3TMGA

Crystal structure of glycine betaine, l-proline abc transporter, glycine/betaine/l-proline-binding protein (prox) from borrelia burgdorferi
Total Genus 98
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
98
sequence length
266
structure length
266
Chain Sequence
LKSVKIGYVNWGGETAATNVLKVVFEKMGYNAEIFSVTTSIMYQYLASGKIDGTVSSWVPTADKFYYEKLKTKFVDLGANYEGTIQGFVVPSYVPISSISELKGKGDKFKNKMIGIDAGAGTQIVTEQALNYYGLSKEYELVPSSESVMLASLDSSIKRNEWILVPLWKPHWAFSRYDIKFLDDPDLIMGGIESVHTLVRLGLENDDFDAYYVFDHFYWSDDLILPLMDKNDKEPGKEYRNAVEFVEKNKEIVKTWVPEKYKTLFD
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Crystal structure of Glycine betaine, L-proline ABC transporter, glycine/betaine/L-proline-binding protein (ProX) from Borrelia burgdorferi
rcsb
molecule tags Transport protein
source organism Borrelia burgdorferi
molecule keywords Glycine betaine, L-proline ABC transporter, glycine/betaine/
total genus 98
structure length 266
sequence length 266
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature
pdb deposition date 2011-08-31

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF04069 OpuAC Substrate binding domain of ABC-type glycine betaine transport system
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3tmgA01
3.40.190.100 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Glycine betaine-binding periplasmic protein; domain 2 3tmgA02
1JEVA 3KSJA 4R9FA 3TDJA 4BLAA 4OEUA 2PVUA 4MF3A 3VLVA 3OXNA 1HSLA 1LAGE 1JVXA 1LBCA 3UA8A 4F18A 3FUZA 4U4SA 2Y7KA 1B51A 1JW4A 2IEEA 3HSTA 3O97A 3RT6B 4ZDMA 1URGA 4LVQA 4N13A 4N07A 4K3FA 3RT8A 2Z8EA 3K6XA 2B3BA 2Y7WA 3LSXA 3E4RA 1B1XA 4QSEA 3FIRA 5I2NB 3DP6A 5DTBA 5KCJA 1PBPA 5FHNA 4DXBA 1LCTA 5I56A 3H7MA 4OTEA 1R1NA 5H8NB 2FA7A 1SD3A 3T22A 3B6WA 5AA2A 5KDTA 3H3GA 2V3UA 2DVZA 3OELA 4JSOA 1Y3NA 2ABHA 2P0SA 4Q8RA 2B65A 3ONMA 4FJPA 4R2BA 3U92A 4R73A 1KWHA 5I57A 5B7DA 1D3KA 1MXXA 2VD3A 2HXWA 4Z0IA 1SI1A 3H6UA 4NWCA 1QULA 3Q25A 3OOAA 5L9SA 4LONB 1DSNA 2XXIA 3VDFA 3IX1A 1RYXA 1NNPA 1ZIUA 2XX9A 4ZE8A 5KCJB 4QFOA 5CMKA 5I56B 1MS7A 2QMXA 4EF2A 1URDA 3H03A 4BDMA 3HV1A 1POY1 1F9BA 