3MPKA

Crystal structure of bordetella pertussis bvgs periplasmic vft2 domain
Total Genus 80
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
80
sequence length
235
structure length
235
Chain Sequence
HPAYSAREQQWMADHPVVKVAVLNLFAPFTLFRTDEQFGGISAAVLQLLQLRTGLDFEIIGVDTVEELIAKLRSGEADMAGALFVNSARESFLSFSRPYVRNGMVIVTRQDPDAPVDADHLDGRTVALVRNSAAIPLLQRRYPQAKVVTADNPSEAMLMVANGQADAVVQTQISASYYVNRYFAGKLRIASALDLPPAEIALATTRGQTELMSILNKALYSISNDELASIISRWR
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Periplasmic domain of the sensor-kinase BvgS reveals a new paradigm for the Venus flytrap mechanism.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Virulence sensor protein bvgS
molecule tags Signaling protein
source organism Bordetella pertussis
total genus 80
structure length 235
sequence length 235
ec nomenclature ec 2.7.13.3: Histidine kinase.
pdb deposition date 2010-04-27

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00497 SBP_bac_3 Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 3
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3mpkA01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3mpkA02
1S50A 1LBCA 4EQ7A 1M5DA 1VSOA 1UTBB 3FJMA 4FE8A 4KYDA 3Q27A 3VLVA 4ND9A 1B3GA 4GFRA 3IB2A 3I6VA 2O84X 3AXFA 3Q26A 1SW4A 2WKYA 1ZKBA 1S9TA 5ELVA 2Z8DA 4DZ1A 2P1SA 5FTHA 5CBRA 4PETA 1PC3A 3ECRA 2DWHA 3PPQA 3JV9A 2PBWA 2P0SA 3G3HA 3FIRA 1MXWA 5K2XA 4XKNA 3R26A 3TELA 5HM4B 3S9LC 4DLDA 1N7WA 1OVBA 4HCYA 4BDQA 3VV5A 3DP6A 1BIYA 3SEUA 1Q1KA 3D4CA 2UYEA 4X1DA 3KSJA 3DELB 1N04A 3CFZA 2XXVA 4NF4B 4O3CA 3S9NC 4R73A 2A5TA 3FD3A 2O7UA 3CG1A 3TODA 1B5IA 3VFJA 3QIMA 1IITA 4JXIA 3EF7A 1GR2A 4DXCA 4ZDMA 1DTZA 4M1VA 1SYHA 3PMXA 3ZS6A 3DP8A 3N94A 2OK2A 2DVZA 5TP9B 2O1LA 4XXUA 4QHQA 1LCFA 3CVGA 2UXAA 3S9MC 4OFLA 5M2VA 1B3FA 3QUJA 4H6DA 2ABHA 2ZNTA 1JW4A 1B4HA 4FIMA 