3O97A

Crystal structure of the complex of c-lobe of lactoferrin with indole acetic acid at 2.68 a resolution
Total Genus 108
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
108
Knots found
sequence length
345
structure length
341
Chain Sequence
YTRVVWCAVGPEEQKKCQQWSQQSGQNVTCATASTTDDCIVLVLKGEADALNLDGGYIYTAGKCGLVPVLAENRKSSKHSSLDCVLRPTEGYLAVAVVKKANEGLTWNSLKDKKSCHTAVDRTAGWNIPMGLIVNQTGSCAFDEFFSQSCAPGADPKSRLCALCAGDDQGLDKCVPNSKEKYYGYTGAFRCLAEDVGDVAFVKNDTVWENTNGESTADWAKNLKREDFRLLCLDGTRKPVTEAQSCHLAVAPNHAVVSRSDRAAHVEQVLLHQQALFGKNGKNCPDKFCLFKSETKNLLFNDNTECLAKLGGRPTYEEYLGTEYVTAIANLKKCSLEACAF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Crystal Structure of the complex of C-lobe of lactoferrin with indole acetic acid at 2.68 A Resolution
rcsb
molecule tags Hydrolase
molecule keywords Lactotransferrin
total genus 108
structure length 341
sequence length 345
other databases KnotProt 2.0: S
ec nomenclature ec 3.4.21.-:
pdb deposition date 2010-08-04

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00405 Transferrin Transferrin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3o97A01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3o97A02
3KN7A 3K6UA 3TEPA 2QMWA 1SVXB 1XS5A 2QS1A 3W9WA 4IGTA 4X9TA 1JVYA 5ICQA 1LCTA 3I5OA 2XHDA 2Q9TA 4JSOA 4FEDA 3KGCA 3PMXA 1UQWA 4TOZA 4YMBA 1JNFA 1B5HA 3CSGA 5A5XB 3IOVA 1Y1ZA 1P1NA 3OSQA 3FVGA 2ABHA 1EH3A 1H3DA 5F7VA 3EQ1A 5FHOA 1Z7NE 1NKXA 4PFWA 4QFPA 4RA1A 5H8QB 3IJOB 2DXRA 2OWTA 2PVUA 4TLLB 5ITPA 3FVOA 3N26A 3Q26A 2REJA 5I59B 4FORA 2DVZA 3B6QA 5JTYA 2GRVA 1XT8A 2NUVA 1IXGA 4Q8RA 1A8FA 4IY6A 4MBPA 4R73A 3K6WA 4DIGA 3CR9A 2E1SA 4JDFA 2V3UA 4ESXA 2QS2A 4IB2A 4NEDA 3ZSFA 1CB6A 2Q2AA 1NH8A 1Y4CA 3N6TA 1FQDA 3PPRA 1MXYA 3IR1A 1I69A 1M5EA 1Y4TA 2UYEA 3O6IA 4ZE9A 5IAIA 2QJEA 4QSCA 5I57A 3OO6A 1MQJA 4H67A 3MQ9A 4R2BA 4RNSA 