3L6HA

Crystal structure of lactococcal opuac in its closed-liganded conformation complexed with glycine betaine
Total Genus 85
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
85
sequence length
254
structure length
254
Chain Sequence
DKKVDLVYMNWDSEVASINVLTQAMKEHGFDVKTTALDNAVAWQTVANGQADGMVSAWLPNTHKTQWQKYGKSVDLLGPNLKGAKVGFVVPSYMNVNSIEDLTNQANKTITGIEPGAGVMAASEKTLNSYDNLKDWKLVPSSSGAMTVALGEAIKQHKDIVITGWSPHWMFNKYDLKYLADPKGTMGTSENINTIVRKGLKKENPEAYKVLDKFNWTTKDMEAVMLDIQNGKTPEEAAKNWIKDHQKEVDKWFK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Ligand binding and crystal structures of the substrate-binding domain of the ABC transporter OpuA.
pubmed doi rcsb
molecule tags Glycine betaine-binding protein
source organism Lactococcus lactis
molecule keywords Betaine ABC transporter permease and substrate binding prote
total genus 85
structure length 254
sequence length 254
ec nomenclature
pdb deposition date 2009-12-23

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF04069 OpuAC Substrate binding domain of ABC-type glycine betaine transport system
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3l6hA01
3.40.190.100 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Glycine betaine-binding periplasmic protein; domain 2 3l6hA02
1QUIA 3W9WA 4GL0A 4YZZA 4OTEA 2NOOA 1MM7A 4R2FA 4F3BA 2XX7A 3TTLA 4ZZAA 4GOTA 3MP1A 5DEXB 5ITPA 3QXMA 1AH5A 4P11A 4X1BA 1SI0A 3C35A 2XD2A 1EZOA 4OMBA 3K02A 1GVCA 2VHAA 1NNKA 3N26A 4G8NA 5DEXA 2DXRA 1JEVA 4ZEFA 2O1LA 3R6UA 1PEBA 1Y3NA 1IITA 1D9VA 4R6KA 3Q26A 1B3HA 2NVUB 4GQOA 1PB7A 4YKIA 3PUYE 5I84A 4U1ZA 4LZ8A 3K6XA 4FORA 5TU0A 3K1MA 3KBRA 2ZNSA 1R9LA 1FQBA 4RPOA 2RC8A 2XXRA 3VDFA 1FTJA 1RYXA 1II5A 3DP4A 4H8JA 4DXBA 1IQ7A 3LC8A 3G3HA 3PPQA 2I4BA 3ODBA 2Y84A 5KZTA 5ISUA 1B5IA 3ZKKA 1SW1A 2ZYMA 3MZ9A 4LZ7A 3MVWA 2ONKE 1MQIA 4G8HA 4YICA 2Q89A 3O6GA 1Y4CA 