3K0VA

Removal of sugars and sugars-like molecules from the solution by c-lobe of lactoferrin: crystal structure of the complex of c-lobe with beta-d-glucopyranosyl-(1->4)-beta-d-galactopyranosyl-(1->4)-alpha-d-glucopyranose at 1.9 a resolution
Total Genus 108
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
108
sequence length
345
structure length
341
Chain Sequence
YTRVVWCAVGPEEQKKCQQWSQQSGQNVTCATASTTDDCIVLVLKGEADALNLDGGYIYTAGKCGLVPVLAENRKSSKHSSLDCVLRPTEGYLAVAVVKKANEGLTWNSLKDKKSCHTAVDRTAGWNIPMGLIVNQTGSCAFDEFFSQSCAPGADPKSRLCALCAGDDQGLDKCVPNSKEKYYGYTGAFRCLAEDVGDVAFVKNDTVWENTNGESTADWAKNLKREDFRLLCLDGTRKPVTEAQSCHLAVAPNHAVVSRSDRAAHVEQVLLHQQALFGKNGKNCPDKFCLFKSETKNLLFNDNTECLAKLGGRPTYEEYLGTEYVTAIANLKKCSLEACAF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Specific interactions of C-terminal half (C-lobe) of lactoferrin protein with edible sugars: binding and structural studies with implications on diabetes.
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase
molecule keywords Lactotransferrin
total genus 108
structure length 341
sequence length 345
ec nomenclature ec 3.4.21.-:
pdb deposition date 2009-09-25

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00405 Transferrin Transferrin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3k0vA01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3k0vA02
4U1OA 4EXLA 3S9MC 4LA9A 1NL5A 4NEDA 3OMBA 3U1OA 1TWYA 4DXCA 1MH3A 1MPCA 4AB5A 1UIVA 5L9OA 1QW0A 1AOVA 4ELOA 3TAJA 2F8DA 5EYFA 2XX9A 3VLUA 2QSXA 1Y4CA 1ELJA 3FD3A 2Q89A 3C33A 4DCYA 1S7YA 4Q8RA 1B3HA 3T66A 1B5HA 1QKBA 1R9QA 1AMFA 4NTLA 4RXLA 3MP1A 4PP0A 3U93A 1I69A 4RNSA 4YMBA 4TLLB 4POXA 3M3LA 4G8MA 1N84A 1MXZA 3THIA 1I6BA 4ZS9A 4ZEBA 1NKXA 1DTZA 2NOOA 5TPAB 