3JYRA

Crystal structures of the gach receptor of streptomyces glaucescens gla.o in the unliganded form and in complex with acarbose and an acarbose homolog. comparison with acarbose-loaded maltose binding protein of salmonella typhimurium.
Total Genus 124
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
124
sequence length
370
structure length
370
Chain Sequence
KIEEGKLVIWINGDKGYNGLAEVGKKFEQDTGIKVTVEHPDKLEEKFPQVAATGDGPDIIFWAHDRFGGYAQSGLLAEVTPDKAFQDKLYPFTWDAVRYNGKLIAYPIAVEALSLIYNKDLVPNPPKTWEEIPALDKELKVKGKSAIMFNLQEPYFTWPLIAADGGYAFKFENGKYDVKDVGVDNAGAKAGLTFLIDMIKNKNMSADTDYSIAEAAFNKGETAMTINGPWAWSNIDKSKVNYGVTLLPTFKGKPSKPFVGVLSAGINAASPNKELAKEFLENYLLTDQGLEAVNKDKPLGAVALKSFQEQLAKDPRIAATMDNAQKGEIMPNIPQMSAFWYAVRTAVINAASGRQTVDAALKDAQSRITK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Crystal Structures of the Solute Receptor GacH of Streptomyces glaucescens in Complex with Acarbose and an Acarbose Homolog: Comparison with the Acarbose-Loaded Maltose-Binding Protein of Salmonella typhimurium.
pubmed doi rcsb
molecule tags Transport protein
source organism Salmonella enterica subsp. enterica serovar typhimurium
molecule keywords Maltose-binding periplasmic protein
total genus 124
structure length 370
sequence length 370
ec nomenclature
pdb deposition date 2009-09-22

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF13416 SBP_bac_8 Bacterial extracellular solute-binding protein
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3jyrA02
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3jyrA01
