3TTMA

Crystal structure of spud in complex with putrescine
Total Genus 122
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
122
sequence length
341
structure length
341
Chain Sequence
DNKVLHVYNWSDYIAPDTLEKFTKETGIKVVYDVYDSNEVLEAKLLAGKSGYDVVVPSNSFLAKQIKAGVYQKLDKSKLPNWKNLNKDLMHTLEVSDPGNEHAIPYMWGTIGIGYNPDKVKAAFGDNAPVDSWDLVFKPENIQKLKQCGVSFLDSPTEILPAALHYLGYKPDTDNPKELKAAEELFLKIRPYVTYFHSSKYISDLANGNICVAIGYSGDIYQAKSRAEEAKNKVTVKYNIPKEGAGSFFDMVAIPKDAENTEGALAFVNFLMKPEIMAEITDVVQFPNGNAAATPLVSEAIRNDPGIYPSEEVMKKLYTFPDLPAKTQRAMTRSWTKIKSG
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Structural Basis of Substrate Binding Specificity Revealed by the Crystal Structures of Polyamine Receptors SpuD and SpuE from Pseudomonas aeruginosa
pubmed doi rcsb
molecule tags Transport protein
source organism Pseudomonas aeruginosa
molecule keywords Polyamine transport protein
total genus 122
structure length 341
sequence length 341
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2011-09-15

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF13416 SBP_bac_8 Bacterial extracellular solute-binding protein
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3ttmA01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3ttmA02
4POXA 2FNCA 3CFXA 1LAHE 3VDFA 4F31B 3MZ9A 5KZTA 2ANJA 3FIRA 3IO6A 3QUJA 2XXVA 5L9SA 1S50A 1B7ZA 4H0WA 4QSEA 4GVOA 1UIVA 3U72A 1O63A 1PEBA 3H06B 3T22A 1MQHA 2M8CA 5I57A 1A8FA 3HN0A 4YKJA 4XTCQ 4HW8A 4EDPA 1IZ1A 2DWJA 1NNKA 3UK4A 3DELB 5FHOA 2H4IA 2Z8FA 3D4GA 2ZYMA 4RXLA 2RCAA 1ZIUA 1OLAA 3ILTB 3SEYA 1PBQA 3HV1A 3VLVA 5JK4A 2DE2A 3C31A 3TCHA 2I0CA 1MH4A 3LSFB 5CRYA 4Q0CA 5A5XB 3TMGA 1QW0A 3MP6A 4GL8A 3BFUA 4RPNA 4BDRA 1JETA 3SEWA 2REGA 1LLSA 1EZ9A 3TDJA 3K2DA 4PFYA 1B58A 2DWAA 3BKIB 5AA1A 3RY3A 3JZJA 3VVFA 2VD3A 4DDDA 1JVYA 3MZBA 3FZVA 3G3FA 3E4RA 1N84A 2XXRA 4C1UA 1JVXA 3O2AA 1HSEA 5H8HB 1POY1 1GVCA 1PBPA 3TQWA 4Z0IA 3B6QA 2DYXA 5ITOA 5EYFA 3KG2A 1N7XA 3S9LC 3O6IA 4OHNA 4LQ5A 1P1UA 3UORA 2RC8A 2GHBA 2Z22A 4XKPA 1FTOA 1MY3A 4G77A 4O3CA 4HTGA 1VFDA 2NVUB 2UVJA 3H03A 3O9PA 2QPQA 