3UK4A

Crystal structure of c-lobe of bovine lactoferrin complexed with 1,2,5-pentanetriol at 1.98 a resolution
Total Genus 112
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
112
sequence length
335
structure length
335
Chain Sequence
YTRVVWCAVGPEEQKKCQQWSQQSGQNVTCATASTTDDCIVLVLKGEADALNLDGGYIYTAGKCGLVPVLAENRKSSKHSSLDCVLRPTEGYLAVAVVKKANEGLTWNSLKDKKSCHTAVDRTAGWNIPMGLIVNQTGSCAFDEFFSQSCAPGADPKSRLCALCAGDDQGLDKCVPNSKEKYYGYTGAFRCLAEDVGDVAFVKNDTVWENTNGESTADWAKNLKREDFRLLCLDGTRKPVTEAQSCHLAVAPNHAVVSRSDRAAHVEQVLLHQQALFGKNGKNCPDKFCLFKSETKNLLFNDNTECLAKLGGRPTYEEYLGTEYVTAIANLKKCS
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Crystal Structure of C-lobe of Bovine lactoferrin Complexed with 1,2,5-Pentanetriol at 1.98 A Resolution
rcsb
molecule tags Hydrolase
molecule keywords Lactotransferrin
total genus 112
structure length 335
sequence length 335
ec nomenclature ec 3.4.21.-:
pdb deposition date 2011-11-09

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00405 Transferrin Transferrin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3uk4A01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3uk4A02
2Y7PA 5A5XA 1ZMGA 3H6TA 3MVYA 2O84X 4Q0CA 3B6WA 1JW4A 2QMWA 2V3QA 2Q2CA 2XXXA 1Y4CA 4NEDA 2Q88A 2GRVA 3OEMA 3MC2A 1MM6A 1B3EA 1DOTA 3SERA 4XKRA 3CSGA 4R9GA 2H4IA 1HSLA 2VD2A 4EQBA 3FVGA 1N84A 2F35A 4EUOA 5KCJB 2WKYA 3FIRA 3LC8A 3S9LC 3G3HA 2AL4A 5JTYB 4AB5A 1XC1A 2I4CA 4U1OA 4YKJA 1BIYA 1OMPA 1B3FA 1II5A 4WEDA 3PPNA 2Y7WA 1POTA 3IK6B 4ZEDA 4O3BA 2F78A 3TTMA 3TQWA 3Q25A 3S9EA 2GFEA 1B2HA 1PC3A 3MBPA 2V93A 3Q28A 4XKQA 3K0VA 3LSLA 3MP6A 4JB7A 3FXRA 1QKAA 3TFLA 3RY3A 3PPQA 2Z8FA 3PUVE 4PE5B 3CG1A 5BUUA 4WKMA 2DE3A 2UVIA 4QFLA 4R6HA 3KFMA 2VHAA 2H9BA 4Q5TA 1NL5A 2HEUA 3TODA 1MXYA 1OLCA 4ZE9A 5DEXA 1MM7A 1B46A 5H8FB 4KHZE 1LAHE 3KSXA 4KCDA 4LZ5A 3RNNA 1EZOA 