3TTKA

Crystal structure of apo-spud
Total Genus 116
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
116
sequence length
340
structure length
340
Chain Sequence
DNKVLHVYNWSDYIAPDTLEKFTKETGIKVVYDVYDSNEVLEAKLLAGKSGYDVVVPSNSFLAKQIKAGVYQKLDKSKLPNWKNLNKDLMHTLEVSDPGNEHAIPYMWGTIGIGYNPDKVKAAFGDNAPVDSWDLVFKPENIQKLKQCGVSFLDSPTEILPAALHYLGYKPDTDNPKELKAAEELFLKIRPYVTYFHSSKYISDLANGNICVAIGYSGDIYQAKSRAEEAKNKVTVKYNIPKEGAGSFFDMVAIPKDAENTEGALAFVNFLMKPEIMAEITDVVQFPNGNAAATPLVSEAIRNDPGIYPSEEVMKKLYTFPDLPAKTQRAMTRSWTKIKS
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Structural Basis of Substrate Binding Specificity Revealed by the Crystal Structures of Polyamine Receptors SpuD and SpuE from Pseudomonas aeruginosa
pubmed doi rcsb
molecule tags Transport protein
source organism Pseudomonas aeruginosa
molecule keywords Polyamine transport protein
total genus 116
structure length 340
sequence length 340
chains with identical sequence B, C
ec nomenclature
pdb deposition date 2011-09-14

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF13416 SBP_bac_8 Bacterial extracellular solute-binding protein
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3ttkA01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3ttkA02
4F3BA 1SI1A 2PMSA 3K6XA 3O6IA 1H3DA 4XXUA 2Z8EA 3MW0A 4NTLA 5DVFA 3QXMA 1MS7A 3EPEA 5FHOA 2I0BA 3SKPA 2B3FA 5TU0A 4L17A 1NNKA 4YZZA 1MG1A 1IEJA 2AL4A 4U1OA 4DZ1A 2ONRA 1FQBA 5IKBA 3UORA 4JSOA 4OYVA 3IB1A 1XT8A 3SEWA 3RLFE 1MY3A 3UN6A 3ILTB 3TTMA 4GD5A 4WXJA 3PPPA 4GLIA 3DM0A 3OO7A 4P0GA 2VD2A 3S9MC 3MAMA 2YJPA 1B3EA 2XXXA 1XC1A 3KJ7A 4ELRA 1USYE 2R9JA 4GRKA 1II5A 1JNFA 2I6EA 3OSQA 3PV0E 1ZU0A 3A3CA 3S9NC 2UVGA 3GZGA 4R2FA 2RC7A 3FZVA 2NWJA 1NNPA 3H06B 5EHMA 3USDA 2D3IA 2O1MA 1OQGA 1FTLA 2H5YA 2F5XA 2YPNA 4UA8A 5TP9B 2F6GA 4LZ8A 3KGCA 5TP9A 2XXVA 1MXXA 4ZEIA 3IOTA 4KYSA 4ZE8A 