5K2YA 2X7PA 3K00A 4HTGA 3QUFA 3N6TA 4YB7A 4HCWA 3C36A 3DLNA 3ODBA 2DXYA 3KN7A 4X9TA 1POTA 1MXXA 1P1OA 1HSLA 3H6VA 1Y9UA 5I2NA 3EQ1A 3FGSA 4RK2A 1F9BA 3B6QA 4GL8A 1CB6A 1O7TA 1FQBA 3E4RA 2F7CA 5ITOA 2DYXA 3PUVE 3U72A 3QAXA 3H6WA 2XX7A 4EXLA 4GL0A 4IO2A 2F7BA 4LQ2A 2Z8FA 1URSA 1FTKA 4OYVA 4N6PA 4IO3A 1MDP1 5CMKA 1P1WA 1BP5A 3LBSA 1LGBC 1MDQA 1QUJA 3PMWA 4G4PA 2R9JA 4XKRA 5CBSA 2OWSA 1OVTA 3MBPA 4NF8A 4EQ9A 2F34A 4WEDA 1A8FA 1B7UA 3K2DA 4GOTA 1SW1A 4BDRA 4GRKA 1XC1A 3KN3A 4F29A 2Y7KA 4YB5A 5ISUA 1YAEA 2DOJA 1SYIA 4O3BA 3MP1A 1IEJA 1IXCA 2H98A 3T93B 1N3XA 4KPTA 5KDTA 3QSLA 1UIUA 2Z23A 1AL3A 3FXUA 4H5FA 2IEEA 4FORA 4XKQA 1DPEA 3MP8A 4NF5A 2ALUA 3H4ZA 4KCDA 2IA4A 1YPNA 3ONMA 2B65A 1AMFA 1MQHA 3OO6A 5BWJA 1XOCA 3RLFE 3FVGA 1RKMA 1BTJA 2ONRA 5ITPA 1LFGA 3K4UA 2F7AA 3CSGA 5AA4B 2ZYMA 3FVKA 5AA4A 3PPPA 4IO4A 5I2KB 5I2KA 2UVJA 4GWOA 4OENA 2XD3A 2XXWA 2V93A 1ZBMA 4IY5A 3N26A 5J1DA 2QS4A 1DPPA 4FEBA 1PEBA 4ZE9A 1XHYA 2HAVA 4G68B 2W7YA 3ILUB 3K0VA 3WAEA 2DE3A 4G68A 1MY0A 3MPKA 3MVWA 2Q8JA 2YPNA 1ATGA 4LA9A 3PUXE 1ANFA 5EYFA 4MFIA 4XIGQ 1M5FA 1LFHA 4P11A 3G3JA 3EHUA 5TPAB 4F3PA 4JWYA 1LB9A 3TQLA 3BBRA 3ZSFA 4ZE8A 4U23A 4TLLB 2F35A 1Y4CA 1MXUA 4IY6A 4KD5A 4GD5A 3T22A 1H3DA 3U1OA 3USDA 1DTGA 4TQUQ 5I84A 2DWJA 1MH4A 2ZMBA 2DSFA 3TYHA 2PYYA 3N6UA 2RF1A 2XXYA 1ZU0A 3KGCA 4F1YA 3GZGA 2G29A 3TCFA 4O3AA 2HAUA 2B3FA 2B3BA 3VLUA 5JEIA 3F11A 1MQGA 2F6PA 3B6WA 4C0RA 1JW5A 3TTLA 3FZVA 3O6HA 4ELRA 1ZMGA 1POY1 4U21A 1JEUA 4GF8A 3HV1A 4X1BA 1PBPA 2DE4A 1P1UA 1NNPA 4LVQA 5H8QA 3LSXA 5ICTA 1R1NA 4QFKA 5CMMA 1MPDA 3SDFA 1US5A 2REGA 4KFQA 2A5SA 3IB0A 3KG2A 3OENA 4TOZA 3PU5A 3TQWA 1QKBA 1FW0A 3CIJA 4ZZEA 3FV2A 5H8FB 3TCHA 3V8XB 4LUBA 4GXSB 4JDFA 1NNTA 1PB9A 4YMAA 3C34A 3A09A 3LR1A 2AYSA 1LBBA 3MWBA 4NWCA 5KCJB 1ZJLA 2DWIA 4YU0A 3T66A 1EZPA 5A5XB 4EDPA 5A5XA 5AA2B 4MBPA 1B46A 3FUZA 2DVCA 1WVJA 