3CFLA 3FJ7A 4OXVA 2OCUA 5H8NA 3KSJA 5I84A 4PFTA 3QXMA 1SYIA 3Q26A 3TCGA 1QW0A 4GXSB 3F11A 4GQOA 1ANFA 2RKMA 4WKMA 5IKBA 3OXNA 3MP8A 3MVWA 3KN3A 5KCJA 1NH8A 3R6UA 3OO8A 1R9QA 2FYIA 2RC8A 3KBRA 5AA4A 3FASA 5DEXA 3RY3A 1FTLA 1QVSA 3SEVA 3KZGA 3IX1A 3FGSA 2UXAA 1VSOA 4IO2A 1MM6A 3PMXA 1NL5A 2H4IA 1PB8A 3PD9A 3FVKA 3RT8A 2PT1A 2THIA 4ZE9A 5KDTB 4I1DA 4KCDA 4QFPA 4RA1A 1PEBA 3KFMA 4JXIA 2ZYOA 2RINA 2RF1A 3UIFA 3FJGA 3A3CA 3T9HB 4POWA 3SESA 3C35A 1B4HA 4HS7A 1DMBA 4R75A 1WDNA 5DT6A 4GF8A 2H5YA 1O7TA 2DWHA 3H4ZA 3QK6A 1M5CA 4JSDA 3SETA 1XVXA 1N3WA 3PD8A 5CBSA 1OLCA 1MH3A 3G3IA 1EZ9A 3WAFA 4NF8B 3EHTA 4PQJA 3G7WA 3O9PA 4YU0A 2DP8A 2VD2A 2F7BA 4DCXA 5FTHA 1Z7ME 2GRVA 1ZMGA 3M3KA 3BBRA 1ZBMA 2DS9A 4QHQA 3D4GA 1IXGA 3TCFA 2XXHA 3TCHA 2QS3A 3O6GA 2I3VA 5LOMA 2D3IA 4OEVA 4F2OA 5CBRA 2V3QA 3IB0A 1ZKBA 2XXUA 1D4NA 5FHOA 3EPEA 4IY5A 3O29A 1H76A 1FTMA 2QMWA 5ELVA 4L17A 3Q27A 5HPQA 3GXAA 4EQ7A 3MP6A 4IB2A 1B3LA 1MXXA 4F1VA 1Q35A 1ZU0A 2QJEA 4ND9A 1ATGA 4H67A 3HV1A 1HSLA 3KOSA 2O7UA 2A5TA 2PYYA 3PUWE 1SW2A 2XD3A 2V93A 3RGYA 2GHBA 4EQ9A 3SEYA 4TOZA 4EXKA 4QF9A 1OMPA 2GH9A 1LFHA 2ZYNA 1XOCA 1T0KA 3I6VA 5H8FA 4RK2A 1QKAA 4U1ZA 2HEUA 3OENA 3MVZA 2R71A 3VDFA 5H8SA 3OEMA 3C31A 5F1QA 1S7YA 2F97A 2I0BA 1R9LA 4GIZA 4LUBA 2V25A 4NF4A 2NXOA 1B7HA 1NMUA 4RY1A 1ELJA 1JW1A 4ZEDA 3QAXA 3B6WA 3OSQA 3FIRA 1B6HA 1LAGE 2ONRA 3TTLA 1Y20A 3JYRA 3O66A 3MC2A 2RC7A 1USYE 4OFLA 4LATA 3EHSA 3H6VA 4O3CA 1OVBA 4IO4A 4QSEA 2PMSA 4NF5B 3C36A 3WAEA 4Q8RA 5J1DA 3LSXA 1EZOA 3MPLA 1MQHA 3IOTA 2XX9A 2DSFA 4FE8A 1B51A 4ZEIA 5I57A 2HZKA 5TPAB 2F6GA 4U23A 1IUDA 3U72A 3IR1A 5EHSA 2AL5A 2H9BA 4P0IA 1R1NA 2RCAA 1DSNA 5H8QA 2QMXA 4YKKA 4IGRA 3LC8A 3HSTA 5CC2A 3N6TA 2X26A 2NWJA 4POXA 1GR2A 4YKJA 2QPQA 1GVCA 4KYEA 4ESWA 4BDOA 4R2FA 4RPNA 4MH5A 3O6HA 1P1UA 4G2ZA 1MXWA 1P99A 2OBGA 4NWCA 4YMAA 2I4BA 4GRKA 2Z8DA 1ZJLA 2PVUA 1MS7A 4U21A 1DOTA 1DPPA 3OO6A 2F6PA 3VVDA 4ECFA 4F29A 1M5DA 4FJPA 3FZVA 1HSEA 1NNKA 1BIYA 2O6AA 3VE1B 3B6QA 1M5EA 2Q2CA 4YB7A 4RJZA 4EDPA 4FIMA 