3UORA

The structure of the sugar-binding protein male from the phytopathogen xanthomonas citri
Total Genus 142
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
142
sequence length
397
structure length
397
Chain Sequence
KTTVRFWAMGKEAEVVAELVADFEKQNPTIHVDVQNIPMTAAHEKLLTAFAADGLPDVCQLGNTWLPEFALLDTLEPMQPYVARSKIVDPADYFPGVWDTNLVDGTLYGVPWYVDTRLLFYRKDLLREAGYSQMPKTWAEMEQVMAAIKRKVGPDRYAILMPLNEFEQQLSFALQQDDRLLRDHDNYGNFRGAGFRKALGFYDNMYQQGWAPKVSETQVSNVWYEFFNGYYAFYLSGPWNVREFKLRQPPGMEGNWGTAPLPGPNGLGAGIAGGSSLVIFKSSQHKDASWKLIEYLSQPQVQARFHAIIGDLPPRRSTWKLPSLANDALAHAFGDQLERVKATPKVLEWERIVQEMRLVTERVVRGGQSHDAAVQELDQRVDEILAKRRWIFEQEGG
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Structure determination of a sugar-binding protein from the phytopathogenic bacterium Xanthomonas citri.
pubmed doi rcsb
molecule tags Sugar binding protein
source organism Xanthomonas axonopodis pv. citri
molecule keywords ABC transporter sugar binding protein
total genus 142
structure length 397
sequence length 397
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2011-11-17

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF13416 SBP_bac_8 Bacterial extracellular solute-binding protein
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3uorA01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3uorA02
2AYSA 3B7DA 3PU5A 3KOSA 5I2NB 2G29A 2QS2A 3K00A 2GFEA 3TMGA 4P0GA 1JW1A 4DE8A 5IAIA 2RKMA 1MM6A 2O68A 3LC8A 4ZEBA 2ESNA 1MXVA 2VD3A 2I0BA 1TXFA 4DDDA 5TU0A 1D9YA 3QYTA 3OOAA 4HW8A 1LCTA 4OFLA 1M5DA 4IY6A 1URSA 4YKKA 1M5BA 3L6HA 2V84A 2YLNA 3MQ9A 4X48A 5DEXB 2DVCA 4HTGA 5CMBA 2NXOA 2ZNTA 5H8QA 3VLWA 4O3CA 2OWTA 1WODA 1GV8A 2E0SA 2Z23A 1CB6A 1QKBA 3EHSA 1H45A 1FW0A 2Z8DA 4GLIA 3QUJA 1P99A 