3S9NC

Complex between transferrin receptor 1 and transferrin with iron in the n-lobe, room temperature
Total Genus 115
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
115
sequence length
674
structure length
511
Chain Sequence
KTVRWCAVSEHEATKCQSFRDHMKSVIPSDGPSVACVKKASYLDCIRAIAANEADAVTLDAGLVYDAYLAPNNLKPVVAEFYGSKEDPQTFYYAVAVVKKDSGFQMNQLRGKKSCHTGLGRSAGWNIPIGLLYCDLPEPRKPLEKAVANFFSGSCAPCADGTDFPQLCQLCPGCGCSTLNQYFGYSGAFKCLKDGAGDVAFVKHSTIFENLANKADRDQYELLCLDNTRKPVDEYKDCHLAQVPSHTVVARSMGGKEDLIWELLNQAQEHFGKDKSKEFQLFSSPHGKDLLFKDSAHGFLKVPPRMDAKMYLGYEYVTAIRNLREGTCECKPVKWCALSHHERLKCDEWSVNSVGKIECVSAETTEDCIAKIMNGEADAMSLDGGFVYIAGKCGLVPVLAENYDKSDNCEDTPEAGPNHAVVTRKDKEACVHKILRQQQHLFGSDVTDCSGNFCLFRSETKDLLFRDDTVCLAKLHDRNTYEKYLGEEYVKAVGNLRKCSTSSLLEACTFR
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title How the binding of human transferrin primes the transferrin receptor potentiating iron release at endosomal pH.
pubmed doi rcsb
molecule tags Transport protein
source organism Homo sapiens
molecule keywords Transferrin receptor protein 1
total genus 115
structure length 511
sequence length 674
chains with identical sequence D
ec nomenclature
pdb deposition date 2011-06-01

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
C PF00405 Transferrin Transferrin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3s9nC02
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3s9nC01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3s9nC03
1DPEA 1RKMA 4JDFA 2DQVA 1SYHA 3IO4A 1PB9A 4HCYA 3IORA 2GH9A 1P1QA 2I6EA 1LCTA 1SBPA 1IXGA 1CE2A 3AXFA 1AMFA 3VXCA 3B6TA 2QMWA 3O2AA 4OQOA 4BDRA 3DM0A 3K4UA 4R2BA 3PUWE 3FV1A 3RGYA 5FTIA 2IA4A 4FAJA 2F8DA 5J1DA 4Q0CA 1ZU0A 3VLWA 4ISUA 4ZE9A 1XHYA 2DWHA 1WDNA 1NL5A 