3O97A

Crystal structure of the complex of c-lobe of lactoferrin with indole acetic acid at 2.68 a resolution
Total Genus 108
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
108
Knots found
sequence length
345
structure length
341
Chain Sequence
YTRVVWCAVGPEEQKKCQQWSQQSGQNVTCATASTTDDCIVLVLKGEADALNLDGGYIYTAGKCGLVPVLAENRKSSKHSSLDCVLRPTEGYLAVAVVKKANEGLTWNSLKDKKSCHTAVDRTAGWNIPMGLIVNQTGSCAFDEFFSQSCAPGADPKSRLCALCAGDDQGLDKCVPNSKEKYYGYTGAFRCLAEDVGDVAFVKNDTVWENTNGESTADWAKNLKREDFRLLCLDGTRKPVTEAQSCHLAVAPNHAVVSRSDRAAHVEQVLLHQQALFGKNGKNCPDKFCLFKSETKNLLFNDNTECLAKLGGRPTYEEYLGTEYVTAIANLKKCSLEACAF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
molecule tags Hydrolase
molecule keywords Lactotransferrin
publication title Crystal Structure of the complex of C-lobe of lactoferrin with indole acetic acid at 2.68 A Resolution
rcsb
total genus 108
structure length 341
sequence length 345
other databases KnotProt 2.0: S
ec nomenclature ec 3.4.21.-:
pdb deposition date 2010-08-04

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00405 Transferrin Transferrin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3o97A01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3o97A02
3LR1A 2XX8A 1DTZA 1NMUA 4PETA 2XX9A 2VGQA 1MM7A 5AA1A 2KLFA 3KJTA 3O2AA 4H1XA 1DOTA 4ZZAA 2ZYOA 4ZE8A 5J1DA 4BDNA 5TPAA 4GXAA 3FJMA 2W7YA 4LATA 2F6GA 4ZECA 2ANJA 4R6HA 2ZXTA 3IR1A 4U1ZA 5HM4B 2I3VA 3QSLA 3E3KA 3PPOA 4AB6A 5AA3A 2I4CA 1I69A 5CC2A 2NVUB 5IKBA 1Q35A 2Z8FA 3DP6A 1IIWA 3CRBA 3A3CA 3ZKKA 3LC8A 3QK6A 3UORA 5AA2B 1MXVA 4YB7A 3CVGA 2RC9A 5L9OA 3CIJA 3FVKA 3K1PA 4R73A 1I6BA 2DWIA 2RF1A 2UXAA 3TYHA 3QAXA 2XXPA 4KCCA 4Z7EA 5FHNA 3FVNA 3IOWA 4XIGQ 1YCJA 5DTBA 2Y84A 2NOOA 3OO8A 1MH4A 3OEMA 4OWDA 1P1UA 2H5YA 3K00A 4R74A 1DPEA 4QHQA 4H0WA 5I59B 4JSOA 3WAFA 1USYH 4RYAA 2DVCA 1S50A 1JW5A 2HQ0A 4YKIA 1PEBA 