3JV9A

The structure of a reduced form of oxyr from n. meningitidis
Total Genus 46
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
46
sequence length
216
structure length
216
Chain Sequence
EGAFKLGLIFTVAPYLLPKLIVSLRRTAPKMPLMLEENYTHTLTESLKRGDVDAIIVAEPFQEPGIVTEPLYDEPFFVIVPKGHSFEELDAVSPRMLGEEQVLLLTEGNCMRDQVLSSCSELAAKQRIQGLTNTLQGSSINTIRHMVASGLAISVLPATALTENDHMLFSIIPFEGTPPSRRVVLAYRRNFVRPKALSAMKAAIMQSQLHGVSFIC
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title The structure of a reduced form of OxyR from Neisseria meningitidis
pubmed doi rcsb
molecule tags Transcription
source organism Neisseria meningitidis
molecule keywords Transcriptional regulator, LysR family
total genus 46
structure length 216
sequence length 216
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2009-09-16
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3jv9A01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3jv9A02
2Z23A 5DVJA 3K6XA 3TUSA 4OESA 3O6GA 3VLWA 3MPKA 1H43A 1B3HA 4MBPA 2P2AA 4EXLA 3O97A 4ZEBA 4GL8A 5TU0A 1LAHE 2B65A 4O3BA 1B46A 1Y3NA 3FJ7A 4H5FA 3MP1A 2YJPA 4O3CA 4PFWA 4MH5A 4EF2A 2XHDA 5L9SA 3I6VA 1B1XA 1Y3QA 3S2VA 3K1PA 1BP5A 5L9MA 4UACA 4BDLA 1URGA 3UN6A 1POTA 3HCQA 4EF1A 1TT1A 2BJJX 4JSDA 5LOMA 2QPQA 3O2AA 3OOAA 3D4CA 1P1UA 4F1UA 4U4XA 3FV2A 1FQCA 5AA2A 3IOTA 1UTBB 4MLQA 3H3GA 1DPEA 5AA4B 1D4NA 3KSJA 3PGFA 5H8QB 4AQ4A 4AB5A 2O84X 4F39A 5CC2A 3UA8A 5KDTB 4JWOA 3KN8A 4XKNA 4X1BA 1O64A 2I4BA 2OJTA 5L9OA 1SVXB 3BKIB 1USYH 1UTHA 1MXZA 3OELA 1FW0A 3TQWA 3PUVE 4E0WA 1D9YA 4FE8A 1I6AA 3CFLA 1MQHA 2RF1A 5ELVA 3VXCA 1SQYA 4G77A 1A40A 2D21A 4M4GA 1VE4A 4YAHX 5I2KB 2PVUA 2D3IA 4R6KA 5I84A 2HEUA 5H8FB 3MQ9A 3E9XA 1HSLA 4ELQA 1UIUA 3R6UA 3QUJA 3ILTB 2ABHA 2Q9TA 3HHGA 1QULA 3TFLA 3V89B 4G4PA 3ZKLA 4DIGA 4RA1A 1DPPA 2OWSA 