3G3GA 5HM4B 4HW8A 1US4A 4QRZA 3LSWA 2ZYMA 1LAGE 2DOJA 3ZKKA 4H5GA 1OQHA 2ZYNA 2O69A 4R73A 1URGA 4G8NA 3T9VA 4C1UA 3TELA 2PVUA 1DMBA 1NNTA 3CFLA 4RA1A 4ESWA 5TP9A 5CI5A 5H8HB 3U1OA 2DXYA 4OHNA 3HSTA 3RT6B 2ONRA 4FATA 3K1NA 1NFTA 3TTNA 5H8NA 2F6GA 2DWAA 1N3WA 3T66A 2KLFA 1MG1A 3H06B 3A09A 3TKDA 1OMPA 2BJJX 5I58A 1SI0A 4ONYA 3VVDA 4RXLA 1JW4A 5KZTA 3KSJA 1DOTA 2XXUA 2Z23A 3FD3A 4F19A 1UTBA 3EPEA 2VP1A 4XXUA 3CVGA 1P1OA 4JWXA 2X7QA 2DSFA 3QXMA 3QSLA 3SEWA 3FASA 3V89B 3PD8A 4F1YA 5CC2A 3MVXA 3VV5A 4G77A 2GRVA 1ZMGA 2O1MA 3ODBA 5TPAB 2B3FA 5DVJA 5DT6A 1LB8A 3SEUA 4GD5A 2G93A 2I48A 2OZZA 4NF6B 4YB6A 5F1QA 3PPRA 3VLVA 3LUYA 1VFEA 2Z8DA 1WVJA 3GXAA 4WEDA 4ELPA 5AE4A 1B40A 4ELQA 1FW0A 3ILTB 5CMBA 1US5A 1ZKBA 4LATA 1OLAA 4QFOA 3OD7A 3HHGA 2FYIA 4GQOA 4WXJA 2A5SA 3FXQA 3VDFA 3DP6A 2RC8A 3V8XB 4R6YA 3IL1B 4OYVA 4FE8A 2UVHA 3JV9A 4RPOA 1PB7A 4ZEDA 2ABHA 1LFHA 4QFLA 3PMVA 3IOVA 1KWHA 4YKKA 3B6QA 3CRBA 1PB8A 1LAHE 3USDA 1A55A 5F7VA 3OMBA 4G68C 4KYDA 5I59B 5KDTB 2HCAA 2YPNA 3EQ1A 3TCHA 4EQBA 1II5A 4DDDA 4I1DA 1D9YA 3UN6A 2YJPA 4ZEFA 4JBZA 4NF8A 2P0SA 4LUBA 1I69A 2OBGA 5I57B 1VFDA 1B3FA 3QK6A 2R71A 4PP0A 5CBSA 3RT8A 1FQBA 4GVOA 2Y84A 4QHQA 1O63A 4ZEIA 2ESNA 1GVCA 1NH7A 1MXZA 1Y4TA 1MXVA 3O6GA 3T9UA 3B6WA 4RNSA 2DVCA 3S9MC 1Y3PA 1FQEA 1B1XA 4N6PA 1D9VA 1SW5A 3DP8A 4PFUA 2F5XA 5AA3A 2XXYA 1MQIA 3OXNA 4WEPA 3V83A 2ONSA 1UTHB 3GBAA 1TXFA 1UIUA 3IOTA 5DEXB 4GRKA 4AQ4A 1QULA 1IEJA 3MW0A 4FECA 4NF5B 3RLFE 1M5FA 4YKPA 4YMAA 3Q27A 4GIZA 3RQTA 2V3QA 3CSGA 1POTA 4IO2A 3OOAA 3IB0A 3MBPA 4KD5A 3UP9A 2F7BA 2DWJA 4YAHX 4I8CA 5H8QA 3RN8A 4QF9A 1O64A 3B7DA 3LSXA 1PDAA 3FGSA 3MVYA 4KFQA 3ILUB 4FEBA 1FQFA 3FZVA 4I9DA 1EZOA 3TYHA 2RC7A 3G3IA 5I2NB 1M5BA 1MDP1 2G29A 4DZ1A 4TLLB 4O3AA 1I6BA 5DVIA 3D4CA 2O1LA 3UIFA 3W9VA 4DLDA 