3T9HB

Kainate bound to a double cysteine mutant (a452c/s652c) of the ligand binding domain of glua2
Total Genus 86
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
86
sequence length
258
structure length
258
Chain Sequence
KTVVVTTILESPYVMMKKNHEMLEGNERYEGYCVDLAAEIAKHCGFKYKLTIVGDGKYGCRDADTKIWNGMVGELVYGKADIAIAPLTITLVREEVIDFSKPFMSLGISIMIKKGTPIESAEDLSKQTEIAYGTLDCGSTKEFFRRSKIAVFDKMWTYMRSAEPSVFVRTTAEGVARVRKSKGKYAYLLESTMNEYIEQRKPCDTMKVGGNLDSKGYGIATPKGSSLGNAVNLAVLKLNEQGLLDKLKNKWWYDKGEC
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Mechanism of AMPA Receptor Activation by Partial Agonists: DISULFIDE TRAPPING OF CLOSED LOBE CONFORMATIONS.
pubmed doi rcsb
molecule tags Transport protein
source organism Rattus norvegicus
molecule keywords Glutamate receptor 2
total genus 86
structure length 258
sequence length 258
chains with identical sequence D, F
ec nomenclature
pdb deposition date 2011-08-02
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3t9hB01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3t9hB02
1B2HA 1MXUA 1VSOA 3N6UA 4OHNA 4FIMA 4OENA 2I3VA 1SVXB 3LBSA 4IO2A 1MY2A 3VVDA 3K6UA 4R6YA 3T93B 2HEUA 5ITPA 1LFIA 5J1DA 1JEUA 1CE2A 1OLCA 4GD5A 2Q2CA 2Q8JA 2F8DA 1RKMA 2RKMA 4YAHX 4OESA 4N13A 2F78A 2RCAA 3MP8A 1M5BA 3PMWA 1JVXA 4LONB 5EHSA 2Z23A 3O2AA 1T0KA 2R6GE 2G29A 4F1UA 1R9QA 4PFYA 3W9WA 2QS2A 4GQOA 3TZAA 3FD3A 3JZJA 5I56A 3DM0A 4DZ1A 2OK2A 3EPEA 3RUMA 1IXCA 3LSFB 3OD7A 1XVXA 4JSDA 4WEPA 4ONYA 3HHGA 2XHDA 1JEVA 4YB6A 2I6EA 2Y7KA 2B3FA 4WKMA 2RF1A 3K6XA 4RNSA 3U8QA 1POTA 1H76A 3D4CA 4GXAA 4QHQA 3A09A 2ZMBA 2ANJA 3A3CA 4R6KA 2HQ0A 4I9DA 4OEUA 3PD9A 3QYTA 3Q26A 2PT1A 3IR1A 2OWTA 1USYH 4WXJA 3K1PA 1MM7A 2RC7A 5AA4A 2DXRA 3KSXA 5FTIA 1B05A 1UIVA 3PMVA 1N76A 1NH7A 1IXGA 3KSJA 4G4PA 2F5XA 4X9TA 4YKPA 1SD3A 3OXNA 2I58A 3PUWE 3SKPA 1ZTYA 5AA2B 3EHSA 1OQGA 3OO7A 5FTHA 2ONKE 3H6UA 2NXOA 3AXFA 1P1UA 3ZKLA 4UACA 5I2KA 4KFQA 3TTRA 2D21A 5KCJB 1M5CA 1YPNA 1MQHA 3E9XA 1OLAA 2REJA 4POWA 1US5A 3HPIA 1IZ1A 3KG2A 4M4GA 1NNKA 4XKPA 1FTMA 4G8MA 