4JBZA 4FEDA 4QFOA 4RXLA 3U1OA 5AA3A 1JETA 1OQHA 3K6WA 1B52A 3H6VA 3RN8A 4OVJA 2A5TA 4G8HA 1SDXA 1N76A 5TP9B 3IR1A 5L8DA 1ELJA 2NOOA 1JEVA 4JSOA 4HTGA 4BDQA 3QXMA 4EXKA 1B5HA 1S9TA 4LUBA 2OBGA 1TXFA 4NF4B 1H44A 3VFJA 2H99A 5I56B 1B2HA 4ZEDA 2A5SA 2Z22A 4U23A 1BLFA 5EHMA 4G68B 4GF8A 1XVXA 3Q26A 2DWJA 3U72A 4LZ7A 1HSJA 3T9HB 4NTLA 3GBAA 2VHAA 3N26A 3N6TA 3KBRA 5M2VA 3ZSFA 4NWDA 4JDFA 2ALUA 2I49A 3ZS6A 2V25A 4GD5A 2RCAA 2HAUA 2Z8DA 1A99A 3KFMA 4RJZA 2FYIA 3PUXE 2F7CA 4NE4A 1UIVA 3FXQA 4OFJA 4H1XA 1R9QA 2Y84A 4DXUA 2ESNA 1IIWA 4EQ9A 4ELPA 5AA4A 2QS3A 3PUYE 3IJXB 4IY5A 1P1WA 5H8HA 3HV1A 1ZKBA 1H76A 2VGQA 1MQGA 4KQPA 5KDTA 4G2ZA 3VV5A 1JEUA 4OMBA 2DWAA 3N5LA 3VXBA 1ATGA 4ZZEA 2UYEA 3LSWA 3OEKA 2ONRA 1EU8A 2DOJA 4DE8A 3FIRA 4R74A 1O63A 2VD2A 3HO7A 4OFLA 3N94A 2XXPA 3FVKA 5FTHA 1R1NA 4JWYA 4KR5A 2ZMBA 3ODBA 5KCJB 1D3KA 3PMVA 1US5A 1SW4A 4RK9A 1A54A 3LC8A 1PEBA 3C33A 4Q30B 3IB1A 4IO3A 3TYHA 2I3VA 1MDQA 1FTKA 2PX1A 3C34A 5I2KA 2DP8A 1B7HA 4PFYA 2UVJA 4JWXA 2Y7PA 4ONYA 3RUMA 3T9UA 2OLBA 2X7QA 2F35A 5TPAB 3O66A 4QFKA 3RY3A 4JXIA 2DVZA 1SI0A 4N07A 3PD8A 4R72A 2PT2A 1FTOA 3E4RA 5FHMA 3JYRA 1EZPA 1ZBMA 4DLDA 4NF8B 2V84A 5J1DA 4NMYA 2Q88A 3R26A 4R9FA 3RTWB 4KYEA 3SDFA 1YCJA 1N3WA 4R6HA 2DWIA 1IEJA 5AE4A 3LUYA 3G3KA 4GLIA 3VE1B 3F11A 3FASA 4QFNA 5TP9A 1AL3A 3CSBA 1T0KA 2XXTA 4IO6A 3GXAA 3QIMA 1F9BA 2RC9A 3RT6B 3G3FA 1FTMA 2VOZA 4O3AA 3E3KA 3PUWE 4WXJA 1O7TA 4LATA 4XKPA 1MXWA 3UIFA 3K1NA 2V3TA 4OERA 4NF4A 4OWDA 1KWHA 1N84A 4FECA 1FQDA 1MH3A 1B9JA 3M3FA 4F22A 5I56A 1Y20A 4Q5TA 5HPQA 4G68A 2FA7A 4C0RA 2O1LA 2R6GE 4XXUA 4F3SA 3EHTA 2DQVA 1M5FA 3U8QA 2F6PA 2ZXTA 3VDFA 3FVOA 3KN3A 4G68C 4IO5A 1OVBA 4XTCQ 1XS5A 3K6UA 2B3FA 1M5CA 3UORA 1N7WA 1MXXA 4I1DA 1JW1A 4BDMA 4JB7A 4ECFA 3VLUA 1PB8A 2RC8A 3Q27A 2THIA 3FVNA 4LZ8A 1P99A 3G3JA 4R75A 5K2XA 