3S9LC

Complex between transferrin receptor 1 and transferrin with iron in the n-lobe, cryocooled 2
Total Genus 115
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
115
Knots found
sequence length
674
structure length
515
Chain Sequence
KTVRWCAVSEHEATKCQSFRDHMKSVIPSDGPSVACVKKASYLDCIRAIAANEADAVTLDAGLVYDAYLAPNNLKPVVAEFYGSKEDPQTFYYAVAVVKKDSGFQMNQLRGKKSCHTGLGRSAGWNIPIGLLYCDLPEPRKPLEKAVANFFSGSCAPCADGTDFPQLCQLCPGCGCSTLNQYFGYSGAFKCLKDGAGDVAFVKHSTIFENLANKADRDQYELLCLDNTRKPVDEYKDCHLAQVPSHTVVARSMGGKEDLIWELLNQAQEHFGKDKSKEFQLFSSPHGKDLLFKDSAHGFLKVPPRMDAKMYLGYEYVTAIRNLREGTCPPTDECKPVKWCALSHHERLKCDEWSVNSVGKIECVSAETTEDCIAKIMNGEADAMSLDGGFVYIAGKCGLVPVLAENYDKSDNCEDTPEAGPNHAVVTRKDKEACVHKILRQQQHLFGSDVTDCSGNFCLFRSETKDLLFRDDTVCLAKLHDRNTYEKYLGEEYVKAVGNLRKCSTSSLLEACTFR
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title How the binding of human transferrin primes the transferrin receptor potentiating iron release at endosomal pH.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Transferrin receptor protein 1
molecule tags Transport protein
source organism Homo sapiens
total genus 115
structure length 515
sequence length 674
chains with identical sequence D
other databases KnotProt 2.0: K
ec nomenclature
pdb deposition date 2011-06-01

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
C PF00405 Transferrin Transferrin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3s9lC02
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3s9lC01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3s9lC03
1FW0A 4RYAA 1Y4TA 3TMGA 1BLFA 4G8NA 1SW2A 4OYVA 3MUQA 2I0BA 3BBRA 4R74A 3R26A 1I6QA 3O28A 2DE4A 1H3DA 5DT6A 3UGWA 3FGSA 4GLIA 4PFUA 3LSXA 2QS1A 4LATA 1SI0A 3EQ1A 2H98A 2QS3A 3IOWA 5I2NA 3I3VA 4EQBA 2RC8A 3G3IA 3IK6B 1TT1A 2F6PA 2I4CA 3U1OA 4U1OA 2DVCA 4GXAA 1PEBA 1MPBA 3TQWA 3PD9A 2XXIA 3M3FA 2Z8EA 1SBPA 4OVJA 5M2VA 5DYHA 2X26A 4EF2A 5JTYA 5CMKA 