3K6WA

Apo and ligand bound structures of moda from the archaeon methanosarcina acetivorans
Total Genus 99
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
99
sequence length
312
structure length
312
Chain Sequence
EVLTVFHAGSLSVPFEELEAEFEAQHPGVDVQREAAGSAQSVRKITELGKKADVLASADYALIPSLMVPEYADWYAAFARNQMILAYTNESKYGDEINTDNWYEILRRPDVRYGFSNPNDDPAGYRSQMVTQLAESYYNDDMIYDDLMLANTGMTLTTEENGTALIHVPASEEISPNTSKIMLRSMEVELSSALETGEIDYLYIYRSVAEQHGFEYVALPPAIDLSSLEYADNYSKVQVEMVNGEVVTGSPIVYGVTIPNNAENSELATEFVALLLGETGQQIFIENGQPPIVPAIAEGKDSMPEELQALVV
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Apo and ligand-bound structures of ModA from the archaeon Methanosarcina acetivorans
pubmed doi rcsb
molecule tags Transport protein
source organism Methanosarcina acetivorans
molecule keywords Solute-binding protein MA_0280
total genus 99
structure length 312
sequence length 312
ec nomenclature
pdb deposition date 2009-10-09

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF13531 SBP_bac_11 Bacterial extracellular solute-binding protein
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3k6wA01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3k6wA02
5DYHA 2QJEA 1B3FA 4LZ8A 5ELVA 4G68C 1OLCA 4DXBA 2RINA 3KJ7A 3H6WA 3H7MA 4F1YA 1M5EA 3VVFA 2W7YA 3IK6B 3CFLA 5JEIA 2XXPA 2DVZA 3U72A 1FTJA 3RY3A 1R9LA 1IXGA 2DE2A 3VLVA 4PFTA 3SDFA 3RQTA 3K4UA 3MJNA 2M8CA 4ZEIA 5KDTB 3CVGA 4OENA 1JQFA 3OO8A 2XXQA 3VXBA 1KWHA 3FATA 5KCJA 1PC3A 3PUXE 3TCFA 3S2VA 4F1VA 1OQGA 2QMWA 3FXQA 1NNPA 2R9JA 3CR9A 2Z8EA 4QHQA 2NWJA 4XKRA 1II5A 3ILTB 4YB5A 4F1UA 3HHGA 3Q28A 1LB8A 4MF3A 1DMBA 4KYDA 1QUIA 1OIBA 5H8HA 4GFRA 4GQOA 4O3CA 1AMFA 2O7UA 4YU0A 2DWHA 1A7LA 3MWBA 2IEEA 1R9QA 1TFDA 1OLAA 2O1MA 5AA2B 4F2QA 3Q27A 4BDMA 4ZEFA 2OLBA 3N6UA 1USYH 3MPKA 3UN6A 3MP1A 4OESA 4TLLB 3BKIB 5I57A 2DOJA 3ECRA 1LCTA 3PPPA 5ICQA 2F7CA 4LQ2A 3KJTA 4H0WA 3I3VA 4KHZE 1B40A 3PMWA 5AE4A 2H5YA 1ZMGA 5DT6A 1B3LA 3V83A 4NF6B 3HSTA 3IB2A 1MY2A 2A5SA 3OD7A 3K01A 4N6PA 1VSOA 2F7BA 3H03A 1EZ9A 4Q0CA 3PPNA 5DVJA 4XIGQ 1M5BA 3PUWE 3RTFB 3V5AA 