3V5AA

Crystal structure of c-lobe of bovine lactoferrin complexed with gamma amino butyric acid at 1.44 a resolution
Total Genus 118
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
118
Knots found
sequence length
335
structure length
335
Chain Sequence
YTRVVWCAVGPEEQKKCQQWSQQSGQNVTCATASTTDDCIVLVLKGEADALNLDGGYIYTAGKCGLVPVLAENRKSSKHSSLDCVLRPTEGYLAVAVVKKANEGLTWNSLKDKKSCHTAVDRTAGWNIPMGLIVNQTGSCAFDEFFSQSCAPGADPKSRLCALCAGDDQGLDKCVPNSKEKYYGYTGAFRCLAEDVGDVAFVKNDTVWENTNGESTADWAKNLKREDFRLLCLDGTRKPVTEAQSCHLAVAPNHAVVSRSDRAAHVEQVLLHQQALFGKNGKNCPDKFCLFKSETKNLLFNDNTECLAKLGGRPTYEEYLGTEYVTAIANLKKCS
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Crystal Structure of C-lobe of Bovine Lactoferrin Complexed with Gamma Amino Butyric Acid at 1.44 A Resolution
rcsb
molecule tags Metal binding protein
molecule keywords Lactotransferrin
total genus 118
structure length 335
sequence length 335
other databases KnotProt 2.0: S
ec nomenclature ec 3.4.21.-:
pdb deposition date 2011-12-16

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00405 Transferrin Transferrin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3v5aA01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3v5aA02
1POY1 4FORA 3L6GA 4QFNA 1R9LA 2YJPA 1MXZA 1A55A 3USDA 1R1NA 4GL8A 5ISUA 4YZZA 4O3CA 3RQTA 1EZPA 2ZYNA 2H98A 3T9HB 4R74A 3SESA 1LFIA 4E0XA 4EQBA 1US5A 1POTA 2ZNUA 1FTOA 2XXXA 4LVQA 3OO8A 4H67A 3A09A 3UORA 3C9HA 1OVBA 3TUSA 1B9JA 4OQOA 1EZ9A 3ZKKA 4KPTA 2G93A 3FZVA 1TFDA 1NL5A 2I0BA 1NNPA 1LAHE 5K2XA 4AQ4A 2REJA 4Z0IA 2O69A 4NF4A 3KJ7A 4ELOA 3D4CA 4C0RA 1MXUA 4MLQA 3RTFB 3LR1A 2XXTA 4BLAA 5L9MA 5F1QA 1JVXA 1DPEA 1BP5A 1PB7A 5CMMA 4RA1A 1N0TA 1ZIUA 2XXRA 1XC1A 5TP9A 4LZ7A 3OOAA 3U93A 1HSJA 5CM6A 2ZXTA 3HCQA 3VVDA 2HQ0A 1GGGA 2I4CA 3PPPA 3O66A 4NF4B 1FCKA 5DT6A 2I6EA 5I58A 1JEVA 4KCCA 2O84X 3QUFA 5DVIA 4M4GA 4DLDA 4WXJA 2H99A 2UVIA 2F5XA 2HAVA 4F31B 1ATGA 5TP9B 5EYFA 3FUZA 1DTGA 2FNCA 2XD3A 4X1BA 3K6VA 4UA8A 2OWSA 1FQEA 3IB2A 3G3HA 4WEDA 4EQ7A 5I58B 2NUVA 1H3DA 4EXKA 5DYHA 4QHQA 1B46A 1D9YA 5CRYA 4JSOA 3OXNA 