3S9EA

Crystal structure of the kainate receptor gluk3 ligand binding domain in complex with (s)-glutamate
Total Genus 82
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
82
sequence length
256
structure length
253
Chain Sequence
GTNRSLIVTTLLEEPFVMFRKSDRTLYGNDRFEGYCIDLLKELAHILGFSYEIRLVEDGKYGAQDDKGQWNGMVKELIDHKADLAVAPLTITHVREKAIDFSKPFMTLGVSILYRKGTPIDSADDLAKQTKIEYGAVKDGATMTFFKKSKISTFEKMWAFMSSKPSALVKNNEEGIQRTLTADYALLMESTTIEYITQRNCNLTQIGGLIDSKGYGIGTPMGSPYRDKITIAILQLQEEDKLHIMKEKWWRCP
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Binding site and interlobe interactions of the ionotropic glutamate receptor GluK3 ligand binding domain revealed by high resolution crystal structure in complex with (S)-glutamate.
pubmed doi rcsb
molecule tags Membrane protein
source organism Rattus norvegicus
molecule keywords Glutamate receptor, ionotropic kainate 3
total genus 82
structure length 253
sequence length 256
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2011-06-01
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3s9eA01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3s9eA02
2HXWA 4NF5B 3C33A 1NFTA 2I58A 5I58B 2F7CA 1N3XA 3O66A 5JTYB 1Q35A 2PX1A 4PFWA 1HSLA 3VDFA 4L17A 3DELB 4ZZAA 3RGYA 4OETA 2AL5A 2I0CA 2F78A 1B2HA 1MQGA 5AA2A 4G77A 2XXYA 4U4SA 1B51A 1KWHA 3K01A 3QYTA 1DTZA 3SESA 1JW1A 2VP1A 4C1TA 1N7XA 4ELOA 3PPRA 4HS7A 4F29A 2OCUA 5I59A 3A09A 4PE5B 3A3UA 4HCWA 1SVXB 3HV1A 4R74A 3UGWA 4PQJA 4JDFA 3MVXA 3TCHA 4OZ9A 1MPCA 3FATA 1J1NA 1O64A 3QUJA 4IO5A 4BDOA 1P1WA 2E1SA 3MQ9A 1A7LA 4H65A 3PUWE 4OQOA 4TLMB 4LZ7A 5HPQA 3FVNA 3S9MC 3TQLA 3LSWA 4FAJA 1M5FA 1LFIA 3GLBA 2XXXA 4QFKA 3SEUA 1I6QA 1QW0A 3ECRA 3USDA 4PP0A 4HTGA 4YMBA 4KHZE 4ELQA 5JK4A 3CFLA 2GRVA 1TT1A 1LBCA 5AA2B 4NF8A 1QVSA 1GTKA 1LGBC 1QUKA 3O29A 2QS1A 2WKYA 2LAOA 4RYAA 4GFRA 4RY1A 