3K4UA

Crystal structure of putative binding component of abc transporter from wolinella succinogenes dsm 1740 complexed with lysine
Total Genus 65
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
65
sequence length
233
structure length
233
Chain Sequence
LRGELRVGLEPGYLPFEMKDKKGNVIGFDVDLAREMAKAMGVKLKLVPTSWDGLIPGLVTEKFDIIISGMTISQERNLRVNFVEPYIVVGQSLLVKKGLEKGVKSYKDLDKPELTLVTKFGVSAEYAAKRLFKNAKLKTYDTEAEAVQEVLNGKADMFIFDLPFNVAFMAQKGQGYLVHLDTSLTYEPLGWAIKKGDPDFLNWLNHFLAQIKHDGSYDELYERWFVDTKWLEK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title CRYSTAL STRUCTURE OF putative binding component of ABC transporter from Wolinella succinogenes DSM 1740 complexed with lysine
rcsb
molecule tags Transport protein
source organism Wolinella succinogenes
molecule keywords BINDING COMPONENT OF ABC TRANSPORTER
total genus 65
structure length 233
sequence length 233
chains with identical sequence B, C, D, E, F
ec nomenclature
pdb deposition date 2009-10-06

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00497 SBP_bac_3 Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 3
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3k4uA01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3k4uA02
5DTBA 1R6ZA 1O64A 2UYEA 2A5TB 2P0SA 3UA8A 1NNKA 4LQ2A 3H4ZA 3KG2A 4O3AA 1FQFA 5AA4B 4PP0A 3CFXA 3SDFA 1A40A 2NOOA 4RA1A 1VE4A 5HBCA 3E4RA 3T9XB 3EQ1A 3SESA 3GZGA 4O3CA 3Q27A 5JEIA 3C32A 1GVCA 4NE4A 1MY2A 1FTKA 2I58A 5I58A 5L8DA 3FUZA 4RYAA 2DQVA 2PBWA 5DYHA 1US4A 2OBGA 4LONB 4H5GA 4PFYA 1IXCA 4FORA 2DWAA 3HPIA 4EF2A 1SW1A 1LSTA 2I3VA 2ZMBA 2XXPA 5I2KA 3OSRA 2O7IA 4KQPA 4EUOA 1IXGA 1D9VA 2DVZA 4TQUQ 1LBCA 1B58A 4O3BA 4H1XA 1LGBC 2ABHA 5A5XB 1B6HA 4RNSA 1N04A 2I4CA 4QSEA 4GD5A 3TCFA 3KSJA 2DS9A 2YJPA 4KI0E 3S9MC 1S50A 2OZZA 1B3EA 2F5XA 4OEVA 2XX9A 3MJNA 4F3PA 2PT2A 4YB7A 3C9HA 1YAEA 4OENA 3G3JA 1QUIA 5DT6A 4PFWA 1EU8A 2BJJX 3RN8A 5J1DA 2XXQA 3TTLA 3RNNA 1MQJA 1I6AA 4NEDA 2E1SA 1LFIA 2F36A 3A3UA 2QS1A 1F9BA 3R7XA 3PUXE 2QMWA 3S2VA 3IOTA 4G68C 1WODA 4NWDA 2HXWA 3PV0E 1VFEA 1OQHA 2RKMA 4EDPA 1FTMA 