3OXNA

The crystal structure of a putative transcriptional regulator from vibrio parahaemolyticus
Total Genus 48
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
48
sequence length
215
structure length
213
Chain Sequence
PQQCDQTFTIATTDYAMQTILPFALPRIYQEAPNVSFNFLPLQHDRLSDQLTYEGADLAICRPTGPVEPLRSEILGRVGVLCLLSKQHPLANQEMSLDDYLSHPHAMIAISDGVKALIEQALIDKPQRKMVLRAYHLEAALAIVLPIIITVPADLAYLVAERYDLVVKPLPFQFTPFDYSMIWHARCEHSPAQEWLRSVVREECSRLIAKRIE
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title The crystal structure of a putative transcriptional regulator from Vibrio parahaemolyticus
rcsb
molecule tags Transcription regulator
source organism Vibrio parahaemolyticus
molecule keywords Putative transcriptional regulator, LysR family
total genus 48
structure length 213
sequence length 215
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature
pdb deposition date 2010-09-21

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF03466 LysR_substrate LysR substrate binding domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3oxnA01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3oxnA02
4ZEBA 1LFHA 1Y3PA 1IITA 3K6VA 2I49A 3OO6A 2DQVA 3FXQA 3H6WA 3IJXB 3HSTA 5KCJB 3FIRA 1MPDA 2XXWA 2YLNA 1MRPA 1GGGA 2UYEA 4F19A 3MAMA 2XD2A 2XXUA 3KZGA 3PMWA 4O3AA 1TFAA 2XXTA 4G77A 3MPKA 3MVZA 1B0HA 3SDFA 1B5IA 1J1NA 1B4ZA 1LCTA 4QFLA 4BDMA 5TU0A 4U21A 1MDP1 5FTHA 3IORA 4JSOA 4AB6A 1AL3A 4GOTA 3RN8A 3QUFA 1DSNA 4R75A 2XX7A 1JQFA 2FYIA 1M5BA 4FAJA 1LFIA 3N5LA 4I9DA 2RC7A 3MC2A 2Y7KA 4KD5A 1YPNA 1FW0A 2DYXA 4JDFA 2NWJA 4XKNA 5AA2D 3TFLA 1RYOA 5JEIA 4NF4B 1LGBC 1MXUA 4FATA 2B65A 2CMOA 4OVJA 1SDXA 2ZNUA 1LAHE 4X48A 2RINA 1P1WA 4ZEKA 3IL1B 4EUOA 1M5EA 3PD8A 2DSFA 2NOOA 4KFQA 2R71A 2UXAA 3VVDA 1BKAA 4I62A 4F31B 3LSFB 1POTA 4MLVA 1R9QA 1AH5A 4R2BA 1LAGE 3OD7A 4L17A 1SW4A 