3TUSA

Crystal structure of c-lobe of bovine lactoferrin complexed with meta-hydroxy benzoic acid at 2.5 a resolution
Total Genus 108
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
108
sequence length
345
structure length
341
Chain Sequence
YTRVVWCAVGPEEQKKCQQWSQQSGQNVTCATASTTDDCIVLVLKGEADALNLDGGYIYTAGKCGLVPVLAENRKSSKHSSLDCVLRPTEGYLAVAVVKKANEGLTWNSLKDKKSCHTAVDRTAGWNIPMGLIVNQTGSCAFDEFFSQSCAPGADPKSRLCALCAGDDQGLDKCVPNSKEKYYGYTGAFRCLAEDVGDVAFVKNDTVWENTNGESTADWAKNLKREDFRLLCLDGTRKPVTEAQSCHLAVAPNHAVVSRSDRAAHVEQVLLHQQALFGKNGKNCPDKFCLFKSETKNLLFNDNTECLAKLGGRPTYEEYLGTEYVTAIANLKKCSLEACAF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Crystal Structure of C-lobe of Bovine lactoferrin Complexed with Meta-hydroxy benzoic acid at 2.5 A Resolution
rcsb
molecule keywords Lactotransferrin
molecule tags Hydrolase
total genus 108
structure length 341
sequence length 345
ec nomenclature ec 3.4.21.-:
pdb deposition date 2011-09-18

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00405 Transferrin Transferrin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3tusA01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3tusA02
3QXMA 2DYXA 3G7WA 5I84A 2O1MA 2PVUA 3IORA 1B05A 4KR5A 1YTVA 1B52A 2FA7A 1MM7A 3MPLA 1H3DA 1AIVA 3MPKA 3UA8A 3MP1A 3OOAA 1B3EA 2QPQA 5DVIA 4F2OA 2XXWA 5H8HB 2H4IA 2V3UA 1NFTA 4YB5A 1SW4A 2O51A 3TQWA 1LSTA 4PQJA 1XC1A 1P99A 1B7UA 2H99A 3LSXA 3KGCA 5DVFA 2DWAA 3FGSA 5B7DA 5L9SA 3C36A 3N6TA 2O7UA 3RUMA 1PBPA 3ZKKA 3MJNA 2I6EA 3TCFA 4R74A 3K6WA 4GOTA 1T0KA 2OBGA 3Q26A 4NF8A 4P11A 2DXRA 1IUDA 3OO9A 1URGA 5DEXB 3N5LA 5JTYB 4IY6A 1R9LA 2XXTA 2XD2A 3MP6A 3FXUA 1D9VA 1BKAA 4P0IA 1XVXA 1SYIA 1HSEA 1N3XA 1N04A 5M2VA 2DVZA 1UIVA 2P0SA 5J1DA 4QFLA 2UVIA 2F7CA 1O63A 3V83A 3W9VA 3D4CA 2HFBA 3EQ1A 3QSLA 3IB2A 3LR1A 4F31B 1POY1 4JWXA 1Y9UA 4QFNA 4EXKA 2PT1A 3USDA 3H6UA 3I6VA 4MBPA 3RN8A 1NH7A 1NMUA 3PMVA 1XS5A 4F3SA 3H4ZA 5AA4B 5CBSA 4ISUA 3TELA 4KI0E 3HHGA 4IO7A 1Y1MA 2Z8EA 4PP0A 1XVYA 5H8QA 4ZEBA 5FHOA 1R6ZA 2RC7A 4O3BA 4U23A 5BWJA 1B46A 4NTLA 4NWCA 1Y1ZA 1II5A 