3QAXA 5FHOA 1MXZA 5F1QA 5L9SA 1QUIA 2PT1A 2Q2CA 4BDRA 2Q88A 1N3WA 3B6QA 3TAJA 2NUVA 5FHMA 5H8QB 3BFUA 5L9OA 4QSCA 1P1UA 1CE2A 2Z23A 2VD2A 2ZNSA 4OENA 1DOTA 2V84A 4DDDA 3G3JA 3PU5A 4DXUA 2F35A 4Q8RA 5H8HB 3H6UA 4YICA 4F1VA 3CG3A 4RK9A 3KN7A 1R9QA 3C33A 1PBQA 1USYH 4JSDA 1ZU0A 5CMBA 1MY0A 1O64A 4POWA 3HO7A 1B6HA 1MQGA 3O6IA 1MXUA 3R7XA 2F5XA 3VXBA 4ELPA 4YKIA 4NF4B 5I57B 1DPPA 1YCJA 5AA3A 4PETA 3VLWA 3FXRA 1H43A 4ND9A 3S4UA 1RYXA 1FQEA 3C32A 1B3HA 4H6DA 1LAGE 2GHBA 5F7VA 1NFTA 1B46A 3FVGA 3TTNA 4R6HA 1SW5A 1D4NA 2RCAA 4RPNA 4IGRA 1Y3NA 2O51A 3HHFA 3MVXA 3TZAA 2QS2A 4YB7A 2PBWA 2H99A 3TPAA 2Q9TA 1FTOA 5FTIA 1IUDA 4YB5A 1SQYA 2F36A 4ZE8A 2DXRA 3PUZE 1US5A 3GBAA 2FNCA 2THIA 4G2ZA 1DPEA 1QKAA 2F8DA 5FHNA 4PFTA 5HM4B 1HSEA 2VP1A 3T93B 3PPNA 3K00A 2D21A 4FJPA 3U93A 4BLAA 3FXQA 3IB1A 2V3UA 2ZYNA 4ELQA 3RUMA 2OJTA 3KSXA 3EN3A 1DSNA 1CB6A 1UIVA 2I3WA 1JEUA 3QK6A 3FUZA 1URDA 1B58A 3IOVA 1YPNA 4DCYA 1D9YA 3IOTA 2D3IA 5I58A 3OMBA 3PPRA 1I69A 4X1DA 3PUYE 4JB7A 4DIGA 2O84X 2IEEA 3PPOA 4WXJA 5A5XA 2BJJX 1AMFA 2O69A 3RPWA 3W15C 1WODA 2OLBA 4ZEDA 3UIFA 1B9JA 5B7DA 4NEDA 4OTEA 2IA4A 4NF8A 4JWOA 5H8NA 2UVJA 1Y3PA 2F78A 2DP8A 3VXCA 3RGYA 1R9LA 3O6GA 3KSJA 1NNFA 4BDMA 4BDLA 3GXAA 4R72A 3WAFA 4RJZA 4Q0CA 3PMVA 4GFRA 3DP6A 3ZS6A 4PP0A 4OERA 1MRPA 3QUJA 2XX9A 3IAZA 1XS5A 4KR5A 2V25A 4GWOA 4MF3A 4QFOA 2X7QA 4BDNA 5AA4B 4EXKA 4RNSA 2ONSA 1P1OA 2VHAA 1JETA 5AA2A 4MLQA 3N26A 4EUOA 3Q25A 3TYHA 3KG2A 2UVIA 4THIA 2QSXA 4PFYA 3SERA 1PDAA 3OEKA 3T22A 1N7WA 2I49A 3VLUA 3CSBA 1SI1A 1SYHA 4LONB 2OK2A 1B52A 3D4CA 2B3BA 3MZ9A 2Y7KA 4YKPA 1UTHB 2DWIA 4NF6A 3M3LA 1LBCA 5DEXA 4H5FA 5TP9B 3TTRA 3DM0A 3K02A 3A3UA 3RT8A 1R1NA 4OWDA 3BFTA 4EQ7A 4N13A 3T96B 4OFJA 3CR9A 3O6HA 3CFLA 1QULA 5BUUA 4F2OA 2HXWA 1BTJA 3Q27A 2Z8FA 1IXGA 1NNTA 5I2KA 4JDFA 1B0HA 5K2YA 5JTYB 3SEYA 5TPAA 4X48A 4DZ1A 1D9VA 2QMXA 3RTFB 3UN6A 3JZJA 1VFDA 5H8FA 1P1QA 3VE1B 5I59A 1N04A 1USYE 4NF5B 5I56A 4H65A 1SW4A 