4F1VA 1N3WA 2HZKA 3MWBA 1TWYA 1I69A 4EUOA 3T9HB 1SI0A 1NH7A 3TTMA 2DE3A 2XXYA 3Q29A 2ZMBA 3GZGA 4PFTA 4UACA 2XXUA 1IQ7A 4IO7A 4F3PA 1MQDA 4OYVA 5H8SA 3H6TA 4ELRA 3U72A 3CI8A 4JWXA 4PFYA 2D3IA 1ELJA 1SYIA 4AQ4A 1D4NA 2OWSA 1Y1ZA 4F2OA 5H8NA 3RTFB 2QMWA 2OLBA 2HXWA 3K2DA 4NMYA 4R72A 4E0WA 2XD3A 4F3BA 3FJGA 3I5OA 2E1SA 3IX1A 4XKNA 3I3VA 1UIVA 1MG1A 5KZTA 4OMBA 1N7XA 3B6QA 3O6HA 5I57B 3FVOA 1ATGA 4LQ2A 3TEPA 4GXSB 2VOZA 5M2VA 3RQTA 4H8IA 1UTBA 3LUYA 1FTKA 3SETA 2FYIA 2QS1A 2O7IA 5I2KA 4OXVA 2DSFA 1LB9A 2QJEA 1B51A 3L6GA 1XVXA 2O84X 2ZNUA 4BDRA 2XX7A 1EZPA 4DLDA 1FTMA 1MQHA 2Q8JA 2V93A 3H6VA 3E13X 2O6AA 1B9JA 1I6BA 1MXZA 1LAHE 3OO6A 3G3IA 1NKXA 1MPBA 1ZU0A 4YB6A 3TZAA 5ITOA 1TFAA 4BDLA 1OVBA 2UYEA 5ICTA 3V5AA 1UQWA 2NWJA 3HPIA 2DP8A 4NF5A 3HHGA 4DXUA 2RC7A 5H8QB 2OBGA 5DVIA 3U94A 1DTZA 3CRBA 1LB8A 3PPRA 1IEJA 3H06B 5BWJA 1ZBMA 4JBZA 2F78A 4KYSA 4TQUQ 3RY3A 3HHFA 5I59A 3FVNA 4XXUA 1WVJA 1O63A 4PFUA 1XVYA 2RC9A 1B32A 3K1NA 1H44A 2GRVA 1IUDA 4MLVA 2ZYNA 2P1SA 4P0IA 1Y1MA 4IY5A 3IB1A 5H8NB 5EHSA 3E4RA 1MY0A 3OO8A 1Y9UA 3EPEA 1POY1 3ILTB 2VGQA 1MXXA 3KJ7A 3T66A 4AB5A 4C1UA 2Q88A 3OSQA 4RXLA 2I58A 3O66A 4MH5A 4POXA 4F29A 3OSRA 3SDFA 1PB7A 3PD8A 1Y3NA 3CSBA 3ONMA 1UTBB 1FTOA 4JDFA 2DVZA 4RK9A 3PUWE 4XIGQ 1PDAA 1USYH 4EQBA 1FQFA 1A55A 4TLMB 1O7TA 2RF1A 2A5TB 4R75A 2V25A 3OEKA 3CFLA 4Z0IA 4THIA 5I2NA 4O3AA 2DYXA 5K2XA 5ELVA 3VXCA 5DVJA 2XX8A 3C36A 3T9VA 4I8CA 4K3FA 3M3LA 1VFEA 1PBQA 3IOWA 1D3KA 4GD5A 4X9TA 3G3FA 2ANJA 4QHQA 4FEBA 4ELPA 2DXYA 3EQ1A 5EYFA 1B2HA 2H9BA 1OMPA 1LBBA 3HCQA 3SEYA 4GQOA 3OELA 4H8JA 3C9HA 5DEXA 1B40A 4NF5B 4OEVA 4XKQA 2RCBA 3LSLA 1KWHA 2ABHA 3VE1B 2REGA 3UP9A 5B7DA 1DOTA 4LZ8A 1B7UA 4RK2A 3TCFA 2RC8A 4PQJA 1O64A 4R9FA 1R9LA 3KZGA 5I59B 2M8CA 3DP8A 2QSXA 