3VFJA

The structure of monodechloro-teicoplanin in complex with its ligand, using mbp as a ligand carrier
Total Genus 127
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
127
sequence length
375
structure length
374
Chain Sequence
KIEEGKLVIWINGDKGYNGLAEVGKKFEKDTGIKVTVEHPDKLEEKFPQVAATGDGPDIIFWAHDRFGGYAQSGLLAEITPDKAFQDKLYPFTWDAVRYNGKLIAYPIAVEALSLIYNKDLLPNPPKTWEEIPALDKELKAKGKSALMFNLQEPYFTWPLIAADGGYAFKYENGKYDIKDVGVDNAGAKAGLTFLVDLIKNKHMNADTDYSIAEAAFNKGETAMTINGPWAWSNIDTSKVNYGVTVLPTFKGQPSKPFVGVLSAGINAASPNKELAKEFLENYLLTDEGLEAVNKDKPLGAVALKSYEEELAKDPRIAATMENAQKGEIMPNIPQMSAFWYAVRTAVINAASGRQTVDEALKDAQTNAAAAAGK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Structure of the complex between teicoplanin and a bacterial cell-wall peptide: use of a carrier-protein approach.
pubmed doi rcsb
molecule tags Sugar binding protein/antibiotic
source organism Escherichia coli
molecule keywords Maltose-binding periplasmic protein, C-terminal fused by Cys
total genus 127
structure length 374
sequence length 375
ec nomenclature
pdb deposition date 2012-01-09

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01547 SBP_bac_1 Bacterial extracellular solute-binding protein
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3vfjA02
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3vfjA01
1M5BA 1A99A 4GXSB 3FVGA 4DXCA 3P7IA 3H7MA 3IB1A 4G4PA 3FV1A 3KN3A 3RQTA 4ND9A 2YJPA 2QRYA 4N13A 4DLDA 1QW0A 3T9XB 4RA1A 3MZ1A 1ZIUA 3VXCA 1B3FA 3OO7A 2D3IA 4POWA 1URDA 3O2AA 1D4NA 2O1MA 1SW5A 2V3TA 2F8DA 1LAGE 4H1XA 1SQYA 2ESNA 3CI8A 2UYFA 2UXAA 3IJOB 1B05A 1Y3NA 1FCKA 2HFBA 4NF4B 1B32A 5AE4A 1MQGA 4KR5A 3EHSA 1HSJA 4F1YA 3FATA 1DTGA 1B40A 5I57A 4LUBA 4GVOA 5JTYB 1RYXA 3LUYA 1SW1A 2Q8JA 1Y1MA 