3PGFA 1XVYA 1LFIA 4TLMB 3UN6A 1P1QA 1ELJA 5DT6A 2ZYOA 4ZZAA 4IB2A 2O1MA 1LLSA 2F8DA 3G3FA 2Z8EA 4FJPA 1JETA 4QFOA 1GTKA 1UTBA 4WEPA 3KOSA 1HSEA 4DCYA 1N0TA 3MZ9A 2Y7RA 4YB6A 4F3GA 1XT8A 3FV1A 3V5AA 1I6QA 2P2AA 1SD3A 2H99A 4QSDA 4R72A 4JSDA 1R9LA 1H44A 1B1HA 3PUWE 3IOVA 3TAJA 4EQBA 3RT6B 2UVIA 1URGA 5I56B 3HHFA 1SQYA 4GVOA 2XXXA 4EF2A 4DXBA 4OERA 2Z22A 1TWYA 2H5YA 4WKMA 2OJTA 4UA8A 4H1XA 1MQJA 1I6AA 4AB6A 4NF4A 4C1TA 2Q88A 5TU0A 3FASA 4BDNA 3O9PA 1Y3NA 3K6UA 3PPRA 3CI8A 4RA1A 3VXBA 2F36A 4FEDA 5FHOA 1NNFA 2XXIA 3TCGA 3W15C 2HQ0A 3EHSA 5B7DA 3KJTA 5AA3A 4H8IA 4PQJA 3MC2A 4LONB 3H6UA 3K1PA 1R6ZA 1A8EA 3MZBA 3MVYA 5TP9A 2YJPA 3T9VA 3PUYE 4MH5A 4ONYA 4FECA 1D4NA 3DP4A 4F3BA 3EPEA 2HEUA 2E0SA 3A3CA 3UORA 4KHZE 3SESA 3FVNA 1PBQA 2CMOA 1MPCA 1IXGA 4P0GA 1M5BA 3T9UA 1LAGE 4GLIA 1MM7A 3VVFA 1IQ7A 1OQGA 4YKJA 4DIGA 1USYE 2O6AA 1TFAA 4ESXA 2RKMA 3K6VA 3OD7A 4YMBA 3TTKA 3SERA 1NNKA 4U22A 5EHMA 5FHNA 2I3WA 3SETA 1Y1ZA 3OXNA 3QK6A 4PFTA 4JWOA 2I4CA 1VR5A 3TKDA 3SEVA 2V3TA 1P1NA 2DQVA 3HO7A 1J1NA 2HZLA 3O28A 1XVXA 1AOVA 1JEVA 4U2RA 2E1SA 3I3VA 2XXUA 1B7HA 2DS9A 3FATA 2OCUA 3MP6A 2BJJX 2Y7PA 2RCAA 5H8HB 2DWAA 4ESWA 4ISUA 3RY3A 2I0BA 1UTHB 2OBGA 1UTHA 1MY3A 3IR1A 1Q35A 3K1NA 3O2AA 3BFTA 1B4ZA 1NMUA 2I0CA 1QJMA 4QFNA 3V83A 1LAFE 3IAZA 2PT2A 4R6KA 2RC9A 2GHAA 5LOMA 3OSRA 3TZAA 1FQAA 3M8UA 2THIA 2PVUA 1B0LA 1MXVA 1IUDA 1SI0A 3MZ1A 3S9EA 4PFWA 3PPOA 5FTIA 4H5GA 4KYSA 5IKBA 5H8SA 4IO7A 3QYTA 3G3KA 1NFTA 4Q8RA 4RPOA 4R6YA 4ZEFA 4Z7EA 4I8CA 4KR5A 2F97A 1JW1A 3C9HA 5HPQA 3KZGA 1QULA 3O66A 2X26A 1ZTYA 5DEXB 3VE1B 1M5CA 3K6XA 3MAMA 5DEXA 1B6HA 3GXAA 2V3QA 2PMSA 1D3KA 4H0WA 4Q5TA 4G2ZA 4OETA 3A3UA 3CSBA 1P99A 5CI5A 2QL3A 1B58A 3B7DA 1VE4A 3PD9A 4IGTA 2ZXTA 4THIA 3FXQA 4U1OA 5BUUA 2I49A 3C33A 3HN0A 1Y3PA 4GQOA 4BDOA 3P7IA 3CG3A 1TXFA 2R6GE 3GLBA 3E3KA 4F1UA 2GH9A 3H6TA 4X48A 3VDFA 