3TYHA

Crystal structure of oxo-cupper clusters binding to ferric binding protein from neisseria gonorrhoeae
Total Genus 109
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
109
sequence length
309
structure length
309
Chain Sequence
DITVYNGQHKEAAQAVADAFTRATGIKVKLNSAKGDQLAGQIKEEGSRSPADVFYSEQIPALATLSAANLLEPLPASTINETRGKGVPVAAKKDWVALSGRSRVVVYDTRKLSEKDLEKSVLNYATPKWKNRIGYVPTSGAFLEQIVAIVKLKGEAAALKWLKGLKEYGKPYAKNSVALQAVENGEIDAALINNYYWHAFAREKGVQNVHTRLNFVRHRDPGALVTYSGAAVLKSSQNKDEAKKFVAFLAGKEGQRALTAVRAEYPLNPHVVSTFNLEPIAKLEAPQVSATTVSEKEHATRLLEQAGMK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Crystal structure of oxo-cupper clusters binding to ferric binding protein from Neisseria gonorrhoeae
rcsb
molecule tags Metal transport
source organism Neisseria gonorrhoeae
molecule keywords FbpA protein
total genus 109
structure length 309
sequence length 309
chains with identical sequence B, C, D, E, F, G, H, I
ec nomenclature
pdb deposition date 2011-09-26

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01547 SBP_bac_1 Bacterial extracellular solute-binding protein
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3tyhA01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3tyhA02
3ILTB 2REJA 1JW1A 4U4XA 1ZKBA 3K00A 4YKKA 1LCTA 2ZYNA 3FIRA 1B46A 1PB8A 5LOMA 3S9LC 4FEBA 4OEUA 2NUVA 4KQPA 3FXQA 3VVFA 1QW0A 3VLWA 5HPQA 2PX1A 3M8UA 2ZNTA 2Q2CA 4BDNA 4LZ5A 3PUZE 3V8XB 3Q29A 3H6VA 4N6PA 3V89B 4G8NA 2VOZA 1LFGA 4ELRA 1J1NA 2QSXA 4FECA 1BTJA 4HTGA 4FORA 1JEVA 2Y7PA 3TFLA 2XX7A 3ZSFA 2DOJA 4R9GA 4PE5B 5L9SA 3VXBA 4IO7A 1A8FA 1S7YA 3FV1A 1DPEA 2I3WA 5I58A 4ZECA 1RKMA 3OD7A 2UVHA 3H6TA 2RINA 2I3VA 4QFOA 3IB1A 1FTKA 3FJMA 5J1DA 5I2NA 3ECRA 5M2VA 2XXXA 3O28A 1XHYA 1DSNA 1SDXA 1PB9A 2UVGA 4RPNA 4NF4A 1N76A 3N6UA 3KEIA 3QUFA 3HCQA 1UIVA 2OJTA 4QFLA 1B3LA 3IK6B 1LB9A 1B58A 3RUMA 