3KJTA 2ZNTA 4F19A 4FORA 3TCHA 4OMBA 3S4UA 1EZOA 2DXRA 4F3GA 1TFDA 3MP1A 4EQ9A 3U92A 3UN6A 4M4GA 2YLNA 1Y20A 3IB0A 4F29A 2OZZA 5KDTA 3O6GA 4F2QA 2IEEA 3A3CA 2Z8DA 2F35A 3KSXA 3SEXA 4E0XA 5I57B 2RKMA 3TQLA 3HCQA 3FVOA 1VFEA 5CBSA 3IAZA 4R2BA 1B4ZA 5H8FA 1IQ7A 3C36A 3GZGA 2VP1A 4QFOA 3F11A 3DM0A 2OWTA 1IIWA 1SVXB 5AA3A 4ZEBA 1MY4A 3VE1B 1ZLQA 1N7WA 3OOAA 5JK4A 4GL8A 1I6QA 4JSOA 4QHQA 1FTJA 5TP9A 1VFDA 3QK6A 1VR5A 3JV9A 5KDTB 1SDXA 3C33A 1YAEA 2AL5A 3R6UA 3T9HB 4NE4A 3MPKA 2GHBA 4RPOA 2OWSA 1GV8A 1O7TA 1B46A 2G29A 4F39A 3PPNA 1YCJA 1N0TA 5ITPA 1B0HA 4QF9A 2P2AA 1B52A 1XOCA 2Z22A 4WKMA 3PMVA 3T9VA 1BP5A 2E1SA 2GHAA 3K2DA 5DEXA 5B7DA 2B3BA 2OJTA 2B3FA 1TWYA 2V3QA 4KD5A 3KOSA 3VVFA 5FHNA 3UGWA 3IK6B 1AMFA 4TQUQ 1BTJA 4RY1A 2DE2A 5TP9B 3H6UA 3R26A 2G93A 2I3VA 4MBPA 2I0CA 1ELJA 2Q9TA 5B70A 5M2VA 1MXUA 3EN3A 1POY1 3IOTA 4R6YA 1SI0A 1L5TA 4LATA 1B6HA 1EH3A 2XXPA 4KPTA 1FQAA 4OEUA 4EF1A 4ISUA 4EUOA 1OLCA 3T9UA 1D9VA 3RN8A 1JQFA 5DVFA 1A54A 3LSLA 4F3PA 2F7CA 4DDDA 5FHMA 1MXZA 1VE4A 4ZECA 3WAEA 5I59A 3N6UA 3H6VA 1PEBA 5CBRA 3SEVA 4F1VA 1IXIA 1US5A 3G3HA 3WAFA 1UTHA 1MPCA 5BWJA 4HTGA 4PFUA 3V89B 3MJNA 4BDNA 2OCUA 3A09A 4IB2A 3VVDA 2H99A 3MW0A 1B7HA 3MVYA 2HCAA 4IY6A 4AB6A 4YKJA 3O6IA 2F6GA 1MXXA 2HXWA 2DSFA 1MQJA 4PP0A 2XX7A 2R9JA 3IOWA 2X26A 2XXRA 1FQDA 1B4HA 5H8NB 1MQIA 4H8IA 3ZS6A 2Y7WA 1FTOA 2XXTA 1Q1KA 1PDAA 1B3HA 1UTHB 3EF7A 1JEUA 4H5GA 1OQGA 1JVYA 4MFIA 1MY0A 1JW5A 2QJEA 1S9TA 4AQ4A 4EQ7A 4ZZAA 3GLBA 3FASA 4GF8A 1LAXA 4Q30B 1MRPA 3TMGA 2F5XA 3E13X 2Z8FA 1IXCA 4ZZEA 1I6BA 2NXOA 1O63A 4TLLB 1R9LA 5CC2A 3VLWA 3ONMA 1EZPA 1ATGA 4R6HA 1MPDA 1J1NA 4XKRA 1AL3A 3G3GA 1N76A 2PT2A 4KYSA 4QRZA 3ODBA 2A5SA 3SDFA 4YMBA 1IXGA 1B51A 1MH3A 1AOVA 3D4CA 4OFJA 3LSWA 4OTEA 1Y1ZA 4OFOA 