3B6TA 5CBRA 3TTKA 4P11A 2I6EA 1A8FA 2XXIA 4ISUA 3TCGA 3Q28A 4X9TA 1SW1A 4YB7A 2E0SA 1QKBA 2O68A 4QFLA 2NVUB 2NXOA 4GL0A 4OTEA 3AXFA 4YU0A 3RNNA 2DYXA 1SI1A 2I58A 1IITA 3KJ7A 5KCJA 3SEUA 1OMPA 1OIBA 3T22A 2G93A 1GR2A 3MZ9A 1LLSA 3D4GA 2RCBA 4GWOA 3BFTA 2QS4A 3USDA 1AOVA 1ZLQA 2AL4A 2F5XA 3TAJA 2ANJA 2HZKA 4KHZE 4P0GA 4C1UA 1TFAA 4YB5A 3LSLA 3S9EA 3WAFA 3RGYA 2X26A 2GHAA 5TPAA 4E0XA 5HM4B 3VVFA 1B0LA 3DELB 4DXCA 3K0VA 3TTRA 1HSEA 1OQGA 2H9BA 2I3WA 1P1QA 2Y7RA 2F8DA 2GFEA 1SW2A 3SEXA 4AB6A 1GVCA 4IO2A 2AIXA 2Y7WA 3K2DA 1NMUA 3OENA 4KCDA 2XXHA 3C4MA 1H3DA 1N04A 5EYFA 3DP8A 3KG2A 3QYTA 3M8UA 3B6QA 4BDNA 2DE3A 3RTFB 1B58A 1TFDA 4EUOA 1PDAA 4LQ5A 4R2BA 1MXUA 4U2RA 1NNKA 3MVZA 3H7MA 3MJNA 3H06B 3PPNA 4YB6A 4YKIA 1CB6A 3MP6A 1POY1 1ZIUA 5I58B 5A5XA 3OO9A 3N6UA 3QAXA 3FV1A 1DTZA 4TLLB 3CG1A 5ITPA 4TOZA 1MM7A 1B3GA 1Q35A 2ZNUA 3EQ1A 3OO6A 5FHOA 1IXGA 2XD2A 2YLNA 3IAZA 3OO8A 1NH8A 3KSXA 4ZECA 3FXUA 3CI8A 3HSTA 4FEBA 1ZTYA 5IKBA 1GGGA 1WODA 4ESXA 3OSRA 2PT1A 3TELA 3R7XA 1B1HA 1MM6A 1USYE 5JEIA 3G3IA 3O6IA 3TMGA 3UK4A 1FTJA 2RINA 3S9NC 1M5BA 2RKMA 3P7IA 4FAJA 4H8JA 2ONSA 5CM6A 3IORA 4MLVA 3MUQA 3H4ZA 1B5JA 5B7DA 2QSXA 3DLNA 4ZDMA 3EHSA 2OCUA 4BDRA 3U94A 1Y9UA 3IO6A 3KN7A 1FQBA 1OLAA 3GBBA 1NNTA 4YKPA 2I48A 3G3HA 1P1OA 3WAEA 4IGRA 4XKRA 3B6WA 4GOTA 3CVGA 2I0BA 3MBPA 1PBQA 1II5A 4LVQA 2DE4A 2QL3A 3DP4A 1JW4A 4KYDA 4K3FA 4Q0CA 1UTBA 1XHYA 4XIGQ 3K01A 2WKYA 1NH7A 3T93B 1MPBA 2H5YA 3CFZA 2PMSA 2DS9A 2XXYA 3IOWA 5H8QA 5CI5A 1PC3A 5I57B 1BTJA 1S7YA 4FIMA 2HFBA 3Q29A 1URDA 1I69A 1YTVA 1LGBC 4H6DA 3TZAA 4I62A 1OVTA 1MY2A 4DCXA 5H8SA 2XX7A 3O28A 3IL1B 2QMWA 2HXWA 1XT8A 3E13X 4IGTA 5ICTA 2GH9A 1IXIA 1VFEA 4MFIA 1LAFE 1MY0A 1Z7ME 1WVJA 1MXYA 5I59B 3IOVA 4FATA 1Y4CA 2XXVA 3ILUB 3LBSA 1LFGA 5DT6A 5JK4A 2HZLA 3SERA 3QK6A 4DXBA 1DSNA 1B4HA 