3MPLA

Crystal structure of bordetella pertussis bvgs vft2 domain (double mutant f375e/q461e)
Total Genus 70
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
70
sequence length
235
structure length
233
Chain Sequence
HPAYSAREQQWMADHPVVKVAVLNLFAPFTLFREQFGGISAAVLQLLQLRTGLDFEIIGVDTVEELIAKLRSGEADMAGALEVNSARESFLSFSRPYVRNGMVIVTRQDPDAPVDADHLDGRTVALVRNSAAIPLLQRRYPQAKVVTADNPSEAMLMVANGQADAVVETQISASYYVNRYFAGKLRIASALDLPPAEIALATTRGQTELMSILNKALYSISNDELASIISRWR
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Periplasmic domain of the sensor-kinase BvgS reveals a new paradigm for the Venus flytrap mechanism.
pubmed doi rcsb
molecule tags Signaling protein
source organism Bordetella pertussis
molecule keywords Virulence sensor protein bvgS
total genus 70
structure length 233
sequence length 235
ec nomenclature ec 2.7.13.3: Histidine kinase.
pdb deposition date 2010-04-27

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00497 SBP_bac_3 Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 3
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3mplA01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3mplA02
1GGGA 2QS3A 3DP8A 4GOTA 2GFEA 1BTJA 3I6VA 3GBBA 1WVJA 4TLLB 5H8FA 5KZTA 1SBPA 4U22A 2AIXA 4H1XA 1OQGA 1IUDA 3W15C 4DE8A 3V5AA 4F1UA 5HM4B 1PBQA 1LAHE 1MY1A 4GXAA 4OEVA 4LQ5A 1HSEA 2HCAA 1LB9A 1B1HA 1OVTA 3R7XA 3LSWA 3O66A 2ZYOA 1Y1ZA 5DT6A 1UQWA 4HS7A 3TZAA 4PFTA 1T0KA 2O7IA 1MXVA 1ZLQA 2O1LA 3L6GA 3EN3A 2O84X 1RYOA 3MUQA 3FVOA 3LC8A 3O97A 3SKPA 3QYTA 4H67A 4ZZEA 4U21A 4N6PA 1P1QA 4YKPA 1ZKBA 3EHSA 5LOMA 4MLVA 1TWYA 3B6TA 1HSLA 1IEJA 3PPPA 3MWBA 4RPNA 3LR1A 4YICA 4AB5A 4ZEFA 1B7ZA 3FATA 2PX1A 1QULA 3C32A 1MPDA 2DSFA 4XXUA 5AE4A 1SW2A 2Y84A 4I1DA 5DTBA 3T9XB 5DEXB 2F35A 2RC9A 3KFMA 2VGQA 2Y7RA 3IB0A 4YB7A 4NE4A 3UIFA 4Q30B 1NH7A 3V8XB 3OSQA 2A5SA 2DS9A 4PE5B 3CI8A 3W9WA 1LAXA 2ONSA 1QKAA 3K6WA 2ALUA 3TFLA 1JQFA 2UVGA 3QUJA 4F39A 1QVSA 4LUBA 2F97A 4F1YA 3TPAA 4L17A 3IX1A 4EUOA 2DQVA 3S9MC 4Q8RA 2XX9A 2H98A 2XX8A 5EHMA 3HCQA 4G77A 3QUFA 3KBRA 4BDRA 1B9JA 4UACA 1IXCA 3RN8A 