3K6XA 1B2HA 3VXBA 3K6WA 3MAMA 4NWDA 4WEPA 3CSBA 5H8SA 4P0GA 1SYIA 3PD8A 4YB6A 2QMWA 3V83A 4P0IA 3OEKA 2I0BA 3DP6A 4NF8A 1MDP1 4O3CA 4ONYA 1PC3A 2GRVA 2ANJA 3THIA 3OD7A 3OXNA 4QFKA 3U8QA 5TU0A 3UORA 2GFEA 1QKAA 3TZAA 3O28A 3CG1A 4LVQA 2ZXTA 1S50A 4H5FA 3ECRA 4GRKA 2I58A 4HCYA 1Y3PA 2GH9A 4U4XA 4Z7EA 2XHDA 4F22A 4NF5A 2D21A 1N7XA 3UP9A 4K3FA 4O3AA 3W9WA 2ONSA 5L8DA 1A7LA 2NVUB 1B7UA 4POXA 4XIGQ 4YKIA 4R72A 3TTKA 4NF8B 3O66A 1B5JA 3E3KA 3N94A 3PU5A 3MZBA 3KFMA 2Q2CA 3KEIA 1KWHA 1N84A 5F1QA 4LA9A 4QFNA 5CMCA 1QUIA 1PB9A 3K1MA 4U23A 3RTWB 2PMSA 3DP4A 2HZLA 2P1SA 3QYTA 3M8UA 1M5FA 4NF5B 4Q0CA 2Y7RA 1IZ1A 3U94A 3FVNA 4NF6B 1B5IA 3SEYA 2X7PA 3HO7A 4MLQA 1OIBA 5AA4A 4FJPA 1OLAA 3ZKKA 1T0KA 3PUWE 4U1ZA 2PYYA 2PX1A 4N6PA 3B7DA 3HHGA 1DPPA 3HSTA 5DYHA 1B9JA 3FD3A 4R9FA 3RLFE 1SD3A 3H6TA 3PUYE 1LAHE 3C9HA 3SKPA 5K2YA 2ABHA 1NNKA 3FXQA 2O84X 2HEUA 1TFAA 1BKAA 1QUKA 1LCTA 2Y7PA 3TTLA 2DP8A 2RF1A 2ZYKA 3T93B 5CMMA 4X48A 3FJGA 2V25A 2QSXA 4U2RA 4TLMB 3CVGA 3PUXE 4G68A 3FV2A 5AA4B 3RT8A 3K02A 4JWYA 4R2FA 2QPQA 2NUVA 1M5DA 4LZ8A 4IO4A 4I1DA 5L9OA 4GQOA 1URSA 4GOTA 3FVKA 3H3GA 1ZJLA 1EZ9A 3MVZA 2ZNSA 2UVIA 5H8QA 4ESWA 3T66A 3IR1A 1FTMA 3HN0A 3TQWA 1IITA 4F2OA 3QUFA 3K6UA 3VLUA 1DOTA 1RYOA 2DXYA 4C0RA 2O7UA 4G68B 3FGSA 4RYAA 3A3UA 3C31A 4TOZA 3CFLA 5J1DA 3GXAA 1HSEA 5AA2D 2H9BA 3ILUB 4F18A 5DTBA 2UYEA 2THIA 4MH5A 3CSGA 1LFHA 1XT8A 2DVZA 2DWAA 3MZ9A 1N04A 3KN7A 4QSEA 1A8FA 1USYE 4FE8A 4Q5TA 4G8NA 3MBPA 1AH5A 1P1NA 2CZLA 1GTKA 1P1UA 5H8QB 3BFUA 4NEDA 3OO6A 1POTA 4JBZA 3N5LA 3TEPA 2QS1A 1HSLA 5H8FB 1UIVA 3TELA 5CMKA 3U1OA 1WODA 2FNCA 3G3JA 1JW1A 2IA4A 2VD2A 2V84A 2I4CA 2R6GE 1YPNA 4KHZE 4EXKA 2HAUA 2ZNUA 1LSTA 1N3WA 1EU8A 3U72A 1LAFE 3JYRA 3UIFA 1DTZA 4GIZA 4EQBA 2XXXA 4JB7A 3QUJA 4RNSA 