3VVDA 5KDTB 3CVGA 3B6QA 3OO9A 2F6GA 4IO6A 1YPNA 3IR1A 4DLDA 2DSFA 4ELOA 2UYFA 2HQ0A 4FATA 2OWTA 2UVJA 3IK6B 5DVIA 4Z7EA 5I57B 3MVYA 3FATA 2ESNA 4YKKA 1OQGA 3A09A 2VGQA 1Z7NE 1N04A 2HAUA 1B7UA 4WKMA 5AA1A 5HPQA 4TLMB 2GRVA 3WAFA 2V25A 3KJ7A 2FYIA 2I6EA 2ZNUA 3CFLA 2O6AA 4F22A 2D21A 1B3LA 3QIMA 3EN3A 5H8FB 3R6UA 1WVJA 2XXVA 2OWSA 2E1SA 2ZYKA 4JDFA 3CSBA 3PPPA 4G68B 4NF4B 1Y9UA 4NTLA 1B9JA 3W9WA 1IXCA 4X48A 1IIWA 3HPIA 3G3FA 3MWBA 5AA4A 3GXAA 3W9VA 1FTJA 3FVNA 4FORA 4ZEKA 4GD5A 1DTZA 5K2YA 3TTNA 1OVBA 2DWJA 1ZMGA 2YJPA 4R75A 3T66A 4F3PA 2NUVA 1II5A 2QPQA 1AIVA 3S9MC 2Q2AA 1FTOA 1MQGA 3MUQA 3PPNA 4FAJA 3PGFA 2ZMBA 3FZVA 4XTCQ 2OJTA 3IAZA 1LAFE 4C1UA 3VLUA 3SKPA 4U2RA 1CE2A 3RNNA 3G3IA 3CIJA 3FXQA 4BDQA 3IO6A 1BKAA 1B4ZA 2XXHA 3JYRA 5LOMA 4I9DA 3D4CA 3UORA 1O63A 1DPPA 1PEBA 4LA9A 4DDDA 4M1VA 2VP1A 1MQIA 5DT6A 4F31B 3BBRA 3FJ7A 2UXAA 2DE3A 4THIA 1OLCA 3MC2A 3DM0A 4EQBA 1PC3A 1DPEA 3C33A 3ZKKA 2THIA 3LUYA 1JW1A 1B3FA 1PB8A 2X26A 3T93B 3CG3A 4O3CA 2RC7A 5H8QB 3EF7A 3C36A 4LP2B 3F11A 2R9JA 3JZJA 3N6UA 2OK2A 4F3BA 3CSGA 2GH9A 3V8XB 3EQ1A 3FV1A 4OZ9A 4KHZE 3U8QA 1QUJA 2VHAA 4WEDA 4POXA 4OQOA 2B3FA 4GXSB 3PD9A 1ANFA 4ISUA 3TTMA 3U1OA 3LSLA 2AL5A 2XD3A 1UTBA 1YCJA 1WDNA 3A3UA 3OO7A 4UACA 5CRYA 3KJTA 4YU0A 1MXYA 2V3TA 3FJMA 5CBRA 5A5XA 2F34A 1TT1A 3V5AA 4NF8B 1B58A 2F35A 3WAEA 3T9HB 5ITOA 3THIA 3Q26A 2H9BA 3AXFA 3TYHA 4IGTA 4G8HA 1MDP1 1P1NA 1AL3A 4QSCA 1MXZA 1Z7ME 2I4BA 1MG1A 4RY1A 4ONYA 3KBRA 2Q8JA 4QFKA 1DMBA 4H5GA 4YB5A 2AL4A 4FECA 1R9LA 4ZZAA 3KZGA 4GL8A 1H43A 1UTBB 2O1MA 2XXPA 4MLVA 3VXCA 2H4IA 1IZ1A 2PT1A 3RTFB 1NNTA 5DVFA 1VFEA 1NMUA 4UA8A 1P1WA 3OSQA 4FIMA 4EXLA 1EZOA 3O6IA 4PFWA 2A5SA 2M8CA 2HEUA 5A5XB 1LB9A 4YMAA 2OZZA 3C34A 5DVJA 1ZU0A 2ANJA 1A8FA 2F7AA 3CR9A 4Q0CA 2ZYNA 1N7WA 2ZXTA 4ESWA 4KYEA 1Y4CA 2GHBA 4HTGA 3PPRA 4OVJA 4LZ7A 4IGRA 3TUSA 2R71A 1WODA 2BJJX 4KCDA 5DEXA 4XKQA 3U94A 3MPKA 1N84A 3L6HA 3PUXE 2UYEA 5M2VA 5CBSA 1IXGA 1US4A 1YAEA 3KN3A 4AQ4A 4ZEDA 1LFHA 1PB9A 1SQYA 3IOVA 1FQDA 3DP4A 4O3AA 3ZKLA 4QFPA 5F7VA 3EHUA 3QUFA 3OO6A 5BUUA 1XHYA 1QKBA 5I2NA 1I69A 3EHSA 1JW5A 4GQOA 4QF9A 1TXFA 4GXAA 5H8NA 4RXLA 