3V5AA

Crystal structure of c-lobe of bovine lactoferrin complexed with gamma amino butyric acid at 1.44 a resolution
Total Genus 118
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
118
Knots found
sequence length
335
structure length
335
Chain Sequence
YTRVVWCAVGPEEQKKCQQWSQQSGQNVTCATASTTDDCIVLVLKGEADALNLDGGYIYTAGKCGLVPVLAENRKSSKHSSLDCVLRPTEGYLAVAVVKKANEGLTWNSLKDKKSCHTAVDRTAGWNIPMGLIVNQTGSCAFDEFFSQSCAPGADPKSRLCALCAGDDQGLDKCVPNSKEKYYGYTGAFRCLAEDVGDVAFVKNDTVWENTNGESTADWAKNLKREDFRLLCLDGTRKPVTEAQSCHLAVAPNHAVVSRSDRAAHVEQVLLHQQALFGKNGKNCPDKFCLFKSETKNLLFNDNTECLAKLGGRPTYEEYLGTEYVTAIANLKKCS
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
molecule tags Metal binding protein
molecule keywords Lactotransferrin
publication title Crystal Structure of C-lobe of Bovine Lactoferrin Complexed with Gamma Amino Butyric Acid at 1.44 A Resolution
rcsb
total genus 118
structure length 335
sequence length 335
other databases KnotProt 2.0: S
ec nomenclature ec 3.4.21.-:
pdb deposition date 2011-12-16

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00405 Transferrin Transferrin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3v5aA01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3v5aA02
1FTOA 4AQ4A 3H06B 5I58B 5JTYB 5H8NB 2G29A 5CBRA 3ZKLA 3BFTA 1R9LA 4F2QA 1MRPA 1URSA 3MPLA 4PE5B 4JB7A 4GLIA 2H25A 4BLAA 3EN3A 2HQ0A 4R75A 1NNPA 3IX1A 5AA4A 3HCQA 3KFMA 5CMCA 2D21A 2ALUA 4KCCA 4F29A 3MVWA 4R9FA 2F5XA 2OCUA 4QFOA 1N76A 4QFNA 3A3CA 5I56A 2RCAA 4X1BA 4YB7A 2HZLA 4ISUA 3MC2A 4R73A 3FJMA 3QSLA 5AA3A 3U72A 3RT8A 5EHMA 2VGQA 5TPAA 3MQ9A 3EPEA 1GGGA 4IB2A 1IZ1A 4G68C 4EQBA 3WAFA 1ELJA 1UIVA 1Y3PA 3PPOA 4RY1A 4F31B 2PX1A 1YPNA 1SDXA 1N7WA 2XX8A 1A8EA 4H67A 1MPCA 3DLNA 1Q35A 4H5GA 1URDA 2ZNTA 4NTLA 2WKYA 4F19A 3HO7A 3UN6A 3TYHA 3C34A 2PYYA 5A5XA 2DE3A 1M5EA 1NMUA 3HHFA 2I3WA 2Q88A 4Q0CA 2ONSA 1AMFA 4NWCA 2B65A 4XXUA 3RT6B 2ANJA 3PUXE 5L9MA 5B70A 3UORA 4YKJA 3OENA 3SDFA 4N07A 3IORA 2F8DA 3CG1A 2I6EA 1LBBA 4L17A 4WEDA 3QAXA 4LZ5A 2XD2A 4TQUQ 1B3LA 2FYIA 1WVJA 1H43A 4POXA 3S9MC 2HXWA 3SEUA 