1CB6A 2PBWA 2Y7PA 1M5CA 3C34A 2DVCA 1MXZA 3LSWA 1YTVA 1JW1A 1AIVA 4NTLA 1IQ7A 5ICTA 4MH5A 3K1PA 4FORA 1XVXA 3HO7A 5I57B 3O29A 4NF5A 3DP6A 5AA2B 5H8FA 4F2QA 3KEIA 4JSOA 4MBPA 3WAEA 1Q35A 4DLDA 1MXWA 2ZYOA 5DVIA 2CZLA 2I0BA 3MJNA 2CMOA 3ODBA 4ZS9A 1O7TA 3IOUA 4FIMA 3OSQA 3TAJA 4QFNA 4RYAA 4OTEA 3OO7A 1TFDA 1SDXA 1UQWA 2HZLA 1F9BA 1FTJA 3VVEA 3V83A 1MQIA 2ONRA 1UTBA 1MQDA 4U1ZA 4F39A 1HSLA 2H98A 3DP8A 4PFWA 2F8DA 4LQ2A 3C33A 2W7YA 3PUWE 1MPBA 4NF6A 3QIMA 4X9TA 1BP5A 3KOSA 4U22A 3OMBA 5DVJA 1Y9UA 3AXFA 4GWOA 4OFLA 4WEDA 1B4ZA 3GBBA 5FHMA 1QKBA 1JEUA 1SI0A 5H8SA 5B70A 1SD3A 4DZ1A 3VVDA 4XXUA 3ZKLA 4OERA 4KFQA 2XD2A 3CRBA 2X7PA 4IO2A 3ONMA 3SERA 1N7WA 3MWBA 3KSJA 1R9QA 3MVZA 2VGQA 1PDAA 1B3FA 4MLVA 2OWTA 2ZXTA 4R75A 3PUZE 3FVGA 1B9JA 1B3HA 2ZNTA 4AB5A 4F29A 3ILUB 3PUVE 3FVNA 3FGSA 3CFLA 2XXTA 3CIJA 4NF5B 3FXUA 1SW2A 1MS7A 5H8FB 3GBAA 1YAEA 4E0WA 4ZDMA 4P0IA 1I6BA 1NFTA 1Z7ME 4XKQA 3RPWA 1FW0A 3TYHA 2QS4A 4GRKA 3VXBA 5ITPA 3LUYA 5CM6A 4OEVA 1B3GA 2O69A 4R6KA 4LUBA 4XIGQ 1SW1A 4EXLA 3H6VA 3U1OA 3M8UA 1ZTYA 3B7DA 3PPNA 1S9TA 1UTBB 4FATA 3OO9A 3H3GA 3TKDA 3T66A 1NKXA 3M3KA 3IOWA 2O7IA 3FXRA 3PPPA 2I58A 2QS3A 3MZ1A 1T0KA 5FTHA 3TELA 2QS2A 1LCFA 1LBBA 1II5A 3K1MA 5DVFA 5CC2A 3KN3A 3E13X 4OXVA 4HCYA 4BDMA 4N07A 4GOTA 4Q30B 3LSLA 4EQBA 4OQOA 3FVKA 1TXFA 1ATGA 1QKAA 4GXAA 2VHAA 4JB7A 3EHTA 5KDTB 1B5HA 3FJ7A 5CMMA 4OFOA 1P1WA 1A55A 3V5AA 3QSLA 4QSDA 1WDNA 3CVGA 4R9GA 2V93A 2QL3A 4MLQA 3O6GA 3RTFB 3PU5A 4EXKA 3S2VA 3Q28A 1XC1A 1MY0A 4NF4A 3EN3A 3TTLA 4KPTA 2YJPA 3G7WA 2P1SA 4ISUA 4C1TA 3T96B 3OEKA 1ZLQA 4RJZA 4F18A 2F78A 1B7HA 4IY5A 2F5XA 2XX9A 2XXYA 3Q26A 1S7YA 3MVYA 1DOTA 2HZKA 4ZEFA 1DMBA 3N6UA 2D21A 1RYOA 4M1VA 3DM0A 1LB8A 4IO5A 4EF2A 3MAMA 5BUUA 2O68A 5I58B 3C36A 1EU8A 2ABHA 1XVYA 4Z7EA 2AL5A 2XX7A 4NMYA 2FA7A 2UVGA 3MQ9A 3B6WA 3RUMA 1LAGE 5CMBA 3N6TA 3MW0A 4LZ8A 4G68A 4U4SA 4H67A 2DOJA 2BJJX 3GZGA 1TWYA 4NWDA 1EZOA 5DTBA 4F3GA 4BDNA 1XS5A 4LONB 4KYDA 1OLCA 4H1XA 3PPQA 4WEPA 5FHNA 5IKBA 1IITA 4GLIA 4AQ4A 3DLNA 1B3EA 2GFEA 4MFIA 1N04A 2DP8A 4U23A 4RNSA 4RA1A 4ELOA 3G3JA 4H5FA 3LC8A 5AA2A 3C4MA 