4JB7A 5BUUA 4RK2A 3F11A 3RPWA 4ZEIA 1JW5A 4G8HA 1RYXA 3KN3A 4O3BA 3JV9A 4GQOA 5I58B 1MY1A 4ZE9A 3M3KA 1HSEA 3CI8A 3CRBA 4LUBA 1Y3PA 4RJZA 1B7UA 2HXWA 3LC8A 4YICA 1B1HA 4QFOA 4MLQA 5JTYB 3S9EA 1Y9UA 3OO7A 5A5XB 5L8DA 4LVQA 3QUFA 3K6UA 4LZ7A 3K6XA 1FQDA 1PB8A 2Y84A 3MZ1A 3N94A 5I57B 2NXOA 4H5FA 3FVKA 3KOSA 1MY0A 3BBRA 1DTGA 3V8XB 3IORA 1FW0A 2Z8EA 4X48A 2DVZA 2VD3A 5CBSA 3H6WA 4R2FA 3HCQA 4OTEA 3IOUA 2F35A 2XHDA 2RKMA 2XX8A 2DSFA 4GXAA 4IO6A 4KQPA 4TLMB 4EQBA 3K1NA 1ZLQA 4GLIA 4H8IA 1Y3NA 1UTBA 4ONYA 1XVXA 3IB2A 1O7TA 3FASA 3KJ7A 4YMAA 1LSTA 4NMYA 1FTKA 3B7DA 2HCAA 1PBQA 1UQWA 4XIGQ 1TFDA 2E0SA 3L6HA 5DVFA 3V89B 2FYIA 3T9VA 1VSOA 1P1NA 1PB9A 3CSBA 4NF8A 1NNFA 4F2QA 2O68A 3C34A 3RNNA 3FATA 5HPQA 4N6PA 1SD3A 3IL1B 4KYDA 4QSDA 4GF8A 3GBBA 3SKPA 3G3IA 3UORA 1LB8A 1FQBA 1IQ7A 2B65A 1OQGA 1MXVA 3P7IA 4NWDA 4ZE8A 1VFDA 2F5XA 3G7WA 4WEDA 4H67A 1S50A 3RT6B 3C4MA 5DTBA 2LAOA 1B7HA 3MQ9A 2F36A 1IXGA 1ZIUA 1R6ZA 1US4A 1A54A 3LUYA 4POWA 4BLAA 1JETA 3OOAA 4QRZA 2D5WA 3U92A 1JVYA 1R9LA 4F1YA 4ZDMA 4GOTA 1EZOA 1IXHA 2XXTA 1Q35A 1MY2A 4RY1A 4YKPA 5JEIA 3TMGA 5AA4B 3K4UA 2REGA 3UP9A 3ILTB 3UK4A 1N3XA 2DXRA 2H9BA 3Q29A 3ZS6A 5KCJA 3OEKA 2HQ0A 3TTMA 1MQHA 1Z7ME 2I4CA 5H8FA 4FECA 3FXQA 4PFUA 1LGBC 1BKAA 2F34A 1B2HA 1MQJA 3TQWA 5F7VA 3RTWB 3TTLA 3K01A 4C1TA 1IXIA 1WDNA 3EN3A 2YPNA 1MXYA 3VVFA 1FQEA 4F3SA 4N07A 1O64A 2HAUA 3G3KA 2R6GE 3N26A 5ICQA 1D9VA 3UN6A 3A09A 1GTKA 4OETA 3IOWA 3VLVA 2O1MA 4H0WA 1A40A 1M5FA 2E1SA 2DQVA 1MXXA 2H4IA 2QMXA 1B5JA 2D21A 2UXAA 4KPTA 4I1DA 2GH9A 3RY3A 5CMCA 3JYRA 3TELA 4I9DA 4IGTA 3IB0A 1JEUA 2X7PA 3PU5A 4UA8A 1B3GA 1T0KA 2XX7A 2AYSA 3ILUB 4PFYA 1Z7NE 1MXUA 1MPDA 2Q9TA 1JQFA 4G68C 1ZTYA 5ITOA 4YB6A 5K2XA 2IEEA 4LP2B 4OWDA 3CFXA 4NWCA 2HFBA 3MBPA 3TEPA 5CRYA 4NF8B 