2Z8EA 3KBRA 3PUZE 1MPBA 1MH4A 4DCYA 3CIJA 4OESA 3KSJA 4ZEDA 3C9HA 4ONYA 3QYTA 4OHNA 4F3SA 4E0XA 1B3HA 3KN8A 1MXVA 2D5WA 2YPNA 3MUQA 3UA8A 2I0CA 3LBSA 3G7WA 3TEPA 2DWAA 4XIGQ 5TP9B 3O29A 1ZTYA 5I2KA 1FTLA 4NEDA 4PP0A 4G8HA 4TLMB 2O69A 2REJA 3N94A 2VP1A 3OD7A 3FVNA 5JEIA 3KSXA 3FV1A 1FQFA 4EF2A 3FASA 4U4SA 4IY5A 1A55A 1XVYA 1LSTA 1Q1KA 2ONRA 4NF4A 2GHBA 5I59A 1IIWA 3GBBA 4RNSA 1VFDA 1H3DA 3DP4A 3B7DA 1DSNA 1QULA 1VFEA 3U94A 1M5DA 3S2VA 1XC1A 3P7IA 4KCDA 2QMWA 1D9YA 4JSOA 1CE2A 3DM0A 1VR5A 3C36A 2YJPA 1Z7NE 1PBQA 5DTBA 3E3KA 4U2RA 3S9LC 1IXHA 3PMWA 4O3BA 3IJXB 4HW8A 4R6YA 1MDP1 5I57A 5BWJA 1EU8A 1YCJA 3IAZA 1S50A 1DTGA 4LUBA 3TMGA 3KJ7A 1LBCA 2RF1A 1EZ9A 1F9BA 4H65A 2D3IA 3THIA 3IOTA 3UK4A 2V93A 3PUWE 3K2DA 4YZZA 4YB5A 4BDNA 3I6VA 2XXUA 1DPPA 3A09A 3M8UA 1NH8A 1TXFA 2W7YA 5DT6A 1A40A 4NF5A 3CFXA 1IEJA 4XKRA 2QS2A 1H76A 1B9JA 3FXQA 1O7TA 5HBCA 1B51A 3H6WA 3O6GA 1USYH 4TLLB 3O6IA 1I6QA 5DEXA 2Q2CA 1IXCA 4QFLA 1JETA 4H0WA 2O84X 5AA4B 2DXYA 4RJZA 2AL4A 4GL0A 4QSEA 4THIA 4F22A 2I49A 2OJTA 2DSFA 2X7QA 5I56B 4GVOA 2I58A 4P11A 2H4IA 3E13X 2DE2A 3N26A 2M8CA 3L6HA 1P1UA 3HN0A 4G4PA 3IOWA 4U23A 3TTLA 2XXYA 2XXIA 2PT2A 4Z0IA 4RYAA 4G68A 3PPQA 1P1QA 2XXPA 1PB7A 3R7XA 4KI0E 1A54A 1LFIA 3PUYE 1QUIA 3FJGA 4GXAA 2O1MA 4R74A 3C33A 4ZECA 3FD3A 1EZOA 2ABHA 4GRKA 5IAIA 4M1VA 5A5XB 3G3JA 3M3LA 2QMXA 3T93B 1LB8A 4O3CA 5CI5A 4M4GA 3E9XA 1QJMA 1SYHA 3K4UA 2XX7A 1S9TA 3SEXA 3L6GA 3TTRA 3SERA 3FVGA 4R2FA 4GQOA 4EUOA 4G77A 1ZBMA 1NNFA 4LATA 2P2AA 2V84A 2XX9A 5HPQA 2Q2AA 3Q28A 3RPWA 2X26A 4DXUA 4DLDA 5L9OA 1FTKA 3RNNA 3V5AA 1FQBA 1EZPA 4ZE8A 3KN7A 1NKXA 3OO9A 2Z8FA 2VD2A 4C1UA 3Q27A 3VVEA 1FQDA 3JYRA 4EDPA 3V89B 5K2YA 3VXCA 1IXIA 3FIRA 2UVGA 3KEIA 4OQOA 3IO4A 4POWA 4ZEIA 5F7VA 3W9WA 2NOOA 3EHUA 2F78A 4FECA 2O6AA 3TTMA 1JVXA 3ILUB 5H8FA 2ZNSA 1UTHA 5I2KB 3VE1B 5H8HA 3ZSFA 4HTGA 1JNFA 1UQWA 1OLCA 2RCBA 3FXRA 4ZS9A 1M5BA 5DVFA 3OEMA 3MAMA 3O66A 3FGSA 3MZ1A 2AYSA 3IL1B 3PD9A 2F6PA 3JZJA 3ODBA 1JQFA 4WEPA 3VV5A 5L8DA 4MLQA 4NF4B 4H1XA 2HFBA 2PMSA 5I59B 2O51A 3KGCA 1YTVA 2CZLA 2VD3A 4QF9A 1NH7A 3EQ1A 4QHQA 1MXUA 