4GLIA 1FTOA 4JXIA 3OO6A 2CMOA 4L17A 1VSOA 3IOTA 2RKMA 2F34A 4G77A 5H8QB 2UYFA 5FHMA 1ELJA 1Q1KA 1B6HA 4OERA 1T0KA 2FNCA 4U22A 4OESA 5H8HA 2E1SA 3VVEA 4YMAA 3DELB 2OLBA 5I57B 3CFXA 3CG1A 5F7VA 3M3FA 1SW1A 3F11A 1MH4A 3RT8A 1UTBA 1B0LA 4EQ9A 4KYDA 2F6GA 2QS4A 3C4MA 3SERA 1OLAA 4PP0A 2HQ0A 3IOUA 3P7IA 4OENA 5CM6A 4MFIA 1XT8A 5H8FB 3OO8A 2Y84A 1MXZA 4THIA 2I6EA 1YPNA 2GH9A 4IO5A 4XTCQ 5KCJB 4ZEDA 3OEMA 5KZTA 1F9BA 2H4IA 1B3FA 4ZZEA 2QS2A 4TQUQ 4RA1A 1LAGE 4OTEA 4FATA 3USDA 1LAXA 4UACA 2F5XA 1SBPA 5TPAA 3KN8A 1FQCA 1P1QA 4O3BA 4QHQA 3T9UA 4AB6A 4KR5A 4N13A 5L9MA 4F1VA 4ZS9A 1LBBA 1TFDA 2ESNA 2H99A 4GFRA 2ZYOA 4F19A 4KPTA 3RGYA 4WEDA 5FTIA 1VFEA 1DPPA 3IL1B 2DXYA 4GOTA 2B3BA 1XC1A 1L5TA 4GL8A 3G7WA 4R73A 3PMXA 5I56B 5F1QA 3KBRA 3PPNA 3K1MA 2Q2AA 5DYHA 3UORA 3IR1A 3FASA 4OETA 1IXIA 3Q25A 5DEXA 1QUKA 2XXIA 2ONSA 1Y3NA 2P0SA 3H06B 1EH3A 2XXUA 3S9NC 3CSGA 4LZ8A 3FJ7A 2XXWA 1UIUA 1TXFA 1IXGA 3MJNA 2DE2A 4YKJA 3GLBA 4NWDA 4NWCA 3T9HB 3M3LA 5H8QA 1JEUA 1B7ZA 1FQDA 3PPQA 5CC2A 2VD2A 3K01A 2F7CA 4MLQA 4ZE9A 1B4ZA 1B7UA 3PD8A 4XKNA 2DVCA 5A5XB 3QXMA 5I57A 1VE4A 2H9BA 3MC2A 3K0VA 3BBRA 4XKQA 4QSCA 5K2XA 5I59B 4GVOA 2PVUA 2HZKA 4RPOA 1QKBA 5FHNA 4ZEIA 2KLFA 2QL3A 5H8FA 1R9LA 3O6IA 3FZVA 3VFJA 2V3QA 1OVBA 4OZ9A 2G93A 2NVUB 2VP1A 1M5CA 4OFLA 1SI0A 1WODA 2I0CA 1N0TA 1ANFA 4FJPA 1M5EA 1MXWA 5KCJA 4H8IA 2RCBA 4F1UA 4TOZA 1VFDA 2O69A 4F31B 4DXCA 4PFTA 4TLMB 3PPOA 3MPKA 3ILUB 5DVFA 2I58A 3TDJA 2V84A 1Y1ZA 2DWHA 2DWAA 2OZZA 1NMUA 1JVYA 3FVGA 3HPIA 3KJ7A 4GRKA 1FTJA 3O29A 4R2FA 2Y7RA 1B5HA 3MVXA 3JZJA 5B7DA 3CR9A 3G3KA 3IOVA 1N84A 3SDFA 3R6UA 3TAJA 1B05A 4EF2A 1JW5A 5CMBA 4H1XA 2Z23A 2BJJX 3PD9A 3IAZA 3PUXE 1N3WA 1WDNA 2B65A 3KSXA 4POWA 1PEBA 3LR1A 5CMKA 3MZBA 4H0WA 3KOSA 3RTFB 5IAIA 4ZDMA 1FCKA 3MVYA 3TZAA 3GZGA 4DCXA 1BKAA 4EQ7A 3W9VA 1URDA 3RPWA 4R6KA 2XXVA 4YAHX 1M5FA 2Q89A 5JTYB 4DZ1A 4QFNA 