3SDFA

Crystal structure of c-lobe of bovine lactoferrin complexed with lipoteichoic acid at 2.1 a resolution
Total Genus 110
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
110
sequence length
345
structure length
341
Chain Sequence
YTRVVWCAVGPEEQKKCQQWSQQSGQNVTCATASTTDDCIVLVLKGEADALNLDGGYIYTAGKCGLVPVLAENRKSSKHSSLDCVLRPTEGYLAVAVVKKANEGLTWNSLKDKKSCHTAVDRTAGWNIPMGLIVNQTGSCAFDEFFSQSCAPGADPKSRLCALCAGDDQGLDKCVPNSKEKYYGYTGAFRCLAEDVGDVAFVKNDTVWENTNGESTADWAKNLKREDFRLLCLDGTRKPVTEAQSCHLAVAPNHAVVSRSDRAAHVEQVLLHQQALFGKNGKNCPDKFCLFKSETKNLLFNDNTECLAKLGGRPTYEEYLGTEYVTAIANLKKCSLEACAF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Crystal Structure of C-lobe of Bovine lactoferrin Complexed with Lipoteichoic acid at 2.1 A Resolution
rcsb
molecule tags Hydrolase
molecule keywords Lactotransferrin
total genus 110
structure length 341
sequence length 345
ec nomenclature ec 3.4.21.-:
pdb deposition date 2011-06-09

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00405 Transferrin Transferrin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3sdfA01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3sdfA02
4PFTA 1S50A 4LZ7A 4MH5A 1NFTA 3K1PA 1A99A 2F5XA 3HV1A 3QSLA 1QKBA 3G3FA 2OLBA 2ZYNA 3SERA 1I69A 2O69A 3UA8A 3LSWA 3TODA 4JWXA 1B52A 1SW5A 3QK6A 1GGGA 3DM0A 2DXRA 4PETA 4IGRA 3SEWA 3KFMA 4LONB 4OFLA 4KQPA 4ELPA 1BKAA 4QHQA 4F2OA 1A55A 3ILTB 3FJMA 4WXJA 1ZMGA 4R75A 4U23A 4N6PA 4Q5TA 3S9LC 1B58A 4X1BA 1D9VA 3PUVE 3B6WA 1P99A 1D3KA 3EN3A 4PE5B 1Y3PA 4BDQA 4XIGQ 3BBRA 1PB8A 3OD7A 3RY3A 3LSFB 1B6HA 4ELRA 1SYHA 3CG3A 5DVJA 3FVOA 1PC3A 5M2VA 3W9WA 4GD5A 5EHMA 2XXIA 1VFEA 4U22A 4LQ5A 2DSFA 2B3FA 3V89B 5CMMA 4ZZAA 1URGA 5KZTA 5A5XB 4U4XA 2ZYKA 2GFEA 2OWTA 2HEUA 2GRVA 4QRZA 2X26A 4OEUA 1N04A 2H98A 1O63A 5ISUA 2Z8FA 4R9GA 3FGSA 4U2RA 3MZ9A 4O3AA 4G2ZA 3PD9A 3W15C 