3TTMA

Crystal structure of spud in complex with putrescine
Total Genus 122
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
122
sequence length
341
structure length
341
Chain Sequence
DNKVLHVYNWSDYIAPDTLEKFTKETGIKVVYDVYDSNEVLEAKLLAGKSGYDVVVPSNSFLAKQIKAGVYQKLDKSKLPNWKNLNKDLMHTLEVSDPGNEHAIPYMWGTIGIGYNPDKVKAAFGDNAPVDSWDLVFKPENIQKLKQCGVSFLDSPTEILPAALHYLGYKPDTDNPKELKAAEELFLKIRPYVTYFHSSKYISDLANGNICVAIGYSGDIYQAKSRAEEAKNKVTVKYNIPKEGAGSFFDMVAIPKDAENTEGALAFVNFLMKPEIMAEITDVVQFPNGNAAATPLVSEAIRNDPGIYPSEEVMKKLYTFPDLPAKTQRAMTRSWTKIKSG
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Structural Basis of Substrate Binding Specificity Revealed by the Crystal Structures of Polyamine Receptors SpuD and SpuE from Pseudomonas aeruginosa
pubmed doi rcsb
molecule tags Transport protein
source organism Pseudomonas aeruginosa
molecule keywords Polyamine transport protein
total genus 122
structure length 341
sequence length 341
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2011-09-15

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF13416 SBP_bac_8 Bacterial extracellular solute-binding protein
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3ttmA01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3ttmA02
4OMBA 1IQ7A 3C4MA 4KHZE 4YU0A 1USYH 3T9VA 1S9TA 3FGSA 1MY0A 3SEWA 4EXKA 2RINA 1D9YA 1B0HA 3RQTA 1A55A 3T93B 3H6VA 1JVXA 1BLFA 3TAJA 2UVHA 1UQWA 4R74A 4OFLA 2DP8A 4U21A 2F7CA 3U92A 2Y7IA 1A99A 2F8DA 5F7VA 4BDMA 1LSTA 5FTIA 4ZEIA 1B3HA 1Y4CA 1ZIUA 2G29A 4YICA 2DE4A 1LGBC 1SW4A 3OO6A 3H6TA 5KZTA 1P1WA 3K00A 1LFHA 1A8FA 4PFTA 1SBPA 3H4ZA 4DIGA 3CG1A 3HO7A 4POXA 4GQOA 1JW1A 3O6IA 1KWHA 2GFEA 2XD2A 1B9JA 3QAXA 1MH4A 1N7XA 1R9QA 3FATA 5CM6A 4DXBA 1BKAA 4FAJA 2QS1A 4KCCA 2DOJA 2REJA 4FECA 4OFOA 3BKIB 4F3BA 3T9XB 4R6KA 3QSLA 4ESXA 4ZZAA 1GVCA 4RJZA 1DMBA 3CI8A 2RC8A 1MRPA 2H4IA 3BFTA 3TTRA 1N3WA 5AA4B 4KQPA 3VVDA 4KYEA 4QSDA 3RT6B 3SEUA 3G7WA 1LAGE 2DSFA 4LQ2A 4NF8A 1B1XA 1XC1A 3JYRA 4R2BA 3KJTA 2AL4A 4U2RA 5KCJB 2YJPA 1B7ZA 1P1NA 3MWBA 4QSEA 4YMAA 1NNPA 1Y3QA 2YPNA 5H8SA 3KN7A 4F2OA 