3UP9A

Crystal structure of a putative lipoprotein (actodo_00931) from actinomyces odontolyticus atcc 17982 at 2.35 a resolution
Total Genus 75
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
75
sequence length
241
structure length
239
Chain Sequence
DVVTLTVGATPSPHAKILTYINDNLAADAGIKLDIVEYTDYVQPNTALNDGDLDANFYQTVPYLENAEKQFGYNFEAGEGIHLEPLGVFSNKHKSLDELPDGGTIGIISDTANQSRALELLATQGLVSIPEGDVNINTVTKLKNFDFREVEGPQLVRSLDDFDYAVINGNFAQEGGKTISGDALVVESPVDNPAVNVLVWKGDSKKVDAIAKLEKLLHSDEVKQYIEKTWSDGSVIPAFM
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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publication title Crystal structure of a hypothetical protein ACTODO_00931 (hypothetical protein ACTODO_00931, SP17422A, P_02044074.1) from Actinomyces odontolyticus ATCC 17982 at 2.35 A resolution
rcsb
molecule tags Methionine-binding protein
source organism Actinomyces odontolyticus
molecule keywords Putative uncharacterized protein
total genus 75
structure length 239
sequence length 241
ec nomenclature
pdb deposition date 2011-11-17

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF03180 Lipoprotein_9 NLPA lipoprotein
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3up9A01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3up9A02
4F2OA 2IA4A 4OYVA 2QS4A 2B3BA 4ZDMA 3U94A 2I0CA 5IAIA 4U21A 3S4UA 4KD5A 4EXLA 3M3KA 3C9HA 3MWBA 1FQCA 5FHMA 1LFHA 3K0VA 2ABHA 3WAFA 3VLVA 1J1NA 4F1UA 2THIA 3FGSA 3MUQA 2X26A 3IR1A 2DE2A 5CMBA 1SQYA 3C34A 3K6VA 3SESA 1MY2A 3KSJA 2A5TA 3VLUA 4NF6A 3VXCA 1YPNA 4R74A 1KWHA 3PMXA 4KR5A 2WKYA 4F19A 2UYFA 1M5FA 1H3DA 1TWYA 1B1HA 5I2KA 3D4GA 3ECRA 1XS5A 3PPOA 4TQUQ 3O29A 2RKMA 1N0TA 3FVNA 1VE4A 4GF8A 4L17A 5DYHA 2P0SA 5I2NA 4XIGQ 4U1OA 1EH3A 3RT6B 3SEUA 3B7DA 2RF1A 4FORA 1XOCA 1Q35A 4ECFA 3I5OA 5I59A 5DVJA 4RK2A 4ELRA 3T9XB 3Q26A 1A55A 3HCQA 3MZ9A 1GV8A 