1JQFA 1XVXA 4C0RA 2G93A 4U1OA 2ZYKA 5CC2A 2ESNA 2Z8EA 5BUUA 3N6UA 4YU0A 1OIBA 2DWJA 4NF8B 1YPNA 3M3LA 3USDA 2I3WA 3RT8A 2AIXA 2RKMA 2F34A 4G2ZA 3PPQA 1XC1A 1N3WA 4HCWA 3LSWA 1SYHA 4HCYA 4PQJA 3H03A 3CSBA 1LBBA 1F9BA 1MY2A 5DEXA 4F2QA 4BDRA 5I56B 3A3CA 5TPAB 2ONKE 3G3IA 4ZE8A 3E4RA 4THIA 4NF4A 5ICTA 3IOTA 1YCJA 3IK6B 1GR2A 5F1QA 3FASA 4AQ4A 4WKMA 3ECRA 2H25A 3S4UA 3UK4A 2Y7PA 3C33A 3EHTA 1ZKBA 4JSDA 2P0SA 2ZYMA 1ZBMA 1US4A 5I58A 4NTLA 4YMAA 2VOZA 3EN3A 4HTGA 3LSLA 3TTKA 4O3BA 3KOTA 3V89B 1UTHA 3H7MA 2QS3A 1LFIA 3AXFA 1AIVA 5J1DA 4FATA 1N7XA 3KOSA 3LSFB 1AOVA 2DE2A 3U8QA 1M5CA 5CMKA 2I49A 4ECFA 3EPEA 4U21A 1N76A 4R75A 2CMOA 5DVJA 3K1PA 4XKQA 3TTRA 4H0WA 4BDMA 1IXHA 3TUSA 2A5TA 2UYFA 3FXQA 3V5AA 4WEDA 4ZEDA 4Z7EA 4JXIA 2XXIA 5JEIA 5EYFA 4I8CA 4MLQA 1HSJA 1QKBA 4H1XA 4JBZA 1UTBA 1PB8A 3PD8A 2XXQA 2QRYA 1CE2A 4OFJA 2AYSA 2VHAA 3UGWA 4C1UA 5ISUA 4FE8A 5H8HB 3T9UA 1MY1A 3B7DA 4GLIA 4RY1A 1MDP1 3PUWE 1Y1MA 3QIMA 2O69A 2HAVA 1II5A 2DWIA 3PMWA 5DTBA 1LLSA 3PMVA 3EHSA 1N7WA 1A40A 1B0HA 4DZ1A 4LZ7A 1MS7A 5CMBA 2THIA 2PBWA 2WKYA 1SD3A 4ZEFA 1JW5A 4ZDMA 4YKIA 1H43A 4F3PA 5I2NA 1MXXA 1ELJA 4BDLA 3C36A 3VLWA 2VD2A 5CRYA 4EDPA 3K00A 4X1DA 2R6GE 3O6GA 3VXBA 1R9QA 3DLNA 1M5FA 2OCUA 1MXVA 2O68A 1MPCA 3HCQA 1SQYA 1Y3QA 3VE1B 1LBCA 3S9NC 1VR5A 5DT6A 3O29A 3T93B 1NNKA 1RYOA 3Q25A 3C9HA 1SW4A 4IO7A 3UIFA 1GGGA 4LQ2A 2OJTA 5H8NB 4OVJA 4Q0CA 3KSJA 1B5IA 3SEWA 1BP5A 1NL5A 2V84A 1MY3A 3PUXE 2V3TA 4NWCA 3KBRA 1B46A 3SETA 1B52A 4XTCQ 1MRPA 1B32A 2B3BA 3UORA 3E3KA 1TT1A 3U93A 4OEVA 1MM7A 3FZVA 4OERA 4KYEA 4R6KA 4FJPA 4UACA 4ZS9A 2BJJX 1LAFE 3SKPA 3U72A 1VFDA 1MH4A 2I0CA 2I6EA 2YPNA 1OQGA 1AMFA 2XX7A 4O3CA 2DE4A 3G7WA 4EQBA 3BKIB 3MJNA 2NVUB 3TTNA 1ZLQA 4EXLA 5A5XA 3GZGA 4G68C 4ELPA 4JWYA 5DVIA 1PBPA 3TELA 4OFOA 5KZTA 4QRZA 3QK6A 4RJZA 4Z0IA 1RYXA 5H8QA 3CRBA 1POY1 2HAUA 3JYRA 1SI0A 4RPOA 4JWXA 