2UYEA 5I58B 1FTOA 3DP4A 4H67A 4WEPA 1MQGA 5DEXA 1BP5A 1H45A 1M5FA 3I3VA 4NEDA 2Y84A 1NNFA 1B5HA 3O66A 5JEIA 4U4SA 1JETA 2I3WA 1B3HA 4ZE9A 2AIXA 1MY4A 3ODBA 1SDXA 4G77A 5ITOA 4F3SA 2DQVA 5AA3A 3ZSFA 2V3UA 1MXYA 3OSRA 2XXWA 3O6IA 3O2AA 2HCAA 3ONMA 1LAFE 2PT1A 4YB6A 4YKJA 3VLWA 1IEJA 4RNSA 3H6TA 2RF1A 3A09A 4KCDA 2DVZA 1FQFA 3QIMA 4H65A 3VVDA 4F18A 3QYTA 1WODA 4UA8A 3PUWE 3C9HA 2XHDA 2O1LA 1Q35A 4YMBA 4ZEKA 1QW0A 4ZE8A 2E1SA 1I6QA 4RA1A 4ND9A 2XX7A 5KCJA 1B3GA 3FXRA 2F35A 1DOTA 2H99A 3EHSA 3PUZE 2XXVA 5HBCA 3T22A 5TP9B 3CI8A 1PDAA 3GBAA 1FQDA 1XS5A 2H4IA 5L9SA 4PQJA 4EF2A 5FHNA 3C31A 3T9XB 2O7UA 2ONRA 4NF8A 5EYFA 3DP8A 1N76A 3PPPA 3MWBA 3L6GA 4LQ2A 3M3LA 3O28A 3TTRA 4I62A 4IY6A 3MVWA 3EF7A 1BLFA 3K0VA 3TCHA 1LAGE 3VLVA 2AL5A 1J1NA 5DTBA 1MPCA 3M3FA 1IITA 1B32A 1R6ZA 1MH3A 1US4A 1P1UA 2DWIA 3VE1B 3KN7A 5AA2D 3HHGA 1N84A 1FCKA 4Z0IA 4P0GA 1UIVA 3KEIA 5I2NA 1FQEA 4LZ8A 3IL1B 2QSXA 1P1NA 2ANJA 1EU8A 5I56B 3MVYA 1IUDA 3QUJA 1OIBA 5KDTA 1YAEA 2W7YA 3M8UA 3B7DA 2I49A 2X7PA 2IEEA 2REGA 3K6XA 2QL3A 5ITPA 5CI5A 2PBWA 5TU0A 3PMVA 4OZ9A 4UACA 3T9VA 5K2YA 3T9UA 3MBPA 4EDPA 3LBSA 1M5EA 4GRKA 2Q2AA 2FA7A 5ICTA 4F22A 2Y7WA 4HS7A 4RPNA 4GXAA 3K2DA 1B4ZA 2XXQA 4NTLA 4ZECA 3TYHA 2IA4A 3S2VA 4R6KA 4NF4A 2XD2A 4Z7EA 3DLNA 3U72A 4IO5A 3CFZA 3MW0A 3Q25A 4K3FA 3U1OA 3G3HA 3PPQA 4OFOA 4AB6A 5H8QA 4XXUA 4GL0A 3CVGA 3S9EA 2Q9TA 2UYFA 1B5JA 1TT1A 3OSQA 3PU5A 4FIMA 5I59A 1VSOA 3U93A 4DXCA 4E0XA 2QS1A 2I4BA 3FVGA 3FJGA 2OBGA 1EH3A 1B46A 2V3TA 3TCGA 4C1UA 1O64A 4O3BA 1UQWA 3T66A 3B6TA 4R9FA 1B7ZA 3TELA 2NUVA 2RINA 1N3WA 4TLLB 3SEXA 2F6GA 1IQ7A 3UGWA 5DEXB 4ESWA 3RN8A 3E9XA 4JWOA 2OWSA 3P7IA 5DT6A 3MPLA 3H4ZA 3V8XB 3N6TA 5TPAA 1H3DA 1Y9UA 3H3GA 4I8CA 5AA4B 4QFKA 2ALUA 2VOZA 1B4HA 3FJ7A 2H5YA 2OCUA 3WAFA 3IB0A 3SDFA 4LA9A 1BIYA 3DELB 2FNCA 4G8NA 4FATA 3JZJA 2LAOA 1MG1A 2PVUA 3H6WA 2XXPA 2PYYA 