 3GLBA 4QF9A 4WEPA 1M5BA 4R74A 4NF8A 1B7HA 3N5LA 2ONRA 3VV5A 2PBWA 3M3KA 1CB6A 1OQHA 2NWJA 3TEPA 4U4XA 1A54A 2VD3A 4GFRA 4NEDA 4H1XA 1IEJA 3CG1A 4E0WA 4NWDA 4OFJA 3M3FA 4KHZE 4PFUA 4YICA 5IAIA 1N0TA 1B7UA 2E0SA 1FQFA 1DTZA 4YU0A 2P1SA 1PEBA 3K02A 5I57A 1UTBB 4ZEFA 1PBQA 2DE3A 1B0LA 1FQEA 3TMGA 5I2NA 3EHUA 2YPNA 2OK2A 1BTJA 4OVJA 3ILTB 3U92A 1TFDA 3OMBA 3CFXA 1UIUA 4ISUA 5B70A 4ZECA 5F7VA 3FASA 5CMCA 2RCBA 1XS5A 4TQUQ 4U1ZA 3RGYA 3MZ9A 5DEXB 3WAEA 1MXUA 2DSFA 4ZE8A 3UK4A 3OD7A 3KJTA 4JWOA 1MRPA 2QS3A 4FAJA 3TKDA 3G7WA 4LQ2A 1LFGA 2I3VA 5H8FB 4K3FA 1B4ZA 5TU0A 1MXWA 1N7WA 4QFOA 3K2DA 1VFDA 2ZNTA 1ZKBA 3SEWA 3MVWA 2DE2A 3K00A 2F6PA 4RYAA 1US4A 1QUIA 1ZMGA 1MXVA 4I62A 4UA8A 2GFEA 4ZEIA 5I2KB 1SW2A 4GRKA 3O66A 4R75A 1IQ7A 5HPQA 1VSOA 2ONSA 1PBPA 4FEBA 1MM6A 3H6VA 4MBPA 1YTVA 3I3VA 4KD5A 4IGTA 5JK4A 2HEUA 1SQYA 1JW4A 1LLSA 2XD3A 1UTBA 4KYDA 3TCHA 1Y1ZA 5FHOA 3FVNA 5I56B 2UXAA 4ND9A 3Q28A 1D4NA 4F3BA 1ZLQA 1B32A 4Z0IA 3TFLA 4RY1A 1JEUA 3RY3A 4HCYA 2DXYA 2Y84A 4LVQA 5HM4B 2D5WA 1GTKA 5DEXA 4OEUA 4G8NA 3V83A 1S50A 4KYSA 3MBPA 3SETA 1R9LA 3BFTA 4QSEA 3LBSA 3EPEA 2DOJA 3MUQA 2VHAA 2QRYA 3MC2A 2O7UA 4GL8A 4YZZA 2Y7RA 3EN3A 5H8FA 1FTJA 3P7IA 5H8QB 3AXFA 4Q8RA 5ITPA 3RNNA 2X7PA 4QFKA 1USYE 2XXQA 3LR1A 3FV2A 1IUDA 3T9HB 2PX1A 5I2KA 2F34A 2OJTA 3QUFA 3E13X 4U4SA 4ELQA 2G29A 3T9XB 4F31B 1OLCA 1OLAA 3TTRA 3CFLA 3PU5A 1JW5A 5IKBA 3H3GA 3IOUA 3B6QA 4EXKA 1WODA 2F5XA 1NKXA 3G3IA 4YB5A 3FD3A 4JWYA 1Z7ME 5KCJB 1M5CA 1FQAA 5BWJA 3B6TA 3Q29A 1QJMA 5I56A 3THIA 1OVBA 3K4UA 4LATA 4OHNA 1TWYA 3H4ZA 3PUZE 5M2VA 4AQ4A 2XD2A 1QULA 3U8QA 1D3KA 3G3JA 3H06B 4NF5B 2R9JA 4H5FA 1MQHA 2VP1A 1Y4CA 1SDXA 1M5DA 1JVXA 2DYXA 3OENA 3IAZA 4OERA 4F22A 5H8QA 1Y9UA 3GBAA 2UVHA 5L9SA 3PUVE 1MH3A 3H6TA 2HAUA 4GLIA 2THIA 1A8EA 4RNSA 4KYEA 4P11A 4OMBA 5CI5A 1JNFA 3N26A 3V89B 2F35A 4LA9A 5I59B 5DVJA 4DCXA 4DXBA 4EUOA 