2F78A 3DM0A 3IOVA 1LGBC 3IL1B 3QUFA 4HCYA 2Q2AA 4FORA 1M5CA 4X1DA 5A5XB 4KR5A 1S7YA 4QF9A 3RNNA 4ELQA 3AXFA 2DYXA 3GBBA 3D4CA 3TCHA 2P1SA 3RTWB 3F11A 1A40A 4GF8A 3EHSA 4ZEKA 1IXCA 3VXCA 1YPNA 5AA2A 3PMXA 2Z23A 1JVYA 1I6QA 1SVXB 2DQVA 2Y7PA 3FXQA 1ZKBA 4U4SA 1RYXA 2F6PA 2UYFA 4H8JA 3KZGA 3QXMA 3MVWA 3TAJA 1HSLA 1SI0A 4ESWA 2D21A 1AH5A 5EHMA 3VVDA 2O51A 4U1OA 1D4NA 4R2FA 1A8EA 1FQDA 3H6WA 3T9VA 5I59A 1R6ZA 3HCQA 5CMMA 4F3BA 3LSLA 3OSQA 4HS7A 3FV1A 5I2NB 1OVBA 2LAOA 3N6UA 1ZIUA 3C34A 1P1OA 1LCTA 2A5SA 4HCWA 3DP4A 4RPOA 3M8UA 2AL5A 2VD2A 5A5XA 1B3LA 3C33A 3DLNA 4JWYA 1OQGA 2DWJA 2HEUA 4RA1A 3TCFA 3CSGA 3LSWA 1B4HA 3T96B 4LZ7A 4OFLA 4GXSB 4L17A 3G3IA 4DCYA 1US5A 3VFJA 1POY1 1MPBA 1TT1A 3P7IA 1AL3A 4I62A 1B32A 3PPNA 1XVXA 1MH3A 4F1YA 4KYEA 3TKDA 1OIBA 1XVYA 2QPQA 1MY1A 4XXUA 3ILUB 4WEPA 1SI1A 3ZSFA 2XXUA 1N7WA 3RT6B 4BDQA 1TFDA 3FXRA 3CFLA 4GIZA 4G8MA 1Y1MA 4RY1A 2YLNA 4QSCA 4WXJA 3A09A 2XD3A 1MDP1 1SW1A 3H4ZA 4GFRA 2HCAA 1PB7A 1N04A 1QJMA 3UK4A 5I2NA 4KYSA 4RNSA 4TQUQ 4ZEBA 3GLBA 1IQ7A 4O3BA 5KDTB 3SKPA 1IXHA 4BDMA 3FZVA 3PPQA 2V25A 3FJGA 3LBSA 3MC2A 4KPTA 4RJZA 1MY2A 3RUMA 1QKBA 3TZAA 1Y3NA 3MPLA 2RCBA 3HO7A 3KN8A 3TQWA 3TTRA 4OETA 5CBRA 2DSFA 4EF1A 4IO3A 4G4PA 3OO9A 4YMAA 4LZ5A 4LONB 3USDA 1DMBA 5AA4B 2QS1A 4KD5A 4MFIA 1USYE 4YZZA 5TP9B 1R9LA 4F31B 4ZZEA 4PFYA 2WKYA 4F1VA 2F7AA 4FJPA 3SESA 1FTLA 4RPNA 1M5DA 1UTBB 4DIGA 3OO7A 1IEJA 3ZS6A 2OWSA 2AL4A 2RC8A 4G8HA 3PMVA 4G2ZA 1EZPA 2ABHA 1TFAA 4EDPA 2HAVA 3G3HA 4I8CA 5KDTA 2I58A 2ONKE 2G93A 1NKXA 3K0VA 1EZOA 4F19A 3C35A 3THIA 3V83A 2HXWA 1B5IA 1GV8A 3CFZA 3RY3A 4GQOA 3OEKA 3MWBA 4PFTA 4EQ9A 4IO5A 3SEWA 4OVJA 4ELPA 5TU0A 1UTHB 3G3FA 4P0IA 4ZEDA 1B7UA 1LFIA 1XT8A 4OQOA 4R72A 2Q89A 1B05A 5AA4A 4X9TA 1LAFE 4R6YA 3N94A 3Q29A 1M5BA 1NNKA 3IK6B 2YPNA 1D9VA 1SD3A 2V3QA 1PBQA 2O1MA 4Q5TA 2XHDA 3KGCA 5TP9A 2Q88A 1N3XA 3KN7A 1TXFA 