3VDFA

Crystal structure of c-lobe of bovine lactoferrin complexed with diaminopimelic acid at 1.46 a resolution
Total Genus 117
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
117
sequence length
335
structure length
335
Chain Sequence
YTRVVWCAVGPEEQKKCQQWSQQSGQNVTCATASTTDDCIVLVLKGEADALNLDGGYIYTAGKCGLVPVLAENRKSSKHSSLDCVLRPTEGYLAVAVVKKANEGLTWNSLKDKKSCHTAVDRTAGWNIPMGLIVNQTGSCAFDEFFSQSCAPGADPKSRLCALCAGDDQGLDKCVPNSKEKYYGYTGAFRCLAEDVGDVAFVKNDTVWENTNGESTADWAKNLKREDFRLLCLDGTRKPVTEAQSCHLAVAPNHAVVSRSDRAAHVEQVLLHQQALFGKNGKNCPDKFCLFKSETKNLLFNDNTECLAKLGGRPTYEEYLGTEYVTAIANLKKCS
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Crystal Structure of C-lobe of Bovine lactoferrin Complexed with diaminopimelic acid at 1.46 A Resolution
rcsb
molecule tags Metal binding protein
molecule keywords Lactotransferrin
total genus 117
structure length 335
sequence length 335
ec nomenclature ec 3.4.21.-:
pdb deposition date 2012-01-05

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00405 Transferrin Transferrin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3vdfA01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3vdfA02
1DTGA 4O3AA 4F18A 1PB9A 5H8QB 1ZMGA 4LATA 4QF9A 1XVYA 2ABHA 1H43A 5H8QA 3I3VA 3KSXA 1ZJLA 5FHNA 3OD7A 3OSRA 1POY1 3ODBA 2H5YA 1XVXA 1PB8A 3RTFB 4FIMA 2O69A 2F7BA 4DIGA 2UYEA 1XHYA 3S4UA 2ZYOA 1XS5A 1JW5A 1LAXA 4R75A 4G68B 5TP9B 3MP8A 1B0LA 4G68A 1LB9A 1OIBA 1P1UA 4NF6B 5TP9A 2PX1A 3SETA 1FQEA 2OWSA 2XX9A 4NF6A 2OBGA 3TZAA 3O2AA 2O7IA 5ITPA 2XXWA 3PGFA 3ZKKA 4JWXA 5I56B 2ANJA 3H7MA 1LCTA 3MAMA 3BKIB 5I56A 3C33A 3F11A 2FNCA 5L9MA 2F35A 4KYSA 2WKYA 1EU8A 4XKNA 2QS3A 2REJA 3MW0A 3PPQA 3K0VA 4PFTA 5AA3A 3T22A 2I0BA 2H25A 4R74A 3K00A 1B9JA 1RYXA 4F3SA 1GTKA 2XXHA 4NE4A 2VD3A 4C0RA 3C35A 3V83A 2DVZA 1USYH 3IB1A 4QSEA 1AH5A 3K6WA 3IB0A 4ZEKA 3IL1B 1MY2A 