4G68B 1QULA 4GFRA 1POTA 4PFUA 3IOUA 4NMYA 1LSTA 3EHUA 4H5FA 3USDA 2VHAA 3OSQA 1LGBC 1OVBA 5I57A 4THIA 3WAEA 1AOVA 4QRZA 3EHSA 2HXWA 2FA7A 1OLAA 1B9JA 2R71A 1N7XA 1B3GA 1UTHA 3W9VA 3M3LA 4H5GA 3C36A 3CVGA 1BP5A 4KQPA 1B58A 5F1QA 1B52A 1RKMA 4I62A 2XXRA 1VFDA 1I6QA 3V8XB 3TUSA 1B46A 1B0LA 4OESA 2ZXTA 2F35A 3A3CA 4G77A 5CMKA 4IO5A 1PC3A 3TMGA 4IO7A 1N7WA 3EF7A 1DPPA 3JV9A 3CSBA 1NH8A 4ND9A 3CG1A 1IXGA 3FUZA 4GXSB 2O1MA 1FCKA 1MQHA 4G4PA 2XXTA 2F6PA 2P2AA 2KLFA 4DDDA 2Z8DA 3PPQA 1R6ZA 3MVWA 2ZYKA 3ILTB 2RINA 5CMCA 1B7ZA 1TT1A 5H8NB 1Y3PA 3OELA 2AL4A 3VLWA 2H25A 2DE3A 1GR2A 3VE1B 2VP1A 4XKQA 2QRYA 2ZYNA 3O28A 1SI0A 4GOTA 2V3TA 1B3EA 5ISUA 1DPEA 1MQIA 1P1QA 3RT8A 3IB0A 1BKAA 3MVXA 1MXZA 2ESNA 4BDRA 3U93A 3ODBA 4ELOA 2ONKE 2Y7WA 1S50A 4LQ5A 2OLBA 3GBAA 4QFNA 3TCGA 3KGCA 3SETA 3A3UA 3SEXA 3SERA 1P1WA 2F6GA 2Z8EA 1FQFA 1PB7A 4YICA 4QSCA 3TQLA 3IAZA 3H7MA 1B6HA 3N6TA 3MAMA 4DIGA 4LZ8A 1NKXA 3EPEA 4XKNA 1FTOA 1GGGA 3UN6A 1MQGA 4NEDA 2QS3A 1BIYA 4P11A 5BUUA 3TKDA 2E1SA 3K6XA 5JTYA 1N84A 2QMXA 3JYRA 3FJGA 3LR1A 2O7IA 3OSRA 4X48A 1MM7A 3T22A 2LAOA 2V93A 3FJ7A 1SW4A 4WEDA 3IJOB 2UVGA 1B5IA 1JW1A 1SBPA 4PFYA 1MY3A 4F1YA 4ELQA 1BLFA 1LAFE 2B3FA 5I56A 3KZGA 1R9QA 1SDXA 4H8JA 3FVKA 1FTLA 4OHNA 3B6TA 3K1PA 3CFZA 4ZEDA 2OZZA 1B2HA 1UQWA 1O64A 5CC2A 4R2BA 2NVUB 3G3FA 1MPCA 3FVOA 3C4MA 3G7WA 2UXAA 3HSTA 4YB5A 3S9NC 1D9YA 4R6YA 2DQVA 1FW0A 1Y1ZA 2O69A 1YTVA 2OWSA 3EHTA 3O66A 3BBRA 5DEXB 1US5A 4G8NA 1DOTA 3BFTA 4C0RA 3LSLA 3FZVA 4QF9A 3K6WA 4KYEA 2YJPA 2XXQA 1NH7A 4E0XA 1EZPA 4X1DA 3GZGA 2R9JA 1B5JA 3KN3A 1B3LA 1PB9A 2I4CA 1MH3A 3JZJA 3MZ1A 3MPLA 4R72A 1SW1A 3IOVA 4HCYA 3PU5A 3OEMA 3C31A 2YLNA 1IXIA 3H4ZA 4I8CA 1A7LA 3OMBA 4MBPA 1F9BA 2NUVA 5JEIA 3UA8A 4HS7A 4F2QA 5K2YA 5AA2B 4QFOA 3IO6A 3OO8A 5H8FA 4R73A 4ESWA 4ZE8A 2XHDA 3K1MA 4PFTA 5L9MA 4G8MA 4ZEIA 5TPAB 4IB2A 1PBQA 2XXWA 3G3KA 4RPNA 1I6BA 1QJMA 3E9XA 