3O97A

Crystal structure of the complex of c-lobe of lactoferrin with indole acetic acid at 2.68 a resolution
Total Genus 108
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
108
Knots found
sequence length
345
structure length
341
Chain Sequence
YTRVVWCAVGPEEQKKCQQWSQQSGQNVTCATASTTDDCIVLVLKGEADALNLDGGYIYTAGKCGLVPVLAENRKSSKHSSLDCVLRPTEGYLAVAVVKKANEGLTWNSLKDKKSCHTAVDRTAGWNIPMGLIVNQTGSCAFDEFFSQSCAPGADPKSRLCALCAGDDQGLDKCVPNSKEKYYGYTGAFRCLAEDVGDVAFVKNDTVWENTNGESTADWAKNLKREDFRLLCLDGTRKPVTEAQSCHLAVAPNHAVVSRSDRAAHVEQVLLHQQALFGKNGKNCPDKFCLFKSETKNLLFNDNTECLAKLGGRPTYEEYLGTEYVTAIANLKKCSLEACAF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Crystal Structure of the complex of C-lobe of lactoferrin with indole acetic acid at 2.68 A Resolution
rcsb
molecule keywords Lactotransferrin
molecule tags Hydrolase
total genus 108
structure length 341
sequence length 345
other databases KnotProt 2.0: S
ec nomenclature ec 3.4.21.-:
pdb deposition date 2010-08-04

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00405 Transferrin Transferrin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3o97A01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3o97A02
4H0WA 4OEUA 3DM0A 3U92A 3L6GA 4G4PA 5TPAA 4MBPA 3RPWA 1R9LA 3OEKA 5I59B 1MH3A 1BKAA 5I2KB 4ZS9A 4KFQA 3O6IA 3GLBA 2DSFA 2A5TB 5CMBA 1HSJA 3V8XB 4DZ1A 1B1HA 1O64A 4JDFA 2I4CA 3G3GA 3MVYA 2D3IA 2RCAA 3SEYA 1GVCA 2XXTA 3HHGA 2I6EA 2PX1A 1RYXA 2QJEA 3IB1A 4OFLA 5CI5A 3FXRA 1MQJA 4R75A 2NUVA 2OWTA 1MY4A 3RY3A 3MZBA 3EN3A 2VD2A 4YB6A 2XXUA 2VD3A 4N6PA 1GV8A 1MPCA 1M5CA 1D4NA 5EYFA 5TP9A 3UIFA 3E4RA 5I57A 3K6UA 2Z23A 4U21A 5CM6A 1XVYA 5ITPA 4PFUA 1DTGA 1ZLQA 2R71A 3E3KA 4NF6B 1LFHA 2DP8A 3CI8A 4PETA 3S9MC 4G68A 2ALUA 4O3BA 4X9TA 4IGTA 2WKYA 4EUOA 1T0KA 1KWHA 4FJPA 1B5IA 5DVIA 4IO2A 3FZVA 5BUUA 1JQFA 2O7IA 1B3GA 1B5HA 1IEJA 4YU0A 1MXWA 2ONSA 3H6UA 4Z7EA 4DIGA 4XTCQ 3OELA 1JNFA 5CRYA 3KN7A 4H5GA 1B3FA 1MXYA 4RNSA 1DPPA 3FATA 3K6XA 1Y3QA 3V83A 2H25A 2R6GE 2F6PA 1B5JA 2QMWA 3C4MA 4U2RA 2NXOA 4BLAA 3RNNA 1D9YA 3N6TA 1FQEA 4GF8A 3W9WA 