3IB2A 5KDTB 5ICQA 1FQDA 3I5OA 5KDTA 3VVEA 3U8QA 4DIGA 2O69A 4E0WA 1XHYA 1SI0A 1B6HA 1XVYA 3SEVA 3H6VA 2P2AA 1H44A 4X1BA 3TTNA 3TZAA 3ZSFA 4QFNA 1I6QA 1MXUA 5H8HB 5CBRA 3TELA 3RNNA 5H8HA 4RNSA 1DTGA 4I62A 1N7WA 1B58A 4YKJA 3RUMA 4NF6B 1MXZA 1OLCA 4NF6A 2R6GE 2DS9A 2OLBA 4EF1A 3C33A 3MZ9A 3K02A 2Q2AA 3WAEA 2O7UA 1LB8A 3KOSA 4F3GA 1DOTA 1LSTA 4POXA 2G93A 4R72A 2XHDA 3KN8A 1M5FA 2H9BA 4OEVA 2DP8A 3K4UA 4PQJA 2ZNSA 3RT8A 3OO9A 2AYSA 4GL8A 2AL5A 3LBSA 4ELOA 1MQHA 4ZECA 4RK2A 3LSFB 4IY6A 3VDFA 1WVJA 5DEXA 4GQOA 5B7DA 2I3VA 1AL3A 4N07A 4KYEA 1LLSA 4BDNA 1ANFA 1P1WA 2HQ0A 4NF8A 2XX7A 2XXTA 1B32A 4N13A 3N5LA 2F6PA 1B3HA 4AQ4A 1UTBB 3TCGA 4F29A 1N3XA 2DWHA 1R1NA 3N26A 3C9HA 1MY0A 3HPIA 5L9MA 2CZLA 2Z22A 4LA9A 4BDLA 1YTVA 1QJMA 3RN8A 2B65A 1JVYA 1US5A 4G2ZA 1MY2A 4QFPA 3GBAA 4JWOA 2X7PA 4ISUA 2FNCA 2RC9A 1ZBMA 3G3KA 2QRYA 1SBPA 3O6HA 2I3WA 1MH3A 4G68B 3G3GA 3G7WA 3FVOA 4JB7A 3T93B 2XXUA 3CVGA 4GWOA 2B3BA 3O28A 3DP4A 1Y3PA 3IJXB 1OIBA 4MBPA 3U93A 1IQ7A 2V3UA 1HSLA 1IXIA 2DWAA 3TMGA 4C1TA 4K3FA 1IIWA 1DPPA 5CI5A 1A8FA 2QMWA 5H8QA 1B5IA 5L9OA 1B7ZA 3H6UA 1B4ZA 1DPEA 4FEBA 2REGA 2GHBA 3E3KA 3TCFA 4KPTA 3DP6A 3IO4A 4YB7A 1JEVA 4LZ5A 2Z23A 5TPAA 1ELJA 1EU8A 2F34A 1LFGA 4NF4B 2UVIA 3C34A 4NF4A 1B7HA 4F31B 4Z7EA 4OESA 1EH3A 4RY1A 2X26A 5K2XA 4YB5A 1NH8A 2XX8A 4R9FA 4WEPA 1R9LA 4KCCA 3RQTA 1ZJLA 1UTHB 3GBBA 3CRBA 1UTHA 4H1XA 3E9XA 2D21A 1NL5A 2Z8FA 4IO5A 2P1SA 5ELVA 1N04A 1UQWA 3TCHA 2UYFA 2DE4A 5I58B 3FIRA 4G8HA 4NWCA 5I58A 2DYXA 3TYHA 3KZGA 3O6GA 4RXLA 5CMMA 1SW5A 1Q35A 5F1QA 2QS4A 4ZDMA 3UA8A 4X48A 3JYRA 3THIA 3K6UA 2RKMA 1B3LA 3K6VA 1IXGA 3MBPA 3PD8A 2GH9A 4IY5A 3MP1A 5DTBA 4C1UA 1I6AA 3B6WA 3KN7A 3K1MA 1GR2A 4MFIA 3LUYA 3EHUA 1ZIUA 1FTOA 4FAJA 2QS2A 3OXNA 3KJTA 4ZEBA 2ABHA 1NKXA 4Q0CA 1RYXA 4R9GA 1O64A 1L5TA 3R26A 3IOWA 2F8DA 5BWJA 3KOTA 2ESNA 1B2HA 1BLFA 1QULA 1H76A 4Q8RA 2PT2A 3H4ZA 