2O1MA 4NF5A 2CZLA 1JETA 2QMXA 1ZBMA 3USDA 1H45A 3CFZA 3FXUA 5I2KB 4GIZA 1NNKA 1MH3A 4I62A 4GF8A 5ICQA 1H43A 3RUMA 1LCFA 2I3VA 4BDOA 3FXQA 3H7MA 2PT2A 4KFQA 1UTHA 1B1XA 3OEKA 4FAJA 3KN3A 3C31A 2D21A 1MXUA 1FQEA 3DLNA 3T9VA 5ITOA 1P1NA 2F6GA 2QS4A 1L5TA 2AL5A 3OSRA 5DVIA 3KZGA 4KCCA 2D3IA 3DP8A 1J1NA 1MQDA 1B5JA 4ONYA 5ELVA 1S9TA 4KYSA 4O3CA 3FVKA 1TFDA 4POXA 1B51A 1B7UA 1QVSA 2ESNA 5I56A 3K6VA 2XXUA 1A8EA 1GGGA 1SBPA 3E3KA 3SESA 4ZECA 1FTJA 3IO4A 2F7AA 3M3KA 4OESA 2XXIA 3RQTA 2ZYOA 1CE2A 5AA2B 3T22A 1MPCA 2PMSA 1LFHA 2DWIA 4M4GA 3MJNA 2O69A 1URDA 4NE4A 2P1SA 2XXVA 4U21A 2QRYA 5CBSA 3I5OA 4Q30B 1MQJA 4IO5A 4JSDA 2FNCA 1M5DA 3K02A 3PUWE 3KJTA 3OD7A 4G8MA 4TOZA 4U4XA 3R6UA 3HCQA 3QXMA 1MQGA 1SYIA 3JYRA 2PBWA 1Y20A 2GH9A 1JQFA 4OFJA 4DXBA 4C1UA 2O51A 3VLVA 3GLBA 5L9SA 3CSBA 5AE4A 4RY1A 4YMBA 4F1UA 4OEVA 1Y1ZA 1AMFA 4PP0A 4R6KA 3GXAA 3HSTA 1GVCA 3BFUA 4GLIA 5F7VA 1IZ1A 1LSTA 3WAEA 3L6HA 1N7WA 3FZVA 3MZ9A 3PMWA 5H8HA 1I6BA 2Z22A 3G3IA 4P0GA 3GBBA 4N13A 4NTLA 2UVJA 2Q9TA 2RKMA 3U94A 4UA8A 3O6HA 4H8IA 4C0RA 1FTMA 4H65A 2Z23A 1QULA 3IB2A 2ZYMA 2XHDA 4G4PA 2VOZA 4F3GA 4QRZA 3FASA 1LAFE 1UTBA 3T96B 2QSXA 4PFUA 4F2OA 3T9HB 5DEXB 3JV9A 3K6XA 4TQUQ 5IAIA 4U1ZA 3OMBA 4R2BA 4NF5B 4IO7A 4YB6A 2F97A 3KG2A 3QAXA 1URGA 3CI8A 4DXUA 3F11A 5DTBA 2O7IA 3KN8A 3K1MA 3ZKKA 1DTGA 1LGBC 4FECA 3SEVA 1OVTA 2KLFA 1SVXB 3O9PA 2ZNSA 2XXTA 3C4MA 4OVJA 3V8XB 4F3BA 5TPAA 4RYAA 1ZLQA 5K2XA 5AA3A 1LBBA 4POWA 4F39A 3IOVA 1EZPA 2DWJA 3D4CA 2O1LA 2E0SA 2O6AA 2V25A 3PMVA 3C36A 3IJXB 3I6VA 3RTFB 2FA7A 4HW8A 1LB8A 2GHBA 2RC8A 4JXIA 4OYVA 1AL3A 5I56B 3V5AA 4YAHX 4ESWA 4F1YA 1DTZA 5JK4A 5H8NA 3QK6A 1XVYA 3TTKA 1R9LA 1LBCA 1P1OA 3K1NA 1IQ7A 4WXJA 3LBSA 2I6EA 2XXWA 3N5LA 3U8QA 4XKNA 4ND9A 2HAUA 3N6UA 3VXBA 1D4NA 1IEJA 1QKBA 4R75A 2YLNA 3VV5A 4YKKA 3TKDA 3HN0A 1B5HA 3V83A 1IIWA 4GL0A 1B0HA 1IITA 3H3GA 3FUZA 