1NNTA 2Y7RA 1US5A 5CBSA 1FTJA 4G8MA 2PT1A 2QS1A 1R1NA 4K3FA 3C4MA 5H8QA 3B6WA 2ZXTA 4BDQA 3TELA 3CFLA 1MPDA 4NF8A 4JWXA 1MY1A 2RC9A 3IB0A 3K02A 3VVFA 5I57B 3OEKA 1LLSA 1MY0A 2AL5A 1FQAA 2QRYA 3UIFA 1M5CA 4LQ5A 2DE4A 2QS4A 4DZ1A 1SW1A 1Y3NA 3TPAA 3VVDA 1B7HA 4JBZA 4F1VA 2Y84A 4NMYA 1B52A 4F39A 2ZYOA 2XXTA 4JDFA 3QXMA 4MBPA 2GRVA 1N84A 4YAHX 3W9VA 3RLFE 4NF5B 2GFEA 3U93A 4HCYA 3N5LA 3B6TA 1NFTA 2H9BA 3PPRA 3V83A 2DVCA 1LAFE 4PQJA 1H45A 1B05A 1ANFA 5DEXB 3TCHA 1SD3A 4IO2A 3K6UA 3U8QA 1Y1MA 1WDNA 1T0KA 2O68A 3IB1A 3CR9A 3VLUA 3IB2A 4BDRA 1ATGA 3TDJA 4ZZEA 1Y1ZA 3HPIA 1DTZA 1UTBA 1N7XA 4OEVA 4YKPA 3T9VA 4G68B 4R9GA 3KOTA 3SKPA 4JSDA 4PFWA 3T9UA 5F1QA 1P1NA 3O2AA 3Q29A 4F2OA 1EH3A 2V25A 1FTMA 1SW2A 3FZVA 3H6VA 5TU0A 4DXCA 4Q5TA 1D9VA 1MY2A 3S9NC 4FEBA 3H6TA 3OMBA 4AB5A 1LAGE 2NXOA 1HSLA 4I9DA 4OFOA 4H8JA 4UA8A 3IOUA 1OQHA 4KHZE 1L5TA 1MH3A 1MG1A 4GFRA 1BLFA 1CB6A 4OEUA 4FEDA 1B0HA 5HM4B 3KN3A 2DWJA 3N6TA 5DVIA 1JW4A 3IK6B 2A5TA 1SQYA 2UVJA 3PMXA 2DQVA 1MXWA 4N6PA 4YKIA 2Y7IA 2B3FA 1SI1A 4LZ7A 2OZZA 3I3VA 5EYFA 5AA1A 1MY3A 5EHSA 1LB9A 1Z7ME 3H4ZA 1MQGA 2Y7WA 4NE4A 2DWHA 2I48A 3CI8A 5ELVA 3OXNA 4ELOA 5IKBA 4OMBA 1JEVA 4ESWA 3FATA 2V3TA 5ISUA 2XHDA 5KDTA 2F36A 3FUZA 1URGA 4ZE9A 2R71A 2VOZA 1LAHE 3IO6A 1LCFA 2I4BA 3H03A 4NWDA 2DWIA 2XXXA 1NL5A 4Q30B 2ZYKA 3S9EA 1SBPA 1IITA 4LA9A 4LVQA 3MZBA 3H3GA 3RTFB 4OZ9A 3CVGA 4QFPA 5H8FB 2UVIA 3K1PA 5FTIA 1UTHB 1XHYA 3K6WA 5H8HB 4DDDA 3AXFA 4G8NA 4Q8RA 2B3BA 4IY6A 1Y3QA 1OVTA 3B6QA 2RINA 1IUDA 4JXIA 1XT8A 3OOAA 3FV2A 3G3IA 3RQTA 4YKKA 2XXQA 2NUVA 3PMVA 2OK2A 4PFTA 1B4HA 1POY1 3MVXA 5BUUA 4MH5A 1FQEA 2LAOA 4OTEA 3KZGA 4EXKA 1B3FA 1DOTA 1QUKA 3LC8A 1B5HA 2IA4A 2DXRA 1LGBC 1BIYA 3G3GA 4X1DA 2Q8JA 4G2ZA 4LP2B 3M3KA 3TUSA 3PV0E 3H7MA 4YMAA 3M3FA 3PPNA 4BDOA 5TPAB 1B7UA 3DP6A 1TFAA 5H8QB 2REGA 3G3FA 4X9TA 1JVYA 3ZS6A 1SI0A 5K2XA 1B58A 3D4CA 3O28A 4NF8B 1B6HA 4U1OA 4DXBA 1SW5A 3CRBA 1SVXB 1PB8A 4I1DA 3QK6A 2R9JA 1HSJA 3QUJA 3CSGA 4OETA 4ZEBA 1ZIUA 1B3EA 3DELB 3MWBA 4GF8A 4DIGA 4WXJA 5ICQA 4QRZA 1MXYA 3EF7A 3OSRA 3MVZA 4FAJA 1I69A 4BDLA 3TFLA 3Q26A 3MVYA 