3KN8A 3LUYA 1FQEA 5I56A 2OWSA 1AOVA 3SEYA 3MUQA 2ONSA 3H6UA 5JTYA 3O29A 4O3BA 1B7ZA 3C4MA 4YKJA 4ND9A 1JETA 4MLVA 4DZ1A 2ONRA 1Q35A 3EN3A 3KOTA 1FTOA 4FIMA 4G68B 4QF9A 3EHUA 1SW5A 3ILUB 1S7YA 1ZU0A 1O63A 2QRYA 4AQ4A 3TFLA 5TP9A 5ITPA 2I4CA 3C35A 3IO6A 2CZLA 1XT8A 3B6WA 4U2RA 3CFXA 3VDFA 4ZE9A 3MVYA 4NTLA 2DQVA 1I6BA 4LP2B 4QSDA 1H3DA 5L9SA 4ELPA 4R2BA 4L17A 3T96B 4IO2A 2Z22A 5B7DA 1N7XA 4EF1A 3M8UA 3RTWB 4Z0IA 3ZKLA 3SERA 1FW0A 1M5FA 2ZXTA 3K1PA 5H8NA 1DTGA 3CG3A 3TELA 1DPEA 1Y4CA 3G3KA 1B5IA 3TTLA 1QULA 4DCYA 3FVKA 4R9GA 2I4BA 4C0RA 1URDA 2VD3A 1WVJA 1ZLQA 3A3CA 1NL5A 1SI0A 1HSEA 4YZZA 4F3BA 4YKKA 1H43A 2H4IA 3QIMA 1TT1A 4P0GA 5I59B 4PP0A 1B32A 4R6KA 3TQWA 2Z8FA 4PFWA 3MVXA 1MXXA 4FATA 3K1NA 4PFYA 3PGFA 1B5JA 2V93A 4R6YA 3SEXA 3D4GA 2UYEA 1MY3A 3LR1A 2G93A 2HQ0A 3FIRA 3UA8A 3Q29A 5CRYA 4E0WA 4H6DA 4FJPA 1B0LA 3MZBA 4QFKA 2HAVA 3FD3A 1US5A 4F19A 4PQJA 2YPNA 4WEDA 4Q30B 3K6XA 4EQ7A 2H99A 2B3BA 3E9XA 2F6PA 3SEVA 2D21A 5DVFA 3B6QA 3SESA 1UTBB 1GV8A 5KDTA 1AH5A 4O3AA 3K6VA 4NWCA 3MQ9A 2R71A 1DPPA 1MXZA 2HZLA 2Q8JA 2HEUA 2RC8A 1N84A 4ELQA 3PV0E 4K3FA 3K0VA 3TPAA 5H8QA 4EUOA 4R73A 1TWYA 3PPRA 3RT8A 3R26A 4XKPA 2D5WA 2XXRA 3FUZA 4OEUA 4IO3A 3O2AA 1B7UA 3S9EA 4LVQA 2O84X 5AA2A 4FEDA 2Z8DA 1BKAA 2DSFA 4YICA 2E0SA 5JK4A 1ZJLA 3DLNA 2REJA 4OFLA 2O51A 2NOOA 2HFBA 4U4SA 3BFUA 4U1ZA 3TTKA 3VE1B 1B4HA 3CSGA 4NEDA 5TPAB 5HPQA 5F7VA 3IL1B 2B3FA 3UK4A 4RK2A 1Y3NA 1VFDA 4POWA 1J1NA 4KR5A 4NF6A 1XHYA 3T9HB 4JBZA 1NNTA 5HBCA 2VP1A 3DP4A 3IR1A 3KN3A 2AIXA 3IOWA 5J1DA 4F18A 4GF8A 2RC7A 4YKPA 3MW0A 3FJMA 3U94A 2I3WA 2THIA 3V89B 5EHSA 5ITOA 2F8DA 2DE4A 3EHTA 4KYSA 4R72A 3G3IA 1IZ1A 3N5LA 4KD5A 3TDJA 1MY0A 4H8JA 3K00A 1B52A 2I58A 1MPDA 3PPOA 3KOSA 4G68A 4TQUQ 3M3KA 1NMUA 3ZS6A 2ZNSA 3O6GA 4F3PA 2UYFA 3L6GA 3A3UA 2QS3A 1B1HA 2PX1A 3OO9A 1NKXA 2O69A 4UA8A 1XC1A 5ISUA 1B5HA 3KFMA 4DLDA 4IO7A 1SVXB 2NXOA 3E13X 3OMBA 1NNFA 3IORA 3U93A 3M3LA 3FVNA 4KQPA 4F3GA 5FTIA 2DXYA 1OVTA 1NFTA 2ESNA 3HN0A 1UIUA 2PMSA 3JZJA 3QXMA 4M4GA 3ODBA 5H8QB 4WEPA 4FECA 2IA4A 3EHSA 4H5GA 3O6IA 4RYAA 1B9JA 3W15C 3EPEA 