3MPLA

Crystal structure of bordetella pertussis bvgs vft2 domain (double mutant f375e/q461e)
Total Genus 70
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
70
sequence length
235
structure length
233
Chain Sequence
HPAYSAREQQWMADHPVVKVAVLNLFAPFTLFREQFGGISAAVLQLLQLRTGLDFEIIGVDTVEELIAKLRSGEADMAGALEVNSARESFLSFSRPYVRNGMVIVTRQDPDAPVDADHLDGRTVALVRNSAAIPLLQRRYPQAKVVTADNPSEAMLMVANGQADAVVETQISASYYVNRYFAGKLRIASALDLPPAEIALATTRGQTELMSILNKALYSISNDELASIISRWR
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Periplasmic domain of the sensor-kinase BvgS reveals a new paradigm for the Venus flytrap mechanism.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Virulence sensor protein bvgS
molecule tags Signaling protein
source organism Bordetella pertussis
total genus 70
structure length 233
sequence length 235
ec nomenclature ec 2.7.13.3: Histidine kinase.
pdb deposition date 2010-04-27

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00497 SBP_bac_3 Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 3
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3mplA01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3mplA02
3MP1A 4RK9A 4IO7A 5KCJA 5TPAA 2AL5A 3DELB 1VSOA 2RCAA 3TQLA 4GD5A 3CSBA 2Z8FA 1JEUA 1OQGA 4G68A 3MUQA 4EUOA 3HCQA 2DS9A 4HW8A 2VGQA 4WEPA 1BLFA 1AH5A 1OMPA 1MY2A 1P1UA 2OJTA 5EHMA 4F18A 1N7WA 1VFEA 3MPKA 3SEYA 4N6PA 4QFPA 2Q9TA 1YAEA 2A5TA 3KGCA 2B3BA 4PE5B 3IO4A 3FV1A 1B40A 4HCWA 3CVGA 4KYEA 3FVKA 3O9PA 1MG1A 1EZOA 4QFKA 1YPNA 2GFEA 3OMBA 3C4MA 4U1ZA 4H67A 5ISUA 4DIGA 3IO6A 1WDNA 2REGA 4FATA 3UIFA 3N5LA 3DP4A 1GV8A 2HCAA 4F39A 4U22A 2DE4A 2HQ0A 4JBZA 5I58A 2V25A 3H03A 4G8NA 3K2DA 1IXGA 3UN6A 4IO5A 4IGRA 1B7HA 5CMMA 1UQWA 3S4UA 1PB7A 3C33A 3IB1A 4MFIA 2OCUA 3PUWE 1DOTA 3T22A 4OWDA 4PETA 5CBSA 1Y1MA 3SEXA 3IOVA 4TOZA 3PPPA 4GL8A 5FHMA 1NNPA 