5H8FA 1B7HA 1URSA 1JW5A 4X1DA 1LAXA 3MPLA 3U93A 1T0KA 4JWOA 4GXAA 4EUOA 4NMYA 2P2AA 4RY1A 4RPNA 2Y7IA 1N04A 1JNFA 2F34A 3FIRA 4YMBA 3TDJA 1LBCA 5IKBA 4R6KA 4U23A 3PGFA 3VE1B 1B9JA 3Q28A 1ELJA 1JQFA 3OSRA 1JEVA 4ESXA 2GHBA 3R26A 3S9NC 2THIA 3K0VA 1YPNA 4THIA 2HAUA 2ZMBA 1VE4A 4ZE8A 2Z22A 1VR5A 3HHFA 5EHMA 2OCUA 4GL8A 2E0SA 1SW4A 3K1MA 2XXXA 4O3BA 3HCQA 1MPDA 2Q8JA 3FVNA 4IO6A 5TP9B 2R9JA 1ZLQA 2P1SA 1SYIA 2I4BA 3EHSA 4AB6A 5H8NB 2Q88A 4OVJA 3HV1A 1Z7ME 2FA7A 4LONB 4F1UA 3JZJA 1IUDA 4NF4A 3PPOA 5I58B 1LSTA 1OQGA 2RINA 3O6HA 2ZNTA 3S4UA 4QFKA 1UTBB 3PPPA 1Z7NE 1B32A 1VSOA 3G3KA 2I58A 1MY1A 3C9HA 1A99A 3EF7A 1HSLA 1B05A 3KN7A 4HTGA 4JSOA 4H8JA 3PV0E 3IR1A 1B5HA 1ANFA 3KEIA 4F31B 2PX1A 5M2VA 2OWTA 4QSDA 3IAZA 3PUXE 3MQ9A 4I62A 1SD3A 1QUJA 1TT1A 1N7XA 1B3GA 2DYXA 3CI8A 1OIBA 2QS1A 4O3CA 5DTBA 2XD3A 3TQWA 1EZ9A 3MUQA 1B6HA 5A5XA 4Q30B 4H8IA 4EDPA 4FIMA 3K2DA 1JVXA 3S9EA 2I0BA 1MPBA 5L9SA 3N26A 4M1VA 3SETA 1XVXA 3TTKA 3C34A 1P99A 2OWSA 4Z0IA 1MQGA 1B7UA 5HPQA 3IOUA 2NUVA 2CZLA 3TQLA 2E1SA 4YKJA 3TAJA 1NNPA 4U1ZA 2ZNSA 1B2HA 4R9GA 4RK9A 4F3SA 4RYAA 2LAOA 3CG1A 2IEEA 4OTEA 2NVUB 1N7WA 2XXTA 3D4GA 3S9LC 4X9TA 4YB7A 1F9BA 4RK2A 3HO7A 3OO7A 1PEBA 3MZ9A 2ZXTA 2AIXA 4NF8B 4QSEA 3KJTA 2DE3A 4LZ5A 1FQCA 2RF1A 3H6VA 3TODA 4LZ7A 4BDNA 3U72A 4U1OA 3E4RA 3TZAA 2B65A 3SEVA 4QFNA 4N07A 3G3JA 4DCYA 4R2FA 2H5YA 2VHAA 5I84A 1UIVA 5HBCA 4R6HA 2A5TA 1WODA 3T9XB 1EU8A 3PPNA 5H8SA 3W9WA 5FHNA 1B58A 4U4SA 4R74A 1FTOA 3CIJA 2ZYKA 2QL3A 3KN8A 3A3UA 2OLBA 3IJXB 3UA8A 3W15C 2GHAA 3KOSA 1LFIA 4F2OA 1R1NA 2H25A 1S7YA 2WKYA 1A54A 3LC8A 4ZDMA 5JK4A 4F3PA 2QMXA 1B52A 4OZ9A 4X48A 3IJOB 4UACA 1Y3QA 1LCFA 3WAFA 3Q26A 4KYEA 2NOOA 2VGQA 3KN3A 4EQ9A 1YTVA 4BDOA 1ZIUA 3ECRA 4IO3A 2AL4A 5H8QB 3M8UA 4P0IA 2D21A 1N84A 3CFXA 4U2RA 2VD2A 