4F1VA 2VD2A 2QS2A 3MPKA 3U72A 3C35A 4KR5A 3K02A 3T9UA 4FATA 4YKJA 3IOTA 2ALUA 3CG3A 1OQHA 4QSCA 4EXKA 3OEMA 1O63A 1QUJA 4O3CA 4JSOA 2G93A 2XXWA 1OVBA 2O7UA 2Y7IA 4MH5A 3G3GA 3LSLA 2F6PA 3N6UA 2V25A 1QKAA 2Y7RA 1LCTA 3LR1A 1ZBMA 4F39A 2Z22A 4YB5A 4HCWA 4G8NA 3K1MA 4OYVA 1VE4A 3KJTA 1SDXA 2RC7A 2P0SA 4MLVA 3T9HB 2I49A 2XXIA 5CMBA 1JW1A 1S9TA 4OZ9A 2RF1A 2AL5A 2GFEA 3PPOA 2XXXA 5TP9A 3UIFA 1L5TA 5KCJB 3PPQA 3FV1A 3H03A 3FVGA 4KFQA 5H8FB 1M5CA 2UVIA 1XC1A 2PBWA 2PT1A 4QFKA 1SYHA 1SI1A 4ZZEA 1B05A 5FHNA 4ZEKA 1B4ZA 5B7DA 3SEYA 3PUXE 3O2AA 4H5GA 4DDDA 3KSXA 3VXCA 5JK4A 4UACA 3I3VA 2QPQA 2XXHA 4RA1A 2NWJA 3TODA 5ITPA 4MFIA 3FUZA 3PMVA 1OLCA 1UTHA 2KLFA 3GXAA 4PE5B 3OENA 1WVJA 2I48A 5CBRA 3QSLA 3LBSA 4ZEFA 1UIUA 3BFTA 3EHUA 3TQLA 4X1BA 4IO4A 4NE4A 4GFRA 1RYOA 4DLDA 3FZVA 2OZZA 4K3FA 2VGQA 1Y3QA 5KDTA 2ABHA 5DVIA 1YAEA 4U4SA 1TT1A 3MC2A 3IX1A 3QK6A 3MUQA 1GV8A 3O97A 4H8JA 5I56B 2QRYA 4ND9A 3BKIB 3O9PA 4F1UA 3RQTA 1FQCA 4HTGA 2QS4A 1IZ1A 1IIWA 3VVEA 2I3WA 4F2OA 2XXPA 3E4RA 3KOTA 3KZGA 1R1NA 4I62A 1SYIA 3MVZA 5FHMA 2OLBA 4ELRA 3OO9A 1A8EA 3MVYA 2OBGA 1ZMGA 4BDMA 4DE8A 2DWJA 3N5LA 4U23A 1URGA 3CG1A 1B32A 3FXRA 3C31A 1MM7A 4GIZA 3CIJA 4OESA 4KI0E 5AA1A 4ZECA 4GL8A 3HV1A 4R9FA 3H6TA 4OQOA 2QL3A 4JWOA 3DP4A 3U8QA 3FXUA 1N0TA 1LFIA 2ANJA 3O66A 3TDJA 4ZZAA 3DELB 3PUZE 3IJOB 5HM4B 1NNKA 3S9LC 4U4XA 1JW4A 2GHAA 3ZKLA 3QIMA 1B52A 3FJ7A 3GLBA 3KN7A 3PMWA 1IEJA 3K1PA 1DOTA 4KCDA 3DP8A 4NF4A 2HZKA 1I6AA 1OVTA 2O7IA 2DWHA 3KN8A 3KEIA 1URSA 2H25A 1H45A 3E13X 4QSEA 5TP9B 1SW4A 1NH7A 1F9BA 2V3TA 3EQ1A 2H98A 3V5AA 5AE4A 5H8QB 1SI0A 4OHNA 1Y1ZA 1GR2A 3W9WA 1D3KA 1B58A 4YKKA 2QS3A 3UA8A 5I84A 1I6QA 2THIA 4EF2A 3LSWA 4NF5B 4IB2A 1USYE 2O69A 3TPAA 3EF7A 1IXCA 4HS7A 3A3CA 2AIXA 4XKRA 2I4BA 5I2NA 1Y20A 