5CI5A 2ZNTA 5ICQA 4DLDA 3PUYE 3O6GA 2YPNA 4R6KA 3MQ9A 4H5FA 2O68A 3K4UA 3MZ9A 5KCJB 2UXAA 2CZLA 2PYYA 5KCJA 2CMOA 3H6TA 4Z0IA 2GH9A 3T66A 4N6PA 1IXIA 1JNFA 4ELPA 1PBPA 4WKMA 4TLMB 1TFAA 1O63A 1UQWA 2UVJA 1VFEA 3R26A 4MH5A 4O3CA 1NNKA 1EZ9A 1I6BA 1QUKA 3V89B 2AYSA 4G68C 4I62A 4R72A 4F1VA 5CMMA 1UTHB 3N26A 1IQ7A 1B7HA 3RUMA 4LP2B 4QFLA 1UTHA 5KZTA 5EYFA 4ONYA 5LOMA 1I6QA 3EHUA 1LGBC 4EQ7A 1CE2A 2HZLA 3QXMA 3UA8A 3FJ7A 4FORA 3MJNA 3U72A 1JVXA 3FVOA 3C31A 3FXQA 1B3LA 1L5TA 5ICTA 4F29A 4ZEIA 2UVHA 3C32A 3CFXA 1WDNA 1DPEA 2DWIA 1Y9UA 3LBSA 3VE1B 2F5XA 2O6AA 1N04A 4L17A 2F78A 1KWHA 4YICA 1B5HA 5IAIA 4G2ZA 5CC2A 1IXCA 4U23A 4R9FA 1OQGA 1OQHA 4LZ7A 1O64A 3TTRA 5KDTA 3USDA 2DXYA 3HV1A 3C9HA 1USYE 1H45A 3N5LA 4DZ1A 5H8HB 1SI0A 3Q28A 4DXCA 4JSDA 3VLUA 3TMGA 1SQYA 5DVJA 1N84A 4JDFA 4OEVA 4Q5TA 1FTOA 1P1QA 2HAUA 1NL5A 4ELRA 5HM4B 1P1NA 1EZPA 4OHNA 2QS4A 1IUDA 1YTVA 4U2RA 2E1SA 3FJMA 4R73A 5CBSA 4N07A 3MWBA 2XXRA 2V3TA 3MZ1A 1FTJA 3RT8A 2R9JA 2NUVA 3KJ7A 1Y4TA 3BFTA 4RK2A 5K2XA 2ZNSA 4ZEFA 3MVWA 3T9UA 3DP8A 4I8CA 1NNPA 4ELQA 3FXUA 2QPQA 2KLFA 4BDNA 1MXZA 4G77A 2QS1A 1ZKBA 4FECA 4NWCA 5EHMA 3V5AA 3KGCA 1QUIA 5CBRA 4OVJA 1MXVA 1MQHA 1NFTA 3T9XB 1BIYA 3RGYA 3ZKLA 4KYEA 3UORA 3MUQA 4XKPA 3ILTB 1JEVA 3G3GA 2Z8EA 1B0HA 2F7AA 1H76A 4AB6A 3SEUA 3KJTA 2HAVA 1FQBA 1N0TA 3CFLA 2GHAA 3RTWB 2YJPA 4X48A 3HHGA 4F1UA 2QJEA 1MY3A 1M5FA 3TTNA 3TUSA 2V3UA 4UACA 4GOTA 4OXVA 4IGRA 4OERA 2ESNA 4GL8A 3A09A 1OMPA 4I1DA 3PV0E 2I6EA 4F39A 2Q8JA 3A3UA 1FTKA 4PQJA 2DYXA 4FAJA 3HHFA 3O29A 5I2NA 2OZZA 1MY4A 3PU5A 3ECRA 3N94A 4X9TA 4MF3A 2A5TB 2VHAA 1HSLA 3THIA 2IA4A 5B70A 1B51A 2V3QA 2A5TA 1DMBA 3FZVA 3BFUA 1Y3NA 2F34A 4QSDA 4ZDMA 4BLAA 3M8UA 4KD5A 4GRKA 3PMXA 3IOUA 2GFEA 4GWOA 1DPPA 3CIJA 4H65A 1MPDA 1NNTA 2OWTA 4ESXA 3E3KA 1D9VA 4Q8RA 4H5GA 4QFKA 1B3HA 3OELA 3OSQA 1LB8A 3FUZA 1I6AA 3OEMA 2H99A 