3K00A

Crystal structures of the gach receptor of streptomyces glaucescens gla.o in the unliganded form and in complex with acarbose and an acarbose homolog. comparison with acarbose-loaded maltose binding protein of salmonella typhimurium.
Total Genus 138
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
138
sequence length
388
structure length
388
Chain Sequence
ELSGTVTFWDTSNEAEKATYQALAEGFEKEHPKVDVKYVNVPFGEANAKFKNAAGGNSGAPDVMRTEVAWVADFASIGYLAPLDGTPALDDGSDHLPQAAASTRYEGKTYAVPQVIDTLALFYNKELLTKAGVEVPGSVAELKTAAAEITEKTGATGLYLRGDDPYWFLPYLYGEGGDLVDEKNKTVTVDDEAGVRAYRVIKDLVDSKAAITDASDGWNNMQNAFKSGKVAMMVNGPWAIEDVKAGARFKDAGNLGVAPVPAGSAGQGSPQGGWNLSVYAGSKNLDASYAFVKYMSSAKVQQQTTEKLSLLPTRTSVYEVPSVADNEMVKFFKPAVDKAVERPWIAEGNALFEPIRLQMANVLSGETSPDEAAANTGDAYRKLLKDYK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Crystal Structures of the Solute Receptor GacH of Streptomyces glaucescens in Complex with Acarbose and an Acarbose Homolog: Comparison with the Acarbose-Loaded Maltose-Binding Protein of Salmonella typhimurium.
pubmed doi rcsb
molecule tags Transport protein
source organism Streptomyces glaucescens
molecule keywords Acarbose/maltose binding protein GacH
total genus 138
structure length 388
sequence length 388
ec nomenclature
pdb deposition date 2009-09-24

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF13416 SBP_bac_8 Bacterial extracellular solute-binding protein
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3k00A01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3k00A02
3IOUA 1O64A 4RK2A 1NMUA 4IGRA 1MS7A 5KZTA 1MQGA 3M8UA 2RC8A 1XOCA 4KYEA 3AXFA 2ZXTA 3KN8A 1ZJLA 4F19A 2REGA 4N07A 2P0SA 2ONKE 4G68A 2W7YA 5FTIA 3MP6A 1MDQA 3RLFE 3KN3A 4GL8A 5CBSA 3TQWA 1PC3A 1QW0A 3O6HA 1UTBB 1Y1ZA 4P0GA 3OMBA 1RYXA 2RINA 4RPNA 2YLNA 4RYAA 2OLBA 4YB7A 1GVCA 4F2QA 4BDRA 3H3GA 1SI0A 3OEMA 3G3KA 4ELOA 5AA4A 1R9LA 4OTEA 2XXUA 2X7QA 