1FCKA 2X7PA 3TUSA 5I56A 4F2QA 5K2YA 3C33A 2O6AA 2H4IA 4C1TA 3FXUA 5AA4A 1M5CA 2DP8A 3LR1A 3CR9A 4MH5A 4H5FA 2AL5A 4NE4A 2QS4A 5JTYA 1IZ1A 5H8FB 2I3VA 1B51A 4OESA 4OFJA 1MS7A 4F18A 4GL0A 3O9PA 1NKXA 2UVGA 4OFOA 1A8FA 4LP2B 2O7IA 1LBBA 4ELOA 4GXSB 2Z8FA 3U94A 3FJGA 1BIYA 3IK6B 4JSDA 4H6DA 4Z7EA 3SDFA 3DELB 1B3HA 1MQDA 4OFLA 1BP5A 3SEXA 4TOZA 1URDA 3TTMA 4F3BA 1A7LA 2V93A 4HS7A 3FJ7A 4G8HA 1IXCA 1MXUA 1XS5A 3OELA 2XD2A 3E9XA 2DS9A 1Y1MA 1HSEA 1Q35A 3H03A 3T22A 3V5AA 4JXIA 1MPCA 3L6GA 3I3VA 1BTJA 1OVTA 2Q89A 4TQUQ 3H6UA 1H3DA 4MLVA 2F6PA 3PMWA 3SESA 2FNCA 3PUYE 4PETA 2Q2AA 4NWDA 2XX8A 1N76A 3FATA 1IXIA 3KGCA 4Q8RA 5FHOA 1S50A 3K6WA 1B5JA 1MM7A 4NF4B 4C0RA 4XKPA 1MM6A 1H43A 5CBRA 2R6GE 1R9LA 4JWYA 5L9OA 1ZTYA 1B3EA 3MZBA 3CSBA 3UGWA 5DVFA 3DLNA 1O7TA 3MJNA 3O66A 2X26A 5L9MA 3KJ7A 2QS2A 3C36A 2YLNA 4FJPA 3FV2A 3RPWA 3QUFA 1LB9A 1B0LA 5CRYA 5K2XA 3VXBA 4XIGQ 1RYXA 1AL3A 3K6VA 3TCGA 2V84A 4BLAA 3K6XA 3P7IA 4YU0A 2B3BA 5AA1A 4BDQA 3BFUA 1JW1A 3H3GA 1Y20A 4BDMA 2XXVA 3MZ1A 3TTRA 3IX1A 2RKMA 1I6QA 2XXRA 3MWBA 5A5XB 1PC3A 1NMUA 4MF3A 4IGTA 3KBRA 2I3WA 3ZSFA 4GWOA 3I5OA 2PBWA 3G3FA 3FVKA 2W7YA 3OSQA 4ZZEA 3FXRA 1XOCA 2ZYOA 4LVQA 3TCFA 1MXWA 3MVZA 2D5WA 3M3LA 4XKNA 1XVYA 1MDQA 4OERA 3FJMA 5KCJA 1H76A 4M4GA 1A8EA 3I6VA 1FTJA 4OETA 3O28A 4KCDA 4XTCQ 2DE2A 2XHDA 1DTGA 4NWCA 1EZPA 4FORA 5EHSA 4GFRA 2HAVA 3HN0A 3MP6A 1ATGA 1MXYA 1SW1A 4EF2A 4U4XA 2QSXA 3QIMA 2F35A 1TFDA 2PMSA 3MP8A 3SKPA 2V3UA 3TPAA 3G3HA 2NXOA 1USYE 1PBQA 2RCAA 5CM6A 5AA2A 4N13A 4ZEKA 1RYOA 4G68A 1ZBMA 1TFAA 3T96B 1N0TA 1BKAA 2CMOA 2D3IA 1B4ZA 4JB7A 5FHMA 1DSNA 2I0CA 2O7UA 4MFIA 1MQHA 1LAFE 3UK4A 2A5TB 3MVWA 4LA9A 2O51A 2QS3A 4DXBA 4OWDA 1AH5A 3EN3A 3KSXA 3Q29A 3IB1A 3PD9A 3C32A 2HZLA 1NNKA 2XX9A 3FVGA 3JYRA 3H4ZA 2Y7PA 1FTLA 4L17A 1CB6A 