3MBPA 2VD2A 4R9FA 2XXVA 3LSWA 3S9LC 4PETA 2HQ0A 1N3XA 3KEIA 4XKPA 4ZZEA 3LSFB 5TU0A 1H44A 2RCAA 3EQ1A 5H8QA 5A5XB 3GLBA 3KSXA 3MZBA 4N13A 4EQ7A 1AIVA 1N04A 1O63A 2HFBA 4NTLA 3G3GA 2QL3A 4YMAA 3TPAA 4MLVA 2ZNUA 1TFAA 3K6UA 1SYHA 2H4IA 3QK6A 3D4CA 4FECA 1M5EA 1DTZA 4P0IA 2PT1A 3FV2A 2REJA 3GXAA 4E0WA 3M8UA 4GL8A 1EZOA 2Q2AA 1II5A 1QKAA 1USYE 5CBSA 4G68A 3FJMA 1MXUA 4FATA 1LBCA 3KJ7A 3VVFA 4JWOA 1B51A 5HBCA 3KG2A 4JWYA 1ZBMA 2I48A 5B70A 4RJZA 3HHFA 1YCJA 3DP4A 1OQGA 5DVFA 1Y3NA 4Q8RA 4ZEFA 3S9MC 2XD2A 4GXAA 3VXBA 3TCHA 4IO3A 4K3FA 1Y9UA 1OMPA 2GHAA 2RCBA 4DCXA 4WKMA 3TAJA 1UIUA 2DE4A 2G29A 1B4ZA 2VGQA 4JSOA 3FXQA 3PPRA 2XXPA 4F18A 1M5CA 1OIBA 3DLNA 1URSA 3QAXA 3OO9A 1NL5A 3ZKLA 2H98A 3ZSFA 3RNNA 4M4GA 4H6DA 5AA3A 3RTWB 5AA1A 2HEUA 5BWJA 1AMFA 4RA1A 2ZNTA 4I1DA 5HPQA 1IUDA 3FV1A 2PX1A 3PD8A 1Y3QA 3K02A 3SKPA 3FATA 1XC1A 1NNTA 4UACA 3H06B 4NF5B 3I3VA 1MY0A 2A5SA 3CFLA 4NF8B 4O3CA 3K00A 4GD5A 3TTKA 3DP6A 2I58A 2R6GE 3U72A 3U1OA 3E4RA 2F7BA 1QUIA 1MDQA 1H45A 4AB5A 1UTBA 1USYH 3OENA 2Z22A 1LAHE 2DS9A 3DM0A 3PPNA 1LFIA 1QUJA 4Q0CA 1HSEA 3Q28A 4FIMA 1QW0A 2Y7PA 1VSOA 4NF6B 3Q25A 4LZ7A 3L6HA 4BDQA 4DXUA 5KCJA 3GBBA 1B0HA 1ZU0A 3IX1A 1XT8A 3LC8A 4RK9A 4Q30B 1RYXA 2GRVA 2DVCA 3IJXB 4R6HA 4KCDA 2HAVA 3H3GA 5L8DA 4BDLA 4F22A 2D3IA 5I2KB 2I4BA 2FYIA 3RLFE 2DYXA 3IOTA 3T9VA 3CIJA 1LB8A 1R1NA 3Q29A 3VVDA 4QHQA 4O3BA 5I59B 1FQBA 1JW5A 4AB6A 4HCWA 3QUJA 2GH9A 1MXXA 4OXVA 4KCCA 5KDTB 3CRBA 1DTGA 5HM4B 4C1UA 4U4SA 1YAEA 3KN7A 1LCFA 3HO7A 4R9GA 3CR9A 3THIA 3VDFA 1SVXB 2Z23A 3VVEA 4Z7EA 1XVYA 4YKKA 1JEUA 4X9TA 4FEDA 1IITA 2O84X 4JDFA 2ZYMA 1LB9A 5B7DA 1P99A 3IO4A 2VD3A 1SI1A 3TDJA 4X1BA 4POWA 2F5XA 4ELPA 2UVJA 3TYHA 1M5DA 4IY5A 1LBBA 4H8IA 1B3HA 3MP6A 3K2DA 1LCTA 3UIFA 1IQ7A 3KOTA 3RQTA 2PT2A 3R26A 1QKBA 3KN8A 4O3AA 4EUOA 2XXXA 1MXWA 2H5YA 4OVJA 2Y7IA 4KI0E 3TTMA 4MF3A 1B7UA 5AA4A 4GL0A 3H03A 2OCUA 4IGTA 