4QFLA 3VVEA 4ZEFA 1QULA 1PBPA 4EF1A 3KG2A 2F7AA 4QFPA 1QVSA 3OD7A 5TPAB 2OBGA 3SDFA 2REGA 1SW4A 1QUKA 3IB0A 3AXFA 4P11A 2I0BA 4IO4A 4NF4A 3UN6A 3LR1A 2DQVA 1PEBA 2RC9A 2M8CA 2UVHA 1GR2A 2ZXTA 1TFDA 3PMWA 2V3QA 4ZEIA 2QS4A 3TTMA 4RY1A 2IEEA 4LQ2A 5L9OA 1B0LA 5DT6A 3TZAA 1NNFA 3VVDA 3QUFA 2Z8EA 3TPAA 3Q26A 3TCFA 5K2YA 3F11A 4X48A 1XT8A 4G68C 4P0GA 5FTIA 5A5XA 1UTBA 2O69A 5F7VA 4ESXA 2Q2AA 2FA7A 5TP9B 4KR5A 3C33A 3FXUA 4F2OA 1B9JA 5I57B 1MDQA 4BDMA 1M5BA 2B65A 3QYTA 1VR5A 3MP6A 2LAOA 4ZZAA 5H8NA 3IOTA 3SEWA 5HPQA 2Y84A 1NH7A 3I6VA 1P1WA 1ZKBA 2O1MA 4G68B 1JW4A 1SYIA 1WODA 1B3LA 2HZLA 1XVXA 3FUZA 1M5DA 1JW5A 2F34A 1NH8A 1LFGA 3G7WA 2XX8A 3PV0E 5CMMA 4JB7A 1OMPA 1MQIA 5K2XA 3MPKA 3CSGA 4K3FA 3T9VA 5AA2B 2V3UA 4FATA 5I58A 1LAHE 4GQOA 3IB2A 1A7LA 3S9LC 2NOOA 1DPEA 1SD3A 3TODA 1URSA 2PBWA 5ELVA 1D3KA 5KZTA 5HM4B 3A09A 3RT8A 1A8EA 2THIA 1P1UA 3LUYA 1XS5A 3TTLA 4YB7A 2XXYA 4F31B 1FTMA 4I62A 3QUJA 2G29A 4FEBA 5L8DA 3PD8A 1EZPA 4WXJA 5JK4A 4OESA 4MF3A 1MY3A 1YTVA 4NWCA 2VP1A 4H8IA 4YAHX 3Q28A 4XKRA 4OENA 2V3TA 1ZTYA 3MWBA 4NF4B 4UA8A 4XKNA 2ANJA 3FJGA 3FV2A 1USYH 1ELJA 1ZJLA 5B7DA 1WDNA 3KSJA 4QRZA 2OLBA 3B6WA 2XXPA 3UGWA 1OIBA 1ZMGA 3W9VA 2W7YA 1SBPA 3SERA 5TU0A 3PUZE 4FEDA 3EPEA 4FE8A 1R9QA 5A5XB 3CVGA 4PQJA 3N26A 3HPIA 2O7UA 2O68A 1ATGA 3MW0A 3OSQA 3ZKLA 2RC8A 2XXRA 1RKMA 2XXQA 3SEVA 4R74A 2QL3A 1S7YA 2DOJA 3GBAA 4DE8A 1BTJA 3OOAA 4LATA 4QSDA 3B7DA 5JEIA 4H8JA 3TTNA 1FQDA 1SQYA 1UTHA 1II5A 2Y7IA 3T93B 5DYHA 1H76A 4F3PA 3FD3A 2Z8FA 3S2VA 2H5YA 2D5WA 3O66A 4XIGQ 3KEIA 3Q25A 3DP8A 2V84A 3T9XB 2G93A 1TFAA 3K4UA 3FV1A 3MAMA 1POTA 1H43A 1HSEA 1QW0A 1P1NA 1GTKA 1MXXA 4ZECA 1VFDA 4POWA 4DXBA 4LZ8A 1PBQA 3TKDA 2HAVA 3SETA 3USDA 4IO7A 4KYSA 4EQ9A 1FTJA 2I3WA 3TDJA 1MM7A 1CB6A 3H6TA 1N7XA 2O6AA 2HQ0A 3Q27A 5H8HA 1DTZA 2UYEA 2F97A 4RK2A 3QXMA 1PB7A 4Q0CA 4IO6A 1MXVA 4QFOA 3LSFB 5ICTA 4IB2A 1I6BA 1P1QA 2XXWA 4C0RA 1LAGE 4O3CA 4RPNA 2I48A 4OWDA 4ZZEA 2DXRA 3K1MA 3BFUA 2NVUB 3TELA 1JEUA 1RYOA 3ONMA 5CMCA 1A99A 5H8SA 3S4UA 3O9PA 4OFOA 1A8FA 2XD2A 5IAIA 3TQLA 2RKMA 2X7QA 3CSBA 2DWIA 4THIA 3KN3A 