1MH3A 4KYDA 3U92A 3H6VA 3R7XA 2D5WA 3I6VA 3LSXA 1URDA 3Q27A 1FTLA 3KZGA 1HSJA 3K1PA 5FTIA 4LZ5A 2I3VA 4LA9A 3MVYA 1PEBA 2DWJA 4GD5A 2DVCA 2E0SA 2X7QA 2HQ0A 2REGA 4C1TA 1LBCA 4PFUA 4RPNA 3H6WA 4QFPA 4Q0CA 4F3GA 5JK4A 3IB2A 2DWHA 5AA1A 3UK4A 3CG3A 3FIRA 2OJTA 4ZEDA 4JSOA 2NOOA 3K1MA 1O7TA 4WXJA 2R6GE 1N76A 3B7DA 5L8DA 3G3FA 3DP6A 3GBBA 2QRYA 3PUXE 3IO4A 1LBBA 3VFJA 1LSTA 5I59B 1B3EA 3M3KA 3B6TA 5I59A 2XD2A 4XKRA 3U94A 4NF4B 1MY1A 2FA7A 1TFDA 3PUZE 4GVOA 1TWYA 4NF4A 3O6IA 2F8DA 4C1UA 3TQWA 3OO7A 1MXXA 1BLFA 2H98A 4NF8B 4E0XA 1LLSA 1ELJA 3PUVE 4XKQA 1SW4A 1PDAA 1NH7A 5HPQA 4H0WA 3IOTA 1B1XA 3QIMA 4IY6A 3M3FA 2G29A 5J1DA 1B52A 2QSXA 3OMBA 4KHZE 1Y3PA 1H44A 1GR2A 1QW0A 4OTEA 2ZYKA 1NKXA 1XT8A 1DSNA 1Z7NE 1DOTA 1PC3A 3S2VA 2PMSA 3UIFA 2A5SA 3TQLA 3Q29A 1QUJA 1SBPA 1MXWA 4OESA 5IKBA 4BDMA 1B6HA 1Z7ME 3PPRA 2F7CA 1B7UA 4EXLA 4RYAA 1MQIA 2AIXA 3EHSA 3TCHA 3MPLA 4IO4A 3H4ZA 2Z23A 1LAGE 1A8FA 2VD2A 4HW8A 4GF8A 1F9BA 1FQDA 1AL3A 4OMBA 3FVGA 1OVTA 1N7WA 4ZEBA 1QULA 2B3FA 2VGQA 1ZLQA 3PPPA 4YKIA 1QJMA 4RXLA 2PT2A 1M5DA 1B3FA 3UGWA 1IIWA 3QUJA 2PT1A 2O84X 3U1OA 1MDP1 1GVCA 4JB7A 2RINA 2Q88A 3QYTA 1MDQA 2XD3A 2P2AA 1US4A 3B6WA 4H67A 3CFZA 2QL3A 4FJPA 3W9WA 3TTLA 2Z22A 1D4NA 4P0GA 1RKMA 5CMCA 1I69A 3RY3A 4GL0A 4JWYA 2B65A 1A55A 1BP5A 2I49A 1QVSA 4AB5A 1B5IA 2D3IA 4ZE9A 1MY0A 3TTKA 1ANFA 4X1BA 4POXA 3QAXA 3KEIA 1UTBB 1MM6A 3VVFA 4FEBA 1VE4A 1UTBA 4DXUA 2M8CA 4PFWA 2RCAA 3MBPA 2UYFA 2RF1A 5M2VA 1EZOA 1OVBA 5H8HA 2XXXA 3K2DA 4IY5A 4HTGA 4ZS9A 3LSFB 3RQTA 3TKDA 4KFQA 4THIA 1YPNA 4G8HA 3SEXA 5CMBA 2ONSA 3C34A 1FCKA 2Q2CA 2Y84A 4BDLA 3IJOB 3E4RA 4QSCA 4F3PA 1SDXA 2O1LA 2V25A 3OO8A 4LQ5A 3JZJA 3CSGA 2RCBA 3KBRA 1Y1MA 3G3HA 1M5BA 4G8MA 3SDFA 4ELOA 1MPCA 1WODA 1ATGA 1SW2A 4PFYA 5I84A 4LZ8A 3D4GA 3TCGA 3LSLA 3RT6B 1FQFA 5I57B 1B5JA 3TAJA 1SW1A 3FJGA 4NF5B 3FATA 5I57A 4P11A 2F97A 2OLBA 