4JWOA 5KCJA 3BBRA 1A7LA 1OIBA 2Q89A 1JW5A 1H44A 3TTNA 3CFZA 2RC8A 2RKMA 1LAXA 3OO6A 4E0WA 2AIXA 3GLBA 4U21A 3PD8A 2V3UA 2P0SA 3KOSA 3LUYA 2KLFA 4ELRA 3O6HA 4FE8A 1US4A 3OELA 1I6BA 1ZKBA 5L9SA 2X7PA 4XKNA 3LSXA 4FJPA 4FATA 3LR1A 2ONKE 3QUFA 2NVUB 1Y4TA 4ECFA 1OQGA 3RGYA 1UTBB 1OMPA 3GXAA 5JK4A 4H6DA 1GV8A 3G3KA 5AE4A 3JV9A 4LZ8A 3TODA 1USYE 2G93A 1N3WA 2H5YA 1A99A 1BTJA 1B4ZA 2O7IA 1AIVA 4JWYA 1TFDA 1TT1A 3TQWA 2RC7A 4P0GA 1FQCA 3VLVA 3O97A 3PU5A 2F7BA 4ELPA 4FIMA 1YAEA 4YICA 4OENA 2DP8A 4U22A 4F18A 3EHTA 4NF6A 1ZMGA 4ZDMA 3FJ7A 4XKQA 1N0TA 2A5TB 3PUVE 3O9PA 2ZMBA 4PFUA 3RTWB 1II5A 4ZEKA 3IR1A 4F1YA 4P0IA 2F97A 3BFUA 4GD5A 3USDA 3GZGA 4DCXA 3FXUA 3H6UA 4R6HA 4ND9A 5M2VA 4IO4A 3V8XB 4QSDA 1PB9A 4ZEFA 4PETA 2F6GA 5KDTB 3SEWA 1P1OA 1ZLQA 1VE4A 2Z8DA 1B32A 2ZYNA 1XVXA 3TQLA 4OYVA 3K01A 4IGRA 4KYEA 1VSOA 4QFKA 3R6UA 1B46A 2XXWA 4EXLA 1MQDA 3MP6A 2XD3A 3I5OA 1BP5A 1ZU0A 3RN8A 1B7ZA 3R26A 4RPOA 2VHAA 2V3QA 2GHAA 2XXVA 1AOVA 4UACA 1JW1A 3HV1A 2DVZA 4HCWA 4OXVA 4ZZAA 5J1DA 4RK9A 1XS5A 1A8FA 3CG3A 1MY4A 3T66A 3C35A 3E4RA 3W15C 3MP1A 3VLWA 4XTCQ 1PBPA 3LSWA 4OVJA 4GOTA 5CMMA 5I2NA 3D4GA 4FORA 1P1WA 5H8SA 1O64A 1Y4CA 1PEBA 1FCKA 4IGTA 4AB6A 4F3GA 1D4NA 3SEVA 3K0VA 3U1OA 3PPPA 2NWJA 1TWYA 3QIMA 4YB6A 3MZ9A 2QPQA 5B7DA 1OVBA 2I3VA 4ESXA 5AA2A 2Y7KA 2THIA 1DPEA 1GTKA 5ITPA 3GBAA 2PVUA 3C32A 3KJTA 2QSXA 1AL3A 4LONB 2PBWA 1PDAA 4ELQA 4PFYA 2QS3A 4QSCA 3HSTA 1B5JA 4IO6A 3SESA 2R6GE 5I58A 2DS9A 4GIZA 5JTYA 5AA2D 1NNKA 2OWSA 2HCAA 5H8NA 2Z22A 2ZNUA 4C0RA 4R72A 3LSLA 3C31A 5KCJB 1HSEA 5ICTA 1B40A 5KZTA 3UP9A 1Y20A 1MQIA 3WAEA 2UVHA 2F35A 5FHNA 4O3AA 1SYIA 4KFQA 1RYXA 4GXSB 4KQPA 4OWDA 1MQHA 1LCTA 4Z7EA 4F3PA 1P99A 5DYHA 3K1MA 2I4CA 4EQ9A 2OLBA 3G3HA 3MP8A 4H8IA 1MM6A 3MJNA 2GH9A 1QVSA 2HAUA 1DMBA 4MLVA 3K00A 1QKBA 1GR2A 4KYDA 4WKMA 3OSQA 3ILTB 4RA1A 3K1NA 4RXLA 3TAJA 1D3KA 5ITOA 3U92A 4DE8A 1UIUA 1GVCA 5FTHA 2FA7A 3RY3A 4F3BA 1B1XA 1B1HA 5CMBA 1LFHA 5LOMA 2UYFA 3MBPA 2OBGA 3IJOB 2Y7PA 2E0SA 5FHOA 2I0BA 1R9QA 4I8CA 4U1ZA 1MXZA 4NF6B 3TZAA 2DOJA 3CSBA 1O63A 4N13A 1M5FA 3VDFA 3SEYA 4YMBA 3LSFB 3TCGA 