4QFKA 5HPQA 3KFMA 4XKQA 4AB6A 4LUBA 1Q35A 4XXUA 4HCWA 1B3LA 2ZNUA 1M5CA 2A5TA 1M5FA 4O3BA 1F9BA 1FTKA 1B1XA 3GBBA 1S7YA 4OEVA 4ZE9A 3MC2A 5KDTA 2PX1A 4LZ7A 5DTBA 1SVXB 4ZEKA 1MQHA 4F31B 3TUSA 1XOCA 2PMSA 2HZKA 1LLSA 1XVYA 3FASA 2W7YA 3U94A 4DCXA 1N76A 3FZVA 4TLMB 4H5GA 4JWYA 3PPPA 3P7IA 1N84A 5KCJA 1VSOA 1H76A 4ELRA 1WVJA 3A3CA 4OZ9A 3KGCA 2G29A 3OOAA 4DLDA 2DS9A 3H06B 1MXWA 1OQHA 3KBRA 5EHMA 1N7XA 5ITPA 1IQ7A 4R9FA 4NE4A 3S9MC 2E0SA 5EYFA 2PYYA 2ANJA 4YU0A 3FJMA 1IEJA 5CM6A 2GH9A 3MJNA 5IKBA 3EHTA 4PQJA 1H44A 3D4GA 3EPEA 3HHGA 3QYTA 4R2FA 4IB2A 2B3FA 1MG1A 2Q89A 4ECFA 1OVBA 3V8XB 4JWXA 4U21A 4O3CA 2DOJA 3G3GA 2QRYA 3TKDA 1IIWA 2Z8DA 1XVXA 4H1XA 1JNFA 1A55A 3KJ7A 4QRZA 4EQ9A 4AQ4A 3ECRA 1UTBA 3C9HA 4RXLA 3VVEA 4YKJA 4Q5TA 2XXRA 3KOSA 1NNKA 3FV2A 1J1NA 4DE8A 4ONYA 4F29A 2Y7WA 1LCFA 1LFGA 5CBSA 4FAJA 3ZKKA 3VVDA 3U72A 3E13X 2YJPA 2QMWA 3OEMA 3EF7A 1Z7NE 1FTLA 3RQTA 4G68B 2I0CA 2XD3A 4M1VA 4U1ZA 3U8QA 1ZTYA 2XD2A 4LP2B 3MPKA 4KYSA 3RN8A 1JVYA 3SEXA 3E4RA 3RT6B 4OETA 4LQ2A 2H25A 2ALUA 1A7LA 3SEWA 5ELVA 3UK4A 2VGQA 4YB6A 1NH8A 2ONKE 4I8CA 5K2XA 2V93A 1MDP1 2QL3A 4H8IA 4WEDA 2OCUA 1MY1A 2REJA 3MP6A 3UORA 2AIXA 3C35A 3T9VA 3GLBA 3SKPA 4QFLA 1GGGA 3VFJA 1B7ZA 4I62A 4M4GA 4F19A 1B4HA 3IR1A 4U2RA 3KEIA 3THIA 5JEIA 3TTLA 4R2BA 3G3KA 4FEBA 2Z22A 4X1BA 4YMAA 1IXCA 4ZEBA 3K2DA 3OXNA 3H7MA 1QW0A 3ILUB 2H9BA 2GRVA 2I4BA 2OWSA 1AL3A 2RCBA 1B32A 1T0KA 1UQWA 3KJTA 3USDA 1ZIUA 1IITA 2ZMBA 2UVHA 1GV8A 4LA9A 2ONRA 3ONMA 1PC3A 4IO2A 2XXXA 4F3GA 5I84A 1B7HA 2F7CA 2I3VA 2YLNA 3U92A 3CIJA 4LQ5A 4P0IA 1DTGA 2DSFA 5ISUA 3H6TA 1FQCA 2O1MA 3V83A 4ZZEA 2O68A 1MPDA 3O9PA 5LOMA 3FV1A 3IOUA 3S9EA 3FJ7A 3S2VA 1O63A 1MM6A 2Q8JA 2Y7PA 1YAEA 4ISUA 3C36A 1OQGA 5TPAB 1MPCA 3B6TA 2O7UA 1EZPA 3TTKA 1H45A 5ICTA 1DMBA 4GVOA 5AA2D 1AH5A 1MS7A 4H0WA 4MH5A 4KYEA 2ABHA 4HCYA 4NWCA 2GFEA 2O6AA 1A40A 4HW8A 3B6WA 5HBCA 4I9DA 1NNPA 2RC9A 2E1SA 4IO4A 1JW5A 4EDPA 4LVQA 1L5TA 2R71A 