4R9FA 2I0BA 5KZTA 3C35A 3CRBA 3WAFA 5H8HA 3H06B 3MJNA 5H8NA 3W9WA 1EZPA 2ANJA 2F6PA 1NNTA 3PUYE 2DVCA 1B0LA 1II5A 1M5CA 3QAXA 3E3KA 1B3FA 3H6UA 1N76A 4E0XA 3KEIA 5LOMA 4G4PA 1AH5A 4K3FA 2O84X 4WEDA 3TAJA 1XT8A 4OHNA 1A8FA 2RC7A 2DWAA 1QJMA 3T9UA 1GVCA 1XVXA 4F18A 3OELA 3K6VA 2Z8DA 3T9VA 1H44A 2QPQA 2D3IA 3O28A 3R26A 4JWYA 3VXBA 5H8FA 1LAGE 1LAFE 1FTOA 2QS2A 4FE8A 3H6TA 1B0HA 3Q25A 4DZ1A 1JVYA 1UTHB 1MY2A 1QKBA 3HCQA 4I1DA 4QRZA 4ZEKA 1M5EA 2PVUA 3IX1A 3FASA 5KDTA 4NF8B 3N6TA 1ZTYA 2QL3A 3MW0A 5L9MA 2B3FA 3LUYA 1MDQA 4MLQA 3G7WA 3T22A 1ANFA 4LUBA 1JEUA 2B3BA 3OO8A 2ONSA 2NUVA 5DVIA 4FATA 1S9TA 5H8HB 1MXXA 2V25A 3K02A 3UN6A 5H8NB 4GXSB 1B3LA 4RXLA 4R2FA 2X7QA 3LSFB 3RT8A 4R6HA 2OK2A 3K6XA 1FQFA 3H7MA 5ISUA 4N07A 2RC9A 1D3KA 3RT6B 3KSXA 5CBSA 1NNKA 1S7YA 4KQPA 4F2OA 4NF6A 2Y7PA 2HZLA 4IGRA 1SI1A 3MZ1A 1OLCA 1FQDA 2O1MA 3BKIB 1JW4A 4LZ5A 2A5TA 3IB2A 4U2RA 3H4ZA 3W9VA 1B7UA 1DPEA 3GXAA 2HEUA 3SERA 1YPNA 2ZXTA 4RPNA 3FGSA 4MFIA 4H0WA 1ZU0A 2PT1A 1UTBB 5I2NA 1SDXA 3MP1A 4MBPA 1QULA 5IKBA 2ZYMA 2XXHA 3TELA 3GBAA 2E0SA 1SW5A 3FV2A 4R6YA 1LFGA 2HQ0A 3PPNA 2Q8JA 1Z7NE 2QS4A 3VVDA 2DSFA 3OMBA 1FTKA 1DPPA 4IO4A 1I6BA 4YU0A 4BDNA 1B9JA 4O3CA 3FV1A 4YB7A 4MF3A 4ZE8A 1HSJA 2BJJX 1CE2A 3FZVA 2FNCA 3DP6A 4U1OA 3D4GA 5I2KB 5CI5A 3MP8A 3SEVA 3F11A 2V3UA 4R73A 3OXNA 3TFLA 4KR5A 4THIA 2A5TB 3TTNA 2Z8FA 2W7YA 3EHTA 5I58A 3TPAA 2DE4A 5JTYA 4KCCA 4XXUA 1MY3A 4JXIA 1BLFA 1B46A 2ZYOA 4OXVA 1N7WA 4DDDA 4OFLA 4GIZA 1PB8A 4DE8A 2PBWA 4RPOA 4ZE9A 2RKMA 2XX8A 3RN8A 1HSEA 1I69A 4F19A 3OD7A 3A3CA 1A55A 3JV9A 1FQAA 1EZOA 3VVFA 1NH8A 4E0WA 4NWDA 1OLAA 3CSBA 3KGCA 5I84A 4EF1A 4XKPA 4BDLA 1SW2A 1XS5A 2XXPA 2QSXA 1AMFA 2QMWA 4TQUQ 1QKAA 4PETA 3UP9A 3K1MA 3FXUA 3WAEA 4TOZA 4R75A 2UYEA 3SKPA 2UVHA 2I4CA 3IO4A 3Q27A 3PMXA 1NNPA 4H5GA 3TKDA 1VSOA 2XX7A 4XKQA 1LLSA 4OERA 4XKRA 5ELVA 3RTFB 