3FIRA 3SERA 4G68B 1FCKA 3OSQA 4JWOA 3B6QA 2OZZA 3OENA 1B5HA 5L8DA 4H8IA 3K2DA 5DVJA 4G68A 5FHOA 4NWDA 3TQLA 3CIJA 1MXYA 4XKRA 4MFIA 2DWAA 4U22A 4H67A 3HO7A 1MH4A 3C33A 4LA9A 2P1SA 4F1UA 1B3EA 5H8QB 1EZPA 1JNFA 1I69A 3OELA 3FXRA 4MLVA 3W9VA 1Y9UA 1A54A 2UYEA 4E0WA 3KOSA 5DVIA 3R7XA 5H8QA 1PBPA 4QFOA 1P99A 3OEKA 1UIVA 4AB6A 1F9BA 4ELQA 1QUKA 5JK4A 3OEMA 3B7DA 2UVHA 1MY2A 2I49A 1SBPA 5IKBA 3SEUA 3B6WA 4HTGA 1TXFA 1YTVA 3FUZA 2XXXA 4K3FA 3TZAA 2QMXA 4OFLA 3Q29A 3WAFA 3T66A 3VVFA 1M5CA 5H8FB 1NKXA 2I48A 4DDDA 1N0TA 3V5AA 1DTGA 1B9JA 4F18A 1I6QA 2R6GE 3GZGA 3H6TA 3K6WA 2I4CA 3BBRA 3KN3A 2OK2A 2P0SA 3CI8A 2GRVA 1IZ1A 3IO6A 3T9HB 4PETA 1ZBMA 1SDXA 2UVGA 3U8QA 2QMWA 3BFTA 2DYXA 2F7AA 2YLNA 1PBQA 5BWJA 3DP8A 5AE4A 4Q30B 2V3TA 3A3CA 2QS4A 4ECFA 3VXBA 2F7CA 3UGWA 2GHAA 2ONSA 1VFDA 3QYTA 1QKBA 2ZNTA 1XVYA 1MY3A 2ZYKA 4QFPA 2UXAA 2DWIA 1ZMGA 2VP1A 2DXYA 5K2XA 5HPQA 4IY5A 3FVNA 3VLWA 3FGSA 5I58B 3FXUA 5CM6A 5JTYB 4RJZA 4R6YA 2FA7A 1I6BA 3HHGA 4WEPA 3LSXA 4JWYA 4ISUA 1PC3A 3EQ1A 1B58A 5I58A 1USYH 5JTYA 3CFLA 1Q1KA 4R2BA 4YB5A 4QF9A 5I2KB 1Y1ZA 3ILUB 1OQGA 2PBWA 4RYAA 3N5LA 4EF1A 4TLMB 1LAXA 4PQJA 3PUZE 2I3VA 3IL1B 1D3KA 4PP0A 5I2KA 2D21A 1QVSA 4H0WA 2B3FA 3OO6A 3H7MA 1JW1A 2Y7WA 1RKMA 1MXZA 2O51A 1Y3QA 3EHSA 3UA8A 2BJJX 2H99A 3T96B 4NWCA 5F1QA 2NXOA 2V25A 3IX1A 3K00A 3V8XB 2F35A 1LAGE 4KR5A 3PPOA 2Q2CA 1DSNA 3PU5A 4O3AA 1M5FA 4QSCA 4RA1A 4WKMA 3T22A 4C1TA 4H5FA 3MPKA 4KI0E 3TEPA 1Z7ME 1SW4A 1XVXA 4E0XA 5CC2A 4JDFA 1FQFA 3O66A 3RT8A 1TWYA 4R75A 3M3FA 1JVYA 3C4MA 3SETA 3K4UA 4F3GA 3PPPA 4Z0IA 3Q25A 3PV0E 5HBCA 3JZJA 1LAHE 1B7HA 3IOTA 3BFUA 3CRBA 1B7ZA 3TTKA 3K01A 3CFZA 3V89B 4X9TA 4LUBA 3VLVA 4FEDA 3TDJA 2DOJA 1OIBA 3QIMA 3UK4A 3JV9A 4IY6A 4IGRA 4HW8A 1B32A 2FYIA 2UVIA 4FECA 4NTLA 2HXWA 4GIZA 5EHMA 1QUJA 3FJGA 1A8EA 3H03A 4NF6A 4OYVA 4RK9A 3A09A 1HSLA 4BDMA 1JETA 5I57B 3QK6A 3MAMA 1FQAA 3TTMA 1CB6A 