4LQ5A 2F6PA 4JWOA 4ELOA 1ZJLA 4ZEFA 3IJOB 3MUQA 2UXAA 2XXHA 4GWOA 3QUJA 2QMWA 4F22A 5ICQA 1H43A 1IIWA 2B3FA 4IGRA 3OSQA 4YU0A 1A7LA 5L8DA 2VHAA 1YTVA 4H8JA 1Y9UA 1MG1A 4KYEA 3RQTA 3C33A 2QS1A 4NF5B 3DP6A 3OENA 3PMWA 4NF8B 4TLLB 3FXRA 3H03A 3C36A 3HN0A 3O66A 1LFIA 2DWJA 1IQ7A 3FD3A 4H67A 1A40A 5JEIA 2RF1A 1GVCA 3FVKA 5A5XA 2O7UA 2Z22A 4LQ2A 3V5AA 1SI1A 2O68A 1Y4CA 3U72A 1LAHE 3G3JA 5I59A 2DVZA 3MZ1A 2I48A 1YCJA 2DYXA 4E0XA 5HBCA 5AE4A 5CMMA 4GIZA 3N94A 4RJZA 1B2HA 4MBPA 2VD3A 4R9FA 1I6BA 3KN3A 2IA4A 3ONMA 5L9OA 2RC8A 4F2QA 4MF3A 4YKIA 4P11A 2THIA 4ZEKA 2X7QA 2GRVA 4NF6B 4HS7A 5CBRA 2PT1A 3PUYE 3EHTA 2A5TB 3U92A 4DXUA 4O3AA 3TTLA 4FE8A 1MS7A 1B4HA 2DS9A 4LUBA 4QSEA 1M5BA 4H5GA 3EQ1A 1MQJA 3MQ9A 3GBAA 3T93B 1P1NA 1O63A 2F8DA 1SQYA 4JWXA 1MQHA 4QFPA 1IZ1A 3A3UA 4RK9A 3H6WA 3K6UA 3LSLA 1MQGA 3KZGA 4P0IA 1MDQA 3JV9A 3C32A 4FIMA 4X1DA 4I1DA 1B51A 4LA9A 1MXUA 4UA8A 4F3GA 3VV5A 1FQBA 2DWIA 1N7XA 2CZLA 1B40A 1QVSA 2O6AA 1AIVA 4FAJA 4YB7A 1A8EA 1MY3A 2O84X 4JDFA 3SEYA 3MWBA 2PMSA 3S2VA 3MZ9A 3JYRA 4C1UA 1NNFA 4EF1A 1B3GA 3S9MC 2DXRA 1SYIA 3W15C 4R2BA 1B1HA 3TYHA 3IOWA 5JTYA 3K6WA 3N26A 4OEVA 1HSLA 4KYSA 1NH8A 1IITA 3ZKKA 1OLCA 3E3KA 5EHSA 3TTNA 3FATA 5BWJA 2NWJA 4F2OA 3KFMA 4QF9A 2ZMBA 2P1SA 1MY2A 3O6GA 3TMGA 1NKXA 5TP9B 3BFTA 3UA8A 3VVDA 2P2AA 3O6HA 4GD5A 2UVIA 5IKBA 3C34A 3MW0A 1FQAA 4NF8A 2ALUA 1LB8A 4BDOA 3SEVA 2FA7A 4F18A 3FXUA 1NL5A 1II5A 1IEJA 4DE8A 4KD5A 1H44A 2DE4A 4RK2A 3E4RA 4G68C 4ONYA 2RC9A 4POXA 4MH5A 3K2DA 4GXSB 1B32A 2ZXTA 4OVJA 3TTMA 4F3BA 1S50A 5KDTB 2Z8FA 2Q9TA 3R26A 3KOTA 3WAFA 2DP8A 5DVIA 1H76A 3DP4A 1MM6A 1FTLA 1D9YA 2D5WA 3QYTA 1MY4A 5H8NB 2ZNSA 3IO4A 4HCWA 1LBCA 1RYOA 5CBSA 4F1YA 2Z8DA 4NF6A 3K02A 2A5TA 3LSFB 2D21A 4M1VA 4U1ZA 2WKYA 1MY1A 2F35A 1IXCA 4DIGA 1D9VA 1R1NA 1Y3PA 3OO9A 3MPLA 2Q88A 2QJEA 4PQJA 3QIMA 2R9JA 1PB7A 4OFOA 3O2AA 4F29A 3AXFA 4KCDA 1FW0A 