2E1SA 3PPOA 3PUVE 3PGFA 2GFEA 4KD5A 4RPOA 3R26A 2Z8DA 1Z7NE 1NKXA 2GHBA 3IJXB 4KCDA 4L17A 1LBCA 4YKKA 1QKBA 2ZYNA 5H8QA 1EZ9A 2QS2A 2I3VA 1B05A 4LQ5A 1POY1 4ELRA 5BWJA 1M5EA 3EHTA 4GIZA 4Q5TA 1UTHB 1P99A 3O29A 2RINA 4RK9A 1BIYA 1OLAA 1DSNA 3GZGA 3CFXA 4KYDA 4U4SA 1MS7A 3IOVA 5AE4A 3TUSA 4OMBA 3HO7A 4YKJA 3R7XA 1PC3A 1P1OA 4LP2B 1JETA 3QAXA 4POXA 4PE5B 5AA2D 2HXWA 3QSLA 5ITOA 2UVJA 4TLLB 4TLMB 3KZGA 4F2QA 4HW8A 3GBBA 3U8QA 2Y7RA 4GL0A 3N6UA 1MXUA 4AQ4A 5J1DA 3KOTA 3DELB 2VOZA 3VDFA 1MQGA 2PYYA 2AL5A 3MVWA 1F9BA 4F1UA 1N76A 3M8UA 3OO9A 5LOMA 4JSDA 3PMVA 4AB5A 3BBRA 5FHNA 3HHFA 4ESWA 1B3EA 1OVBA 3MBPA 2F6GA 3OO7A 4WEPA 2RCBA 2KLFA 1IQ7A 1JVYA 4R6KA 4QFKA 4M1VA 2ABHA 4E0XA 2HCAA 4C1TA 3MVXA 2DE2A 3PPRA 2GHAA 1Y4CA 1NNTA 4LUBA 4DDDA 2NWJA 4NEDA 4NF8A 3G3IA 5ICQA 5DEXA 3H3GA 4H65A 2FYIA 1MG1A 1MQDA 2YLNA 2FNCA 1GGGA 3VFJA 3TTKA 3G3JA 3RLFE 5AA3A 4EXLA 2PVUA 1Y4TA 1AOVA 2I58A 3IX1A 4IY5A 3ILTB 1H45A 3PUYE 1Y1ZA 4JSOA 4F3BA 2XXXA 4GL8A 2RF1A 5AA1A 4Q30B 4ONYA 2XX9A 1Q1KA 1B7UA 1QUJA 3M3KA 2P0SA 4ZEKA 3EF7A 1JEVA 3PUXE 3UK4A 1R6ZA 4PP0A 3SESA 1Y3NA 1IXGA 2ZNTA 2UXAA 2DYXA 2I4BA 2P2AA 3IORA 4PFTA 3KOSA 3FIRA 3HV1A 2A5SA 1OVTA 3PU5A 4RJZA 5ISUA 3IK6B 3R6UA 4BDRA 2F5XA 4OVJA 4U23A 4DXUA 5DVFA 2V25A 3JZJA 2REJA 3H03A 3I5OA 4YMBA 1PDAA 4C1UA 3FVGA 1LFIA 4KCCA 1QUIA 4ISUA 4F1YA 2ZMBA 4BDQA 1Y3PA 4M4GA 2DS9A 2Z22A 2DWHA 1URGA 1US4A 4IO3A 1LSTA 2Y7WA 2Y7PA 3ECRA 1B0HA 2OCUA 3DP4A 4PFWA 1AIVA 5DVJA 3RUMA 2F8DA 3IAZA 3K0VA 4DCXA 4GXAA 1UIVA 4F1VA 3TCHA 4HCYA 2Q9TA 5CC2A 4H5FA 3ZSFA 1USYE 1Y20A 4G2ZA 2O84X 3PPPA 4H6DA 1AH5A 2ONKE 3TFLA 1DMBA 3EHSA 3RQTA 4YB5A 4LZ7A 2QMXA 4NF8B 5DEXB 2CMOA 1M5FA 2CZLA 5JTYA 5L9SA 2Q89A 3A3UA 3MUQA 4LZ5A 1TT1A 1Y9UA 3QK6A 3G3FA 2XHDA 3IJOB 2UVGA 4ELQA 1SI1A 4NWDA 2Y7KA 1SDXA 1ZIUA 3PPQA 3UA8A 4ZE9A 2UYFA 4QSEA 4R6YA 4RYAA 1MXZA 3K6VA 5FHMA 4JBZA 3M3LA 3KJTA 5I59A 4P0IA 4R72A 4FECA 3SEUA 3OMBA 1Z7ME 3BKIB 1B2HA 1B4HA 1MQHA 1UTBB 3D4CA 4QF9A 4EQ7A 4YICA 1LGBC 2ZYOA 3MP1A 3H06B 4GFRA 2F7BA 3FVOA 4E0WA 2H4IA 1B3HA 1MDP1 3FJ7A 1LCTA 3VXCA 2DWAA 4GOTA 4F22A 1URDA 