2H9BA 2XX8A 5K2XA 3FV2A 3TTMA 3FD3A 3H7MA 3N5LA 1CB6A 3VLUA 1B7UA 3UORA 2Q2CA 3RTFB 4RYAA 5L9OA 1B7HA 3RT8A 1CE2A 5IKBA 3K02A 4BDOA 3KG2A 4PFYA 1XC1A 5H8HA 3OEKA 4FEDA 5CMKA 4OEVA 1QVSA 2OZZA 1MQDA 3FXQA 4G4PA 4ONYA 3UN6A 4GXSB 1M5BA 2R9JA 3U94A 1SW4A 2F97A 1QUIA 3TTNA 5CRYA 4N07A 4JDFA 2HAVA 3PPOA 3H03A 3KZGA 1LLSA 4DCXA 5I2KA 4ISUA 4F1UA 1LB9A 3TKDA 4H8JA 1LSTA 1LCFA 2QPQA 1SBPA 3CG1A 3MQ9A 4LZ5A 2DP8A 3HO7A 4X48A 4AB5A 4TQUQ 3T93B 3PUYE 3CR9A 3C32A 3O6HA 2Y7IA 4WEDA 1Z7ME 4Q8RA 3H6UA 3QXMA 4NF6B 1JW1A 2A5SA 1FTKA 4P11A 4LVQA 1T0KA 2XXRA 1I6AA 1MY0A 3EHUA 1ATGA 3FVKA 1TWYA 1URSA 4TOZA 1NH7A 2VHAA 2GHAA 1ZJLA 4DZ1A 3D4GA 4LATA 1GVCA 3FATA 1NNTA 4QFLA 3GXAA 3UK4A 3OO7A 3HN0A 5AA2B 1PEBA 1DTGA 4EQBA 3EHTA 4E0WA 1NH8A 2Y7PA 1A8FA 1LFHA 1MXVA 2P0SA 2Y7RA 2R71A 4GOTA 3GLBA 4YMAA 1P1QA 2PT2A 1MY1A 1Y4CA 2RCBA 3V5AA 4ZEDA 2F7BA 3PMXA 4OERA 4F1VA 3HSTA 3KJ7A 3EQ1A 4G8MA 4NF4B 4H5GA 1GV8A 3HPIA 3E13X 4DCYA 1IIWA 3Q26A 4XTCQ 2ZYOA 5H8QB 4Q30B 1RYOA 3MUQA 2XXTA 1FQAA 3JYRA 1NL5A 2AYSA 1SYIA 4EQ7A 1XHYA 1B3FA 2Q89A 3C34A 4OWDA 4C1TA 5L8DA 1XVYA 1LBBA 4RXLA 3IB1A 2PX1A 2DS9A 1OLCA 1RYXA 1SI0A 2I58A 4TLMB 4POXA 4BLAA 2M8CA 4QFNA 4KYSA 2ABHA 3IJXB 2ZNSA 3T96B 2A5TA 2XXXA 1LCTA 2XXUA 2PMSA 3PD8A 4RK9A 1YTVA 2O6AA 1HSJA 4U1ZA 3BKIB 3TUSA 3AXFA 4OQOA 3SEUA 4DIGA 4F3GA 1D4NA 3KSXA 5LOMA 1H44A 1UTHB 1R9LA 5DYHA 4DLDA 1MPBA 3IO6A 5CMCA 1UTBA 3S9MC 3LSLA 3OO8A 4JWYA 3UP9A 4YICA 3E4RA 4RY1A 3BFTA 4JB7A 1ZBMA 3VVFA 2Y7KA 2O68A 3RLFE 4KD5A 1TXFA 4ZEFA 3ZKLA 5I57B 4YU0A 3THIA 2ZMBA 2XXYA 3O9PA 3OENA 1M5CA 4YB5A 2KLFA 3VXBA 2X7QA 1B1XA 3MAMA 3TTKA 2B65A 3TAJA 2HXWA 4FECA 5FTIA 4OXVA 1OQHA 1ANFA 4R73A 3CSBA 3H6VA 3KGCA 1JVXA 3KOSA 1VE4A 5AA1A 3IR1A 4ZDMA 2ESNA 5H8NA 5CM6A 2Z23A 1JNFA 1MY2A 1IXHA 2OJTA 4OHNA 3MZBA 1PBPA 4G68A 1XVXA 5CBSA 3FZVA 4R72A 1QUJA 2I6EA 3ILUB 4BDMA 4N13A 