1H45A 5BWJA 3DM0A 3VV5A 2VOZA 4OTEA 4YMBA 3KZGA 3ONMA 4N07A 4ZEKA 3H6VA 3LSFB 4PETA 1N0TA 4QFPA 1ELJA 1I6QA 4FORA 4NWDA 3R7XA 1B2HA 4G4PA 2V25A 2WKYA 4IB2A 4RK9A 4MH5A 5IKBA 3OSQA 3FGSA 1Y1ZA 1A8FA 1FQCA 4KYEA 5IAIA 1EZOA 1P1WA 1XVYA 2HCAA 4NF4B 1S50A 1MXYA 4XTCQ 3OXNA 4OEVA 3VLUA 2DVCA 3W9WA 3MVWA 5I59A 1FQDA 4IGRA 3HV1A 1PEBA 4H1XA 2ABHA 4LQ5A 4XKNA 3CFZA 1Y4TA 1BIYA 3QSLA 2Y7KA 2X7QA 3O97A 5DTBA 2Q2AA 3VFJA 3C33A 3QUFA 5CMCA 4ESWA 2I6EA 1B51A 2P0SA 3IJOB 4THIA 4ZDMA 3FASA 4E0XA 2XXXA 1Y3PA 4NMYA 1MQGA 5CBSA 1PDAA 2F34A 1D9YA 1LLSA 5CC2A 4KCCA 5I84A 3P7IA 5AA3A 1D3KA 3WAEA 1POTA 2DWIA 3BFTA 1UTBA 4FEBA 3JV9A 3C9HA 4ZS9A 3D4CA 1ZKBA 4U21A 1MQIA 3JYRA 1XOCA 1LAFE 4I62A 4R6HA 2BJJX 3TODA 1JNFA 5I2KB 2XXVA 1AL3A 3RPWA 1GTKA 4G8NA 4ZZEA 3CG1A 3T93B 5LOMA 3RN8A 4ELRA 4EXKA 1SD3A 1N04A 3VVEA 4OVJA 3B6TA 1BP5A 2OBGA 1D4NA 4OETA 4GOTA 1LGBC 3EQ1A 4QRZA 1P1NA 4DCXA 4YB6A 1I69A 1Y9UA 1NNKA 1SDXA 2Q2CA 3IOVA 3PU5A 4NF5B 2ANJA 1NH8A 4ECFA 4ZZAA 3TCGA 4JWYA 2F6GA 4I1DA 2Q9TA 1URGA 1N7WA 2O7IA 1SBPA 4DIGA 1XS5A 5A5XB 4MLQA 1JW1A 3SKPA 4TOZA 4DXCA 2XX9A 3TQLA 5L8DA 4G8HA 3H4ZA 3GXAA 5CI5A 3PMVA 2XXIA 3TTMA 4Z7EA 5TPAA 2P1SA 2D3IA 3BBRA 4F3SA 4LONB 4RPOA 4OHNA 2H98A 4POXA 2I0BA 4GIZA 4LUBA 4ZECA 4QFNA 4ELOA 1Y3QA 5CMBA 3RNNA 2A5TB 1URSA 4KPTA 4YAHX 1MPBA 2UXAA 2AYSA 1JVXA 2REGA 3U92A 3K6UA 4JWOA 3VVDA 4RJZA 1ZBMA 1SQYA 3KGCA 3WAFA 1D9VA 3TZAA 1SYIA 4M1VA 3HHFA 1OMPA 2ZYOA 1LBCA 1US4A 2DYXA 2I0CA 4Q8RA 4KFQA 3OEMA 1JW5A 4OQOA 3T22A 1EH3A 2GFEA 4IO6A 3PD9A 3OSRA 4X1BA 2O1LA 4FAJA 1NH7A 3FZVA 1MY4A 3GBBA 2XXYA 3IB1A 2NVUB 2Q88A 3PUVE 2FA7A 3O6HA 1M5CA 1B4ZA 5AA1A 2I49A 1MXUA 4H8IA 2F35A 2X7PA 4IO4A 1VR5A 4N13A 1BTJA 4X48A 1FTLA 4YB7A 4Q5TA 4QFOA 3FVOA 4C1TA 1T0KA 3QUJA 3LSXA 4GLIA 4TLMB 3ZKKA 4F2OA 4OWDA 1PB7A 4R9FA 4OFJA 4GWOA 2NUVA 5AA4B 2LAOA 3MBPA 3QK6A 1PBQA 2F7AA 1GVCA 1LAXA 4R74A 3MZ9A 4JSOA 1A54A 3G3HA 2Y84A 2XXWA 4F22A 2F97A 3USDA 3C36A 2YJPA 3S4UA 2FNCA 5FHMA 4NF4A 3I5OA 1MPCA 3DELB 4ISUA 2RC9A 1LAGE 4ZEDA 1A55A 5L9OA 3O28A 2UVIA 3SEUA 1Z7NE 4RPNA 2GH9A 1R1NA 4GD5A 4U1OA 1UQWA 