5B70A 3K4UA 1R1NA 2HCAA 1MQIA 3H7MA 3OEMA 3H3GA 1BLFA 3FV1A 2PYYA 4M4GA 2HAUA 3F11A 3S9EA 4R2FA 3P7IA 2H25A 4RA1A 1NMUA 3OENA 3FZVA 4OEUA 1MH3A 1OLCA 3PUXE 3TTNA 4FEDA 5CMKA 3V8XB 4F1YA 5TPAA 1MPCA 2Y7IA 1ZLQA 1URDA 3PGFA 3O29A 4EQ7A 4IB2A 3C35A 1MXYA 2Q9TA 1Q1KA 1Z7ME 1TFDA 5I57A 1VFDA 1ZKBA 1USYE 1B7ZA 3PMXA 5CMCA 5F7VA 2V3TA 4LZ7A 2I4BA 3BFUA 3K0VA 1B3EA 3O6GA 1FQDA 5FTHA 4EXLA 3PPPA 1MS7A 2WKYA 2QRYA 5L8DA 1GVCA 1SYHA 1NNFA 4R6YA 2PBWA 1L5TA 4IGRA 1YPNA 2Y7PA 2NUVA 4ZEIA 3BKIB 4BDOA 2B65A 1D9VA 3TCHA 4RNSA 3O9PA 4QF9A 1LBCA 4F22A 4JXIA 1NNPA 3CG3A 2Q2CA 1B1HA 2H4IA 1IXIA 3S9LC 1Q35A 1JNFA 1LCFA 4F31B 3K6WA 4N07A 1N84A 4MLQA 2D5WA 4M1VA 3KSJA 1B58A 4OETA 1OIBA 4DXBA 3T9XB 3TPAA 3G3GA 4XKPA 5BUUA 5CI5A 4YAHX 1M5CA 3PUYE 3K6XA 3KN3A 1B6HA 4NE4A 3Q25A 1MM7A 1JVXA 2NVUB 3S9MC 3QIMA 4QSCA 3IB0A 4H65A 3N6TA 5JK4A 4LZ5A 4DCXA 3FATA 1LFHA 2F34A 1B3LA 4YZZA 5EHMA 1IXCA 3EHUA 2O1MA 3H6WA 5TPAB 3A3UA 4ONYA 3GBAA 3VVFA 1MPDA 4U21A 4YMBA 4Q8RA 1PB9A 1QUKA 5HBCA 3OD7A 2XXWA 4ECFA 1MDQA 3MW0A 1J1NA 3CFXA 4MFIA 3FJMA 5AA4B 3OO9A 1FQEA 3G3KA 4XTCQ 1R6ZA 3RTWB 2QMXA 3MPLA 4L17A 4JSOA 4N13A 1MY4A 3USDA 2A5TA 4KI0E 3VLVA 2OJTA 3G3HA 1P1OA 1IITA 2A5SA 4F1UA 1OLAA 3MZ1A 3VDFA 2ZYKA 1S7YA 4LA9A 2YJPA 5HPQA 3LBSA 4G68C 3QUFA 3ZKKA 3TUSA 4H6DA 2O7UA 5KDTB 4NF6A 2GH9A 3UORA 1GR2A 3FV2A 2Y7RA 4OENA 3MVXA 1M5EA 3B6WA 4KCDA 4G2ZA 3TQWA 1US5A 4KR5A 4EDPA 2Y84A 1QULA 1II5A 2UVIA 3SERA 3UK4A 4H67A 1A54A 3IO6A 3MC2A 5CC2A 1DSNA 1EZOA 4I62A 4U4XA 2DE2A 3RGYA 4YU0A 4KPTA 4NF8B 1SW1A 3FUZA 4E0XA 1PB8A 2XHDA 2GHAA 3UIFA 3MZ9A 3WAEA 2DS9A 4PP0A 4G4PA 4QFPA 1VSOA 2KLFA 1B5JA 4RYAA 1IXHA 3FJ7A 3KJTA 3FGSA 4DXCA 4U22A 3TKDA 3FXQA 3LSFB 3JZJA 3VVDA 2UVGA 4RPOA 1FQBA 4GF8A 2OK2A 5K2YA 2R9JA 3A3CA 2H98A 