3IJXB 1URDA 5F1QA 3PMWA 4G8HA 3FZVA 1WVJA 4E0WA 2AYSA 4EXKA 1JETA 2I3VA 3BFTA 3DLNA 1MQJA 5K2XA 3LSXA 3IOUA 2P2AA 2ZMBA 5H8HA 3T96B 2I3WA 2RF1A 1KWHA 3G3GA 1JVXA 3KOTA 5L9MA 1Y3NA 4R9FA 1POTA 3PUXE 4XKNA 3UORA 1AIVA 3VVDA 3HV1A 2Q8JA 2FNCA 4JDFA 4M1VA 4ELRA 2KLFA 1JVYA 4N13A 2REJA 3H6WA 1H3DA 2O69A 3MPLA 2ZNSA 2DQVA 3SERA 3FJMA 1IXCA 2XXQA 3U72A 5ELVA 1FTLA 4NF6A 3IK6B 4IO4A 2V93A 4LZ5A 4F1UA 3MP6A 3FUZA 3MW0A 1OVBA 1BTJA 1QVSA 5ITPA 4ZS9A 5K2YA 4G4PA 3C35A 3KN3A 1TFAA 3A09A 5CC2A 4FORA 4LP2B 1EZ9A 4U21A 4LVQA 3SEWA 3O6IA 3QXMA 1MXWA 5HM4B 1FTKA 1M5EA 1N7XA 2O51A 4OEUA 5JTYA 5AA2D 1POY1 4MLVA 2XXWA 4GXSB 4OFOA 4Z0IA 3I3VA 4NTLA 4DXCA 2Q89A 3U92A 1M5DA 1EZPA 4OXVA 2QJEA 2PVUA 3FV2A 1MXUA 4P0IA 5EYFA 2V3UA 2RC8A 1M5BA 1LAFE 5IAIA 4EF2A 3UP9A 1OLCA 3TQWA 5LOMA 1Y20A 5AA4B 1ZTYA 1Y4TA 3K0VA 1B3FA 3E3KA 3K00A 4MLQA 4KQPA 2F34A 5BUUA 3TZAA 3T66A 2UXAA 3QUFA 2F7CA 3O6HA 3C9HA 3O6GA 2A5TB 2O7IA 1I6BA 3MAMA 2HAVA 4RPOA 3MVZA 4FEBA 4LA9A 4YKPA 3FASA 3MJNA 4QSDA 4YAHX 1B5HA 4YB7A 1FQEA 1GGGA 4AQ4A 1IITA 4LONB 4F29A 1HSJA 1TFDA 3EQ1A 2UYEA 4LATA 4LUBA 3RGYA 1B3HA 1MQGA 3MBPA 4NF8B 4THIA 1AL3A 4POXA 4RYAA 4YICA 4BDOA 2E0SA 3BBRA 2M8CA 2PBWA 1CB6A 4L17A 5I58B 4GIZA 1II5A 2A5SA 1PB9A 1MQIA 3E9XA 5L9SA 3EHSA 4QFNA 2YPNA 3KSJA 1ZMGA 1B7ZA 4R72A 4I62A 1MY0A 1NNTA 4H5GA 4ZZAA 2DVZA 1A99A 2YLNA 3FIRA 4F1VA 4KHZE 2UVHA 1H45A 3TTLA 2ESNA 1B46A 3K6UA 2ZYOA 3VLWA 3TAJA 1A7LA 4ZEKA 5EHSA 1B6HA 4XKQA 1B3GA 1MRPA 1SW4A 3P7IA 4F2OA 4DLDA 1BP5A 2LAOA 2HXWA 3G7WA 3IB0A 1MY4A 4P11A 5I2KA 2ONRA 1UTBB 1QW0A 3KJTA 3MVYA 4O3BA 1LAGE 3SETA 3K02A 3K1PA 3M3FA 4X48A 4LQ5A 3FGSA 3TKDA 4JXIA 3H6VA 2R71A 2B3FA 4ZEIA 3VLVA 3U1OA 3TEPA 3PV0E 1ZU0A 2XXTA 4ZEDA 4IGTA 2XXRA 4BDLA 4Q0CA 3N26A 3QK6A 4RPNA 2ZYMA 2XD3A 4NF6B 1I6QA 3BFUA 1O7TA 5TP9A 3V83A 3MWBA 2H99A 3VXBA 4RNSA 4LZ7A 2QL3A 4IO2A 2H98A 1PEBA 