3K6VA

M. acetivorans molybdate-binding protein (moda) in citrate-bound open form
Total Genus 107
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
107
sequence length
312
structure length
312
Chain Sequence
EVLTVFHAGSLSVPFEELEAEFEAQHPGVDVQREAAGSAQSVRKITELGKKADVLASADYALIPSLMVPEYADWYAAFARNQMILAYTNESKYGDEINTDNWYEILRRPDVRYGFSNPNDDPAGYRSQMVTQLAESYYNDDMIYDDLMLANTGMTLTTEENGTALIHVPASEEISPNTSKIMLRSMEVELSSALETGEIDYLYIYRSVAEQHGFEYVALPPAIDLSSLEYADNYSKVQVEMVNGEVVTGSPIVYGVTIPNNAENSELATEFVALLLGETGQQIFIENGQPPIVPAIAEGKDSMPEELQALVV
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Apo and ligand-bound structures of ModA from the archaeon Methanosarcina acetivorans
pubmed doi rcsb
molecule tags Transport protein
source organism Methanosarcina acetivorans
molecule keywords Solute-binding protein MA_0280
total genus 107
structure length 312
sequence length 312
ec nomenclature
pdb deposition date 2009-10-09

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF13531 SBP_bac_11 Bacterial extracellular solute-binding protein
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3k6vA01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3k6vA02
5IKBA 4ZEKA 3U72A 3VLWA 2OK2A 2DXRA 1JW4A 2DYXA 3I5OA 4F1UA 1LSTA 1GVCA 3MQ9A 5I2NB 4NE4A 4QFNA 2OWSA 4WKMA 3USDA 2PBWA 3O97A 2DWIA 3H3GA 3IB1A 2VOZA 1FQBA 3K00A 3SKPA 3CI8A 1I6QA 2A5TA 3PD8A 5CBRA 1LLSA 3ONMA 5KDTB 4QFKA 4DZ1A 2F78A 1DMBA 5DVFA 4MFIA 3SEUA 4QSEA 2F7CA 4BDMA 3MVXA 2QMXA 5JTYA 4GWOA 2QSXA 2ZNSA 5CMCA 1FTMA 3VVEA 3K1NA 2YJPA 3HHGA 4R72A 5DYHA 3PPOA 2QS1A 1DTZA 4IO7A 4OXVA 1Q1KA 4YICA 1B1HA 1FW0A 3T96B 1B5HA 4BDLA 4H65A 3N5LA 3GXAA 4G8MA 4G77A 4QSDA 4R2FA 3IORA 5AA1A 5TP9A 2OZZA 1I69A 4NF8A 1B7ZA 3TELA 5EHMA 3DP8A 4KR5A 1LFHA 4GOTA 3QAXA 3LSFB 4YKIA 2XXPA 3TEPA 2GHAA 4H8IA 4RJZA 2Q8JA 1UTHA 1OVTA 3B6WA 1URGA 3G3FA 3T9VA 