4AB5A 1QKAA 1CE2A 1MDP1 1PB9A 1YAEA 3IX1A 3H6TA 4H5FA 1LFGA 1P1UA 4BDLA 1PBPA 4KI0E 2PT1A 4DXUA 3PMXA 4PE5B 2DWJA 5I2NB 4OXVA 3K6WA 3E3KA 1QKBA 4G2ZA 4PFUA 4LA9A 4P0IA 4JWXA 1MH4A 3K02A 1POY1 2ZYMA 5EHMA 4F39A 3S9LC 4DE8A 3CI8A 1A8EA 3ZSFA 1SI1A 3C34A 4IY5A 2Y7IA 3TMGA 3TTRA 3TTNA 1B0HA 3MZ1A 1PB8A 4IY6A 3EF7A 5H8FB 4OZ9A 4GXSB 4F29A 3IAZA 2ZNUA 2VHAA 1GR2A 5I2KA 3MP8A 1EZPA 4JDFA 1USYE 5CM6A 1A40A 1N3XA 1VFEA 2ZYNA 1H44A 1LFIA 4HW8A 3G3JA 3VXCA 1A99A 2Y7PA 1VE4A 1B58A 3R6UA 3VLWA 4JXIA 1QUKA 3KG2A 2H25A 4OFOA 2Y7WA 2KLFA 3OENA 1RYOA 4GL8A 3W9VA 4HCYA 4NF5A 3RGYA 2O6AA 2V84A 1IXHA 3N26A 5DEXB 1Y1MA 2XX8A 1MM6A 2GHAA 3OOAA 1LB9A 3KN7A 2AL4A 2V3TA 4IGTA 5A5XA 3S9MC 3IOTA 5ICTA 3I6VA 3DP6A 1Z7ME 3TYHA 5I58B 1Y20A 2GHBA 3KEIA 2QPQA 3MVZA 4NF8B 1QJMA 2Y7RA 2UVJA 4NE4A 3OO7A 2F36A 4GXAA 2QSXA 4ZEBA 2QMXA 4U22A 1RKMA 3FXUA 4LZ7A 3HO7A 4XXUA 1IUDA 2A5TA 3DP8A 3IJXB 3KSXA 4RY1A 3RUMA 1S9TA 2OZZA 5EYFA 2QS1A 1LCFA 2B65A 1QUJA 1B1XA 1QW0A 2OCUA 3CIJA 1YCJA 3B7DA 1FCKA 4P11A 1FTKA 4BDQA 3FJ7A 1MXWA 1UTHB 4WKMA 1LFHA 2R6GE 1DSNA 4GL0A 1MQJA 3PUZE 2RCBA 1FQBA 4EQ9A 3OO6A 4C1UA 1AIVA 4G8MA 1ZIUA 1OQHA 4G77A 2ZNTA 1UIVA 3UORA 4BDNA 3AXFA 5K2XA 2PYYA 1JEVA 3HPIA 4YKIA 3GBAA 4RNSA 3LSWA 4JB7A 3KSJA 3H3GA 3T9UA 4HCWA 3F11A 1LBBA 1B7HA 1O64A 5HM4B 1SW4A 3IO4A 2UVHA 5FTHA 4MFIA 2AL5A 3PD8A 5H8SA 2XX7A 3T9XB 1IIWA 1MG1A 5CBRA 4R75A 1EU8A 3UIFA 4QSEA 3MPLA 1H76A 1IEJA 4RXLA 2Z23A 1MDQA 4I8CA 2P2AA 3Q25A 2RF1A 1JW4A 2XXUA 1FQAA 2DS9A 2G29A 2YLNA 5M2VA 1WDNA 5AA4A 2PVUA 1IXIA 4XKQA 5L9MA 1SW1A 3G3GA 4AB6A 2F78A 1P1QA 4IO5A 1P1OA 4OMBA 5KCJB 3FV2A 2DE3A 3N94A 3FJGA 1N76A 1B3EA 3RLFE 2VD2A 2OWTA 4DDDA 1HSJA 5FHOA 3MAMA 1B05A 1MY1A 4EQBA 3Q26A 2PBWA 1B3GA 2RCAA 3O9PA 2QS4A 3UP9A 3SEWA 5H8HB 2Q89A 2XXHA 3H06B 3LBSA 3V8XB 2RKMA 3U1OA 3MP6A 5BUUA 3G7WA 5I2NA 4F31B 3FV1A 1F9BA 4EXLA 1ATGA 1IQ7A 2XD3A 4UACA 5TU0A 1BLFA 1N3WA 5CMMA 2ZMBA 1ZTYA 5I57B 3L6HA 1O7TA 3GLBA 3HCQA 3IOUA 4OYVA 2GRVA 1L5TA 3G3FA 2OK2A 4EDPA 5H8FA 3OEKA 3QYTA 1DOTA 3A09A 3M3FA 3OELA 2HXWA 4HTGA 1LSTA 2E1SA 3PPQA 1GGGA 1B6HA 