3HSTA 5ICQA 1VR5A 4QSCA 1LBCA 1SI0A 1IEJA 2RC9A 4H8IA 3WAFA 1F9BA 1O63A 4Z7EA 4JSOA 3S9MC 4YMAA 2UVGA 4ZE9A 3TMGA 3SESA 3FD3A 1P99A 2PT2A 3PUZE 4KCCA 3O28A 3A3UA 3OO8A 4U4SA 4R2FA 3DP6A 4U1OA 2QRYA 1A54A 5AA4A 3K6XA 1OVTA 5AE4A 1NH7A 2AIXA 3QUJA 3R6UA 2YJPA 5F7VA 1TXFA 4F22A 4GFRA 3VLUA 3GZGA 3LSLA 1FQDA 2OK2A 4BDNA 4FIMA 1B05A 3M8UA 1R6ZA 3QYTA 1GR2A 1H76A 4TLMB 2Y7KA 3KZGA 1DTGA 2F78A 3IX1A 3G3JA 2X7QA 2ONKE 1MQHA 4AB5A 2RKMA 3VE1B 1B7UA 3D4GA 1MS7A 3FATA 2H4IA 3Q28A 3PU5A 4DCXA 3TUSA 2H25A 1N84A 2O7UA 1RYOA 1B32A 2THIA 3EPEA 4QF9A 4NF8A 3SDFA 3T9XB 2GRVA 4LQ2A 4F3PA 1LB8A 4ISUA 2O1LA 5JK4A 3OSRA 1XT8A 3O66A 4ZECA 4QFOA 1SW2A 2CMOA 4R6KA 4OMBA 2NVUB 4GWOA 1MXXA 5CBRA 2DP8A 4H8JA 4MBPA 4NEDA 3GBAA 3D4CA 1ZBMA 2Z22A 1ZKBA 2Z8DA 4GVOA 3OENA 4I8CA 1PBPA 2VHAA 1Y3PA 5CI5A 1MDQA 3CR9A 2NWJA 3VVEA 5DEXB 2DWHA 3O2AA 1R1NA 5H8QA 4FJPA 3KFMA 3H4ZA 2O1MA 4F3BA 3JYRA 3H6UA 2QS2A 4UA8A 1ZIUA 2FA7A 1QUKA 4PFTA 4KPTA 1PC3A 1S7YA 1DSNA 1LFGA 3BKIB 1MH4A 4YU0A 3Q27A 2XXIA 3K01A 5I2KB 4OFLA 1UTBA 2F97A 2GH9A 4G68C 4U23A 1IXHA 3RN8A 4EQ9A 2XX9A 2OWTA 4EQBA 3KG2A 4E0XA 2ANJA 3TCHA 4R74A 3PUVE 2X7PA 5HPQA 4H5FA 1LGBC 4MH5A 3RT8A 5TU0A 3R26A 2DYXA 4I1DA 5CMCA 1BKAA 3KN7A 3T9VA 4OERA 1D3KA 4ONYA 3PMXA 4H65A 1OQHA 5TP9B 1P1NA 2Y84A 1QKBA 3ODBA 4POWA 3KSXA 1N04A 4Q30B 5H8FB 2F7BA 1Z7ME 2WKYA 3MVWA 2HFBA 2F7AA 1ANFA 4DCYA 3L6GA 4R6HA 1B1HA 1B9JA 3ILTB 4ZE8A 3TTNA 4FEDA 1B1XA 4QHQA 1Z7NE 1NNFA 4R75A 4U4XA 2P1SA 3FVGA 3K1MA 5FTHA 3ECRA 2I48A 4PFYA 3B6TA 1SVXB 2XX7A 1MDP1 3EN3A 4R6YA 1L5TA 2R9JA 4JWOA 4N07A 3IL1B 2R6GE 2Y7WA 1LFHA 1QJMA 2DOJA 2I4CA 1MM6A 4EF1A 4GXAA 1P1WA 2ZNTA 1TWYA 1H43A 3CFZA 1MXVA 1VFDA 2DWIA 2P0SA 3C36A 3K6WA 1JQFA 3F11A 2I0BA 3LSFB 1T0KA 1SQYA 2QMWA 3A3CA 1LSTA 2W7YA 1B5JA 3B6WA 2OBGA 1S9TA 3S2VA 3MZ9A 3E4RA 5DVFA 1D9YA 3DM0A 3OD7A 1XHYA 2G29A 4X9TA 3TELA 4F2QA 