3G3KA 2HZLA 4GVOA 5A5XB 1EZ9A 5I58B 3N26A 4ZEBA 3FUZA 3R6UA 2DWHA 3PPPA 4HCWA 2ANJA 3VE1B 1OLAA 2D21A 1WODA 1KWHA 3TCGA 2AL5A 2HZKA 4FORA 1LFGA 3UP9A 1A54A 1B0HA 2ONKE 2QRYA 3VLUA 4Q30B 3UK4A 2HFBA 2Q2AA 4G68A 5I84A 3OENA 5AA4A 3O29A 4DXUA 2DS9A 1B9JA 5AE4A 2ZYOA 4NF4B 4DXCA 3UIFA 3E3KA 3LSXA 4C1TA 3C4MA 1OQHA 4TQUQ 2UVGA 3U1OA 1LCTA 4OYVA 1ZU0A 3IR1A 2XXXA 3V89B 1MQJA 1SVXB 1YPNA 3GLBA 4YAHX 4PFYA 1JW5A 1MM6A 3OMBA 4BDQA 4F19A 4XKQA 3TUSA 4JXIA 5CMMA 1M5BA 1EZOA 4ELPA 5H8NA 3OO7A 4LQ5A 4KHZE 2DWAA 5TPAA 5DTBA 2I49A 4Q8RA 3MPLA 4BDNA 4EQBA 5KCJB 1B4HA 2HQ0A 3GBBA 4H1XA 3OEMA 3MVZA 2R71A 2NWJA 3DP4A 4ZECA 3K02A 3CIJA 3MVYA 4UA8A 1I6BA 5I59A 3KOTA 4NEDA 4X9TA 3Q28A 4H6DA 4IO2A 2XX8A 5I56A 5I57A 1BKAA 3MW0A 3T66A 2XD3A 3E9XA 1B4ZA 2AIXA 1OLCA 4MF3A 5H8HA 1PBPA 4EF1A 3DP6A 2Z8FA 1B3GA 3FVKA 4OFJA 2ABHA 4BDRA 3H7MA 4EQ7A 2RC9A 2NXOA 4ELRA 4F3GA 4IO4A 5AA2D 4EUOA 3FVNA 3QUFA 5HPQA 4G68C 3KBRA 4I9DA 4F22A 2V93A 1Y4CA 2XXRA 4YB7A 2ZYNA 3N6UA 3CR9A 3U93A 5HM4B 4JSOA 4XTCQ 4X1BA 1OVBA 3HSTA 1B40A 1MXVA 2B3FA 3TTRA 4KYDA 3OO6A 3SEVA 3S9LC 4DCYA 1FTKA 4G8NA 2VP1A 4P0IA 4IO5A 4LZ5A 3IO4A 4RPNA 2F34A 1IXIA 1USYE 1P1QA 5H8SA 3K01A 2QPQA 1QKBA 5FTIA 3BFUA 1MH3A 4F39A 3FXQA 5DEXA 2Y84A 2DP8A 1BIYA 1XT8A 3H03A 3RTWB 4HW8A 3TPAA 3KEIA 5H8FB 1YAEA 3KN3A 3U8QA 2IEEA 4ZE8A 4KYSA 2RKMA 1JEVA 2V3TA 4ELQA 2O1LA 3IJOB 1IUDA 3PMXA 4MLVA 1UIUA 1QUKA 2B3BA 4JBZA 4OQOA 1IIWA 4NMYA 1A99A 4XKPA 1MS7A 4QHQA 1Y3QA 4IO3A 2O6AA 4DE8A 1CB6A 4PFUA 3TODA 3N6TA 1XVYA 1B6HA 2Y7PA 1SYHA 1AOVA 2PYYA 2RCAA 3M3KA 3B6QA 3W15C 4X48A 1B7UA 3VVDA 2IA4A 3IK6B 3TTMA 1QKAA 4IY6A 1BTJA 4LUBA 1H44A 2DWJA 5JEIA 1MH4A 1ELJA 1H45A 4ISUA 1PC3A 4PP0A 3RPWA 2R6GE 2AL4A 4F18A 4P0GA 3K6VA 1S9TA 3TDJA 3OELA 3RNNA 1A8EA 1D4NA 1MQHA 3C32A 5I2KB 1SI1A 1N04A 3ECRA 3HN0A 1NMUA 2B65A 3BFTA 4EF2A 1DPEA 1R9QA 2O69A 3K2DA 1B52A 