1UTBA 2REJA 2Z8DA 3CG3A 1QKAA 3TMGA 4GL0A 2XXTA 5I56B 5BWJA 4OEUA 1AOVA 5K2XA 3IOUA 2Y7IA 2P0SA 4JB7A 3I5OA 4POXA 1AMFA 4XTCQ 4H67A 3SEUA 1MXXA 2XX7A 2QS2A 4PP0A 3O97A 5ICQA 1L5TA 3VLWA 3OELA 4XKNA 3G3JA 4GLIA 4X48A 3MZ1A 1IXIA 4HW8A 3O6IA 1MS7A 4IO6A 4F3SA 4QSEA 3MVZA 3K6UA 3TCGA 2OZZA 3B6WA 1VFDA 1LAGE 4OHNA 1UTHA 2V3UA 1Y1ZA 2ONRA 1UIVA 1N3WA 2DVZA 3MPKA 1B4ZA 3O29A 3I3VA 3S2VA 2ZYMA 1FTJA 1MM6A 3Q28A 2GHBA 1XC1A 5JK4A 4POWA 3OMBA 4DCXA 4OFOA 4GWOA 4F3PA 4G8NA 1JW1A 1S9TA 1GR2A 1MQIA 2QMXA 1IUDA 4U21A 5I56A 2OCUA 3T93B 3JV9A 3JZJA 2OWTA 3OENA 3VE1B 3ONMA 5DVIA 1PB8A 3ECRA 1B9JA 3CR9A 4LVQA 3C9HA 2UYEA 2ONSA 4LQ5A 3QYTA 4JBZA 4X1BA 5FTIA 1XHYA 1FTMA 2YJPA 3VV5A 2ZNTA 2Y7KA 1MY3A 4U23A 2RKMA 2HAUA 4H5FA 1XS5A 1NNTA 3MZBA 4P11A 1Y3QA 3H03A 4C0RA 4NMYA 1O63A 1DPPA 1SYIA 4H6DA 3TODA 3GXAA 1IXGA 1D9YA 2XXWA 3K2DA 3PUXE 1RYOA 3B7DA 3EF7A 2O1LA 3C32A 4QFOA 3IB0A 1MY0A 2I49A 1P99A 4N07A 4YKJA 1EZ9A 4G68B 5IAIA 2O68A 2PT2A 2R6GE 4BDOA 4FATA 4FEBA 1SYHA 3E4RA 2I48A 1B52A 1VE4A 1PB9A 3V8XB 1URGA 1GGGA 1Y4TA 2H99A 5H8NB 3S9EA 4YKPA 5ICTA 2R9JA 4LA9A 2PT1A 3HV1A 2FNCA 3PD8A 1N84A 4I9DA 2F8DA 3PMWA 1SBPA 3EPEA 2IA4A 4E0XA 4EXKA 2DOJA 4IY6A 4KHZE 3O9PA 3B6TA 1OVTA 3CG1A 4N6PA 1FQBA 2PX1A 4DXCA 3K6XA 1IZ1A 2HZLA 1A55A 3U1OA 3TFLA 4F29A 5CMCA 5HPQA 1LB9A 4E0WA 3VVEA 4Q8RA 3O28A 4QRZA 3RGYA 3OSRA 1FTKA 2VOZA 1B51A 1LCFA 3ZKLA 4F2QA 3KJ7A 3O6HA 1TWYA 1RKMA 3O66A 1EH3A 5LOMA 3E9XA 2R71A 4G68A 2QRYA 3EHTA 2FA7A 3FUZA 2ESNA 3OXNA 4EF2A 4LZ8A 1FQCA 3FASA 3PV0E 1M5EA 4KQPA 4GRKA 1SW4A 1POTA 4R2BA 1LLSA 3PU5A 5H8NA 3IJOB 3HPIA 3MP1A 4G77A 4PE5B 2PBWA 2I0BA 3KSJA 1B3FA 5KCJB 3EHUA 1LFHA 4K3FA 1URSA 3PUYE 1QUJA 2GFEA 3VDFA 3SEXA 1NNFA 2GRVA 3TDJA 2I0CA 2DWAA 4I1DA 5CMKA 1ELJA 1IITA 5JEIA 4YMBA 1JQFA 2RCAA 5CBSA 3BKIB 2DS9A 5H8SA 2OJTA 4GOTA 4XKRA 4LQ2A 4BDLA 1NL5A 1MQJA 3A3UA 1YAEA 3HHGA 3M3KA 