4HCYA 1UTHB 5H8SA 3H7MA 1CB6A 1AIVA 1MPBA 1ZU0A 3FGSA 4IGRA 1H76A 3K6VA 1JNFA 3HHGA 4XKPA 5CI5A 3TTRA 2DWIA 4AB6A 5L9SA 3HN0A 5BWJA 5IKBA 1B1XA 1SW1A 1N7WA 3H6VA 3KG2A 5KDTB 3IK6B 4DIGA 2NUVA 2R71A 3B6TA 4TQUQ 2M8CA 2A5TA 3ECRA 2Q8JA 1DMBA 1NNTA 3HHFA 1MG1A 1B3LA 4Q30B 3TUSA 4E0XA 2V84A 4EDPA 1EZ9A 3O6IA 4OFJA 3TTNA 3ONMA 5EHSA 3L6GA 3B6WA 5DEXA 1CE2A 1XT8A 2F78A 1FCKA 3RGYA 4E0WA 3I5OA 4BDNA 3OO6A 1MXWA 4OEUA 2B3BA 5H8HA 3Q25A 4YU0A 3HSTA 1LCFA 3VFJA 1A7LA 1B3FA 4OMBA 3SERA 1JVXA 4C0RA 5B70A 3IR1A 3HPIA 4H6DA 3RT8A 4ECFA 3CFZA 4THIA 3OSRA 2F97A 4LZ5A 3IB1A 4KYSA 3K00A 3O6HA 4NF4B 1LFHA 1JEVA 4JDFA 2RC8A 3FV2A 3Q28A 2DE3A 1UTBB 1XS5A 2ZNTA 5EHMA 2PT2A 4QFLA 5I2KA 4FIMA 2DWAA 3K6WA 3MZBA 3FJGA 4NF6A 3VVDA 2ZYMA 2UVHA 4PFTA 2F7CA 1LBCA 1LBBA 3H06B 1DPEA 2OWSA 1NFTA 3PUWE 2Z23A 3MWBA 4F3BA 4R9GA 3PD9A 3W15C 3DP6A 2Y7PA 3PD8A 5TPAA 4GVOA 4IY6A 2YLNA 4WKMA 4R75A 4ESWA 3H6UA 1KWHA 3CVGA 3GBAA 2Z8DA 3OSQA 1FQFA 2I0BA 3MPLA 5I2NB 3VDFA 1WODA 3WAFA 3O29A 4G68A 1B0LA 1MM6A 5CMMA 3SEVA 4DXBA 1Y4TA 2OWTA 4XTCQ 4U21A 1Q1KA 3TZAA 2H99A 3K2DA 4KYEA 5I57A 3SETA 1PBPA 1FTMA 3R6UA 3H4ZA 2VOZA 1P1UA 1QJMA 3FIRA 3O28A 3SESA 3TYHA 1ZJLA 3MP6A 2RCBA 3USDA 4QFPA 4R73A 5ICTA 2A5TB 2Q88A 1HSLA 4ZEDA 4FJPA 3VV5A 3MVXA 5F1QA 4JWXA 1EZPA 2VP1A 1LFGA 2DP8A 1MDP1 3DLNA 3CR9A 4MF3A 4Z7EA 2PMSA 4R74A 3TCHA 5DEXB 2HZLA 2ZMBA 2DE2A 1B3EA 1RKMA 1BLFA 2NVUB 1M5EA 3TTKA 1II5A 2F7AA 1SQYA 3LSFB 3WAEA 4OVJA 4XKQA 5H8HB 4H1XA 2ZNUA 1SW2A 3H3GA 5DYHA 1SW5A 3QAXA 4R6YA 4IO3A 2O6AA 4F3PA 4F19A 1MQGA 1IUDA 1LAFE 4ELQA 3K0VA 1PB7A 4DCXA 3IJXB 1M5BA 5K2YA 4P0GA 1P1WA 3G3JA 2XXUA 4YKIA 4OENA 1SVXB 2XXRA 4WXJA 3AXFA 3UGWA 5AA3A 1H44A 2H5YA 2Q2CA 1PC3A 3IO4A 4IO2A 4ISUA 1ZKBA 2BJJX 4ESXA 4JSDA 3FVOA 3LSXA 3RLFE 