1B0LA 2V3UA 4GIZA 5ICTA 3VVEA 5KCJA 3TUSA 3TKDA 5H8NB 2F36A 3G3HA 3T66A 2F34A 3IOUA 3SDFA 4LZ7A 3I6VA 3PMVA 2IA4A 1R9LA 3CVGA 1N76A 5BWJA 4NTLA 1NL5A 4GRKA 3GBAA 1MG1A 4GL8A 3R26A 4AB6A 4TOZA 4F19A 1A8EA 5H8NA 1OIBA 2ESNA 1JETA 2Z22A 3S9MC 2F6PA 3M3LA 3THIA 5CRYA 1IZ1A 1JQFA 4P0IA 2QPQA 4QSCA 3IB0A 4GLIA 1IXIA 3VV5A 4WEDA 3ZKKA 3FVGA 3HPIA 3LUYA 1POTA 1MXUA 3TMGA 3OELA 4P11A 1NNKA 2P0SA 3KZGA 3TCFA 3WAFA 2XXXA 3K2DA 4N6PA 3IB1A 3S2VA 2Q89A 2O1MA 3QUJA 5L9MA 5I58B 1UTHA 1RKMA 4DXUA 3KFMA 5DVJA 2PVUA 1B7HA 1ZJLA 3JV9A 3DLNA 2DWHA 3RY3A 4GD5A 3B6TA 4RA1A 1FTKA 3PUYE 1B5JA 3TFLA 1ZLQA 2OWTA 4GVOA 4I62A 1B3LA 3MVYA 1LAFE 2A5TB 5I59B 1Z7ME 3BBRA 2O69A 3M3KA 4OQOA 4YKKA 4ND9A 5FHOA 1JEUA 3IOWA 3O6HA 3Q28A 3KEIA 4HCYA 1B52A 3ZKLA 3PD9A 4BLAA 3S4UA 1B40A 3FASA 1NFTA 3A3UA 3LR1A 3EPEA 1MY4A 3E9XA 3M3FA 1MXXA 2F78A 4XKRA 5ICQA 2DS9A 2PT1A 3HN0A 1OLAA 4F1YA 5DTBA 1DTGA 3Q29A 1US4A 3OD7A 1ZTYA 1URDA 4AQ4A 2ANJA 2AIXA 1UIVA 1MQHA 1VE4A 3H03A 4GOTA 3B6WA 2RF1A 3JZJA 4WEPA 2ZXTA 5BUUA 1HSEA 1OLCA 1PEBA 1AH5A 1T0KA 2O7UA 3SESA 1DPPA 3CFLA 1B3GA 3IO4A 3PV0E 5I2KB 1N0TA 4XXUA 2Z23A 3OENA 3BFUA 4NF5B 1BIYA 4IY5A 5HPQA 2I0CA 3ONMA 1O7TA 3TQWA 1OQHA 5AA2B 2HZLA 2D21A 3MUQA 2VD3A 2PT2A 2H98A 3O29A 3O2AA 1Y20A 5I2KA 2AL5A 4OXVA 2NVUB 4NF5A 4E0XA 3FXQA 4Z7EA 2HXWA 1ZU0A 4QFNA 1ZMGA 2X7PA 4ELRA 3UGWA 3TELA 2CMOA 4RYAA 2HAVA 1AOVA 4KYDA 1US5A 5CBSA 4U1OA 2ONSA 3EF7A 4XKPA 2DYXA 2HEUA 1RYOA 3KG2A 1D9VA 4JDFA 2ZYNA 3FV2A 4G68B 4IO4A 1Y3PA 5J1DA 1S50A 1MY1A 1P1UA 3MC2A 1M5EA 5L9OA 3PMWA 2I58A 1MXWA 3O6GA 2UVIA 3IR1A 2E0SA 1H44A 3H06B 3FD3A 3KOSA 4LVQA 4IY6A 4WXJA 5ITPA 4QFLA 5CMBA 4G2ZA 4EXLA 1SQYA 2GHAA 5LOMA 4F2QA 4F3SA 4KFQA 1MQGA 3MP1A 3PPNA 4RNSA 1P99A 1JNFA 2QS2A 3MPLA 5I84A 2HQ0A 3K02A 1NNFA 3N6TA 1F9BA 2R71A 4Q30B 4NEDA 4ZE8A 3WAEA 3IB2A 3B6QA 1FQDA 1OVBA 2B65A 4X48A 4G68C 3FXUA 2O7IA 1LB8A 1B51A 4PE5B 1UIUA 2XXHA 4YB7A 4F1VA 4L17A 2VHAA 2I48A 1DTZA 1SW2A 1FQBA 3G3IA 1FQCA 2XXYA 1D3KA 1O63A 3S9LC 3A3CA 4U22A 3LSXA 4I8CA 4JWOA 3EN3A 3CR9A 3IOVA 1VFEA 1IXGA 1S7YA 3FIRA 3K1PA 3PU5A 1FTMA 1YTVA 3IAZA 5K2YA 