3TCFA 3PPRA 1WVJA 1AH5A 2QS3A 3PV0E 4JWYA 3FJMA 1QVSA 5K2YA 3SEUA 3RPWA 5H8HB 3PU5A 2DSFA 3HPIA 2HAUA 3QYTA 2UYFA 3HHGA 1B7ZA 3OEKA 1B52A 1B2HA 3T9VA 1ATGA 2XHDA 1CB6A 4YAHX 4BDQA 4PP0A 1H43A 1QKAA 4X1BA 2IEEA 1POY1 2XXYA 4DDDA 1JEUA 4F31B 2OK2A 5JK4A 1VE4A 1LCFA 4QSEA 5IAIA 1B1HA 4FECA 3TODA 2Z23A 5LOMA 4P11A 4R73A 2DS9A 1TFDA 3FJGA 2ZYNA 2VGQA 3BKIB 3TYHA 2DWHA 3PPQA 2Q2AA 3ZKKA 4OFJA 1HSLA 1SBPA 4GIZA 4JSOA 1B5IA 3C34A 3BFTA 3W15C 3U92A 5DEXB 3MZ1A 2Y7KA 3UK4A 1N04A 5B70A 2DXYA 1XC1A 4DZ1A 4BDNA 3K0VA 3Q25A 2Y7PA 2XXTA 5TP9A 4IO4A 3FVGA 5EHMA 1MXVA 3RTWB 2AYSA 4KQPA 3MUQA 1SW1A 2I0CA 3L6HA 3O2AA 3UA8A 4THIA 5FHNA 1B3EA 3TMGA 4FIMA 4F22A 1OVTA 1PDAA 4Z0IA 1OQGA 1A55A 2I58A 3FXQA 4OXVA 4JBZA 4YICA 2F78A 4NF4A 1MY3A 5H8FB 2AL5A 2O1MA 4AB6A 1MQHA 2QJEA 1Y20A 3A3CA 4LZ8A 2KLFA 2XXWA 5I59B 2DOJA 2G93A 1ELJA 5BWJA 1A8EA 2PT1A 1FW0A 4FE8A 4R72A 4OEUA 3OO9A 1Y9UA 3IJOB 3Q29A 4QFNA 5HBCA 4IY6A 4NF6B 1NNPA 4RXLA 1EZ9A 1B5JA 2XX8A 4U22A 3TAJA 1LFIA 3K2DA 4G8NA 4RNSA 3K1PA 4XIGQ 1YCJA 3MQ9A 3I5OA 3SEXA 4PFTA 1CE2A 4LZ7A 4ZEFA 4X48A 3FIRA 4ZE8A 5I56B 2GHBA 3V8XB 4HS7A 2QRYA 5I58B 2XXRA 4Z7EA 2O7UA 5I2KB 4GXSB 3Q28A 3RY3A 1NNKA 2XXVA 3RTFB 5JTYA 1B4ZA 2P2AA 3M3FA 5AA2B 1JETA 4ZEKA 3TTRA 1B3LA 3PPOA 4MBPA 4NF5B 4G8HA 3V83A 4RPOA 3IOVA 3QUFA 4AQ4A 2E0SA 1ZLQA 3FVKA 2FYIA 4QFOA 4IGTA 4ZZEA 1FTOA 4NWCA 5CMCA 4YB5A 3QK6A 1IXIA 4OVJA 3S9LC 4OEVA 5DT6A 1P1NA 1SI1A 3DLNA 1HSJA 5J1DA 4C1TA 1M5DA 2G29A 1POTA 4KYSA 1FQDA 3PUZE 5AE4A 3V89B 5DYHA 1B51A 1D9YA 4ELQA 4IO7A 1B05A 3MZ9A 1IZ1A 1SD3A 1M5EA 2P1SA 5DVFA 2Z8DA 4OFOA 1AOVA 3VVDA 2I3VA 2Z22A 2ZNSA 4DCYA 5JEIA 4M4GA 4QF9A 4O3AA 1NL5A 3KG2A 3WAFA 3PPNA 4KFQA 3ILUB 5L9MA 4NMYA 3MJNA 2ZNTA 3LUYA 1OMPA 2Z8FA 2AIXA 1LAXA 2DE4A 3U8QA 3UN6A 3O66A 3UGWA 3H7MA 4R9FA 3QSLA 1PB7A 4OERA 3MP8A 4TQUQ 4DXUA 3IO4A 3G3FA 1O63A 4U23A 1MY2A 3MZBA 3MPKA 1JW5A 2NWJA 2UVJA 4ECFA 4H5GA 3PUVE 4MFIA 3O97A 1MM6A 3SEWA 4F29A 1Y4TA 