3T22A 2YLNA 3QXMA 2M8CA 3Q27A 2Q89A 2D5WA 3F11A 2Z22A 4ESWA 1Y1ZA 4OHNA 1II5A 3N94A 4KD5A 4HCYA 1NL5A 2ONSA 4KYEA 2Z8DA 4MLQA 4XXUA 3ILUB 3RUMA 2VD2A 4OEUA 4OFOA 3I3VA 4U22A 1Q35A 3S4UA 1OIBA 3K4UA 5AA3A 1ZBMA 1P1WA 1LBCA 1AMFA 1MXWA 1B5JA 2DVCA 2UXAA 1Y9UA 3UA8A 2FA7A 3TKDA 4DXBA 3OSRA 4ZZEA 1PB9A 3TFLA 2HCAA 1XC1A 1BP5A 4RYAA 2REJA 3PD9A 1N0TA 2BJJX 4L17A 1FQDA 2X7QA 3IL1B 1A8FA 3HCQA 4E0WA 4O3BA 4NF5B 2P0SA 3U92A 2PX1A 4FEDA 5K2YA 3TCHA 3H6WA 2ZNTA 3KZGA 1URDA 4NF6B 3VFJA 5BWJA 3H6TA 4H67A 1LCFA 1AIVA 4K3FA 1ZLQA 2I6EA 1B0LA 3G3GA 3QUJA 5B70A 4HS7A 1MY4A 5IAIA 1B5IA 2HXWA 2QS3A 1P1NA 2H98A 1D9YA 5H8QA 3KJ7A 4LP2B 1N76A 3O6GA 2DE4A 1PB8A 3BBRA 3EHUA 3C35A 4OVJA 1NFTA 5B7DA 1ANFA 1SYIA 5L9MA 3O28A 4ZE9A 3IB0A 4RXLA 1A7LA 3DLNA 1MXUA 1HSLA 5I2NA 3HPIA 2F6GA 4Q5TA 1PDAA 3OOAA 4PFWA 3H4ZA 1URSA 1N84A 4XIGQ 4DLDA 3IB2A 1JQFA 1MPCA 3ILTB 1MXXA 3LC8A 3RTFB 3CG1A 3THIA 3E13X 1B46A 1B3HA 4M1VA 2NOOA 3MP8A 3RT6B 4R74A 4EXKA 4THIA 1RKMA 1MY1A 2XX9A 3KN7A 4R6HA 5KDTA 3LSWA 4GIZA 4N13A 4POWA 4PE5B 1ATGA 3MBPA 3CFXA 4OZ9A 3T93B 5CMBA 3M3LA 1VR5A 1NNKA 4ECFA 1FQCA 2F8DA 3MC2A 4JWYA 1DSNA 3FD3A 3FASA 5CC2A 2O7IA 1QJMA 1Y4TA 2I3VA 3RQTA 1M5DA 1MRPA 4YB5A 2V25A 4YB6A 5FHNA 3FZVA 4YMBA 4IO6A 4ZEDA 2G93A 2YPNA 2Z23A 1M5CA 4R2BA 4ESXA 5CI5A 3KSJA 2O1MA 3TYHA 4OENA 3RT8A 4GL8A 1JETA 4U2RA 4LVQA 4RK2A 3FVOA 1MG1A 1MQGA 1GTKA 1EU8A 1EZPA 3A3UA 1RYOA 4R9FA 5CM6A 5DVJA 4OWDA 3CSBA 1QUIA 1US4A 4EDPA 4JDFA 4GL0A 1GV8A 5A5XA 4Z0IA 2AYSA 3SEWA 5I58A 3L6HA 3T9HB 3OSQA 1XS5A 2ESNA 5ITOA 2V84A 2D3IA 3SEYA 3VLVA 4Q0CA 3TQLA 4ZDMA 3CSGA 4WEDA 5M2VA 4JWOA 1UTBB 5ICTA 3EQ1A 1R6ZA 3AXFA 4KFQA 5BUUA 2RF1A 2NVUB 3K1PA 4HTGA 3IAZA 4YKKA 4LATA 1I6AA 1QULA 5DT6A 4NF4A 3OEKA 3VDFA 3O6HA 1FQAA 3SEXA 1MY3A 5DVIA 4EXLA 4RNSA 1B3EA 1WVJA 2XXWA 5AA2B 3ODBA 3P7IA 1TWYA 3DM0A 1N7WA 4AB5A 4IGTA 4YU0A 3OXNA 