2V3UA 2IEEA 4AQ4A 4GQOA 3IX1A 3IB0A 3VXCA 2V3TA 3LBSA 3TPAA 1HSEA 3U1OA 1H3DA 1OQHA 2OK2A 3EF7A 2ABHA 3MVWA 1NNKA 2YPNA 4ECFA 4PFUA 3L6GA 3GXAA 3Q26A 5TU0A 3E13X 1LAFE 1I6AA 4O3CA 1LLSA 5AA2D 4IO2A 3SEWA 3DP8A 4BLAA 3OSRA 2UVJA 2XD3A 1NFTA 1B0HA 4H65A 4N07A 2XD2A 1S9TA 3RY3A 2Y7KA 1Y20A 3TTRA 1EZ9A 3PU5A 2H98A 4ISUA 3TQWA 2XXPA 4YB5A 1URSA 2I0BA 1B9JA 1US5A 4QSDA 2O51A 1URGA 1TFAA 1QUIA 5I2NB 3OMBA 1O7TA 5DVJA 2ONKE 1P1WA 5TP9A 1Y4TA 4RYAA 3CFLA 4XKRA 4JB7A 2QMXA 1AH5A 3RN8A 3E9XA 3CI8A 3TODA 2HEUA 3OEKA 5K2YA 4QRZA 5ITPA 3KSJA 1B3HA 1DTGA 3IORA 2AL5A 2G29A 2M8CA 4BDMA 3FVNA 1QULA 3C9HA 5B70A 1O64A 1OVTA 4KHZE 4GXAA 4G68B 3TEPA 1IXHA 5CI5A 4LZ7A 5I56A 3EPEA 1BIYA 1ZIUA 5KDTA 2UYEA 3K1PA 4JSDA 1SW5A 3C31A 1LCFA 1PC3A 3CFZA 3G3GA 3ZKLA 1FTMA 3FUZA 4Z7EA 5H8NA 4LP2B 1B5JA 3HSTA 1P99A 4ZE8A 3MVZA 5ICTA 1R6ZA 3Q27A 3RLFE 5ELVA 1ZMGA 2XXRA 4EXKA 2QRYA 2OWTA 5DTBA 3FV2A 1OQGA 2X26A 1YAEA 3SETA 4NMYA 1XVYA 2NOOA 4XKPA 3H3GA 4G8HA 5CRYA 3KN7A 2ANJA 3UIFA 4LATA 4ZZAA 5JK4A 3H7MA 3B6TA 3K6XA 4HW8A 1GR2A 1UTHB 4F3SA 4IB2A 1OIBA 3MP1A 2PT2A 1LSTA 4HCYA 1B5IA 4Q5TA 4YZZA 3B6WA 2XXYA 3DM0A 1Z7ME 4C1TA 3B7DA 5BUUA 1H45A 2YJPA 2A5SA 3IJXB 1SYHA 1JQFA 2AYSA 3TCFA 4R74A 1USYE 2ONRA 1TWYA 1AMFA 1A55A 1PBQA 2RCAA 3PV0E 1B1XA 1XOCA 2V93A 5I2KB 4BDRA 4U1OA 3RT6B 3S4UA 1JW4A 3K6VA 3VLVA 1MXXA 4I9DA 4RY1A 1AL3A 4GL0A 1ZU0A 1NNTA 1P1OA 1USYH 1CE2A 5DEXB 3PGFA 4YICA 4F39A 1Y1MA 3QK6A 2GFEA 1BLFA 1M5DA 4I8CA 4ESXA 2XXQA 4X1BA 3A09A 3MP6A 4G8MA 4EDPA 2YLNA 2XHDA 1XVXA 1VR5A 3PPRA 4OWDA 3U94A 1N04A 1QKAA 2LAOA 4IO3A 5I84A 1MH3A 1MXVA 2DE3A 1ZBMA 4Q8RA 4X9TA 4G68A 3V83A 1US4A 3FJGA 3UN6A 4YB6A 1EU8A 3TCHA 2GHAA 4I62A 4QFKA 3HO7A 3TCGA 2XX9A 3RNNA 2I4BA 2QPQA 3MBPA 3G3IA 1WVJA 3G3HA 3IO6A 4LONB 1AOVA 4GF8A 4U2RA 3W9WA 3KJTA 1MRPA 4F3PA 3O9PA 1Z7NE 4E0WA 1ATGA 1A99A 1QJMA 4NTLA 1SD3A 3L6HA 3I3VA 2HFBA 