4POWA 4YKIA 4EQBA 4YB5A 3U93A 4YB6A 1FQAA 5KDTA 5TU0A 2H5YA 2V93A 2Z8EA 3MP8A 2ZMBA 3SEXA 4EQ7A 3TZAA 2O51A 2Q9TA 4Q5TA 2XD3A 4F18A 2RCBA 4HS7A 4NF8B 5ITOA 4IO5A 3E4RA 3UN6A 3GBBA 5DYHA 4OERA 4F29A 4N07A 2THIA 3U8QA 3V89B 4MFIA 3A09A 3RTFB 1J1NA 2NXOA 2I0BA 3QYTA 3GZGA 3K1MA 4MH5A 2UVGA 3PUWE 1PB7A 4I9DA 3O9PA 4WKMA 3LBSA 1LBCA 1Y4TA 1YPNA 1LLSA 2D5WA 4U4SA 2XXPA 3OO8A 3G3JA 5JEIA 2GHBA 1AIVA 4QFOA 1QULA 1MPCA 5A5XA 3FZVA 1N04A 1B3EA 4R73A 5F1QA 4ZEBA 3Q25A 3DELB 4DE8A 3VLWA 4P0GA 2H9BA 3EHSA 3TTNA 5CMMA 1Q1KA 3PD8A 1B32A 2DWIA 2Y7PA 3LSFB 3TTKA 3S9EA 1USYE 1OVTA 3K6XA 1CB6A 2UXAA 4ZZEA 3RTWB 2CZLA 3GXAA 2FA7A 4DLDA 3PUVE 1N84A 3I5OA 3HHGA 3VLUA 3ZSFA 1IIWA 3OO9A 4JSDA 3RN8A 3ECRA 1L5TA 4JXIA 1EU8A 1MS7A 2W7YA 1WODA 4OYVA 4C0RA 3MPKA 2V25A 4YAHX 3L6GA 4H6DA 3TPAA 4OWDA 1UTHB 4UACA 1QJMA 4GF8A 3DP4A 2RCAA 4DCXA 2XXTA 1R1NA 3SEYA 4IO6A 2P2AA 3CFXA 1MY3A 2LAOA 2X26A 4F39A 3QIMA 3MP6A 2OCUA 1SVXB 2I49A 4OZ9A 2QMXA 1B58A 3MVWA 1SD3A 2UYFA 2ZNSA 3SERA 2X7QA 1LCFA 1MXVA 2O1LA 2V3TA 3QXMA 3IL1B 3DP8A 2O6AA 5CC2A 1LCTA 2F97A 4TLMB 5ELVA 3TQLA 4ELQA 4QFKA 1D4NA 4FIMA 1VSOA 1IEJA 3U72A 4G8MA 2O84X 2HZKA 4GFRA 1MQIA 1A7LA 5AE4A 2HCAA 4QHQA 5DVIA 3CIJA 4F22A 2RC7A 5CI5A 4ZEKA 3KN3A 2NOOA 3C32A 2Q88A 3PUXE 3TDJA 3MBPA 4JWXA 4OETA 4IO3A 1MDP1 1HSJA 2QSXA 4U23A 3TODA 5JTYA 1NH8A 3S9NC 3MAMA 1NNTA 2DWAA 4OTEA 3OSQA 1YAEA 2ALUA 4LA9A 3K6VA 4MLQA 2M8CA 4K3FA 1POY1 2F5XA 1EH3A 4OFJA 2I3VA 3G3FA 3N6UA 1QW0A 4KD5A 1OQGA 3C31A 4RXLA 4H5FA 4KPTA 5CMCA 3F11A 3AXFA 3CSGA 3VDFA 2P1SA 1ZKBA 3CG3A 2GH9A 3UIFA 2FYIA 4FJPA 3E13X 4EF2A 4PQJA 3FUZA 1XOCA 2DWJA 2Z8DA 1I6AA 1PBPA 3O97A 4ISUA 2VGQA 1N3XA 1NMUA 2RKMA 3VFJA 4XTCQ 3E3KA 3K6WA 2Y7WA 2GRVA 1QUJA 1B5HA 3Q27A 3VLVA 4ESWA 1FTLA 4ZEDA 3N5LA 1SW5A 4LUBA 3USDA 3H3GA 4PFYA 1PBQA 3PPQA 3PPOA 3UORA 2RC9A 1M5FA 2Y7RA 1YCJA 4I1DA 1H45A 1B4ZA 5I2NB 1RYXA 1P1OA 3VXBA 1NH7A 3PPRA 1B05A 3C34A 1M5BA 5H8FB 3VXCA 1ELJA 5DEXA 4NF4B 2XXVA 3TTMA 4R6YA 3HSTA 1SYIA 5I2NA 1A40A 4GWOA 3SKPA 3TCGA 3OEMA 1B4HA 1TFAA 2NUVA 2QL3A 3MZBA 5H8QB 5H8FA 4GXAA 5L9SA 1JW4A 4NF4A 3TTLA 1ZBMA 