2VD3A 3M3FA 3W15C 3KN3A 4Q8RA 3S9NC 3LSWA 2UXAA 2OLBA 2Y7IA 2DOJA 2OWTA 4GRKA 3SEWA 1SD3A 3VV5A 1CB6A 1I6QA 2AL5A 3MP1A 3CG3A 4ELRA 1N84A 3T96B 3DP6A 1B51A 1L5TA 3TTLA 1FTJA 3JYRA 5KZTA 2DE2A 3V83A 2H4IA 1EH3A 2A5SA 4KHZE 2DP8A 3OEMA 3KN7A 5H8NA 2RINA 4ZE8A 3UA8A 4YAHX 2X26A 3RPWA 1BIYA 1ZKBA 3UK4A 3P7IA 3MPLA 4X48A 3UIFA 3RT6B 3SETA 1PB8A 1MDP1 2DWHA 4ZEDA 2XXYA 2P2AA 1Y3QA 4R2BA 3Q29A 3LSFB 4I9DA 4DZ1A 2RC9A 2HZLA 4LZ8A 1M5DA 5H8NB 1UQWA 4R6YA 2DSFA 3K4UA 3M3KA 1MH4A 4R73A 4F3BA 2E0SA 2WKYA 4THIA 4IY5A 4R9GA 1IXIA 3PV0E 4IY6A 2Y84A 4FAJA 4PFYA 3EHTA 3T22A 1B7UA 1I6AA 2QS2A 5I2KA 1B3HA 3QYTA 3FASA 4HS7A 3K1MA 2DS9A 4IO7A 2I48A 4XTCQ 3VVEA 4G8MA 4P0IA 4XKPA 3KJTA 4U4SA 2GHAA 3V8XB 2QJEA 3TYHA 1PDAA 2O68A 3MPKA 3KEIA 1QULA 2V3QA 2O7UA 1FQCA 4ZDMA 4F1YA 5FTIA 3EHSA 4KR5A 3PU5A 1M5FA 4U1ZA 3IB0A 2OZZA 5I2KB 1B4ZA 3IOTA 3THIA 1Y3NA 4KFQA 3MUQA 4OERA 3SEUA 2F7AA 3CFXA 2RF1A 3ZSFA 1UIUA 1JVYA 3S9LC 2Y7WA 2VP1A 4EF1A 4DXBA 3VLWA 3C34A 3O9PA 1LB8A 4GWOA 3B7DA 4BDRA 1QJMA 3IO4A 3FJ7A 3T93B 3PMVA 4ELPA 2VHAA 4OVJA 1B3GA 4ZS9A 4U21A 2ALUA 3SEVA 1DOTA 3PUZE 4K3FA 3IORA 3MZ9A 5AE4A 4R6HA 1MM7A 2H5YA 4YKKA 4F2OA 1QUIA 5ELVA 4U22A 1I69A 3KOTA 3ILUB 1P1WA 1USYH 4M1VA 3TQLA 1URGA 1MPCA 3FV2A 3O97A 2OK2A 4KD5A 3MP6A 3H06B 1NNKA 4NEDA 3FXRA 1FW0A 1FQDA 3OSQA 3DP8A 2F8DA 2F35A 1IXCA 1VFDA 3Q28A 3MJNA 4QF9A 3WAEA 5CBSA 3FXQA 3MZ1A 1LCFA 5ITOA 4YKPA 1P1NA 1WVJA 3RUMA 3C32A 2Q9TA 1N04A 1ZTYA 3ODBA 3HHGA 1TXFA 4Z7EA 4QSDA 5CC2A 3KBRA 4H65A 1OIBA 4KYDA 3QK6A 4MLVA 3F11A 4HCYA 4OFOA 2AYSA 2PBWA 1S50A 4RNSA 1VSOA 2FYIA 5FTHA 4U23A 3CFZA 3PPNA 3SKPA 1H45A 4F1UA 1MG1A 5H8FA 4JDFA 4QRZA 2QPQA 1AIVA 1B40A 3DLNA 4QFLA 1XS5A 4F2QA 1P1OA 3IOVA 1SQYA 4F3GA 2IA4A 2B65A 2F97A 1RYXA 4OXVA 1NKXA 1MH3A 1LB9A 1MPDA 2UYEA 2VGQA 1KWHA 2RC8A 1USYE 3K1NA 3IJXB 3PD9A 4KCDA 1RKMA 4GLIA 5H8FB 2HCAA 5ICTA 2NOOA 1OQGA 2ZNTA 1I6BA 2V84A 1JEUA 2XXVA 3KOSA 3G3JA 3RNNA 1ZU0A 3UP9A 3I3VA 1Z7NE 4I62A 1TT1A 1YPNA 1RYOA 3KN8A 1YAEA 1T0KA 4U2RA 4RJZA 4NF8A 5DVFA 3E13X 5I59A 4ZZEA 3B6QA 1B05A 2XD2A 4AB5A 3OEKA 2XX7A 4H6DA 5L9SA 4H1XA 