1IXIA 4THIA 2HFBA 5FTHA 1MH4A 2I0BA 3PV0E 1ELJA 4RPOA 1LFIA 3RUMA 4OTEA 3S9NC 3Q29A 2GH9A 1MDP1 3RNNA 5A5XA 5I84A 4HW8A 4FEBA 1WDNA 3IOUA 5CBRA 4HCYA 1XT8A 5ICQA 2P1SA 3H06B 1FTLA 4IO7A 1HSLA 4YKPA 5F1QA 3VVEA 1LBCA 1US5A 2Z8EA 1MM7A 5I58A 1MQJA 2FYIA 4NWCA 4F3PA 3LSXA 3TFLA 2ZYMA 2DE3A 4POWA 4GL8A 2DWAA 4LP2B 4YKIA 3IK6B 4EQ9A 2CZLA 3CSGA 3K6UA 3IX1A 4Q0CA 2F8DA 3I6VA 3OOAA 1IXGA 4WKMA 1PB9A 3TDJA 4XKQA 1MM6A 2DE4A 3R6UA 3KN8A 3SESA 3RT6B 1AIVA 3BFUA 3IB2A 4AQ4A 4YKKA 5HPQA 4H6DA 2YLNA 1R9QA 4JSOA 1P1OA 1AL3A 5FHMA 3Q28A 3LC8A 4DDDA 2I48A 3D4CA 1TFAA 3K01A 4JSDA 4PFWA 2DVCA 4U21A 4JXIA 3UIFA 1SI1A 3K4UA 4F1YA 1OLAA 4GF8A 1JEVA 1LAHE 1FTJA 3O29A 1SW1A 1GR2A 5B7DA 2F36A 1MQIA 1MXUA 1SW2A 4NF5A 4MLQA 4O3CA 3GZGA 3QAXA 2DWJA 2Z8DA 4DXUA 4DE8A 1B05A 2A5TB 2THIA 2VD2A 1IZ1A 4NMYA 3VXCA 1DMBA 1H76A 4BDRA 5KCJB 5JTYA 2F7AA 2ONKE 2DXYA 1VFDA 4H1XA 1IXCA 3PMWA 5EHSA 2XD3A 3K6VA 3Q27A 2RC8A 1BTJA 5BUUA 3KJTA 1WVJA 4HCWA 4IO3A 3VDFA 3ZS6A 5L9MA 4NF8B 3MZ1A 1Y4TA 1F9BA 4L17A 4QF9A 3DP6A 3L6HA 3K1MA 3FV1A 5I56A 3VFJA 1NMUA 3M3KA 4R6HA 1ZIUA 2Q88A 3LUYA 2F7CA 1JEUA 3TCFA 4QFPA 2DE2A 4U1OA 4BDLA 4F2QA 3IOTA 3C35A 5H8FA 4GVOA 1A7LA 4H0WA 3VV5A 4ELOA 4P0IA 2B3BA 2V93A 3G3JA 3CFLA 5H8NB 5I2NB 3RPWA 1MS7A 4C0RA 4F19A 4MFIA 1GTKA 4QSEA 3CRBA 4G68B 1A40A 1B5IA 2NWJA 1A8EA 4R6YA 1MRPA 3O97A 5KDTB 3G7WA 1B2HA 1MPDA 3IO4A 2AL4A 4GLIA 1R1NA 4F31B 4F29A 3N6UA 1POTA 4MBPA 3S4UA 1B3EA 2RCAA 1N7XA 3V83A 2F78A 4JBZA 1I6BA 3PPRA 2V25A 1O7TA 2OK2A 4KI0E 1YCJA 3HHFA 4G68C 3RQTA 3G3GA 4YAHX 2E0SA 4OFJA 4I9DA 1MXZA 1B1HA 4X1DA 4KYEA 2DOJA 2D5WA 3ECRA 4PFUA 3KOTA 1URDA 1DPPA 5H8SA 4OETA 3KSJA 3SKPA 2F6PA 1N7WA 3U8QA 3PPNA 3MJNA 4IO4A 1MDQA 2I4CA 3R7XA 4QSCA 4OMBA 4M1VA 1QJMA 3MPKA 4LUBA 2QS4A 3RTWB 1B0HA 5J1DA 4GFRA 1S9TA 5I59B 1LAXA 4ELQA 3T9HB 1SD3A 2QMXA 1FW0A 2HQ0A 1FQBA 2YPNA 4G8HA 