4MH5A 1A8FA 4RNSA 3OENA 5AA2A 5I58A 3G3JA 3OO8A 2DE3A 4P11A 3RUMA 1XVYA 1DMBA 4KYEA 2ZMBA 4NF8B 4GIZA 2HAUA 1MH4A 4BDOA 1NH8A 3ECRA 5BUUA 4LZ5A 4DIGA 4NTLA 1H76A 3UGWA 4POWA 4UA8A 4M4GA 3K1PA 4Q0CA 2UXAA 4GLIA 3IB1A 1WODA 3DELB 1R9LA 4EXKA 3PU5A 1B5JA 2REGA 3VLUA 3OD7A 2Q89A 4QFPA 4R6HA 1EZOA 3TTMA 4ZEBA 3FV1A 4EQ7A 5KDTA 5FTHA 4POXA 1S9TA 3G3FA 4DCYA 1SVXB 4FE8A 1XS5A 4NF8A 1LFHA 1MM7A 2XD3A 3C34A 5JTYB 3SETA 1UTBB 3V89B 1OQHA 3N6UA 1MQHA 1N3WA 3D4CA 4GXSB 3EHTA 2XXVA 1IZ1A 5H8HA 1GTKA 4FAJA 5L8DA 1JVYA 3RPWA 4RXLA 4FIMA 5ELVA 5TP9B 1SI0A 3TQWA 1KWHA 1M5EA 3ONMA 1A7LA 1S7YA 3RLFE 1N0TA 1SW1A 4QF9A 4QSDA 1A40A 3ZKKA 2F7AA 3Q28A 4P0IA 3KSJA 5JTYA 2QJEA 1O64A 3BFUA 1I6BA 4DXCA 3PV0E 2O68A 4QFKA 4NF6A 5M2VA 1P1WA 3TKDA 1FQAA 4GD5A 3VV5A 3C31A 3K02A 1IXHA 3HN0A 4ELRA 2LAOA 3MC2A 2QS4A 1GV8A 1O7TA 1B2HA 2PVUA 1DPEA 3Q27A 3M8UA 5CBSA 4LQ2A 1O63A 1YPNA 2P0SA 3BBRA 3H06B 3K0VA 1JVXA 1I6AA 3FIRA 4F2OA 1AIVA 4WEDA 3B6QA 1R1NA 2O51A 3VFJA 3PUZE 5DVFA 4QRZA 3JYRA 2Y7KA 4GL8A 3VLWA 2Q8JA 2XXHA 4MF3A 3VVEA 2UVJA 3UA8A 1EZ9A 2ZXTA 2RCBA 3E4RA 1M5FA 4ND9A 3K2DA 2UYFA 1FQDA 4U4XA 4OFOA 2I3WA 3UK4A 2Z8FA 3IOTA 4GVOA 3U92A 3P7IA 5CMKA 3ZS6A 1BIYA 4EF2A 5FHNA 4GQOA 1D4NA 1Y4TA 3Q26A 1GR2A 1URSA 5ITPA 1MQGA 3CSBA 2HZLA 2X26A 4OHNA 4WEPA 4OERA 3FZVA 2W7YA 1ZIUA 3E3KA 2Z22A 3IB2A 4OXVA 4F22A 1MXYA 1Y1MA 4KR5A 5A5XB 3H3GA 1B3EA 4LATA 4IGTA 1ATGA 4XKPA 5I59A 2OLBA 4ELOA 1LGBC 3PUXE 2VD3A 4THIA 3FD3A 1A8EA 1MXZA 1B3FA 1NL5A 3MPKA 1B6HA 2HAVA 4K3FA 2H4IA 2V25A 1DTGA 1LCTA 2REJA 2V3TA 4GRKA 3U1OA 4OVJA 1USYH 3K6UA 4QFNA 1HSJA 1MXWA 3MZBA 4MLQA 1VFEA 1LFIA 5A5XA 1USYE 2Q88A 2XXUA 1MPBA 3RT6B 2QRYA 4ESWA 1XVXA 3PD8A 5BWJA 2B3FA 1US5A 4M1VA 3R6UA 4YKKA 4F31B 5HBCA 2Q2AA 4QFOA 1BP5A 4YMAA 5AA3A 2DVCA 4Z0IA 1UTHB 1B40A 5AA2D 2F7CA 1DSNA 2X7PA 4ONYA 4BDQA 2QL3A 4QSCA 5CBRA 3ZKLA 4RPOA 2NUVA 3O9PA 4O3AA 1UIUA 3RNNA 1QUIA 4HCYA 1B3LA 1PB7A 3MJNA 4IO4A 4DCXA 1MDP1 3QSLA 2XX7A 2DE2A 5I2KA 3MZ9A 1GVCA 1MQDA 4LZ8A 2H25A 4HCWA 1UTHA 3L6HA 4OETA 4DLDA 4F1VA 1Y3NA 5DYHA 1B1XA 1MG1A 4LZ7A 3KZGA 3PPOA 1JW1A 5I57B 