3RGYA

Crystal structure of c-lobe of bovine lactoferrin complexed with lipopolysaccharide at 2.0 a resolution
Total Genus 112
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
112
sequence length
345
structure length
341
Chain Sequence
YTRVVWCAVGPEEQKKCQQWSQQSGQNVTCATASTTDDCIVLVLKGEADALNLDGGYIYTAGKCGLVPVLAENRKSSKHSSLDCVLRPTEGYLAVAVVKKANEGLTWNSLKDKKSCHTAVDRTAGWNIPMGLIVNQTGSCAFDEFFSQSCAPGADPKSRLCALCAGDDQGLDKCVPNSKEKYYGYTGAFRCLAEDVGDVAFVKNDTVWENTNGESTADWAKNLKREDFRLLCLDGTRKPVTEAQSCHLAVAPNHAVVSRSDRAAHVEQVLLHQQALFGKNGKNCPDKFCLFKSETKNLLFNDNTECLAKLGGRPTYEEYLGTEYVTAIANLKKCSLEACAF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Crystal Structure of C-lobe of Bovine lactoferrin Complexed with Lipopolysaccharide at 2.0 A Resolution
rcsb
molecule tags Hydrolase
molecule keywords Lactotransferrin
total genus 112
structure length 341
sequence length 345
ec nomenclature ec 3.4.21.-:
pdb deposition date 2011-04-11

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00405 Transferrin Transferrin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3rgyA01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3rgyA02
4NEDA 3KOTA 2Z8EA 3E3KA 4H65A 1OLAA 4MH5A 5KZTA 5CMCA 2XXWA 5ITOA 2RC9A 1B3LA 2F97A 4RPNA 3MZBA 3QSLA 1MY2A 2LAOA 4XIGQ 3ODBA 2F6PA 2I4BA 3QUFA 1H45A 1IXGA 4NE4A 2UVHA 1TFDA 4PETA 1Y1ZA 4LVQA 3W9WA 4IO3A 4AQ4A 4R74A 1JNFA 3VLUA 2DWJA 1MY0A 4YKKA 5B7DA 1NH8A 2HCAA 1B0LA 1L5TA 1OQHA 3EN3A 3B7DA 1PDAA 2DP8A 2IEEA 4XKRA 2RF1A 1HSEA 1DSNA 1JQFA 4YKIA 2H4IA 5AA3A 3FIRA 4IY6A 2P1SA 1US5A 4JB7A 3FVGA 4JXIA 3PD9A 3T9VA 2I6EA 1MXXA 3S2VA 3OXNA 3KN7A 5ICTA 4NMYA 2HFBA 2DXRA 1YAEA 5H8QA 3IB2A 3MVZA 2QS2A 1RYOA 1VSOA 1ATGA 4R9FA 2PVUA 4R6KA 3BBRA 3VDFA 1LSTA 3GZGA 1D3KA 3O6GA 3N94A 4QSEA 1LAFE 3OO8A 3S9MC 1HSJA 1QVSA 2X7PA 2DYXA 1B4ZA 2WKYA 4U1ZA 1BKAA 1YPNA 3TAJA 