3MW0A 1AMFA 1SYHA 4ZE9A 3V5AA 3QSLA 4PETA 2DXRA 5DTBA 4U4SA 3DM0A 4I9DA 5H8FA 2QMXA 2I0CA 1LBCA 4KCCA 2REGA 5I58A 3C9HA 4DCYA 3IJOB 3EPEA 3K00A 2O69A 3RPWA 4H5GA 3KGCA 3FJGA 4L17A 4ZS9A 4LQ2A 1SBPA 2RC7A 5AA2D 3KOSA 2CZLA 1B3FA 1VR5A 3W9WA 2PYYA 4EDPA 2ZYKA 3IK6B 4YMAA 4U21A 3THIA 3O6HA 1FQEA 5B70A 2V3QA 1NKXA 1SYIA 4PQJA 4F3GA 3TDJA 3TQLA 2REJA 4OXVA 4UA8A 4QFPA 3IOUA 2F78A 4IO4A 3TTNA 3TCFA 3H03A 1N3XA 2DE2A 4LP2B 3UGWA 1M5EA 4PE5B 1IUDA 2H4IA 3SEVA 4RYAA 4ZE8A 1AH5A 5KZTA 4OQOA 2ZNTA 4KD5A 2XD3A 4ESWA 2P1SA 1ZU0A 3A3CA 4H0WA 2Q2AA 3C35A 3B7DA 2XXXA 4Z0IA 3MVWA 4EQBA 5F1QA 3OEMA 5HBCA 3I5OA 4XKQA 2QJEA 4Z7EA 1B4ZA 4THIA 1QUIA 3VVEA 4QSEA 4POWA 3PU5A 1ZMGA 3W15C 1PBPA 1LB9A 2I4CA 2IEEA 3EF7A 3I3VA 3C32A 4YKKA 3U92A 1B6HA 1JNFA 1MRPA 1WDNA 4HCWA 3TTMA 5I57A 3FGSA 4OHNA 1B7UA 1QUJA 1NFTA 2XX8A 4POXA 2NUVA 3PMXA 2H98A 3C31A 3MZ1A 2ZYMA 3OMBA 2OWTA 1DOTA 1AIVA 1MPCA 4F3PA 1US4A 4R73A 5I59A 1M5DA 2DSFA 3V8XB 2LAOA 3MZBA 4QSDA 4QSCA 1Z7NE 2E1SA 3PPPA 4GXSB 3TKDA 5CMCA 3LR1A 5FTIA 3KOTA 1JVYA 3G3GA 3U93A 3CSGA 4I8CA 2OZZA 3L6HA 5ITOA 1LSTA 4GFRA 2NWJA 4F2OA 2O6AA 2QS1A 1GTKA 1I6BA 1B32A 2Q89A 4OENA 5H8HB 5CBSA 4F2QA 5F7VA 1A55A 2DXYA 3DP6A 3BFUA 4Q8RA 4YKJA 4WKMA 4TQUQ 3CR9A 4ELOA 1YAEA 1LCFA 2Z8FA 4NF8A 1A7LA 2QRYA 4FORA 1XC1A 3EHUA 3MWBA 1JW5A 1N0TA 2Q8JA 4OFOA 5DVIA 5JTYB 3JZJA 2HCAA 2OK2A 4KI0E 4QHQA 4OEVA 1LBBA 4BLAA 2UXAA 2W7YA 4NF6B 4MF3A 1Y4TA 4GRKA 4GQOA 1IXCA 1MDP1 3LSXA 4H8IA 2V3UA 2ZYNA 3RLFE 3K02A 1LFIA 1UQWA 1Y1MA 3FXRA 4FJPA 1MQIA 5FHNA 1Q1KA 4F19A 4F18A 4IO7A 3VVDA 2F34A 2XXUA 4DZ1A 3GZGA 1S50A 3KZGA 4NWCA 3MPLA 4EQ7A 1MQDA 5DVFA 4H67A 3FVGA 3KJTA 3K6VA 4YZZA 1QVSA 1IZ1A 2FNCA 2UVGA 1MPDA 5H8NB 3L6GA 3TODA 4U1OA 1LAGE 1MY4A 1MH4A 2O7IA 2X7PA 4OETA 3SEYA 3SESA 4R6YA 2UYFA 3S4UA 2DVCA 3PUZE 2UVHA 3IX1A 4ND9A 