1FTMA 3TMGA 2QS3A 2VD3A 1JVYA 3OXNA 2R6GE 3B6QA 4ZS9A 5AA4A 1QUKA 1Z7NE 1JW4A 4H5FA 4ZZEA 1POY1 2O1MA 4GIZA 3MVXA 1A54A 3K6WA 2ONSA 4IB2A 2I3VA 2D21A 3MP6A 1OVBA 1ZKBA 4KCCA 5HM4B 2HZKA 4MLVA 2RC9A 1LGBC 1MY3A 3OEMA 2F34A 4KR5A 3CFXA 4FAJA 5TPAB 3TQLA 4IY5A 1HSEA 4IO2A 3HCQA 2UXAA 1AOVA 3PUXE 3SEVA 1DPEA 2ZNTA 3FXUA 2ZNUA 2NVUB 1II5A 3TQWA 2UVIA 1KWHA 3FVNA 1OVTA 4NF5B 3I5OA 4YB7A 5CMBA 1AMFA 4I1DA 2XX9A 4BDNA 1N3XA 1RKMA 1Y20A 2D3IA 5FHOA 4QFOA 2HAUA 1DTZA 4EXKA 2QJEA 1B40A 1MQHA 5JTYB 3G3KA 2NOOA 1L5TA 5BWJA 4M4GA 3C4MA 5DVIA 3IJOB 1JW5A 1NKXA 3ZKKA 3KBRA 1MXXA 5H8HB 3N94A 3OO9A 4MF3A 4XKRA 3GBBA 1N0TA 4NF6A 2CMOA 3KN3A 1H43A 2RKMA 4OESA 3U92A 5JK4A 3JV9A 4DXBA 4RK2A 4IGTA 4FJPA 3MVZA 4KYDA 3TEPA 2I0CA 2H25A 2O51A 1OMPA 1VR5A 4F39A 5I2KB 1MXWA 4ZEBA 3O6GA 3K1NA 4H8IA 5AA2A 1USYE 1UIUA 4GWOA 3EPEA 3A3UA 4YZZA 5H8FB 2V3QA 3C33A 1PBQA 1B9JA 3FASA 4RJZA 1LB8A 4OENA 5F7VA 1QULA 4ZEIA 1TFDA 2VGQA 3N26A 2GHBA 3FIRA 2UVHA 1AH5A 3F11A 3A3CA 4QSDA 2WKYA 1PB7A 3CIJA 2RC7A 1Q1KA 3LR1A 2Q8JA 1SQYA 1FQCA 2DWHA 3R26A 4OVJA 2DYXA 3PGFA 2Z22A 2UVGA 3WAEA 4F3BA 3G3IA 2QRYA 3QUFA 4OYVA 1ZU0A 1Y1MA 1B0LA 2G93A 3SETA 4R2BA 4NWDA 5ELVA 2UVJA 4R74A 3TPAA 4EF1A 2NXOA 3K00A 3TZAA 1Y1ZA 2REJA 2QMWA 3W9VA 4NE4A 1Y3NA 4PP0A 2V84A 4XKPA 2O84X 5CC2A 4FORA 3IORA 1EZOA 3MP8A 1NNPA 2P2AA 1ZLQA 3USDA 2ZXTA 1DSNA 5B70A 1JQFA 1P1WA 3MC2A 1UTHA 1M5DA 1EZ9A 3OMBA 2QS2A 1OQGA 4EXLA 1LFGA 4KHZE 3TTLA 4IO6A 1NNKA 4X9TA 4ESXA 2VP1A 5TP9A 1QKAA 4FE8A 4KPTA 3MP1A 1Y3QA 2BJJX 5DVFA 1SVXB 4EUOA 1XOCA 1USYH 4XKNA 4R2FA 3E3KA 4ECFA 1S7YA 2XXHA 1ZTYA 1D9YA 3RGYA 5I57A 3SEYA 2YJPA 4KFQA 1EZPA 1B51A 1YPNA 2G29A 2O7IA 1B3LA 3C36A 2HZLA 3FUZA 3IAZA 3OO6A 5IAIA 1UTBB 3IOWA 5AE4A 3IOVA 4GQOA 4HTGA 3OELA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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