3MW0A 4FE8A 1SVXB 2I49A 1MY4A 4ZZEA 4F1YA 2X7QA 4Q30B 2G93A 4M4GA 1H3DA 5DEXB 3OEMA 4JXIA 4G8NA 1NFTA 1L5TA 4H1XA 1SW1A 1BTJA 1N76A 4C0RA 3K4UA 3SEVA 1CB6A 1LAHE 1NH8A 1IUDA 3RGYA 3SEWA 1FTLA 3O29A 5L9MA 1QUIA 2HZLA 4YKJA 3SETA 2P1SA 3KOSA 3TEPA 3VLWA 1NL5A 1LGBC 2D3IA 2RC8A 2IA4A 3G3JA 1B5JA 3UP9A 4POWA 3KG2A 3LR1A 1PB7A 1SYHA 3PMVA 1LFIA 3FD3A 1MY2A 2HAVA 3U72A 3TQWA 2XHDA 3TTLA 1FQEA 3QYTA 4H0WA 1M5DA 1LSTA 3VV5A 3PU5A 3N5LA 3G7WA 4R2FA 2DVCA 5BWJA 5JEIA 1IXHA 3G3GA 1SW2A 1T0KA 1LBBA 3FV2A 3RLFE 4PP0A 1LCFA 1B7HA 4XKNA 1P1QA 4ZEBA 4KQPA 2KLFA 3K02A 4IO4A 3K6UA 3EPEA 4X1DA 3BFUA 3LBSA 4JWOA 1I6AA 1MQJA 3KOTA 4OYVA 3V83A 1B7ZA 4EXKA 3CG1A 5H8FA 4R9GA 4X1BA 2O1LA 3MJNA 4IO2A 3T9UA 2HZKA 4U22A 3MVWA 4OMBA 4G68A 4NF4A 4LZ5A 4H65A 3SESA 2DXRA 2PBWA 1P99A 5CMBA 3K6WA 4YAHX 2O84X 3TODA 3QK6A 3IOUA 4TOZA 1IQ7A 1N3XA 3ZSFA 3MPLA 3UGWA 4YKIA 2W7YA 1UIUA 3UK4A 4QFLA 4WXJA 1JEUA 3IO4A 4KR5A 5CI5A 3MZ1A 4F1VA 4P11A 2I3WA 3OENA 4YB6A 3I5OA 4H5FA 4IY6A 3V89B 2H25A 2XD2A 4F2OA 3TQLA 3IB2A 4NEDA 1MXVA 3HN0A 3A3CA 4F2QA 4RK9A 4OERA 4BDLA 3O6HA 5TPAA 1QVSA 4R74A 1LLSA 2QSXA 4NMYA 5HBCA 4GRKA 3KN7A 3VFJA 3KSXA 3VVEA 1FTKA 2Y7IA 3I3VA 1MRPA 1SW5A 1MY1A 1I6QA 3MP8A 2XXQA 1Y3PA 3H6VA 1B32A 1I6BA 1UIVA 3S9NC 1IEJA 2I48A 2O51A 4DE8A 5H8QA 1BIYA 4LQ5A 3MP1A 3RUMA 2F7CA 4OENA 1HSEA 2ONRA 3GBBA 1FQCA 2QS4A 4YB7A 4KPTA 5JK4A 2R6GE 2DYXA 4R72A 2O68A 5TPAB 5KZTA 2XXYA 1PBQA 3PV0E 4XKRA 4DIGA 3E13X 1A99A 1EU8A 4OHNA 1A7LA 2I4CA 5I58B 4DXUA 3TELA 1MQHA 1QKAA 5AA3A 2QL3A 2Z22A 3EHTA 3KFMA 2XXRA 4NF8A 4HS7A 2YPNA 3TMGA 1B3EA 4KYDA 5CM6A 2DWAA 4JSDA 3K0VA 4P0GA 1XVYA 1JETA 5FHOA 1O64A 4DCXA 4RYAA 1MDQA 1QW0A 1B0HA 3MZBA 4O3BA 1B5HA 1XC1A 3IB0A 5IAIA 1BLFA 2H5YA 3HCQA 3H06B 3O6GA 4ZE9A 4G77A 2XX8A 4JBZA 3FXUA 2RC9A 3GLBA 4GLIA 3K00A 3RPWA 4OEVA 3TAJA 1R6ZA 4F3GA 3MBPA 4RNSA 3IORA 2Y7PA 3SEYA 1AH5A 1FTMA 2Y84A 3M3LA 3MAMA 1LAXA 4IO3A 4KI0E 5HM4B 1ATGA 2ZNSA 2ONSA 1MM7A 2PMSA 1MY0A 4GFRA 1B5IA 1VE4A 1NNKA 3MP6A 2REJA 2Q89A 2VD2A 1M5CA 4F39A 5AA2D 3LSWA 4LQ2A 4HCWA 2D5WA 5EHSA 1MPCA 1LB8A 4NWDA 4EQ7A 3B7DA 3TFLA 4I62A 4LUBA 5FHMA 1SW4A 3PPOA 