3QXMA 1NFTA 4DXUA 3E9XA 4JBZA 3FVGA 1RYXA 4ZS9A 4R6YA 3H6TA 3CSGA 4LA9A 3KOSA 3KSXA 1JW5A 1II5A 3EHUA 3EQ1A 3N5LA 4JWXA 4BDMA 4G68C 3TTLA 4ZEIA 2PMSA 2YPNA 3H03A 3G3IA 1IXGA 1FQCA 1ZMGA 3KN3A 2Z8EA 2HFBA 2DWAA 4ZE9A 5B70A 3TMGA 5I57A 2ONRA 3TUSA 2OCUA 1NNTA 3FJGA 1VE4A 5TU0A 1MQJA 2OJTA 2DWHA 4U4SA 5KCJB 4MBPA 2XXPA 3IK6B 3IJOB 5B7DA 4RK9A 3CFZA 3H4ZA 2DWJA 3SESA 4OWDA 4R73A 3S4UA 2V84A 3KG2A 2NOOA 5AA2B 5I58B 5L9MA 4NF5A 1ZU0A 3PGFA 1B5IA 3MP8A 1Y20A 3M3LA 4KYSA 1Y4CA 4NF4B 3FVKA 3W9VA 5IAIA 4R2BA 1AH5A 4KD5A 3HHGA 1LBBA 4U23A 1SW5A 1IIWA 1H3DA 2UYEA 2VP1A 3CG1A 1EZPA 1Z7ME 5KCJA 4OESA 3FVNA 3G3KA 3MW0A 1B46A 4FECA 4IO2A 2D5WA 4EDPA 1ELJA 5TPAB 4PP0A 2AL5A 2OK2A 3KOTA 3TODA 2X7QA 3ZSFA 2Z8DA 2VD2A 4Q5TA 4R9FA 2RCAA 5KDTB 5I84A 1LLSA 3FJMA 3RT8A 1OLCA 1P1UA 4NF4A 4NWCA 3U72A 1SW4A 3IO6A 4G8HA 4C0RA 4NEDA 5AA4A 3HV1A 3RY3A 2ZYMA 4PFWA 3K00A 3T9HB 1H43A 4KCCA 1LCFA 2P1SA 2QMWA 3K01A 4O3CA 1UIVA 4BLAA 4I8CA 3GZGA 3KJTA 3VVDA 4DZ1A 3IOWA 5H8HB 3QIMA 2R9JA 1B7UA 2RKMA 3HPIA 3O2AA 4G4PA 5TPAA 1AL3A 1FTOA 4U1ZA 3HO7A 4ISUA 4LP2B 4GL0A 3DM0A 4G8NA 4YU0A 1R9QA 5CI5A 1B3GA 5I2NB 4F3GA 2A5TA 4NF6B 1B4HA 2I4BA 2ZYKA 4FEBA 1FTKA 2ANJA 3PMVA 1B7HA 4NWDA 3CG3A 4TQUQ 1BLFA 1Q35A 3S9EA 2I6EA 1XC1A 2I0CA 3LSFB 2OWSA 4ZEKA 1MY4A 1MY2A 5I2NA 1Y9UA 4OTEA 3OEMA 2ABHA 4NMYA 3OO9A 3G3GA 2Y7IA 2RC7A 3O6GA 3CRBA 1EH3A 1B4ZA 2OBGA 4R72A 1NNKA 1NNFA 3FGSA 2XHDA 3BKIB 3FASA 2DP8A 5JEIA 4EF1A 1VR5A 3MVZA 3IR1A 1WDNA 2GHBA 4WXJA 2CMOA 4ESXA 4IY6A 1XT8A 1J1NA 1MH3A 3D4GA 1Q1KA 3T22A 1LFGA 1B58A 3B7DA 3N26A 1A99A 2CZLA 5IKBA 4I9DA 3FXRA 2BJJX 3LSXA 3USDA 2XXXA 2P2AA 2PYYA 4JWYA 5I59B 1LSTA 3C36A 2XD2A 3M3KA 3MVYA 1IXIA 5H8NB 3OXNA 4JSOA 4BDNA 4QHQA 4RYAA 2FA7A 3KEIA 1QJMA 1LB8A 4O3BA 2O6AA 3FJ7A 4XIGQ 1TT1A 4OMBA 1PBPA 3IOVA 4JSDA 1JEVA 4YZZA 3TCHA 2F7BA 3UORA 2FYIA 1N3XA 1MRPA 4H8JA 2XXQA 4X48A 3TDJA 2ZNTA 1CE2A 2FNCA 1N84A 3VXBA 3H6VA 4OFLA 3F11A 5H8NA 2NVUB 3VLVA 5I56B 4ZDMA 5DVIA 3OOAA 2Y7PA 2H5YA 3DP4A 4JWOA 3G3HA 3RTWB 3K4UA 2XXYA 1CB6A 3TTNA 3E13X 1ZTYA 5K2XA 3TAJA 4X1BA 1NNPA 1R6ZA 1YCJA 1FW0A 