3UK4A

Crystal structure of c-lobe of bovine lactoferrin complexed with 1,2,5-pentanetriol at 1.98 a resolution
Total Genus 112
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
112
sequence length
335
structure length
335
Chain Sequence
YTRVVWCAVGPEEQKKCQQWSQQSGQNVTCATASTTDDCIVLVLKGEADALNLDGGYIYTAGKCGLVPVLAENRKSSKHSSLDCVLRPTEGYLAVAVVKKANEGLTWNSLKDKKSCHTAVDRTAGWNIPMGLIVNQTGSCAFDEFFSQSCAPGADPKSRLCALCAGDDQGLDKCVPNSKEKYYGYTGAFRCLAEDVGDVAFVKNDTVWENTNGESTADWAKNLKREDFRLLCLDGTRKPVTEAQSCHLAVAPNHAVVSRSDRAAHVEQVLLHQQALFGKNGKNCPDKFCLFKSETKNLLFNDNTECLAKLGGRPTYEEYLGTEYVTAIANLKKCS
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
molecule tags Hydrolase
molecule keywords Lactotransferrin
publication title Crystal Structure of C-lobe of Bovine lactoferrin Complexed with 1,2,5-Pentanetriol at 1.98 A Resolution
rcsb
total genus 112
structure length 335
sequence length 335
ec nomenclature ec 3.4.21.-:
pdb deposition date 2011-11-09

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00405 Transferrin Transferrin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3uk4A01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3uk4A02
2B65A 4H0WA 2B3FA 1B6HA 1MPCA 3H6WA 2IA4A 3MZBA 3O97A 4OFLA 1NNTA 4F39A 4I9DA 3MPLA 5TPAB 1LFIA 2VD2A 1XT8A 4MF3A 2V3TA 4QHQA 5L9OA 2VGQA 1IQ7A 4RXLA 1LAGE 1YCJA 1FTMA 4OZ9A 5B70A 1MXVA 1IZ1A 5IKBA 4XKQA 3UORA 1Y9UA 4R9FA 1NH7A 1IXGA 1WODA 2GHAA 4YKKA 3TAJA 2QS1A 1QKBA 3G3IA 1SYHA 1H45A 1AL3A 1LAFE 4N6PA 4GL8A 5KZTA 1LCTA 4X48A 1YTVA 4OTEA 5I84A 3OSRA 4TLLB 4U1ZA 4IY5A 4XXUA 1N76A 1D4NA 4X9TA 3TTKA 1WVJA 4NF8A 4KCCA 5AA3A 1QKAA 2RC8A 2QL3A 1M5CA 1POTA 1GGGA 3R26A 1S7YA 5I2NA 1P1OA 3KG2A 3H6TA 4XKRA 3RUMA 4IO6A 4GRKA 3VLUA 3RTFB 4POXA 3K1NA 5H8QB 3PU5A 1URGA 1SW5A 4ZE9A 2RCBA 1ZKBA 3C4MA 4H5GA 5JTYA 3GXAA 5L9SA 1GTKA 4TOZA 1F9BA 2O69A 1LAXA 3CI8A 3UK4A 3TUSA 3RT6B 4NF4B 3OSQA 4EF1A 3KJTA 1FQAA 4BDRA 3IX1A 1MG1A 1B3FA 4YAHX 4NF6B 3IB2A 2D3IA 1P1WA 4KCDA 1A8EA 4KQPA 3R6UA 5CMBA 4KYDA 3ECRA 5DYHA 1QW0A 3QYTA 1ANFA 3FATA 3BBRA 1B3GA 4JWYA 1ZU0A 3CVGA 