2ALUA 3UIFA 2UVJA 2F34A 2ZMBA 4DLDA 2PT2A 4IB2A 1US4A 2XXQA 3CSBA 1MM7A 2Q2AA 4DXBA 3LR1A 2O6AA 4OFLA 1LAXA 4XKNA 3UP9A 3IOUA 1BLFA 3K00A 1MQIA 3FASA 2QMWA 3EHTA 3IOWA 3GLBA 3ILTB 2B65A 4XXUA 4F3BA 1B9JA 2P2AA 1B3EA 2KLFA 4NWDA 3N26A 1EH3A 1I6AA 3H6WA 3K6XA 4GWOA 1MH4A 1B58A 2UXAA 2H99A 4I8CA 1Q1KA 1B5JA 3LSFB 3FVOA 2ZYNA 2XXYA 2HAVA 4ZEBA 5DTBA 1N76A 1QUIA 3T96B 1UIVA 1XHYA 2F7BA 1UIUA 4FIMA 2HAUA 4OESA 4PQJA 2XXUA 2OLBA 2ONKE 3TTLA 3FD3A 3RN8A 1SVXB 4N6PA 1NNKA 3H7MA 1NFTA 2V84A 4N13A 2E0SA 1OMPA 3TQWA 3U72A 3I3VA 3MW0A 3MP8A 4QFLA 4U2RA 3MWBA 4JWOA 1A7LA 2DWIA 3PPNA 1JW5A 3ZS6A 1MDP1 4M1VA 2I4CA 1B32A 3ECRA 1LAHE 4ELPA 1Y1MA 4BDNA 3K4UA 1TWYA 5TP9B 1OIBA 1JVXA 3C33A 4FE8A 3TTMA 4AB6A 1PEBA 2XXRA 4ZE9A 1B1HA 3OO7A 5TP9A 1RYXA 4XTCQ 1FTLA 3RT8A 3CG3A 4G77A 2ESNA 2NUVA 2FA7A 4K3FA 1MQDA 4MF3A 1PB7A 2XXHA 3JYRA 1FCKA 1N7WA 3M3LA 4RNSA 5L9SA 3UA8A 1EU8A 5FHNA 1NNFA 4OFOA 1DTGA 3VFJA 5TU0A 4RY1A 4LQ2A 4ESXA 4DXUA 3OEMA 4OWDA 1B4HA 3DP6A 3OMBA 1Y20A 4MBPA 1OQGA 3G3FA 1B3FA 1SW2A 5AA2D 1JVYA 1EZPA 2ANJA 4F1YA 1LGBC 4G8MA 1XT8A 3SEVA 2DVZA 3TCHA 4P11A 2M8CA 5I57B 4H0WA 4I1DA 2XX8A 3MC2A 4U21A 4G4PA 4WKMA 2YLNA 2Q8JA 5I57A 1MXUA 3SEYA 3LSLA 4HCYA 3CIJA 3CRBA 2F35A 2OK2A 1Y3NA 3SERA 1LAGE 4JWYA 2D21A 1R9QA 4LUBA 2UYFA 4DCXA 3K1MA 3S9LC 4R73A 3B6TA 1Y4CA 4F3PA 1YTVA 2RC7A 1EZ9A 3MPLA 3G3HA 3PMVA 1MY4A 4WEPA 3WAEA 3RY3A 4H8JA 3CR9A 4PFYA 3PPRA 3MQ9A 4NF5B 1LB9A 3VXBA 2Y7RA 1P1WA 4IO5A 3HO7A 4C1TA 3CFLA 3C4MA 3FJGA 5AA4A 2XXXA 4H5FA 4EUOA 3FV1A 4DE8A 1H43A 4TOZA 1O64A 3KGCA 3SEWA 4ELQA 3MAMA 3PUWE 2V93A 3O2AA 3O6IA 1URDA 3SEUA 1ANFA 1P99A 4E0WA 1OVTA 4XKPA 2HQ0A 1I6QA 3JZJA 3LUYA 3KOSA 1HSLA 5LOMA 4ZE8A 2I58A 4NWCA 4F3SA 4R72A 4MLVA 2H98A 4FEDA 3EHUA 3EF7A 4UA8A 3TQLA 3EHSA 3H03A 3DLNA 1FQBA 3RTWB 5CRYA 3QYTA 3MZ1A 1FW0A 3TDJA 2XX7A 2A5SA 2A5TB 1BIYA 3A3UA 3R6UA 