3TAJA 3IOUA 4U22A 5HM4B 5I59A 2H4IA 3OO8A 2ZNUA 3TDJA 4QF9A 3LBSA 3T96B 3VVEA 3OO7A 2Y7RA 4R9FA 1BTJA 1EU8A 4E0XA 2HQ0A 4DXUA 1ANFA 4LZ8A 4P0IA 3IO4A 3C35A 3LR1A 2B65A 3FXRA 4XKNA 5TP9B 2H98A 4QFKA 4BDOA 1Y3PA 4OETA 3O66A 4KCCA 1FQCA 3VVDA 1B4HA 3FJGA 3PU5A 4LVQA 1EZPA 2IA4A 2XXWA 3MVYA 1J1NA 2HFBA 4Q30B 3EHUA 3TCHA 3K2DA 4RK2A 3R26A 2XX8A 4ZEKA 2D21A 3WAFA 5I2KB 2CZLA 4QHQA 4GL8A 2I3VA 3O9PA 3GLBA 1XOCA 4NF8A 2RC9A 3TQLA 5HBCA 3C32A 2Q8JA 4NF5B 4FEBA 1P1OA 4N13A 2XXXA 4R9GA 4F39A 2YLNA 1R9LA 3KEIA 3P7IA 5I56A 2UVIA 5TPAA 1OQHA 4OMBA 3G3FA 4F19A 4G68B 2UVJA 4Q5TA 3C34A 4M4GA 3THIA 2GFEA 3UN6A 1N3XA 4XKRA 3OELA 2X7QA 3MVWA 2GHBA 3OEKA 3IB2A 2UVHA 2ANJA 4K3FA 1B4ZA 5TU0A 2XXTA 4QSDA 2DP8A 3GXAA 3PUYE 4RPNA 3TTLA 2NWJA 3MP6A 2G29A 3I3VA 1SW1A 1B5JA 4FIMA 3FATA 3TPAA 2F35A 5JK4A 3WAEA 2YJPA 3FV2A 1SDXA 3PPNA 4DLDA 5I84A 1WVJA 1PEBA 1YAEA 2O84X 4X1BA 2R9JA 3PPPA 2RCAA 2XXPA 4F3BA 1IXCA 5K2XA 3A09A 3MVZA 1WODA 4GL0A 3RPWA 4H5FA 1O7TA 3MZBA 1NNPA 1WDNA 2O51A 4F3GA 4KYSA 4H65A 2I0BA 5L9MA 3IL1B 1FW0A 2ZMBA 3HV1A 1MPBA 1US5A 5FHMA 4F1YA 4LQ5A 4EXKA 1R1NA 3D4GA 4OESA 1JW1A 3K1NA 4N6PA 3QUFA 4R6HA 2ONRA 1NFTA 2I4BA 2Q2CA 1GVCA 1P1WA 1JVXA 1MXWA 3D4CA 3V8XB 2O1MA 4E0WA 3RQTA 5CI5A 1FTOA 4I9DA 2PX1A 4OXVA 3OMBA 4PFYA 5H8FB 4FECA 1MH3A 2OBGA 4IO6A 1LGBC 4TLMB 1NNTA 2A5SA 3LUYA 4XKPA 2E0SA 1QW0A 1LB9A 4F22A 3FGSA 4ZECA 2QPQA 3SEUA 3QUJA 2GH9A 3HN0A 3TCGA 2H9BA 3MAMA 3H6UA 1IITA 2DQVA 1Y20A 1B58A 3HHFA 2VD3A 3G3HA 1NMUA 1USYE 1HSEA 2DE3A 5LOMA 1GTKA 4POXA 1DTGA 1FTMA 2DWAA 4U4SA 4DCYA 4LZ5A 4EQ9A 1MQIA 2O6AA 3KN3A 1VSOA 4KD5A 3MVXA 3H6TA 3CFZA 4G77A 4IO3A 4OZ9A 3ZKKA 4ELQA 5I58B 3T22A 2R71A 5EHSA 4NE4A 2X26A 3HPIA 4U23A 2NXOA 1UTHB 3ZKLA 1FQAA 4I1DA 2F6PA 4LATA 1IQ7A 3R7XA 3VLVA 3FJMA 3ZS6A 1FQEA 4IY5A 2XXYA 3UA8A 4ELOA 2F7CA 1DSNA 4ISUA 3BBRA 1ZTYA 3G3GA 1PB9A 3CI8A 1MY0A 3Q28A 