3SEYA 4YMAA 1IXIA 3H4ZA 4F29A 2QL3A 5H8QB 3CFXA 3D4GA 2I58A 1BLFA 3A3UA 2UYFA 5B70A 1MY2A 1PDAA 1ZTYA 3TCGA 3K6WA 1MXXA 4TLLB 2DSFA 4TLMB 3PUYE 4ZZAA 3OO9A 1H44A 1USYH 3M3FA 1AIVA 4R6YA 4H6DA 3TCHA 3RT6B 4NF8A 4DCXA 3IOUA 2B65A 3VE1B 1EH3A 2QJEA 3EN3A 3MZ1A 5I2NA 3QUFA 3QSLA 2ONKE 1OQHA 1IUDA 3FV1A 5H8HB 5I57A 4ZDMA 3ZKLA 4G77A 1YPNA 3ILTB 3N6TA 4NF4A 3VVEA 2PYYA 4HTGA 4IGRA 4K3FA 2G93A 3CVGA 1S7YA 5I59B 4QFNA 4DDDA 3S9MC 4JDFA 4BLAA 1UTBB 4GWOA 1UIVA 1DPPA 4ISUA 4HS7A 2DVZA 3HO7A 1US5A 1VR5A 3VDFA 2OWSA 5CI5A 4ZEBA 3TTLA 1O7TA 4X1DA 3PD9A 4QSEA 1MY3A 4Z0IA 1B3HA 4OZ9A 1WODA 4EXKA 3VFJA 3PUZE 5KZTA 1F9BA 2HAVA 4R72A 1M5BA 3MPKA 3IB1A 3K01A 2F6PA 4FATA 2HZKA 4YICA 4O3AA 3RTWB 2XX8A 4IO4A 3O6GA 5TPAB 1ZIUA 2A5TA 5L9MA 1RYXA 4OERA 3HHFA 1B7HA 1JEUA 1P1UA 1MXVA 1A99A 3E13X 4DLDA 4C1TA 1LLSA 2F7CA 1Y9UA 1NNFA 2R6GE 3OXNA 1WDNA 4LZ7A 2P0SA 5CBRA 1FQBA 1MPDA 5EYFA 3EQ1A 4PETA 1TT1A 3Q27A 2DWHA 4RA1A 4YU0A 1SDXA 3TPAA 1A7LA 1ATGA 4MLQA 1B0LA 5TP9B 3W9WA 4GRKA 1QUIA 5AA1A 1P1WA 1WVJA 3W15C 4LP2B 1FCKA 3A09A 1OLAA 4GXAA 3U93A 3VLWA 1FQDA 3HV1A 3K4UA 1N3XA 4QF9A 1NMUA 3LR1A 1N04A 3O66A 4G8NA 1A8FA 1O64A 4ZEFA 1ZU0A 4UACA 1JVYA 5CMCA 4FIMA 5TU0A 4R73A 4IY5A 2OCUA 3MQ9A 1NNPA 2ALUA 2QPQA 2XXQA 1BTJA 4H67A 3V89B 1GR2A 3VXCA 5A5XB 1AOVA 4LUBA 2NUVA 3QUJA 4ELOA 2QS1A 4YB7A 4THIA 3FJ7A 3OO6A 1JVXA 2HXWA 3AXFA 3IJOB 1SW2A 1M5CA 4BDQA 4EQ7A 1MQHA 4F22A 5JEIA 1URSA 3ILUB 3FGSA 3KOTA 3L6GA 1R6ZA 3BFTA 3BKIB 4LZ8A 1DSNA 3TZAA 3ECRA 4GOTA 2FYIA 2R9JA 2UYEA 2OLBA 1B1HA 3IR1A 3H6WA 2DOJA 5I2NB 1MPBA 1QUKA 1XHYA 1MDQA 4BDLA 1XOCA 2RCAA 5I57B 2BJJX 4KQPA 2Y7KA 1YAEA 1ZKBA 3E9XA 3CFLA 1TFAA 4G68A 3PMXA 4NF4B 3SETA 1I6AA 4XIGQ 2H99A 3UN6A 1LFGA 4I9DA 1XVXA 3P7IA 2RC9A 3KBRA 4GVOA 3LSFB 5FTHA 1EU8A 1SQYA 4PFYA 1MRPA 3EHSA 3G3KA 3S2VA 5CMKA 2DYXA 2XD3A 3DM0A 1P99A 3C9HA 2O7UA 3K00A 