1R9LA 4QFKA 2PMSA 2NUVA 4F1VA 1Y3PA 1LFIA 2F6PA 3KJTA 4ZE9A 3WAFA 3VXCA 1SVXB 2QSXA 1BTJA 1B5JA 4EQ7A 2R9JA 1LBCA 3EQ1A 4R74A 2O6AA 3H6WA 3ZKKA 4OZ9A 4YMAA 4YB6A 1OQHA 2R6GE 2Z8EA 3Q25A 1JW4A 3OOAA 1LFHA 3PMXA 4F2OA 4H65A 3G3HA 5J1DA 1GGGA 1H3DA 3HCQA 4NF4B 4E0XA 4Q8RA 5CMKA 1B5IA 4R9FA 3M3LA 5I84A 3P7IA 1VE4A 4YMBA 3GLBA 2QS1A 2YPNA 2I48A 1MY4A 2AL4A 1RKMA 1OMPA 1EH3A 3K02A 2V3TA 4FE8A 1PB8A 1FTKA 3S9MC 2DE3A 1B1XA 3K00A 3MPLA 1UIUA 5M2VA 4BDQA 3L6GA 3S9EA 3KGCA 3RTWB 4KQPA 3OXNA 2D3IA 3A3UA 3A09A 1LAFE 4I1DA 4YKIA 1BLFA 3TQLA 3HSTA 3LBSA 2XXIA 1TFAA 2Q88A 4U2RA 2HAUA 2XD3A 4JWYA 3JYRA 2UVIA 2UYEA 3UGWA 5I59A 1US4A 4G68B 1DTGA 2G29A 4KYEA 2REJA 2RC9A 4R2BA 4XKNA 2ALUA 3FATA 1YPNA 3KSXA 1SYIA 3A3CA 2H25A 2XXQA 5BWJA 2QMXA 5F7VA 1USYH 5CBSA 3K0VA 1L5TA 1LB9A 3IX1A 4QRZA 3D4CA 2HCAA 3EHSA 3RN8A 4KI0E 3K1NA 2ESNA 2I3WA 1LCTA 4ZEKA 1H76A 3CI8A 2X7QA 3N5LA 3ZSFA 5HPQA 4IB2A 2AYSA 4DXCA 2OZZA 3B6TA 2V3QA 1H43A 1QULA 4F1YA 3TZAA 2DWHA 3UA8A 4ELRA 1B46A 2HEUA 3LR1A 3TTMA 3N26A 3QUFA 2FYIA 4RY1A 4X48A 4JBZA 3RQTA 2O7UA 3OEMA 1OVBA 3U92A 1DPPA 1YCJA 4JXIA 4POWA 2ZYKA 3CG3A 5JTYB 3PPRA 1B52A 1FQEA 3QYTA 1MQGA 4H8JA 1M5EA 2H5YA 5IAIA 1P1OA 1IXGA 2GHAA 1D9YA 4ZZEA 4BLAA 2GH9A 4JWXA 1NMUA 2F36A 3IORA 4TLMB 5KDTA 3KOTA 2Q2CA 4HS7A 1A7LA 1I6QA 4NWCA 4YZZA 3S4UA 1QUIA 4YU0A 1J1NA 3RT8A 4JWOA 1QUKA 2O1MA 4F3SA 1A99A 2DWIA 2XXHA 1BKAA 1P1QA 3C9HA 3SEXA 5CBRA 5I59B 4ONYA 3IB1A 5H8NA 3R7XA 4EQ9A 2HXWA 2V84A 3IJOB 1UTHB 3U94A 4ELPA 1LGBC 2RKMA 4K3FA 3BFTA 4BDOA 4QFOA 1IXCA 1URDA 1WODA 5TP9A 2V3UA 4Q5TA 3MVWA 2RC7A 5TU0A 1FCKA 2Z8DA 4DIGA 5I58A 3IOVA 1O64A 2XXPA 3MP1A 2F7BA 5TPAA 3H7MA 3IL1B 1ZKBA 2OWSA 3N94A 4R6YA 4ELQA 2Q89A 3IO4A 4F22A 2PVUA 4DCXA 4EUOA 3RT6B 3EHUA 4OFJA 4PP0A 4QFPA 4F3BA 1D4NA 2IA4A 2I4BA 1ELJA 1FTMA 4O3AA 4PQJA 5JEIA 4ESWA 4QHQA 4GFRA 2H99A 3UN6A 1NL5A 2AIXA 1JNFA 4R6HA 1SQYA 3VLUA 4KCDA 1N3XA 1B3LA 1ZBMA 4BDLA 1SYHA 1FQDA 2Q9TA 3G3IA 2F7CA 1MG1A 3QK6A 2I49A 1ZMGA 1FTLA 3QAXA 4G2ZA 1A54A 1B6HA 4G4PA 4OVJA 3T93B 4LA9A 4G8HA 2E1SA 1NNTA 4TLLB 3IJXB 5I2NB 3HPIA 5K2YA 1MQJA 1MH3A 2KLFA 