4PQJA 4G77A 2RCAA 4LVQA 3MP1A 4R74A 1FQEA 4H67A 4Q5TA 4LQ5A 1LBBA 3TUSA 4TOZA 3JYRA 3IJXB 2F7AA 1YAEA 2THIA 2Q2CA 3A3UA 1B0HA 3ZKLA 4G4PA 2DE3A 1QKBA 2F97A 2OWSA 3FASA 4DCXA 1NNTA 3USDA 2UVIA 1Y4CA 3T93B 3K6WA 2DWJA 3C36A 2V93A 1Y1MA 4LONB 4POWA 4YKJA 3TDJA 2XXXA 2F8DA 3I3VA 4GQOA 1A8FA 5DVJA 3HCQA 4XXUA 1P99A 4XKPA 5F7VA 4ESWA 1WODA 2ZYMA 1UQWA 4XKRA 1B4HA 1VSOA 3LSWA 4PFYA 1I69A 3LR1A 1J1NA 3TTNA 4FATA 1N0TA 1EZOA 3QUJA 2DQVA 4OHNA 2XX7A 5AA1A 5I2NA 5A5XA 2QMXA 3C9HA 1IITA 1NNFA 3SERA 2REJA 3MVWA 1Y3QA 2YJPA 3HHFA 1VR5A 4DE8A 1I6QA 3DM0A 3ONMA 4EF1A 3B6QA 1IIWA 2DXRA 3A09A 2ZYKA 4YKIA 4FAJA 4PE5B 2RC7A 2Y7WA 4TLMB 1Q1KA 1RYOA 4H8JA 4QHQA 3VV5A 3H4ZA 3LSLA 3VVFA 4LUBA 2DWIA 4N13A 1EH3A 1B7HA 4EUOA 1QUIA 3G3GA 4LQ2A 3HV1A 1AIVA 1TXFA 1MDP1 4R6YA 4OZ9A 5HM4B 3TPAA 4MLVA 1B32A 4N6PA 5TPAB 5KCJA 3VXCA 5CMBA 3OELA 2QL3A 1FQFA 5FHOA 3B6TA 2HFBA 4AB5A 3KEIA 4ELPA 3HN0A 3KJTA 2PVUA 4IY5A 1MQDA 3E13X 2PBWA 1B9JA 2X7PA 3GXAA 4ISUA 1B7UA 4KD5A 4HCWA 1JW4A 1B5HA 1NH8A 2VOZA 3O28A 4I1DA 2PT2A 3ZS6A 3PUXE 4MLQA 3FUZA 3CSGA 4NEDA 3CR9A 5B7DA 3U72A 4JWXA 2ESNA 1Y3NA 3KBRA 3GBBA 5TU0A 4OENA 2ONSA 2O84X 5I84A 1EZPA 4TLLB 4ONYA 1IXGA 2GFEA 4L17A 4YZZA 3RT8A 4JXIA 2I4CA 4GRKA 1AL3A 3SEVA 5CI5A 4FORA 1MY0A 3RUMA 3IX1A 4WEPA 3RT6B 3VLUA 5H8NB 2V3TA 2NUVA 4LA9A 4XKNA 1N3XA 4Q8RA 1N7XA 4PFWA 3PUWE 1JW1A 2UVGA 2E1SA 1URSA 5EYFA 2A5SA 3R7XA 3VE1B 5EHSA 3W9WA 1PEBA 1URDA 4OMBA 2VD3A 3T22A 3FVNA 4NF8B 4YMBA 3BFUA 3IAZA 5CMKA 3IB0A 3TCHA 3GZGA 4IO6A 3PPPA 4U2RA 3UIFA 5ELVA 3TZAA 4GD5A 1GR2A 4F1YA 2Q89A 2OBGA 4EF2A 1S9TA 4UA8A 3OD7A 3T9HB 1I6AA 2AL4A 2UXAA 2B65A 3H6UA 3DP8A 1UTBA 4H5FA 4Q0CA 3PGFA 1BTJA 5AA2D 3VVEA 1FQAA 4DLDA 2O69A 5L8DA 1B6HA 3RQTA 1MPCA 1JQFA 2ZMBA 1DTGA 2Y84A 5I57B 4GXAA 2A5TB 4WEDA 4H1XA 4ZS9A 4G8MA 1LB8A 3OO8A 1N84A 4R6KA 5H8HA 4I9DA 3O9PA 5F1QA 2X26A 2DP8A 2B3FA 2H5YA 3FVOA 1DPEA 3IB2A 1ANFA 3PD8A 2HQ0A 1B3GA 2PX1A 4ZE9A 3CFXA 2B3BA 