3MPKA

Crystal structure of bordetella pertussis bvgs periplasmic vft2 domain
Total Genus 80
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
80
sequence length
235
structure length
235
Chain Sequence
HPAYSAREQQWMADHPVVKVAVLNLFAPFTLFRTDEQFGGISAAVLQLLQLRTGLDFEIIGVDTVEELIAKLRSGEADMAGALFVNSARESFLSFSRPYVRNGMVIVTRQDPDAPVDADHLDGRTVALVRNSAAIPLLQRRYPQAKVVTADNPSEAMLMVANGQADAVVQTQISASYYVNRYFAGKLRIASALDLPPAEIALATTRGQTELMSILNKALYSISNDELASIISRWR
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Periplasmic domain of the sensor-kinase BvgS reveals a new paradigm for the Venus flytrap mechanism.
pubmed doi rcsb
molecule tags Signaling protein
source organism Bordetella pertussis
molecule keywords Virulence sensor protein bvgS
total genus 80
structure length 235
sequence length 235
ec nomenclature ec 2.7.13.3: Histidine kinase.
pdb deposition date 2010-04-27

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00497 SBP_bac_3 Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 3
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3mpkA01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3mpkA02
2HCAA 4KHZE 1I6AA 1US4A 3O6IA 4X9TA 2AYSA 5H8FA 2F7AA 4R75A 1MY1A 1USYH 1BKAA 3M3FA 3PD9A 3GBBA 2D3IA 1CB6A 1HSJA 1GGGA 2OWSA 4R72A 2LAOA 1BTJA 5DVJA 2QS1A 2O6AA 3Q27A 4PETA 1N0TA 1OLCA 4BLAA 1Y1MA 4YAHX 1DSNA 1AMFA 2DQVA 2XXWA 3VXBA 4O3AA 2DVZA 2G93A 4OQOA 2OCUA 1B5HA 3FXUA 4R73A 4WEDA 3ECRA 5K2XA 1B9JA 4H0WA 2UVHA 3LBSA 4X48A 1H43A 2I0BA 3TODA 2F78A 4DXBA 2E1SA 4OERA 3IO4A 4ZEFA 2H4IA 1Y1ZA 3VV5A 1NNFA 3HSTA 1M5FA 3QYTA 4NF6B 1JEUA 1MQHA 1UIUA 2OZZA 3ILUB 2XXTA 5EHSA 4XKPA 4E0XA 4OENA 1SI0A 1R9QA 1NKXA 4RY1A 1QW0A 4FJPA 3PPOA 5TU0A 4OHNA 4UACA 5ELVA 2F6GA 1VSOA 4YKPA 3FV2A 4BDOA 4H6DA 3KN8A 3M8UA 3W9WA 3OENA 2D5WA 5LOMA 5ICQA 2PT2A 1UTHA 4QFNA 3QK6A 2FA7A 4F19A 1MS7A 2Y7WA 2QMWA 2Y7IA 4YKJA 1T0KA 4OYVA 4DZ1A 2YLNA 5I59A 1MPCA 4FAJA 1MQIA 4PFWA 4DDDA 3UORA 2O51A 1AIVA 1NH7A 1IITA 1MDQA 3EHUA 3RPWA 1B2HA 4EQ9A 3DELB 5FTIA 5ITPA 4F3BA 3MZ9A 5I56B 4RNSA 1XOCA 4F3PA 1QUKA 