1I6QA 4U22A 4G8MA 3TTLA 2Y7KA 3PPRA 4HS7A 1B0HA 3SETA 2VD3A 3V83A 5IAIA 3GLBA 4RNSA 3A09A 4ZZAA 4NEDA 5K2YA 5DEXB 3MC2A 4OZ9A 4NF5B 3T9VA 2ZNSA 1CE2A 3T66A 1D9VA 2F7BA 1XOCA 2Q2CA 3Q25A 5I2NB 3SEWA 2HAVA 4PFUA 4PFTA 4R9GA 1IQ7A 1FQFA 2GHBA 1R6ZA 1JQFA 4F1YA 3ONMA 4LONB 3JV9A 4GVOA 2F7AA 4ELRA 1EZ9A 2AL5A 2VP1A 3G7WA 4GXAA 4LA9A 5EHSA 3CFXA 4KFQA 4N6PA 5BUUA 1Y3PA 2DWHA 4M1VA 3CRBA 2F97A 4RY1A 1B3EA 1MXVA 2D5WA 3O29A 3QUFA 4TLMB 1L5TA 3MP8A 3TEPA 3FUZA 1P1NA 2H25A 4N13A 1RYXA 2XX9A 1QJMA 3HN0A 1QUKA 3O9PA 1PB9A 3OXNA 1FTLA 3IO4A 3MVXA 3BBRA 1MG1A 1DMBA 5BWJA 4F29A 2XXRA 3K1MA 3PV0E 1LB8A 3H6UA 4PP0A 1MY1A 3M3KA 1LFHA 2O7UA 1RYOA 1VFDA 1LCTA 2M8CA 1FCKA 1RKMA 2AYSA 4X1DA 1EH3A 1XVYA 2F6GA 1MS7A 2KLFA 3KEIA 4ZEIA 5JTYA 4ZEKA 1MQJA 4R2FA 4OYVA 3VLVA 4F31B 2HQ0A 3PPOA 2ZYOA 2XXWA 4U1ZA 4NF6A 1N7XA 1B5IA 3FJMA 1Y1ZA 3SKPA 3CG3A 3RT8A 3RQTA 2XXQA 1URSA 4DDDA 2P0SA 3IB2A 3S9MC 4RPOA 3OD7A 3S9LC 5AA2B 3W9VA 4X48A 4P0IA 2Y7IA 5ICQA 5CRYA 1NNPA 1ZJLA 2O51A 4QRZA 4GIZA 4IY6A 3FATA 1YPNA 4BDOA 1H45A 2UVIA 1BIYA 4HCYA 2QS2A 4H65A 3OO7A 5H8NA 3IB0A 1MY3A 3OSQA 5CMBA 2G29A 2V93A 3T9XB 2F36A 3LSFB 4QF9A 3M3LA 1UTHB 3K4UA 1OLCA 4KYSA 1SD3A 3EN3A 2GRVA 2R71A 1A8EA 1GV8A 1B51A 4ZEFA 2ONKE 1JVXA 3UP9A 1J1NA 2Z8EA 2CMOA 5DYHA 4F1VA 3HPIA 1R9LA 5DEXA 4F3BA 2R9JA 3H6WA 4NF5A 4YMBA 3HHFA 1B40A 1IXHA 3T96B 5I2NA 3MVYA 3FZVA 3A3UA 3ECRA 3CIJA 5CMKA 4IB2A 3ZKKA 1TWYA 5A5XB 4HW8A 4RK2A 1B7ZA 1EZOA 1QW0A 3PPQA 2B3BA 4C1TA 4WEDA 2O1MA 3C36A 2YPNA 3FD3A 1FQAA 1SW5A 1ANFA 1B3LA 3TCHA 2IA4A 5CMMA 1PB7A 1VSOA 3MAMA 5AA1A 1DTGA 4OEUA 1BKAA 1QKAA 4G8NA 2PBWA 1LAXA 5ISUA 4KPTA 3H6TA 3PMWA 3TPAA 4RPNA 4YICA 1NNFA 4LZ5A 1B05A 1NL5A 2A5TB 3PD9A 4WEPA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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