1A55A 5EHSA 3FJMA 5H8NB 3CG1A 4FIMA 1EZOA 4OFJA 4MLQA 1NFTA 5H8FA 1XHYA 4F3GA 4LONB 3L6HA 3O6HA 1O7TA 4JXIA 1OQGA 1VFEA 1B46A 1OQHA 1B7ZA 3K1NA 2H98A 4O3AA 4OETA 4JWYA 4I9DA 3O2AA 4NF6A 1MY0A 5I58B 1A54A 3TTRA 4MH5A 1MPBA 4TQUQ 4XKQA 2F78A 3O28A 4H1XA 3IR1A 4BDNA 1TXFA 3OENA 2DWJA 4U1ZA 1HSLA 2ESNA 1NNKA 2F7CA 4EXKA 2Q8JA 4GVOA 5CBRA 1UQWA 4X1DA 2B3FA 3MZ9A 3K2DA 4U22A 2X26A 1D9VA 4R9GA 4I1DA 3U1OA 4GD5A 3V89B 3HSTA 3DLNA 3MZ1A 4KQPA 1JW1A 5JTYB 4TOZA 3VLUA 4GWOA 2DE4A 3T9HB 5I84A 2V93A 4F39A 4WKMA 5DTBA 4ZEBA 4G8NA 2H9BA 3HCQA 1MH4A 1LB8A 3K01A 4F19A 4F29A 1B40A 2H99A 2O51A 1IXIA 3W15C 1AL3A 3TYHA 2XXVA 2OJTA 3IO4A 4IGRA 3E13X 4N07A 3ZS6A 3VLVA 2ZYMA 3I3VA 3LBSA 1SW2A 3KSXA 3C36A 4QSCA 3VE1B 1EU8A 4R73A 4EDPA 4IY6A 3E9XA 4OHNA 2AIXA 3UP9A 4NE4A 1MY2A 1VSOA 1NNPA 4YKIA 2ZNUA 3CG3A 2IA4A 4JWXA 1PB9A 5H8FB 3MJNA 2HFBA 3QIMA 4ELOA 3LSXA 4G8HA 3IOWA 1I69A 3KBRA 1IUDA 1NL5A 3BFTA 4Z0IA 2UVIA 1SI0A 2XD3A 4F18A 4G77A 1FQCA 3V5AA 1YCJA 2QPQA 3OO8A 3MQ9A 1MRPA 4FORA 3OO6A 4R2BA 5CBSA 4GRKA 3C35A 2ZNSA 1LB9A 5KCJA 1N3WA 5H8HB 2XXHA 3T66A 3JV9A 1L5TA 1IZ1A 5AA2A 4LVQA 3EHUA 2I49A 4HCWA 4OZ9A 2OK2A 3K1PA 3VXBA 2GRVA 1NMUA 4YKPA 1MM6A 4MLVA 4FAJA 3LSWA 3T22A 4IO5A 3IO6A 1EH3A 4XXUA 4OERA 3TQWA 3JYRA 4WEDA 1LLSA 3KN8A 3PD9A 1LCFA 1WVJA 2DVCA 3TEPA 2XXIA 1SVXB 2B3BA 4DCYA 4MFIA 4ND9A 3KGCA 4Q8RA 3MPLA 1MY1A 2DXYA 1N3XA 2AYSA 1LBBA 3VVFA 1SW1A 5F1QA 3GXAA 3WAFA 1VE4A 4U4XA 1A40A 1R1NA 4YZZA 3FVKA 1Q35A 1ZBMA 1FTLA 3CFLA 4UACA 3M3FA 5H8QB 5KDTA 2F36A 5I2NA 4H67A 3FVNA 4R6HA 4EF2A 4OXVA 2BJJX 2XX7A 1SW5A 4X1BA 3FXQA 4NF5A 3OSRA 3MVZA 3C31A 4YMAA 1B1XA 4QHQA 3G3KA 3RT6B 3PPNA 2OWSA 4KPTA 4N13A 4ZE8A 1MPDA 3CR9A 3CRBA 2Q88A 1BLFA 5L9MA 1I6QA 1H3DA 2F35A 4EQBA 1FCKA 4RA1A 2RC7A 5I56A 1IXCA 1XC1A 2O1LA 1FTKA 3N5LA 3IOUA 1ANFA 3RN8A 4I8CA 2DVZA 3RTFB 1IIWA 3U93A 4HTGA 4NMYA 5B70A 4OTEA 5KCJB 3IL1B 2E0SA 3KJ7A 4DXCA 3HN0A 4AB6A 3TAJA 4BDOA 3H6WA 5M2VA 1BP5A 3C34A 3SKPA 5FHOA 2X7PA 4JWOA 1UIUA 2YPNA 1SYHA 2GH9A 3ZKKA 3LSLA 3U72A 2VHAA 3S9NC 3MC2A 3THIA 3WAEA 1H44A 1N84A 3G3HA 1B32A 2PT2A 