5HPQA 1R6ZA 3V5AA 1M5EA 4R75A 1H76A 3H6UA 4F29A 4K3FA 2NOOA 2XX9A 3OO9A 3SESA 4L17A 3W15C 3TEPA 3OD7A 3MPKA 4MLQA 1NNFA 2DYXA 1B3HA 4YKJA 4C1UA 3GZGA 2O84X 2Z22A 2ZNSA 3HHFA 4QRZA 1MQGA 2H5YA 3FXUA 3V8XB 2RC7A 3C33A 3F11A 3JZJA 3E13X 1VFDA 4R6HA 1JNFA 1MDQA 2I3VA 3C32A 4YZZA 4R6KA 2G29A 2F8DA 2VD3A 1Q35A 2A5SA 1MDP1 5H8NB 4OERA 5I58B 2F6GA 5JEIA 4IO5A 4WEDA 2XXIA 2P2AA 3EHUA 3OMBA 3Q29A 1OLCA 3O6HA 4LVQA 3T66A 4RK2A 1HSEA 4QFNA 4NWCA 3TTNA 1DTGA 4XKNA 3IB0A 1TFDA 1SW1A 5LOMA 2VOZA 3VLVA 3T22A 1MY4A 1B9JA 4G8HA 3P7IA 4NWDA 4WKMA 2Q88A 5HBCA 5BWJA 3PMVA 4N13A 2E1SA 2ZXTA 3PGFA 3B6WA 1PB8A 1TT1A 2DOJA 1P1QA 2DE4A 4ZEKA 4OVJA 2Y84A 1Y4CA 3U94A 5DVIA 2RF1A 3FUZA 1OLAA 3RNNA 1B40A 3C31A 3O9PA 3TODA 1MY2A 2Z23A 3RLFE 1AMFA 3CSBA 1AH5A 4EUOA 3ZKKA 1B1XA 4YMAA 3IAZA 2O68A 4YMBA 3G7WA 1B4ZA 4DXBA 3FD3A 3K02A 3IB1A 3FV1A 3T9VA 1OVBA 3U72A 2QSXA 3JV9A 5DVFA 2PYYA 1MQIA 2UXAA 4HCYA 5EYFA 5M2VA 1NMUA 1EH3A 1USYH 1IXHA 4ESXA 1B3EA 2XX7A 3CFZA 1QULA 2XXHA 4YB5A 5TU0A 3PD9A 4F3PA 3MVYA 4RYAA 3LR1A 1I6BA 1PBPA 1US4A 4PFUA 4NF5B 4ZS9A 5K2YA 3SDFA 3HV1A 2QPQA 3QXMA 4G68B 4OEUA 5CMKA 2HEUA 3IK6B 3SEVA 3N94A 4H1XA 4RNSA 1Z7NE 1QVSA 5A5XA 2ESNA 4NMYA 2V25A 3TFLA 1OIBA 5H8HB 3I5OA 4NE4A 5TP9A 3TKDA 2ZYNA 5DVJA 1M5FA 4IO3A 4UA8A 3VV5A 2PT1A 1ZTYA 3QUJA 4QFOA 1B2HA 2O51A 3IORA 2ALUA 4QSDA 1ZBMA 5AA2D 1MQJA 2A5TA 3B7DA 4GXSB 5I57B 2NWJA 3VXCA 4RPOA 2DWIA 4DXUA 1Y3QA 1RYOA 2CZLA 4PFWA 2AIXA 4R2BA 4YU0A 1LBBA 3WAFA 4P0IA 2GHBA 1URSA 1UTHB 3RY3A 1ZJLA 3KN7A 1B5JA 4EXKA 1HSLA 4R9GA 5TPAA 4FIMA 1H3DA 1H44A 3GBBA 3T93B 2Q8JA 2YJPA 1D3KA 5L9MA 2NUVA 1MM6A 2DXYA 2ANJA 4I62A 1A40A 4G8MA 4O3CA 5DT6A 3K2DA 3MP1A 1FQFA 1YAEA 2H98A 3S9EA 1XS5A 4YB6A 2PBWA 4OXVA 2F34A 3O66A 3VFJA 3AXFA 2F35A 3IOVA 2DS9A 2O6AA 1JQFA 4OENA 3K6XA 1RYXA 2ZYMA 3KN3A 5JK4A 3DP6A 5IAIA 3IJXB 1S9TA 4HW8A 5H8FB 3M8UA 1VSOA 4RPNA 1GR2A 1MY3A 2OLBA 3IO4A 3FVNA 1BLFA 4O3BA 4G2ZA 3E9XA 5F7VA 4XKPA 4THIA 3TTRA 2YPNA 5KDTB 1IXCA 4OWDA 2OWSA 4ELPA 1ELJA 4LUBA 4MLVA 1TFAA 4BDOA 3PPPA 3OOAA 2X7QA 5K2XA 2UVGA 1MY1A 3N26A 2RC9A 4RJZA 2HQ0A 