3LR1A 1XT8A 3PPQA 1QUJA 2F8DA 3RT8A 1UTHA 1B52A 4FAJA 3TAJA 5I84A 2I48A 3THIA 3WAFA 3DELB 2THIA 4ZE9A 4WKMA 4N6PA 4OTEA 4ESXA 3OO7A 2FNCA 1MXUA 2F6PA 2I49A 1JW4A 1T0KA 4FATA 5DTBA 4QFKA 3U93A 4IO4A 2O69A 3TFLA 2QS4A 4H5GA 4GL0A 1QUIA 1A40A 4F2QA 3C31A 5ITPA 4OERA 3MBPA 2DOJA 4IO2A 4QFOA 4BDNA 4LP2B 1QKAA 2Q2AA 4OVJA 1CE2A 3K02A 3PD9A 4FECA 1AL3A 4GFRA 2ZYMA 4WXJA 3CR9A 2REJA 3FASA 2P0SA 4GOTA 4ZEDA 1H76A 1LAXA 3AXFA 4DCYA 4IO6A 3U1OA 4NF6B 3E9XA 1WDNA 3N26A 4EF2A 2ONSA 1MXWA 1S9TA 4I1DA 2D21A 4BLAA 2F7CA 3Q27A 4Q30B 2DWIA 2UYFA 3E3KA 3MVYA 2DXRA 4YICA 1B1XA 1M5FA 2HAVA 3IO4A 3C4MA 4KD5A 5FHMA 3D4GA 1HSLA 5I56A 1SDXA 1NL5A 2QPQA 4QSEA 3U92A 2B3BA 5TP9B 1BP5A 3QXMA 5CM6A 3W9WA 1BTJA 1TT1A 1QVSA 1JEUA 1AIVA 2V3QA 2H99A 4NTLA 4G8MA 3S9NC 3HV1A 3H03A 3R7XA 2NOOA 5H8FB 3VVEA 3RLFE 4ZEFA 1N0TA 2Z8EA 5JEIA 3U8QA 2O1LA 4DZ1A 4H1XA 1OVTA 1MQJA 1EH3A 3IJXB 5H8HB 1LSTA 2DQVA 2ZXTA 1UTHB 4U23A 5HM4B 3SEWA 4R6KA 3O97A 2F5XA 3GXAA 3IK6B 4QSDA 3KGCA 1P1UA 5JTYB 4F18A 5AA4A 2F7AA 5FTIA 3EF7A 4R74A 1EZ9A 1SI1A 2PX1A 2F7BA 2Z8FA 3ZS6A 3MJNA 3QAXA 3ODBA 3R26A 3CIJA 2I4CA 2VP1A 3M3FA 1A8FA 4UA8A 2ONKE 1BIYA 2XXVA 1POTA 3TDJA 4ELQA 4YMAA 4GXAA 1FCKA 3KBRA 3MAMA 2DWAA 4G8NA 4FJPA 4YB7A 1B05A 3JV9A 1B5IA 5J1DA 3UN6A 4EQ9A 1RYXA 5KCJB 3K01A 4RPNA 1QW0A 3W15C 3KSXA 3HO7A 1H43A 4X1BA 2BJJX 2X7QA 5KDTA 2X7PA 4ESWA 1MY1A 1XS5A 1LAFE 3IL1B 1B4ZA 4G8HA 3VLUA 1VR5A 2YPNA 3RUMA 4P11A 4EF1A 3SKPA 3T96B 5L9OA 3IJOB 2HFBA 4OFOA 4NF4B 4XKRA 4QFLA 3SEXA 1I6AA 4G68A 5CMMA 2Q89A 1F9BA 1PEBA 3JYRA 4KHZE 4LQ5A 4NF8A 1MRPA 3RT6B 4ZECA 5I56B 1N76A 1JEVA 2O51A 3ZSFA 3KFMA 1SVXB 3PMWA 1VE4A 1A7LA 1UIUA 4LVQA 5FHOA 4GVOA 1Y4CA 4ZE8A 4O3BA 4Q5TA 2R6GE 1GGGA 1Y20A 3KN8A 3BFTA 1ZIUA 3FVKA 2B3FA 3SESA 1MDP1 4OQOA 