3IOVA 3N26A 1IZ1A 3TTLA 1A8EA 3MC2A 5CI5A 3BBRA 3DP6A 1NMUA 2VHAA 1B0HA 3PMXA 4XTCQ 2V3QA 4R2FA 4I8CA 4FECA 1MG1A 4G8HA 4OEVA 3TTNA 4EXLA 1B3LA 1ZU0A 4K3FA 2F8DA 5I57B 1FTOA 1FCKA 3FVNA 4NWDA 2REJA 3OO8A 4RK2A 3MP1A 2UYFA 5A5XB 3HHFA 4F3GA 3N6TA 3CFXA 4RA1A 5TPAA 2RKMA 1B3FA 3MZ1A 2VP1A 2DYXA 4ZECA 2DXRA 2HEUA 2QS3A 4G68A 2XD3A 4LQ2A 2PYYA 2B3BA 3UN6A 1FQFA 4IO2A 4KD5A 4P0GA 4HS7A 3LC8A 4GFRA 3T93B 1B40A 1I69A 3MZBA 1PDAA 2Q89A 1POY1 4NTLA 2RF1A 3S9NC 2UYEA 1RKMA 4QSEA 1B5JA 2FNCA 3RUMA 4IY5A 4TLLB 2ONSA 1I6BA 4KCCA 3A09A 5JTYB 3T22A 2H99A 3TCFA 3OMBA 3TUSA 4EF2A 4RJZA 3K0VA 1PB8A 1BIYA 1A7LA 2B3FA 2KLFA 3LR1A 3H6VA 3IAZA 3EPEA 1SW4A 5H8QA 2DXYA 4IO3A 3WAEA 2Z23A 3OSQA 1URSA 1S9TA 3RQTA 4NF5B 4G8MA 4R2BA 3PMWA 3N94A 3CG1A 4NWCA 2YJPA 1P1UA 1FW0A 4C1UA 4F39A 3JV9A 3KN7A 5CM6A 3K00A 4NF4B 1B7ZA 2ABHA 1Q35A 1NL5A 1PC3A 2QSXA 3S4UA 4G8NA 3TMGA 5AE4A 4ZE9A 3S9MC 2XD2A 1SQYA 2ZYKA 3FXQA 1ATGA 1GR2A 3LSWA 4OFJA 1LB9A 2E0SA 4NF8A 2GHBA 2UVGA 4P0IA 5AA1A 5I2NB 3BKIB 1LGBC 4ND9A 3U92A 3T66A 2NOOA 1FTJA 4GRKA 5DVIA 3E9XA 1CE2A 4U23A 3IOWA 1YAEA 3Q26A 3KOTA 4HTGA 5I58B 3Q28A 3FV1A 4GOTA 2ZYNA 5CMCA 4XKRA 3PV0E 2F97A 1Y9UA 2O1MA 4F31B 2H5YA 4ZDMA 4ISUA 5L9SA 3MW0A 3TCGA 3CI8A 3H6TA 3B7DA 1Y4CA 3ZSFA 1MRPA 3ZKLA 3T96B 3M3LA 3U94A 3MBPA 4RK9A 4YICA 3IB0A 3KJTA 4HCWA 3PPPA 4LQ5A 1PEBA 4X1BA 3VE1B 3KZGA 3MJNA 1B32A 5KCJB 1SYIA 1BLFA 3OEMA 1N76A 1D3KA 1JW4A 4GL0A 3G3FA 3IO6A 4POXA 3SEUA 2R9JA 4G2ZA 3OSRA 1OVTA 2F34A 3SEXA 4M1VA 2RCAA 4OZ9A 2F7BA 5DVFA 4ELOA 2NXOA 1QKAA 2Q88A 3ZKKA 4PFUA 4XKQA 4LZ7A 1LLSA 2F6PA 2WKYA 1MXWA 1MXXA 3SERA 2XXXA 2VGQA 4FIMA 3CSBA 3PUYE 1O63A 1D9VA 1ZMGA 3BFTA 3UIFA 1ZLQA 1LSTA 1BP5A 1F9BA 3QAXA 4DIGA 4KR5A 2G29A 3RTFB 1RYXA 1H44A 5H8NA 3LUYA 3KSJA 4NMYA 4EXKA 4JXIA 2M8CA 3C33A 3T9UA 4N6PA 3MVYA 4U4XA 1R9LA 4XIGQ 3CRBA 2XX9A 3IR1A 2XXRA 2RC8A 5L9OA 1MY2A 3OELA 3V5AA 5FHOA 4G4PA 2Z8FA 4FORA 4ELRA 3T9HB 4QFKA 1B51A 4F3SA 4EQBA 4Q5TA 3T9VA 2XX8A 5F1QA 2Q8JA 3IOTA 3E13X 4JWYA 3EF7A 2RC9A 4R6YA 1N04A 1UTBB 3R6UA 5AA2D 2ZYMA 5HBCA 3KG2A 1LAFE 2I6EA 4YB7A 