1B51A 3TQWA 1MH3A 4HCWA 3IJOB 2PVUA 4OHNA 5EHSA 3GBAA 2OK2A 3S9LC 3DM0A 1Q1KA 1I6QA 4JDFA 4NF6A 4TQUQ 4ZECA 3A3UA 4ELQA 1N3XA 2BJJX 4PE5B 1FTLA 5CM6A 3KSJA 1SI1A 4OESA 1NNKA 5F1QA 1A54A 4GL0A 1MRPA 1LLSA 1FCKA 1POY1 3G3FA 4JSDA 4RY1A 4P11A 3ILUB 4RK9A 2FA7A 3USDA 2UVHA 4IGRA 1MXXA 1FTJA 5ICTA 1IITA 4IO4A 1JVYA 1MY0A 3BFUA 3FVGA 1EZOA 3KBRA 1P1UA 1EZ9A 1N7XA 3PD8A 4F31B 2ONRA 1H43A 5HM4B 4ZZEA 3E3KA 1SD3A 2O1LA 2HCAA 3TELA 4G4PA 2CMOA 4BDNA 1VE4A 3RGYA 5H8NA 5I58A 3MBPA 2H99A 4BDQA 4Q0CA 4QF9A 3KGCA 2XXRA 1A7LA 4X1DA 3CFXA 2F78A 4ZEBA 3PUYE 3ONMA 1QUIA 3K6UA 4TLMB 4ISUA 2DVCA 2R71A 1SDXA 4OFOA 4OQOA 1BP5A 3ZKLA 2P0SA 4XTCQ 3VDFA 1PEBA 3MP8A 3U93A 1I6AA 4LQ5A 1Y1MA 1MXZA 1B1HA 3C34A 1N7WA 3H06B 5KCJA 2GFEA 4NF8B 4U21A 2OZZA 3Q25A 1MH4A 2UYFA 1FQEA 1LB9A 4Q8RA 3QK6A 3CR9A 2NXOA 4ELOA 4F3GA 2Y7RA 4LZ5A 3N5LA 2D5WA 2H9BA 5CRYA 4MFIA 1PB7A 4M1VA 1ZMGA 2QS3A 2HZLA 2REGA 2I58A 1OQGA 2XD3A 1LFHA 3G3JA 1T0KA 5JTYB 1SYIA 3ZSFA 1MM7A 4WXJA 1OVTA 2DE3A 4FEDA 3T9HB 3W9WA 2Y7WA 4LQ2A 4E0XA 1DSNA 5BUUA 5CMMA 4ONYA 3C9HA 4JXIA 3VE1B 4OETA 1B0HA 4GWOA 2W7YA 3TTLA 4DE8A 4BDLA 4KD5A 3O28A 2DWAA 4R74A 3EN3A 4IO7A 4ESWA 3OENA 3FIRA 2QRYA 1Y3NA 2HZKA 4NF5A 1LSTA 3MW0A 2XXPA 1A8FA 4EQ7A 3PUZE 4G68A 2ZNUA 4EXLA 4OMBA 2IEEA 3THIA 3H3GA 1P99A 5AE4A 3EHTA 1DOTA 3OXNA 3FVKA 3KOTA 2YLNA 2I3WA 4IY6A 2QS4A 4F22A 3H6VA 4AB6A 4GVOA 4AB5A 3K1PA 1NKXA 1S50A 4MH5A 1L5TA 4YICA 3LSWA 1ZLQA 5I57A 1B32A 4EF2A 3B6QA 3SKPA 1GV8A 3SEUA 3HPIA 3BFTA 5CC2A 1Y1ZA 3U92A 4PP0A 4JSOA 3G3KA 1UTHA 4RA1A 3VXBA 3O29A 1A99A 2FNCA 5DEXA 3D4CA 1M5DA 4HS7A 3FV2A 4R2FA 4DCYA 1IUDA 3UP9A 3PPQA 4U4XA 2FYIA 3LSFB 1JEVA 4ZEIA 3TZAA 2F97A 1FQDA 1WDNA 1LFGA 3K0VA 5I2KB 1UTBB 2HAVA 4EQ9A 3L6HA 2AL4A 1MS7A 2I49A 5CBRA 1NNPA 5L8DA 4KYSA 1DPEA 1D9YA 2F5XA 1AIVA 2D21A 3H4ZA 1FW0A 4H6DA 1N84A 3WAEA 4BDMA 4Z0IA 1IXIA 2XX8A 3OO6A 4H5FA 4QFLA 2Y7IA 5H8FA 3M3FA 3S4UA 4ZEFA 4GIZA 3RTWB 1QUJA 3FJMA 2WKYA 2REJA 3OEKA 4JWXA 2XXTA 5KDTA 3JYRA 4U23A 2Y7KA 3PPRA 4KI0E 4IO2A 2HFBA 3RT8A 2X7PA 2HXWA 3A09A 2DWJA 3SEXA 1B7UA 4ZE8A 3MVWA 1B0LA 