3W9VA 1H45A 3TKDA 4FJPA 4R6HA 2DE2A 3S9MC 1ZTYA 4RJZA 2XXIA 3BBRA 4U4SA 1LFHA 1TT1A 3R6UA 3FD3A 3SESA 3H6WA 1N76A 3O29A 3CIJA 2F7BA 1S7YA 3B6WA 4DXBA 1Y3PA 2QMWA 4G68B 1DOTA 3FXUA 1LB9A 3K4UA 2NXOA 4JDFA 3I6VA 3TQLA 2DYXA 3C31A 3QXMA 4KYDA 2CZLA 3K02A 3F11A 4C1UA 5ISUA 3OO6A 1MM7A 4POXA 3VFJA 3DELB 1MRPA 2I3WA 1BKAA 5I2NB 3EQ1A 1UTHA 2Q8JA 2V3QA 2XXQA 3O6GA 3GLBA 3KOSA 1XVYA 5AA4B 3U1OA 4KHZE 2DWAA 2HZKA 3QAXA 4OWDA 1RKMA 3HSTA 1ZU0A 4ESXA 3T66A 1B3HA 1N7WA 4HW8A 4RY1A 1KWHA 3SEYA 2ANJA 5M2VA 1SDXA 4MF3A 4YKPA 4H0WA 3EHTA 1DMBA 4G68C 3KSJA 3MW0A 4GFRA 1S50A 5ITOA 4GVOA 4JWOA 3C33A 1GTKA 4WXJA 4LP2B 3LC8A 3KFMA 3ODBA 2I48A 4GLIA 4OFLA 4PETA 4G2ZA 3ILTB 3D4GA 1IUDA 4E0WA 1N3WA 2HEUA 5H8FA 3KGCA 4U4XA 4KPTA 5KCJB 3SETA 2IA4A 2H99A 1URGA 1SW2A 3UP9A 1FQCA 3K00A 2ALUA 3CSBA 5I59A 1P1QA 4IO3A 5CRYA 3EHSA 3PMXA 3QIMA 4ND9A 1UIUA 1NKXA 3CFLA 4M1VA 5DTBA 2UVHA 2D21A 5KDTA 3IOWA 3K01A 2DVZA 1H3DA 2Z8EA 4BLAA 2M8CA 3Q27A 3S4UA 5L9OA 2OZZA 3PUYE 2BJJX 1OQHA 3WAEA 5I56A 4QFKA 5TP9B 3VDFA 5IKBA 2VD2A 4U1OA 2H9BA 3FGSA 5FHMA 5I58A 2QS4A 3HO7A 5K2XA 1MPDA 3FJ7A 1DTZA 3B7DA 3IK6B 1FTKA 1NFTA 1USYH 4QSCA 2ZYOA 1OIBA 2D5WA 2RC9A 1UIVA 3VLWA 4ZEDA 5AA2A 3N6UA 1ZMGA 3MVXA 2XXPA 3LBSA 4ZZAA 4LZ5A 4NF4B 4XTCQ 4NF5A 4KR5A 2XX9A 3K6XA 2UYEA 1II5A 1PB9A 2QSXA 3N94A 1LBCA 3THIA 3CFZA 4QRZA 2H98A 3SKPA 3G3HA 4ZEBA 1M5FA 2HAVA 5DVIA 3MVYA 4F2OA 3L6GA 4EXLA 3EPEA 3G7WA 3CG1A 4F3GA 2ABHA 2V3UA 4KCCA 1L5TA 1SVXB 3G3JA 1QULA 3GBAA 4F3BA 3MC2A 2Y7RA 4OYVA 2PMSA 3H03A 1MXUA 2F6PA 1QUJA 1JNFA 3TELA 2XXHA 1USYE 1MY4A 2OWTA 1HSEA 3TTKA 1A99A 2GHAA 2VHAA 1OLCA 5JTYB 3TCGA 3DP4A 1D9VA 4GF8A 4F39A 2O68A 4ZECA 4GL0A 4RK9A 2RF1A 4NE4A 4YKKA 1QUKA 3IORA 1US4A 4P0IA 3O6IA 4IO5A 3FZVA 1FTLA 1JVXA 4EQ7A 1IQ7A 1B3FA 1PBQA 5H8QA 1BLFA 1LLSA 1B1XA 4H6DA 3MVZA 3PMVA 2FA7A 3KZGA 3M3LA 1SYIA 4PFUA 1MXYA 3MWBA 3IB1A 1A7LA 4ZDMA 1A40A 1D4NA 2F34A 1B0LA 3N26A 4UACA 5L9SA 2I0BA 3RN8A 