3FVGA 2ZYOA 3TDJA 1B9JA 5ITOA 5KCJA 2ZYNA 4LQ5A 5JEIA 5AA3A 3Q27A 4KCDA 3UN6A 2O1MA 1H45A 4U1OA 1EZOA 3MWBA 1QW0A 3TPAA 2DQVA 3KN7A 4PETA 1M5EA 2ONKE 4P0GA 2I6EA 1NNFA 3V8XB 4FEDA 3G3FA 3TTNA 3CRBA 2P2AA 4U21A 4JSDA 4NF5A 3O6GA 4M4GA 4ESWA 4GWOA 3PUYE 1B2HA 3EF7A 3SEXA 3K01A 1PB7A 3M8UA 4OXVA 1SYHA 3Q26A 3KSXA 1AOVA 4EF2A 1ZU0A 1MPBA 3ZSFA 3SERA 1MY3A 3I6VA 3OO7A 5L9OA 1II5A 1PDAA 3DP4A 5F1QA 3TZAA 5AA1A 1LSTA 4OZ9A 3PPPA 3ZS6A 4EDPA 3DM0A 1T0KA 2AIXA 3IJXB 4ZE9A 1XT8A 1SW1A 5I59A 4ZZAA 4KFQA 4JDFA 4YKIA 3TCFA 1LGBC 1MG1A 1Y3QA 3O97A 4YAHX 3C34A 2REJA 4FATA 4ZDMA 1FQCA 4H65A 1IZ1A 2HCAA 4DCYA 1A40A 3R6UA 2Q89A 2DXRA 2HXWA 3T22A 3MAMA 2I49A 5CBRA 3LSFB 1URGA 3QUJA 1MQDA 4GL0A 1POY1 2AYSA 4EF1A 5ICTA 3KEIA 1JQFA 3TUSA 1OIBA 3KN3A 2D21A 4OESA 1Z7NE 4H6DA 2REGA 5FTHA 3GXAA 4WEDA 4QSCA 1SW4A 2XXHA 4LZ8A 1N76A 2B3BA 1I6BA 1QKBA 5H8HB 5CBSA 3S4UA 2WKYA 3ODBA 3RTFB 2H99A 5DT6A 5CM6A 3U1OA 3KZGA 3RTWB 3TTMA 2Z8FA 3PPNA 3R7XA 1NFTA 3VXCA 3T96B 2YLNA 3A09A 4Z7EA 2OZZA 3FV1A 2O1LA 2ZXTA 1LB8A 1AMFA 1MH4A 4R6KA 4MFIA 2NUVA 4F2OA 4X1BA 1B6HA 3QAXA 4ONYA 2H5YA 2V3UA 1O64A 5EHSA 2DVZA 2IEEA 3LUYA 3PD9A 3TTKA 4R2FA 5CC2A 2HQ0A 3SEVA 2X26A 2H9BA 1QKAA 3ONMA 5I58B 3T9VA 3Q25A 4H8IA 1NMUA 1TXFA 2ZNSA 4N07A 1NH8A 3DP6A 5LOMA 1GVCA 1AH5A 2QL3A 1YPNA 4RK9A 1FW0A 3K1PA 3VVFA 5H8HA 1BKAA 2XHDA 4E0XA 1B3GA 4YMAA 1VE4A 4L17A 3OO6A 1H44A 4EQ7A 4H0WA 4FE8A 1WDNA 3PMWA 1N3XA 1RYXA 1MPDA 4KQPA 1BP5A 5FHMA 3SESA 4U22A 4TOZA 3QYTA 3O28A 4NF6B 1JW1A 1OQGA 3OOAA 3MPLA 4NMYA 3VLVA 2Q2CA 3FGSA 3PPQA 3C35A 5DVFA 3TODA 1HSEA 5L9MA 1RYOA 3HHGA 4P0IA 4X9TA 3VE1B 3KOTA 4YKPA 1MY4A 3BBRA 5I58A 2DP8A 1P1UA 3FXRA 1B05A 1LAFE 4ZEKA 1N7XA 3MJNA 2ZMBA 3O6HA 4NE4A 2DWHA 2XX8A 1NH7A 4ECFA 3B7DA 2F7BA 1YCJA 4XKPA 2I0BA 3SEYA 2V3QA 3L6GA 2ZYMA 1XHYA 2I58A 2UVIA 2HZLA 1DSNA 4ELRA 3KN8A 3C4MA 3G3GA 1P99A 1AL3A 4TLLB 