4NE4A 2CMOA 4ELRA 4Q5TA 2QPQA 2ZYNA 3O2AA 4LONB 4QFNA 1N7XA 4QSEA 4GFRA 5I57A 1BTJA 4LZ5A 3IOVA 2HQ0A 4RNSA 4PFYA 5AA1A 4MBPA 3E3KA 4R9FA 1BP5A 1QULA 3UP9A 3UORA 4G77A 4EXKA 4DCYA 2B65A 3KJ7A 3DELB 3R26A 4TOZA 4POXA 1P1UA 3RQTA 1SVXB 1MPDA 3G3GA 1MRPA 2I0BA 2V3UA 3L6GA 1FW0A 1B4HA 2ALUA 1ANFA 1POY1 4G4PA 3KSXA 4YAHX 1GR2A 4IGTA 3N6UA 3VFJA 3ECRA 1ZTYA 2F5XA 1URGA 1ZJLA 1H45A 1LFIA 3C34A 2O6AA 4G2ZA 1SI1A 1B0LA 3TPAA 5M2VA 2DE4A 2D5WA 2Z8EA 2I6EA 3LSLA 4FAJA 3MBPA 4XIGQ 3K6UA 3TCFA 4ELPA 4Z7EA 4WXJA 2VD3A 3MPLA 1NMUA 4ELOA 3PUWE 2RCBA 4U2RA 3G3JA 4IO6A 3G3KA 2NWJA 3CSGA 4UA8A 1MXXA 3N6TA 3ZSFA 4F1YA 1MQDA 5EHSA 4FIMA 2YJPA 3V83A 1B0HA 2V3QA 1MXUA 4Q0CA 4H6DA 3SEVA 1LCTA 2Q9TA 1LB8A 4F19A 5DT6A 2NUVA 4R6HA 4LP2B 3SESA 4IO3A 4BDNA 1QW0A 1L5TA 3GBAA 4KFQA 3RUMA 1P1NA 3H6WA 1UQWA 4ZE8A 4N13A 2DSFA 3IAZA 2ESNA 5FHNA 3LSFB 2PT1A 4IO4A 5ICQA 5H8SA 3IB1A 2X7QA 1MG1A 1QJMA 3PMWA 3KFMA 4DE8A 2RKMA 1TFAA 4YB7A 1YAEA 1HSEA 3T93B 1IIWA 3CVGA 3GXAA 5L9MA 3RGYA 2H9BA 3EHUA 4OQOA 2HAUA 5FTHA 1AL3A 2V84A 1UIUA 2AL4A 1YPNA 1AOVA 3THIA 1IXHA 3TQWA 5H8HB 5ITOA 2XXYA 2Y7PA 3O29A 1ELJA 3IJOB 3PUVE 3FVKA 3MVXA 3O9PA 4HCWA 3F11A 4KPTA 3HHFA 5H8HA 4FATA 4ZDMA 2ONRA 2H98A 2RC7A 1FTOA 5HM4B 4OEUA 4ZECA 1IXIA 3T9VA 3OSRA 4JSOA 3TKDA 4OVJA 1AIVA 4NF4B 3OMBA 1A7LA 4FEBA 4XTCQ 2QJEA 1UTHB 4ZEDA 4OEVA 4RXLA 2X26A 3EN3A 2F36A 4NF4A 3OO8A 3MP6A 1UTHA 2RC9A 3CG3A 2F6PA 3TELA 2G29A 1P1OA 4QRZA 1LFHA 2Z8DA 3RT6B 4ZEKA 5ICTA 3K6VA 5B70A 1VE4A 3MZBA 1Y4TA 4F2OA 3HCQA 2GH9A 5FHMA 3VE1B 1SW2A 4X1DA 3PPRA 3KGCA 2F97A 2X7PA 1R6ZA 4AB5A 3MC2A 4NF8B 3S9EA 3TTNA 4KQPA 1B3GA 1B1HA 3WAEA 3HV1A 2A5TB 5I59A 3O6IA 4MLQA 4TQUQ 4NF8A 5K2YA 1USYE 1MDQA 2O7IA 1WVJA 4Q8RA 1DTZA 2DS9A 4GWOA 1T0KA 4ZZEA 2A5TA 2PYYA 4R72A 4OFJA 4OHNA 2CZLA 2OCUA 1YCJA 3LBSA 4H5GA 5AA4B 1DPPA 1N84A 4P0GA 4HS7A 2RF1A 4F3SA 1KWHA 4YB6A 4UACA 3FZVA 4IB2A 