2O7IA 1UTHB 3OSQA 1LAHE 4QSDA 1VFDA 4X1DA 3N5LA 3H06B 3E4RA 1O7TA 3KN7A 3D4CA 1M5CA 1B40A 3T96B 5CM6A 2FNCA 4XKQA 3T9UA 1Z7ME 1MXXA 3G3IA 3TTLA 2QS1A 2LAOA 3SDFA 3U94A 4BDMA 3IR1A 1LFGA 2F36A 3EF7A 3PD9A 3ECRA 2H4IA 3EHUA 1SW4A 2QS2A 4E0XA 2Y7IA 4YU0A 1GV8A 2D3IA 1MXWA 4GOTA 1OLAA 1DSNA 3KOTA 3U93A 3S9NC 4H65A 1NH7A 5FTHA 1ZIUA 1BP5A 1I6BA 3RNNA 2H25A 4U21A 3FV1A 3KSXA 4O3BA 1FTJA 3IO6A 3MAMA 1P1WA 3H6VA 2GH9A 1R1NA 4BDOA 1OVBA 5ICTA 2O51A 4X9TA 2NOOA 5KDTB 3C32A 2RCBA 4R2BA 4OETA 4JB7A 1ZKBA 3OENA 4ZEIA 3IL1B 4F1UA 3P7IA 4OESA 1GGGA 5HPQA 3VLVA 1LGBC 1F9BA 4R9GA 4JSDA 4EXKA 1T0KA 3S9EA 2CMOA 1JEVA 4C0RA 2R9JA 4IO2A 1MH3A 3JZJA 4KCDA 4HCYA 1SYHA 3IOTA 2DVCA 1LAGE 3KJ7A 1IEJA 1LSTA 3VXBA 3OSRA 2QPQA 1SQYA 1MH4A 5TPAA 5CMMA 4R75A 3K1NA 1Z7NE 4DIGA 4YMAA 3RGYA 2ONRA 1ZBMA 1P1OA 4F3SA 2O6AA 1XHYA 2F7CA 2RKMA 3FXRA 3CVGA 2F6GA 3DP6A 2NVUB 1BIYA 5A5XB 1R9QA 5CC2A 4R2FA 5DEXA 4QFPA 4O3CA 2V25A 4GWOA 1R6ZA 3PMWA 3E3KA 1B58A 4IB2A 4F18A 3TEPA 1YPNA 3N6TA 2OJTA 1DPPA 3JV9A 1US5A 3EN3A 1M5BA 2YPNA 5CBRA 1AMFA 4DXCA 1IXCA 1FCKA 1MG1A 3FATA 2PYYA 4FEBA 1Q35A 1YTVA 2OCUA 1FQBA 4RA1A 1P1UA 2ZNUA 4F3PA 3TTMA 1XVXA 1MQIA 2HCAA 2F5XA 5H8NA 2I4BA 4KI0E 3OOAA 4K3FA 4F1VA 3C35A 4EQBA 3S2VA 3MBPA 4EDPA 3T9XB 2GRVA 1TWYA 2VP1A 4NWDA 4MH5A 3OXNA 1MXZA 4LATA 3K1MA 1EU8A 4NF8A 3FV2A 5ITPA 3CI8A 1MY1A 3C4MA 4OQOA 3LSFB 4I62A 3E9XA 1A54A 5H8QB 2Q88A 5H8SA 1XT8A 1QJMA 1D3KA 1MQJA 2Q9TA 3H6TA 3ZSFA 2R71A 3K6VA 1XS5A 5BUUA 2I6EA 2R6GE 2F35A 1B46A 1FTMA 2V84A 4NTLA 4WKMA 2HZLA 4I8CA 1LCTA 3CRBA 1IXHA 4NF6A 1JVYA 2WKYA 3TFLA 1LAFE 2I49A 1WDNA 4QFLA 2XD3A 1PBPA 3UORA 4EQ9A 4H8IA 4YB6A 5I57A 2A5TA 1SW5A 3OO7A 1VFEA 3M3KA 4Q30B 4U1ZA 4HTGA 1H76A 4FEDA 1TFAA 4ELRA 3R26A 5ICQA 5I2KA 2HXWA 1MPBA 1PB8A 3CG3A 2O1LA 5AA3A 3LSXA 1H44A 3V5AA 4BDLA 3K6UA 2XD2A 3MPLA 3Q26A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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