5H8QA 4YKJA 1MXXA 3MBPA 5JK4A 2GRVA 4KI0E 4FATA 2UVIA 4X9TA 3UN6A 2AL4A 1SI1A 2R71A 1B52A 2Y7WA 4LONB 3K6VA 5L9OA 3LUYA 5I56A 3BFTA 3SEVA 3TCFA 5I2KB 2ONKE 2GHAA 4XKQA 1VFDA 4E0XA 4R75A 5FHMA 3Q29A 3U94A 3KGCA 3C35A 3CIJA 3H6WA 1B32A 3UP9A 3CFLA 4JDFA 3OEKA 1EU8A 3O28A 1IITA 5ICQA 2OZZA 3THIA 3GBAA 1B5HA 5AA1A 4ELPA 2OWTA 3U93A 4C1UA 2I0BA 4OQOA 3IAZA 3MZ1A 3MP6A 4KFQA 4F3SA 5CMMA 4ZEDA 4ELQA 1MXUA 3OMBA 2RC8A 1M5DA 3G7WA 2M8CA 5ISUA 1MM6A 5J1DA 1SDXA 1URDA 1B0LA 1OIBA 2F36A 3RGYA 4YB6A 3FXUA 1TFAA 1H45A 4H5GA 3N94A 3C4MA 5L9SA 2ESNA 1M5CA 4I62A 2QSXA 3I3VA 4WKMA 3CFXA 1TFDA 2NXOA 4ZE8A 3A3CA 1FTLA 4H6DA 3K6XA 3V83A 1SD3A 4R9GA 2PT1A 4OFJA 4IY5A 2I49A 4X1DA 4JXIA 2I3VA 1IQ7A 2THIA 4NF5B 4EQBA 2ZYNA 4U2RA 1BKAA 2HZKA 4DDDA 2VOZA 1RKMA 4F18A 4QFLA 3VE1B 4LVQA 3TQLA 4C1TA 1A54A 4IO5A 5FHOA 3MVWA 2YJPA 4GF8A 2F6PA 3QAXA 4OENA 1OVBA 3A3UA 3T9VA 3IO4A 5F1QA 3U8QA 3I5OA 2AYSA 3SDFA 1B0HA 3CR9A 4RA1A 4PFUA 3VDFA 1LAGE 4H65A 4RJZA 4G68B 4FORA 3TYHA 2DXYA 3SEXA 3GXAA 1YAEA 4IGRA 3S2VA 3OELA 5CMCA 1SYIA 3MP1A 4F29A 2IA4A 4H8IA 3PUWE 3VVFA 3DP6A 1QW0A 2YLNA 5AA4B 2O1MA 4DXBA 4ECFA 3JV9A 2XXTA 3PPRA 3A09A 5CMBA 2H9BA 2F6GA 3ILTB 1B05A 2DXRA 3H7MA 1N7WA 3GLBA 2PBWA 4XTCQ 4G68A 2QMXA 3CVGA 1H44A 1Y3PA 4Z7EA 3FXQA 5DEXA 3WAFA 2O7UA 4R6KA 3RTFB 2DYXA 4TLMB 5H8SA 2A5TB 3T9UA 1TXFA 2V3QA 1ZJLA 1OLAA 2GH9A 1JEUA 1F9BA 3WAEA 2DVZA 4EQ9A 3SEYA 3T66A 4YKIA 5ITOA 1S50A 4MFIA 2O69A 4F3BA 2DOJA 3ILUB 5F7VA 1N04A 3FUZA 4KHZE 4F2QA 3PPNA 3LSLA 1POTA 1QUKA 1US4A 3TEPA 5ICTA 1D3KA 3MPLA 3MAMA 3HHFA 3O6HA 4YAHX 4IO3A 4GFRA 2D3IA 2DWIA 4PFYA 4BDLA 2B3BA 3M3FA 4YMBA 4AQ4A 4IO7A 2I48A 3DLNA 2H99A 5HPQA 5CC2A 3LBSA 3K1NA 4OZ9A 4KPTA 1NMUA 1N76A 3KN8A 4KQPA 3RQTA 2NWJA 2QS1A 3PMWA 2E0SA 3TCGA 3JZJA 3OSRA 1P1NA 2Q2CA 1DOTA 1MQIA 1VSOA 4AB6A 2RF1A 2G93A 3EPEA 1ANFA 2ZNUA 3N6TA 2HEUA 3R26A 1FQEA 5CRYA 4P0GA 3PPQA 3IORA 3TTKA 1LBCA 1UTBA 1FCKA 3S9LC 1JNFA 4R2FA 3S9NC 1A55A 3VXCA 1PC3A 1D9YA 2KLFA 1ZBMA 1SQYA 1MPCA 2V93A 1QKBA 3ODBA 3SEWA 1URGA 3IOUA 2Z23A 1P1OA 2D21A 2IEEA 2XXWA 1PB8A 4ZZAA 5TP9A 3H6UA 1FQBA 