4EQ7A 5I2KB 4FORA 1A99A 1MY3A 3PGFA 1VR5A 5IAIA 4FEBA 4NF6B 4N13A 1MY4A 1DSNA 1POY1 4M4GA 4G4PA 5AA2D 3MAMA 2ZYNA 5AA4A 4LZ8A 1B5IA 4FE8A 4R72A 4F18A 4KCCA 4BDQA 4R6KA 1MQIA 3QXMA 2WKYA 2F7BA 5J1DA 4R6HA 1B4HA 4QFNA 3TKDA 5KZTA 1FTJA 3E9XA 1MDQA 2V93A 2Q2AA 1HSJA 4G68B 4GD5A 4Q0CA 4ELPA 3MW0A 2HAVA 2DVCA 3PV0E 4RYAA 4QF9A 2VHAA 3GZGA 3IO6A 2Y7WA 2FNCA 4G77A 5FTHA 1LAGE 3RN8A 4FEDA 1BIYA 3A3UA 4P11A 3CSGA 3C32A 1XHYA 2F6GA 3QUJA 5AA2A 4U1ZA 2DOJA 3VLWA 3FVNA 4O3AA 1B46A 2GRVA 1H43A 1GVCA 5ELVA 4BDRA 1N7XA 3D4CA 2CMOA 2YJPA 2W7YA 3IOVA 5I59A 5M2VA 2Y7KA 2XD3A 2D3IA 5H8NA 1XVYA 2RC9A 5DVJA 1TFAA 1FTOA 3KSJA 1XOCA 1NNPA 3IAZA 3ODBA 3C36A 2I3VA 4F29A 1MH4A 2X26A 4PQJA 1B6HA 4RK9A 4YAHX 4BDOA 1VFEA 4PETA 3OELA 4QHQA 1MQDA 3BFUA 2QMWA 2UVJA 4F3GA 2O84X 5FHOA 1EU8A 4PFWA 3E3KA 1B51A 1NMUA 2DXYA 1LLSA 4AQ4A 2X7QA 5DT6A 1URDA 1B7ZA 1P1OA 1FQAA 1NH8A 4YZZA 3SEXA 1FTLA 4LQ5A 2P1SA 4YB7A 3D4GA 2QS1A 2PVUA 3Q26A 1LB9A 1B9JA 3CFLA 1USYH 3DM0A 2ONKE 4RPOA 1B0HA 2ZXTA 3G3FA 3Q27A 1N3WA 2UYEA 1MRPA 4KD5A 4U2RA 2B3FA 1D9YA 3OD7A 3VXBA 3T93B 4JBZA 2GHBA 5HBCA 4GL0A 4KHZE 4F22A 3G3HA 4Z0IA 1B40A 1GGGA 1N76A 2XD2A 2G29A 1LAXA 3M8UA 2XXQA 3PMXA 3S2VA 2PX1A 4EQ9A 2V3UA 2XXYA 3PUYE 4EF1A 2PYYA 3PPPA 1P1QA 1AL3A 4OFLA 5FTIA 3R26A 4OFOA 5CMKA 2V3QA 4RPNA 2P2AA 4P0IA 2RCAA 3PPRA 2DE4A 4GXSB 4WEPA 4G2ZA 3O6GA 1SBPA 1YTVA 3VE1B 2OCUA 4OERA 5L9MA 5TU0A 4U22A 2ONSA 3ZKKA 1J1NA 4C1UA 4MBPA 2O1LA 3RTFB 3QYTA 3S4UA 5ISUA 4GRKA 1OIBA 1QUIA 3KBRA 3KGCA 2I58A 4IO5A 3TCFA 3JZJA 2REJA 2ZNSA 2Z8FA 5AA2B 4OXVA 1OMPA 4JWYA 3V83A 4R2BA 4X1DA 3MJNA 1N04A 1YPNA 3SEWA 5I59B 4LQ2A 2DYXA 3MZ9A 3W9VA 2A5SA 5H8NB 1MS7A 1H3DA 1POTA 3T9XB 2DS9A 2OJTA 2O51A 4DXUA 3TCGA 4IO7A 3B6QA 3MVWA 2UVGA 4OEVA 5I56A 3EHSA 4XKNA 1ANFA 