2O84X 1GV8A 1A8EA 4IO3A 1I69A 4PETA 4U21A 3I5OA 3K6VA 2HAVA 3VLWA 4N13A 2F35A 3CSGA 1B1HA 1MXXA 2F6GA 3OO8A 2DVZA 5EHMA 3O97A 3T9XB 4I62A 4R72A 3FVOA 3EF7A 5H8NB 3PUYE 4FJPA 2B3BA 4WKMA 2ZMBA 4LATA 1URGA 3SESA 3QXMA 3S9NC 1ANFA 2VOZA 2HQ0A 5TP9B 1VFEA 4DXBA 2I3VA 3VFJA 3FUZA 2E0SA 2PX1A 3G3KA 1XT8A 3SETA 5KCJA 1Y3NA 2D5WA 1SBPA 4YB5A 1FQCA 2RCBA 2IEEA 3SKPA 2QRYA 3U93A 5TPAB 4PFTA 3PGFA 5K2XA 5AA3A 1MXYA 1Y4TA 4G8NA 4ZEDA 2F7AA 3TEPA 4EF1A 3CSBA 2WKYA 3FJMA 1GR2A 1I6AA 1MRPA 2XXUA 4OENA 4X1DA 4ZEIA 4NE4A 2I6EA 3LSXA 2O51A 1D3KA 4IO6A 1Y1MA 4XKRA 1US5A 3RNNA 3R6UA 2A5TB 3I3VA 1R6ZA 3U8QA 1Y1ZA 1B05A 1USYE 3VV5A 4FEDA 4GF8A 5L9MA 3MUQA 1PB7A 3E3KA 4HCWA 2OBGA 3UIFA 3R26A 4ECFA 4O3BA 4OEUA 1MY2A 3OELA 2Y7KA 1GTKA 2O1LA 4QFLA 3V8XB 1DSNA 2OCUA 1URSA 3FV1A 4GXSB 3GXAA 1MPDA 4ESXA 3O28A 2DXRA 5EHSA 4AB6A 4YAHX 3TPAA 3IB0A 3OENA 2GRVA 5JTYA 3OO6A 2R71A 5ISUA 1SW5A 4FEBA 1QVSA 4FECA 3SDFA 3G3GA 3K6UA 4NF8A 5DEXA 1QJMA 4YICA 3TUSA 3H4ZA 3PV0E 1ZJLA 2UXAA 3K6WA 4UA8A 3MPKA 1NNFA 1KWHA 4NEDA 4GQOA 4U1OA 3FXQA 3M3FA 3IR1A 5KCJB 1IXIA 4KD5A 5AA4A 4THIA 3ZS6A 2LAOA 2Z23A 2ONSA 5I2KB 1TT1A 3I6VA 2Y7WA 1Z7NE 4ND9A 4IO7A 5I56A 3MVXA 3H6TA 3TODA 4LZ5A 2UYFA 4GD5A 2G93A 2F34A 1MM6A 1ZU0A 4DCYA 1UTHA 1MM7A 3TTRA 2H9BA 3KN7A 4H8IA 4KHZE 1FQBA 1AOVA 3DP4A 3E9XA 1FQAA 1B2HA 3L6HA 2DE4A 4OWDA 1H44A 3O66A 3F11A 4JDFA 4R73A 2QMWA 3HHGA 2NWJA 1POTA 1RYXA 4PFUA 3V89B 2Y7RA 4L17A 4WXJA 1MDP1 3BBRA 3UP9A 1XOCA 4DE8A 2RINA 3C32A 4MF3A 3H6UA 1Y4CA 3CG1A 3PPOA 5HBCA 1B0HA 3C35A 2DSFA 3K01A 4RK9A 5B7DA 2B65A 3PUXE 1OVTA 1MDQA 1IXHA 4IGTA 4ZECA 4YKPA 3THIA 4RK2A 1M5FA 2RF1A 3O6HA 4C0RA 2Y84A 4KCCA 5AE4A 4IY6A 3Q29A 4QSCA 2OJTA 1Y3QA 4TOZA 2NOOA 3RGYA 3EPEA 4NF8B 2DQVA 1P99A 2DXYA 3ECRA 5DEXB 4LP2B 1IIWA 1WVJA 4I9DA 4OMBA 5LOMA 4F1UA 3W9WA 5I2NA 1AL3A 2B3FA 2Q2AA 4IGRA 1JQFA 1MXVA 3FJGA 4G68C 2Q8JA 1B40A 2YLNA 3FD3A 1N3WA 5AA4B 4I8CA 1D9VA 2XX8A 4RPOA 3MP8A 3K6XA 1OQGA 3OD7A 5HM4B 4YB7A 1N76A 3PD9A 5I56B 1BIYA 3Q27A 1M5BA 2ZYNA 5CI5A 2P2AA 2ZNUA 2DS9A 4OETA 3IB2A 3KN8A 1MXUA 2Y7IA 3KFMA 1DPEA 1LAXA 2XHDA 4YKKA 