2H98A 2UYEA 2OWTA 2H99A 4XKPA 1B3GA 4R6KA 2E1SA 2ZYMA 3A3UA 2HEUA 5I84A 1FW0A 5CRYA 3N6UA 2Z23A 3VFJA 3PGFA 2FNCA 1QW0A 3KG2A 2DYXA 2O1LA 4TOZA 4YU0A 1MM7A 3ECRA 3T9HB 4EQ7A 1QKAA 3FVOA 3ONMA 1MDQA 2YLNA 3FVKA 1XOCA 1KWHA 1N04A 2XXRA 3MW0A 1B5IA 3VXBA 1S7YA 4MFIA 4IO3A 1RKMA 2O7UA 4HS7A 4IO7A 4F1UA 4GL8A 3S4UA 4X48A 2ESNA 3OO7A 4GWOA 3ZKKA 5CMKA 3TCFA 2Q9TA 3RUMA 3T22A 4H5FA 5TP9A 1B2HA 4R2BA 3K6XA 1SW4A 2HZKA 1B0LA 4MF3A 3HHGA 2IEEA 1R6ZA 5CC2A 2HAVA 1I6AA 3UGWA 1PC3A 1ZJLA 4KPTA 3BKIB 3T96B 1MXXA 2QJEA 3Q25A 2F34A 1OLAA 3EHSA 4I62A 1N3XA 4OFJA 4BDMA 2CMOA 1BKAA 1IXGA 4LQ2A 1RYOA 2QL3A 4RPNA 1MS7A 1J1NA 1IQ7A 3OO8A 4OERA 5DVJA 4U4XA 2F7CA 2XXHA 4KR5A 5I2NB 4IO5A 3IOVA 3F11A 2P1SA 1MQJA 4KD5A 3SETA 1QUJA 3DP8A 4OFLA 4KYSA 3TTKA 1LFGA 2UXAA 3T9XB 4EF1A 1Y9UA 2A5SA 1AH5A 3MPKA 5AA2B 4RK2A 2F7AA 3K6VA 1JEUA 1POTA 3TKDA 1WODA 5CM6A 2BJJX 4C1TA 5FHMA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1FTOA 4AQ4A 3H06B 4MIJA 5I58B 5JTYB 5H8NB 2G29A 5CBRA 3ZKLA 3BFTA 1R9LA 4F2QA 1MRPA 1URSA 3MPLA 4PE5B 4JB7A 4HE1A 4P1LA 4GLIA 4HXVA 2H25A 4BLAA 3EN3A 2HQ0A 4R75A 1NNPA 3IX1A 5F24A 5AA4A 3HCQA 3KFMA 1FPKA 5CMCA 2D21A 2ALUA 4KCCA 4F29A 3MVWA 4R9FA 2F5XA 2OCUA 3T1BA 4MCOA 4GWUA 4QFOA 1N76A 4QFNA 4GX3A 3A3CA 5I56A 2RCAA 4X1BA 4YB7A 2HZLA 4ISUA 3MC2A 4R73A 3FJMA 3QSLA 1KZ8A 5AA3A 3U72A 3RT8A 5EHMA 4MAGA 2VGQA 5TPAA 3MQ9A 3EPEA 1GGGA 4IB2A 1IZ1A 4G68C 4EQBA 3WAFA 1ELJA 1UIVA 4MJOA 1Y3PA 2CZHA 3PPOA 4RY1A 4F31B 2PX1A 1YPNA 1SDXA 4OVQA 1N7WA 2XX8A 1A8EA 1IMEA 5ET8A 4H67A 1MPCA 3DLNA 1Q35A 2XWIA 4H5GA 1URDA 2ZNTA 4NTLA 1FPEA 1NI9A 2WKYA 4F19A 3HO7A 4GWYA 3UN6A 4PBQA 3TYHA 3C34A 2PYYA 5A5XA 2DE3A 1M5EA 1NMUA 3HHFA 1LBYA 2I3WA 2Q88A 4Q0CA 2ONSA 1AMFA 4NWCA 2B65A 4XXUA 3RT6B 2ANJA 3PUXE 2KQZA 5ET5A 5L9MA 5B70A 3UORA 4YKJA 3OENA 3SDFA 4N07A 3IORA 2F8DA 3FXBA 3CG1A 2I6EA 1LBBA 4L17A 2Y5KA 4WEDA 1FPIA 3QAXA 4LZ5A 2XD2A 4TQUQ 1B3LA 2FYIA 1WVJA 1H43A 4FBPA 4POXA 4G61A 4GWZA 3S9MC 2HXWA 4PTKA 3SEUA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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