4BDRA 1XS5A 3MJNA 3SDFA 4F2OA 4GVOA 4IGRA 2CZLA 2I0BA 3IO4A 4PFTA 1D4NA 3H6VA 4IY5A 2A5TA 1P1UA 3M3KA 4OETA 3FJ7A 3QAXA 2O51A 3PU5A 2QSXA 1Z7ME 2DS9A 2NVUB 3U1OA 4ZS9A 3RQTA 1O63A 3IL1B 2XHDA 2NXOA 4GLIA 3H06B 2HEUA 4G8HA 3Q29A 3VVDA 3QUJA 5AA2B 1P1OA 3IORA 2Y7PA 3PPOA 1QULA 3SESA 3V8XB 4LP2B 4R6HA 3PUVE 3RT6B 4F3GA 5AA2A 2XXTA 1MXZA 4GXSB 1ZBMA 4U22A 4WXJA 4HW8A 5CM6A 2ABHA 3H6TA 2Q89A 4H6DA 5HBCA 5H8SA 3E13X 4IGTA 4IO6A 4RYAA 1H76A 5DVFA 4EXKA 2RCAA 1S9TA 5CI5A 1B5IA 2XXVA 3PMXA 4R9GA 1SQYA 1A8FA 2XX9A 2RCBA 3ONMA 3H6UA 2FNCA 1VE4A 3CI8A 4U1OA 5K2XA 5EYFA 1H44A 4P0GA 1UQWA 1DPEA 4GRKA 3BFUA 3KJTA 3AXFA 1LBCA 4GFRA 2UVGA 1QUJA 2H25A 1LFIA 2ZNUA 4YZZA 5CMMA 3G7WA 4RK9A 4EF2A 5I2NB 3TCGA 3SETA 3L6GA 3TODA 2W7YA 2DWAA 4RPOA 5I2NA 3OEKA 4OHNA 3IOTA 5AA1A 2AIXA 1MQJA 2F5XA 3PPQA 4QF9A 4RA1A 5BUUA 3KSXA 4I9DA 1B46A 1NNPA 4ECFA 4BDQA 4QHQA 4LZ5A 3G3KA 1LLSA 5F1QA 2H9BA 1AL3A 4KCDA 2THIA 4IO4A 3KBRA 3TELA 3GBBA 1B3HA 3O6HA 3MP6A 1BP5A 4F22A 3M3FA 5ISUA 1B05A 4YMAA 4GL8A 4F39A 1I6BA 3T9XB 4JDFA 4PE5B 1MPCA 4ZDMA 1IXHA 2X26A 1FQCA 3A09A 3K0VA 4GOTA 1Y9UA 3BKIB 2DE2A 1M5FA 3PUZE 4RK2A 3LC8A 3RPWA 4NF8B 3M8UA 3DELB 3TYHA 1Y3QA 3OELA 4GXAA 4F19A 3HN0A 4NF8A 2B3FA 3ILUB 4GF8A 3TCFA 3SKPA 4PFUA 2B3BA 1SDXA 1B5HA 1N7XA 4OMBA 4LQ5A 3FUZA 4EXLA 2REGA 4OERA 4R2FA 2PBWA 2DQVA 3O97A 1GVCA 1MXWA 4MFIA 2P0SA 5I58B 3F11A 1I69A 1NNTA 4EQ9A 4G68B 3ZKLA 1A55A 3RNNA 3LBSA 5I2KB 5I58A 4DIGA 2PX1A 4WEDA 1QUKA 1IIWA 1PBQA 5I2KA 4ELOA 1TT1A 3FATA 3MZ9A 1B2HA 3S9EA 3TKDA 4F2QA 1USYE 3PPPA 2Z8FA 4M4GA 4LZ7A 1KWHA 3FZVA 4O3CA 5BWJA 2I49A 4G2ZA 3C9HA 2ONSA 1EZOA 3GXAA 3TPAA 1WVJA 3IOVA 2ZNSA 3ZKKA 4H67A 3PV0E 1IZ1A 3TTNA 1DOTA 3I5OA 1MPDA 2XD3A 1OVBA 1SI0A 4C1UA 1JEUA 2DE3A 4G8NA 1MM6A 1CE2A 4Q5TA 3CVGA 2GFEA 2R9JA 2QS3A 3FXQA 4KYEA 4YICA 5CBSA 3IK6B 1MQHA 3FVNA 5B70A 2RINA 4BDLA 1B3GA 4YKJA 