4F3SA 4N07A 1I69A 1FQEA 2XD3A 3LSXA 4ONYA 4DZ1A 4U1ZA 3V89B 5L9OA 1D3KA 4GLIA 4IO2A 1TFDA 1FTMA 3TCFA 5I58B 3C32A 3T93B 2G93A 4TLMB 4GIZA 4UA8A 4GQOA 1A54A 1MRPA 1NFTA 2F36A 2DWIA 3BKIB 5ELVA 4FJPA 4G2ZA 5J1DA 4U4XA 2QSXA 3LBSA 1B5HA 4ESXA 1MPBA 4H67A 2ONSA 4PFWA 3QXMA 1P1NA 4NF4A 2O6AA 4KYSA 4OQOA 4U23A 5ITOA 4R75A 4OEUA 4DE8A 3OO7A 3ZKKA 5CMMA 4LATA 1XHYA 2HZLA 3Q27A 1A8FA 3C35A 4G68C 1O7TA 4OFLA 4EF1A 5H8HB 5AA2D 2RC8A 2I49A 3T66A 3TTLA 2OBGA 3H6UA 2GHBA 2ALUA 4XXUA 2W7YA 5JTYB 4JB7A 2QJEA 3KFMA 1Y20A 4F3PA 1S7YA 3CG3A 4ZE9A 3EN3A 4ZEKA 5A5XA 4NWCA 3S9EA 1FTJA 2DXYA 1WDNA 3QYTA 1OVTA 3O6GA 4JWXA 1B1XA 1B3FA 1FTKA 4FEBA 3M3FA 4ZS9A 4OFOA 5I56B 5TP9B 2DOJA 1VR5A 4BDOA 4LZ5A 3OOAA 3R7XA 4XTCQ 2Y7RA 2QS1A 1ATGA 1GVCA 3O6IA 1PB8A 2I3WA 3B6QA 2B65A 2Q89A 4EQBA 1HSLA 2O68A 2REGA 1MXVA 1SD3A 3RN8A 1IXCA 2ONRA 1UIVA 3RPWA 1Y1MA 4F29A 3IORA 3HV1A 4WEPA 2P1SA 3CFXA 4P0GA 4YKJA 4YB7A 1URDA 1MQJA 4QSEA 3MQ9A 3E3KA 5DT6A 2F8DA 3RTFB 3UP9A 5L9SA 3TELA 3FD3A 2Z8FA 1M5BA 2ZMBA 1IIWA 1ZJLA 4QFLA 4EF2A 2XX7A 3H6VA 2PMSA 1JETA 4PE5B 3RY3A 3QSLA 4OFJA 2O51A 4C1TA 4KFQA 4OEVA 4DXCA 2GFEA 5H8FB 5CBRA 2PYYA 4YKIA 5K2XA 4NF5A 3FASA 3N94A 3W9WA 1A99A 4NF8A 1EZ9A 3SEVA 1IXHA 3OXNA 4POXA 3K1NA 1LLSA 3N6UA 1LAXA 3MP1A 2I3VA 5CI5A 1XVXA 5AE4A 4MLQA 2UVIA 2UVHA 2Q8JA 2I6EA 1MXYA 1DSNA 2QPQA 1NNFA 2XXHA 3CI8A 3KOSA 1TXFA 2UYEA 3KJTA 4DCYA 3PPPA 4OMBA 4XKRA 4RYAA 4QSDA 5CRYA 1N3WA 2HAUA 1A8EA 2F97A 3K01A 1JVYA 3O2AA 3SEWA 1P1OA 5H8QB 2CMOA 1WVJA 3DELB 3TZAA 2ANJA 2IEEA 2FNCA 3E13X 3G3IA 2VOZA 1ZLQA 4BDMA 3H6TA 4DXBA 1NMUA 2XX8A 4F31B 3W15C 1B05A 1SYIA 1Z7NE 1PBPA 1MM6A 3N5LA 5H8SA 4JSDA 1PDAA 2V3QA 3VV5A 5EYFA 4QFPA 2H99A 4JBZA 3V5AA 4R2FA 2PVUA 4U22A 4HW8A 5M2VA 5KDTA 1ZMGA 2A5TB 4F39A 5H8NA 2Q9TA 3HHGA 4AQ4A 1I6AA 3TTRA 2DP8A 2O1LA 4GWOA 2O7UA 5FTHA 2AL5A 2OK2A 4MH5A 3R6UA 4ZEBA 2DWJA 4ZECA 1NNPA 1QVSA 4YZZA 