1AOVA 4XKRA 4GWOA 1L5TA 3FV2A 5EYFA 1Y3QA 4KYDA 3PUVE 3T93B 1OMPA 3OO6A 3C9HA 1SYHA 4JB7A 1JW4A 1DPPA 1I6QA 1MDQA 3OO7A 1PDAA 3IJXB 4EXLA 1N7XA 3IL1B 4E0WA 4FEDA 1PB9A 4YB5A 2XXIA 4R74A 4N13A 5H8QB 2XXRA 4F19A 2QS2A 2B65A 4HTGA 1B3HA 1YTVA 4IB2A 2I58A 3QK6A 5FTIA 4G8MA 3PUYE 4QSEA 1NKXA 4ZECA 3AXFA 2E1SA 1FTMA 1B51A 1P99A 2QPQA 3KN7A 4OEUA 4RK2A 5K2YA 4XKNA 1QUJA 2UVHA 1MS7A 4FJPA 1XOCA 3C33A 3HSTA 2HQ0A 3MVXA 4N07A 3PD9A 1I69A 1PEBA 4PETA 3B6WA 3TELA 1JETA 3SERA 1DTZA 2WKYA 5CM6A 1D9VA 4H5FA 2VHAA 2V3UA 2R6GE 2ZNSA 3SEUA 1LAFE 4G2ZA 1M5BA 1POY1 4RY1A 3TTRA 2RINA 2F5XA 4TOZA 4IO6A 2Q9TA 2F34A 4KCDA 4OYVA 2G29A 1Z7NE 5H8FB 2I4CA 1AMFA 3EF7A 3MQ9A 1MY3A 3PMXA 2HXWA 2F78A 4H0WA 3Q25A 2PT2A 1FTJA 1XHYA 2F8DA 1FQFA 3T96B 4F3PA 3O6IA 3O29A 4PQJA 3K1MA 1MY0A 3KJ7A 5DVJA 4U1OA 4HW8A 5EHSA 2DE4A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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2XX8A 5EHMA 3HCQA 4G77A 2PFZA 3QUFA 3KBRA 4BDRA 1B9JA 4UACA 5EQ8A 1IXCA 3RN8A 4MH5A 1A8FA 4RNSA 3OENA 5AA2A 4NG7A 5I58A 3G3JA 3OO8A 2DE3A 1NV0A 4P11A 1INPA 3RUMA 1XVYA 5ET6A 1DMBA 2ZZWA 4KYEA 2ZMBA 4NF8B 4GIZA 2HAUA 1MH4A 4BDOA 1NH8A 3ECRA 5BUUA 2L5VA 4LZ5A 2WYKA 4DIGA 2Q8MA 4NTLA 1H76A 3UGWA 4POWA 4JVCA 4UA8A 3B50A 4M4GA 3K1PA 4Q0CA 3PTYA 2QVUA 2UXAA 4GLIA 3IB1A 1WODA 3DELB 4N8GA 1R9LA 4EXKA 3PU5A 1FPKA 1B5JA 2REGA 3VLUA 3OD7A 2Q89A 4QFPA 4R6HA 1EZOA 3TTMA 4ZEBA 3FV1A 4EQ7A 5KDTA 5FTHA 4POXA 1S9TA 3G3FA 4DCYA 1SVXB 4FE8A 1XS5A 4NF8A 4GX4A 1LFHA 1FPBA 1MM7A 2XD3A 3C34A 4O94A 5JTYB 3SETA 1UTBB 3V89B 1OQHA 3N6UA 1MQHA 4HE1A 1EYJA 1N3WA 3D4CA 4GXSB 3EHTA 1FBDA 2XXVA 5FBPA 3B8BA 1IZ1A 5H8HA 1GTKA 4FAJA 5L8DA 1KZ8A 1JVYA 4N15A 3RPWA 4RXLA 4FIMA 5ELVA 5TP9B 1SI0A 3TQWA 1KWHA 1M5EA 3ONMA 1A7LA 1S7YA 3RLFE 1N0TA 1NV5A 1SW1A 4QF9A 4QSDA 1A40A 3ZKKA 2F7AA 3Q28A 4P0IA 3KSJA 5JTYA 2QJEA 1O64A 3BFUA 1I6BA 2WX9A 4DXCA 3PV0E 2O68A 4QFKA 4NF6A 5M2VA 1FBCA 1P1WA 3TKDA 4MEVA 1FQAA 4GD5A 3VV5A 3C31A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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