1AH5A 1OQGA 1S50A 3PMVA 3M3KA 3FD3A 4ZDMA 4ELOA 2XXPA 4OESA 4KFQA 1MY3A 4GIZA 4HCYA 5A5XB 3K6UA 1PBPA 3VXBA 3CG1A 1RYOA 3T93B 5AA2D 3Q26A 3EHTA 3FXUA 3N5LA 2Y7KA 2RCAA 2OZZA 3N6UA 5CRYA 4JB7A 4ISUA 1IXGA 5IKBA 1B0LA 4U1ZA 1ANFA 3K1PA 1B7HA 1N04A 3IOVA 3O6IA 4JWOA 2I0CA 4HS7A 5F1QA 3TTRA 3B6TA 4KQPA 2OCUA 1HSEA 4LATA 1P1WA 3SEVA 3TQLA 4WEDA 1B46A 2ONRA 1R9QA 5I58A 4G77A 1YAEA 3RN8A 2UXAA 4X1DA 4NWDA 5DYHA 3KEIA 4FORA 3GBBA 2UVHA 4ZZAA 3RNNA 3BBRA 1DTGA 4U4SA 4FE8A 2FA7A 2F6GA 5CBRA 1GTKA 3HSTA 3MUQA 1URGA 3ILUB 3PV0E 1SW5A 4MBPA 2GHBA 5ICQA 3TTKA 1SBPA 1YCJA 3I6VA 2LAOA 4YB5A 4G68B 5L9SA 2IA4A 4ZS9A 3C33A 1I6QA 2F36A 1AOVA 5CBSA 3KOTA 1NH8A 4IO5A 5TP9A 1B3HA 3UA8A 1N3XA 3ECRA 4F3GA 5AE4A 4QRZA 2HEUA 3CFZA 3MVWA 2AIXA 3DP4A 4R6HA 5H8FA 1FQCA 1IIWA 1FQAA 1ZJLA 3IAZA 4MF3A 5DT6A 4OZ9A 2HZLA 1A8EA 1DPPA 2Z22A 3S4UA 1MY2A 2IEEA 2V3UA 4LONB 1MQGA 5H8HA 2XXRA 3H6UA 4H5FA 2PT1A 2ZNSA 3GLBA 3DLNA 1NNTA 3MP8A 1Z7NE 3QSLA 4F39A 4Q0CA 3T9UA 1XOCA 5JTYA 2XXHA 2F97A 1XC1A 4TLLB 2VD2A 1JQFA 3OMBA 1FTLA 1PC3A 3TYHA 1B3FA 5AA2A 2UVJA 2CMOA 1Y3PA 5DVFA 1US4A 4YKJA 1BKAA 1SW2A 4NWCA 1P1NA 4R9GA 2XX9A 1Y3QA 4PETA 4POWA 1OQHA 1NNKA 1FTJA 3M8UA 1IZ1A 1SQYA 2PT2A 4I9DA 3UGWA 4EXKA 5I2KB 4GWOA 3FVGA 3MP6A 3ZKLA 1LLSA 5KCJA 1LFIA 3R6UA 2AL4A 3K6VA 2H5YA 5FHNA 1AMFA 3CVGA 4BDQA 2P2AA 1P1QA 3DM0A 2W7YA 2X26A 1YTVA 5I58B 4R2BA 1B0HA 1B3GA 4U1OA 3TTLA 3VV5A 3TODA 4QFNA 4OHNA 5ISUA 1DMBA 4FIMA 1EU8A 5LOMA 1ZMGA 2I6EA 3IOUA 3PPNA 3C32A 4NF4A 3IOTA 1JVYA 2DWJA 4F19A 1DPEA 4YKPA 3FXRA 1JW5A 1Y4TA 2F35A 4JSDA 4F3SA 4LUBA 3N94A 2I3VA 1LAGE 1LFGA 3QK6A 1JETA 4KCCA 3K1MA 2PVUA 2PMSA 2I3WA 3O2AA 4TOZA 2XXXA 3IORA 4ND9A 4OWDA 4GL8A 5AA1A 3EN3A 4PFWA 2DE4A 4Z7EA 1B5HA 3MP1A 1XHYA 2HQ0A 3SEUA 1B4HA 4HCWA 