2RC9A 2UVIA 1SYIA 1QKAA 5AE4A 1QULA 4XTCQ 4QF9A 2B3BA 2QRYA 2D21A 4G8HA 2X7QA 1Z7ME 3N26A 1H76A 4AB5A 4RYAA 3HHGA 4MFIA 3THIA 3RGYA 2RF1A 2XD3A 1R9LA 3CSBA 2FA7A 4EXKA 5DVFA 1NKXA 1S9TA 5HBCA 3N6TA 4KQPA 5ITOA 4YICA 4OEVA 4IO3A 1LCFA 1IQ7A 5FHNA 3ZSFA 2Z8FA 5I57B 1MXXA 2F7AA 2ABHA 3OMBA 3V8XB 1DPPA 4H5GA 3CSGA 3E9XA 3PU5A 1ZIUA 2Z22A 4KHZE 4Q8RA 4R73A 1B05A 1FTKA 2F6PA 3D4GA 1D9YA 2UYFA 2V93A 3I5OA 3FJGA 4GWOA 2R9JA 4JBZA 3V89B 3QSLA 3PMXA 4Q30B 3TUSA 4GD5A 1MM6A 3C32A 2DXYA 5M2VA 4LZ8A 5KDTB 3T93B 1QUJA 5L9MA 2HZKA 1B2HA 2OK2A 4C1TA 4U4XA 1B3FA 1EZ9A 5EHMA 1URSA 3VVFA 4YB6A 4BDLA 3SESA 5ELVA 4DLDA 1IUDA 4N07A 2E0SA 2GH9A 2RCAA 4U1OA 4DCXA 5DYHA 3L6GA 1SBPA 3CVGA 2VHAA 5B70A 1B0LA 2H98A 5CMMA 2HCAA 5EHSA 5IKBA 1XVXA 4F3BA 5I59B 2XXYA 3FUZA 3QIMA 3KGCA 3GXAA 1PEBA 1N0TA 3ODBA 5H8QB 4PP0A 3E13X 2D5WA 5I2KB 4PETA 2Z8EA 4NE4A 1XS5A 1OQHA 4NMYA 1NNFA 5DEXB 1I6BA 2R6GE 4DXUA 2XXIA 4RY1A 4PE5B 1FCKA 5H8NA 1ANFA 3TCGA 1PB7A 2V84A 1DPEA 3VLVA 3G3JA 5FTIA 2P2AA 4IO5A 1FTJA 1PBQA 1POY1 4ZS9A 4C1UA 4HS7A 3H4ZA 2Q9TA 2ONKE 3UGWA 4JWOA 1P1OA 1GVCA 2IA4A 4H67A 3K00A 1FTOA 3EQ1A 3TODA 1T0KA 5H8QA 4OWDA 2Z23A 4JXIA 3PUWE 3V5AA 4G68A 5DEXA 5AA4B 5H8SA 4EDPA 2DWAA 2QSXA 4R6HA 1FQEA 3OEMA 5DT6A 3U8QA 2ONRA 4F2QA 3IOUA 3TEPA 4Z7EA 4THIA 3H03A 4JWYA 4QFPA 4GIZA 3R6UA 2I0BA 3SKPA 3PUYE 3SEYA 4YKIA 2P0SA 3N94A 5CBSA 4NTLA 4MH5A 4FEBA 1JW4A 4NF8B 1XHYA 4QSCA 1IXIA 3MP6A 3O66A 4FECA 4H0WA 1FTLA 3LR1A 3QK6A 5H8HB 4OHNA 1N7WA 1MH3A 1URDA 3LSLA 2VP1A 1FQFA 4EQBA 4KCDA 3FV2A 3CR9A 3LBSA 2GFEA 3S2VA 1VSOA 2QPQA 1S50A 2GRVA 1MXVA 5F1QA 1P1QA 1TFDA 4YU0A 2F8DA 2OJTA 1B58A 4R74A 1JNFA 4F18A 2ZNSA 2QS3A 1Y1ZA 4EXLA 4GL0A 3Q28A 4TOZA 1OIBA 3V83A 1URGA 1F9BA 4JSDA 3TQLA 2ESNA 2XXQA 2DWIA 1N76A 1KWHA 5I58A 4NF6B 1VFDA 3R26A 4M4GA 2O1MA 3WAFA 3H6UA 3IO4A 3T66A 1D3KA 4H8IA 1SW2A 3G7WA 4PQJA 