3KBRA 1MXVA 2V3QA 3TCHA 1IITA 2I48A 2XD2A 3E4RA 2H9BA 3MC2A 4BDRA 2UVGA 1YPNA 3QAXA 1DTZA 1RYXA 1MH3A 3T66A 3K2DA 4ONYA 3CRBA 2F5XA 5I56B 4QFLA 1CB6A 4ESXA 5JTYB 5DEXA 2ALUA 1I6AA 4BDOA 4QSCA 2XXTA 2ONKE 2V3UA 1HSLA 5F1QA 5K2YA 4LATA 5AA2D 1TXFA 1ANFA 1FTMA 2VGQA 5I58A 4U23A 3PUYE 4BLAA 1MM7A 4GVOA 2I3VA 4RA1A 2PT2A 4NF8A 2QL3A 1QVSA 4I9DA 4ZE8A 5TP9B 1MQDA 3LSLA 2QS2A 3S9NC 4JSDA 4OERA 4H67A 3LC8A 1IXCA 4X1DA 2DP8A 5CMKA 2HZKA 3RT6B 3N6TA 2O68A 4R2FA 1OVBA 3UGWA 4WXJA 1B3HA 1FQFA 2ZYKA 4FE8A 5KZTA 1JVYA 1SW2A 2OJTA 3IB0A 4X9TA 3GZGA 4KCDA 3C31A 4GRKA 3TKDA 2XHDA 1MRPA 3CSBA 1MS7A 1LAHE 1UTHA 3K1MA 1WODA 3O66A 4H65A 1XVXA 4U4XA 1SYHA 3U8QA 5H8NB 2DWAA 1B46A 3T9VA 2CMOA 1R6ZA 1YTVA 4HS7A 1P99A 3TEPA 4MBPA 3FVGA 4YMAA 3C32A 3TAJA 2HAUA 5B70A 5DVIA 2X26A 2FYIA 1MQHA 2DXRA 3THIA 4LZ5A 1TFAA 3TUSA 5FHNA 1JEUA 3SETA 1M5DA 1Q1KA 3FXRA 4EF2A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
5DYHA 2QJEA 1B3FA 3BIGA 4LZ8A 5ELVA 4G68C 1OLCA 4DXBA 2RINA 3KJ7A 3H6WA 3H7MA 4F1YA 1M5EA 3VVFA 2HXRA 2W7YA 3IK6B 3CFLA 5JEIA 3ISPA 2XXPA 2DVZA 2ZZXA 3U72A 1FTJA 3RY3A 1R9LA 1IXGA 2DE2A 3VLVA 4PFTA 3SDFA 3RQTA 3K4UA 3MJNA 2M8CA 2KR0A 4ZEIA 5KDTB 3CVGA 4OENA 1JQFA 1NUZA 3OO8A 2XXQA 3VXBA 5T3JA 1KWHA 3FATA 3IFAA 5KCJA 1PC3A 1Q9DA 3PUXE 1NV4A 3TCFA 3S2VA 4F1VA 1OQGA 1FBHA 2QMWA 3FXQA 1NNPA 2R9JA 3CR9A 2Z8EA 4QHQA 2NWJA 4XKRA 1II5A 3ILTB 1YXIA 4YB5A 4F1UA 3HHGA 4MHFA 3Q28A 4IR8A 1LB8A 4MF3A 1DMBA 4PFRA 4KYDA 1QUIA 1OIBA 5H8HA 4GFRA 4GQOA 4O3CA 1AMFA 2O7UA 4YU0A 1IMDA 2DWHA 1A7LA 1FPBA 3MWBA 2IEEA 1R9QA 1TFDA 4PCDA 4HXVA 1OLAA 2O1MA 1LBXA 5AA2B 4F2QA 3Q27A 4BDMA 4ZEFA 2OLBA 3RYDA 4AS5A 3N6UA 1IMCA 4P56A 1USYH 3MPKA 3UN6A 3MP1A 4OESA 4TLLB 3BKIB 5I57A 2DOJA 3ECRA 1LCTA 3PPPA 4GWXA 2F7CA 4LQ2A 3KJTA 5ICQA 4H0WA 3I3VA 4OVTA 1NI9A 4KHZE 4OVRA 1B40A 3PMWA 5AE4A 2HPGA 2H5YA 2PCRA 4PGNA 1ZMGA 4HE2A 4OA4A 2R8TA 1B3LA 5DT6A 3V83A 4NF6B 3HSTA 3IB2A 1MY2A 2A5SA 3OD7A 3K01A 4JVCA 4N6PA 1VSOA 4XEQA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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