1ZU0A 4N07A 5AA4A 1LBCA 2W7YA 2Q2AA 2ZYOA 2ZXTA 4LQ2A 2IA4A 4O3BA 4G68C 3QSLA 1XHYA 1B4ZA 2F7BA 2ZNUA 3CR9A 3VLUA 5TP9B 3PGFA 4QFKA 4BLAA 3EPEA 4F31B 4MF3A 3I3VA 3MWBA 3U72A 5CBRA 4GVOA 1SQYA 5TP9A 1MQGA 3ONMA 3DP6A 3U93A 4I8CA 1N76A 2OBGA 3TODA 4H1XA 1CE2A 1B5JA 5DTBA 5L9OA 2H4IA 1URSA 3K0VA 1SYHA 1NNTA 1D9YA 2R9JA 3RN8A 2F78A 1M5DA 4H65A 5F7VA 3MZ1A 2HEUA 3GBBA 1XS5A 3LSWA 1SYIA 4G8MA 1I6AA 2AYSA 1MY4A 1AMFA 1HSJA 3I5OA 1B2HA 3M3LA 2B3BA 4NF6B 1B3FA 1ZIUA 3DLNA 3PD9A 3S9MC 1JW5A 3FASA 1BLFA 5CMCA 4EQBA 2HZLA 2QRYA 4YKJA 1DMBA 1PDAA 1ATGA 2XX8A 4THIA 1UTBB 3H06B 1S7YA 2XXWA 3IB2A 5H8NB 3G3FA 4PFTA 4L17A 2E0SA 1UTBA 4YU0A 1LGBC 4BDRA 5J1DA 1FQEA 1LB9A 4KYDA 2O1MA 5H8NA 1IXGA 3CFXA 3MJNA 3UIFA 1PB9A 2P2AA 3DM0A 3LUYA 1O7TA 5L9SA 4IO2A 5TPAB 1O63A 3IK6B 2G93A 2F6GA 1VSOA 2RCAA 4C0RA 1B52A 3FVGA 5TPAA 1FTMA 3RPWA 3SEXA 3FATA 2OWSA 3OOAA 4NF5B 3M8UA 3OO7A 1SD3A 3SEYA 3O6HA 3GLBA 3ZKLA 2HFBA 1N3XA 1Y3PA 5DVFA 2VD2A 3RTWB 1A8FA 1JQFA 5CMBA 4OXVA 2PMSA 3PD8A 4NF5A 3MUQA 5CMMA 4RY1A 4U4SA 4JWXA 3K1NA 2LAOA 3H3GA 1FTLA 4AQ4A 2F8DA 2Q88A 2THIA 4KD5A 1D4NA 4DXUA 2XXPA 3Q28A 3IO4A 3RTFB 3S9NC 3RNNA 4R9GA 2PX1A 3KZGA 4M4GA 1LCFA 1B51A 1TT1A 1EH3A 2DP8A 4U1OA 3U1OA 4M1VA 2XXVA 5KDTB 3ZS6A 4RK2A 4FJPA 1B7UA 4GLIA 4EDPA 1MS7A 2OLBA 1EZ9A 3BKIB 3W15C 4DXCA 1MQHA 4P0IA 3IR1A 1A55A 2UVJA 1VR5A 4JSDA 5KDTA 1MY0A 4NMYA 2GHBA 1URDA 1MH3A 4DCXA 3TUSA 2AL5A 5I2NB 3TYHA 1MXWA 3A3UA 1ZKBA 1B05A 1H44A 4U21A 4KCDA 4POWA 2R71A 4PE5B 3TMGA 1S9TA 1MM6A 5I2NA 2OJTA 1B40A 3IB0A 3OXNA 5CBSA 1XOCA 3S2VA 2Y7KA 4EQ7A 3VV5A 3IOUA 4ESWA 4PFUA 1GV8A 4IO7A 4XKQA 2WKYA 4F3PA 2ANJA 3HSTA 3VVDA 2Z22A 1H3DA 4GL8A 1BIYA 1LAFE 2I3WA 3RY3A 2XXQA 4YMAA 4YMBA 1OQHA 1JVXA 2XX9A 4PFWA 3L6HA 3E9XA 1DPEA 2FNCA 1XC1A 4ESXA 5AA2B 1LBBA 2UYFA 4DIGA 4KCCA 4QFLA 3KN7A 5CRYA 4X48A 1NNFA 4EF2A 3AXFA 3KSJA 5AA2A 4OENA 4QHQA 2GFEA 1NH8A 3PMXA 