1H44A 3VFJA 4UACA 4I9DA 1B3EA 3H3GA 3TDJA 1URSA 3B7DA 3MP8A 3PD8A 2Z23A 3ZSFA 4ECFA 4QRZA 5I59B 2UYFA 3SKPA 1JW4A 1R9QA 3TTRA 4DZ1A 1IUDA 1N76A 2XXVA 1YCJA 3TTMA 1JW5A 4HCYA 4NF4A 3ZKLA 4RA1A 4OQOA 3I6VA 1VE4A 3K4UA 3CFLA 1J1NA 4NF5B 1SW1A 2DVCA 4ELOA 4G8MA 4BDMA 3CFXA 2ZXTA 5DEXA 1MXZA 3TODA 2F5XA 2XXYA 2H9BA 2VD2A 3FJGA 5H8QB 4HS7A 2HAUA 2DE3A 1NMUA 4XIGQ 3Q29A 2Y7PA 3CI8A 3MC2A 4RJZA 3WAEA 2XXUA 3IJOB 4Q8RA 4BDRA 3EF7A 4OYVA 3ZS6A 2OZZA 1MM7A 3Q25A 4H6DA 1A8EA 2VD3A 2ZYKA 1FTOA 1USYH 2HEUA 3RT6B 1XS5A 1SYHA 3LBSA 4LZ8A 4H0WA 5AA2B 1SD3A 4AB6A 3I5OA 1NNKA 1P1QA 3IR1A 2B65A 1DPPA 4RXLA 3CSGA 4NMYA 5KDTB 3IB2A 3S9NC 3B6QA 4GRKA 3G3FA 3R7XA 2I58A 4YB6A 5A5XB 4BDQA 4YKKA 2XHDA 2FYIA 3OO6A 3KEIA 2I4BA 2V3QA 1DPEA 5CM6A 3CG1A 1FQAA 4ESWA 2QMXA 2BJJX 4NWDA 1LB9A 4FAJA 3S9EA 3H6TA 4HTGA 3USDA 1N0TA 3OEKA 3RLFE 3OOAA 1MQDA 4ESXA 4OHNA 4TLLB 3SEVA 5H8FA 3V89B 3W9VA 1OLAA 1MY3A 2HZLA 4RK2A 3K1NA 4ZDMA 2DWJA 4PFWA 2OWSA 3EHTA 2XX8A 1RKMA 1EH3A 1QKAA 1URGA 1QUJA 4IY5A 1B4ZA 4O3AA 3TCFA 4GL0A 4YKIA 2PYYA 4Q5TA 1CE2A 3UK4A 5I57B 3OEMA 2DSFA 4NE4A 3HO7A 1HSLA 4WXJA 3CIJA 4F3SA 3G3HA 2DWAA 1XOCA 4OESA 1JW1A 3EHUA 4KCDA 1A40A 3V8XB 1QUIA 1B4HA 1LCFA 3N6UA 4KI0E 3T9HB 2Q88A 3OXNA 3N6TA 1TT1A 4IO6A 4K3FA 1LAXA 3H7MA 1PB8A 4OTEA 2D3IA 1MH3A 1B58A 1ZLQA 3PPQA 1MPCA 1ZJLA 2Q2CA 4YMBA 3V5AA 1US4A 2PX1A 3LR1A 4GF8A 1SW5A 2OLBA 1NFTA 4KR5A 3ZKKA 2NUVA 1B3LA 5I59A 3G3KA 4GQOA 4X1DA 1GTKA 3N94A 1IQ7A 3PD9A 4TQUQ 2Z8EA 2XXPA 4G2ZA 2E1SA 4P0GA 4PFUA 4NF4B 2RINA 5AA3A 4NF5A 1FW0A 2QPQA 2UVIA 2AL4A 3RUMA 4RY1A 3RQTA 5BWJA 4YZZA 1FQCA 3AXFA 3FVNA 2PMSA 3IOTA 3UGWA 4MF3A 3VDFA 2Y7IA 2GHAA 4DXUA 1USYE 1IIWA 1O64A 2ZYNA 2F35A 1FQFA 2XXHA 1PBQA 5AA2A 1XVXA 2UVJA 1MPDA 3CRBA 4WKMA 1FQBA 1LCTA 1FTJA 3E13X 5KDTA 4OETA 2XD2A 1Y3QA 1YTVA 5A5XA 3OELA 3Q26A 5I84A 5DVJA 4EDPA 2HZKA 1WODA 4OEVA 1P1OA 