5ITOA 4F2QA 3SESA 1ELJA 5CBRA 4RPOA 1EU8A 3T66A 1P99A 2NVUB 1B5HA 4E0XA 3HPIA 3LR1A 4H67A 4F3BA 3KN3A 3H3GA 1LBBA 3LSWA 4QSEA 4PFWA 2ZNTA 3OO9A 2XXWA 1LB9A 3IJXB 3LSFB 1PB7A 2P1SA 1Y1ZA 3FVKA 1NMUA 3LBSA 1ZLQA 2XXUA 1IZ1A 1YTVA 5I57A 4ELOA 2RKMA 2ZYKA 4FATA 3HCQA 2HCAA 2CMOA 3S9LC 4EXLA 1XC1A 3TCHA 4E0WA 4KCCA 3SETA 3ZKLA 1VFEA 1QUJA 3CVGA 3IO6A 2Y7IA 1Z7ME 4KCDA 2RINA 5I2NB 1M5BA 4JXIA 4XKNA 3MP8A 2HFBA 4Z0IA 3H6VA 2NWJA 3JV9A 4GIZA 3IX1A 5EHSA 1ATGA 3IB2A 1LAHE 4IO3A 5IAIA 1B51A 1TFDA 1SYIA 3N6UA 4C0RA 3CSGA 3N6TA 1JW1A 1MXYA 3VDFA 1MH3A 2XXQA 1FCKA 2AL4A 5JK4A 1BKAA 1B1HA 1MQDA 3PMWA 1BIYA 1LAFE 2AL5A 1B3EA 5KZTA 1M5EA 1VR5A 4FIMA 2XXPA 3O97A 1UIUA 3OO7A 2P0SA 3T9XB 4QSDA 3W9VA 1LSTA 3M8UA 1XHYA 3KOTA 1IXIA 3PGFA 4GRKA 3RLFE 4H8JA 3DLNA 3R6UA 1S9TA 4RK2A 1R6ZA 3MZ1A 1LGBC 4N6PA 1OLAA 2X7PA 4LZ5A 4IGTA 1MM7A 3HV1A 2DWJA 3S9NC 1SW1A 1B3GA 2HZLA 3AXFA 3TFLA 5DVFA 4HTGA 1D3KA 1A99A 1FTJA 2REGA 4XKRA 4MFIA 2ZXTA 3PUXE 4OFOA 1GTKA 2VOZA 3K6UA 4PE5B 3IORA 2CZLA 1POY1 4F3SA 1B05A 4N07A 2LAOA 2I58A 4G8MA 3MBPA 3OO6A 4JBZA 5H8SA 4I1DA 3BKIB 3H03A 4R9GA 5AA4A 4U4SA 1B5IA 4EF1A 2Y7RA 4P0GA 1OLCA 3MP1A 3CG1A 1MQIA 4IO7A 1URSA 3CFZA 3B7DA 4FEDA 5AA1A 4UACA 3O66A 3IB0A 1POTA 1Q1KA 3MVZA 4TQUQ 5L8DA 1MY4A 3JYRA 1QJMA 3MAMA 1P1NA 2UYEA 1M5DA 4P11A 2RC7A 3MVYA 3PUVE 3HN0A 3WAEA 1URGA 3L6GA 5CC2A 2QPQA 2G93A 3IO4A 4KHZE 1Y9UA 3DP4A 3OSQA 3TDJA 1GR2A 3VVFA 1QVSA 1B0LA 1JW4A 1UTHA 4K3FA 4IY6A 5TP9A 4U22A 1ZMGA 1FQBA 4WEPA 2PVUA 1AIVA 1LB8A 4R6YA 3IL1B 5I58B 2PT2A 1JVXA 1S50A 5A5XB 4KFQA 1XT8A 4QF9A 4U23A 3FVOA 3SEUA 4R6KA 1B2HA 4GQOA 4KD5A 4ESWA 3TCGA 2DWAA 3OD7A 4TLLB 4NF8B 5H8NB 2OZZA 3I6VA 4GL8A 2F7BA 4NF5A 4F3PA 3O2AA 2NOOA 3LSLA 3T9UA 3KZGA 1Y3QA 1ZJLA 1MY2A 1B5JA 4GF8A 1N3XA 2HEUA 3OO8A 3G3FA 2ZYMA 1WDNA 3K1PA 1GVCA 3FD3A 3O29A 3SEVA 1MH4A 4X9TA 1B4ZA 3K1MA 4G8HA 3T9HB 3L6HA 2QJEA 1LCTA 1FTMA 4QFNA 2XX8A 1TXFA 3MWBA 1PBPA 5AA2B 3K01A 3OELA 