1TFDA 5DEXA 3F11A 1RYOA 3TZAA 4Q8RA 1IQ7A 3RNNA 1JVXA 1EZ9A 3MAMA 2XXHA 3V83A 1S7YA 3O97A 2DE4A 1JNFA 5H8HB 1B3EA 4ZZEA 1FQEA 4LA9A 3H6WA 4QHQA 2D21A 5AA4A 1B1XA 3CR9A 1ZTYA 3IB2A 3VLWA 5CBRA 3ONMA 3TAJA 1NNTA 1NNKA 3I6VA 3HHGA 2REGA 5JTYA 3FXRA 4OFLA 2A5TA 3G3KA 3IL1B 2ONKE 2FYIA 1ZJLA 4R9FA 3V8XB 3GLBA 4O3BA 3LSFB 1N84A 1D4NA 3CIJA 2UVIA 1LFGA 3O28A 4F2OA 4I1DA 3TKDA 3MUQA 5H8FB 3UGWA 2QPQA 2I4CA 4IB2A 3O2AA 4ZEDA 1AOVA 4IGRA 5IKBA 1P1QA 5M2VA 4GLIA 3VVDA 4OESA 4U1OA 3TCHA 3LSXA 3HPIA 1D9YA 1SBPA 1JEVA 3KSXA 3TPAA 3HCQA 3SKPA 3ODBA 5JK4A 1NH8A 4AQ4A 4OXVA 2Q2CA 1MH3A 2H9BA 4OMBA 1WDNA 5TP9A 1KWHA 3RGYA 3CVGA 1OQGA 2I58A 3L6HA 4JBZA 4U4SA 5I2KA 1VE4A 1SD3A 3KBRA 1PB7A 3G3GA 3H06B 1TT1A 3QIMA 4RXLA 3CFLA 5F7VA 3JYRA 3L6GA 2I49A 1OQHA 1DPPA 4YMAA 1POTA 4ESXA 5L8DA 4I9DA 5AA2A 4WKMA 1SDXA 4R9GA 3FJMA 4WEPA 5FHMA 4GL8A 4NEDA 4ELQA 5BUUA 1ZKBA 4XXUA 1MPBA 1R1NA 2RCBA 2O69A 1LCTA 2DS9A 1URDA 1QUIA 3GZGA 2HZLA 3MPLA 1FTKA 3PUZE 3U72A 4AB6A 1IXGA 4ZEBA 3FJ7A 3DP4A 4BDQA 4GVOA 1LBCA 1QKBA 3EHSA 4JB7A 2GRVA 5KDTA 2CZLA 1Y3NA 3PD8A 1B1HA 1XC1A 4U2RA 1DOTA 3I3VA 2QMXA 1UTHB 4U1ZA 2H98A 1JW1A 2RC7A 2I4BA 3VDFA 3RTWB 4U21A 2P0SA 4H1XA 3MVXA 1B3GA 5I59B 1Q1KA 3B6QA 1XVXA 4THIA 3U1OA 2DWAA 1N7WA 2NUVA 3FVKA 4GXAA 4IO5A 4POWA 3PUVE 3R26A 4KYEA 1MQDA 1MH4A 4OFOA 2DE3A 1XS5A 3C35A 2XHDA 3QXMA 5ICTA 1M5DA 3G3JA 1B5IA 1M5CA 1NFTA 3VLVA 4UA8A 2DWIA 3O6GA 1OIBA 4KFQA 2DWHA 3ILTB 5DT6A 3OD7A 4BDNA 4PFTA 3FJGA 3R7XA 2OK2A 2Y7PA 4R6HA 2P1SA 3E4RA 3MP6A 4TQUQ 5CMMA 2ESNA 4KCDA 2X7QA 3D4CA 1L5TA 1DTZA 3VXCA 5DYHA 5TPAB 1IUDA 1FQAA 1S50A 3S9LC 4MH5A 1P1OA 4U22A 2F5XA 3K6VA 1H3DA 1R6ZA 1XVYA 4EF1A 4QFOA 4G68B 3TTRA 3O6HA 3U8QA 4OTEA 4OETA 4MFIA 4MBPA 1MQJA 3RT8A 3G3IA 4RPNA 1JETA 4LP2B 3O29A 4H8IA 3K2DA 5CC2A 1US5A 3FD3A 3RN8A 3IJOB 3Q29A 2AIXA 4NF6A 4TLMB 4F18A 5K2YA 1MXVA 2DSFA 2O68A 4KYSA 3B6WA 4BDMA 1A55A 1OVBA 3H6UA 3TDJA 3TQLA 2OBGA 1A99A 2I48A 3A3UA 2V3TA 1JQFA 5CRYA 1HSLA 2XXUA 3MPKA 4GIZA 4N13A 3C9HA 3PUXE 2HFBA 2HXWA 2Z8EA 4H5FA 5AA3A 1A40A 3K6WA 3TTMA 2QS2A 3P7IA 3PPQA 