3MWBA 2ZNUA 2NUVA 1FQFA 5F1QA 3CI8A 2H5YA 4FAJA 4LVQA 3H6TA 5AA4B 4PETA 3T22A 1Y3NA 4DXCA 3CFLA 5CMKA 3FZVA 1LBBA 1QVSA 3PPPA 3IJXB 1ELJA 4R73A 2HCAA 1ZKBA 1AMFA 4ECFA 5TPAB 2I3WA 3KJTA 4BDMA 3Q29A 5I2KB 5AE4A 3CRBA 3C9HA 4F3SA 4RA1A 3B7DA 2DQVA 3U1OA 5ICQA 2ZXTA 4BDQA 1MQDA 3K1MA 3KBRA 4M1VA 1URDA 2H99A 3CVGA 3TTNA 3C34A 4IO7A 4H1XA 4NF4A 2F7AA 3B6TA 1XHYA 4GXSB 1IQ7A 3CSBA 1QUKA 3KEIA 2HZKA 1MS7A 1UTHA 2B65A 5L9MA 3MVWA 4F31B 3OEMA 1B6HA 4ZEKA 2H9BA 4PP0A 1PDAA 3I6VA 4OXVA 1AIVA 3K6WA 5DYHA 2F97A 3PV0E 2Y7PA 4F2OA 1N0TA 1D9VA 2PMSA 5I59A 5KDTB 4MBPA 5DEXA 4THIA 4JDFA 1MH3A 3I5OA 1Z7NE 5B70A 1GR2A 2AIXA 3T9HB 2OWSA 2PVUA 2DWAA 1N3XA 3TTMA 4KYSA 3U72A 2XXPA 4OWDA 3UGWA 3BFUA 4ZE8A 4GL8A 3SEXA 1FQDA 1ZMGA 1SI1A 3PU5A 4P0IA 3ZS6A 1Y9UA 1Y3PA 3RTFB 4BLAA 4N07A 3EHTA 2E1SA 1MQJA 1XT8A 4AB5A 1OVTA 2DWIA 2XX8A 1BP5A 3RT8A 3PMXA 4MLQA 3K02A 1GGGA 3GBAA 5I59B 1SYIA 2F6PA 3HSTA 5DEXB 3WAEA 3CFXA 2ALUA 1QUIA 4KQPA 4H8JA 5DVIA 3IB2A 1P1WA 3M3LA 1IXIA 5K2XA 2X7QA 3HHFA 4BDNA 4G2ZA 4KCCA 3M3FA 1MXYA 2PT2A 5CMBA 2LAOA 1LB9A 3PPQA 4R2FA 4PFUA 3S4UA 3IORA 3U93A 5ITOA 1Y1ZA 2GH9A 2RC8A 4H5FA 1LBCA 2O1MA 1EZOA 3VE1B 3G3FA 2Z22A 2Q9TA 4G77A 3K2DA 1N84A 3HCQA 4R9FA 4ELQA 1GVCA 3IL1B 4ZEFA 3ZKKA 2VOZA 1RYOA 4FATA 4FE8A 2XXHA 3G3KA 4GIZA 1USYE 3SETA 5L9OA 2I48A 5TP9B 3TCGA 2PYYA 4ELPA 4AQ4A 2GRVA 1OQHA 2AL4A 2ZYOA 1HSJA 4EXKA 3H6VA 4PFWA 4YB7A 1I6QA 1OVBA 2NVUB 4R9GA 3IJOB 4YB5A 3KOTA 2VGQA 3VLWA 4NF5A 1R1NA 4TOZA 1P1OA 4F1VA 3M3KA 5FHMA 1ZLQA 1FTJA 2THIA 4I8CA 3W15C 1WODA 4YKKA 3S9MC 3RLFE 1SDXA 2DXYA 3ILTB 3H7MA 1LAGE 1NNPA 2V3UA 3OO6A 1Y4TA 4RK9A 3VXCA 1PEBA 4U1OA 2YPNA 1J1NA 4QSEA 2QMWA 2VD2A 1BLFA 1GV8A 2ABHA 3B6WA 5ICTA 3Q28A 5L8DA 1NNFA 5M2VA 1YTVA 1JQFA 2WKYA 5AA3A 5K2YA 4NF5B 4YKIA 2FNCA 4QFKA 2HFBA 2UYEA 3CR9A 2Q89A 1URGA 1PBQA 1IITA 3VLUA 4MFIA 3O6IA 2F36A 3V83A 3PPNA 4I1DA 1FTLA 1LGBC 5LOMA 2DOJA 3QUJA 3E3KA 3SERA 2BJJX 4RJZA 1S9TA 5TU0A 1B7UA 3KGCA 4FORA 1MY4A 1O63A 2R9JA 4PE5B 1SW1A 2A5TA 3L6HA 1DMBA 3N6TA 1I6BA 3VLVA 4XXUA 3LC8A 4QFOA 3T9XB 5AA2A 1D9YA 