2OBGA 3FXQA 4TQUQ 3A09A 1B3FA 2QPQA 2W7YA 2R71A 1SQYA 4XKNA 1LFHA 3VLVA 1N84A 1Y3NA 3FGSA 3VXBA 4OFLA 4O3CA 5JEIA 3MC2A 3N6UA 2H98A 4TLLB 4H67A 3QIMA 3MZBA 3I6VA 3QSLA 4F1YA 1CB6A 2DOJA 4MH5A 4PFUA 3L6HA 1LCTA 3M3LA 4ZZEA 3HV1A 1B5JA 4LQ5A 1B3GA 3TODA 3CFXA 5IAIA 2REJA 4BDMA 3S4UA 1US4A 4LP2B 3CIJA 3HHGA 1P1UA 2HZKA 5FTIA 3PMXA 1GTKA 4R2BA 3TQLA 2ZNUA 2XD3A 3HN0A 4R73A 1LBCA 3TEPA 4JXIA 4KHZE 1F9BA 1FTJA 4WKMA 3KN3A 1XVXA 1FCKA 4G8NA 3A3UA 3FJ7A 1SW1A 3ODBA 2DE2A 4QRZA 4LUBA 5ISUA 3FASA 4WEDA 3PPQA 2Q88A 3KSXA 4LVQA 4ELQA 4QSEA 3RY3A 1DSNA 3U72A 2HFBA 3CSGA 2GRVA 3PUXE 3E13X 1BIYA 4GIZA 3H03A 3G3HA 3SEYA 3O2AA 2O68A 3LSWA 3Q28A 2DQVA 2DVCA 3H6TA 2KLFA 4KFQA 2Y7RA 4EXLA 3DELB 1SYHA 1FTMA 4H0WA 2Y7WA 4QF9A 1MY4A 3T66A 3T22A 5AA2B 2ZMBA 1N3WA 5AA2A 5B70A 3ZKKA 1MM7A 3PPOA 1LFIA 3EHTA 3FVNA 3N94A 1MPCA 2V25A 4ZEKA 2NUVA 1AMFA 3Q26A 4HCYA 5H8SA 1ZTYA 4OXVA 4MLQA 1T0KA 3DLNA 2Q2CA 3K00A 4EF2A 2QMXA 3KBRA 1QKAA 3CSBA 3JV9A 3FJGA 3FJMA 5HBCA 4R74A 3ILUB 3H6WA 2DWIA 1R9QA 3W9WA 3KFMA 2HEUA 5ICTA 4F22A 3LC8A 4H65A 2OWSA 2FA7A 3TTRA 4LONB 1VFEA 4JWXA 3FATA 5AA1A 3TPAA 4YAHX 2A5TB 4RJZA 3UIFA 4PP0A 1Z7ME 1LAFE 4MLVA 3FD3A 4O3BA 2Q8JA 2X7QA 1A99A 4OZ9A 1D9VA 2V3TA 3VLUA 2O6AA 2DXYA 4POWA 3VV5A 3GXAA 2I4CA 3MPKA 1LAXA 4BLAA 4ESXA 1VE4A 1UTBA 4F18A 4I1DA 3O29A 4HS7A 3IO6A 4KR5A 1TT1A 3H3GA 3U1OA 1Y20A 2E1SA 5DVJA 3F11A 2ZXTA 2I4BA 4ZE9A 4F1UA 1HSJA 3HO7A 1PBQA 3OMBA 2VOZA 4LZ7A 5AA4B 3TFLA 3T9VA 2VHAA 5KCJB 5AA4A 2HCAA 2XXIA 3MVYA 1SW4A 3RT6B 1MRPA 2OCUA 4OHNA 3BFUA 4IGRA 2Q9TA 2LAOA 3KSJA 4DXBA 4IO3A 4I9DA 2XXWA 2XXYA 3IL1B 2NXOA 4Z0IA 2UVHA 1BKAA 4G68A 3PMVA 2I49A 4F39A 4Q5TA 3C32A 3C31A 3TTLA 3FV2A 5KZTA 4F1VA 1JQFA 4ZZAA 4RYAA 3PPRA 1AOVA 3IOUA 4U4XA 3ONMA 3PU5A 3RTFB 2Z8DA 4R6KA 1I69A 1QUIA 3P7IA 4KYDA 3MP6A 3OENA 1XS5A 5DYHA 4OENA 2F7AA 3FVGA 3QUFA 2DVZA 1BTJA 3EF7A 4GFRA 4X1DA 3MQ9A 