5IKBA 4PQJA 3RPWA 3TCGA 3U94A 3C31A 3M3LA 4OENA 1B5IA 3FXQA 5DYHA 1FTMA 2ABHA 3GLBA 3FVOA 4XKRA 2V84A 3VV5A 2PT1A 1US5A 3FXRA 5H8SA 1IZ1A 4M4GA 3UA8A 1R9LA 2V3TA 2XXXA 3HPIA 4KFQA 1LAHE 4KD5A 4YKJA 4C0RA 3C32A 4ZEFA 1Q35A 1UTHB 3ONMA 5I56B 1XC1A 4JSDA 3M3KA 4ZEBA 3CG3A 3IORA 3HN0A 4F19A 3LUYA 4O3CA 2DXRA 2I0CA 5HBCA 5H8NB 4QFLA 5I57A 4KYDA 3VVFA 3PPRA 1LFIA 1B51A 4DDDA 2ZNUA 5I2NB 5CRYA 5AA1A 1M5CA 4X1BA 3KJ7A 1Q1KA 2VP1A 3QIMA 2O84X 1AMFA 3MZ1A 5KCJB 5TPAB 2I6EA 2QS3A 1UIUA 4G68B 1I69A 2F6GA 4GOTA 1SI1A 2X26A 3SEUA 3MVXA 3U93A 1IXIA 1MY1A 3S9LC 1D4NA 1D9VA 3KN8A 3TTKA 5ICTA 3THIA 4R73A 3JZJA 1PDAA 2I49A 3MQ9A 1UIVA 1MXYA 3ILUB 1B52A 1RYXA 4G77A 3PGFA 4DE8A 3TPAA 3VXCA 3RTWB 3QAXA 5B7DA 1LLSA 4XXUA 2D5WA 1QULA 3L6HA 1I6AA 4JWXA 2RC7A 3GBBA 4XTCQ 3KBRA 1NH8A 5J1DA 3O97A 1JEVA 2QS1A 2RCBA 4ZZEA 3KOSA 1FCKA 4C1UA 4FE8A 3PUYE 4JWYA 3FXUA 4BLAA 3PPNA 3IOWA 3C34A 4QSEA 4R9GA 3G3IA 4ELPA 1MPBA 3W9WA 3T9UA 2Q2AA 3HHGA 3PMVA 4IY6A 3QSLA 1Y4CA 1SBPA 5DT6A 2G93A 2O6AA 1HSEA 5M2VA 4GLIA 2NXOA 3FJ7A 3RTFB 4C1TA 2D21A 3IAZA 1B0LA 1JNFA 3O29A 3RY3A 1LBBA 2Y7RA 4ND9A 1N3WA 4DXBA 3MZBA 1N3XA 4NWCA 4IO3A 4H1XA 2IEEA 3HHFA 4WEDA 5CMBA 3TFLA 5CMKA 5H8HB 4OFJA 4EXLA 1Y9UA 1DMBA 1ELJA 3TYHA 1S50A 5KZTA 2NOOA 3OO7A 1B2HA 5L9OA 4R2BA 4F3GA 3RNNA 1M5FA 3W15C 3JV9A 1NKXA 2VOZA 5ITOA 4KYSA 3H06B 1DTZA 3U8QA 4JB7A 5FHOA 2DXYA 2GHBA 1BIYA 2DE2A 2QS4A 3DP8A 3OO9A 1XVYA 2QSXA 2F36A 3T93B 4EQ7A 3PPOA 5JEIA 5B70A 4IB2A 2F8DA 3OSQA 1A8FA 1SDXA 4YB5A 1UTHA 4F31B 5I56A 1AOVA 4XKPA 1SYIA 5DVIA 2CZLA 1B0HA 4OZ9A 4FECA 1OIBA 5L8DA 4F1YA 4PP0A 1Y1ZA 5H8NA 1ATGA 2ALUA 5FHNA 5JTYB 2H5YA 4OVJA 5DTBA 3K6VA 2O68A 2F6PA 5I2NA 1GVCA 3LSWA 2IA4A 4ELQA 2ONSA 5FTIA 1A55A 1EU8A 4U2RA 1NL5A 3GXAA 3LC8A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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