4QFKA 3E4RA 4OWDA 1JW1A 2DE2A 3JZJA 3H6UA 1B3LA 5HPQA 4JWXA 4YKPA 3C35A 2HFBA 1N7XA 3C34A 2RINA 3K6UA 3O6IA 4GL8A 3TEPA 4I8CA 4YKIA 2Q89A 4N6PA 4F3PA 4LONB 3M3LA 3RGYA 3ODBA 3O29A 4OHNA 2A5TB 1N76A 3C33A 1B05A 1A40A 4FE8A 2X7PA 2Y7IA 3SEUA 3FJGA 3EF7A 1UTHB 3MP8A 1HSEA 1DPEA 4LA9A 1OVBA 4RK9A 4ZS9A 1FTLA 4H5FA 1LB9A 1A54A 4LQ5A 3SKPA 3CG3A 4HCYA 1O63A 3MWBA 4N07A 4MFIA 2D5WA 4OFOA 3OO8A 4DZ1A 4DE8A 3FV2A 3OENA 4XKPA 3A3CA 5FTIA 3UP9A 2ONRA 4H5GA 3LSWA 2NOOA 1SW5A 1LAXA 2ZYKA 5ITPA 4EF1A 4QSDA 1NH8A 1Y3QA 3U72A 1B4ZA 5KDTA 1Y3NA 3QYTA 3KOSA 2R71A 5DT6A 1VE4A 4FEBA 1YCJA 4XXUA 4R9FA 3T66A 1SW4A 3RLFE 4RPNA 4KI0E 1PB8A 4ZE8A 4MH5A 5IKBA 3PPPA 4OXVA 3MUQA 1MXZA 1B58A 3K1PA 1PB9A 3U1OA 3ZSFA 2XD2A 4F1VA 2XXYA 4E0WA 1NKXA 3S4UA 4OQOA 4I1DA 1MH4A 2I0CA 4M1VA 3QIMA 3UGWA 2OK2A 4NWCA 4R2FA 1VFEA 3UK4A 3CR9A 1SW1A 3DP6A 4AQ4A 3FVOA 1D9YA 4MBPA 1XT8A 2VGQA 3UORA 3KGCA 2PT1A 2XXPA 1UQWA 4IB2A 1T0KA 4F3SA 2CMOA 1Z7ME 4Q8RA 2HCAA 4KPTA 2HQ0A 4KD5A 2OJTA 1N0TA 3N94A 3RN8A 1D3KA 3SDFA 2P2AA 4DXCA 4U22A 3W9VA 4EDPA 3TTRA 4F18A 2NVUB 2OZZA 1B32A 3O28A 4G68B 4QHQA 3TDJA 2ZNUA 3T93B 1VSOA 4U23A 2IEEA 3LSXA 3IB0A 1I69A 5I58A 1XS5A 5CRYA 2PX1A 4DIGA 2F8DA 4IY6A 2NWJA 4FJPA 4PQJA 1I6QA 1DMBA 1B6HA 1UIUA 4EQ9A 1FQCA 4R74A 2I0BA 2YJPA 4RXLA 4JWYA 3Q26A 2Z8DA 2UVGA 2F5XA 1D9VA 3MVXA 3U92A 1SI1A 4GXSB 4U4SA 4ZEKA 1P1QA 1PB7A 3TUSA 4PFTA 2O68A 4IO3A 4EXLA 2UVHA 1H3DA 1MXWA 1BKAA 3ZS6A 3MP1A 3EHUA 1LCTA 1JEVA 1Q1KA 3RPWA 2XXRA 2XX7A 4RK2A 4GFRA 5AA4A 1OIBA 3TYHA 5CMBA 4MF3A 2PVUA 3DELB 1TWYA 2DQVA 3PGFA 5K2YA 2DVCA 2V3TA 3H06B 5FHMA 1PEBA 5ISUA 1NH7A 4L17A 1AH5A 3G7WA 2H98A 4GD5A 3PV0E 2DXYA 2VP1A 1B5IA 1IXGA 2AIXA 2G29A 5DYHA 4ZEIA 3UIFA 1Y1MA 4IO2A 3KJ7A 2F34A 1ELJA 2VD3A 4OMBA 4Z7EA 3MAMA 1Z7NE 4X9TA 4QFPA 4G8HA 1S50A 5I84A 1IXHA 3N26A 5H8NB 3TELA 1M5EA 4EF2A 4P11A 1ANFA 3FD3A 