4ND9A 3QUJA 2UYEA 1IQ7A 1QKBA 3RTFB 3RY3A 4F3GA 3N6UA 2REGA 1J1NA 4PFWA 3H6WA 1SQYA 5FTHA 5BWJA 5CMKA 4K3FA 4NTLA 4LQ2A 2XX7A 2ONKE 3VLUA 3RNNA 4RJZA 3K00A 4U22A 2M8CA 2OJTA 3CG3A 1QVSA 4EXKA 3IO6A 3HPIA 2UVIA 3IB2A 4IO7A 3OO6A 2DE4A 2H9BA 5I2KA 5I56B 4IGRA 3C4MA 3F11A 3VFJA 4UA8A 5B7DA 3ONMA 4YICA 5AA4B 3N5LA 3BBRA 4OENA 5ITPA 1PBPA 3ZKLA 5JTYB 1POY1 4FEDA 4IY6A 3A3CA 4IY5A 2F7AA 2REJA 3T9HB 3GLBA 2HXWA 2AYSA 2PT1A 4YZZA 1P1WA 3BFTA 2Y7KA 3M3KA 5ELVA 2Q2CA 5B70A 2DVZA 1QKAA 5L8DA 2UVJA 1A40A 4LZ8A 2V25A 5AA2D 4NEDA 3PU5A 5CMMA 4QSCA 1R9QA 3E3KA 5CMCA 1SVXB 4X1BA 4KYSA 3CFZA 1SW2A 1FQDA 4GLIA 1QUIA 2ZNUA 1YAEA 2Y7WA 1GV8A 2DWIA 3VVFA 4KHZE 2XXPA 3O29A 4R9FA 2QPQA 5JEIA 2F7CA 3MP1A 5H8HA 4EXLA 1Y4CA 4YKIA 4PE5B 3EHTA 3RTWB 3H7MA 3N6TA 1B3LA 1JETA 4G4PA 3Q25A 4E0XA 2HFBA 3OEKA 5IAIA 4H67A 3C31A 4BDLA 4OXVA 4KI0E 1EH3A 1AOVA 1YCJA 1AIVA 4KQPA 3C35A 4DXCA 2I4CA 4PFYA 2XXQA 2UXAA 4GOTA 1L5TA 3OENA 4F39A 3GZGA 3BKIB 4DXUA 5ITOA 4POXA 3K1PA 4R75A 4ZZAA 3DP4A 1UQWA 3H6TA 3QYTA 2VOZA 1XT8A 2HEUA 4PQJA 4IO5A 3K01A 3LSFB 2XXWA 1NH8A 1R6ZA 1MY0A 4DCXA 3U8QA 4MLQA 4U21A 5TPAA 4F1VA 1DPPA 3TFLA 3FUZA 3GBBA 1H44A 1D4NA 4H0WA 3E13X 3KOTA 3OEMA 4NF6A 2XXHA 1MH4A 2GFEA 1MRPA 3S2VA 3LSLA 2QRYA 1IIWA 4MBPA 2F78A 1USYH 3T93B 1B7ZA 3FVOA 4H1XA 5TU0A 2F97A 1GR2A 3PMXA 4PFTA 2I49A 4DIGA 5EYFA 2Z8EA 2NWJA 2UYFA 3ZS6A 3R7XA 3UORA 1TWYA 2HZKA 1GTKA 4IB2A 4IO4A 4AB5A 4ECFA 1B5IA 3QAXA 5DYHA 1ZJLA 2QJEA 4GF8A 1LGBC 4G2ZA 1FQAA 1GGGA 5LOMA 4LQ5A 3MC2A 3K02A 4POWA 1FTKA 2VD3A 5KCJB 4E0WA 3PUVE 1P1UA 1B4HA 1QW0A 2XXIA 2Y7RA 4HCWA 1MY3A 4OMBA 5I59A 5KDTA 4QFPA 2Q9TA 4EF1A 1M5DA 4H65A 2F36A 3RUMA 1MY4A 1FTMA 1I6AA 1DTZA 3SEYA 4F29A 3KZGA 4OEUA 3THIA 4EQ7A 1MY2A 3EHUA 2RC9A 4KPTA 3PPQA 3O6IA 5I57A 4ELRA 1NNFA 4ZEBA 4R72A 