4LA9A 4U1ZA 1B1HA 4IGTA 1AH5A 5H8HB 4LZ5A 5KCJA 5JTYA 2G93A 3EHUA 1B3GA 1A55A 1B7HA 3KZGA 2PX1A 3VVEA 4QRZA 1M5EA 1MY0A 1TXFA 2O84X 1ANFA 2RINA 3V5AA 1BTJA 3CG3A 3TCFA 4DIGA 4YICA 5KZTA 2DWJA 4F3BA 3KN3A 2QS3A 1MPDA 2A5TB 4R72A 1FCKA 1PB8A 4BDLA 4RPOA 4Q0CA 3UK4A 3TODA 4QF9A 5I2NB 5CBRA 5ISUA 1B7ZA 3TMGA 2VP1A 5TPAA 1POY1 4ND9A 3MC2A 2X26A 3H6WA 4YU0A 4U4XA 3VXBA 4H0WA 4KCDA 5JTYB 5HPQA 1PBPA 1Y4CA 2A5SA 1XVYA 2V3QA 4R74A 4FEBA 1ZIUA 5HBCA 2O7UA 4KYEA 3S9NC 1B3LA 2Y84A 1MQIA 4HS7A 1XOCA 4OFJA 4FEDA 3IO6A 4JWOA 4EF1A 3C31A 3DLNA 3E4RA 3FV2A 4RPNA 1DTGA 3H3GA 5FHOA 2D5WA 1O7TA 3ZSFA 3UN6A 3MZ9A 3MQ9A 2DWHA 5FHNA 3LSXA 3RGYA 2V93A 1BKAA 3FUZA 3H06B 1QJMA 3T9UA 3FIRA 5KDTA 1N7XA 2Y7IA 3MVYA 1NMUA 4KYDA 2QL3A 2OLBA 3MUQA 1EH3A 2FYIA 3Q25A 4C0RA 3CSGA 4UA8A 4U21A 4O3CA 1VR5A 1MDP1 3SEVA 1AOVA 4BDRA 3TELA 1NKXA 4GVOA 3IAZA 3K01A 2HZLA 3TDJA 3R6UA 4PQJA 3SEYA 5L9SA 3FVGA 1NH8A 3PPRA 3FXUA 4QFLA 3K4UA 4P11A 4FJPA 3C4MA 4L17A 4U4SA 2O69A 1LAXA 2RCBA 2YLNA 2H25A 4DXUA 4LZ8A 1FQAA 4G8HA 4DCYA 4Z0IA 2I49A 3QUFA 1B9JA 2F34A 3PD8A 1FQBA 3IB1A 3EQ1A 3FASA 5CC2A 1ZJLA 2UVHA 3FVKA 4QSDA 3G7WA 1S7YA 4F18A 1A54A 4KR5A 3FJ7A 4DDDA 2FA7A 3K0VA 2XXWA 1JETA 4H8IA 5BUUA 4OMBA 1P1QA 1LCFA 3IK6B 4RK2A 3SESA 4GLIA 3ILUB 3S9LC 4OVJA 1N04A 1FTOA 3USDA 1MPCA 2F7CA 1AL3A 3G3HA 1P99A 1YAEA 2I4CA 1SBPA 3BFTA 5CMMA 4XTCQ 3LSLA 1B46A 1SI0A 3V8XB 5H8FA 1N3WA 5DVJA 4U22A 3OMBA 2O7IA 4U2RA 3TYHA 1EZ9A 5TP9A 3N94A 4NE4A 1SYHA 2DSFA 4XKNA 4DXBA 3Q27A 3KN7A 3FJMA 1VFEA 4KD5A 3CIJA 1H3DA 5H8QB 1UIUA 2ZYKA 4R6HA 5H8NB 1UTBB 4IO5A 1IIWA 4MH5A 3G3JA 4F22A 1DPPA 1OMPA 1Q1KA 3OSQA 4JXIA 2ZYNA 3GZGA 4YMAA 2Y7WA 4ZDMA 1JW4A 1H44A 4DCXA 1LCTA 2HXWA 4IO6A 4NF6A 1MXVA 1II5A 1QUJA 1SQYA 5I57B 2O68A 1B0LA 4IY5A 5DTBA 2UVGA 5H8FB 2ONRA 4MF3A 4NF8A 3UP9A 4LQ5A 3O28A 3MVXA 4EQ9A 4LATA 4RY1A 3KN8A 3VV5A 3H4ZA 1FQEA 4NTLA 3K1NA 5CI5A 4K3FA 3ECRA 4R75A 4OTEA 2QMXA 3N26A 3P7IA 3MPKA 1BIYA 1R9LA 4TLMB 2Y7RA 4GFRA 1M5DA 4PFTA 3HV1A 1RYXA 1A8EA 3RPWA 4G8NA 4NF6B 4WEDA 2OJTA 1F9BA 2XXRA 4GOTA 5CBSA 4NF8B 