1N84A 3U8QA 3VLVA 3RUMA 3MVYA 3HCQA 1GGGA 5FHOA 4KYSA 4ONYA 4Q30B 4OXVA 4GL0A 4HTGA 1IITA 1AOVA 3S9NC 4YMBA 2XXPA 3V83A 1ZMGA 3PMWA 2Z8DA 4QFPA 4ZZEA 2G93A 3Q27A 2O7UA 3D4CA 4RXLA 1VFEA 4QFNA 2CMOA 3HPIA 2X7QA 2I0CA 3V89B 4OFJA 2D3IA 1URSA 1B40A 1YCJA 4OVJA 5J1DA 3VV5A 5CBRA 1N04A 1QKBA 1B6HA 2IA4A 1LCFA 1M5EA 2QL3A 1H3DA 2I3VA 5ITPA 2DXYA 5JEIA 1AMFA 3CFZA 4NF5A 1ZLQA 5CMBA 3K6UA 5F7VA 2OJTA 2R71A 5JK4A 3MP1A 5CC2A 3HHGA 1PBPA 1MY1A 5HPQA 4OZ9A 1P1NA 4EQ7A 1SYHA 2ZYOA 2YJPA 4KD5A 5HM4B 5H8HB 1MG1A 2Y7WA 4X48A 3MVWA 2NOOA 4OENA 4FORA 4KQPA 2Y84A 3K02A 1ZKBA 2O1MA 4OEVA 2QMXA 4GIZA 2F7AA 2VD2A 2GRVA 4U4SA 5I59B 1GV8A 1N3XA 1FTKA 1B51A 5CMKA 3IR1A 5DYHA 2FYIA 1WODA 5I56B 3D4GA 2RKMA 3RGYA 4R6YA 3UORA 1NKXA 4U23A 4FJPA 4FECA 3R26A 2V3QA 4QSDA 1S7YA 5ICQA 1LFGA 1ZU0A 2AYSA 5EHSA 4KI0E 3Q25A 3EPEA 2DVCA 1B1XA 2REJA 3KZGA 2F78A 5DT6A 3HV1A 1SW5A 3UN6A 5A5XB 4POXA 2OBGA 4DZ1A 3LSXA 1MH3A 1UTBB 4X1DA 5L9MA 5A5XA 1UTBA 5JTYB 3ZSFA 3KN3A 1XVYA 4GD5A 2I3WA 3IAZA 4JBZA 5JTYA 3UGWA 4POWA 1B52A 2ZXTA 2ZNTA 2ZYMA 1IQ7A 4KHZE 1FTOA 4NTLA 2O68A 3I6VA 1NL5A 4MLQA 4NF4B 2Q9TA 1LB8A 1FTMA 4TLMB 2Y7KA 4HCWA 3T9UA 3TZAA 4JSOA 1DTZA 3DP4A 2XXIA 4FEBA 1PC3A 4OEUA 5KDTB 4NF4A 1JEVA 4YB7A 3VE1B 3TEPA 3OSRA 3GBAA 5KDTA 4KFQA 4KR5A 5H8QB 3QXMA 1UTHB 2E1SA 3P7IA 1LFHA 5DVJA 4L17A 3PGFA 3IJXB 3S4UA 2F7CA 3TFLA 1B7UA 1UTHA 3T66A 3OO6A 5H8NB 1B0HA 3IO6A 1SD3A 2R6GE 3IB0A 5IKBA 4DDDA 1JW4A 3K2DA 5H8NA 4PP0A 4ELRA 3E9XA 3KG2A 2I48A 3H4ZA 1XC1A 1AIVA 1M5CA 3VVEA 5AE4A 4I62A 2ZYKA 1R9LA 1II5A 4IO2A 1B7ZA 4UACA 4KCCA 1AH5A 1FQAA 4AB5A 2QJEA 1A99A 4LONB 2V3TA 5H8FB 4TLLB 1MDQA 3T9HB 4IO7A 4YAHX 1Q35A 4JWXA 2OCUA 5KCJB 3K6VA 5H8FA 1FQDA 2DOJA 3OO9A 4F31B 1ZJLA 4THIA 5KCJA 2RC8A 3QIMA 3RTFB 3E4RA 3K01A 4JSDA 1JETA 5M2VA 4TQUQ 2F8DA 4EDPA 4Z0IA 3LSWA 1IXIA 1NH7A 4YU0A 3K1NA 4H5GA 1Y3PA 2PYYA 