1SD3A 4X48A 2ONKE 3ECRA 4LQ2A 2DE4A 2HFBA 3PUVE 1DTZA 4JBZA 4F1YA 4KI0E 3TODA 4QSCA 3CRBA 4G68B 1EZPA 1ZTYA 1A40A 2F35A 5DVIA 2HXWA 1FTJA 5H8HB 2HQ0A 5H8NB 2Q89A 4BLAA 1I6BA 4QFKA 3THIA 2G29A 4WEDA 1NFTA 3BKIB 1WVJA 2ZNUA 4QRZA 5B7DA 3RLFE 2E0SA 1POTA 1QKBA 4UA8A 5ICQA 4ELQA 3S9EA 4BDMA 3BFTA 4JDFA 1OVTA 1MY4A 3U92A 2D5WA 4N6PA 2W7YA 2ONSA 4LONB 3M3FA 3AXFA 3PPNA 4IO5A 1IXHA 3LSFB 2NUVA 3FJMA 4DXBA 3U8QA 1LBCA 4ZZEA 2XXYA 5CMMA 3SEUA 2QL3A 2DWJA 4PE5B 3BFUA 3U1OA 4YB6A 3FV1A 4KPTA 2X7QA 1QUKA 1AIVA 2Q2AA 4GL8A 3V83A 3IO6A 3QIMA 1FQBA 3K1MA 2R6GE 2XX7A 3USDA 3K2DA 1B9JA 1TFDA 1UTBB 4R6HA 1NH7A 2XXQA 5JK4A 4X1DA 2DWIA 4H5FA 3D4CA 5CMCA 4LZ5A 1RYOA 3TYHA 4GD5A 5M2VA 4H8JA 3QUJA 3T96B 4U1OA 2B3BA 1QUIA 3KOTA 4AQ4A 2DYXA 1O63A 1P1WA 3TZAA 1AOVA 4OFOA 4JWOA 5AA1A 4DDDA 1MPCA 1QJMA 2QSXA 3IJXB 1MPDA 4F39A 5AA3A 3VXCA 3OELA 4Z0IA 1TWYA 3RNNA 3GLBA 4OTEA 4F31B 4EXLA 1A8FA 4EF2A 4U4SA 2ZNSA 1CB6A 4XTCQ 2ZXTA 2PBWA 4GLIA 1IZ1A 5FHNA 1P1OA 3MZBA 3TFLA 3G3HA 5AA2D 4XKPA 3C33A 4THIA 4Q30B 3S2VA 3O28A 3SEWA 3S9NC 1BTJA 4OETA 3N5LA 1MH4A 4N13A 4U2RA 1A8EA 2F36A 2NVUB 3Q28A 2DWAA 1FTOA 4LP2B 5B70A 2QRYA 3A3UA 4F19A 2I6EA 4KFQA 4OEUA 1UIUA 2ABHA 3Q29A 4HW8A 2B3FA 5JEIA 1SI0A 2H98A 2Q88A 3K01A 4OWDA 1A99A 4GXAA 3B7DA 4NWDA 2WKYA 5IAIA 1LGBC 3UORA 2DVCA 3H7MA 3VLWA 3RPWA 3O97A 4M1VA 1B3GA 4YB5A 3VVFA 2M8CA 2Z23A 4R6YA 4OENA 1B0LA 4BDLA 5EYFA 2DOJA 4KYSA 3H6UA 1DPEA 3L6HA 3TMGA 1H3DA 5I59B 1LB8A 4ZS9A 2LAOA 1JVXA 1MDQA 1I6AA 1YAEA 2Y7RA 3TTKA 1JETA 4YICA 3TQLA 4BDQA 3A09A 2ZNTA 2Y7IA 2V3TA 5KZTA 4PP0A 4ZEFA 3IK6B 1RKMA 1D9YA 5I56A 3ZSFA 3H06B 5CI5A 2FA7A 4NF8A 4ELOA 4H5GA 3SDFA 3W9WA 2Y7KA 3DP6A 1B32A 5A5XB 4FAJA 2BJJX 3O6IA 3CFZA 4BDNA 4KR5A 3CG1A 4KCCA 4ELPA 1O64A 1YTVA 1BLFA 5L8DA 1JQFA 4OQOA 1MY0A 4G77A 4F2QA 4K3FA 