3PPQA 2PYYA 2CMOA 5I2NA 5AE4A 2Q9TA 3PGFA 3PUVE 3CR9A 4FORA 2REJA 1VFEA 1YPNA 3S9MC 1USYE 2I58A 1NNKA 1UTBB 5B70A 1OQHA 4HTGA 1LAFE 1H45A 2B3BA 1P1QA 5I58A 3TCHA 3KOSA 4HW8A 3QUFA 1MS7A 3OD7A 3SKPA 1M5FA 2O69A 1N76A 2DE3A 3IOVA 1N84A 3O28A 2QSXA 3C9HA 1US5A 3CSBA 3K00A 1UIUA 2DWIA 1VSOA 4DCYA 4F3BA 3SEUA 2YPNA 2ONRA 4KYDA 2DE4A 4EQ7A 1B40A 5I57B 2QS2A 5A5XB 5KDTB 2YLNA 4QFKA 3O2AA 1EZ9A 2QJEA 1US4A 1B0LA 3LSFB 4LQ5A 4RJZA 2UYFA 3IOTA 3UN6A 1MXVA 2DE2A 5H8HA 2P1SA 3B7DA 2ESNA 2LAOA 3UGWA 1P1NA 2RF1A 2UXAA 4JB7A 4G8NA 4IO3A 2ONSA 2AL5A 2H25A 3IR1A 5ICQA 1B9JA 4EQBA 3H6VA 2BJJX 5LOMA 1NH8A 1JW5A 2AL4A 3B6QA 3PPRA 3BFUA 2Q89A 1BTJA 3DP6A 1SI0A 3MZ9A 2F97A 1Y3NA 3PPPA 3TYHA 3FV2A 1IXIA 3O6IA 4XKRA 4IGRA 4THIA 4FAJA 3UIFA 5DEXA 2NOOA 5I56B 4R6YA 1FTJA 4NF4B 4H67A 4YMBA 5I59B 3VV5A 3WAEA 4DE8A 4PFUA 3TODA 3CVGA 1NNPA 2DQVA 2QMXA 4GVOA 4QSCA 4AQ4A 3PUWE 1MY3A 2UYEA 3H03A 1LB8A 2YJPA 1H44A 3P7IA 4EF2A 1QVSA 3FUZA 3OO6A 3Q28A 3QK6A 1OVBA 1HSJA 3RT6B 4ZE9A 3LSWA 3LC8A 2OJTA 3N94A 1B7HA 4M4GA 1A54A 3CG3A 3TKDA 4HS7A 4X1DA 1L5TA 3PV0E 1MY4A 2F7AA 4OVJA 4L17A 4OETA 4U4SA 1P1OA 3KBRA 4NF5B 2RKMA 4FJPA 3EF7A 5CMKA 2AIXA 2F6GA 4PFTA 1EH3A 2F6PA 4X1BA 2F34A 3DM0A 2Q8JA 3HSTA 3FVOA 4QSEA 4NMYA 1MH4A 3K4UA 3G3IA 1DSNA 1B32A 3R26A 4U1ZA 1O7TA 3RPWA 4E0XA 3QIMA 4R72A 2QL3A 3QYTA 1FQDA 3UORA 2Y84A 1B4ZA 4F1YA 4G77A 1S7YA 3RLFE 5AA2B 3T22A 3VXBA 1MQHA 4Q8RA 4H5FA 2F5XA 2HEUA 3IO6A 4OXVA 5FTIA 1A8FA 1DTGA 1MG1A 2XXHA 4GXSB 3T96B 3OELA 3HCQA 4RXLA 4DCXA 1JQFA 3FXQA 3KJTA 4KCDA 1M5DA 4Z7EA 5KDTA 1AMFA 5A5XA 3T9HB 4F19A 4PETA 1LGBC 3IK6B 1URDA 4OERA 1PDAA 2UVJA 4ZECA 1M5BA 1B5IA 3VXCA 4BLAA 3OO8A 5TP9A 2HXWA 4EXLA 3RY3A 4YICA 2B3FA 4EUOA 4NF6B 4RYAA 1OQGA 2M8CA 3HO7A 5CBRA 3C31A 2Z22A 4YKPA 3GXAA 1OIBA 1B1XA 1GVCA 4WEPA 2Z8FA 3W9WA 2Y7WA 1AL3A 3IOWA 2FNCA 1PBQA 5I2KB 2ZYMA 2GFEA 4I9DA 3Q27A 4F39A 4QSDA 3RTWB 2HQ0A 1ATGA 1Y4CA 2H98A 5TPAB 5CMBA 1D3KA 1B3GA 5CMCA 4JBZA 3MVYA 2ANJA 4GD5A 1Q35A 3G3JA 4LZ7A 3CI8A 3M8UA 2VP1A 1SDXA 1ZBMA 2PMSA 3KJ7A 3K01A 4R6KA 4F22A 3S2VA 1USYH 2G29A 2OWSA 3IB1A 