3TCFA 3Q28A 3MPLA 4HW8A 3MQ9A 4IO5A 4YB7A 5DEXB 2ONKE 3TKDA 1B1XA 1NKXA 3IL1B 2Y7IA 1ANFA 4ZS9A 1WDNA 2DWHA 3TODA 2F36A 1Z7NE 4NTLA 2DS9A 3K01A 1CB6A 4OXVA 1XS5A 4I8CA 2F97A 4LP2B 1XVYA 3TDJA 1MXWA 4RJZA 5IAIA 1IXHA 3HPIA 4FECA 3IO6A 3FUZA 3FZVA 3S9MC 4DXBA 1B3GA 2ZYOA 4YZZA 4IO2A 1USYH 4KQPA 3W9VA 3JZJA 2LAOA 4IY5A 4FAJA 2Y7KA 4WEDA 2RC9A 3PGFA 3IB2A 1A55A 3QAXA 2Z8EA 4R9GA 1M5CA 2Q89A 3PPRA 4OESA 2XXHA 1M5EA 1NH7A 3TAJA 5I59B 1FQFA 4GL0A 2DQVA 1H43A 3IJXB 5I2NA 3KZGA 1O64A 4YKPA 2PVUA 3OSQA 3K0VA 3VLVA 1MM7A 4KCDA 3HHFA 3BBRA 4F1UA 4XKNA 2O51A 5FTHA 4HCWA 3VFJA 3UA8A 1Y4CA 1AIVA 1LB8A 4ELRA 2RINA 4XKPA 3OSRA 5HM4B 1DSNA 4BDOA 4LONB 4ZEFA 3PMXA 4U4SA 4E0WA 1MY2A 3VVEA 5JEIA 1H44A 3B6QA 4ZEDA 5I58A 4ZEKA 3LSFB 4RXLA 3CRBA 4MLVA 2QS3A 1DPEA 5I84A 1B0LA 3KSJA 5I2NB 3OO8A 2QS4A 2B65A 3TUSA 1FQCA 5ITOA 1BIYA 4PFYA 1R6ZA 1ZKBA 2VOZA 3OEMA 3TPAA 4OERA 2RCAA 1D3KA 3EQ1A 4PFTA 4R6KA 4O3BA 5KCJA 4XKQA 4I62A 1MQDA 2NWJA 1R9QA 4ESXA 2I48A 4H67A 4NWCA 5I58B 3FXUA 1LFIA 1FW0A 3PUVE 1URGA 5AA2A 1P1QA 4P11A 1FTKA 5EHMA 2Y84A 4G8HA 4XTCQ 5AA1A 4FEDA 3PUZE 3H4ZA 3SERA 1QKBA 2E0SA 4GFRA 4RPNA 4DZ1A 1A40A 4JWXA 4QFPA 3IOVA 2DE4A 1MG1A 2D5WA 3I6VA 3OELA 2Q2AA 3S9NC 4ELQA 3Q27A 3TTRA 1P99A 4G2ZA 1CE2A 2VD3A 4NMYA 4IO3A 3UK4A 3ZSFA 4EDPA 3IO4A 4GWOA 5A5XA 3K6VA 3SEWA 4F3SA 2Q88A 2FA7A 4EF2A 4F3BA 2QMXA 4ZDMA 3PV0E 3OO9A 4NF4A 4GLIA 1UTBA 1JVXA 2XXVA 5FTIA 3BKIB 3L6GA 1LLSA 3VV5A 2PBWA 4Q8RA 2R71A 5JTYA 3QSLA 1NNTA 3S9EA 3N6TA 3PD9A 3TTNA 4U22A 1OVBA 1OQHA 4YKKA 1I6AA 3U93A 1NFTA 2HAVA 3KGCA 3O6HA 5I2KA 1PB7A 1MM6A 1ZBMA 3V5AA 2XD3A 1NMUA 5F7VA 5A5XB 3KG2A 3KBRA 3KOTA 1DMBA 2REGA 2F7AA 2H5YA 5EHSA 1LBCA 3MC2A 3E9XA 1RKMA 3RT6B 4IGRA 4ECFA 2RC8A 1UTBB 5FHOA 2RCBA 3E4RA 2O7IA 3FIRA 3TYHA 