3PPPA 3IORA 4R6KA 5TP9B 1R6ZA 2AL4A 1SBPA 1YPNA 4IO3A 1TFAA 2G93A 1D3KA 4F3GA 4PETA 3FUZA 4MFIA 3KEIA 3N94A 3FATA 5I2KA 2RCBA 4PFWA 4RNSA 4RK9A 2PX1A 2UVJA 4DCYA 2QS1A 1LCTA 3TUSA 3MW0A 2XXVA 2O84X 4O3AA 3FVGA 1POY1 1MDP1 2AIXA 3I3VA 3EF7A 5HM4B 3UGWA 4WEPA 1AMFA 4M4GA 3U93A 1Y3NA 2IEEA 3I5OA 3TTMA 2OLBA 3HN0A 3CG3A 3JZJA 5I2NA 4AB5A 5ISUA 2GHAA 3TEPA 1N84A 1XC1A 1MG1A 1MY1A 1PDAA 4TLMB 5DVFA 1VFEA 4H65A 4JB7A 3HHFA 3PPQA 1N0TA 2VHAA 4PFYA 3G3GA 3M3LA 1I6QA 3ONMA 1FCKA 3M8UA 3DP4A 5CMBA 3IL1B 3H03A 5CMKA 2F5XA 3U94A 4OVJA 4R72A 3MZ1A 2OWTA 2CMOA 2UVIA 3C34A 1AL3A 4F3SA 3FXRA 1B58A 1JEUA 1JW4A 5AA2A 3JV9A 1AH5A 4XKRA 1RYXA 3GBAA 3OEKA 5L9MA 3IOUA 1US4A 1MXVA 3MVYA 5TU0A 4R73A 1LAXA 3MWBA 1P1NA 1PBQA 2X7PA 4NF5A 2A5SA 4DIGA 4G8MA 2O68A 2VD3A 4EF1A 1UTHB 1LFIA 4U22A 4G4PA 3ZKKA 1Y4TA 1FQCA 1MQIA 3MVXA 2QS2A 1B46A 2ANJA 4U4XA 1B40A 3CIJA 4NEDA 4OYVA 2P2AA 3E3KA 4H1XA 3CVGA 4OZ9A 4ZE8A 1FQDA 3VVEA 3QSLA 1N76A 3HCQA 5I58B 3VXBA 4EUOA 3K00A 1LB9A 4ZEBA 1H45A 1B3HA 2UYEA 3K6UA 2Y7PA 3IB2A 1B1HA 2ALUA 3CSGA 1MPBA 3E4RA 2Y7WA 4KQPA 4E0XA 2O1LA 4IY6A 2HAVA 4E0WA 3PV0E 3IOWA 5KCJB 1XT8A 4GFRA 4G68C 3T9UA 4DXUA 3FD3A 1B52A 1P1QA 3TTRA 5AA4B 3OMBA 3LR1A 4IO7A 2XXTA 4F22A 5DEXB 3PUZE 3VV5A 4ZZAA 1ZLQA 4QFOA 3K1PA 1XHYA 3MUQA 4PFUA 4ONYA 2DVZA 1B5HA 2OZZA 3MP1A 1N7WA 1S50A 4XKQA 4FATA 3T93B 3PMVA 1SW5A 1MM7A 3VLUA 2ZMBA 5JTYA 4OERA 3L6GA 3T66A 3EN3A 3ILTB 4P0GA 4N07A 4KHZE 4LZ7A 1QUJA 3C9HA 3FXUA 4G68A 3SKPA 4NF6A 1Y9UA 5L9OA 1SW1A 4ISUA 1IXCA 3IAZA 5H8HA 3RQTA 4C0RA 5F7VA 2B65A 1L5TA 3K6XA 2DE3A 2UVGA 3DP8A 4ZECA 3GZGA 5BWJA 1F9BA 4NMYA 1MXUA 3UP9A 4QSDA 2XXPA 1MXYA 2UYFA 1B5IA 4GWOA 4YMBA 1B3EA 4AB6A 4OESA 1MXZA 1LAHE 2QS4A 1USYH 3B6TA 1XS5A 2CZLA 4HTGA 1PC3A 3DLNA 1IXIA 2DXYA 3ILUB 1KWHA 2I49A 1N3XA 4OHNA 2VGQA 