1RYOA 3FD3A 1MY2A 1LAGE 2QMWA 3KFMA 3PPNA 5FHMA 3FVNA 1B1HA 4POWA 1QUKA 1D9YA 3SETA 1RKMA 1S50A 3PD9A 2OK2A 1LFGA 4M1VA 3AXFA 4XKNA 2XXQA 2Y7PA 4KHZE 4NF5A 1A40A 4N13A 3I3VA 4O3AA 4MFIA 4OESA 3TTLA 1URSA 2PBWA 4F29A 3S4UA 1LLSA 3ZS6A 2HZKA 1DPEA 1CB6A 4OMBA 1OLAA 2OWTA 3VFJA 4PFWA 1MY0A 1I6BA 2XXPA 3OSQA 4BDOA 1ELJA 3C35A 1IXCA 4OFJA 4G4PA 4N6PA 4ZEKA 4DXUA 4R2BA 5H8NB 4ESXA 4IO2A 3KN3A 5IKBA 1JEVA 5IAIA 2O84X 3TZAA 5CMMA 3MW0A 3VVEA 2NXOA 1ZLQA 3BFTA 1OVTA 1HSLA 5F7VA 5DTBA 1I6AA 5H8FB 1UTHA 1DMBA 3T9VA 3EHTA 3OEMA 4IO5A 4R75A 2RINA 4XXUA 4LQ2A 1ANFA 2HCAA 4OENA 4LATA 3KEIA 1PB8A 4F1VA 1B3HA 1R9QA 1FQBA 1H76A 1N7WA 3G3KA 1ZKBA 4LZ8A 1EU8A 3RQTA 1SVXB 3R6UA 2HAVA 1BP5A 1B51A 4U22A 1ZIUA 4JWYA 4JWOA 3JV9A 4ELPA 1TFAA 3TFLA 4ZDMA 1JVXA 1QW0A 3SDFA 2D3IA 1SBPA 2Q88A 5FHNA 3GBBA 3EHUA 3TTMA 2QRYA 3GBAA 1Y4TA 3OSRA 4YB7A 4UACA 1PB7A 2I0BA 5AA1A 4OFOA 1MRPA 4FATA 5CM6A 3IB0A 3V5AA 4FEBA 1MDP1 3RT8A 3FJMA 4LZ5A 1GTKA 3SEWA 5KCJB 2CZLA 2QS4A 5DYHA 2XHDA 3CRBA 3G3FA 2DWHA 4ECFA 1SW1A 3LBSA 3IAZA 5L9OA 1OMPA 2Y7RA 2NWJA 4MLVA 4F18A 2XXVA 3H06B 4KD5A 3FIRA 2VD3A 4H5GA 4U21A 3KG2A 1A8EA 3T9UA 4NEDA 3HV1A 4YB6A 3L6HA 1IXGA 4MH5A 1FQCA 1LAXA 1M5EA 3H6WA 4DLDA 1QKBA 1DTZA 3KSJA 3N6UA 4QFPA 1MH3A 2XXXA 1B0HA 3MBPA 3ECRA 3PU5A 1Y3QA 3K1PA 2XX7A 4U4XA 2VD2A 3PMWA 1CE2A 3MVWA 4BDRA 1VE4A 4OQOA 1LCTA 2VGQA 1R1NA 1AOVA 3IJXB 5JTYA 5EHMA 4X9TA 2OCUA 1DPPA 4RY1A 2I3VA 1UQWA 2DS9A 1POTA 2Z23A 4YKJA 1B7ZA 2X7QA 2GH9A 4RPNA 2G93A 4AB5A 1IIWA 4Z0IA 4ELQA 3PMXA 4EDPA 3MC2A 2V3QA 1MPDA 4DXBA 4ZEDA 5CI5A 3VLVA 3S9LC 1AH5A 2HAUA 2XX8A 1MXXA 1BIYA 1A7LA 1N3WA 4BDMA 4Q5TA 5TU0A 1MQGA 3CG1A 4XTCQ 1IITA 4OHNA 3HN0A 5AA4A 2Q2AA 2X7PA 2O7IA 1MQDA 3EPEA 5FTHA 3D4GA 4NF8B 4C1UA 4RNSA 3F11A 4QHQA 1JNFA 4POXA 3FV1A 3U1OA 4H65A 5HPQA 1JEUA 1B2HA 1EZOA 3TUSA 4YKKA 3H3GA 5EYFA 2PX1A 2QS3A 3RGYA 3FVGA 4OZ9A 1WODA 3PD8A 3IL1B 2RC8A 2DP8A 4GFRA 3SEXA 4IGTA 4FECA 2XXRA 1UTBA 4ZZEA 3E4RA 3FVKA 3PUXE 2IA4A 4G2ZA 4YAHX 1FQEA 4TOZA 4LP2B 1J1NA 2RCAA 2X26A 1N0TA 3UP9A 1SYHA 2R9JA 1IZ1A 3V89B 3MVZA 4R6HA 5I57A 3C33A 