3RQTA 2NWJA 4IB2A 2X7PA 1IEJA 5I58A 3PPOA 4F39A 4ELRA 4U23A 3E13X 2P1SA 1LFGA 4ESWA 5I84A 1B5HA 3MW0A 1B1XA 2QSXA 3JV9A 2DP8A 4RXLA 3L6GA 3FJGA 4POXA 4EF2A 4GF8A 3TTKA 5H8HA 2H4IA 1SW5A 4ZE9A 2AL5A 1I69A 4ZECA 1EZPA 3HN0A 1ATGA 4AB6A 2DYXA 4G68B 4ISUA 3THIA 2V84A 2XXYA 3TEPA 1VFDA 3KJ7A 1JW1A 1H43A 2ZNSA 1IXHA 1FQCA 4NWCA 3U92A 1Y3QA 3DELB 4OETA 5CM6A 1O64A 1MRPA 1XC1A 4GWOA 3ONMA 4H67A 3VDFA 5I58B 2DS9A 2Z8DA 2UXAA 4I62A 3IOWA 4ELOA 1HSEA 5I2NA 2QS4A 3IX1A 3KFMA 4Q30B 1LAHE 3TTLA 2W7YA 1QKAA 2P0SA 2OBGA 3UIFA 2IEEA 1LLSA 1VE4A 2H98A 3O6GA 2XD2A 4EUOA 2OCUA 1WVJA 4YMBA 2I4BA 3T66A 3O66A 1LSTA 1Y1MA 2XXQA 1CB6A 1US4A 2QJEA 4OQOA 1A99A 4JBZA 2XXXA 1L5TA 2VD3A 5H8SA 2Z8FA 4Q8RA 3GXAA 1B4ZA 3U94A 1QKBA 5CMCA 4HW8A 4H65A 3S2VA 4H5GA 1XS5A 2HAUA 5B7DA 2PBWA 3OOAA 1M5FA 1KWHA 2D3IA 3GBBA 4XIGQ 2GHBA 1MPBA 1B3EA 4BDOA 3C35A 4X48A 5I56B 1B3FA 3A3UA 4IO4A 4HTGA 2DE3A 3FV1A 4LQ2A 3K00A 1JNFA 2IA4A 4F1YA 3UA8A 2AYSA 2HAVA 4ZEDA 4F2QA 3DP4A 4IO3A 2ZYMA 4KI0E 1OIBA 2QS1A 3PGFA 3PUXE 1MY3A 3N5LA 2OZZA 4P0GA 2O6AA 3IOVA 3C36A 4Z7EA 3F11A 3MP6A 4LP2B 2UVIA 3T9VA 3OENA 2DVZA 3G3GA 1MG1A 4OFLA 2GHAA 2DE2A 4Q5TA 3GLBA 5AA1A 3PUVE 5JEIA 3TUSA 1SW4A 1B52A 3RN8A 3O6HA 2O51A 1A8FA 5ELVA 3FVNA 4ESXA 4E0WA 2Q2AA 2YJPA 4HCWA 2I0BA 4XKQA 1R6ZA 4NWDA 2ESNA 1HSLA 3EN3A 1B32A 4TQUQ 2R71A 4QFNA 4OFOA 4IY6A 3S9EA 2F35A 4TLLB 4F29A 4OZ9A 2I0CA 2REGA 3FATA 5IKBA 3RY3A 4H6DA 5JK4A 3C33A 5IAIA 2VHAA 4G68C 4O3BA 4X1DA 1ZU0A 1JW5A 1S50A 2Q88A 3OELA 1MDQA 2E0SA 4KHZE 3MZBA 1B58A 1JVYA 4EDPA 2Z8EA 2P2AA 2DE4A 3OO9A 4OERA 2UVJA 3SDFA 3R26A 4C1UA 1DOTA 1LB8A 5CRYA 2B3BA 4JWYA 1D4NA 1H45A 4NEDA 3JYRA 1B51A 5H8QA 3MVZA 1NL5A 5H8NA 1UTBA 2QPQA 2M8CA 1MH4A 3O29A 3OO8A 5BWJA 1YCJA 5EYFA 4IGRA 1URSA 3QXMA 1NNTA 4NF4B 2XD3A 2DVCA 2XXVA 4O3AA 2ZNTA 2CZLA 1B40A 1NFTA 4X1BA 4YKJA 1UTHB 3TPAA 4YZZA 3OSRA 5EHMA 1QULA 1DPEA 2F7BA 4C1TA 5I57A 3SEUA 1MXZA 3LSWA 1PB9A 2GFEA 2F6GA 2RC9A 4MLVA 3V89B 3HO7A 4QSCA 1D3KA 3O9PA 4F3PA 3CG1A 3FVOA 3TQWA 4ZZEA 4ZZAA 4EQ7A 3MBPA 3I3VA 3BKIB 1Q35A 3KOSA 1TT1A 