3UGWA 5JTYB 4G77A 5TPAA 4YICA 3TTNA 3C31A 3CRBA 1EZ9A 1XS5A 2NUVA 1JQFA 4YKPA 1A99A 4OTEA 2XXQA 4JBZA 4MF3A 3CFLA 2VD3A 2UYFA 4RJZA 3SEYA 2QS1A 2HCAA 3E9XA 3W9WA 1A55A 3H3GA 1D9VA 2VOZA 2NVUB 2VHAA 2XHDA 3IL1B 4NF6B 4U4SA 1EU8A 4NF6A 4OFJA 4ZEIA 1B3LA 2RC7A 4M4GA 3LSLA 4PFUA 3RNNA 2LAOA 5AA2D 1MS7A 4YAHX 4ELQA 2Y7WA 2Y84A 2QRYA 3S4UA 3E13X 4LATA 4BDMA 1FQEA 3TEPA 3IJOB 2I4BA 4QSCA 3TFLA 3R6UA 2OWTA 5CRYA 1IZ1A 4ECFA 2RINA 2V25A 1MY1A 3HPIA 4JSOA 3O29A 3R7XA 1B32A 1MY4A 3H06B 3OMBA 1B51A 4DDDA 3Q25A 2O68A 4MLVA 3IO6A 2QMWA 2CZLA 3MW0A 2YLNA 1BKAA 4LP2B 2I3VA 2FA7A 2D21A 4POWA 1O63A 3U92A 1RYXA 3RTWB 4OXVA 3T9HB 1UQWA 1OLAA 3SEWA 4LZ8A 3MQ9A 1R9QA 5H8FA 4GXAA 2DXRA 4XKPA 1A54A 1B5HA 4F2OA 3K1MA 4G8MA 2XXRA 5I57B 4RK9A 1QUKA 1CE2A 4N13A 4ELOA 5KCJA 4IO6A 3FXRA 3GBAA 1LSTA 5ICQA 3RTFB 3TUSA 5AA2A 1B3HA 4RYAA 3IOTA 4YKKA 1Z7ME 3M3LA 5DVIA 4QSEA 1A7LA 4KI0E 3O6IA 4I1DA 5H8NB 1DMBA 3JYRA 1LAHE 5H8NA 3MPLA 1Y20A 1WDNA 2V84A 1NL5A 1I6BA 3H03A 3Q29A 1SW2A 2NXOA 1FTJA 3FJ7A 4EF1A 3ZKLA 4OVJA 4OQOA 5I58B 3IO4A 5I58A 3KBRA 2Y7IA 4ZEKA 4C1UA 1H76A 1IXIA 2X7QA 2VGQA 2AL4A 2XD2A 1US4A 1JVXA 4OEVA 3VLWA 5CMBA 3TTMA 3B6TA 1OQHA 4HS7A 4RY1A 2V3UA 1GGGA 1B3EA 4AB5A 1B1XA 5I56A 1JVYA 4LZ7A 4P0IA 4F1VA 3S2VA 1AIVA 1FQCA 4ZS9A 1IXHA 3UK4A 2D5WA 1Y1MA 2UVHA 1BLFA 4I9DA 5L8DA 3RT8A 4JWXA 3PD8A 2O51A 1OMPA 5DVFA 1B05A 2XX8A 2I58A 4OHNA 4R75A 2QPQA 4NTLA 5I59B 5IAIA 5I59A 1QUIA 2RCBA 2A5TB 1LAXA 1SVXB 3K6WA 3MUQA 4POXA 1YTVA 4QFPA 3THIA 5AE4A 3UA8A 1B40A 1MRPA 3I5OA 4FAJA 3OSQA 4U4XA 4F18A 3H7MA 2Q89A 2ONSA 5CMCA 1O64A 2UVGA 4H65A 3EHTA 4I62A 1GV8A 3C32A 1B2HA 1I69A 5DYHA 4F19A 1A40A 1T0KA 1GVCA 3MVXA 4OFOA 4R9GA 1WODA 4PFYA 4ZEBA 4NE4A 1Y4TA 2H25A 3T96B 5F7VA 4H8JA 3V89B 5L9SA 3L6HA 4QFLA 1B0HA 2QMXA 3BFUA 4KYEA 1JNFA 4R74A 4ZEDA 5EHSA 4BDLA 5DTBA 1N76A 1FCKA 5I2NB 3PUZE 4G68C 4XTCQ 