3F11A 4GD5A 2QMXA 1ATGA 3I6VA 3KJTA 1B3LA 1PC3A 5H8NA 3EF7A 2UVGA 1D3KA 2XXHA 3HHGA 4GWOA 1TFDA 2XX9A 4F31B 4KQPA 5KCJA 4NF6B 4WXJA 1P1QA 1BLFA 4DXBA 3SERA 4BDNA 1B2HA 2Q88A 1B7UA 4F29A 4YKPA 1B51A 4JB7A 1B3GA 5AA4B 3ODBA 1UTBB 1JEVA 2DSFA 3H06B 5KDTA 4GF8A 5AA2B 3TCFA 1O64A 2OZZA 1LB8A 2Z22A 4X48A 4L17A 2HCAA 5DVFA 2LAOA 3IORA 4XXUA 2KLFA 4QFLA 3FVKA 4KFQA 4DDDA 1IEJA 1H44A 3OENA 3GBAA 2HXWA 1UIVA 4ELRA 5HPQA 2FA7A 3TZAA 2F36A 4EQ7A 3RY3A 2F7AA 4NWDA 3A3UA 3FV1A 2DYXA 2O1LA 3U94A 4QSEA 4U4XA 1DPPA 4C1TA 1LSTA 1QVSA 5FTIA 3CVGA 4ESWA 4R74A 4GOTA 3RTWB 1BKAA 2F7BA 3UP9A 4GFRA 2Z8FA 3PV0E 4M1VA 1MDQA 3BFTA 3BFUA 1Y3NA 3RUMA 4OENA 3SEYA 4MLVA 4NMYA 3W15C 4OTEA 1H45A 3H3GA 2Y7KA 1DPEA 3K6VA 3MW0A 2QS4A 3O2AA 1QJMA 4DCXA 4OEUA 1D9YA 4H6DA 5TP9A 1LFHA 3FUZA 1B7ZA 3DP8A 3MC2A 1B0LA 1S7YA 1POTA 5AA3A 1PB7A 1UIUA 3HO7A 2F97A 4JWOA 3JZJA 4F1UA 3E13X 3Q27A 4XIGQ 3N94A 4FAJA 5L9OA 4H8JA 3KN8A 3S9LC 3FVNA 4DE8A 4F1VA 4BDQA 3OOAA 1OMPA 4I62A 5AA1A 3LC8A 1A55A 5DYHA 4G4PA 4ONYA 3HSTA 4GXAA 1L5TA 5L9SA 1A99A 2XD3A 3C31A 2ZNSA 5FHNA 5I2KA 3SEVA 3KSXA 2ZXTA 3VXCA 4F3SA 3VV5A 4BLAA 4OFLA 3ILUB 3H4ZA 5L8DA 2XXUA 4PFUA 4NF5A 1Q35A 2XXVA 3DM0A 1B3HA 2B3FA 4YB5A 3IJXB 2D3IA 2VP1A 3K01A 3TQWA 3VFJA 1MQHA 3TODA 4G68A 3S9EA 3MZ9A 1YTVA 3VVFA 1O63A 5B7DA 4PFTA 3KG2A 1I6QA 1LFGA 3G3JA 1KWHA 1IZ1A 1M5BA 4GRKA 3U1OA 3RNNA 4UA8A 2ONSA 1USYH 4ND9A 3PUVE 1LCFA 4KCDA 1H76A 4GVOA 3CFLA 3FXUA 3S2VA 4R2FA 1FTKA 4KHZE 2I48A 4U2RA 2V3QA 1QULA 1I6BA 1HSLA 1NNFA 2ZYNA 3KZGA 1TXFA 1QUIA 1R6ZA 3MPLA 3T9HB 1FTLA 3E9XA 4F18A 1LAHE 4P11A 3IO6A 2DS9A 1QUJA 1NH7A 1ZMGA 4DXCA 5IKBA 4QFOA 1OLCA 3RLFE 3K1MA 3ONMA 5JTYB 3K4UA 4ZZAA 1B1HA 1P99A 2AL4A 4G8HA 4MFIA 4YB6A 3CG1A 2P1SA 3M3KA 1SW2A 2AL5A 2PMSA 1B7HA 2F6GA 2Z23A 2OLBA 1Y9UA 4GQOA 2O7IA 3H6WA 5H8FA 2REGA 3TKDA 3B6WA 1QUKA 3M8UA 5ELVA 4QFNA 2HZLA 2PT1A 1FQBA 