4FEBA 1MY2A 1MQHA 4JXIA 3HPIA 4NF8B 3HV1A 3D4GA 4YMAA 5DTBA 4OZ9A 3FVGA 2F78A 5I59B 1J1NA 4FATA 2QSXA 3CG1A 1Y20A 1XHYA 4EQ9A 4H5GA 1MQJA 2YPNA 2UYFA 4TLLB 3FVOA 3M8UA 1B1XA 3ZKLA 3RGYA 4L17A 2F6PA 3PGFA 4MH5A 5EHMA 3BFUA 1MXYA 3C31A 2Z22A 5LOMA 5HM4B 1A8EA 3PPOA 1IEJA 4ESWA 4GOTA 1FTMA 1ANFA 1Y1ZA 2HXWA 2V25A 4NWCA 1B52A 4OEVA 4GXAA 4R2FA 3O28A 2O1LA 5TU0A 4ISUA 3ILTB 2XXHA 3PD8A 4H5FA 1HSEA 2DE4A 1A7LA 4XIGQ 4LUBA 4TQUQ 4BDMA 1LFGA 4Q0CA 3GZGA 4ELQA 3FJMA 1DMBA 4WEPA 3R6UA 3KSJA 4U4XA 2P1SA 3M3LA 5DVJA 4QSEA 4EXLA 3G7WA 3SEXA 1URSA 1B3FA 1JQFA 4X9TA 1M5CA 5BUUA 1B0LA 3H4ZA 4PFWA 3QIMA 2DYXA 3E4RA 4PFTA 4U1OA 1MXXA 3S9EA 3CRBA 4FECA 3K01A 2Q88A 1D4NA 2DXYA 1UIVA 1S9TA 4ZEKA 2I3WA 3TODA 2ZYMA 2O7IA 1IIWA 3C35A 3IAZA 4FIMA 3LUYA 3N6UA 1DPPA 1SI1A 1MY1A 2Y7RA 1B0HA 3R7XA 2THIA 3U1OA 3OSRA 4NF6A 5H8HA 1QW0A 2VD2A 5K2YA 3EF7A 1MM6A 1GTKA 3OENA 3VDFA 1MPBA 3CIJA 3TMGA 2OJTA 4ND9A 4BDNA 3IOWA 1UTHA 4OFJA 4O3BA 2I4BA 3CR9A 4WKMA 1MY0A 1JETA 4NWDA 5CBRA 1DSNA 3VLUA 4F29A 4JWXA 2ZYKA 2BJJX 2OCUA 3MWBA 1MS7A 1F9BA 5I56A 1EU8A 5H8SA 3FXUA 2ANJA 4PQJA 2OBGA 2I58A 2XXIA 1LBBA 2I3VA 4YMBA 3QXMA 4DDDA 1BLFA 3K0VA 3TQWA 3CSGA 3GLBA 5B7DA 1LAFE 2VOZA 4XKQA 1SI0A 5CMBA 4ECFA 1SW2A 4MF3A 4P11A 2GHBA 3ONMA 5TPAA 1IZ1A 4MFIA 5I56B 2PVUA 4GFRA 1R9QA 1LCTA 1B32A 4Q5TA 1OMPA 3U8QA 3PPQA 4DCYA 4ONYA 3ECRA 4ESXA 2ONRA 3V5AA 2PT2A 2HEUA 1YTVA 1NH7A 2O1MA 4N07A 2B3BA 3K1PA 4UACA 5TPAB 3UN6A 3OO6A 4JBZA 2R9JA 3EQ1A 5A5XA 3TCFA 4FE8A 1QKAA 3N26A 5EHSA 2Y7PA 2V93A 3TEPA 4G68C 5FHMA 4POXA 2ONSA 1UTBA 3S9MC 4YB7A 4TOZA 2Z8EA 2PYYA 1PC3A 3TCHA 4LQ2A 1Q35A 1OLCA 3HO7A 1AMFA 3IK6B 1EZOA 1Y1MA 1PEBA 3V89B 4ZEIA 4PFUA 3H6VA 5A5XB 1BKAA 3PUWE 3U72A 2DVZA 3E3KA 3FD3A 3U92A 1UTBB 2CZLA 1PB9A 3QUJA 3VLVA 1JW5A 2NXOA 2AL4A 2DWJA 1D3KA 3MQ9A 4YB5A 2HAUA 2DVCA 2Q8JA 2XHDA 1ZLQA 3MC2A 4HW8A 1LGBC 1A99A 4LZ5A 1OVTA 5FHNA 4NTLA 3KFMA 3I5OA 2GFEA 1B5JA 1MDQA 3K2DA 4G2ZA 3A3UA 1Y9UA 4NF5A 4N13A 1URDA 3IJOB 4ZEBA 4BDOA 1LBCA 1P1UA 3DM0A 2D5WA 4R9FA 1B5IA 3N94A 1ZBMA 3O29A 1IITA 5IAIA 1IXHA 3MVWA 1MY4A 4H8JA 2XXQA 4OFLA 