4X9TA 3S9LC 4XIGQ 1MQJA 2HCAA 4FEBA 4BDRA 2F34A 4O3BA 1FQAA 1TXFA 3ZS6A 3T22A 3PMWA 1H43A 3KN7A 3OO7A 4ZEKA 1PBPA 4LZ8A 4YZZA 4H8IA 1FQFA 4R2BA 3T9XB 4OMBA 2YPNA 3LSLA 2UVHA 1UTBA 3K4UA 2AYSA 4G8HA 4JWXA 2A5TB 4YKPA 2P1SA 3RT6B 4KD5A 3Q25A 2PT2A 2R9JA 4TQUQ 3UK4A 2F7CA 2I58A 5I56B 2V84A 3QUFA 2DQVA 4P11A 5ITPA 2REJA 5DYHA 2VOZA 1JW5A 2V3UA 1OQGA 3FVOA 2Z8FA 1B5JA 5H8FB 1B2HA 3RTFB 1LBBA 3KJTA 5KDTA 3IJOB 4R9FA 4RYAA 1OLAA 1Y4CA 1VFDA 1MY2A 1N04A 2H25A 2DXRA 4F3BA 3KSXA 1URSA 1US5A 3TELA 1J1NA 4EQBA 3UA8A 4NF4B 5I2KB 3V89B 4FECA 4R9GA 1IITA 5BUUA 3E9XA 3EQ1A 4WXJA 1GTKA 4IO6A 1LAFE 3PPOA 3SERA 2Q8JA 4ZDMA 3KN8A 3MAMA 1PB9A 2Q9TA 2Z8EA 1B7UA 3P7IA 2ZYKA 1SYHA 1SVXB 4C1UA 1A7LA 1UIVA 2HZLA 4H0WA 4FORA 3RTWB 4Q5TA 3K6WA 1ZIUA 1FTKA 3MPKA 1Y1ZA 1DTGA 2ZYMA 2F8DA 3TAJA 1HSJA 4IGTA 5L9SA 3TTNA 2NOOA 4HCWA 1A54A 3IO4A 1SQYA 5I2NB 3W9VA 3MJNA 1IQ7A 3V8XB 2IA4A 5I57B 1GV8A 3S4UA 1FW0A 4FEDA 1TT1A 5K2YA 1M5FA 2I4CA 5H8QB 5EHMA 4G8NA 5HBCA 3OSRA 4NTLA 4YAHX 3H3GA 3OOAA 1OIBA 3K1NA 3DM0A 3PUYE 3PUXE 1URGA 1SI1A 4LQ5A 3PGFA 3K02A 3QYTA 3KJ7A 3IOVA 4H6DA 4I9DA 5I59A 1VR5A 3G3FA 3V5AA 3FV2A 2O69A 3EHUA 3HHGA 4NE4A 5AA2B 1Q1KA 2I3WA 5ITOA 1LFGA 3T9VA 2REGA 4OFJA 1EH3A 3TKDA 4QFLA 5DTBA 1D9VA 2XD2A 1BKAA 5AE4A 1PB7A 1S9TA 1GGGA 1SW4A 1B4ZA 3OD7A 2XXXA 5A5XA 2GFEA 1H44A 5DVJA 4MLVA 1NNFA 2F78A 3G3JA 1BP5A 1Y1MA 1MY3A 2YLNA 2KLFA 3FXQA 3R7XA 4RXLA 5CM6A 3SEXA 3PPRA 1IIWA 4MLQA 5TP9A 3O2AA 1JVYA 1MQDA 3HO7A 1Z7NE 2I48A 3KGCA 1B3FA 2XXIA 3KG2A 4XKNA 3MQ9A 4GVOA 1URDA 2YJPA 1WODA 3G3KA 2F7AA 1XVYA 5FTIA 1LSTA 4XXUA 3TPAA 1NNPA 1QULA 4MBPA 1LCFA 2H99A 3R26A 4R74A 2VP1A 1CE2A 3LUYA 1NNTA 1B05A 4DE8A 1MRPA 4ESXA 3ODBA 1LLSA 2XXWA 1A55A 4MF3A 3VLVA 3IB1A 1VE4A 5ICTA 4YKIA 1JEVA 3LSWA 1B0HA 4ELRA 1M5BA 1N7XA 1FQEA 3FVNA 1B7ZA 