5AA3A 1OMPA 3MVZA 1OVTA 3KEIA 2VP1A 3VXCA 2NOOA 4KI0E 4U23A 4F3PA 2ONSA 2QL3A 3V83A 1B0LA 4KCDA 4OVJA 3ECRA 3TDJA 4JSDA 2Y7IA 4G68C 5HPQA 3T9XB 3UGWA 1B7UA 1SVXB 4OERA 4FEDA 5I2KB 2UYEA 1S9TA 5I2KA 5ITPA 4XKPA 4YMBA 3Q27A 1USYH 3K6WA 3PPNA 4YB6A 3EHSA 4BDOA 3LR1A 3JZJA 2Y7KA 3MVXA 4F2QA 4DDDA 2OK2A 1Y3QA 2V3QA 1Y4CA 4QSCA 5EHSA 4EUOA 4ECFA 3U94A 2XD2A 5L8DA 2ANJA 3T9HB 1IZ1A 2Q89A 3LSXA 4THIA 5FHNA 4AB6A 1H45A 1JW1A 1BP5A 2HAUA 3MZ1A 3TUSA 4R6HA 4EQ7A 4GVOA 3MP8A 4LATA 1VR5A 3SERA 2XXHA 2DE3A 3B6TA 3K2DA 1JEUA 1MDQA 4NF5B 2RC8A 1MH4A 3IX1A 4NF5A 3CG3A 5FHMA 4H8IA 4F3SA 3R7XA 3VVDA 1D9YA 1MQDA 2I48A 4F19A 1NH7A 1OLAA 4GXSB 2E0SA 2QS3A 1PEBA 1FW0A 1B5HA 4QFOA 3KG2A 1ZLQA 5A5XB 1Y9UA 5JTYB 5JTYA 1M5BA 4F2OA 4NWDA 3FXUA 3G3IA 1AIVA 1XOCA 4OQOA 3OOAA 4YKPA 1P1OA 2VGQA 2THIA 1B0HA 2A5SA 3EN3A 2NVUB 3PD9A 2O1LA 2ZYKA 2G29A 3FUZA 4XKQA 3SESA 2V93A 1YCJA 4FATA 2DSFA 5EYFA 3V8XB 3L6GA 4RPOA 1MM6A 4M4GA 3VFJA 4NE4A 4YICA 1JW5A 1TWYA 3RGYA 4DXCA 2F7BA 2H4IA 3ZS6A 3OSRA 1D3KA 3HHFA 3G3JA 1MY1A 1LAHE 1HSEA 4KD5A 1SD3A 4HW8A 4UACA 3FXRA 4U22A 3IK6B 1M5DA 1YAEA 4IO6A 4BDRA 2WKYA 3EQ1A 2O51A 3BBRA 3OO8A 5H8FB 1LBBA 1UIUA 3MUQA 4XIGQ 4Q30B 1FQAA 5H8FA 2P0SA 2HAVA 1P1NA 2M8CA 3MPLA 3V5AA 1PB7A 5I56B 1MDP1 2BJJX 5I56A 1VFDA 4LQ2A 1B05A 3OD7A 3T9UA 4TLMB 5H8NB 4PFYA 5H8NA 4C0RA 3DP8A 4I8CA 2H25A 2F78A 1IXCA 1DTZA 2VD3A 1QUJA 4YKIA 2RCAA 5BUUA 4QHQA 4U2RA 4JBZA 1GVCA 3O9PA 3Q29A 1R6ZA 4IO4A 5ITOA 2XXQA 4EQ9A 4FE8A 4U21A 3S9EA 3QAXA 1PB8A 4HTGA 3OEMA 4X9TA 2F36A 2XX9A 3T96B 5I57B 4HCWA 1POTA 1FTKA 5I57A 2ONKE 1MQJA 2HXWA 3G3FA 1NFTA 5CC2A 2H99A 1RYOA 4PETA 3BFTA 3SEXA 3QK6A 1SYIA 3HSTA 3S2VA 3K0VA 5CMCA 4ESWA 3IR1A 3RTWB 3D4CA 4R6YA 4IGTA 3UK4A 4P0IA 3PUWE 2ZNTA 4YU0A 1P1QA 5JK4A 1D4NA 4OMBA 4H5GA 2RINA 1NMUA 5I2NB 1B4HA 5I2NA 3VE1B 4G77A 4BDQA 1KWHA 2O84X 4OFJA 4MF3A 1IXHA 4TOZA 4H8JA 4XKRA 1I6BA 