1B7ZA 2Q2AA 5I84A 4I8CA 4G68A 4N6PA 4GIZA 1MY3A 2I0CA 4GF8A 1TFAA 1FTLA 4XKRA 3GXAA 4NF5B 2AIXA 2IEEA 2PMSA 2P0SA 1Z7ME 5CMCA 1LLSA 3HSTA 4FJPA 5BWJA 3AXFA 3G3FA 2Q2CA 4ZECA 3B6WA 1GV8A 3VVFA 2UVGA 1XVXA 1LSTA 1NMUA 3Q26A 4IGTA 3TTRA 4G68B 1P1QA 3C4MA 4F22A 4H0WA 3VXBA 4IO6A 4LA9A 1MRPA 3MVYA 3K02A 1B3EA 4PETA 2XXPA 4AB6A 3TTNA 2ZNSA 3EN3A 4G4PA 3H6TA 2QRYA 1M5EA 5I57A 4YKIA 4GD5A 1B58A 1XOCA 2R71A 1VE4A 3H6UA 2H9BA 3W9WA 4Q30B 1BTJA 2RC7A 3IR1A 4IO5A 4BDQA 3TTKA 3EHUA 3RT8A 1WODA 1A40A 2F7CA 3SERA 5AA4A 3H3GA 1CE2A 4I1DA 2NVUB 2LAOA 4XXUA 2FA7A 1SYHA 4DXUA 5ICQA 2D21A 5I57B 3LSXA 3U94A 5M2VA 5AA1A 2X7QA 1QKBA 3EPEA 1Y4CA 2R6GE 3TCGA 4DIGA 2M8CA 3CSBA 1QVSA 1NNFA 1JNFA 3K6UA 3SEYA 1B5HA 2ZMBA 5AA4B 2V3TA 4TLMB 2DE3A 3IB1A 3N6TA 2F34A 5B70A 5ITPA 3OO9A 4GQOA 1S7YA 1JW1A 3OELA 3TAJA 4KYSA 3FATA 1VR5A 1PBQA 2F36A 3QAXA 2E1SA 3JZJA 1XVYA 3MBPA 1SW1A 4YU0A 4O3AA 1N76A 1US4A 4PE5B 3RN8A 1ZMGA 2CMOA 1SDXA 3H6WA 5KCJA 4G8NA 2ABHA 4IB2A 2GH9A 1VFEA 3S4UA 4HCWA 4F3SA 1MQDA 3G3KA 1N3XA 3I6VA 2XX9A 3PUXE 3N5LA 1B4HA 5F7VA 1XT8A 4QFKA 1MXWA 2DWAA 4XKNA 1TWYA 4JWYA 5KCJB 3FJGA 5H8QA 1O63A 3BFTA 3QSLA 3KGCA 1QUKA 5FHOA 2H25A 4H8IA 2Z8DA 4EDPA 3FGSA 4QFOA 2QMWA 2QS3A 1IUDA 4G77A 3TTMA 1SW4A 1N3WA 3Q25A 3PUVE 3T9XB 3CFLA 5KDTA 4JSDA 4F3PA 3T9VA 4YICA 3SDFA 1HSLA 4FEDA 1B7HA 2Z8FA 3OO7A 3MVZA 3UGWA 3KZGA 4IO2A 2V3UA 1N7XA 3MP8A 1H44A 1M5BA 2XXUA 2RKMA 3PMXA 5H8QB 1AOVA 4X1DA 2ESNA 3IOUA 3T9UA 3H7MA 2REGA 1NH8A 1B2HA 2QL3A 4JB7A 1OLAA 2I49A 3KG2A 2ONKE 4C1TA 3KSXA 5CMKA 3TDJA 4LQ5A 5KDTB 2DXRA 3S2VA 4QSCA 4RPOA 4NE4A 5CI5A 4NF6B 5H8HB 3TELA 2RCBA 1MQIA 4QFPA 3K00A 4OETA 1B1HA 4PP0A 3OD7A 4YKJA 4ZEFA 1UTHB 4R6KA 2DQVA 2G29A 4GXSB 4RXLA 4EUOA 4IO4A 4DCXA 3IX1A 3LSLA 2HZKA 1A8FA 3TZAA 1LFHA 2NWJA 5L9OA 4DXCA 1FTKA 1YCJA 3PPRA 4OMBA 2D3IA 3E9XA 4KYEA 1NFTA 4DE8A 4F19A 1B6HA 3MW0A 4JWOA 4E0WA 4OEUA 5JEIA 2O51A 3MVXA 4RPNA 4OYVA 2F7BA 3R26A 4RK9A 5L8DA 2X7PA 2KLFA 1IXGA 5AA3A 4LONB 4RK2A 1Y3PA 1MXVA 1O7TA 4OTEA 1SW5A 3OMBA 3FV1A 3TPAA 2A5TA 2XX8A 1SBPA 1LAXA 4POWA 3O6GA 3K6WA 3G3IA 4OENA 2DWIA 3K6XA 