1O64A 4C1UA 4FE8A 4ZEFA 1UTBB 5AA1A 4NWDA 3IJOB 1DOTA 5M2VA 2HAUA 5H8QA 2I3WA 4EUOA 3TEPA 3W9VA 3KBRA 2WKYA 2KLFA 4ZECA 4TLLB 1UTBA 4XIGQ 4IO7A 1M5CA 3PUZE 3FJMA 2ABHA 4O3BA 3IOTA 1JVYA 3EHUA 2PBWA 3FXRA 3LSLA 3C33A 3H6WA 3CSBA 1FTOA 1R6ZA 1BP5A 2OZZA 3T22A 4YKJA 4PETA 2AYSA 4N13A 1FTJA 5TPAB 4ELOA 2DE2A 1IXCA 3C36A 4G8NA 2I4BA 4O3CA 2BJJX 3UA8A 1XT8A 3U94A 1QVSA 5DVFA 4BDNA 1Y1ZA 2PX1A 1Y1MA 4H8IA 5TPAA 4LONB 1MXYA 2D3IA 3MVXA 4H5GA 4ONYA 1MPBA 4QFPA 2ZYMA 4HW8A 3PGFA 4NF6A 4H1XA 3LC8A 1B46A 3FV1A 5AA2D 4RK9A 4IGRA 4X1BA 1CE2A 3TYHA 1LBBA 4ECFA 1MH3A 5KDTB 4OESA 4G8HA 2QS4A 3V8XB 4BDRA 2B3BA 5EYFA 3ILUB 4DZ1A 4EQ9A 1JW5A 1LAHE 4GL0A 3KSXA 1B7UA 1EZOA 5H8HB 3RGYA 3KSJA 4XKNA 4IO2A 4BDLA 2XX7A 4OENA 2Q2CA 1HSLA 4NWCA 3MZ9A 4OVJA 4U4XA 1Y9UA 3G3GA 1AMFA 3RNNA 5B7DA 5H8HA 2ZNUA 1EZ9A 2Y7KA 2DXYA 4ZDMA 3FVKA 2R6GE 2REGA 1URGA 1SYHA 1LB9A 1TWYA 1QKAA 4MLVA 4E0WA 4C1TA 1LAXA 3EQ1A 1NKXA 3N94A 4YMBA 1TT1A 4QF9A 2FNCA 1LFIA 4KCDA 3OEKA 5EHMA 5HBCA 4YKPA 5A5XB 1P1QA 4PFWA 4OEUA 3ILTB 4JBZA 4M4GA 2H25A 3L6HA 3O28A 1I69A 4DDDA 3HV1A 5I57B 4OEVA 1I6BA 3N26A 4AB5A 4H0WA 4KI0E 5IKBA 4Q8RA 5AA4A 5FHMA 3VE1B 1XHYA 4JWYA 4HTGA 1Z7NE 2OLBA 4F3PA 3DP6A 2F6GA 3CRBA 4O3AA 5I57A 2QJEA 1H76A 3SEVA 3KOTA 4BDQA 4XKQA 3VVFA 1QKBA 2F7BA 3PPPA 4QRZA 3U1OA 2XXUA 1SI1A 4H8JA 2QS3A 2VD2A 2Y84A 3D4GA 1I6QA 4NMYA 3H6UA 1EZPA 3KGCA 3EHTA 4JB7A 2HFBA 2I6EA 1B2HA 2Z8FA 1TFDA 1Y3NA 3R6UA 1II5A 2UVJA 2V3QA 2XX8A 1WDNA 1FQFA 4H65A 3K4UA 1MQDA 2IEEA 1M5DA 1ATGA 3RLFE 1MM7A 2H99A 3V5AA 3QUFA 4YZZA 1H3DA 2G93A 1IITA 1MDQA 2OJTA 2F35A 1MM6A 3C35A 4H67A 4G77A 4R72A 1AL3A 3RPWA 1ANFA 3IJXB 4U1ZA 2QRYA 3O66A 4X9TA 4FEDA 4ZS9A 4UA8A 4KR5A 5JTYB 1FQEA 4Z0IA 4LZ8A 1GR2A 3DM0A 2OWSA 2PMSA 4OHNA 1SI0A 5I58A 1Q35A 1XS5A 2VP1A 2XX9A 3TCHA 1B3FA 3ZS6A 2ZYOA 4FEBA 1MQJA 3OO7A 1IUDA 4R2FA 3FJGA 1FCKA 5FTHA 1URSA 3D4CA 4LP2B 1FW0A 2A5TA 5I59A 5B70A 2DVCA 2I4CA 3MJNA 4G4PA 4IB2A 4HCWA 2DXRA 4RY1A 1QUIA 3CFZA 4LZ5A 1LFGA 1SDXA 2NWJA 5ISUA 3R7XA 2PYYA 4JSOA 2DQVA 2B3FA 5HM4B 3IX1A 3MVZA 1A54A 3LSWA 5L8DA 4GXSB 4F3GA 3OSRA 4LATA 2XXIA 