1IXHA 2HQ0A 1B46A 1S9TA 4KR5A 5AA2B 2ALUA 1JEUA 4XKRA 4OEVA 4G68B 1OVBA 3G7WA 2O68A 3LBSA 5ISUA 3KFMA 5ICTA 5ICQA 4F22A 3L6HA 2PYYA 1N3XA 3KG2A 3OO8A 3N94A 1D3KA 4YB5A 2V3TA 1XC1A 3WAEA 3TTLA 3TMGA 4KCCA 1JVYA 1UTHA 1HSJA 5DEXA 1OLCA 1SDXA 3MPKA 2H98A 1Y1ZA 1MXXA 4NF5A 3K6UA 3PUZE 4ZECA 4P11A 4TLMB 1Y3NA 4G8MA 3MAMA 2H99A 4Q5TA 3VVEA 3IOWA 3R6UA 3M3FA 1Q1KA 3TEPA 1M5EA 3OO9A 4ZS9A 1B1HA 1IITA 3O97A 2ANJA 1MQJA 1B0HA 2PT2A 1LFGA 1Y9UA 5I2NA 4XKQA 1SI1A 3SERA 4WKMA 1LLSA 5I2KB 1MH3A 3U92A 1H45A 4P0GA 2OK2A 2O84X 1QUKA 1BLFA 5BUUA 2DXRA 2RCBA 4DE8A 1P1NA 1QJMA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1DPEA 1RKMA 4JDFA 2DQVA 1SYHA 3IO4A 1PB9A 4HCYA 3IORA 2GH9A 1P1QA 2I6EA 1LCTA 1SBPA 1IXGA 1XI6A 1CE2A 3AXFA 1AMFA 3VXCA 3B6TA 2QMWA 3O2AA 4OQOA 3T0JA 2HHMA 4BDRA 3DM0A 3K4UA 4R2BA 3PUWE 3FV1A 3RGYA 5FTIA 2IA4A 4FAJA 1LBXA 2F8DA 5J1DA 4Q0CA 1ZU0A 3VLWA 4ISUA 4ZE9A 5EYGA 1XHYA 2DWHA 1WDNA 1NL5A 3G3GA 1FBDA 5HM4B 4HW8A 1US4A 4QRZA 3LSWA 2ZYMA 4PGNA 1LAGE 2DOJA 1Q9DA 4N17A 3ZKKA 4H5GA 1OQHA 2ZYNA 5I7IA 2O69A 4R73A 1URGA 4G8NA 2WX9A 3T9VA 4C1UA 3TELA 2PVUA 1DMBA 1NNTA 3CFLA 4RA1A 4ESWA 5TP9A 5CI5A 5H8HB 3U1OA 2DXYA 2V4CA 4OHNA 3HSTA 3RT6B 2ONRA 4FATA 5T3JA 3K1NA 1NFTA 3TTNA 5H8NA 2F6GA 2ZZWA 2DWAA 1N3WA 3T66A 2KLFA 1MG1A 3H06B 3A09A 3TKDA 3RYDA 1OMPA 3BIHA 3KBZA 2BJJX 5I58A 1SI0A 4OVTA 4ONYA 3VVDA 4RXLA 4GX4A 1JW4A 5KZTA 3KSJA 1DOTA 2XXUA 2Z23A 3FD3A 4QXDA 4F19A 1UTBA 3EPEA 2VP1A 4XXUA 3CVGA 1P1OA 4JWXA 5EQ9A 2X7QA 2DSFA 3QXMA 3QSLA 4I3YA 3FASA 3SEWA 3V89B 3PD8A 4KXPA 4F1YA 5CC2A 3MVXA 3VV5A 4G77A 2XA5A 2GRVA 1ZMGA 2O1MA 4MJOA 3ODBA 5TPAB 2B3FA 5DVJA 5DT6A 1LB8A 2QVRA 3SEUA 4GD5A 4MHFA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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