4IB2A 3VVFA 4OETA 3I3VA 1PBPA 1PDAA 2OWTA 2HZLA 3OO6A 3U92A 1LCFA 2YLNA 2DXRA 1ATGA 2A5TA 4U4SA 5CRYA 1YPNA 3C35A 5AE4A 5CMBA 1QKBA 4OWDA 4DE8A 2XXRA 3QYTA 3CFZA 1URDA 2PVUA 1WODA 1WDNA 3PUZE 2PT1A 4RA1A 1OVBA 1PB9A 5DEXB 3SETA 1B1XA 1J1NA 2CMOA 3UP9A 1DMBA 1M5EA 4QSDA 1S7YA 1ZKBA 4NF8B 4ZEDA 2UVJA 3BKIB 1B46A 1Q1KA 1VSOA 5I59B 5I59A 3M8UA 5KCJA 3W15C 3R6UA 1EZ9A 4E0XA 5FTHA 1MQGA 1A8EA 1N0TA 1CE2A 4JWYA 1FQFA 5K2YA 3PUVE 3N6TA 1QVSA 4DXUA 3K01A 4ND9A 2RF1A 1MQIA 1LB9A 1TFDA 4EXKA 1POY1 1A40A 3K1PA 1JVXA 3SEUA 3MWBA 4EDPA 3VLWA 3IORA 4KQPA 4U1ZA 3Q25A 1URGA 2GHAA 3GLBA 1EZPA 1FQEA 2PX1A 4OFOA 1EZOA 2ZYMA 1O7TA 1N76A 4PE5B 2FYIA 3OEKA 3E4RA 3QUJA 3B6QA 3S9LC 5HM4B 4ZS9A 3B7DA 1MXYA 4JDFA 1P99A 1SDXA 1Y1MA 2F7CA 2I58A 2AIXA 4M1VA 1FQCA 4H6DA 5M2VA 2IEEA 5H8QB 3FVKA 2ALUA 3IOVA 1MXWA 1OQHA 2Y84A 1B51A 4FORA 3CG1A 1M5CA 1H43A 1JETA 1MPBA 3C36A 2QSXA 1RKMA 1TXFA 4FJPA 3PMWA 4EQBA 4FIMA 3W9VA 4G4PA 3SDFA 3CR9A 3TKDA 4IO7A 2F97A 4XTCQ 1TFAA 5TPAB 3V89B 3PGFA 3OELA 5AA2D 4ZEFA 1Z7NE 4RPNA 4QFKA 5LOMA 4GOTA 5CM6A 1PC3A 2QS1A 2PBWA 4YMAA 3HCQA 4OTEA 4R75A 1Y4TA 1Y1ZA 5I84A 2OZZA 3M3FA 3D4GA 3MVWA 1LGBC 4PFWA 3LSLA 5F7VA 4FECA 1B9JA 1IUDA 4NEDA 1QW0A 4AB5A 3O66A 2ZYNA 3IB0A 1LAGE 1IITA 4N6PA 4ELPA 5J1DA 4IO2A 1GV8A 2D5WA 1A7LA 3O97A 1MXVA 2O7IA 3H7MA 5DT6A 1A54A 1B52A 2ZYOA 3K1NA 2XXPA 2Y7PA 3RPWA 4G8MA 1QUKA 3TTKA 2DWJA 3FV1A 5CBSA 4H5FA 4PFTA 3TQWA 1MPDA 3IAZA 1GGGA 2PYYA 5CMKA 3TAJA 5L9SA 5DVIA 3MJNA 4O3AA 1JW4A 1N7XA 4DLDA 5A5XA 1B1HA 4GXAA 4GF8A 3AXFA 2GFEA 3WAFA 4DCXA 1B40A 3M3KA 2IA4A 4RK9A 2RCBA 1NNFA 1S50A 2I0CA 1O63A 1URSA 4YKKA 1ZMGA 4DCYA 1A55A 4P11A 3PUYE 3ZKLA 4ONYA 1NNTA 2V84A 2F35A 4GL0A 2QJEA 2UXAA 4QFLA 1AH5A 3CFLA 3C4MA 3IJOB 4NMYA 2OJTA 1SW2A 4OEUA 1UIVA 3CI8A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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