3RPWA 3FIRA 3KN7A 4JWYA 2ALUA 3G3JA 5AA3A 4RY1A 4U2RA 3LSXA 2VHAA 3CSGA 2ZYOA 5A5XA 4AB6A 3PPOA 4KYDA 4GRKA 3VFJA 3G7WA 2XXIA 3PUVE 3TELA 4NEDA 4OFJA 3D4CA 3H4ZA 3MZBA 2XD2A 1QJMA 1A99A 4H0WA 4DIGA 3V89B 4IO3A 5L9MA 1N7WA 3V83A 3TCGA 3DP6A 4C1TA 3IB2A 1SW4A 2CZLA 5AA2B 1RKMA 2QS3A 3A09A 3MPKA 1SD3A 3O28A 2RINA 1LGBC 3S2VA 1NFTA 2QL3A 2G93A 2Y7WA 4IGTA 3KG2A 3W9VA 1H3DA 4RJZA 4C0RA 4PE5B 3MVZA 4ZEKA 4ZZEA 2AL5A 3IR1A 3PUZE 4BDMA 3OXNA 1MH4A 3T22A 4KYEA 3HN0A 4WEPA 4YKIA 2XXQA 2XXTA 1ZTYA 1HSJA 2R71A 2DWHA 3Q28A 3LSWA 3C34A 4R73A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2AYSA 3B7DA 3PU5A 2P3NA 3KOSA 5I2NB 2G29A 1FBEA 3ISPA 2QS2A 3K00A 2GFEA 3TMGA 4P0GA 1JW1A 4DE8A 1IMEA 5IAIA 2RKMA 1MM6A 2O68A 3LC8A 4ZEBA 2Q8MA 2ESNA 4NQ8A 1MXVA 2VD3A 2I0BA 1TXFA 4DDDA 5TU0A 1D9YA 3QYTA 4PFRA 4GWYA 3OOAA 4HW8A 1LCTA 4OFLA 2JJKA 1M5DA 4IY6A 1URSA 4YKKA 1M5BA 3L6HA 2CZKA 2V84A 2YLNA 3MQ9A 4X48A 5DEXB 2DVCA 4HTGA 5CMBA 2NXOA 2ZNTA 1INPA 2HPGA 5H8QA 3VLWA 4O3CA 2OWTA 1WODA 1GV8A 2E0SA 2Z23A 1CB6A 1QKBA 3EHSA 1H45A 1FW0A 2Z8DA 4GLIA 4N15A 3QUJA 1P99A 4F1VA 1N3WA 2HHMA 2HZKA 1FBCA 3MWBA 1TWYA 1I69A 4EUOA 3T9HB 1SI0A 1NH7A 3TTMA 2DE3A 2XXYA 3Q29A 2ZMBA 3GZGA 4N8GA 4PFTA 4UACA 2XXUA 4P3LA 1IQ7A 4IO7A 4F3PA 1MQDA 4OYVA 5H8SA 3H6TA 4ELRA 3U72A 3NOHA 4PDDA 3RPLB 3CI8A 4P47A 4JWXA 4PFYA 2D3IA 4P9KA 1ELJA 1SYIA 4AQ4A 1CNQA 1D4NA 2OWSA 3KC1A 1Y1ZA 4F2OA 5ET5A 5H8NA 3RTFB 2QMWA 2OLBA 2HXWA 4G61A 3K2DA 4NMYA 4R72A 4E0WA 2XD3A 4F3BA 3FJGA 3I5OA 1RDYA 2E1SA 3IX1A 4XKNA 3I3VA 1UIVA 4O7IA 1MG1A 5KZTA 4OMBA 1N7XA 3B6QA 3O6HA 4I40A 4PFBA 5I57B 3FVOA 1ATGA 1DK4A 4O94A 4LQ2A 3TEPA 4GXSB 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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