1B51A 4DXUA 1B32A 4KR5A 3W15C 1JEVA 1IEJA 3T9VA 5FTIA 5H8QA 1Y20A 4ZEBA 3IK6B 4G8MA 1Q1KA 5DYHA 3TTKA 3HHFA 1A40A 1B0LA 4FAJA 3CFZA 2HFBA 4OESA 1PC3A 5AA2D 4F3PA 3T9UA 3TCGA 3MBPA 1LFGA 4QF9A 4U4XA 3KZGA 4ZZAA 2NXOA 2XXXA 4JSDA 1SW4A 3KJ7A 1B4HA 1M5DA 3SEUA 3USDA 1PB9A 5L9OA 5F1QA 4PE5B 4R2FA 1AH5A 4P0GA 2A5TA 4M4GA 1IUDA 1LSTA 1AMFA 2ONKE 4P11A 1R1NA 3TCFA 1B7UA 1HSJA 4H6DA 2PT1A 1DTZA 1NH8A 3W9VA 4N6PA 3VE1B 3OSRA 3T9HB 3PMVA 2VD2A 3JV9A 1CE2A 1VR5A 2OK2A 1MPCA 4NF6B 1H45A 2A5SA 4TQUQ 3PMWA 1JW5A 1NNPA 2V25A 4LZ7A 2ZNSA 2VP1A 3MC2A 2UVHA 3SEVA 5A5XA 1OIBA 1QUJA 3K4UA 1NH7A 2OLBA 2F97A 4X1BA 5CMCA 2P0SA 1N0TA 2QJEA 1VSOA 4OYVA 4H5GA 3KBRA 3IOTA 4GIZA 3TTNA 2PT2A 5L8DA 2THIA 5ICQA 3PD8A 2X26A 4KYSA 3TFLA 1FQFA 2XXWA 3CR9A 4LVQA 1SI1A 5ELVA 4IO4A 4ZE8A 4UACA 5DT6A 3RLFE 3FV2A 3FASA 1P1NA 5H8QB 5H8HA 2I4CA 5I2KA 4GL0A 1MY1A 4F19A 1EZPA 1XHYA 3IAZA 2PYYA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4POXA 2FNCA 4QXDA 3B8BA 3CFXA 1FPDA 1LAHE 3VDFA 4F31B 5F24A 3MZ9A 4NGUA 5KZTA 2ANJA 3FIRA 3IO6A 3QUJA 2B4MA 4N17A 4GBVA 2XXVA 5L9SA 2WYPA 1S50A 1B7ZA 4H0WA 4QSEA 2ZZWA 1IMAA 4GVOA 1EYJA 1UIVA 5ET6A 3U72A 1O63A 1PEBA 3H06B 4NAPA 3T22A 1MQHA 5LDZA 5DW8A 2M8CA 5I57A 1A8FA 3HN0A 4YKJA 4XTCQ 4HW8A 4EDPA 1IZ1A 2DWJA 1NNKA 1NV7A 3UK4A 3DELB 5FHOA 2H4IA 2Z8FA 3D4GA 2ZYMA 4RXLA 2RCAA 1ZIUA 1OLAA 4GX6A 3ILTB 3SEYA 1PBQA 3HV1A 3VLVA 5JK4A 2DE2A 3C31A 4OVQA 3TCHA 2I0CA 1MH4A 3LSFB 5CRYA 1FPLA 5I3SA 4Q0CA 5A5XB 1NV1A 3TMGA 1QW0A 3MP6A 4GL8A 3BFUA 4RPNA 4BDRA 1JETA 3SEWA 2REGA 1LLSA 1EZ9A 3TDJA 3K2DA 4JVCA 4PFYA 1K9ZA 1B58A 2PFZA 5EYHA 2DWAA 3BKIB 2KR0A 5AA1A 3RY3A 4PAFA 5EQ9A 3JZJA 3VVFA 2VD3A 4O94A 4DDDA 1JVYA 3MZBA 3FZVA 3A29A 4AS5A 3G3FA 3E4RA 1N84A 2XXRA 4C1UA 1JVXA 3O2AA 1HSEA 1NUXA 3RYDA 5H8HB 1POY1 1GVCA 1PBPA 3TQWA 4Z0IA 3B6QA 2DYXA 5ITOA 5EYFA 3KG2A 1N7XA 3S9LC 3O6IA 4OHNA 4LQ5A 1P1UA 2QFLA 3UORA 2RC8A 2GHBA 2Z22A 2HHMA 4XKPA 1RDYA 1FTOA 1MY3A 4G61A 4G77A 4O3CA 4HTGA 1VFDA 2NVUB 2UVJA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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