3D4CA 4EXLA 2XHDA 2OWTA 4IO5A 5LOMA 1LSTA 2Z8FA 1JW4A 2IEEA 3TAJA 2DWJA 4XXUA 4DLDA 2DVCA 3VVEA 4FE8A 2O7UA 2H5YA 2M8CA 3MVYA 3I6VA 3UN6A 1FQDA 1M5BA 1LFGA 3QUJA 2QS3A 3LR1A 1A40A 3TCGA 1GGGA 2YPNA 1O64A 4ND9A 4F2QA 3SEWA 3KJTA 2REJA 4WEDA 3Q27A 1FTKA 2DQVA 1QKAA 1PB8A 2H25A 5H8FA 3E4RA 1XT8A 4U4XA 1IUDA 2D3IA 4OETA 4BDLA 1GTKA 3S9LC 3K1PA 2ZMBA 3M3KA 2DE3A 3KEIA 4YKPA 4BDOA 1MDP1 1P1WA 2A5SA 1WDNA 3RLFE 3EF7A 3KG2A 3OO9A 3CSBA 1BKAA 5DYHA 2XXTA 5I59B 3P7IA 1TFDA 1MPCA 4O3CA 4ONYA 1A99A 1FQCA 3S4UA 3H4ZA 5A5XB 2QS1A 3VXCA 1OMPA 4OZ9A 4EQ9A 1NH7A 3FXQA 1OVBA 3O28A 5I56B 4MH5A 3T9UA 4I9DA 2XD3A 5A5XA 2O84X 3MW0A 3HPIA 4LATA 3T9XB 1MY1A 4GXAA 1JEUA 3FJMA 4QSDA 1OLAA 5I56A 4I62A 2KLFA 3E13X 2HAVA 3CG1A 2V93A 4F29A 3IJXB 3H6UA 2XXUA 1N3WA 4LQ5A 3IORA 1IEJA 4OWDA 5JEIA 1MQJA 4ZEBA 1POTA 4R73A 4F39A 1B3LA 4YKKA 2O68A 5B7DA 1P1QA 3FJ7A 5IAIA 3MVZA 3C32A 5CI5A 4OFOA 3FD3A 3USDA 2Q8JA 1VFEA 2RINA 5CMKA 1M5EA 4OESA 1N04A 3FV2A 5BUUA 1H43A 1Q35A 1B46A 2F34A 1Y1MA 5ELVA 1H76A 1US5A 4GD5A 1MPBA 4TLLB 3N94A 2VGQA 5FTIA 2Y7IA 4HCYA 1S50A 2O69A 4C1UA 3IOWA 3U92A 3TTRA 2I58A 2HZKA 2PT2A 4NEDA 4GXSB 2HCAA 5AA2D 1Z7NE 5EYFA 4EUOA 4N6PA 1Y20A 3C9HA 1B1XA 4KYSA 1R1NA 3SKPA 3H6VA 5AA3A 3OD7A 1LLSA 1NNPA 1IXCA 3FV1A 4ZS9A 4I1DA 3D4GA 4OERA 2REGA 4XKPA 5KCJB 1DOTA 2DVZA 2AIXA 1ZLQA 4KYEA 1N7WA 4U23A 4F1VA 3QAXA 3EHTA 3TCHA 3ILTB 5KCJA 1B6HA 3C31A 3JYRA 3PPNA 2XXIA 4JB7A 4XKNA 4R74A 1MXVA 3G7WA 1J1NA 3U94A 4JXIA 3HN0A 1NL5A 2VOZA 3KOTA 2QL3A 4KHZE 1R9QA 1SW5A 2QS2A 2DE2A 4RPNA 4BDQA 2Y7RA 4ZE9A 1US4A 4F22A 3C36A 3PUXE 1OLCA 1NFTA 3B6TA 3TFLA 1OVTA 2Z23A 2I0CA 2ABHA 4GF8A 3KN8A 3FVOA 1WODA 2DWHA 1RYOA 4JBZA 3SDFA 2QSXA 1EU8A 3MQ9A 3MP8A 4ZEIA 3PMVA 4GRKA 2E1SA 4LVQA 4DZ1A 2XXHA 3O97A 3G3IA 3QUFA 2PVUA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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