1A55A 4X1DA 3TCFA 1MQIA 3U94A 3EF7A 5EHSA 4UACA 2CMOA 1LAXA 1NH8A 1YCJA 3LBSA 5CMKA 2GRVA 4OTEA 5CBSA 3FATA 2OBGA 1PB7A 4RY1A 1ZTYA 2A5SA 2XXIA 2O84X 3LR1A 4GLIA 1O63A 4IB2A 3TAJA 4RPOA 1M5FA 4GF8A 5KCJA 2P1SA 1POTA 5L8DA 1SW1A 1F9BA 2UVJA 3O9PA 1GR2A 3V8XB 1H76A 1S50A 1USYH 1XOCA 2I3WA 2P2AA 5CRYA 4NWDA 4DDDA 1TXFA 3HHFA 3W9VA 1B3LA 1MY0A 1IQ7A 4F2QA 3LUYA 4KPTA 1IZ1A 3PUWE 3MVWA 4QFLA 2A5TB 4PETA 2X26A 1YTVA 5L9OA 2VGQA 1ZMGA 1MDQA 3IOTA 3FJMA 1UIVA 4AQ4A 1ZKBA 1Y20A 2XXTA 1CE2A 3M8UA 3PPQA 3OO9A 2GFEA 3C33A 3H6UA 4F3PA 2Q9TA 4DIGA 3ZKLA 3VVFA 3MWBA 2Z8EA 2HAUA 4P11A 3WAEA 5JTYB 3K6UA 4QSCA 2LAOA 1D3KA 2Y7KA 1TFAA 3MP6A 2O68A 4JSDA 2CZLA 1PEBA 1UQWA 1MXZA 5JK4A 4ZS9A 3MJNA 2QS4A 1O7TA 2F7BA 1QW0A 3A09A 1D9VA 3FIRA 5TP9B 5J1DA 2F36A 4NF8B 2NUVA 2RC8A 1P1UA 4LQ2A 1PBQA 3O2AA 3PUYE 1FCKA 3SETA 1IXGA 4LONB 3IO6A 4OERA 2XXQA 4KQPA 4G2ZA 4NTLA 1UTHB 1LAFE 2REGA 2E0SA 2FNCA 3VV5A 3A3CA 2E1SA 2ZYMA 3CG3A 4IY5A 1O64A 5H8FA 3IX1A 1XVXA 1B2HA 1IEJA 1WDNA 3R26A 4QF9A 2OCUA 4FEBA 4JB7A 1N7XA 3MAMA 4FJPA 2ZXTA 1NNFA 2F35A 3DELB 4GRKA 5ICQA 3S9NC 1SQYA 4BLAA 4WXJA 1VSOA 4G68B 3TMGA 1B05A 5AA4B 4H5GA 1QUJA 2H5YA 3RGYA 1JEUA 2DQVA 4GXAA 4AB6A 2QS2A 3B6TA 3KFMA 4U21A 1ZIUA 4F1VA 3PUVE 2XXYA 3D4GA 5KZTA 4KCDA 1J1NA 3K6XA 4F1YA 4Z7EA 4LZ8A 3S9EA 4I1DA 2I4BA 2OJTA 3KSXA 3KOSA 2O7UA 5ELVA 2ZMBA 2H9BA 5I2KA 4GQOA 3UGWA 2H25A 3MZBA 4YMAA 1HSEA 1SD3A 2H99A 4E0XA 3Q29A 1SDXA 4R73A 3EN3A 4ZEFA 5H8NB 4ZZAA 3JZJA 4F2OA 3O66A 4JWXA 2DSFA 5TPAB 1DOTA 5EYFA 1POY1 1US5A 3HO7A 3RN8A 1BLFA 3JYRA 1JNFA 1MQDA 3PUXE 2X7PA 4KCCA 2ONRA 1NH7A 5K2XA 4KI0E 1A40A 3T9XB 4ONYA 1LGBC 3PV0E 4RA1A 1P1OA 3QSLA 3CFZA 1LAHE 4LZ7A 5I59B 2I58A 3OO8A 3H06B 1TT1A 3IOVA 4I8CA 1NKXA 1R9LA 4H8JA 4PQJA 2QL3A 3L6GA 5I56B 5I57B 1S7YA 1AL3A 3SDFA 3LSLA 4R6YA 3FV1A 1VFEA 4GD5A 3ZS6A 4LA9A 1Z7NE 4GFRA 1DPPA 4WEPA 1OQGA 