3HPIA 3DP4A 5F1QA 5KDTB 1FW0A 4ESXA 3IORA 3MPLA 3M8UA 4F2QA 5FHOA 4NF6A 5CC2A 2IA4A 4OENA 3CIJA 5CMMA 3ONMA 3B6QA 4ELPA 2I48A 3IOTA 4P0IA 4OETA 1QJMA 1Q35A 1Y3PA 2E1SA 2X26A 2QS2A 3IO6A 2X7QA 1KWHA 2H5YA 4DCYA 5CM6A 2DS9A 4XTCQ 4F31B 1HSJA 4LQ2A 2M8CA 4JBZA 4HCWA 3FATA 1Y4TA 3RT8A 3G3JA 3GZGA 4AB6A 4ELRA 3TMGA 5FHNA 2F7BA 1FQAA 3PD8A 1CB6A 1H76A 1ZJLA 5BWJA 4LATA 1N3WA 3KEIA 5H8QA 5EHSA 2B3FA 4MLVA 2THIA 4NF8B 3HHGA 1NFTA 1B4HA 4X1BA 4ZZEA 3KN7A 3BBRA 3CRBA 4PFWA 2HZLA 2YPNA 3VLUA 1JW5A 5LOMA 5KCJA 5J1DA 1MY0A 3OO7A 1NNTA 3TQLA 4OTEA 4RJZA 5B7DA 1B52A 5JTYA 5I58B 2ABHA 4RNSA 3FVNA 3I3VA 4ECFA 2DWAA 4RPOA 2RC7A 2REJA 3S9NC 4FEDA 1OQGA 4JSOA 1MS7A 2OBGA 2QS3A 1POY1 3TAJA 3PPRA 2Q8JA 2I4BA 4NMYA 2Q2AA 3R7XA 5HBCA 2ZNTA 2XXHA 4E0XA 4KYDA 3T9XB 2DE4A 3G3GA 3K2DA 5L8DA 4H0WA 1IXCA 1SI0A 2DXRA 2H25A 4H1XA 1MG1A 1US4A 1SD3A 3PPOA 2XX9A 1RYOA 4FORA 2REGA 3EPEA 4OFLA 2I3WA 5I59A 3C32A 5H8SA 2ANJA 4YZZA 4NWDA 2GHAA 4KYEA 3GBAA 4IGTA 3EHTA 2W7YA 4GQOA 1LFIA 2DP8A 1QUJA 2B3BA 3WAFA 3G3FA 5DVJA 1R9QA 5AA4B 1B9JA 1R1NA 1TXFA 2I49A 1FQFA 4BDMA 1A55A 4G2ZA 4JWOA 4X48A 4IO6A 5H8FA 5DVFA 1RKMA 1YTVA 1QW0A 3O2AA 3Q29A 1B7ZA 1PBQA 3IL1B 4QSCA 3VVDA 3MVZA 1VFDA 1JNFA 1MDP1 4ELQA 3UA8A 1GTKA 2V84A 2UXAA 5I2KA 1MY1A 1FTKA 3SEXA 1PBPA 3PUXE 2V3UA 2NXOA 4BDNA 3T9UA 3MW0A 5M2VA 1SYHA 1B3GA 2Y7RA 3R26A 3TCFA 3H6VA 1MQIA 3B7DA 1GV8A 4BDRA 3LUYA 1BP5A 2A5SA 3MZBA 5L9OA 3IAZA 3B6TA 1M5FA 3THIA 3O97A 4QFOA 3OELA 3MVWA 2Y84A 3FJMA 3OOAA 2OWTA 1MY4A 2Z8EA 1USYE 2LAOA 5HM4B 4NF6B 2F36A 1EZ9A 2ZMBA 4H8JA 5TP9A 2AYSA 4G68C 2ONSA 3TTNA 4OEUA 3IX1A 3SEWA 1FTOA 2RF1A 1B40A 4WEPA 3IOWA 4KR5A 4F19A 2RCBA 5EHMA 5ICTA 3KSJA 3H03A 3VVFA 5AA2A 2ZYNA 2ZXTA 4U2RA 4LVQA 4YB5A 3PU5A 3OSQA 5AA2D 1LAGE
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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