2AL5A 2O1MA 2XXIA 3OMBA 2RC8A 1NKXA 1B1HA 4U1ZA 2FA7A 1PB7A 4ELPA 1TFAA 2D21A 2UVGA 1Y4TA 3ECRA 3FJMA 4ZZAA 3S9NC 5LOMA 4G68A 2Z8DA 5I2KB 1RYOA 3DLNA 1A54A 3MC2A 2RINA 1UTBA 3ILTB 3I6VA 1TT1A 1USYE 3KEIA 2F6GA 4QFPA 3CR9A 2I48A 1IZ1A 2PMSA 4DXBA 2QS4A 2OWTA 5HM4B 1B3FA 2W7YA 3MZ9A 1ZIUA 3PPNA 4EQ9A 1FQEA 5L9OA 4JB7A 3EHTA 2IA4A 3N6TA 3GBAA 1YCJA 5CMBA 4XXUA 2VD3A 4YU0A 4GRKA 1H76A 1QKBA 1ATGA 4ZE8A 4DCYA 3VXCA 3EHSA 5HPQA 3EHUA 2REGA 1HSJA 3LSFB 4POWA 4P0GA 3DP8A 3T66A 1A8EA 3MZ1A 5AA2D 4N13A 3U1OA 1O7TA 3T9HB 1I6QA 3T9UA 4K3FA 3CFZA 3VVDA 4ONYA 3W15C 2O1LA 3FV2A 1DMBA 3W9VA 1FTJA 1MDP1 2WKYA 1II5A 1M5BA 1B51A 4F31B 4FJPA 2QS2A 2G29A 2F34A 1IUDA 4F1YA 3S9EA 3CSBA 5L9SA 2F7AA 1JETA 1GR2A 4KR5A 1AH5A 4DIGA 4WEPA 3CSGA 2XHDA 2REJA 1QW0A 2PT1A 2PVUA 2DE4A 2ZNTA 4G2ZA 4G68B 3B6QA 1MXVA 1UTBB 2AIXA 4F3SA 3FVGA 4OEUA 2ESNA 3CVGA 3OXNA 1B2HA 4Z0IA 2FNCA 5KDTA 5B70A 2ZNSA 2F97A 3ONMA 4JXIA 3VLWA 3M3FA 1URDA 4GIZA 4KYEA 1URSA 1DPPA 1CB6A 1PEBA 3HO7A 3B6TA 4BDLA 4U22A 3V89B 1TWYA 3VFJA 3TQLA 3DELB 1P1OA 3PUZE 1B4ZA 4P0IA 2FYIA 4RJZA 2DE3A 4F22A 1R9LA 5IKBA 2ZXTA 3OSQA 4P11A 3O6GA 1BP5A 3B6WA 3RGYA 1HSLA 3FATA 3T96B 2Y7PA 3OEKA 5JK4A 1JQFA 1NNPA 4L17A 5CM6A 4JWXA 2Z8EA 5K2XA 3E3KA 4PFUA 1MG1A 4Z7EA 1NH7A 3UGWA 4QRZA 1B0HA 2V25A 1AMFA 2UVHA 4XKPA 2I3WA 5I2NA 5I59A 3MP8A 5CMKA 1N84A 1R1NA 3VVEA 2VHAA 5H8HA 1PDAA 1DPEA 2RC9A 1ZTYA 3EF7A 4FAJA 1GV8A 5L9MA 2A5TA 3QUJA 2YLNA 5KDTB 3N6UA 2O6AA 4Q30B 1QUJA 5TU0A 4R2BA 4KCCA 1JEVA 4H8JA 2DSFA 3H6VA 3FVNA 4OYVA 3KJTA 5H8FA 3DP4A 1MXUA 3G3GA 2H5YA 4YB5A 3PMXA 1YPNA 2CZLA 1ZLQA 2Y7IA 4NF8A 2F78A 3VE1B 2DWIA 1MXXA 4BDRA 3MP1A 4PQJA 1D9YA 4XKRA 3QIMA 3SKPA 2O7UA 2QL3A 4NF4A 4X48A 3KN7A 3VV5A 3TYHA 3UN6A 3ILUB 3ZSFA 3M3LA 4R72A 2ZNUA 4G77A 4BDNA 3FIRA 5CMMA 3TFLA 1MQHA 3OO7A 5I2NB 5I59B 3BFTA 2UVJA 2G93A 3RUMA 3KOSA 3C31A 1NFTA 4GF8A 3Q28A 3V83A 2RC7A 4YICA 5H8HB 1GTKA 2NUVA 2ONSA 4C0RA 5ISUA 5EHSA 3UORA 1B7ZA 1MDQA 4KPTA 1EZOA 3TDJA 1NL5A 1FCKA 2UYFA 3FVKA 3G3IA 1P1NA 4TOZA 1Y1ZA 5DVJA 1SYHA 1SI1A 5H8FB 2HEUA 2HZLA 1B0LA 2XXWA 4NF8B 3SERA 3TTNA 4OERA 