4EQ9A 5B7DA 4NF5A 4EUOA 5F1QA 3QUFA 1B1HA 5ELVA 1HSEA 2NXOA 3IAZA 2THIA 1SD3A 3FVNA 4DCXA 3O6HA 2FYIA 1B46A 4OYVA 4R2FA 3N6UA 1UIUA 3HPIA 5A5XB 4TQUQ 2XX7A 2VOZA 3FV1A 4LVQA 4OFJA 5A5XA 2P0SA 4O3BA 5AA2D 2I3WA 3TPAA 3CI8A 3IJXB 4Q30B 4OENA 1MM7A 1S7YA 5TPAB 3VVEA 5TPAA 3OEKA 4MFIA 2PVUA 3KN8A 4HS7A 2O1MA 2XXTA 1NNFA 1B58A 1R9QA 1TT1A 3RN8A 5DVIA 1ZIUA 4TLLB 5H8FB 2QS2A 5H8FA 3VLWA 2OCUA 3BBRA 4KQPA 2XXPA 3EN3A 1A99A 3KFMA 5FTHA 3SEYA 2NVUB 3H6UA 1US5A 4EXKA 4EF1A 3PD9A 3RPWA 3M3LA 3UN6A 3OOAA 4DE8A 1XOCA 2QMXA 3S9EA 3FXRA 4IGTA 3MP1A 5DEXB 3PMVA 2H9BA 3IO6A 5DEXA 1ZTYA 3ZS6A 3DM0A 5AA2B 3K6XA 2YLNA 3T9HB 4OEUA 3OXNA 1M5CA 4PE5B 3HN0A 3LUYA 2Q89A 2I58A 3VLVA 5CMKA 3GZGA 4ZECA 1FQAA 1UIVA 3ONMA 2DQVA 2VP1A 2Y7WA 5DVFA 1Q1KA 1Y1ZA 4YKJA 3SEWA 1SI1A 2UVIA 4Z7EA 2RKMA 4I9DA 3PMWA 4YKPA 3K6VA 4F31B 4F1YA 2HEUA 3SKPA 3G3IA 4M4GA 3TFLA 3OENA 3VXCA 1GGGA 4WEPA 3IX1A 3VXBA 4BDQA 3H06B 3KSJA 3FV2A 2Z8DA 1SW5A 1LCFA 4R6HA 4R6YA 4X1DA 3ZSFA 4KR5A 3D4CA 3EF7A 4ISUA 3QK6A 2B3BA 4DDDA 5K2YA 3GXAA 1IXHA 2RC7A 2LAOA 1B7ZA 5CRYA 1JW1A 1OLAA 2ONKE 4EF2A 5L9SA 1TXFA 2RC9A 5JTYB 1URGA 3ILUB 3Q26A 2XXQA 3FGSA 5JTYA 4QRZA 1LAFE 4GIZA 4NF8A 1VFDA 4P0IA 1A40A 3KN7A 4F2QA 3FVKA 2ZNUA 1BKAA 2XXYA 1RYOA 4NMYA 3SEVA 2Y7PA 3CRBA 4POWA 2O51A 4ZZAA 3E9XA 3L6HA 4DCYA 2XXUA 1J1NA 4IO2A 4H1XA 3N6TA 3V8XB 4JXIA 1FTMA 4R9GA 2DE3A 1B2HA 1BTJA 3CVGA 3C4MA 3T96B 4IO3A 3TDJA 2P1SA 3GBAA 4QFNA 1PB7A 1NMUA 1POTA 1M5EA 5ISUA 5CM6A 3DLNA 3IOVA 3S9MC 3TCFA 5AE4A 1SVXB 1IZ1A 3GLBA 2X26A 3K1NA 1S9TA 3QSLA 1GV8A 1MS7A 3AXFA 4IB2A 4U1ZA 3KN3A 2I4BA 1H3DA 1Q35A 4OZ9A 4F22A 3A3CA 2XXVA 3IR1A 1MQDA 3CSBA 3FASA 1YAEA 2D21A 3MVZA 4YMBA 2Q2AA 3TYHA 3WAEA 2Y7IA 1LFHA 2HCAA 1AIVA 2DS9A 3CR9A 4R2BA 4QHQA 1II5A 1WVJA 4HCYA 3KG2A 1Y20A 5BWJA 4YB5A 1R1NA 4IO5A 1MXYA 4NWDA 1A54A 1QKBA 4H8IA 1IITA 5DTBA 3S9LC 4N13A 3K01A 