3V8XB 1LCFA 1LBBA 3ZKLA 1MPBA 2HZKA 1R1NA 5HBCA 3RNNA 1F9BA 3USDA 4FIMA 1JNFA 3FJ7A 4DCYA 5I2KB 2ZYNA 3MP8A 1XVXA 4QSDA 2X7QA 2HQ0A 2DE3A 3CFZA 3N26A 4PE5B 5ISUA 5KZTA 3H6WA 1UIUA 1Y3QA 2AYSA 4C1UA 3TFLA 4DE8A 1MQHA 2V3UA 2QL3A 4AB5A 4H65A 4N07A 3MVXA 1GR2A 1JW4A 2UVHA 4OZ9A 4H6DA 5ICTA 1JETA 3FJMA 1SI1A 4XXUA 1MY1A 2REJA 4X1BA 5I56A 4OETA 5LOMA 1II5A 4ELPA 2I4BA 3K1PA 1XHYA 5CM6A 3W15C 2OLBA 3QXMA 1PBPA 3DP8A 4OHNA 4IO6A 2RC7A 3G3IA 1PBQA 2F7BA 1IUDA 4PETA 2M8CA 1ZU0A 1ZTYA 3C4MA 3DLNA 1XC1A 3OENA 1NNPA 2XXUA 4U21A 3LR1A 3G7WA 3I3VA 5ICQA 3K00A 2O1LA 4YMAA 4JXIA 5CRYA 3RPWA 4C1TA 2F6PA 4KYDA 3LBSA 4ZE8A 4BDLA 2XXIA 1GGGA 4KI0E 4ZE9A 4U1OA 1B7ZA 3S9LC 3KN8A 4ELOA 4JWOA 5L9SA 3M3KA 1TT1A 3T96B 2YPNA 3H03A 3GBBA 1TXFA 5I56B 3TCGA 4DCXA 3TTMA 3G3FA 3MWBA 3VDFA 3PPPA 1QVSA 3K4UA 3PMWA 2ZYMA 4UACA 4OFLA 2I3WA 1JEVA 1Y9UA 4WXJA 4R73A 3AXFA 5DVJA 1ZMGA 4YU0A 3RY3A 5DVIA 1SBPA 3LSXA 4QSCA 4PQJA 5L9MA 1US4A 3I5OA 4HS7A 2P0SA 3G3KA 4KYEA 5ELVA 2O6AA 1H3DA 2DWIA 4LQ5A 1D9YA 3PPQA 2VHAA 1MY3A 4EXLA 3FXRA 1B3LA 1NL5A 2I6EA 2KLFA 3OMBA 2Z23A 1GVCA 5H8HA 1IEJA 3QIMA 5H8NA 3T22A 4UA8A 2DVCA 4LQ2A 4JSDA 1YTVA 4DIGA 4F31B 3Q26A 2UVGA 1Q35A 1MH4A 4G77A 1MXVA 3O29A 1N3XA 4ZEIA 2A5TA 4BLAA 2O68A 2OBGA 5TPAA 1FQEA 2QS2A 2F34A 5DT6A 4G68C 3K1NA 4I9DA 3IOUA 1Y4TA 1MXYA 2V93A 1PB8A 1OMPA 2AL4A 4H8JA 5EYFA 5CMBA 1P1WA 1LFGA 1B5HA 3GBAA 2F78A 4R74A 3RTFB 5H8HB 5BUUA 4BDQA 1SYHA 4GD5A 1B3EA 4OWDA 3SEUA 3O97A 1P1OA 3C32A 4L17A 2BJJX 4BDRA 4THIA 1SW4A 4OQOA 3CG3A 2FYIA 3BFTA 2XXYA 2WKYA 2A5TB 3DELB 5TPAB 3M3FA 2H25A 3CR9A 4X9TA 1VSOA 1MS7A 4QFLA 4LZ5A 3RUMA 3MUQA 1BLFA 3RGYA 3SESA 1H76A 3EHUA 4OEVA 3CIJA 4OENA 1QJMA 1WVJA 1Z7ME 3D4GA 3EPEA 2OK2A 4M1VA 3Q25A 3MVWA 1QULA 3ILTB 4H0WA 4FEBA 4Z0IA 