1IUDA 2Y7WA 3OEMA 4O3AA 2F78A 4PETA 2RC7A 2OWSA 5ITOA 3OXNA 1FCKA 3OSRA 5I57B 4RXLA 2Q89A 1A8EA 3IX1A 3TTMA 3IOWA 4PP0A 3PGFA 4H5GA 3MPKA 2FYIA 4ZEBA 3K0VA 4G8NA 2F5XA 4IGRA 4WEPA 3R6UA 5K2YA 4GIZA 1B05A 1LAXA 3RN8A 2QL3A 2HZKA 1EZOA 5H8HA 2RCBA 3IB0A 1D9VA 4LONB 1XHYA 3JV9A 1B3FA 1M5DA 1N04A 4RK9A 3O97A 1OLAA 5DEXB 3SEXA 3PUZE 3V83A 3U92A 1MXUA 4AB6A 2Y7IA 3SESA 1A54A 4LUBA 5CM6A 1SI1A 4IO2A 3T9XB 3RGYA 4NF4B 2XXRA 3RT6B 1Z7ME 1FTJA 2RINA 1S9TA 3O6HA 4MH5A 2V93A 2DVCA 5CBRA 4IO4A 1N0TA 4KR5A 3H6VA 4NF6A 1I6AA 2P2AA 5FTHA 2DXYA 1JW4A 4IO5A 4R72A 3O28A 1TFAA 5AA4A 2XD2A 2H5YA 3K02A 4EF1A 5AA2A 3N5LA 4KPTA 3CIJA 1MM6A 3MP1A 3K6XA 1AH5A 1GV8A 2FNCA 2RC8A 1MPDA 2DWHA 2Z8DA 1IIWA 1ZIUA 1EZ9A 3MUQA 3DP6A 3MBPA 1JETA 1N84A 4YZZA 3OD7A 3QXMA 1Q1KA 1ZJLA 4P0GA 2A5TB 3T9VA 4EF2A 2I4CA 1URDA 1MXZA 3IB1A 2GHAA 4RYAA 3PPOA 1P1UA 3B6TA 1B1XA 1B40A 2I58A 2IEEA 1DMBA 1MY4A 1PBQA 1B3EA 3VDFA 2M8CA 2DOJA 5AE4A 1QKAA 4ZEIA 2VGQA 4KYDA 1IXIA 1XVYA 4G8MA 3T66A 2UXAA 1MQGA 1TWYA 1A7LA 2ZYOA 4HW8A 1SBPA 4YAHX 1SW5A 4MF3A 1S50A 1RKMA 5CMMA 4N07A 4POWA 4YKKA 4HS7A 2V25A 1DTZA 1FQFA 4LA9A 1B6HA 4F2OA 3G3KA 2O7UA 1BIYA 3C4MA 2OK2A 5I2NB 1LAGE 4OWDA 1T0KA 1URSA 3ILTB 1D4NA 3TFLA 3RTFB 4H8IA 3LSXA 4YB7A 5BWJA 1JEUA 5CMCA 5KCJB 3W9VA 1B9JA 2RF1A 3QSLA 4PE5B 3CFXA 1VE4A 2ZNTA 3PD9A 1DOTA 3S9MC 3OO9A 5CBSA 3KJ7A 2X7PA 4OHNA 3GBBA 2W7YA 3MWBA 4OQOA 3KFMA 1VFEA 5KDTB 3Q29A 5EHMA 3MZ1A 4U1ZA 2NOOA 3MP8A 1MQDA 2D5WA 1MG1A 3TMGA 5H8SA 3M3FA 3QYTA 4ZZEA 2H99A 4AB5A 3VLUA 2PT2A 3FJ7A 1OVBA 2HEUA 5M2VA 3FD3A 1URGA 4R6YA 1PDAA 1AL3A 1OVTA 3L6GA 4LP2B 4GXSB 4OYVA 3L6HA 3QAXA 3DELB 4EUOA 3TYHA 2PYYA 5AA2D 3CG3A 4KI0E 1ZU0A 2QSXA 5B70A 4YKJA 3FIRA 4YICA 1SYIA 3DP4A 2F8DA 4TQUQ 2Y84A 3SDFA 2ALUA 3IAZA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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