1PB9A 2O68A 1GV8A 4LQ5A 3C9HA 4EDPA 2Q2AA 3IORA 1JEVA 5DEXB 4Q0CA 1DSNA 2Q8JA 5EHSA 3OOAA 3M8UA 1MXZA 3GLBA 3T9UA 1QUKA 4FORA 5FHNA 2A5SA 1B6HA 4M1VA 4TQUQ 3IO6A 5DT6A 3T9HB 1H43A 3IK6B 4RPNA 5I56B 2VOZA 3MZ1A 4DXCA 3W9WA 2R9JA 3KN8A 1N7WA 3UK4A 1VR5A 2UYEA 5AA2A 2XHDA 4ZE9A 4F1UA 4F31B 1MY2A 1IXHA 2ZYKA 2XXQA 5I56A 1PC3A 1PDAA 1GGGA 4MF3A 1XVXA 3B7DA 3HHFA 2YLNA 1PB8A 3P7IA 4ELPA 1OMPA 3UP9A 4R9GA 3SETA 4BDOA 2DVZA 2ONKE 4X1DA 3ODBA 3HCQA 3V83A 1WVJA 1SW1A 2DE3A 2F7AA 2XXWA 3G3KA 4FATA 3PMXA 3MW0A 4DCYA 4RK2A 5K2XA 5TP9B 4R6HA 4THIA 3FVOA 2XXRA 3W15C 4G68A 3KJ7A 1MPDA 2ONRA 4R9FA 1GTKA 2OK2A 1VFDA 3H7MA 3K0VA 1B5IA 2QMWA 3I3VA 5TP9A 3RUMA 3K6UA 3FVNA 5AA3A 3QK6A 1DPEA 2E1SA 4PFUA 4EF1A 4IGTA 4PP0A 3FJ7A 1TXFA 3T96B 5JK4A 4NF6B 3OMBA 4NE4A 3Q26A 4MBPA 4R75A 3K1NA 3RT8A 2OBGA 4KYSA 3MQ9A 2ZNTA 5CBRA 3OXNA 1B1HA 3K01A 4RPOA 1BTJA 2V84A 5IAIA 5CMKA 1XVYA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4OMBA 1IQ7A 4P47A 3C4MA 4KHZE 4YU0A 1USYH 3T9VA 1S9TA 3FGSA 1MY0A 3SEWA 3D1RA 4EXKA 2RINA 4I40A 1D9YA 1B0HA 3RQTA 1A55A 3T93B 3H6VA 1JVXA 1BLFA 3TAJA 2UVHA 1UQWA 4R74A 4OFLA 2DP8A 4U21A 3SZPA 2F7CA 3U92A 2Y7IA 1A99A 2F8DA 5F7VA 1CNQA 2XXKA 4BDMA 1LSTA 5FTIA 4ZEIA 1B3HA 1Y4CA 2ZZVA 1ZIUA 2G29A 4GWXA 4YICA 2WBDA 2DE4A 1LGBC 1NI9A 1SW4A 3OO6A 3H6TA 5KZTA 1P1WA 3K00A 1LFHA 2HXRA 1A8FA 3KC0A 4PFTA 1SBPA 3H4ZA 4DIGA 3CG1A 3HO7A 4POXA 5I3SA 4GQOA 1JW1A 3O6IA 1KWHA 2GFEA 4MCOA 2XD2A 1B9JA 3QAXA 1MH4A 1N7XA 1R9QA 3FATA 5CM6A 4DXBA 1BKAA 4FAJA 2QS1A 3NOHA 4KCCA 2DOJA 2F3DA 2REJA 4FECA 4OFOA 3A29A 3BKIB 4F3BA 3T9XB 4R6KA 3QSLA 4ESXA 4ZZAA 1GVCA 4RJZA 1DMBA 3CI8A 4FBPA 2RC8A 3MSTA 1MRPA 2H4IA 3BFTA 3TTRA 1N3WA 5AA4B 4KQPA 3VVDA 4KYEA 4QSDA 3RT6B 3SEUA 3G7WA 1LAGE 2DSFA 4LQ2A 4NF8A 1B1XA 1XC1A 3JYRA 4R2BA 4GWWA 3KJTA 2AL4A 4U2RA 3PTYA 5KCJB 2YJPA 1B7ZA 1P1NA 3MWBA 4QSEA 4YMAA 1NNPA 1Y3QA 2YPNA 5H8SA 3KN7A 4F2OA 1B0LA 2V3UA 4N17A 4GIZA 4NHBA 5ICTA 3VVEA 1VDWA 4N15A 5KCJA 3TUSA 3TKDA 5H8NB 2F36A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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