4TLLB 5AE4A 4NF5A 3C35A 4TQUQ 4GWOA 2QJEA 3SDFA 3TTRA 1N7XA 2XXUA 1ZTYA 4MFIA 1H45A 2X7PA 3P7IA 2F6PA 3CRBA 4OFJA 5TP9A 4XIGQ 3O2AA 2RINA 2QRYA 3D4GA 4OESA 1ELJA 1GGGA 3W15C 3RN8A 3ILUB 1MM6A 4R6HA 3IL1B 3R26A 1J1NA 3MVXA 3Q29A 1XOCA 2AIXA 3I6VA 2Z8FA 1LFGA 3GZGA 3OSRA 1A55A 1NH7A 4H6DA 1OVTA 2QS3A 4PFUA 4YKPA 4JWYA 4GF8A 5IKBA 2HCAA 2Q2CA 4NF5B 5H8HA 1A40A 1IITA 3TZAA 4Q5TA 2ALUA 2I0BA 1MPDA 3S2VA 1USYH 3N26A 5TP9B 3QXMA 3C31A 1S7YA 3T96B 3MZ9A 3TPAA 3FVGA 4OXVA 2ZNTA 4LATA 2OBGA 3PUYE 2NXOA 2Z8DA 1N0TA 4NE4A 3KN8A 5L9OA 1GTKA 4C1TA 4ELRA 1AOVA 3UN6A 1BP5A 1SDXA 2HFBA 2RF1A 5H8HB 4IO5A 1Q1KA 1Y4TA 3C4MA 1OLAA 4ELPA 3DP8A 1MQDA 1R9QA 3QUJA 1GVCA 1MXWA 4U23A 2O69A 3PUWE 4P0IA 4OETA 3O9PA 1AMFA 2P2AA 3R7XA 1DTGA 4X9TA 4KD5A 1A8EA 1Y20A 3FASA 3CFZA 4EUOA 4L17A 3M8UA 1VR5A 1S9TA 1ZBMA 2VOZA 2F8DA 1FQFA 2WKYA 1B46A 1MXUA 4MLQA 4G68C 2RCBA 2F36A 3VVFA 3TCGA 1FW0A 3E3KA 1FCKA 4E0WA 1EZPA 2O7UA 1GR2A 2I3VA 3RTWB 1US5A 2RCAA 1NNFA 3T9XB 2OCUA 2QS1A 2UVHA 4GIZA 5EHMA 1VSOA 3C9HA 1FQAA 3HHFA 2ZYOA 4H67A 4AB6A 2QS2A 4BDRA 1GV8A 2LAOA 4GOTA 2XXTA 4QHQA 3K1MA 3QAXA 1P1OA 2Q88A 5J1DA 2GFEA 3PMWA 4FEDA 3N6TA 5AA2B 4BDOA 4RPOA 4JB7A 1Q35A 3O28A 3IOWA 2PYYA 3VXBA 4BDNA 1B0LA 3SEXA 4YMBA 1EZ9A 2G29A 4F29A 4QRZA 2DP8A 1Y1MA 4PE5B 3PMXA 1A54A 3IJOB 3SEUA 3LSFB 5TU0A 1MH4A 1XVXA 2GHAA 1OMPA 4GVOA 1B40A 2NVUB 2NWJA 3ZS6A 4KFQA 4ND9A 3C32A 3PUVE 1IXIA 3N94A 5ELVA 3K01A 4GL0A 1JNFA 5I59A 3OO8A 5ISUA 2Q9TA 1H76A 1RKMA 1MPBA 3E9XA 1B05A 1TFDA 1POTA 5H8SA 3S4UA 3OMBA 4ELQA 1M5FA 5I58A 4PQJA 5I2KA 2RKMA 5JTYA 3IJXB 1OIBA 4DXCA 3O66A 1ZLQA 1QUKA 1B52A 1HSJA 1PDAA 2XXXA 4F19A 3OD7A 4H8IA 2H98A 4IO7A 4RA1A 1B4HA 1UQWA 2XX7A 3UIFA 3CFXA 3KEIA 1URSA 2UVIA 3OEKA 2ONKE 1D4NA 4ECFA 5FTHA 3FGSA 2Y7RA 1EH3A 2QMWA 3QSLA 5I59B 1ZJLA 3FVOA 4H8JA 2DE2A 3H6TA 1B3GA 2PX1A 2DOJA 4U21A 5F1QA 1ZKBA 4QSDA 2I0CA 1SYIA 4I8CA 1FQBA 3RQTA 2V3QA 1B2HA 5I2KB 2I58A 3IOTA 4U4XA 5JTYB 4QFNA 2XXWA 5ICQA 5AA4B 1SBPA 3BFTA 2CZLA 2O7IA 4LZ8A 3LC8A 3L6GA 3FJGA 3MQ9A 4R6YA 4ZS9A 4XXUA 2DE4A 4ESXA 4RK2A 4PETA 4EDPA 1USYE 3VE1B 3JV9A 2DWIA 3K1PA 2H99A 4EQ9A 4YZZA 5I84A 