3V83A 3VXCA 1NMUA 5FHNA 4O3AA 5AA3A 1AOVA 4H1XA 1R9QA 2Y84A 3V89B 3B6TA 3KN7A 3S9LC 3DP4A 3PPOA 1MPDA 4XTCQ 3VLVA 3UK4A 4F1VA 2FA7A 3FJGA 3TCGA 3RUMA 4KCDA 4ZECA 3R7XA 3UA8A 2HCAA 3K00A 2ZNTA 4POXA 3IORA 4WXJA 1Y3QA 3PMWA 1N84A 4F22A 1TFDA 4DXBA 2O6AA 3TTKA 3JYRA 3IL1B 3LSXA 2M8CA 2UVGA 2VD3A 3PGFA 1WDNA 3DM0A 2CMOA 4UACA 3VE1B 4BDQA 4ZEIA 4DCYA 5F1QA 3PD8A 4I8CA 4C1UA 3SETA 2Z23A 2D21A 3E13X 1M5BA 1A8EA 2X26A 1IXCA 3C36A 3MUQA 4PFTA 1H45A 1GV8A 1LB8A 5EYFA 2DE3A 1XC1A 2H99A 3MAMA 1VE4A 3EQ1A 3FVOA 2PMSA 3UIFA 4FJPA 2O51A 5CC2A 2REJA 3K1NA 2IA4A 4Q8RA 1EZ9A 4DXUA 4DIGA 3OSQA 1SBPA 3EN3A 2O68A 4POWA 2I3VA 1FW0A 3ZKKA 3RY3A 3OEKA 3CR9A 1B4HA 4GXAA 4U23A 2DE2A 4JSDA 5FTHA 1UTHA 1POY1 3U8QA 2ZYNA 3Q26A 2V3TA 1Y4CA 1M5DA 1A99A 4ZEFA 4EQ9A 2HAVA 3R6UA 4X1BA 3G3FA 3AXFA 4IGTA 4QFPA 1LB9A 2F34A 4OFOA 2ZMBA 5CMKA 3B7DA 4X1DA 3FVGA 4F3SA 4R9GA 1B3HA 1VR5A 1XVYA 4OEUA 3G3JA 4IY5A 1R6ZA 4M1VA 4R72A 1B40A 4RA1A 1B7HA 4LATA 3ODBA 1UIVA 5B70A 1XHYA 4JB7A 1B58A 2O7UA 1RYXA 1P1NA 4YB5A 1LCFA 1N04A 5K2XA 3C4MA 1JW5A 3KBRA 4F3GA 3K2DA 1FTMA 3VVEA 1B05A 2I49A 1PB9A 4NMYA 2O69A 2QMXA 1Y4TA 1TFAA 3H03A 5FHMA 3KZGA 1B3GA 3LR1A 3FXQA 1MQDA 1SW4A 3LBSA 1B5JA 1UTBA 1ZIUA 1IXIA 1L5TA 2UVJA 1NH7A 3UORA 3PUXE 3KFMA 1IZ1A 3OO9A 3IJOB 3TUSA 2ABHA 3BBRA 5DVJA 3IO6A 4G8HA 3FVKA 4ZZEA 1MY1A 3Q29A 3OOAA 4R6KA 3U94A 2NOOA 2DP8A 2HZKA 4IB2A 3TDJA 2DS9A 5L8DA 2VHAA 3M3LA 1P1UA 4HW8A 3U1OA 1BP5A 4IO2A 3M3FA 2DOJA 5ICTA 2OLBA 3G3KA 4YMAA 4YZZA 2F97A 4H6DA 2P0SA 1URDA 3IB1A 4GL0A 3V8XB 3E9XA 3S2VA 2GH9A 2IEEA 5I2KA 4BDRA 3PMVA 2H4IA 2Q88A 4Q30B 1RKMA 3HHGA 2Y7IA 3I6VA 4JBZA 3C34A 3BFTA 2OZZA 3Q28A 4F3PA 1ZBMA 5TP9B 1FQBA 3D4CA 4UA8A 2I3WA 3K0VA 2OJTA 3G3HA 1AIVA 1Y1MA 5HM4B 3IOWA 3FUZA 2F36A 3FIRA 4NWCA 4U4XA 1MM7A 1N0TA 3E4RA 4BDMA 4H67A 2OWSA 4G2ZA 1USYH 4GVOA 1LFHA 3FXRA 2REGA 3DLNA 2CZLA 