4R6HA 1MQGA 3RTWB 1Y3PA 2AL4A 4ZEKA 4ESXA 2I4BA 5I57A 4NF4B 1O63A 3TPAA 2NXOA 4R73A 3MWBA 2XX8A 3IJOB 1TXFA 1LCTA 1RYXA 3IO6A 1MH3A 1N3WA 1H45A 5CC2A 1BKAA 5CMCA 4EXKA 4MH5A 3PGFA 4IO5A 3E13X 1AL3A 3L6HA 1USYH 3PPQA 4ISUA 4QFNA 4GL0A 5KZTA 4MFIA 4LUBA 4U2RA 4QSDA 3IORA 2HAVA 5EYFA 4PETA 3K1NA 4IB2A 5ITOA 1HSEA 3IR1A 4F2QA 5FTHA 3OEMA 3SEWA 3G3KA 1XS5A 2Q88A 4I8CA 4IO7A 3TCHA 4R9FA 4LA9A 1MM6A 3WAFA 2XXVA 2D3IA 2PYYA 3IB2A 4GVOA 1DTGA 3PPOA 1QJMA 4IO6A 2CMOA 1FTOA 4R6YA 3MBPA 4OXVA 3LBSA 2B65A 2R6GE 4IGTA 5BWJA 1MPCA 5JTYA 5I57B 3TTRA 2Y7WA 1ANFA 2H25A 4H8IA 3K6XA 1FTLA 3LSWA 4GFRA 2QMXA 1JW4A 5IAIA 2V93A 3KFMA 2Y84A 3IO4A 5I56A 4IY6A 4YMAA 3O28A 1I6BA 1LB8A 1SDXA 3M3KA 2I49A 1MXZA 1ZU0A 1UQWA 1OLAA 1S9TA 1B1XA 2V3TA 3H6TA 3V8XB 5F1QA 4FECA 1LFHA 2RF1A 1UTHA 2GH9A 5CBRA 2RCBA 3OELA 4OQOA 1XT8A 4QSCA 1IQ7A 5H8SA 3G3FA 2V3QA 3QSLA 3C33A 4JSOA 4LZ5A 1CE2A 3OO9A 4R74A 1LAGE 3U92A 3O2AA 2M8CA 4OFLA 2XXTA 2R9JA 3RQTA 2NWJA 1LCFA 3MAMA 1N7XA 4IGRA 3TTMA 4NF6A 4BDQA 1Q35A 3TQWA 4AB6A 3ODBA 3WAEA 4KYDA 2ONRA 1H43A 3PUYE 1KWHA 3RT6B 3RTFB 1N0TA 3TEPA 1JW5A 2OWSA 1B9JA 1M5DA 2VOZA 4H65A 4R2FA 4XKQA 4F2OA 5JTYB 2H9BA 1JEUA 1EZ9A 3CI8A 4ZS9A 3C34A 1B3LA 3MZBA 4Q0CA 1B46A 4YMBA 5I56B 2UXAA 1P1QA 1LBBA 1URGA 1ELJA 1B3HA 2HAUA 4RY1A 3KN8A 4F3GA 3E9XA 3OOAA 1OIBA 3O97A 4UA8A 1MQDA 2ALUA 5AE4A 3EPEA 2OLBA 5K2YA 2GRVA 1SYIA 2I6EA 3EN3A 5TPAA 3SEYA 3T9VA 1PBPA 4GWOA 2OK2A 4THIA 4DDDA 4XTCQ 3KGCA 4I62A 1QULA 3U93A 4U23A 1BTJA 1UTHB 1H44A 5TP9B 1US5A 3MPLA 2OCUA 4N6PA 1DOTA 2Q9TA 1ZJLA 1ZBMA 3IL1B 4LZ8A 4GXAA 4JWOA 5FHNA 1FQDA 4G8NA 3UK4A 4PFTA 4EQBA 1D4NA 4DE8A 5ICQA 3PMWA 5FHMA 5DEXA 2QPQA 4NF6B 2P2AA 4ZEBA 4OHNA 2ZYNA 3GLBA 5ELVA 5DVFA 2IEEA 2E0SA 4GQOA 3LUYA 3MVZA 4OMBA 1XC1A 3K1PA 3IB1A 1NNFA 4OVJA 3RLFE 1PB8A 3HHFA 3TELA 4H0WA 4ZZEA 3SEUA 4FE8A 3PPPA 2OJTA 4OFJA 4QFLA 4LZ7A 4DLDA 2Q8JA 2XXRA 1OVBA 4F3BA 4QFKA 3W9WA 1A8FA 2X7QA 4IY5A 3FGSA 1LAFE 1LAHE 4ELOA 4H67A 5TPAB 2VP1A 1LFGA 4X1BA 2B3FA 1PC3A 4WXJA 4G8HA 2AYSA 4IO3A 3MQ9A 3U72A 2F6PA 4QHQA 3RY3A 5AA1A 3QK6A 1LAXA 3RT8A 3IOUA 1IXHA 4FIMA 