3OO6A 5AA4B 3MVXA 4UA8A 5AA4A 4G4PA 1B4ZA 3KOTA 4U4XA 4YMAA 1LFGA 4U21A 4ECFA 4WEDA 4LQ2A 1S50A 3T9VA 4TOZA 3PUWE 4KCCA 3VV5A 5H8SA 1R9LA 1A7LA 2AL5A 2I4CA 4NEDA 1PBQA 4RY1A 4BDRA 4RPOA 4GLIA 4ND9A 4ESWA 4FATA 1NH8A 4RJZA 2UVGA 3C36A 1XC1A 1QKAA 1ZU0A 2DP8A 5H8NB 4OETA 5KDTB 1JVYA 2Y7KA 4KI0E 2XX8A 5H8NA 3VDFA 3SESA 1MXUA 3I5OA 3TELA 3P7IA 3G3JA 4NTLA 1D3KA 3E13X 4XXUA 1B40A 2I48A 3G3KA 1VSOA 5JEIA 4YU0A 4U1OA 1P1WA 4XIGQ 4YB6A 1VR5A 3IOWA 1OLCA 1B4HA 3WAFA 2H4IA 1MRPA 2ONRA 2ZYMA 1DTZA 4U4SA 1JEUA 2QMWA 1EH3A 3IORA 4XTCQ 4OFLA 3JYRA 1IXGA 1SYIA 3OO9A 4PETA 3U8QA 3VVDA 1N7XA 1FW0A 5ITOA 2W7YA 1MG1A 2ALUA 1YCJA 2HXWA 3K6UA 5I58B 3EPEA 4RA1A 1MPBA 4QFOA 2Y7RA 1Y4CA 4GXSB 4OFOA 5I58A 3H3GA 4F3BA 3O66A 4DXBA 1LFIA 3EQ1A 4HCWA 3RNNA 3H03A 3EHTA 4YB7A 3Q25A 3S9NC 1D9YA 4M1VA 3JV9A 4YAHX 3W9VA 4OQOA 1MQJA 1IEJA 1R6ZA 4IO6A 3UP9A 2HZKA 5F7VA 4PP0A 5DT6A 1MH4A 2DE4A 4F19A 4U22A 1AOVA 2ZMBA 2DE2A 3HCQA 5DYHA 2NWJA 3W15C 5EHSA 2Q9TA 1N3XA 2F6GA 4ZE8A 2I0CA 5L9OA 4JBZA 3B6QA 3HO7A 3G7WA 2GHBA 3DP4A 1Y3QA 3TTMA 2HFBA 1JW4A 5I2NB 3RLFE 4EQBA 4G8NA 4KCDA 1N3WA 4KPTA 5I2KB 5HBCA 3MPKA 4H8JA 2Z8FA 2V84A 1MQGA 4LUBA 5I2KA 4FE8A 2ZYNA 2IEEA 1JETA 4FEDA 3U93A 4ZZEA 3SERA 2DXRA 3LSWA 4IO7A 3KOSA 4F2OA 4MLVA 3FD3A 2OK2A 3O97A 4H6DA 2AL4A 3T93B 3MP6A 4K3FA 2V93A 1LAHE 2DWAA 3IK6B 3HSTA 1FQCA 2F36A 4BDOA 4GFRA 4OWDA 4RNSA 4GXAA 3TODA 2DOJA 3PD8A 3TEPA 1CB6A 1T0KA 1B32A 3O28A 4JWOA 3LR1A 2PBWA 3PPOA 1B3GA 1JQFA 5FHMA 1AMFA 5AA2A 3CG1A 5BUUA 3MZBA 4GQOA 4EDPA 3MC2A 3DELB 3K02A 5TU0A 3LC8A 4AQ4A 1ZBMA 2XXIA 4MBPA 2R71A 2BJJX 3R6UA 4RK9A 2F6PA 4MLQA 4YZZA 1B05A 1P1OA 1SYHA 2XHDA 4LONB 2GRVA 2ZXTA 2G93A 1A8EA 2O7UA 4YKKA 2DSFA 2X7PA 4E0WA 3O9PA 1P99A 3L6GA 2RC8A 3PPNA 1URSA 5FHOA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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