4I9DA 1US5A 2H25A 5CMCA 3FJ7A 1VFEA 4GRKA 3P7IA 3TTRA 2THIA 1MY0A 5KCJA 1OQHA 4ZDMA 4IO6A 3IR1A 1MQIA 4Z0IA 4XIGQ 2QJEA 3SEWA 1DOTA 4QF9A 4F3BA 4N6PA 2DWJA 3IJXB 5CMBA 1A40A 3K1PA 4I62A 1I6AA 4RJZA 2DWHA 3N26A 3G3GA 1MM6A 2NXOA 2X7PA 4JWXA 5HBCA 5DTBA 5ITPA 2OWTA 3SEXA 3KOTA 4G68C 1O63A 3QK6A 2Z8EA 4RNSA 2P2AA 3DP8A 3PPPA 2ONKE 1BTJA 2XXQA 5DT6A 1AL3A 1IITA 1MDP1 3N6UA 1BIYA 3MPKA 4ND9A 2V93A 5DYHA 2Y7RA 2Q89A 1JQFA 5TPAB 2XXRA 4FECA 4PFYA 3RPWA 1ELJA 1PEBA 3K4UA 2D5WA 3MWBA 3N94A 1MQJA 2XXVA 3T9XB 5I57B 3QSLA 3OEMA 5KCJB 1US4A 2XXTA 3CIJA 1ZKBA 4IO7A 4F1YA 3IOTA 4EXLA 1JVXA 1D4NA 4XKNA 4ZEDA 2V3QA 1FCKA 2ONRA 2Q2CA 4F2QA 2RCBA 3RQTA 1B32A 5M2VA 2RC8A 1PB7A 5H8QB 1EH3A 3TEPA 4WKMA 1SW1A 2G29A 3TZAA 4OMBA 2F8DA 3FD3A 3TCFA 4H8JA 1LAXA 3KJTA 4OVJA 3TODA 4KYSA 5J1DA 1MG1A 4FEDA 5AA4B 3OENA 3HHFA 4RK2A 4ELRA 1IQ7A 2I4BA 4OEVA 2R71A 4LZ8A 3FJMA 1JNFA 2VGQA 4N13A 1B7ZA 4H5FA 2R9JA 3K6WA 1Y9UA 4GOTA 1WVJA 1MXUA 4EQBA 3CVGA 5L9OA 1P99A 1XOCA 2ZYKA 1ZJLA 3KG2A 4YKJA 3CG3A 4R2BA 1B4ZA 2XXUA 1IEJA 3RLFE 2ESNA 4OFJA 5BUUA 3KSJA 1PDAA 1UIUA 3OO7A 4MLVA 4DXCA 5A5XB 1FQCA 2Z22A 3CI8A 1MRPA 1URSA 2DVZA 3O97A 3S9NC 4DLDA 5CBRA 3IB0A 1MXVA 3M3KA 1B1HA 3KJ7A 2RCAA 5EHSA 2YLNA 1SQYA 2ALUA 4AQ4A 2H98A 1P1OA 4GWOA 4LA9A 1S50A 1IUDA 1D9VA 4G8MA 4O3BA 3L6HA 3O6GA 2VOZA 4ZEBA 3U72A 2H5YA 2YPNA 3EHSA 2R6GE 4KI0E 4ELPA 3C32A 1NKXA 2F35A 3TYHA 4AB5A 5TU0A 1DTGA 4QSEA 1EU8A 4IO3A 1YAEA 3MVWA 1YTVA 2KLFA 5L9SA 3W15C 1JETA 2Q2AA 4U1ZA 3EPEA 5AA1A 3O6IA 3L6GA 4H8IA 3ZKLA 2PT2A 1GGGA 1H3DA 2NVUB 3HSTA 3MVYA 4FEBA 1MPBA 3IAZA 4OENA 4EXKA 1ZMGA 4EUOA 1NL5A 1Q1KA 2XXIA 1Y1ZA 1QUJA 3T96B 3GZGA 2YJPA 1YCJA 4RK9A 1Y3PA 5AA2D 1D9YA 4OWDA 5ICQA 2P1SA 2NWJA 2ZNUA 4M4GA 1LSTA 2OBGA 4P0IA 1MY4A 2B65A 3LSLA 4YKIA 1B52A 3H3GA 4EF2A 3C9HA 3PD9A 3S4UA 5K2YA 4F1UA 1PC3A 3BFUA 3VLUA 4WEPA 1PBPA 5I59B 