3FV1A 1Z7ME 3TCGA 3SEVA 4DXUA 4WKMA 4HCYA 4EQ7A 2H4IA 1XHYA 3LSLA 4ZE9A 5DEXB 3ZKKA 1FQAA 3VLUA 1M5CA 2VGQA 4ZEFA 1B7UA 4NWCA 4KYSA 3KN3A 3UIFA 4HS7A 3H06B 5CRYA 4UACA 1SVXB 2ONKE 2QS3A 1QKAA 3C36A 3A09A 5EHMA 1NH8A 1T0KA 1PB9A 3S9LC 1FQBA 4E0WA 3PD8A 2O51A 3IAZA 3PU5A 4R6KA 3JYRA 2Z23A 2A5SA 1IXIA 3ZKLA 4RK9A 4OTEA 3VDFA 4OETA 3KJ7A 3PD9A 3FASA 4DZ1A 4E0XA 1P99A 1WDNA 1YTVA 3K6VA 3L6GA 4OWDA 3CG1A 4OZ9A 4JBZA 4M1VA 3THIA 2F7CA 3N94A 3K00A 3C35A 2QRYA 5AA2A 2YPNA 3MW0A 3K2DA 3PPRA 3BFUA 3OO8A 4RPNA 3MUQA 3H7MA 1N3XA 5I84A 2HFBA 1VFDA 4F19A 1R9QA 1B32A 1XVYA 3B7DA 2F7BA 4LP2B 3K4UA 1Y20A 1JVYA 4RPOA 4HW8A 1BIYA 1RKMA 1IITA 3OO6A 2XXUA 3H6UA 3IJXB 2XD2A 1EZPA 2DWJA 4YB6A 4YKIA 4XKNA 3OENA 3K02A 2I0CA 4I9DA 5ITPA 1OLCA 1TFDA 1B5HA 4H5FA 4HCWA 2ZYKA 4MBPA 4KCDA 3FXUA 1IIWA 3O6HA 1XVXA 4MLVA 2O68A 3U94A 1QVSA 2DP8A 2Q2CA 1NMUA 4XIGQ 3H6WA 3N5LA 1H3DA 3F11A 4JSDA 4ECFA 2Y7RA 4MLQA 5CBSA 4KHZE 4RK2A 3QAXA 4KFQA 1OVTA 1MXYA 4GOTA 1XOCA 4WEDA 4U21A 1ZMGA 2V3UA 5AA2B 3MPKA 1QUKA 4Q8RA 5I58B 3D4GA 2VD2A 4C1UA 3JV9A 4F29A 3IB0A 5H8NA 4BDOA 3R26A 3P7IA 3MP6A 3GXAA 3ZS6A 5BUUA 3I3VA 1DTZA 4YAHX 4YZZA 2ZYOA 1OQGA 4DXCA 4BDMA 3CRBA 1UIVA 3HV1A 3RPWA 4X9TA 3OD7A 1IEJA 4JDFA 3KOTA 2I0BA 2RCAA 3SETA 3G7WA 3QYTA 1POY1 4OFOA 4OESA 4RXLA 3TTKA 5TP9A 4POXA 1SQYA 1Y3NA 3LR1A 4EXLA 4NTLA 2R71A 4NMYA 2DE2A 3K1MA 3TODA 3A3CA 1MY1A 3CG3A 1JVXA 3IK6B 3V5AA 1Y1MA 3QXMA 3TMGA 2Z22A 3TZAA 4ELQA 2UVIA 3IOWA 3CFLA 3SEXA 2X7PA 3KSXA 5ICTA 1MY4A 1FQCA 4U4SA 3USDA 1I69A 5M2VA 3PMVA 2F35A 1LLSA 4U4XA 2Y7KA 3H03A 5AA3A 3JZJA 1B05A 1B3GA 2XXXA 3KZGA 1Y3QA 3K01A 2Q2AA 4AB5A 1GGGA 4IO2A 2O84X 1JNFA 4FEBA 3HHGA 2XXHA 1J1NA 4LVQA 3FXQA 3UP9A 3G3HA 1B40A 1N7WA 1B52A 2H98A 5H8NB 4R9GA 3PUWE 1B5JA 3IOVA 1SW4A 1UIUA 1M5EA 4KD5A 2QSXA 3T22A 5F7VA 1M5FA 2KLFA 1FW0A 2DXRA 3C4MA 1MS7A 1P1WA 4DCXA 3FZVA 1MH4A 1A55A 1MM7A 1B7HA 1SI0A 4GL8A 1VSOA 4LQ5A 4ELRA 2Z8FA 1L5TA 1Y4CA 2H99A 1S7YA 3Q29A 4C1TA 3Q25A 1D3KA 3TUSA 4EF1A 1JW1A 3TKDA 2B3BA 3DM0A 3Q26A 4ZECA 3MVXA 1AOVA 2LAOA 3R6UA 4X1DA 4ZEDA 4MF3A 1VR5A 3T93B 2D5WA 3N26A 2X26A 