1TFAA 2XX7A 3D4GA 4QFPA 1B4HA 3TKDA 4LZ7A 4F3GA 4E0XA 3M8UA 1MM6A 3VVFA 1LFHA 1GTKA 4N6PA 2ONSA 4DE8A 1Y20A 3PUYE 3ODBA 1FTKA 2KLFA 2XXTA 4ZEIA 4JWXA 1MQGA 3K6VA 1DTZA 3IO4A 4EQBA 3IOTA 1Z7ME 1A40A 3RT6B 1EU8A 4NMYA 3R7XA 3TAJA 5F7VA 5DT6A 1WDNA 1TFDA 3VFJA 3RNNA 3FXRA 3MPLA 3CFZA 3FXQA 3QAXA 4GRKA 3TFLA 1MXXA 3MAMA 3G3IA 3FGSA 3TCHA 3T96B 2XXIA 3SEWA 1B5JA 3H03A 1P1NA 5A5XA 1DSNA 1UQWA 3W9VA 1TWYA 3QSLA 4FECA 2XXUA 5DVFA 3OEKA 3WAFA 4R2BA 4OEVA 5AA2D 3C32A 4DLDA 4F19A 3O97A 1PB7A 3MP1A 2QRYA 3QK6A 1I6AA 1N7WA 1FW0A 4G68A 3TQLA 5HM4B 4JB7A 2NOOA 1QW0A 1SW2A 4LUBA 2CMOA 3DP6A 4HCYA 4OYVA 3PUZE 3MJNA 2UYFA 3DP8A 1A7LA 4EXLA 3BBRA 3UORA 4KPTA 4XKRA 4JSOA 1LAFE 3LUYA 1PC3A 2XX9A 1MY1A 3B6QA 1B0HA 3EF7A 3QIMA 2V25A 3MZ1A 2V3TA 4ZEBA 1ZBMA 2O1LA 3LR1A 1IUDA 5A5XB 3RTWB 4ZS9A 3IOUA 1B5IA 4RYAA 1B3HA 1MXWA 3IB0A 4GL0A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4MJOA 1B2HA 1MXUA 1VSOA 3N6UA 4OHNA 4FIMA 4OENA 2I3VA 1SVXB 3LBSA 4IO2A 1MY2A 3VVDA 3K6UA 4R6YA 3T93B 2HEUA 5ITPA 1LFIA 5J1DA 1JEUA 1CE2A 1OLCA 4GD5A 2Q2CA 2Q8JA 4NGUA 2F8DA 1RKMA 2RKMA 4YAHX 4OESA 4N13A 2F78A 2RCAA 3MP8A 1M5BA 3PMWA 1JVXA 4LONB 3ISPA 5EHSA 1EYJA 2Z23A 3O2AA 1T0KA 2R6GE 2G29A 4F1UA 1R9QA 4HE1A 4PFYA 3W9WA 1XI6A 2QS2A 4GQOA 3TZAA 3FD3A 3JZJA 2WEFA 4MX6A 4NF0A 5I56A 3DM0A 4DZ1A 4MNPA 2OK2A 3EPEA 3RUMA 1IXCA 5DW8A 3LSFB 4OVQA 3OD7A 1XVXA 4JSDA 4WEPA 4ONYA 4X8RA 2WBDA 3HHGA 2XHDA 1JEVA 4YB6A 2I6EA 1FPBA 1NV2A 2Y7KA 2B3FA 4WKMA 2RF1A 3K6XA 4RNSA 3U8QA 1POTA 1H76A 3D4CA 4GXAA 4QHQA 3A09A 2ZMBA 4HXVA 2ANJA 3A3CA 4R6KA 2HQ0A 4I9DA 4OEUA 3PD9A 2FIXA 3QYTA 4GWSA 2OWZA 4N15A 3Q26A 2PT1A 3IR1A 3SZPA 1FPKA 2OWTA 1USYH 4WXJA 3K1PA 1MM7A 2RC7A 5AA4A 2DXRA 3KSXA 1QGXA 5FTIA 4AS5A 1B05A 1UIVA 3PMVA 1N76A 1NH7A 4XFEA 4PF6A 1IXGA 3KSJA 4G4PA 2F5XA 4X9TA 4YKPA 1SD3A 3OXNA 3KC1A 2I58A 3PUWE 3SKPA 1ZTYA 5AA2B 3EHSA 4PGNA 1OQGA 3OO7A 5FTHA 3RYDA 2ONKE 3H6UA 2NXOA 3AXFA 4NX1A 1P1UA 3ZKLA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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