4N07A 1LFIA 1UIVA 2XXQA 2PT1A 5DTBA 5H8QB 3AXFA 4QF9A 1JW5A 1MQGA 4E0WA 4ESWA 3FVGA 2ONRA 4IGTA 4F1VA 2ZNUA 1H45A 3PU5A 4ZZAA 1LB8A 1MXZA 4IY6A 4FATA 1B4HA 1VFEA 2BJJX 2AL4A 4LZ8A 2CMOA 3OEKA 3K4UA 1YTVA 3FZVA 2V3UA 1Z7ME 1JVYA 4FEBA 5L9MA 4GXSB 4QSCA 4F29A 4XKNA 4KPTA 4H8JA 1LBBA 1FTMA 3CFZA 5I56A 1B4ZA 1Y3PA 1ELJA 3K02A 1O7TA 1IXCA 3QSLA 4YB5A 1O64A 4NF8B 2HZKA 1MY0A 3HV1A 3W15C 1TWYA 3W9VA 1N3XA 4ZS9A 3QUJA 4TOZA 3N6UA 5CMKA 3SEVA 1ZIUA 3IB1A 3RY3A 1IXHA 4H5GA 1ANFA 3EN3A 3DM0A 4YKKA 2XXPA 5I57A 3IORA 2IA4A 2F36A 5CMBA 1SVXB 2I3VA 1IIWA 5A5XA 1AH5A 3PMVA 1VFDA 1MXUA 4QFLA 1FTLA 4OVJA 4ZEIA 5J1DA 3FUZA 4H67A 4IO6A 2QJEA 1MDP1 4F2QA 1USYE 3KFMA 2OJTA 2OLBA 1PB9A 3SDFA 4JSDA 1MY4A 4AB5A 4Z0IA 2W7YA 2HQ0A 3OO9A 3H4ZA 5HPQA 4OEUA 3TQWA 2Y7KA 2IEEA 4BDLA 1DMBA 3C36A 3VVFA 5CBSA 4YKIA 2HAUA 5FHNA 1Y3QA 3O9PA 4LVQA 1EU8A 1HSEA 3FVOA 1J1NA 3IOUA 3UA8A 4F1YA 2I3WA 4DXUA 2XXIA 2H25A 2DOJA 2VOZA 1UQWA 1B46A 2V25A 3K1NA 4OWDA 4O3CA 4GD5A 3HO7A 3OO6A 4EQ7A 1LAGE 1A54A 4GWOA 1P99A 3TELA 3CG3A 3FIRA 3Q25A 5HM4B 4ONYA 2QRYA 5H8NB 2QS4A 4NE4A 1YCJA 3DLNA 4NF5A 3VLUA 4KI0E 3LSLA 1N3WA 2VD3A 3KEIA 3G7WA 4PP0A 4C1TA 3FASA 4I62A 1QJMA 1QULA 4JWXA 4X1DA 3TFLA 4PQJA 4PFYA 4NF4A 1QUJA 1MM7A 2DWJA 2Q2AA 3K6UA 2Z8DA 2GH9A 2PMSA 3K6XA 3K1MA 3O66A 5ISUA 3S2VA 4YU0A 2XXYA 2B65A 4G68C 3MVWA 3K01A 1FQDA 1VR5A 1FQBA 4YMBA 3N5LA 5I2NA 3PPNA 2DP8A 1LAHE 2Q9TA 1MXYA 1QVSA 2X26A 4DCYA 1P1NA 3SEYA 3BFUA 5FTHA 3OO7A 4EDPA 2UXAA 1SYHA 2UVJA 1OLAA 4ELPA 5I58A 1MPDA 5DEXB 4GF8A 2V84A 4EUOA 5I84A 2NVUB 2ANJA 2R6GE 2O84X 3WAFA 3U93A 2OWTA 4F22A 4ZE8A 4ZEKA 2F7CA 2DVCA 2ZXTA 3B6TA 5B70A 3PGFA 2O1LA 3KJ7A 4C0RA 1B3HA 3IX1A 3GXAA 1SW2A 4DXCA 1TXFA 5AA4B 1YPNA 4YB6A 5KCJA 3VVEA 4DCXA 2YPNA 3MP8A 4ECFA 5KZTA 4H65A 2O7IA 4WXJA 2I0CA 3QUFA 1EH3A 2HAVA 2XXVA 3RT6B 2A5TB 4LATA 4LONB 4Q30B 3OXNA 4L17A 4F1UA 2A5SA 1B05A 3DP8A 2Z22A 1Y4TA 4RYAA 2V93A 4G77A 2GFEA 3S9EA 3TYHA 4Z7EA 1PBQA 2O7UA 3FATA 3ZS6A 1II5A 3A3CA 1MY3A 1B58A 4KQPA 1B7HA 4MLQA 1WVJA 3HN0A 3C34A 1WODA 3C32A 2AL5A 4QSDA 3TEPA 3UK4A 1MM6A 1IXIA 