4X48A 1USYE 4LQ5A 4ESWA 3HO7A 4JWOA 1LAHE 3O2AA 4LVQA 3B6WA 3QUFA 3JZJA 2F6GA 4JSOA 1SI0A 3QIMA 2VD2A 1PBQA 4G68A 4KFQA 5TP9A 1B6HA 3SEYA 2H9BA 1MS7A 5AE4A 2XXWA 5DVFA 3T66A 3EF7A 3HN0A 2DQVA 2A5SA 1MQHA 4ISUA 4OTEA 4YKPA 3TQWA 1ZLQA 3MZ9A 3IOUA 3VFJA 1ATGA 3G3IA 1OMPA 1SYHA 3OSRA 4IY6A 2Q9TA 3MP6A 2RF1A 5CMMA 4Z7EA 3MZBA 2HFBA 3TTMA 1BKAA 3RTWB 3RNNA 3ONMA 3TTLA 3HPIA 3KN8A 4QFLA 2GFEA 3MC2A 2QS3A 2O7IA 2UYFA 1MH4A 4ONYA 1Y20A 4P11A 1B1XA 3SDFA 2XHDA 4FORA 3MPLA 3PUZE 1LBBA 4NTLA 1B5IA 4OYVA 1TXFA 3I5OA 4NEDA 1MXZA 3OO6A 4Q0CA 4G68B 4TLLB 4LP2B 2F7BA 1O7TA 5F7VA 3ILUB 3M8UA 4Q5TA 5FTIA 1F9BA 4U22A 2AYSA 2F7AA 1B5HA 1JEVA 2AIXA 3O9PA 3THIA 1SYIA 4LONB 5H8FB 4KYDA 5ITOA 1MH3A 4KD5A 4YB6A 1IXGA 4F39A 4ECFA 5I56A 3VLWA 1URGA 3MBPA 5TPAA 2DXYA 2F5XA 5B7DA 1CB6A 4OESA 3PU5A 3ZSFA 4GQOA 5KDTB 2DYXA 5I57A 1IXHA 2HAUA 2G93A 2QRYA 1R9LA 1DSNA 1FTLA 1DMBA 3PV0E 4PFUA 2V84A 2I48A 1POTA 2ZNSA 2O1LA 4GD5A 4ZS9A 3IK6B 5DEXA 1OIBA 4QSCA 1R1NA 2AL4A 3PUVE 5H8QA 1FTJA 2GHAA 3S9EA 2XX9A 3GBBA 4U21A 1A54A 3CSGA 2RINA 2UXAA 4HCYA 3EHUA 5AA4A 2FYIA 2UVIA 4KYEA 1VFDA 2Y7WA 2Y7KA 1TWYA 4NF4A 2GHBA 3QXMA 4QFOA 4YAHX 4NF6B 4X9TA 2DWIA 1OQGA 3LC8A 4ESXA 3N5LA 3KOSA 1SD3A 1NNFA 4NF5A 3C31A 2XD2A 1LCTA 3B6QA 5I56B 1H76A 3T9HB 4GLIA 1MXYA 4QHQA 5JEIA 1WODA 3I3VA 5H8SA 3V5AA 1OVTA 2DXRA 1IIWA 5I2NB 4FIMA 3TMGA 1OVBA 2XD3A 3PPQA 4AB6A 4P0GA 5A5XA 4F31B 3CFXA 4QSDA 5CM6A 3T93B 4EDPA 1N3WA 3H6WA 5DEXB 1GR2A 4GL8A 4YICA 3CFZA 1B3EA 3IOVA 5CRYA 1UQWA 2I6EA 1Z7ME 3VV5A 4KPTA 1P1QA 4G8NA 5EHMA 3CG1A 1MXWA 4BLAA 3KN3A 5FHOA 3U92A 5IAIA 4EQ7A 3H6VA 5BWJA 1T0KA 4MH5A 3ILTB 4LQ2A 2PYYA 4NE4A 1FQEA 1Y3NA 3K6UA 3MVZA 1QUIA 3O6HA 4NF4B 4QFNA 3ZS6A 4DCXA 4C0RA 4YKKA 3U93A 1RYOA 4GF8A 1H43A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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