1DTZA 3B6QA 3LC8A 3RTWB 1UQWA 3BKIB 1B52A 4R6HA 4IY5A 3LSXA 2X7PA 3CRBA 1B7HA 4NE4A 3C35A 3HHFA 1LGBC 4NF5A 4OXVA 2DQVA 2O1LA 1MPBA 3CG3A 2F97A 4ESWA 1I69A 2D3IA 1MQDA 1CB6A 3D4GA 3HHGA 2VGQA 1MPCA 4X48A 1I6QA 1UTHA 1DOTA 1A54A 2Z8EA 1BP5A 5ITOA 2HZLA 1IUDA 2ZNUA 3R7XA 2V25A 3OXNA 2Y7IA 1B3EA 1MPDA 3EN3A 3MAMA 2F78A 4XXUA 1MY0A 3T96B 3ODBA 2R6GE 3S9EA 1PDAA 4PFYA 2HCAA 2HXWA 2O1MA 1JETA 4Z0IA 2HAUA 1ZTYA 4RXLA 3IB2A 2I4CA 3BFUA 3ZS6A 4PFWA 3Q28A 2F7BA 4H6DA 3LSWA 4ZEBA 3VE1B 5I2KA 4YKPA 2Q8JA 5AA4B 3PUWE 3PMVA 1NH7A 3QSLA 3M3KA 5ISUA 4U21A 4OYVA 2OBGA 4OHNA 3VDFA 3CSBA 4JSOA 4DDDA 1MQIA 3OELA 2XXTA 1TT1A 3T66A 5AA2B 4R6YA 2XX8A 4NEDA 3FGSA 4H5FA 2W7YA 3VLUA 3WAEA 2F7AA 3H4ZA 3KGCA 4Q0CA 4PETA 4KCCA 3O97A 5H8SA 1JVXA 1GTKA 3TELA 4DXBA 3U93A 2ZYMA 3GBBA 1QUJA 2I49A 2E0SA 4IO6A 3TKDA 1NNPA 4EUOA 2AIXA 4EXLA 2PBWA 3T22A 1FQEA 4EQBA 4OFJA 2R71A 3HV1A 1OMPA 4AB5A 5CMCA 5FHOA 3THIA 3UP9A 1JNFA 3PUVE 4MLVA 1P1UA 3CIJA 1Y3QA 2H25A 2FYIA 1POY1 1FQFA 3MP8A 1D3KA 1MM7A 2H5YA 4IGTA 5I58B 3EHUA 4ELPA 4K3FA 4DLDA 2RC7A 4Q30B 1KWHA 1SVXB 3PPPA 1MXYA 4KI0E 5EYFA 4FEDA 3A3CA 4YMBA 3K1NA 1SW2A 1N7WA 1R9QA 4KFQA 3KG2A 1RYXA 4BDLA 1POTA 4NF4B 3I5OA 4G4PA 2GHBA 1HSJA 3N6TA 1GV8A 3N5LA 4P0GA 1EZPA 4U4SA 4C0RA 5EHMA 3H6UA 3EHSA 1ZLQA 3TUSA 4U23A 2OCUA 4ND9A 3CVGA 2NXOA 4DCYA 4WKMA 4M4GA 5HM4B 4WXJA 3G3FA 2OWSA 1SW4A 5H8HB 1D4NA 2QS3A 4G2ZA 4R75A 2O7IA 3TQLA 3TTKA 3U8QA 1UTBB 5AA1A 3T9VA 3D4CA 1Q35A 3SKPA 5FTHA 1MDP1 1XS5A 2AL4A 4IO4A 1PBPA 2Y7WA 2ZYKA 2REGA 3UGWA 5AA3A 4R72A 3T9XB 3SEXA 4JWYA 1N3XA 4OQOA 3QAXA 4OMBA 5AA4A 4IY6A 3K4UA 2HAVA 4XIGQ 3SEUA 4ELQA 3DLNA 3SESA 4WEPA 4BDQA 1EZOA 2F36A 3LUYA 3UK4A 5AA2A 4RNSA 1DMBA 2PYYA 5TPAB 3I6VA 2DSFA 4JBZA 4LVQA 1LFHA 1GGGA 3OO7A 5DT6A 3FVOA 3OOAA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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