3V89B 4F1UA 5AE4A 2DQVA 5DVIA 3F11A 3TQLA 2HQ0A 4OESA 4OEUA 2UXAA 4U4XA 4XKPA 4OQOA 1DTZA 3LUYA 3K4UA 2I48A 1JQFA 3N5LA 2HAUA 3M3KA 4KI0E 1BP5A 4OMBA 3PPQA 1EH3A 2XHDA 2UYFA 2FA7A 4FORA 1I6AA 4NF6B 1OMPA 3E9XA 1O7TA 2DWHA 5DEXB 4GL0A 2F7AA 4G68C 2H5YA 3E3KA 1SDXA 4ZDMA 3EHSA 5B70A 5CRYA 2I6EA 1A8FA 1FQFA 2DYXA 4QHQA 3PV0E 3IJOB 1EZOA 4GXSB 1P1WA 5FTHA 3CRBA 5I2KB 2O1LA 3ILTB 3H4ZA 2Y84A 2WKYA 3CFXA 4L17A 4LZ8A 3Q29A 2RF1A 4F18A 5H8FB 5I59B 1MXXA 3FATA 5I56B 4DXBA 2XXYA 4XTCQ 1NKXA 4XIGQ 3ZSFA 2XXVA 3FVNA 2A5TB 1B7UA 4G68A 3EHUA 3QSLA 4Z7EA 3H6WA 3HSTA 1II5A 1PB9A 5H8QA 1QUKA 1Y4CA 2D5WA 5KDTB 3Q28A 2VD3A 4NTLA 5ICQA 2F6GA 2R9JA 4ZEFA 3OENA 3MVWA 3RTWB 2H4IA 4QFPA 4IY5A 5H8HA 3FIRA 1B3FA 1SD3A 1FQDA 1OVTA 4OXVA 3G3HA 4MLVA 1LFIA 5KCJB 4IO5A 4ZEIA 3RNNA 4F39A 3C34A 3GZGA 4AB5A 4POXA 3TTMA 4KYDA 3V5AA 3QXMA 2UVGA 4IO6A 3C4MA 1EZ9A 1N0TA 4NF4A 1OIBA 2V3TA 4G77A 4ESXA 2OBGA 2P2AA 1HSLA 3K0VA 4BDOA 3N94A 4C1TA 3PD8A 2DE3A 1MY3A 1KWHA 2HAVA 4GD5A 3TODA 3G7WA 4TOZA 4OFLA 5DVJA 4WKMA 4HS7A 2QS4A 3MQ9A 5CI5A 3QUFA 4RA1A 3TEPA 4YZZA 1US4A 4O3AA 4YMBA 2AYSA 2R6GE 3C31A 1TFAA 1ZKBA 4FE8A 3LC8A 1LAXA 4BDQA 5CMCA 1FQAA 1VE4A 1UTBB 4YKKA 1NL5A 4C1UA 3K6VA 4F1YA 1B40A 3K6XA 2DE2A 1AOVA 2YPNA 1MDQA 4JSOA 2GHAA 3K1NA 2M8CA 3UP9A 5J1DA 1MQJA 1RKMA 3TCFA 3OSRA 3MW0A 2OWTA 3DELB 1MXVA 3UA8A 3W9WA 1HSJA 3CI8A 1I6BA 5BWJA 4KQPA 3Q26A 5L9MA 4ZS9A 4ZZAA 4Q30B 4ZECA 4UA8A 1TWYA 4OHNA 3I5OA 3SDFA 4FECA 3A09A 4MBPA 4R75A 2A5SA 3KN8A 4G4PA 4GOTA 1IXHA 2ESNA 2NXOA 3QIMA 1Y1MA 1A8EA 5CMMA 2KLFA 4DXCA 2DXYA 2XXTA 1NH7A 2XXHA 2XX7A 1A54A 3FXUA 5TU0A 2Q2AA 3ODBA 3VV5A 3MPLA 3DP8A 1Y20A 1ZBMA 2FYIA 3VLVA 2DVZA 2F97A 3FJGA 3MZBA 3K6WA 4NWDA 2V3QA 4YAHX 1ANFA 2B65A 2O7IA 2F34A 1LFHA 4KPTA 3PUWE 4NMYA 4RY1A 4R73A 1JEVA 1RYOA 3TELA 1QKBA 3PMXA 4F22A 1PB8A 3RY3A 2ZYOA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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