3BKIB 3IR1A 3BBRA 5CMCA 3O29A 3DP4A 1YAEA 1MS7A 2DE4A 4YAHX 3ILTB 4NWDA 4QHQA 2Q2AA 3QAXA 4FIMA 5TPAB 1BTJA 2H9BA 1LAXA 1SW5A 2QS1A 1Y3NA 3M8UA 3C35A 3O9PA 4GL8A 3FXUA 4WEDA 1B51A 1MXYA 3RQTA 2RC8A 4I8CA 3MZ9A 4R72A 3DP8A 3G3FA 3VV5A 1L5TA 4GFRA 4F3PA 1A8FA 4F1YA 1QUIA 4POXA 4NF6A 1MQHA 3M3FA 4YKJA 2QJEA 2F6GA 2V3TA 3PPOA 2REJA 1B32A 3RTFB 3O97A 4ECFA 1FQDA 4PFWA 4GXSB 3UN6A 2QS2A 1MY3A 2PMSA 3G3KA 2P1SA 2CZLA 4P0IA 5AA2B 2Y7RA 1P1NA 1UTHA 1YCJA 3PPPA 3B7DA 3QXMA 4N13A 5TPAA 4YMBA 3KSXA 4ISUA 3GLBA 1VFEA 5FHMA 3B6TA 2DE2A 2XXHA 2DWJA 1NNPA 5TP9A 3F11A 3K2DA 3FD3A 3Q25A 4MF3A 2B3FA 2W7YA 2XXRA 3JV9A 4ELPA 4NF5A 1M5FA 2QS4A 3FGSA 3K0VA 5ICTA 3K6WA 1QJMA 1B4HA 5KZTA 1ZJLA 3RT6B 2Y7IA 4ESXA 2V3UA 4LUBA 1FQAA 3G3IA 2DVCA 4PFTA 3CG3A 3LSWA 3I3VA 2G29A 1PC3A 4U1ZA 4RXLA 4KCCA 4K3FA 2O84X 1AIVA 4G2ZA 3TTKA 4IO7A 5AA2A 2A5SA 2NVUB 2PX1A 3MVYA 4F1UA 3G3GA 2XX9A 4DCYA 5HPQA 1LB8A 1JVYA 3UP9A 3RNNA 2LAOA 1SI1A 4LA9A 4IB2A 1A55A 4RK2A 4ELRA 1NL5A 3R7XA 4U4SA 3HHFA 2PT2A 4YMAA 4LONB 1MH4A 1PBPA 1QUKA 4HCYA 2ZYMA 3S9LC 2RCBA 3MP8A 1YTVA 1MXZA 3S9MC 3VLUA 2AIXA 1A99A 2WKYA 4EQ7A 4KYDA 2VGQA 3A3CA 1SI0A 4LQ5A 5ICQA 4OFOA 4RNSA 1JW1A 1H3DA 4AQ4A 3QYTA 4ND9A 2O68A 2QMWA 5L9SA 3PPNA 1IEJA 5DVJA 3EN3A 1SVXB 3T9HB 1CB6A 4OQOA 3FASA 4ZEIA 4GQOA 4YB5A 4EF1A 4R6YA 3LSXA 4ONYA 1NNKA 1BLFA 1XVYA 4GLIA 2DE3A 3GBAA 2HEUA 3W15C 1AOVA 2ZMBA 5CRYA 3WAEA 2FNCA 5DTBA 5H8NB 1MQIA 3K4UA 1B7ZA 3H6TA 3A09A 4R9GA 1SW1A 3T9UA 4RK9A 4ZZEA 4OERA 2XHDA 3LUYA 4XKQA 2F5XA 3A3UA 5BUUA 5CMBA 3I6VA 2V3QA 2Q2CA 3HV1A 4Z0IA 4F2OA 3D4CA 3O28A 3TDJA 3TPAA 4G68B 1JEVA 2PBWA 3ZKKA 3GBBA 3T9XB 1ZMGA 4ZE9A 5CC2A 3HPIA 3ONMA 2VD2A 5ITPA 2I58A 1HSLA 4LZ7A 3MJNA 1MY2A 4IGRA 2Q8JA 1DTZA 4UACA 3G3HA 1TT1A 4O3BA 4KYSA 1H44A 2XXXA 4FJPA 4P11A 4TQUQ 1MPBA 3K1PA 3KBRA 3TYHA 3E3KA 4QFNA 1OLAA 4NEDA 2Y7PA 4MLQA 4JWXA 