1Z7ME 3KGCA 2DOJA 4NF5A 1LFIA 4O3CA 5H8HB 2Q2CA 1SW4A 1NNTA 3UORA 3MPKA 2G29A 4I62A 3TQWA 3C9HA 4ZEIA 2DE3A 3JV9A 2ZYKA 4F29A 3CVGA 4ELOA 4TLLB 3RY3A 1B51A 3C31A 1FTOA 3PGFA 4NF6A 1MXYA 3QYTA 3VXCA 1T0KA 4G8HA 1B58A 3T9UA 4N6PA 3R7XA 2ALUA 4OETA 3GBAA 4NWCA 3S2VA 4U1ZA 5ISUA 4O3AA 4GXSB 3G3IA 2PVUA 4EQ9A 3SESA 3G3HA 3RLFE 3OD7A 3Q26A 3MZ9A 2Q88A 1JVYA 3G7WA 3EHTA 2V3QA 4ND9A 2R9JA 4FECA 3PPRA 1OMPA 3KG2A 4DCXA 1RYXA 4G4PA 3I6VA 4R6KA 4TOZA 2I0CA 3O6IA 5DEXB 3TTKA 3K1MA 4F3SA 1JW1A 3PU5A 1NNPA 2F5XA 3CFLA 1B32A 3MZ1A 1MDP1 5TU0A 4U4XA 5F7VA 2XD2A 4YKPA 1Y3PA 3CRBA 3KN8A 3PUZE 3MUQA 1H3DA 5ITPA 3V83A 3K0VA 4OMBA 3UN6A 2O51A 4FE8A 4U23A 2I48A 4U4SA 2UVIA 3EHSA 1FTJA 2Y7IA 3FXRA 3PMWA 2UVHA 2PT1A 4QFPA 1AH5A 5FHOA 4YZZA 2ZNUA 3FJ7A 4N07A 3G3JA 2XXHA 1IXCA 1FQEA 1LAGE 1B3FA 3HV1A 3W9WA 4OESA 4H5FA 3E4RA 1MPDA 3Q25A 4IGRA 3M3FA 3ZSFA 2VD3A 1IXHA 4OFLA 3FGSA 2UYFA 2RCBA 4C1UA 2KLFA 2RC7A 1Y3NA 3D4CA 3KJTA 4OEVA 2GH9A 3TTNA 2OLBA 3TTLA 3VXBA 2PMSA 2DXYA 1LB8A 1VE4A 1SBPA 1SW5A 5LOMA 4C0RA 3FVGA 3TZAA 1B7HA 2HEUA 1LB9A 4U1OA 4BDOA 4F3BA 2QJEA 1B1XA 2I0BA 2WKYA 1XHYA 2UYEA 2Y7RA 3MP1A 1ZJLA 1HSJA 1EH3A 2XXVA 2I4CA 4H0WA 2DVZA 1N3XA 5HBCA 1FQFA 2XX7A 4FAJA 1IITA 5L9SA 4QFOA 2H4IA 4RK9A 3QIMA 2F6PA 1QVSA 2Y7WA 1UTBA 2RINA 3WAFA 3H6VA 1LBBA 3FXUA 3C34A 4YKJA 1SI0A 2VHAA 4FIMA 2W7YA 3SERA 2HAVA 1L5TA 2XXUA 1MY2A 1TFDA 2PT2A 5F1QA 4XKNA 1FTLA 4MH5A 1DTGA 2XHDA 3V5AA 1P99A 2F7AA 4TLMB 1JVXA 3IOUA 3GZGA 5AA2A 2FYIA 2QMWA 3QK6A 1N3WA 2V3UA 4POXA 4PFTA 4MBPA 3IJXB 3EPEA 3ZKKA 2OWTA 2F97A 1MM7A 3FJGA 4XKRA 1SW2A 4R75A 1R1NA 5FHMA 1Y1MA 4FATA 3FV2A 2GHBA 1VFDA 4R9GA 1MPBA 1GGGA 3B7DA 3BKIB 3PPNA 4M4GA 3PMVA 4F31B 3C36A 1M5EA 4QRZA 2THIA 1H43A 5H8QB 3IOWA 3K6WA 5FTHA 2DE2A 3S9MC
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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