1CE2A 3TODA 4JXIA 3PV0E 2OWTA 3PUZE 4M1VA 4KPTA 4YU0A 1FQAA 3T96B 2PBWA 3IB1A 5I2NB 4IO6A 3DP8A 4KHZE 3UK4A 3SDFA 2XXUA 2E0SA 5CM6A 1MPDA 5KZTA 5DVIA 4RXLA 3PMWA 1JEVA 1MDP1 3TFLA 4NWDA 1T0KA 4LONB 4YKPA 1MH4A 2OJTA 4LVQA 5ICQA 5I57B 4WXJA 1N76A 1IEJA 4RPOA 3MVZA 3MVYA 5F7VA 3QIMA 2NWJA 2F34A 1UTBB 4QFKA 5ITPA 4EDPA 3PGFA 2Q88A 2DXRA 3O9PA 3MP8A 4OERA 4GVOA 3OO6A 3KBRA 1FQDA 5I58A 3ONMA 1LAGE 3UORA 5LOMA 2DSFA 5KCJB 1L5TA 4F3BA 1MQDA 2AIXA 1UTHB 3FIRA 2HCAA 1VFEA 1B40A 2DWAA 2XXIA 3G3HA 2ZNSA 4LUBA 3IOWA 3HN0A 1POY1 4IO4A 1DMBA 5FHOA 2X7PA 3U92A 2NXOA 2YPNA 3P7IA 3PUYE 2BJJX 3F11A 3C33A 1ANFA 3PMVA 4YB6A 4N6PA 4LA9A 1D4NA 2D21A 4Q5TA 3O97A 4RNSA 3BFUA 3PD9A 1R9LA 3I6VA 2F7AA 4GRKA 4DLDA 3FVGA 2F7CA 5H8HA 2ZYOA 5DEXA 1GTKA 1PEBA 3G3JA 2V3UA 3TQWA 4BDNA 2RC9A 1IZ1A 4NE4A 1A40A 4G8HA 1JW4A 2I0BA 5IKBA 1ELJA 3O6HA 1OLCA 3LUYA 1SW2A 4KYDA 4R6KA 2NOOA 4Z0IA 1Y4CA 3RUMA 2Y7KA 1NNKA 2F78A 1JQFA 4TOZA 4IGRA 2Y84A 3TEPA 1MS7A 4YMBA 5AA2A 3SEYA 5TP9A 5DTBA 2V25A 1RYOA 1Z7ME 5ICTA 3A09A 3IB2A 3PUWE 4FAJA 5TPAA 4OWDA 1JVXA 3FXUA 4TLLB 4F3GA 1HSJA 5AA4B 1B4HA 1B32A 1P1UA 3ZS6A 3UGWA 5FTIA 4LQ2A 4MFIA 3OEKA 4OZ9A 4I9DA 4HTGA 2XX9A 4EXKA 4F1VA 3TTNA 3RGYA 1AH5A 1S9TA 1WODA 3MW0A 5EHMA 1Q1KA 2QS2A 4OENA 1QUKA 3H6WA 3CSGA 2HZKA 3IL1B 1H76A 4PQJA 1US4A 5I84A 3MC2A 4H0WA 3HPIA 4PP0A 2X7QA 2H9BA 3MPKA 4ISUA 2XXYA 3FXRA 4NF4B 1LFGA 4IY6A 3B6WA 1D9VA 4U2RA 3PUXE 1SW5A 2DVZA 1CB6A 1Y4TA 1ZKBA 1MG1A 3VFJA 1MY4A 2QMWA 4H65A 1URGA 1EU8A 1BTJA 2D5WA 2DWHA 4FE8A 3ILUB 5JK4A 1MY1A 5EHSA 1ZTYA 4H1XA 3N26A 3V83A 2M8CA 4OTEA 2Q2CA 1JNFA 4YAHX 5FHNA 1OQHA 2AYSA 3OD7A 3MJNA 3IK6B 4EQ9A 1ZIUA 4ZZAA 1H43A 3PUVE 2V84A 3L6GA 3U8QA 2CZLA 2RC7A 3AXFA 1AL3A 3K4UA 4BLAA 3T9HB 4LP2B 1B7HA 4RY1A 3QUFA 3S2VA 3T9UA 4OETA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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