3K02A 4GIZA 2XX9A 4MF3A 4GRKA 4IO4A 5AA2D 1P1UA 4X48A 1B58A 3S9NC 2GHBA 3BBRA 4YU0A 3H6TA 3O29A 1P1WA 1I69A 3ILUB 5I2NB 4KYSA 2FYIA 1MXWA 4DIGA 2QS1A 2VHAA 2I4BA 4PE5B 5JEIA 4QRZA 3ONMA 1FTKA 2O1LA 3K6XA 1GGGA 3VLWA 2A5TB 3K0VA 2THIA 1B6HA 3MAMA 3TPAA 3TCGA 4ZEIA 3OO7A 4XKQA 5I58B 1QJMA 3M3KA 3VLUA 1DOTA 4BDQA 4FEDA 2Q2CA 3WAFA 1YCJA 3PUYE 3LUYA 2RCBA 1EZPA 2UVHA 1IEJA 3RTFB 2V84A 5CRYA 3VVDA 4BDLA 5I56A 2ZYNA 1LFIA 2F35A 3TTNA 2RC9A 4NF4A 1NKXA 1QULA 5I59A 1VFDA 4ZEFA 3VVFA 4N07A 2ZNTA 2E0SA 4ND9A 2DSFA 1JVYA 2V93A 3SERA 4OWDA 2XXYA 3MVXA 3M3FA 2DXYA 5L9MA 1I6QA 1SW2A 2F8DA 1NL5A 5BUUA 2DOJA 2AYSA 3CFZA 3C32A 1ZU0A 4E0WA 3ZSFA 4IY5A 1A55A 4R2FA 2H5YA 3KZGA 3PUZE 2R6GE 3TTKA 2VOZA 2ONKE 3MWBA 4UA8A 1MM6A 2GHAA 3KSXA 5F1QA 1Z7ME 3THIA 1MPCA 1FTOA 3Q29A 1FQFA 3JZJA 3K1NA 3T93B 3ODBA 1IXHA 3LSLA 4I1DA 4OEUA 4KFQA 2A5SA 2NVUB 1B3LA 3DP8A 4GL0A 4JSDA 1LFHA 3DELB 3CFLA 3B6WA 4H0WA 3B6TA 3KOTA 1TT1A 2P2AA 4RPOA 5AA2A 3HPIA 4G8MA 4NE4A 1Q1KA 4IO6A 3E3KA 1B4HA 2ZXTA 3FXRA 4XKPA 1PEBA 4H1XA 4OFLA 2DVCA 2WKYA 3OENA 4FIMA 3Q25A 1MQIA 4LONB 4I8CA 1O64A 1XT8A 2ALUA 3DP4A 2H9BA 1JW4A 4AB6A 2D5WA 3SESA 2DWJA 5HM4B 3U8QA 2GRVA 1QKAA 1A99A 3W15C 1QUJA 1OLCA 4I62A 4WKMA 4RA1A 3FASA 1B5HA 1ZTYA 3O97A 3ZKLA 4NF6A 2KLFA 2R71A 3PPOA 4QF9A 5ITOA 3QAXA 2B65A 5JK4A 2O68A 4WEDA 5K2XA 4C0RA 1JETA 3T66A 2V25A 3VE1B 2A5TA 2ZYKA 3QUJA 4ELRA 5I2KA 2I49A 2ZNSA 3IJOB 4GXAA 3N26A 3K6VA 4KPTA 3TAJA 3MUQA 1FQAA 1MDQA 5TPAA 4KQPA 3H7MA 3O9PA 4HCWA 4C1TA 3EHSA 3HHFA 4JSOA 5DT6A 2F78A 5H8SA 1TFDA 2XXUA 2NUVA 1FTMA 4G68C 1NNFA 3ILTB 1FCKA 1SQYA 5TP9B 4G68B 2Y7KA 4JXIA 4RK9A 4HCYA 4F2QA 4NWDA 3U92A 4ELOA 1LBCA 3T9XB 1Z7NE 1SW5A 4TLLB 3MQ9A 1MXZA 1LB9A 3K6UA 1RYXA 1LCFA 4TQUQ 1F9BA 1MQJA 1PB9A 4O3CA 5ELVA 2UVGA 4MLQA 1N7XA 1MY1A 4EQ9A 2HZLA 1TWYA 4ZE8A 4YKIA 5KZTA 3K1MA 4QFOA 1PC3A 2V3TA 4EF1A 2F36A 2XXIA 4DZ1A 4F1UA 2I48A 4GWOA 3VDFA 1VR5A 3GLBA 1WVJA 5H8NA 5HBCA 2XD3A 3FATA 4YMAA 3DLNA 3CSGA 3FZVA 1IQ7A 1S9TA 1NNTA 3V8XB 1B5JA 3O66A 3M3LA 1H43A 5K2YA 1MXUA 3JYRA 5EHSA 5DVJA 1WDNA 4GQOA 2OLBA 4R73A 