1B52A 3EQ1A 2P1SA 3PUWE 1N7WA 3RGYA 5CMKA 1DOTA 5AA4A 1FQBA 2AL4A 1ZU0A 4BDLA 2I0CA 2QS3A 4RXLA 3P7IA 4GXSB 1I6AA 2ONRA 3T96B 3CIJA 2OZZA 3A3CA 2R9JA 3PMXA 2D21A 3B6TA 4G8MA 5I2KA 1FTOA 2YJPA 2A5TA 5KDTB 5I2NB 2VGQA 3VLWA 1XOCA 3O6GA 3OXNA 2HZKA 1JVXA 3TCGA 3OEMA 1N0TA 1O63A 4NF5B 3TMGA 3DP6A 3K02A 3MP8A 1AMFA 1TWYA 5EHMA 1FQFA 4PFYA 3ILUB 1CE2A 4KHZE 2QS1A 3H4ZA 2PMSA 4OEVA 1B6HA 3FASA 2Q2CA 4ZEDA 4QFNA 4R2FA 1J1NA 3LC8A 4KI0E 5I56B 4OYVA 5FTHA 1N04A 3ODBA 1IXHA 4OQOA 2DE3A 3S9EA 3KFMA 2HAUA 1PB8A 1QJMA 5IKBA 4U1OA 3VV5A 4HS7A 1US5A 3D4GA 1YPNA 1FW0A 1OLCA 4DLDA 3K6WA 4ZDMA 1B58A 1QKAA 1LAFE 3B6QA 3RTWB 3SEXA 3O97A 5HBCA 4ELPA 4ECFA 3CFZA 1S50A 3FGSA 3H6VA 1FQAA 1S9TA 1Y1MA 2QSXA 4F3SA 4GLIA 2ZYKA 1LAXA 2HEUA 1B51A 3K00A 1YAEA 3N94A 3C9HA 2PT1A 3Q29A 4R9FA 3H7MA 3UORA 3T9UA 5AA4B 1B7HA 4XKPA 2QRYA 4KYEA 3U94A 3C32A 1B4ZA 4NTLA 1IITA 4LA9A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4X8RA 4H0WA 4OEUA 3DM0A 3U92A 1NUYA 3L6GA 4G4PA 5TPAA 4MBPA 5EYHA 3RPWA 1R9LA 3OEKA 5I59B 1MH3A 1BKAA 5I2KB 4ZS9A 4KFQA 3O6IA 3GLBA 2DSFA 2A5TB 5CMBA 1HSJA 3V8XB 4DZ1A 1B1HA 1O64A 4JDFA 2I4CA 3G3GA 3MVYA 2D3IA 2RCAA 3SEYA 1GVCA 1FJ9A 2XXTA 3HHGA 2I6EA 2PX1A 1RYXA 2QJEA 3IB1A 4OFLA 5CI5A 3FXRA 1MQJA 4R75A 2NUVA 2OWTA 1MY4A 2FBPA 3RY3A 3MZBA 3EN3A 2VD2A 4YB6A 1EYIA 2XXUA 2VD3A 4N6PA 1GV8A 1MPCA 1M5CA 1D4NA 5EYFA 5TP9A 3UIFA 3E4RA 1FBPA 5I57A 3K6UA 4HE1A 2Z23A 4U21A 5CM6A 3LUZA 1XVYA 5ITPA 4PFUA 1DTGA 1ZLQA 2R71A 3E3KA 4NF6B 4I3YA 1LFHA 2DP8A 3CI8A 1FPLA 2Y5KA 1NV4A 4PETA 3S9MC 4G68A 2ALUA 4O3BA 4X9TA 4IGTA 2WKYA 4EUOA 4MX6A 1T0KA 1KWHA 4FJPA 4N4UA 1B5IA 5DVIA 1K9YA 4IO2A 4GWZA 3FZVA 5BUUA 1JQFA 2O7IA 1B3GA 1B5HA 1IEJA 4YU0A 1MXWA 2ONSA 3H6UA 4Z7EA 4DIGA 4XTCQ 4GX4A 3OELA 1JNFA 2FHYA 5CRYA 3KN7A 4H5GA 1B3FA 1MXYA 4RNSA 1DPPA 3FATA 4PCDA 3K6XA 1Y3QA 3V83A 2H25A 4I3EA 2R6GE 2F6PA 1B5JA 2QMWA 3FXBA 3C4MA 4U2RA 2NXOA 4BLAA 3RNNA 1D9YA 3N6TA 1IMAA 1FQEA 4GF8A 3W9WA 4QFLA 3VVEA 4ZEFA 5IZ3A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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