4OMBA 3SERA 2B3BA 2REGA 1Y20A 3K1MA 3MW0A 3K4UA 1FQAA 2V3TA 4IO2A 4ESXA 4U22A 1ZLQA 4KYDA 1Z7ME 3OD7A 1ZBMA 4OXVA 3MP8A 3FVGA 4Q0CA 2A5TB 2UVIA 3PUWE 2X26A 4NE4A 4NF4B 3U94A 4Z0IA 4M1VA 5KZTA 2NWJA 2IEEA 4AB5A 3FD3A 4ELOA 1P1QA 3KFMA 3JYRA 1Q1KA 4U4XA 3RTFB 3S9MC 1N7XA 3W9VA 3VXBA 1JEVA 3PUVE 1WODA 4YU0A 4O3AA 5KCJA 2UVJA 3MBPA 4QSDA 3T66A 2F34A 4YAHX 4MF3A 4IY5A 3PD9A 3RQTA 3UP9A 3IJXB 3EQ1A 2QSXA 3G7WA 3H6UA 4EQ7A 1QVSA 1KWHA 3V89B 4FAJA 2VD3A 1VSOA 3W9WA 3V5AA 1FW0A 3MJNA 4JSDA 1ZJLA 1BP5A 3EN3A 5FHMA 1LSTA 1ATGA 4QFLA 1T0KA 3I6VA 4F22A 2F97A 1A99A 5DEXB 1JEUA 1FQFA 1JVXA 2DP8A 4RXLA 4NF6B 2Q9TA 2A5TA 2PVUA 4TLLB 3UIFA 4BDRA 4GL8A 1SW2A 4ZEFA 4NF4A 4OERA 4OESA 1PBPA 1JW4A 4JWOA 5K2YA 5JTYB 2BJJX 1MQHA 1B5HA 1OQHA 3R26A 5M2VA 4LP2B 5CI5A 1J1NA 4ELRA 3MVYA 4YKKA 4R9FA 2DXYA 5L8DA 4QFKA 1DSNA 2D5WA 3C36A 1B0HA 1I6AA 3R7XA 3FV2A 1O7TA 4GVOA 3VLUA 3LSXA 3IO6A 4F18A 3ILTB 1B0LA 5DYHA 4OZ9A 2O7IA 4H8IA 1MPCA 2F7BA 1MY4A 3IX1A 3M3LA 5EHSA 1N0TA 1LAHE 3UA8A 2O7UA 3FVOA 2O69A 1QUIA 1CB6A 2M8CA 4N13A 1EU8A 2Z22A 4OTEA 4R6KA 3K6WA 1VFEA 3G3GA 4XKPA 4RK2A 3T9UA 1R1NA 1Y3PA 2H9BA 2QJEA 4AQ4A 2O84X 5H8HB 1R9QA 1QULA 1CE2A 2HFBA 2I4BA 3PGFA 3UGWA 3N5LA 4FEDA 4O3CA 1M5FA 4PFUA 3TTKA 5DEXA 5ELVA 3DELB 2QL3A 3MP6A 1B58A 1QUKA 2GHAA 4KCDA 1MXWA 4NF6A 1LBBA 2O6AA 3U92A 1PDAA 1LBCA 1OLCA 3TTLA 5JTYA 1ZMGA 3FXUA 4FE8A 3MZ9A 1GTKA 3RPWA 1BKAA 3G3KA 4ISUA 4DDDA 2XXRA 4IO7A 1D3KA 1NH7A 5DVJA 4F39A 3KOTA 5CRYA 4OFJA 1B7ZA 4IO4A 3N6TA 2X7PA 1B6HA 4FIMA 4UA8A 4UACA 1DTGA 1QW0A 1B3HA 4NTLA 1Y4CA 4YICA 1ANFA 1B5JA 3FJ7A 3KOSA 3S4UA 5CM6A 4WKMA 2ZYKA 1II5A 4IB2A 1HSEA 4DE8A 4M4GA 4JXIA 3IB1A 2I3WA 4ZDMA 4NF5B 5HBCA 1Y9UA 3H3GA 5CMBA 3MUQA 3QUJA 3WAEA 5H8HA 3N26A 2FYIA 4ND9A 3IOTA 2XD2A 1HSJA 2ZNSA 2B3FA 3TPAA 4F1UA 1H44A 3LUYA 1H3DA 3C4MA 2Z8EA 3IB2A 3KBRA 3U8QA 3T9XB 5L9SA 2Y7WA 2GH9A 2AYSA 