3WAFA 4ZZAA 3W9VA 2F6GA 3TFLA 5J1DA 2UVJA 2Q89A 3VFJA 1DTZA 3BBRA 1NNTA 3RLFE 2B3FA 4GVOA 5AA2A 1JW4A 2Y7KA 4HTGA 1Y4TA 3IL1B 3VXCA 1II5A 3TKDA 4NMYA 2A5TB 3BKIB 1Q1KA 3DP4A 1N7WA 5AA2D 1QUJA 4BDLA 2UVHA 1SYIA 1PBPA 3L6HA 2ZYOA 2YLNA 3IO6A 1H76A 1OQHA 3GBBA 1LAGE 1FQBA 5HPQA 2W7YA 1D9VA 2XXWA 5AA2B 3T66A 3C33A 3JV9A 3HN0A 1H43A 4ZE9A 4EF2A 4LATA 4OWDA 4C1UA 3B6TA 4OHNA 5DEXA 1WDNA 1FQAA 3FVKA 3C36A 4KI0E 3Q27A 5I2NA 4LP2B 1P99A 4F18A 4P0GA 3O6IA 1O64A 4R75A 2O6AA 4IGRA 2RCAA 3PUYE 1FQFA 3DELB 3FVNA 3CI8A 3G3GA 2QS4A 3MZBA 3HHFA 4RYAA 1ZJLA 4G8HA 4F39A 5DEXB 1GR2A 5I2NB 5JTYA 3A3CA 2HFBA 3MAMA 1AL3A 1ELJA 3PMWA 1GVCA 2GRVA 2PX1A 1AH5A 4GL0A 4KQPA 3ZS6A 1IQ7A 4YB6A 4R72A 4RY1A 2PT1A 5IKBA 5JK4A 2QMXA 3LBSA 3CVGA 5HBCA 4MBPA 3FIRA 4F1VA 3H03A 4OESA 3LC8A 4IO3A 3O2AA 3RTWB 3RY3A 1R6ZA 1A54A 5JTYB 1MQGA 3O6HA 2Z23A 1B3LA 2QS1A 3VE1B 1SVXB 3GBAA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1POY1 4FORA 3L6GA 1LBXA 4QFNA 1R9LA 2YJPA 1MXZA 3RPLB 1A55A 3USDA 1R1NA 4GL8A 5ISUA 4YZZA 4O3CA 3RQTA 1EZPA 2ZYNA 4FBPA 2H98A 3T9HB 4R74A 3SESA 2MKZA 1LFIA 4E0XA 4EQBA 1US5A 1POTA 4N6DA 2ZNUA 2CEYA 1FTOA 2XXXA 4MJOA 4LVQA 3OO8A 4H67A 3A09A 4PC9A 3UORA 3C9HA 1OVBA 3TUSA 1B9JA 4OQOA 1EZ9A 3ZKKA 4KPTA 2CZHA 2G93A 3FZVA 1TFDA 1NL5A 2I0BA 1NNPA 1LAHE 5K2XA 4AQ4A 2REJA 4P47A 4Z0IA 4N8GA 2O69A 4NF4A 3NOHA 3KJ7A 4ELOA 3D4CA 4C0RA 1MXUA 1NI9A 4MLQA 3RTFB 3A29A 3LR1A 3EKIA 2XXTA 4PGNA 5L9MA 4BLAA 5F1QA 1JVXA 4GBVA 1DPEA 1BP5A 1PB7A 5CMMA 4RA1A 1N0TA 2VT5A 1ZIUA 2XXRA 1XC1A 5TP9A 4LZ7A 3OOAA 3U93A 1HSJA 5CM6A 2ZXTA 3HCQA 3VVDA 2HQ0A 1GGGA 2I4CA 3PPPA 3O66A 4NF4B 1FCKA 5DT6A 2I6EA 5I58A 1JEVA 4KCCA 4I3YA 2O84X 3QUFA 5DVIA 4M4GA 2QFLA 4DLDA 4WXJA 2H99A 5EYHA 2UVIA 2F5XA 2HAVA 4F31B 2FIEA 1ATGA 1FPDA 5TP9B 5EYFA 2CZIA 3FUZA 1DTGA 2FNCA 2XD3A 4OVQA 3FBPA 4P1LA 4X1BA 3K6VA 4UA8A 4GX4A 2OWSA 1FQEA 2XA5A 3IB2A 3G3HA 4WEDA 4EQ7A 5I58B 2NUVA 1H3DA 4EXKA 5DYHA 4QHQA 1B46A 2VPNA 1D9YA 5CRYA 4JSOA 3OXNA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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