1US5A 2QMWA 1OVTA 2UVJA 1SW5A 1LBBA 3MZ1A 1PB8A 3O6IA 4XXUA 3UGWA 4R72A 1FTKA 4X48A 5DYHA 5AE4A 4GD5A 4NF6A 4I9DA 4XKNA 1B3EA 2CMOA 4POWA 2O7IA 3HSTA 3K0VA 3A3CA 1FTOA 4F19A 3D4CA 2Q9TA 2RC7A 1NL5A 1F9BA 3DP8A 5DVIA 4C1UA 1FQDA 3MVZA 3IOTA 3O9PA 3IO6A 2HZKA 3FXQA 1XOCA 2H25A 1O63A 1B5HA 3MP8A 4THIA 3H03A 2I3WA 3RT6B 3IX1A 4JBZA 2LAOA 4M1VA 4U23A 1WVJA 4XKRA 1NNTA 3TAJA 4C1TA 4OQOA 4R73A 4GIZA 4BDLA 2AL4A 1URSA 3HO7A 1HSLA 5JTYB 3PUXE 2Q88A 2OBGA 3IK6B 1EH3A 1FCKA 4F1VA 1RKMA 3UP9A 4F2QA 3H7MA 1MM7A 3OELA 1EZ9A 3SKPA 1R9QA 3PPRA 4LP2B 4F29A 2Y7PA 2ZYKA 3MQ9A 1FTLA 3HV1A 2PVUA 3OXNA 1DPEA 4Q30B 5TPAB 1B52A 3CG3A 3S9EA 2RC8A 1L5TA 3G3HA 4RJZA 1B3FA 4EXLA 2AL5A 1YAEA 3ZKKA 4OEVA 1S7YA 4PE5B 4PFWA 3W15C 1B1XA 4DXCA 3IOVA 5AA4B 1MPCA 3W9VA 3S9NC 5K2XA 2RINA 3PD8A 4GVOA 1BIYA 1Y3NA 3VFJA 3IJOB 3V5AA 3RUMA 1P1WA 4YKKA 3U93A 2D3IA 3U72A 5B7DA 1P1QA 4IO2A 3HHFA 3QK6A 3VLWA 3WAFA 4IO7A 4IO5A 2B65A 1B5JA 3TTLA 5TP9B 4C0RA 1M5FA 3IO4A 4DDDA 4MH5A 3E4RA 5JTYA 3OEKA 3OEMA 3JV9A 3HCQA 4I1DA 4ZEBA 1B1HA 4BDRA 2A5TB 1Y4TA 2DE4A 4XKQA 3MPKA 4OFLA 1B7ZA 4R2BA 4X1DA 1UIVA 3CI8A 5CRYA 3R26A 1J1NA 5TPAA 4GF8A 3VXBA 3KFMA 1TFAA 1VR5A 2BJJX 1IITA 1LB9A 2GHAA 2I4CA 1SBPA 1LAXA 3K6XA 2V25A 3GZGA 5CMKA 2NXOA 4PP0A 3FATA 1IIWA 5AA4A 4RPOA 4G8HA 1UTHB 4H67A 5CMBA 1GGGA 4O3BA 2ANJA 2P0SA 3O29A 3HPIA 2G93A 4O3CA 3UA8A 2B3FA 4PFYA 1USYH 5FTIA 4NWCA 4IO6A 5EYFA 3IOWA 4UACA 1XVXA 4AB6A 4POXA 1DOTA 2E1SA 1B58A 3MP6A 5TP9A 2I0CA 4HCWA 2Z22A 3KGCA 4H5GA 4YB6A 3JYRA 3D4GA 4HTGA 1MS7A 3O2AA 2NVUB 1QUJA 3RLFE 3GBBA 5FHNA 3IORA 3S2VA 3FXUA 1B5IA 4LUBA 2CZLA 1Y3PA 2Z23A 3VVDA 2A5TA 4DXUA 3LC8A 1I6QA 3ECRA 4IY5A 3TELA 1IXHA 1MQGA 4G68B 2A5SA 2Z8EA 1N84A 4BLAA 1LCFA 4DZ1A 3LSWA 2RKMA 4AB5A 1R1NA 4FECA 2YJPA 1EU8A 2ALUA 2XXTA 3IL1B 2GRVA 4DLDA 3FJGA 4IY6A 1B3HA 1UTHA 2FA7A 4PQJA 1MXYA 2VOZA 4F18A 2DWAA 3KJ7A 