4G4PA 4KCCA 4MBPA 5DYHA 1JVYA 3G3KA 4WEPA 2E0SA 4R6KA 4RJZA 4HCYA 4PFTA 2AYSA 3TCHA 4OFLA 3M3FA 4EF1A 3FVKA 4N6PA 5B70A 3CI8A 3DLNA 3TKDA 3BKIB 1SI0A 2DWHA 1B1HA 3IB1A 1B3HA 4F1UA 3K6VA 3TTKA 1M5EA 1B6HA 3TCFA 1M5BA 3H4ZA 2YLNA 1D9YA 3H6WA 4RPNA 4U1OA 2A5TA 3B6TA 4F3SA 1XS5A 1XT8A 3Q27A 2OLBA 4XKPA 1S50A 2PT2A 5L8DA 3FXRA 3T9VA 3ODBA 2UVGA 4IB2A 1Y3QA 3USDA 4NF6A 1YTVA 2F78A 3PD8A 4E0XA 1D9VA 1H44A 3U93A 3Q28A 2Z23A 5K2XA 1RYOA 2CMOA 1QJMA 3K1NA 3S9EA 1OQHA 3KGCA 4PFYA 1MY3A 1VFDA 1N3WA 4FEBA 2V84A 4YICA 3ECRA 3PPQA 1UTHA 2A5TB 2F5XA 4G2ZA 3ILTB 4G8MA 4IY5A 4MH5A 3G3HA 1TFAA 3SERA 4DCYA 2DQVA 3DELB 1Y1ZA 4NF6B 5ICTA 1O7TA 1P1UA 2FNCA 1JQFA 4HW8A 2V93A 2ZYMA 1NKXA 4ZEFA 3GBAA 4AB5A 4JWXA 2F97A 4DZ1A 4OFOA 4KYSA 3MVZA 4I1DA 3M3KA 2NOOA 2DXYA 2REGA 5EYFA 5FTIA 5CMMA 1UTHB 4ZEIA 3PUZE 1DOTA 3S9LC 4ZECA 5ITPA 3HO7A 2DS9A 3RY3A 4U1ZA 2F7BA 4OWDA 5CC2A 3K2DA 1MH3A 3HHGA 5CMCA 1TWYA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3E78A 4JVDA 1JEVA 3KSJA 4R9FA 4LN5A 2OWZA 3TDJA 4BLAA 4OEUA 2PVUA 4MF3A 3VLVA 2CEXA 3OXNA 1YZ0A 1HSLA 4OVSA 5EYHA 1LAGE 4PDDA 1JVXA 1LBCA 3UA8A 4F18A 3FUZA 4U4SA 4P47A 2Y7KA 1B51A 1JW4A 2IEEA 3HSTA 3O97A 4X8RA 3RT6B 1FPEA 4ZDMA 1URGA 4H45A 4LVQA 4N13A 4N07A 4K3FA 4IR8A 3RT8A 2Z8EA 3K6XA 1QGXA 2B3BA 1LBYA 2Y7WA 3LSXA 3E4RA 1B1XA 2Q8MA 4QSEA 3FIRA 5I2NB 1FBGA 1LBXA 1NUYA 5FBPA 3DP6A 4JVIA 5DTBA 2F3DA 5KCJA 1PBPA 5FHNA 1KA1A 4DXBA 1NUXA 1LCTA 5I56A 3H7MA 4OTEA 2WYPA 1R1NA 5H8NB 2FA7A 1SD3A 3T22A 3B6WA 4PAIA 5AA2A 5KDTA 3H3GA 2V3UA 1FPFA 2DVZA 3OELA 4JSOA 1Y3NA 2ABHA 2P0SA 4Q8RA 2B65A 3ONMA 4FJPA 4R2BA 3U92A 4R73A 1KWHA 5I57A 5B7DA 1D3KA 1MXXA 2VD3A 1DK4A 2HXWA 4Z0IA 1SI1A 3H6UA 4KXPA 4NWCA 1QULA 3Q25A 3OOAA 5I3SA 5L9SA 4LONB 1DSNA 2XA5A 2XXIA 3RYDA 3VDFA 3IX1A 1RYXA 1NNPA 1ZIUA 2XX9A 4ZE8A 5KCJB 4QFOA 5CMKA 5I56B 1MS7A 2R8TA 2QMXA 4EF2A 1URDA 3H03A 4BDMA 3HV1A 1POY1 1F9BA 3VVDA 5KDTB 3CVGA 3B6QA 3OO9A 3ROJA 2F6GA 4IO6A 1YPNA 3IR1A 4DLDA 5IZZA 2DSFA 4ELOA 2UYFA 2HQ0A 4FATA 2OWTA 2UVJA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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