4OYVA 1Z7NE 3UK4A 1B7HA 3B6WA 4H5FA 3E4RA 3K01A 3CG1A 1US5A 4H1XA 1Y4TA 1B1XA 4G68C 1Q35A 3SEUA 1H43A 1USYH 3MUQA 2X7PA 1ZBMA 1TWYA 4I1DA 4OETA 3EF7A 3CIJA 2F78A 5CM6A 3KEIA 1O64A 1LB9A 3DP6A 4F39A 5H8FA 3TAJA 3K1MA 3PMVA 4F22A 5I2NA 1O63A 4RPNA 3U1OA 3ZS6A 4GXAA 5JTYB 4BDQA 3TTMA 4KI0E 1NH8A 4R6KA 3HCQA 2THIA 3K6XA 3C36A 4IO6A 2ZNTA 3HO7A 2F7BA 4XKRA 5I58B 1GR2A 2O51A 2Q89A 3KJ7A 4JB7A 1QW0A 4C0RA 4DIGA 1MM7A 2E1SA 4R9FA 3SERA 3RT8A 2XX8A 3U93A 4U22A 1II5A 1XT8A 2YJPA 3KJTA 3SEWA 3S4UA 1WODA 2V25A 1SQYA 4FORA 4E0WA 3FVKA 1O7TA 1MY1A 1A40A 1IIWA 3P7IA 3DLNA 3QUJA 5JTYA 4GVOA 2YPNA 4LVQA 3KN7A 2OWSA 2REGA 1B5JA 3CFLA 1IXCA 3IX1A 4KYEA 3IB1A 4QFKA 4RJZA 1JETA 3MBPA 1FTMA 4XIGQ 1WDNA 4G4PA 1MY4A 1R6ZA 4ZE8A 3FV1A 1UIVA 2F34A 2O7IA 3ILUB 1B1HA 3OO9A 3T9VA 2OZZA 4ELQA 1M5DA 1JW5A 3TQWA 2PT1A 3USDA 1TXFA 1RYXA 2HAUA 5I84A 1NNTA 3KN8A 4OESA 3FZVA 1B5HA 1MQGA 3DM0A 3UIFA 1DTGA 2ZYNA 4X1BA 1Y1MA 3M3LA 3PPQA 3KOTA 4BDNA 1B3HA 1OMPA 2PVUA 1UTHB 4KPTA 1Y9UA 5HM4B 3ECRA 2H99A 1N84A 3EHTA 1LAFE 1VE4A 4WKMA 4LZ5A 5TP9B 3AXFA 3IK6B 3TTLA 1N3WA 5J1DA 3H06B 4NF5B 4WEPA 4M1VA 5K2YA 3MW0A 2ANJA 3FVOA 1SD3A 4ZDMA 3FVNA 3OO7A 1LBCA 5CMKA 3K6UA 5BWJA 4G8NA 3H6VA 1D9VA 1HSEA 1RKMA 2OBGA 4DE8A 3PGFA 5CI5A 5A5XB 4IO4A 1LSTA 1ATGA 3FJMA 2KLFA 2H4IA 3OOAA 2DVZA 3JZJA 3IAZA 1MQDA 3UA8A 5JK4A 1B46A 2Q88A 4LP2B 3W9WA 4EF2A 2PYYA 1IXHA 3PV0E 3PPRA 4O3CA 3SEVA 3OELA 4DDDA 3OSRA 4FEDA 3TKDA 3S9NC 1P99A 4OFJA 1Y4CA 4TLMB 4LATA 1AMFA 1OVBA 5KCJA 2OCUA 3KSJA 2F35A 3KG2A 3TTNA 3C34A 4ZEDA 1B7UA 1UTBB 2O69A 2OLBA 2O7UA 1Y20A 3IOWA 4X1DA 3SETA 3MPLA 5A5XA 3JYRA 4H65A 1I69A 3IB0A 3RY3A 2I6EA 4TLLB 1N3XA 4MBPA 3PUXE 1MPCA 3MQ9A 4R2FA 2BJJX 4FE8A 1R1NA 3U94A 4POWA 4QRZA 1Q1KA 4Q5TA 3VLWA 2F97A 3PD9A 4DXBA 2H5YA 5IAIA 4HW8A 1FQCA 3IJOB 2ZXTA 3VXCA 4ZEFA 5DVIA 1EZOA 4NF4A 1VR5A 4IO2A 4OTEA 3HN0A 