3PGFA 3N6TA 2QSXA 3QIMA 4RPNA 4F1YA 1A7LA 1UQWA 1LFIA 1DPPA 2O51A 3L6HA 2VD2A 1B46A 3H6WA 3DELB 4BDNA 2UYFA 5BUUA 3K6UA 2GH9A 3RQTA 4ELPA 1CE2A 4LZ5A 1B4HA 4RXLA 1PC3A 2RF1A 2RC9A 4EQBA 1LAGE 2DVCA 4O3AA 3OO8A 4OFOA 3OO9A 2O84X 3U94A 1ANFA 3S9LC 4BDOA 4IO4A 1JEVA 1DTGA 4N6PA 1ZIUA 4G68A 2RCAA 4R9GA 1Q35A 2XXYA 5H8SA 3EHTA 5ICQA 3SDFA 5KDTB 3CSBA 4KI0E 4G4PA 4G8MA 1TT1A 1FQBA 2FYIA 4N13A 1ELJA 2V3TA 5CMMA 1MY1A 4KCCA 2DWJA 1HSJA 1ATGA 1MXXA 4I8CA 4RK2A 4OTEA 1BLFA 4U2RA 1SD3A 3PMVA 4EQ9A 2UVGA 1LAHE 3MVYA 1B51A 3DLNA 1ZJLA 1A8FA 4IB2A 4PFTA 4G68C 3BFUA 3RPWA 5AA2B 2QPQA 4MLVA 1S9TA 2R6GE 4KPTA 4RA1A 2OLBA 2M8CA 4JSOA 4ELOA 4KR5A 4F3GA 1SI0A 4G77A 1D9VA 3MZBA 2HFBA 3G3KA 2PYYA 1Y20A 3OSQA 2DWIA 1SVXB 5KZTA 4NTLA 2I48A 3E3KA 1MDQA 3F11A 3PUWE 2O68A 1B3LA 5I84A 3IB1A 1IXGA 5A5XB 1Y1MA 5J1DA 2QMXA 1I6AA 3FVKA 4WXJA 5EHMA 4JB7A 1A99A 2Y7KA 3MP1A 3K6VA 3FUZA 4GXAA 5KDTA 3M3LA 5K2YA 4R6YA 4WKMA 2O6AA 3IB0A 1MDP1 1POTA 2R71A 1P1OA 2QS2A 1GV8A 4JXIA 4QSDA 2Y7WA 4ZZEA 2ESNA 2XXRA 4ZEDA 1XC1A 1H76A 4DE8A 1JETA 3BKIB 4YB7A 4IO3A 2V93A 2F97A 2ABHA 5ISUA 3UIFA 4GXSB 1QVSA 3PMXA 5AA2A 3T9UA 2QS1A 4OYVA 2I4BA 4HW8A 3RN8A 1NNKA 4GQOA 2F36A 4R9FA 1MY2A 3K6WA 4DIGA 3QSLA 3KSJA 3C33A 1A55A 1XVYA 1R6ZA 3UORA 1ZTYA 3C36A 1NNPA 3T66A 2PT2A 1OMPA 1MY0A 3EHSA 4FORA 4OWDA 4F3SA 2HAVA 5ELVA 2W7YA 1N3WA 5A5XA 3USDA 3C32A 3HN0A 2O69A 2XXIA 2XXXA 4IGRA 1B40A 2FNCA 2OWTA 2QJEA 3T93B 1LCTA 2X7QA 3C31A 3N6UA 4MF3A 4MLQA 4YKJA 3ILUB 2OCUA 3CIJA 1ZBMA 2F7CA 3FJMA 1MQJA 4FIMA 3IR1A 4JWXA 2XX9A 3B6WA 3LSLA 2NOOA 1IXIA 3N94A 2Q8JA 2QS4A 3ZKLA 2GHBA 3JZJA 4GOTA 1EZPA 4H8JA 4QRZA 4QFPA 2F6GA 2KLFA 2PMSA 1O7TA 2F78A 3FJ7A 4OENA 3VDFA 2H4IA 1D9YA 3RT8A 3MW0A 3EQ1A 4NF4B 4HS7A 5H8NB 4QFLA 3FZVA 3FVOA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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