3U72A 4P0GA 3U94A 5H8FA 3G3HA 4YZZA 3FJGA 4OYVA 4H8IA 3A3UA 3GZGA 3TQLA 1GR2A 2PT2A 3IX1A 1QUIA 4IB2A 4RK2A 3TTRA 1JW1A 2ABHA 4BDNA 1XOCA 3SEYA 1FTLA 4XIGQ 1MXYA 4Q30B 4ESWA 4K3FA 4GLIA 4LVQA 4U2RA 1M5CA 2O6AA 1TXFA 1YAEA 4WXJA 1Y3PA 3MP8A 2ZYOA 5ICTA 1ZMGA 3R7XA 2I4CA 4GL8A 3IOUA 4PFYA 3EN3A 3S9EA 4FE8A 1BLFA 5ITPA 2OZZA 3TMGA 3OXNA 3MZ1A 3O6HA 4R9FA 4OTEA 3RNNA 4DXCA 3UK4A 3TEPA 3KN7A 1LBBA 1UTHB 4H6DA 4U1OA 3A09A 4JDFA 5KCJA 3I5OA 2I0CA 3OMBA 4LUBA 4GF8A 4F3GA 4Q0CA 3IO4A 1D4NA 2Z8DA 3MZBA 3A3CA 3SEVA 4ZZAA 4G8HA 1XHYA 2E1SA 1ZJLA 5H8QB 3U93A 3E9XA 3C34A 4DDDA 4R9GA 3C4MA 2W7YA 3L6GA 3BKIB 2ZMBA 2ZNUA 3CFXA 5CC2A 2I3WA 3CIJA 2F7BA 4F3PA 5ISUA 4H8JA 4OEVA 2D21A 1GV8A 1MPBA 3G3GA 3O6GA 5AA3A 4G68A 1Y20A 1KWHA 1LAHE 4LA9A 3KN8A 2IEEA 3E13X 4TLMB 3K2DA 3OEKA 4ZS9A 4KCCA 5L8DA 2REGA 3FJ7A 4KYEA 4ONYA 1B3FA 1FW0A 1SI1A 1SD3A 3TDJA 2Y7IA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3QXMA 2DYXA 3G7WA 2FBPA 3U65A 5I84A 2O1MA 4NN3A 2PVUA 3IORA 1B05A 4KR5A 1YTVA 1B52A 4NX1A 2FA7A 1MM7A 4GX3A 3MPLA 1H3DA 1DK4A 1AIVA 3MPKA 3UA8A 3MP1A 3OOAA 4GWXA 1B3EA 2QPQA 5DVIA 4F2OA 2XXWA 5H8HB 4PBQA 2H4IA 2V3UA 1NFTA 4YB5A 1SW4A 2O51A 3TQWA 1LSTA 4PQJA 1XC1A 4MX6A 1P99A 1B7UA 2H99A 3LSXA 3KGCA 5DVFA 2DWAA 1YYZA 3FGSA 5B7DA 5L9SA 3C36A 3N6TA 2O7UA 3RUMA 1PBPA 3ZKKA 3MJNA 1FPGA 2I6EA 1DCUA 3TCFA 4R74A 3K6WA 4GOTA 5EQ7A 1T0KA 2OBGA 3Q26A 4NF8A 4P11A 2DXRA 1SPIA 1IUDA 3OO9A 1URGA 5DEXB 3N5LA 4N81A 5JTYB 4IY6A 1R9LA 2XXTA 2XD2A 1NV6A 3RPLB 3MP6A 3FXUA 1D9VA 1BKAA 2B4MA 4P0IA 3FXBA 1XVXA 1SYIA 1HSEA 1N3XA 1N04A 5M2VA 4PE3A 2DVZA 1UIVA 2P0SA 5J1DA 4QFLA 2UVIA 2F7CA 1O63A 4DI3D 3V83A 3W9VA 3D4CA 2HFBA 3EQ1A 1NV0A 3QSLA 3IB2A 3LR1A 4F31B 1POY1 4JWXA 1Y9UA 5EYGA 4QFNA 3D1RA 2WX9A 4EXKA 2PT1A 3USDA 5I7IA 1FPBA 2QVRA 3H6UA 3I6VA 4MBPA 3MSTA 3RN8A 1NH7A 2XWKA 1G0HA 1NMUA 1FBFA 3PMVA 1XS5A 4F3SA 1IMAA 3H4ZA 5AA4B 5CBSA 4ISUA 3TELA 1DBZA 4KI0E 3HHGA 4IO7A 1Y1MA 2Z8EA 4PP0A 1XVYA 5H8QA 4ZEBA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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