4Z7EA 3K0VA 3TQWA 3CSBA 4DLDA 3E13X 4F3PA 5TPAA 3RN8A 3VFJA 1II5A 2RC9A 2OWSA 3K6VA 2XX8A 3UN6A 2ESNA 2OK2A 1YCJA 4RPOA 3OO9A 3H6TA 5JTYB 2O1MA 2XHDA 2Z22A 4I62A 4KYDA 3W15C 3PU5A 2O7IA 3TDJA 3CI8A 4JWYA 1Y3QA 3HPIA 4NF6B 1SDXA 4GOTA 4GL0A 4TLLB 1NKXA 4Q0CA 3MBPA 4DZ1A 3ZKLA 2O51A 2OJTA 3DELB 1UQWA 3C4MA 3RUMA 3MZ9A 1JNFA 2HAUA 4QFNA 3N26A 4F18A 4LVQA 2E1SA 1B1XA 3GBBA 3S9MC 5FHMA 4C1TA 1IEJA 4LA9A 3LBSA 1EU8A 4DXCA 3CR9A 4HCYA 1UTHA 2I0CA 1MQGA 2FNCA 2Y84A 3C32A 4JSOA 2P0SA 5CRYA 3CFXA 1OQHA 3H6WA 1Y3PA 4F1UA 4UACA 1I69A 4I8CA 2XXRA 3N6UA 2DE2A 5I58A 2D21A 5K2XA 4X1BA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3CFLA 3FJ7A 4PC9A 4OXVA 2OCUA 5H8NA 3KSJA 4OA4A 2XWVA 5I84A 4PFTA 3QXMA 1NUZA 1SYIA 3Q26A 3TCGA 4PGPA 1QW0A 4GXSB 3F11A 4GQOA 1ANFA 2RKMA 4WKMA 5IKBA 3OXNA 3MP8A 4NQ8A 3MVWA 3KN3A 5KCJA 1NH8A 3R6UA 3OO8A 1R9QA 2FYIA 4PAIA 2RC8A 3KBRA 4PFRA 5AA4A 4P3LA 3FASA 5DEXA 3RY3A 1FTLA 1QVSA 3SEVA 3KZGA 3IX1A 3FGSA 4PCDA 2UXAA 1VSOA 4IO2A 1MM6A 3PMXA 1NL5A 2H4IA 1PB8A 3PD9A 3FVKA 3RT8A 3SZPA 2PT1A 2THIA 4ZE9A 5KDTB 4HE0A 4I1DA 4KCDA 4QFPA 4RA1A 1PEBA 3KFMA 4JXIA 2ZYOA 2RINA 2RF1A 3UIFA 2CZIA 3FJGA 3A3CA 1NV7A 3T9HB 4POWA 3SESA 3C35A 1B4HA 4HS7A 1DMBA 1IMDA 4R75A 1WDNA 5DT6A 4GF8A 2H5YA 1O7TA 4PF8A 2DWHA 2P3NA 3H4ZA 3QK6A 2GQ1A 3NOHA 1M5CA 1NUXA 4JSDA 3SETA 4O8MA 5ET5A 2KR0A 3RYDA 1KZ8A 1XVXA 1N3WA 3PD8A 5CBSA 1OLCA 1MH3A 4GWWA 4PAFA 3G3IA 1EZ9A 3WAFA 4NF8B 1IMEA 2WBDA 3EHTA 4PQJA 3G7WA 1YZ0A 3O9PA 4YU0A 2DP8A 2VD2A 2F7BA 4DCXA 5FTHA 1Z7ME 2GRVA 1ZMGA 3M3KA 3BBRA 1ZBMA 2DS9A 4QHQA 3D4GA 1IXGA 3TCFA 2XXHA 3TCHA 1NUYA 1LEVA 1EYIA 2QS3A 3O6GA 2I3VA 5LOMA 2D3IA 1KA1A 4OEVA 4NHBA 4F2OA 4AS5A 5CBRA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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