3VXBA 3EPEA 1OVTA 1PDAA 4OZ9A 4YKPA 4BDOA 1A8EA 4QSEA 1BP5A 2I0CA 3BFUA 3IOTA 3OO8A 4YKKA 1UTBA 2D3IA 1NFTA 1I6AA 4DXCA 3RUMA 3OSQA 3BFTA 4IGTA 3H7MA 3DELB 3OXNA 5FHOA 4BLAA 5K2XA 3FXRA 1UQWA 3K1NA 1B3EA 2F36A 2XXPA 2DWHA 2RKMA 1LFGA 3FVGA 4QSDA 1MDQA 2I4BA 3UORA 2I48A 2VOZA 4YZZA 4P0GA 4H8JA 1B9JA 1A54A 4U23A 3IO6A 2GHAA 5L8DA 3RLFE 1I6QA 4G8MA 2VD3A 2UVJA 1LBBA 2AL4A 3EHSA 2ALUA 3CI8A 4U2RA 3KOSA 3K02A 3TZAA 1B6HA 4F3SA 3IB2A 3TMGA 3IOVA 4XKPA 1ZU0A 1OLCA 1B3GA 2A5TB 2ZYKA 2DXRA 1A7LA 1B52A 1B3LA 4F29A 1DMBA 3VVEA 4OMBA 2HXWA 3MZBA 3C33A 3RTWB 2DP8A 1UIUA 2O1LA 2AL5A 5I57A 1S7YA 4HCWA 3VDFA 2O6AA 3SEXA 4XXUA 3CRBA 3CFXA 3U72A 2HAVA 3O6IA 4UA8A 2HFBA 1XOCA 3O2AA 3FATA 3B6QA 1B40A 2ONSA 4E0XA 3C4MA 2AYSA 3PUZE 4GF8A 2Z8DA 4YB7A 5H8FB 2Y84A 5I2NB 1QKBA 1D4NA 1OQGA 4OENA 1QVSA 3TCFA 2F7CA 4H6DA 2HQ0A 5KDTA 3FJ7A 4N6PA 4LQ2A 4NWCA 2A5TA 3EHUA 3ZKLA 1EU8A 3MVXA 1ELJA 1XC1A 4BDRA 2H25A 1JEUA 1IXGA 4ESWA 2X26A 1LLSA 2G93A 1EH3A 1PB8A 3O6HA 4PFUA 3TELA 1FQBA 5I59A 4OXVA 2I3VA 1CE2A 1MXWA 1H45A 1GV8A 3MWBA 4WXJA 2HZLA 1IZ1A 2GHBA 5I2KA 5CBRA 1WVJA 5ISUA 4F3GA 3TCHA 3VE1B 3OENA 3T96B 3Q26A 1ZTYA 3Q29A 1SYHA 3TTRA 4ZZAA 4EQ9A 3Q27A 4RA1A 3C9HA 1EZPA 3M3KA 4QFOA 2UVHA 3C31A 2XXVA 1P1UA 3KN3A 1JVXA 2NXOA 4IY5A 1MY0A 4RPOA 1Y3QA 2DOJA 3MP1A 2QL3A 4F1VA 3GZGA 4ZECA 1ZLQA 1NH7A 4IY6A 3O6GA 1HSJA 3T22A 4OEUA 4X9TA 2IEEA 2DS9A 1M5CA 2UVGA 3KFMA 3PUVE 5AA1A 3U92A 5B7DA 1BIYA 5I56B 3S9EA 1USYE 5L9OA 3N6UA 1NMUA 5AA4A 3RPWA 1US4A 4HTGA 2I4CA 1MQJA 1GTKA 3CFZA 2M8CA 4ELOA 1PB9A 5AA3A 3MVWA 2ZYOA 4PFYA 5F7VA 1N04A 1MG1A 1DOTA 5LOMA 3OEKA 4KR5A 3H3GA 3LC8A 3VFJA 2OWTA 4DZ1A 4Q0CA 4GRKA 4NF8A 2NUVA 2Y7WA 3W9VA 4OFLA 5EYFA 3MZ1A 2I3WA 1N7XA 5I56A 2QMXA 5H8HA 3L6HA 1ZKBA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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