2F35A 2ALUA 1JNFA 5EYFA 1GVCA 5H8FB 2DE2A 1MG1A 4MBPA 4NEDA 3SEYA 3IORA 3W15C 3TTNA 4BLAA 4P0GA 5I58B 5AE4A 4XKQA 3HN0A 5ITPA 2Q8JA 2OK2A 5AA2D 4DXUA 3O6GA 4OYVA 4EUOA 1H76A 4EXLA 4JDFA 3K1NA 1B1XA 4ZS9A 1XOCA 3S9LC 4IGRA 3BFUA 3E13X 2VP1A 3H6TA 3K01A 4NWDA 2I6EA 1SW5A 1NNPA 1LAXA 3FATA 4NF5A 5BUUA 3TELA 1B2HA 5I57B 5FTHA 4GD5A 4ONYA 1UIUA 3TUSA 4NF8B 4R9GA 1P1NA 3KG2A 2E1SA 1SDXA 3KSXA 2XXYA 1OLAA 4U2RA 4C1UA 2V84A 3HHFA 2H4IA 5F1QA 4ZEIA 3H7MA 2CMOA 3LSFB 1FQEA 3PPPA 3R6UA 4OEVA 3C31A 2AIXA 1FTOA 3FIRA 1WDNA 2NUVA 3SDFA 3Q27A 5H8FA 1US4A 3MAMA 2ZMBA 2B65A 2DE4A 3TEPA 2DXRA 4F2OA 1N76A 4HTGA 4KFQA 5I58A 2X7QA 2THIA 5ITOA 3PPRA 2PYYA 1VR5A 2Y7RA 1LFGA 3U93A 5DT6A 5H8QB 1YTVA 4MLVA 3IAZA 4RK9A 1B7HA 1JETA 5B70A 2G29A 4ZE9A 5I84A 2UVHA 2XXQA 1F9BA 3VLVA 3B6QA 1MDQA 3KEIA 1SQYA 3SEVA 2D3IA 2QS4A 2OBGA 2XXIA 2OLBA 4F3GA 2XXHA 1WVJA 1NFTA 1OMPA 4DXBA 5I57A 1MQDA 3H6VA 1MRPA 4QFNA 1BLFA 4QFPA 4NF8A 1B3EA 5I2KB 4YB5A 1B1HA 4EQBA 1MXYA 1BTJA 1H45A 2HZKA 3RT8A 4KI0E 2Q2CA 1FCKA 2DE3A 3PUZE 2H25A 1ZU0A 2E0SA 4TLMB 2XXXA 3K6VA 3TQLA 4C1TA 1MXUA 4MH5A 1P1WA 3SETA 3T22A 4Q30B 2NXOA 4YB6A 1A54A 3T9HB 3L6HA 5DVFA 2H98A 1A7LA 2F5XA 3CFXA 1URDA 2CZLA 4LUBA 4ECFA 5H8QA 4TOZA 4WEDA 2F36A 1NH8A 3OO6A 4IGTA 3GZGA 3K02A 3MVXA 2XXVA 1H43A 1B3GA 3FGSA 3IO4A 3D4GA 3OOAA 3HSTA 5TPAB 3KN3A 4OENA 3RLFE 3L6GA 3S9NC 2F7CA 1BIYA 3Q26A 3QIMA 4DZ1A 3DP8A 3U72A 5F7VA 3CSBA 4H65A 4FECA 2ZYNA 1PC3A 4MLQA 3BFTA 4DLDA 3GBAA 5I2KA 1O64A 1A8FA 2UVGA 4NWCA 2QMWA 5FHOA 4H5GA 4PQJA 3TTMA 2ZNUA 3VVFA 5ISUA 3Q25A 3UN6A 2V93A 1MPDA 5B7DA 1ZTYA 1AIVA 1UQWA 3H06B 1B46A 2RC7A 4JWXA 2RINA 3ODBA 2P2AA 3M3FA 2QS3A 4R75A 1MXZA 1Z7NE 1B40A 2PMSA 2DWHA 1MQGA 3RN8A 4THIA 3MQ9A 3CI8A 3BBRA 2VHAA 4PFWA 1LB8A 5L9MA 4G68C
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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