1QUKA 3C9HA 2XXVA 2UYFA 1A8FA 5CC2A 4LONB 4X9TA 5I58A 3EPEA 1PDAA 4L17A 4FAJA 1IITA 3S9NC 5JTYA 4GWOA 3FJMA 5LOMA 1DPPA 2RINA 4F31B 1A55A 3OO8A 5A5XA 3R7XA 2R9JA 3RUMA 3T96B 1BTJA 3M3FA 3MP8A 3TFLA 1M5DA 1Y1MA 4TOZA 1AH5A 2ZYOA 3EHTA 3T22A 1LAHE 1TXFA 1QULA 3PPNA 2AL4A 1YCJA 3N6TA 2ESNA 4BDLA 3U94A 3SEUA 1D4NA 4JXIA 2HEUA 4HW8A 2OK2A 2ZYKA 1PEBA 4DZ1A 2ONRA 4I8CA 4XXUA 4H65A 1ATGA 1OLAA 1US5A 3OXNA 2FA7A 1BP5A 4IY5A 2IA4A 5H8QA 4EUOA 2CZLA 3KFMA 5CM6A 1P99A 3PUVE 1EH3A 2I6EA 4Q5TA 3HO7A 4LATA 3ZSFA 4NF5A 1QVSA 2I0CA 3I6VA 4M1VA 2QJEA 3SDFA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4U1OA 4EXLA 3S9MC 4LA9A 1NL5A 4NEDA 3OMBA 4AS5A 3KC1A 2GQ1A 4I3EA 3U1OA 1TWYA 4DXCA 1MH3A 1MPCA 4AB5A 1UIVA 5L9OA 1QW0A 1AOVA 4ELOA 4MNIA 3TAJA 3EKIA 2F8DA 5EYFA 2XX9A 3VLUA 2QSXA 1Y4CA 1ELJA 4MX6A 3FD3A 2Q89A 3C33A 4PFIA 4DCYA 1S7YA 4Q8RA 1B3HA 3T66A 1FBHA 1B5HA 1QKBA 1R9QA 1AMFA 4NTLA 4P56A 4RXLA 3MP1A 4PFBA 4PP0A 3U93A 1I69A 4RNSA 4YMBA 4TLLB 4MCOA 4POXA 1QGXA 3M3LA 4G8MA 1N84A 4NX1A 1MXZA 3THIA 1I6BA 4ZS9A 4ZEBA 1NKXA 1DTZA 2NOOA 5TPAB 4JB7A 5BUUA 4RK2A 3F11A 3RPWA 2ZZWA 4ZEIA 1JW5A 1FJ9A 4G8HA 1RYXA 3KN3A 4O3BA 1RDZA 3JV9A 4GQOA 5I58B 1MY1A 4ZE9A 3M3KA 1HSEA 3CI8A 3CRBA 4LUBA 1Y3PA 4RJZA 3CHGA 4PFRA 1B7UA 2HXWA 2OX3A 3LC8A 4YICA 4NHBA 1NV6A 1B1HA 4QFOA 4MLQA 1RDXA 5JTYB 3S9EA 1Y9UA 1FBGA 3OO7A 1FPEA 5A5XB 5L8DA 4LVQA 4N8GA 3QUFA 3K6UA 4LZ7A 3K6XA 1FQDA 1PB8A 2Y84A 3MZ1A 3N94A 5I57B 4OANA 2NXOA 1VDWA 4H5FA 3FVKA 3KOSA 1MY0A 3BBRA 1DTGA 3V8XB 3KC0A 3IORA 1FW0A 2Z8EA 1FBCA 4X48A 1IMFA 2FVZA 2DVZA 2VD3A 5CBSA 3H6WA 4R2FA 4NF0A 3HCQA 4OTEA 3IOUA 1IMEA 2F35A 2XHDA 1DK4A 2RKMA 2XX8A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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