2H9BA 5JK4A 4LQ5A 5KZTA 3LUYA 4OESA 4ELPA 3TDJA 4N07A 3M3KA 1YCJA 5L9MA 3OO7A 4ZECA 5FHMA 1SW5A 2AL5A 1OLCA 3LSFB 5H8HA 4OZ9A 5B70A 1QW0A 3O6GA 2M8CA 3T9XB 1EH3A 4IGRA 3FVOA 1AH5A 4OWDA 2HFBA 3K01A 4NF8B 3RGYA 4HW8A 2AIXA 4E0WA 1RYOA 2RC8A 3VVEA 3RPWA 1MH3A 3KFMA 1OIBA 2OZZA 4JB7A 2R71A 2NOOA 3TPAA 1MQDA 2QSXA 1VFDA 1N7XA 2QS3A 4U1ZA 1L5TA 5KDTB 4G8NA 3CR9A 4K3FA 3EN3A 1ZIUA 1UIVA 4DE8A 1VFEA 4NF5B 1B7ZA 1PB8A 4OEUA 1DOTA 4BLAA 4G8HA 5HBCA 1LCTA 4Q0CA 2O69A 2F6GA 3M3FA 1HSJA 1QVSA 3OEKA 1FQFA 2GRVA 4QRZA 3HSTA 1FTMA 2QJEA 5DVJA 3O97A 1MY2A 2G93A 2QS2A 2F78A 3OOAA 3ZKKA 1B9JA 2O7IA 3IB1A 3LC8A 1Z7NE 4L17A 1EZOA 4RPNA 1Y3QA 1MXYA 3IX1A 3IOUA 4PP0A 2ONKE 3TMGA 4WXJA 4FATA 1MG1A 2FYIA 3VVDA 3U93A 3HCQA 3CFXA 3G7WA 4H67A 3N5LA 1S7YA 1II5A 2ANJA 5JTYA 3ILTB 2DE2A 2Q9TA 3WAFA 1H45A 4R2FA 2Q2CA 1M5EA 1N84A 2I48A 3D4GA 3RN8A 3KSXA 3IORA 1KWHA 4F2QA 1DSNA 3UP9A 4DCXA 1SBPA 2HZKA 3DM0A 3MJNA 3G3IA 3OELA 4RNSA 3C35A 1D9YA 1IIWA 3FJGA 1FTLA 5AA1A 3LSWA 1NKXA 2DP8A 3UIFA 1QKAA 2XXTA 1B5JA 1USYH 2OLBA 2ZNSA 2H4IA 4Q30B 2ZYNA 5CM6A 2KLFA 4YZZA 4DXUA 5CC2A 1PDAA 3C4MA 1MPBA 2FNCA 2XXHA 3RUMA 3KJ7A 1URDA 3SKPA 2ZYKA 4NMYA 2VD2A 1B52A 2HXWA 3TTRA 2XX9A 5F1QA 3IK6B 4Z0IA 3VXCA 4F31B 1TFDA 4F22A 4NEDA 3W9VA 3OO8A 2PX1A 1SDXA 1FQDA 4KCCA 3QXMA 5H8QB 3BKIB 3G3GA 2VP1A 4F39A 4AQ4A 4RXLA 3PV0E 2GFEA 1H43A 4YKIA 3K02A 4IO5A 3OO9A 3IOWA 2XXPA 3SEXA 3JZJA 1N3WA 3OEMA 3IJXB 4E0XA 2ESNA 1PB7A 2F5XA 2REJA 1ZLQA 5I57A 4UACA 1SI1A 3PMVA 2I6EA 4R9FA 2Q2AA 4F3SA 3KN8A 1FTOA 4OMBA 4QF9A 3KEIA 3L6GA 1MXZA 3MVZA 4EXKA 3U94A 1LB8A 3RQTA 2D3IA 2ZNUA 3GBBA 4R2BA 2NWJA 4PE5B 3PPNA 4GIZA 3Q28A 4NWDA 1NH7A 4EUOA 4LZ5A 1TT1A 1MQIA 4KQPA 2PT1A 4MLQA 1MM6A 3HHGA 2GHBA 3KOTA 3U8QA 5L9OA 4R6HA 1NH8A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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