1B3LA 3CG1A 1SW4A 3FVOA 1IEJA 3UA8A 4YKIA 3ODBA 5ITPA 1R1NA 3FASA 2UVIA 5A5XB 2XXVA 2Z8EA 1FQBA 2R9JA 3A3CA 3IOTA 5TP9B 2ZYKA 4YKPA 2V3QA 4I8CA 1EU8A 1MQHA 3UIFA 2RINA 3QIMA 3O6IA 1NFTA 2PT2A 4XIGQ 5J1DA 5EHMA 1JEUA 2OWTA 3IOWA 1O63A 2Y7PA 3MP6A 2A5TB 2QJEA 3EF7A 3O2AA 3DP8A 2B3BA 3V89B 3HCQA 1B5IA 3IL1B 2ZMBA 2ONKE 5ISUA 1YPNA 5H8QA 2VP1A 2Q9TA 1OMPA 1LB8A 4H67A 1CB6A 2GRVA 3HSTA 1HSJA 4ECFA 1A55A 4FORA 3OO8A 1BTJA 3T9XB 4E0WA 4NF4A 1ATGA 2QS2A 4F2QA 4FECA 1MXUA 2O7UA 1N0TA 2Z8DA 4LP2B 3V83A 2XXQA 2XXWA 4PETA 3KOSA 5AA2B 3MC2A 4JB7A 2F7BA 1DMBA 4KYEA 4DIGA 4R73A 5I59B 5AA4B 2I6EA 4O3AA 3LC8A 4LZ8A 2ONSA 1I69A 4NTLA 5I56B 3CSGA 3MUQA 2THIA 3UGWA 4OYVA 1B46A 1LGBC 4PFTA 3D4GA 4POWA 4F19A 1B4HA 1PC3A 2F7CA 2UVJA 3FXRA 4IGTA 4U1OA 1N04A 2DSFA 1O64A 4FEBA 2I48A 3I3VA 1P1NA 4U2RA 3HO7A 3BKIB 5FHMA 2AYSA 1JETA 3K1MA 2VHAA 4FE8A 3RPWA 3ILTB 3N6UA 4FAJA 1XVXA 3FJ7A 1SQYA 3FZVA 4F2OA 4OFJA 3PUWE 3Q26A 2XD2A 2DP8A 1MXYA 3H7MA 3K01A 3KN8A 4QSCA 2V3UA 1Y20A 2OCUA 1DPPA 4HTGA 4G8NA 4LONB 1ZIUA 4GFRA 3MZ9A 4DXCA 4FATA 3HHGA 1B7ZA 3ZS6A 4NEDA 4R6YA 2AL5A 3IO6A 4F3SA 1NL5A 2QMXA 2Q2CA 4GD5A 2F7AA 2XHDA 1MQDA 3M3LA 1JVXA 1PDAA 2E0SA 3PMWA 4JWOA 2Q2AA 3PV0E 1AOVA 4GXAA 1SI0A 3IOUA 1R9QA 1GVCA 3R7XA 2RKMA 1UQWA 1J1NA 5AA1A 4GQOA 1KWHA 2OBGA 4DZ1A 5I2NB 3OELA 3MVZA 3TDJA 3LSXA 2H25A 5FTHA 2ABHA 4H65A 1M5BA 3DELB 1B05A 2Q89A 4JBZA 4ELRA 3MQ9A 2G93A 3MJNA 3KZGA 4Q30B 4UACA 3MWBA 1B5HA 3EHSA 4H8IA 3N6TA 2GH9A 4PFYA 4DLDA 3S2VA 1JW4A 3MAMA 3FXQA 3OO7A 4U22A 4F1UA 1USYE 3MVXA 2UYEA 4KR5A 1OQHA 1II5A 3LSLA 3K00A 1FTKA 5FTIA 4G77A 4F3BA 4MBPA 3VVDA 3G3GA 3KJ7A 4GLIA 4ZZAA 3RN8A 4P0GA 3TMGA 1XC1A 2X26A 4H8JA 3S9MC 1LBCA 3VVFA 3OEMA 2O1MA 1XHYA 1LAHE 1XOCA 1XVYA 4N07A 3PPNA 1B52A 5B7DA 4QSEA 3T9UA 1R9LA 1QJMA 3U8QA 1PB9A 2NVUB 5KCJB 1QUKA 1SVXB 3H03A 1JW5A 1EZPA 2I0CA 3TTMA 1DTZA 2XXYA 5H8HA 2RCAA 5I2KA 4WEPA 1VFEA 3C35A 1UTBA 1TWYA 4M4GA 1BIYA 3FGSA 4LA9A 4FJPA 1B58A 3W9VA 2ZYOA 1RKMA 4U4SA 2PMSA 4KFQA 2HAUA 1SW2A 2DQVA 4PQJA 4Z7EA 3MZ1A 1LCFA 4C0RA 3T96B 2DWHA 3E4RA 3PUXE 4LATA 2O7IA 5FHOA 