4GQOA 2GH9A 4G68C 4DCYA 3Q26A 1OLCA 3IX1A 4LZ8A 3MPKA 3BFTA 3TTRA 5DEXB 4OYVA 3V5AA 4FAJA 2QRYA 3U92A 2V3UA 1O7TA 1FQFA 1GTKA 5L8DA 5DEXA 3O9PA 3FV2A 1SW1A 3C31A 1J1NA 1RKMA 3O29A 4G68A 4ISUA 4OQOA 5EHMA 3UK4A 3G3JA 3U94A 4F1VA 1SBPA 3Q28A 2HZKA 4XKQA 4YKPA 1A40A 3USDA 3O28A 2HZLA 3QK6A 4H1XA 2XD2A 3OD7A 1Y4TA 5K2YA 4Q0CA 3U93A 3PUXE 3H3GA 4F1UA 1B7HA 1M5DA 1F9BA 1POTA 1XVXA 3MVXA 2F36A 1R1NA 3THIA 2Z23A 3MUQA 1VR5A 1DPPA 1QKAA 5TPAB 3G3IA 1MXYA 2UYEA 3KSJA 3MBPA 1P1QA 4KPTA 1N3WA 2OZZA 2VD3A 4YB5A 4O3BA 3PD8A 3KEIA 3VVFA 5TPAA 1R6ZA 1LCTA 3OENA 4HS7A 2O1LA 4OTEA 1IEJA 3N6TA 1IXCA 1BTJA 3EQ1A 4N07A 1MQGA 3DM0A 3KFMA 4ZEDA 3T93B 1LBBA 3IB1A 5FTIA 2QS1A 1IUDA 3C32A 4RJZA 2AL4A 1JW1A 3HHFA 5ELVA 4U4XA 3KN8A 4P0IA 1NMUA 1MY3A 1S50A 2DE4A 1PB9A 3FXRA 5DVIA 4LATA 5L9OA 1USYH 1FQEA 3L6HA 4R75A 1PB8A 2O69A 3R7XA 3C35A 4NF6B 3RLFE 4BDOA 1MRPA 3C36A 5IAIA 1ZIUA 4ND9A 3HSTA 4YB6A 2GHAA 3K6WA 4EQBA 4NF6A 2BJJX 1T0KA 1SW4A 3JV9A 1POY1 4H8IA 3KJ7A 3G3GA 5AA4B 3OSQA 4QSCA 1A54A 1D9VA 1TFAA 2VP1A 1N0TA 5I84A 2H5YA 2UVIA 3FVKA 2PMSA 1FTJA 3C34A 4Q8RA 2DWHA 3N5LA 4C0RA 3A3CA 3CSGA 3VLWA 3DP8A 2ONRA 1MPBA 2Q2CA 2QPQA 3OOAA 2V25A 3W15C 1TXFA 2F6GA 4X9TA 5FTHA 2YPNA 4ZECA 2O7IA 1ZTYA 4F29A 2VHAA 4EF1A 2G29A 2QS4A 5H8HA 1Z7NE 3WAFA 1SI1A 4QFKA 3B6QA 2GHBA 4Z7EA 3CFXA 4PFWA 1VFDA 3CG1A 4BLAA 4ESWA 4ZEKA 1CB6A 1XOCA 4X1BA 3FXUA 5FHMA 2VGQA 1D9YA 1M5BA 3PUYE 4ZZAA 3O66A 3IJOB 1ELJA 1MXVA 1MS7A 1SYIA 1DMBA 2AL5A 3FJMA 2PT1A 2NWJA 3TTKA 2DSFA 3K1PA 3W9VA 5I59A 4KYDA 1URGA 4DXCA 1QJMA 3TUSA 4QFOA 3N6UA 3SEXA 2HXWA 2D5WA 4ZEFA 4O3AA 3T22A 2OWTA 1A8EA 5I56A 4F18A 4R2BA 2Q88A 1QW0A 1WDNA 2Z22A 4FATA 2OWSA 4E0XA 3B6WA 4QRZA 4BDMA 4ZEIA 2O84X 4LA9A 3FGSA 2Y7IA 3TMGA 1GR2A 2VOZA 3VXCA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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