2AIXA 2I49A 1S7YA 3MP6A 4BDMA 1FTLA 1MDQA 4JDFA 3Q29A 2ALUA 2CMOA 3B6TA 1SW2A 2H98A 3R7XA 5IKBA 4DXUA 4KFQA 4YAHX 4X1DA 4OVJA 2H4IA 2DOJA 1LB9A 3LC8A 3M3LA 2ONRA 4IO7A 2O69A 4YICA 1NNFA 1FQBA 1I69A 4MF3A 3SETA 1UQWA 2UVJA 3HV1A 1B58A 3CFXA 2XXQA 4GXAA 1LGBC 1A8EA 1H45A 4R75A 3O9PA 1NH8A 2VGQA 4RK9A 3C35A 4RK2A 5K2XA 3IX1A 3EHTA 3PPOA 5HPQA 2W7YA 3B6WA 5KCJB 3S2VA 2XD2A 4OYVA 5CI5A 1QUJA 4IGTA 2ZMBA 3C34A 3L6HA 2PT1A 2XX9A 3IORA 4KCCA 2DYXA 4FATA 1B1HA 2XXWA 4NF6A 5AA2B 2XX8A 4YB5A 4LZ7A 2DWJA 4G8MA 1OVTA 4PFWA 2NOOA 3KJ7A 3H06B
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1M5BA 1A99A 4GXSB 3FVGA 4DXCA 3P7IA 3H7MA 3IB1A 4G4PA 3FV1A 3KN3A 3RQTA 4ND9A 1YYZA 2YJPA 2HPGA 2QRYA 4N13A 4DLDA 1QW0A 4P56A 3T9XB 1NV6A 4RA1A 3MZ1A 1YZ0A 1FBGA 1ZIUA 3VXCA 1B3FA 2F3DA 3OO7A 2D3IA 4POWA 1URDA 4MX6A 3O2AA 4GBVA 1D4NA 2O1MA 4XEQA 1SW5A 2V3TA 2F8DA 1LAGE 1Q9DA 4H1XA 1SQYA 2ESNA 3CI8A 2UYFA 2UXAA 3IJOB 1FPIA 1NV7A 1B05A 1FBDA 1Y3NA 2XWVA 1FCKA 2HFBA 4NF4B 1B32A 2DDKA 5AE4A 1MQGA 4MNCA 4P3LA 4KR5A 3EHSA 1HSJA 4F1YA 1IMFA 3U65A 3FATA 1DTGA 1B40A 4GWXA 5I57A 4LUBA 4GVOA 5F24A 5JTYB 1RYXA 3LUYA 1SW1A 4I3YA 2Q8JA 1Y1MA 1CNQA 3KJTA 2ZNTA 4F19A 4FORA 3TCHA 4OMBA 3S4UA 1EZOA 4OANA 2DXRA 4F3GA 1FPBA 1TFDA 3MP1A 4EQ9A 3U92A 3UN6A 2OWZA 1KA1A 4PFRA 4X8RA 4M4GA 2YLNA 1Y20A 3IB0A 4F29A 2OZZA 4P1EA 5KDTA 3O6GA 4MHFA 4F2QA 2IEEA 3A3CA 2Z8DA 2F35A 3KSXA 3SEXA 4E0XA 5I57B 2RKMA 3TQLA 3HCQA 3FVOA 1VFEA 5CBSA 3IAZA 4R2BA 1B4ZA 5H8FA 1IQ7A 4OVRA 3C36A 3GZGA 2VP1A 4QFOA 3F11A 3DM0A 2OWTA 1IIWA 1SVXB 5AA3A 4ZEBA 1MY4A 3VE1B 1ZLQA 1N7WA 3OOAA 5JK4A 1LBVA 4GL8A 5EYHA 1I6QA 4JSOA 4QHQA 1FTJA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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