2RINA 2F35A 3H3GA 5H8SA 3USDA 2PX1A 1LAXA 2ZMBA 4YZZA 1B52A 1FQCA 4GQOA 1OMPA 1IEJA 1SI1A 3SETA 3C4MA 4QFPA 3EHTA 1I6QA 1TFAA 3KN3A 3VFJA 2R71A 3TTKA 5TP9B 3GBAA 3V89B 1SW1A 5JEIA 1B6HA 4DE8A 4RPOA 1P1WA 5EHMA 1XT8A 1B0LA 3C31A 5I2KB 1M5BA 4FEDA 4JSOA 1EZOA 3IJXB 3THIA 3T9XB 1Z7NE 4MF3A 3PUWE 3G3HA 4IO7A 3MQ9A 2ZNTA 1XHYA 2PVUA 1GVCA 3EQ1A 1H76A 5B7DA 5AA2B 4JDFA 5BWJA 2ALUA 3JZJA 3I5OA 1UTBA 1DPEA 2P2AA 2XX7A 1AL3A 3E3KA 3SESA 1NNPA 2ZYOA 3RLFE 4DLDA 1GV8A 1LFHA 4MLVA 4R6KA 1M5EA 2QL3A 3UP9A 3K1PA 1PBPA 4IO4A 3OOAA 4P11A 4QRZA 2Y84A 4FE8A 4LUBA 5KDTB 4M4GA 1Y20A 2ZNSA 1GTKA 4Q0CA 3IK6B 4PE5B 2DE2A 5H8HA 5IAIA 1ZBMA 4KYDA 4HW8A 2PBWA 2NWJA 3M3KA 3PPRA 1N7XA 2X7PA 5ITOA 1EZPA 3CSGA 5EYFA 3D4GA 3MWBA 3H7MA 4R74A 3KOSA 3KGCA 3FGSA 3H03A 1LCFA 2VD2A 2Y7RA 1B7UA 4LZ5A 3SEWA 1A8FA 1SW5A 1DTGA 2THIA 4HCYA 4JWOA 4BDRA 1URGA 2GHAA 3MVZA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2HCAA 4KHZE 1I6AA 1US4A 3EKIA 3O6IA 4X9TA 2AYSA 5H8FA 2F7AA 4R75A 1MY1A 4O7IA 1USYH 1BKAA 3M3FA 3PD9A 3GBBA 2D3IA 1CB6A 1HSJA 2WX9A 1GGGA 4XEQA 1FBGA 2OWSA 1NV5A 4R72A 2LAOA 4OVSA 1BTJA 4NG7A 5DVJA 2QS1A 2O6AA 3Q27A 4PETA 1N0TA 1OLCA 4OVQA 4BLAA 1Y1MA 4YAHX 1DSNA 1IMFA 1AMFA 2DQVA 2XXWA 4H45A 2Q8MA 3VXBA 4O3AA 2DVZA 2G93A 4OQOA 4O7MA 2OCUA 1B5HA 3FXUA 4R73A 1G0IA 4WEDA 3ECRA 5K2XA 1B9JA 4H0WA 2UVHA 3LBSA 4X48A 1H43A 2I0BA 3B8BA 3TODA 2F78A 4DXBA 2E1SA 3FBPA 4OERA 3IO4A 1LBWA 4ZEFA 2H4IA 1Y1ZA 1FPIA 3VV5A 1NNFA 3HSTA 1M5FA 3QYTA 4NF6B 1JEUA 2QVRA 1MQHA 1UIUA 2OZZA 3ILUB 2XXTA 5EHSA 4XKPA 4E0XA 4OENA 1SI0A 1R9QA 1NKXA 4RY1A 1QW0A 4FJPA 3PPOA 5TU0A 5ET5A 4OHNA 4UACA 5ELVA 2F6GA 1VSOA 4YKPA 3FV2A 4BDOA 4H6DA 3KN8A 3M8UA 1FSAA 3W9WA 2FBPA 3OENA 2D5WA 5LOMA 5ICQA 2PT2A 1UTHA 4QFNA 3QK6A 2FA7A 2F3DA 4F19A 1MS7A 2Y7WA 2QMWA 2Y7IA 4YKJA 1T0KA 4OYVA 3D1RA 4DZ1A 2B4LA 2YLNA 5I59A 1MPCA 4FAJA 1MQIA 4PFWA 4DDDA 2P3NA 3UORA 2O51A 1AIVA 1NH7A 1IITA 1MDQA 3EHUA 3RPWA 1B2HA 4EQ9A 3DELB 5FTIA 1NV2A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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