1MPBA 1Z7ME 5ITOA 2KLFA 4ZEDA 3K4UA 1PBQA 3HN0A 1Y4TA 2H4IA 4G68C 3FJGA 3QUFA 3Q28A 5CI5A 5FHNA 2PX1A 3KEIA 1Y3PA 3PPOA 4EDPA 1D9VA 3CG3A 3KSXA 4OEVA 4IB2A 3K6WA 2DVZA 3IR1A 2V84A 3QAXA 3GLBA 3SERA 1IIWA 3B6TA 3KFMA 2V93A 4KHZE 1CE2A 1URDA 3G3HA 4I1DA 1O7TA 3TCFA 3SETA 3CRBA 1VR5A 1N3WA 3RQTA 1B7HA 3L6GA 1UIUA 5H8SA 2F36A 3TCHA 1SBPA 1NH8A 1TXFA 1MXWA 2QMWA 3DP4A 3TPAA 5DTBA 3VLWA 4ND9A 3O6GA 3DLNA 3VVEA 4AQ4A 1UIVA 1FTOA 4EQBA 3SEYA 1US5A 5ICQA 4C1TA 3I6VA 5DEXB 2LAOA 4DCXA 4R72A 1BKAA 4GOTA 4QFKA 5ELVA 4ZDMA 1JW1A 3U1OA 4Q5TA 2R6GE 2P1SA 2I0BA 3CFLA 4QFPA 3EQ1A 2OJTA 4F1YA 3TCGA 3QSLA 2DXRA 3SEWA 3M3KA 2DE2A 2XXXA 4F1VA 2M8CA 5CMCA 4X1BA 2F6PA 4F18A 4BLAA 3UN6A 3K6VA 2Z8FA 5AA2A 4KPTA 3S9NC 4LZ7A 3TQLA 3C36A 5I59A 5AA4A 4GF8A 3EPEA 2ZNTA 4DDDA 3LBSA 3PMXA 2I4BA 3LUYA 3CIJA 2XXUA 1MPDA 2I4CA 4YB7A 5CBSA 3TYHA 5I56A 3PUVE 1FQCA 3Q27A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2B65A 4OVPA 4H0WA 1NUXA 2B3FA 1B6HA 1MPCA 4GWYA 3H6WA 2IA4A 3MZBA 3O97A 4OFLA 1NNTA 4GBWA 4F39A 4KXPA 4I9DA 1FRPA 3MPLA 5TPAB 1LFIA 1NV5A 2VD2A 1XT8A 4MF3A 2V3TA 4QHQA 5L9OA 2VGQA 1IQ7A 4RXLA 1LAGE 1YCJA 1FTMA 4OZ9A 5B70A 2KR0A 1MXVA 1IZ1A 5IKBA 4XKQA 4P1EA 3UORA 1Y9UA 4R9FA 2F3BA 1NH7A 1IXGA 1WODA 2GHAA 4YKKA 3TAJA 2QS1A 1QKBA 3G3IA 4PGPA 1SYHA 1H45A 1YZ0A 1AL3A 1LAFE 4N6PA 4GL8A 5KZTA 1LCTA 4X48A 4OVQA 1YTVA 5EQ8A 4OTEA 5I84A 3OSRA 3KC0A 4TLLB 4U1ZA 4IY5A 4XXUA 1N76A 1D4NA 1QGXA 4X9TA 3TTKA 1WVJA 4NF8A 4KCCA 5AA3A 2CZKA 1QKAA 2RC8A 3A29A 2QL3A 3RPLA 1BK4A 1M5CA 1POTA 1GGGA 1NV0A 3R26A 1S7YA 5I2NA 1P1OA 3KG2A 1FPLA 2XWKA 3H6TA 4XKRA 3RUMA 4IO6A 4GRKA 2CEXA 3VLUA 3RTFB 4POXA 3K1NA 5H8QB 3PU5A 2XA5A 1URGA 1SW5A 2JJKA 4ZE9A 2RCBA 1ZKBA 1LEVA 3C4MA 2HHMA 4H5GA 5JTYA 3GXAA 5L9SA 1GTKA 2FIXA 4TOZA 2KQZA 1F9BA 2O69A 1LAXA 3CI8A 3UK4A 1FPIA 3TUSA 3RT6B 4NF4B 3OSQA 4EF1A 1FPEA 3KJTA 1FQAA 4BDRA 3IX1A 1MG1A 1B3FA 4YAHX 4NF6B 5IZ1A 3IB2A 2D3IA 1P1WA 3E79A 4KCDA 1A8EA 4KQPA 3R6UA 4NHBA 5CMBA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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