1EH3A 4BLAA 4YKJA 1Q1KA 4ZEIA 1N76A 2GHAA 3O9PA 2XD3A 4NF5A 3TAJA 3KBRA 2NVUB 3GBBA 3K6WA 3LSXA 5KCJA 4YKKA 1SW5A 1DSNA 4AQ4A 1MPBA 1P1UA 4GXSB 2HZKA 5H8QA 1NNTA 1A99A 1BLFA 2THIA 2Q89A 4PE5B 4U1OA 3FXRA 3U8QA 3IX1A 4F1UA 3VLVA 1SW2A 1MQIA 3QUFA 3FJ7A 4G4PA 4M4GA 2HCAA 4YKPA 4F1VA 4QF9A 2DOJA 1SD3A 2ANJA 4TLLB 5CI5A 4FEDA 1Z7NE 2V84A 1A7LA 3HN0A 2O69A 1B5IA 4LATA 5AA4A 2HQ0A 3O6IA 1PBQA 1OMPA 4H6DA 1MXWA 1MPDA 2DVCA 2XXYA 3D4CA 1B4HA 1MY0A 2ZYMA 3S4UA 3FVOA 2QJEA 3K6UA 3MVYA 3FJGA 4TLMB 2P1SA 5DVIA 2DXYA 1WVJA 4ZDMA 2GFEA 3BBRA 4FATA 1MY3A 1AIVA 3LC8A 4ESWA 1Y9UA 3BKIB 3MVWA 5FTIA 2DWHA 3O29A 5B7DA 4F18A 3O66A 4HTGA 4NF5B 1SBPA 4QFOA 4JWYA 5KCJB 4R75A 5A5XA 3HSTA 4Q5TA 1POTA 3H3GA 4G8MA 2F8DA 4IO4A 4N07A 3K0VA 3AXFA 2GHBA 4GLIA 4F39A 2XX7A 5FHOA 4I1DA 4ND9A 3VXBA 3M8UA 2PX1A 3FD3A 3I5OA 3PUVE 1LB9A 5H8QB 3HCQA 3VVFA 3CIJA 3DP6A 1MRPA 1ZKBA 2DYXA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
5DTBA 1R6ZA 1O64A 2UYEA 2A5TB 2P0SA 3UA8A 1NNKA 3FBPA 4LQ2A 3H4ZA 3KG2A 4OVTA 1XI6A 1IMBA 4O3AA 1FQFA 5IZ1A 5AA4B 4PP0A 2R8TA 3CFXA 3SDFA 1A40A 2NOOA 4RA1A 1VE4A 1K9YA 5HBCA 3E4RA 3T9XB 3EQ1A 4P1EA 2OX3A 3SESA 3GZGA 4O3CA 3Q27A 3B8BA 5JEIA 3C32A 1GVCA 4NE4A 1MY2A 1FTKA 2I58A 5I58A 5L8DA 3FUZA 4RYAA 2DQVA 2PBWA 4MEVA 5DYHA 1US4A 2OBGA 4LONB 4H5GA 4PFYA 1KZ8A 2KQZA 1IXCA 4FORA 2DWAA 3HPIA 4EF2A 1SW1A 2Y5LA 1LSTA 4GX3A 2I3VA 2ZMBA 2XXPA 5I2KA 3OSRA 2O7IA 4KQPA 4EUOA 4N8GA 1IXGA 2QFLA 5ET6A 1LBXA 4PGPA 1D9VA 2DVZA 4TQUQ 1LBCA 1B58A 4O3BA 4H1XA 1LGBC 2ABHA 5A5XB 1B6HA 4RNSA 1N04A 2I4CA 4PC9A 4QSEA 4GD5A 3TCFA 3KSJA 2DS9A 2YJPA 4KI0E 1NV5A 3S9MC 1S50A 2OZZA 1B3EA 2CZIA 5A5LA 4GWWA 2F5XA 4OEVA 2XX9A 3MJNA 4F3PA 2PT2A 4YB7A 3C9HA 1YAEA 4OENA 3G3JA 4NG7A 1QUIA 5DT6A 4PFWA 1EU8A 2BJJX 3RN8A 5J1DA 4N17A 2XXQA 3TTLA 3RNNA 1MQJA 1I6AA 4NEDA 2E1SA 1LFIA 2MKZA 2F36A 3A3UA 2QS1A 1F9BA 3R7XA 3PUXE 2QMWA 3S2VA 3IOTA 4G68C 1WODA 4NWDA 2HXWA 2VPOA 3PV0E 1VFEA 1OQHA 5EYGA 2RKMA 4EDPA 1FTMA 4N91A 2AL5A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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